The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
|
sequence length |
107
|
structure length |
107
|
Chain Sequence |
QLTPRRPYLLRAFYEWLLDNQLTPHLVVDVTLPGVQVPMEYARDGQIVLNIAPRAVGNLELANDEVRFNARFGGIPRQVSVPLAAVLAIYARENGAGTMFEPEAAYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of degradation signal recognition by SspB, a specificity-enhancing factor for the ClpXP proteolytic machine
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B
|
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
24
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| structure length |
107
|
| sequence length |
107
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-04-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YFN A; 1OU9 A; 2QAZ A; 1ZSZ A; 1OU8 A; 1TWB A; 2QAS A; 1OX8 A; 1ZSZ C; 1ZSZ B; 2NYS A; 1OX9 A; 1OUL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E3I A; 2JXB A; 1QCF A; 4M78 D; 2QQB A; 1K9M C; 4JZ4 A; 1YJ9 T; 1T0J A; 2CH4 W; 2CP0 A; 3G6E Q; 3LH5 A; 3X20 B; 4M78 B; 4AFS C; 5FU6 C; 2V8I A; 5KYU B; 1JO8 A; 1BCM A; 2LQK A; 4B9W A; 3SWN A; 2RQV A; 3QBY A; 3EGU A; 4XU3 A; 4PJO C; 2QAS A; 2ZPE B; 2CKK A; 1VQ6 T; 2KAF A; 4BDZ A; 5GAM e; 1VQ8 T; 4CI0 C; 1ABQ A; 3OYC A; 1U1S A; 3RNJ A; 2DAQ A; 5CK9 A; 3NPF A; 2O9S A; 3EFO A; 5LL6 S; 1WFW A; 2VGM A; 1VQ6 Q; 1WGS A; 4Y28 E; 4AFU C; 2KRS A; 2DLP A; 5LJ5 f; 4LUD A; 1YJW A; 3QSU A; 2CUD A; 1X6O A; 4C8Q G; 3RBB B; 4N4I A; 4FW2 A; 3HSB A; 1N8R C; 2P4T A; 1ZSZ C; 2A3L A; 4XTZ A; 2EW3 A; 4OMO A; 1R77 A; 1KSW A; 4OML A; 3JCM X; 1VQP Q; 2RJD A; 4AMC A; 1Q82 C; 4OGE A; 5LJ5 e; 1UGP B; 3H6Z A; 1XOV A; 3F70 A; 1AOJ A; 2E65 A; 3I5S A; 1MV0 B; 2LQ8 A; 4M75 A; 2DXC A; 1RLP C; 3VS0 A; 3Q1J A; 1OEB A; 1G3S A; 3RKW A; 1IRX A; 3RIR A; 3MHX A; 5FLX E; 1IRE B; 3GP8 A; 2PU9 B; 1Z9Z A; 1U3O A; 3UF4 A; 2YRV A; 5GAO q; 1N6A A; 2CP2 A; 4EMH A; 4FIB A; 2MWO A; 1UGQ B; 4RTY A; 5CO7 A; 4EDU A; 1TUD A; 1OU9 A; 2RI3 A; 3FLG A; 1PG5 B; 2FG0 A; 2VC8 A; 3CCL T; 1S72 Q; 2K7A A; 4J5Y A; 4N0A A; 1Q86 C; 1VIE A; 1YBY A; 2YDL A; 3EG0 A; 2DBM A; 2QQR A; 1N27 A; 3CCL Q; 4M7D E; 4HT9 A; 4GLM A; 3LGL A; 4J9D A; 4ZTJ A; 4F14 A; 2DK3 A; 3VJP A; 1IZ6 A; 4Q5W A; 4GLK A; 1G2B A; 4M77 F; 1K9A A; 2OI3 A; 4M78 A; 3ASK A; 5KYU A; 2LZ6 B; 5HKC A; 1D0Y A; 5GMK e; 4J9G A; 4Z89 A; 2DM1 A; 2KNB B; 5HK3 A; 2KE9 A; 1HYO A; 1ZBJ A; 1H3Z A; 5D7U A; 2KGT A; 3EGX A; 3V8L A; 2MCN A; 4FYW B; 5I22 A; 5LJ3 e; 4ME7 A; 4HA8 A; 2V1Q A; 1G3W A; 4J8O A; 1Z9Q A; 3VV0 A; 1SRL A; 1I1J A; 5CCA A; 4F7U E; 1WX6 A; 3CCR Q; 4L59 A; 1WZO A; 4C0Z A; 2KRO A; 1PCX A; 1UEB A; 1IGU A; 2A37 A; 4XU2 A; 4PFP A; 1QVG P; 4QKU A; 4PJJ A; 3VS6 A; 4LE9 A; 2F69 A; 2DIL A; 3SEM A; 3PTA A; 4JUV A; 3S3O A; 3LX7 A; 3CXC A; 1JXO A; 3OS5 A; 4RG8 A; 1XTD A; 1ZLM A; 2XDP A; 2VB6 A; 1P92 A; 2EQK A; 2GF7 A; 1Q81 U; 2O01 E; 5GAN 2; 1KK7 A; 1WXU A; 2GGR A; 1MND A; 2DBK A; 1AVZ C; 5FU7 B; 4ELZ C; 2XG8 D; 2DVE A; 3SWN C; 2LJ1 A; 1ZSG A; 4OF1 A; 2SEM A; 2ZPB B; 2M0Y A; 1AWX A; 1DJ7 B; 2E5K A; 1M1G A; 4HVV A; 3A5Z B; 1W4S A; 1WXT A; 3CEY A; 1OQK A; 3M56 A; 1GRI A; 4PLI A; 1AWO A; 1VQN T; 2PUO B; 1QVF P; 2QEX T; 2GFU A; 2ZPI B; 1JJ2 P; 4BE0 A; 1FX7 A; 3EAE A; 1I8F A; 2K79 A; 3CC2 A; 3KXT A; 2M16 A; 2GNC A; 4BAC A; 4QQG A; 4OP0 A; 3JCM g; 1Q7Y U; 3C4S A; 1W2B A; 4C0D C; 2LCC A; 2C0T A; 5CKF A; 4C92 E; 1Y57 A; 1KC8 U; 2AK5 A; 3BY7 A; 4R55 A; 1AT1 B; 2QG9 B; 5I2S A; 1SRM A; 2K5F A; 1Y7X A; 3G4S A; 1Q95 G; 3L1A A; 2DXB A; 2FL7 A; 2MI6 A; 3OA6 A; 1M90 R; 2LJ0 A; 3V8K A; 4M75 C; 3VUZ A; 4MML A; 1HD3 A; 1BI0 A; 2X3X D; 5IN1 A; 4FT4 A; 4LNP A; 2LMJ A; 3PVQ A; 1LOJ A; 2HKQ B; 2KT8 A; 1YCY A; 4HVW A; 2RQW A; 1KQS A; 2Y90 A; 2BE7 D; 1MMN A; 1Q81 C; 1VQ9 Q; 4HT8 A; 3UA7 A; 2KXD A; 2YUQ A; 5IXF A; 4AG2 C; 1X69 A; 2COZ A; 1B3Q A; 3FEO A; 4WTO B; 3UPU A; 2J6F A; 4M77 C; 2JOY A; 2JTM A; 1G8X A; 1M8V A; 4A4G A; 1SG5 A; 2LTO A; 2DTO A; 3JCM V; 2W0Z A; 3EG9 B; 3MPU B; 1V76 A; 3VYH B; 3RKY A; 2QAZ A; 1WJR A; 1RUW A; 2CT4 A; 1YI2 A; 1UTI A; 3A8L B; 3OMC A; 4MMK A; 4LDV A; 4QVD A; 4OMP A; 3OYI A; 4MDW A; 3DLL A; 4C8Q F; 1K73 U; 3FJ5 A; 2VXE A; 1I81 A; 1VQK Q; 2HNI A; 2KY9 A; 2VXF A; 1C6V X; 1YIJ A; 1M1K R; 3NHN A; 1YIT Q; 2DF6 A; 4DA4 A; 4D8K A; 1MV3 A; 1VQO T; 1M1F A; 1NPP A; 2KRM A; 1Q7Y C; 4LDX A; 2D9T A; 1K9M R; 1AHJ B; 1VQM A; 2J06 A; 2DJQ A; 4IUT A; 5CKD A; 2PTK A; 4RCC A; 1KC8 C; 5GAN 4; 1SHG A; 3I35 A; 4A4K A; 3HTR A; 3VS2 A; 2NUT B; 3QYG B; 3M59 A; 3TSW A; 3LLR A; 4F17 A; 3V7R A; 4DOW A; 2DZC A; 3HRT A; 2H8H A; 3VKI A; 3CXC S; 4KUD K; 2K5L A; 3ER0 A; 2L3R A; 4BY6 B; 2NLU A; 1LNX A; 3HFN A; 1C1A A; 3CPW A; 2VYT A; 1VIF A; 3S3M A; 4M7A E; 2YRC A; 1NJI U; 3OYE A; 1ZUK A; 2JN0 A; 3FB9 A; 2QA4 A; 4HCK A; 3CC7 Q; 1K0X A; 3HL8 A; 1E6G A; 3J81 E; 1N8R R; 4IUU A; 4EMK B; 1RI0 A; 4DEX A; 3I56 A; 2YXY A; 4J6Y A; 2OTJ Q; 2MOX A; 2HBW A; 3I55 Q; 3G71 Q; 2WSF E; 1MMA A; 4B6M A; 2RK1 A; 5M9O A; 2RHZ A; 1QWF A; 3U23 A; 2L8D A; 1Q82 R; 4II1 A; 4BI8 B; 3OYK A; 2EVR A; 3A8M B; 4HCZ A; 1D0Z A; 4PJO F; 1W2B S; 2DEQ A; 3SDZ A; 2K3B A; 2RJC A; 3JCM Q; 3OYN A; 2CYZ B; 1QCN A; 3CD6 T; 3ZBD A; 4M7D D; 2XKO C; 2LT4 A; 1VQ7 Q; 1GFC A; 4M7D B; 3CC4 Q; 3VYG A; 5KE2 A; 3CMA T; 3CCS Q; 2VWF A; 4GBQ A; 3E19 A; 4ORZ A; 2NUP B; 3KFV A; 3QWX X; 3X26 B; 3CMA Q; 1PNJ A; 1G5V A; 1U06 A; 4AFZ C; 4BE2 A; 1D09 B; 1WYX A; 3JAM E; 4M78 G; 1Q86 R; 1RAE B; 1TXQ A; 3CME A; 1GXI E; 2X51 A; 1W1F A; 1N5Z A; 1NJI C; 2X4W A; 1PKS A; 3DB4 A; 4J6X A; 1R0B G; 3X24 B; 4Y92 A; 1FMW A; 2R57 A; 1YHQ T; 3A8G B; 5A0L A; 1SEM A; 2YUP A; 4KRT A; 2F2W A; 2NUT A; 1K1Z A; 1YHQ Q; 1TSF A; 4C8Q C; 1JEG A; 5A0G A; 1BIA A; 2ZPH B; 2K5I A; 2CDT A; 2H3J A; 1KHC A; 5EG2 A; 4RTV A; 1UJY A; 2D6F A; 4Z02 A; 1QKX A; 3CCQ T; 3CCM T; 4FL6 A; 2KRN A; 4ESR A; 3OW2 P; 2R5M A; 3BDU A; 4XU0 A; 3WVE B; 2DVJ A; 3CCE A; 4N4G A; 2CT3 A; 1R0C B; 3CCM Q; 1BI1 A; 3JCM P; 2JVV A; 3X25 B; 1VQ5 A; 2OAU A; 3N5B B; 4WCI A; 3CCJ T; 1UGS B; 3CCV A; 2IVW A; 2F2X A; 1RAC B; 2YLB A; 2D0Q B; 4EMK A; 2KSS A; 1NG2 A; 1EZZ B; 2PVD B; 1YJN T; 2XDB A; 4FW1 A; 3QDR B; 3VRZ A; 3PMT A; 5D6W A; 1G83 A; 3CPW S; 1RAH B; 1OZ3 A; 4KGZ B; 3TRE A; 1ZBX A; 1VOM A; 5GAM h; 1U8R A; 3M4Y A; 2F2V A; 2F5T X; 3H41 A; 4J9B A; 4J9E A; 1YJN Q; 3OYD A; 5CQX A; 2GTJ A; 3JB9 I; 3REA B; 2D8J A; 2JTF A; 4FT2 A; 2YT6 A; 1O9S A; 1MMG A; 4O5V A; 2CH4 A; 2XMF A; 1M4Z A; 3A1P A; 2QXF A; 4C92 D; 3MEV A; 5GAM f; 2CP6 A; 1QKW A; 3NGP A; 2DA9 A; 4IUP A; 3EFR A; 2PUK B; 4C92 B; 1VA7 A; 5KYW B; 3OY9 A; 3G6E A; 4M7D A; 1BCO A; 3CBM A; 1YJ9 Q; 3IQL A; 4JRQ A; 3BW1 A; 5GAN 3; 5EC7 A; 2NUP A; 2QGF B; 4QW2 A; 5LJ5 h; 2O9V A; 4DBR A; 1ARK A; 3SB2 A; 4OVA A; 2LJ3 A; 3GIB A; 3OS0 A; 2MMP A; 1VQ8 Q; 1U1T A; 1GCP A; 4J7F A; 2ROT A; 3G1J A; 1EFN A; 2OJ2 A; 2CZ6 B; 3M9Q A; 3OYB A; 1YJW T; 1OPL A; 1BYM A; 2P0K A; 1TG0 A; 3A8O B; 4F7U A; 6AT1 B; 4C0F A; 2QQ9 A; 1M9S A; 1ZA2 B; 2EPD A; 3RR6 A; 1Q81 R; 4XTW A; 2G3R A; 1VQP A; 2AZS A; 4LXC A; 4XQ3 A; 4WF2 A; 3PFS A; 1YP5 A; 2P4R A; 2ZPF B; 2RK2 A; 4LDW A; 3OYG A; 3JB9 D; 1I0C A; 2HSP A; 1YWO A; 5IHK A; 1WHH A; 5GAO n; 4BD3 A; 1ABO A; 1JBM A; 2DD4 A; 4ZGD B; 4RKU E; 4RTW A; 1BK2 A; 1X2K A; 1TU0 B; 5ECA A; 1JQQ A; 5HK0 A; 3M0U A; 2A28 A; 5GMK h; 3TSZ A; 5CQY A; 1QVP A; 3HPW A; 4KUL A; 2Z0W A; 3P8D A; 4M75 F; 3JB9 J; 3RDV A; 2AZV A; 2PQW A; 1WQW A; 3SHW A; 1Q7Y R; 5LJ3 h; 4M7A D; 4R56 A; 1BI2 A; 2PNI A; 3MP8 A; 2ENM A; 1S72 A; 4M7A B; 5GAN d; 4XTX A; 1PC0 A; 1PRL C; 4BUG A; 1JB0 E; 2EBP A; 4N4H A; 1UGV A; 4X9C A; 1N9R A; 3CCL A; 4J9C A; 1EX4 A; 1QVF A; 1RAI B; 4PJL A; 3E9F A; 5LJ3 f; 1B7T A; 1OV3 A; 2DTI A; 1JJ2 A; 3D7S B; 2XU8 A; 4A54 A; 2GCX A; 4C92 A; 1ZHI A; 3QHS A; 5KYW A; 3UDC A; 2RN8 A; 3JRZ A; 5GAO p; 4RTT A; 2JS2 A; 3RMQ A; 2ED1 A; 3O5Z A; 2ED0 A; 4DBH A; 4RTZ A; 2K6D A; 4X34 A; 1VQL T; 2C0O A; 2DL7 A; 4PFZ A; 2E6Z A; 3E2U A; 1R8O B; 1M8M A; 2ZZD A; 3WXM B; 3MJX A; 1OX8 A; 5DLQ E; 5GAN g; 3OYH A; 2KI7 A; 1VQL Q; 4RTU A; 1IB8 A; 4M78 F; 3CCR A; 4E7H A; 2V26 A; 4IUV A; 1TUC A; 2DKG A; 4Y91 A; 4CC2 A; 2L0A A; 4BE1 A; 4OB1 B; 3MEU A; 3NTH A; 3OYJ A; 1WHK A; 1NM7 A; 3PIP A; 3CQT A; 4DBF A; 5HY6 A; 3LH0 A; 4RTX A; 3MEA A; 2FZG B; 3JCM d; 5GMK i; 4E7I A; 3VRY A; 4A4H A; 3VS7 A; 1OUL A; 1SSF A; 5GMK m; 3I9Q A; 3HP9 A; 4PKC C; 3QYH B; 4QT7 A; 2O4X B; 2XI9 A; 2EQJ A; 2DJZ A; 1V29 B; 1QP3 A; 2DER A; 4DOV A; 1UUE A; 1TTH B; 1WHG A; 5KH6 A; 4X9D A; 3T9N A; 5IAY A; 1M3B A; 2CZ7 B; 2LDM A; 3QII A; 8ATC B; 1VQN Q; 2BIV A; 2QEX Q; 2FZC B; 2KDS A; 3GNG A; 3E1S A; 5GAO l; 3CCU A; 3CC2 T; 4M77 E; 1NJI R; 1IXD A; 1SSH A; 4Z88 A; 4E7Z A; 4GY5 A; 2BZ8 A; 2ECZ A; 2GTO A; 5FU6 B; 2RHX A; 4PJO D; 4M7A A; 3M5A A; 2IIM A; 4CRI A; 2XID A; 2K3X A; 4PJO B; 1W70 A; 2CSQ A; 2D8H A; 1J3T A; 2DRK A; 3PE0 A; 1WQ7 A; 3G4S T; 3AHU A; 2RPN A; 3DKM A; 5DY9 A; 2EWN A; 3QKJ A; 1Y07 A; 3EH1 A; 5I2M A; 2FRW A; 3GLX A; 3M54 A; 2OX7 A; 3NTK A; 4JDS A; 5GAN j; 5DM7 R; 1AWW A; 5D6Y A; 3OQ5 A; 3M0Q A; 1VQ9 A; 2HZY A; 2ZCF B; 5GJV B; 1QVF S; 4JRK A; 1LCK A; 3H8Z A; 1JJ2 S; 1M3C A; 4OMM A; 1ZSZ B; 1WIE A; 2PZ1 A; 5J26 A; 4YTL A; 3NMZ C; 2YHT A; 2V8K A; 4ZGJ B; 5A2Q E; 1ZQ1 A; 3JCM J; 4JJD A; 2HAX A; 2COW A; 4N0A C; 3OYL A; 4PFO A; 1PD0 A; 2C06 A; 1RAB B; 2K2V A; 1GBQ A; 1T3L A; 3MCA B; 2E5Q A; 1YI2 T; 2DEU A; 2RJE A; 4M7D G; 4MZT A; 1MNE A; 1KD1 R; 3LYI A; 9ATC B; 1K8A U; 1VQK A; 1YIJ T; 1YIT A; 1D1B A; 4M78 C; 2EAY A; 3UT1 A; 4L5G A; 2CZ0 B; 1ZUY A; 1H92 A; 1WNL A; 1B34 B; 3NTI A; 1VQM T; 1FMK A; 1TOV A; 5LJ5 g; 2VVK A; 2HDA A; 5KYY B; 4JJB A; 1VQO Q; 1M5Q 1; 5FRM A; 4HVU A; 5IXB A; 1PWT A; 1IHW A; 2LT1 A; 3H0I A; 3PMI A; 3L2V A; 1UFF A; 4V2S A; 3A98 A; 3C94 A; 1LJO A; 5I21 A; 5IH2 A; 2HL5 C; 1RAA B; 4F7U G; 1AWJ A; 2RO0 A; 1TS9 A; 1PSF A; 4CC3 A; 4JLI A; 3JV3 A; 4ZN1 A; 3MP6 A; 2NYS A; 1BIB A; 2K9G A; 2QA4 T; 2K3Y A; 3CC7 A; 2YRD A; 2K2M A; 2E12 A; 3L2Z A; 1BU1 A; 1K0S A; 2P0P A; 3EHQ A; 3LGF A; 3I56 T; 3EGD B; 5CAI A; 3M58 A; 4P5N A; 2EGA A; 2OTJ A; 5KYN A; 2OTL A; 3I55 A; 3G71 A; 2AKK A; 1Y96 B; 2QGG A; 2RHY A; 4K11 A; 1WDX A; 1SPK A; 1WHM A; 3EFS A; 2V1R A; 3MKD A; 2GFA A; 2KVQ G; 3L2R A; 1K73 C; 2DET A; 2JNG A; 3OW2 A; 3URG A; 3PGG A; 3VU3 C; 5A0D A; 1K8A C; 1ZA1 B; 4UC4 A; 3QDF A; 1QW1 A; 3TEE A; 2F5K A; 4RG2 A; 2FYK A; 1NEG A; 3QJY A; 1MHN A; 4C8Q E; 3JCM c; 1WHL A; 3OS2 A; 2DO3 A; 3GBQ A; 1RL2 A; 4FCY A; 4A53 A; 3CD6 Q; 3M0R A; 1XNI A; 2HEQ A; 4PJM A; 3JCM W; 5IHI A; 1M27 C; 1VQ7 A; 1UEC A; 4FYX B; 2A0F B; 2X4Y A; 2GQV A; 2JZ2 A; 3CC4 A; 3CCS A; 1G3T A; 3L2W A; 3O8V A; 2CSI A; 4JS4 A; 3EG9 A; 2HCK A; 4ZTF A; 2EJF A; 2QYZ A; 1UG1 A; 1KQS S; 2R5A A; 4C92 G; 3CMA A; 4LUE A; 3SWN B; 2XDD A; 8AT1 B; 4BDY A; 1SHF A; 2AT1 B; 2WAC A; 2D0N A; 4JRP A; 2FZK B; 2L3P A; 3FDR A; 3CME T; 2DL3 A; 3WVD B; 2DE0 X; 2O88 A; 3J7A F; 3L2U A; 2B86 A; 1OPK A; 4FYV B; 2M9U A; 5GAN e; 2KBT A; 1QLY A; 2EKH A; 4A4E A; 2DYI A; 2RHI A; 4KGV B; 3VS5 A; 1M1K U; 1X2Q A; 2E6N A; 5J39 A; 1M3A A; 2FRY A; 3M4G A; 2QTV A; 1YWP A; 2NWM A; 4JLG A; 1K9M U; 2EGC A; 5FW9 A; 3BE3 A; 5L23 A; 4C0D B; 2FPF A; 4FSX A; 2EFI A; 1VYU A; 2A7Y A; 2EKO A; 4R0K A; 3OYF A; 2EJG A; 3OBW A; 1NLP C; 2Y4X A; 3CCQ Q; 2VGN A; 1IGQ A; 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