The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
|
sequence length |
107
|
structure length |
107
|
Chain Sequence |
b'QLTPRRPYLLRAFYEWLLDNQLTPHLVVDVTLPGVQVPMEYARDGQIVLNIAPRAVGNLELANDEVRFNARFGGIPRQVSVPLAAVLAIYARENGAGTMFEPEAAYD'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of degradation signal recognition by SspB, a specificity-enhancing factor for the ClpXP proteolytic machine
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| total genus |
24
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| structure length |
107
|
| sequence length |
107
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-04-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OX8 A; 2QAZ A; 1ZSZ B; 1OUL A; 1YFN A; 1OU8 A; 1ZSZ A; 1ZSZ C; 1OX9 A; 2NYS A; 1TWB A; 1OU9 A; 2QAS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1P92 A; 3QII A; 4OGC A; 5KCO A; 3P8H A; 8AT1 B; 1BIB A; 3I56 A; 5LJ5 d; 1YCY A; 4BY6 B; 2IPO B; 3L2R A; 1R77 A; 4LD9 K; 2L89 A; 2DIG A; 1Y96 B; 4M78 A; 4MDX A; 3OW2 S; 4OGE A; 5LL6 S; 2DAQ A; 3CC4 T; 2FHD A; 2OX7 A; 3OBY A; 2DTH A; 1NLO C; 3PVQ A; 4A63 B; 2DMO A; 3H0H A; 2QQS A; 3JCM P; 6AT1 B; 2F69 A; 1ZSZ C; 4J9F A; 4N4H A; 1K9M R; 3M59 A; 2GF7 A; 2QQR A; 1QLY A; 1VUB A; 3E19 A; 1D0Z A; 1FWZ A; 1SRL A; 2AZS A; 3RUX A; 4F7U G; 4A4E A; 5CKB A; 2GFA A; 1BYM A; 4ZN1 A; 4OMP A; 4BI8 B; 1KC8 C; 5KH6 A; 5KYW A; 1S1N A; 2DEQ A; 3CC2 Q; 2MCN A; 3VYG A; 2KT8 A; 1UB4 A; 4C8Q F; 1YN8 A; 1NPR A; 2E64 A; 4E7Z A; 4HCB A; 1EX4 A; 4M75 F; 1IRE B; 3I5R A; 5IT9 E; 2EIF A; 1OUL A; 5GMK h; 1OU9 A; 4M7A C; 5GAM j; 2YUO A; 2JT4 A; 3CCQ T; 4Y91 A; 2DX1 A; 2X51 A; 2DL3 A; 1Q86 C; 2CKK A; 3CBP A; 4OMQ A; 2G3R A; 1WI7 A; 2EKH A; 1I5L A; 2HCK A; 3MP1 A; 1M3B A; 2DVE A; 3G6E Q; 1WDX A; 1TXQ A; 3MKD A; 4KGZ B; 2YUN A; 3LW5 E; 3URG A; 3JCM g; 2CT3 A; 2HMA A; 3JCM Q; 3OS1 A; 4M77 F; 3A5Z B; 3CCV T; 2J6K A; 4WF2 A; 3RBB B; 5I11 A; 4E7K A; 4DQ2 A; 2LQ8 A; 1QP3 A; 4MMK A; 1T3L A; 1NPP A; 2KSS A; 3E9F A; 5LJ3 j; 1G3S A; 1E6G A; 1YWO A; 1I0C A; 5GAN 8; 1SRM A; 3CCR T; 1PD0 A; 1I07 A; 2QDY B; 4M7D G; 3HL8 A; 4IUR A; 3MPU B; 5I21 A; 2K5I A; 4PJJ A; 2EYZ A; 1Y7X A; 2DL7 A; 4E7S A; 4R0K A; 2FO0 A; 4EPC A; 1GCQ A; 1BKB A; 2H3E B; 4XTU A; 2VB6 A; 1WX6 A; 3NTK A; 4PJO A; 4RCC A; 2CP6 A; 2RHI A; 4OML A; 2H8H A; 3HP9 A; 2L5Q A; 2HQE A; 3CME Q; 3V7R A; 1TH7 A; 4BDY A; 1UTI A; 2RPN A; 2XD0 A; 2KE9 A; 3SFM A; 4KGX B; 2C06 A; 1YP5 A; 4RKU E; 4JZ4 A; 2RJE A; 2C0O A; 5FU6 B; 2DET A; 1W2B S; 1QKW A; 3SB2 A; 1WGS A; 2KRN A; 1JBM A; 5GAN 4; 2XMF A; 3EH1 A; 3CC2 A; 3TSZ A; 5CQY A; 3VKI A; 4MZM A; 4JJC A; 4M7A G; 2CSI A; 5IHI A; 4C5H A; 4BB7 A; 4M75 G; 2O9S A; 1EFN A; 4X9C A; 2HL5 C; 3FIF A; 4KUL A; 3T9N A; 4DBQ A; 1SKU B; 1MMA A; 4CC3 A; 3H9N A; 3O5Z A; 4C92 F; 1K73 R; 3QWY A; 1BI2 A; 2E4H A; 3RIR A; 1ZLM A; 3M56 A; 4EDU A; 3G6E A; 1FYN A; 2QEX Q; 3JCM W; 1AZE A; 1KD1 R; 1AOJ A; 2HD0 A; 3G71 T; 2JW4 A; 2M02 A; 3OS5 A; 3FLG A; 4JRK A; 1YJW Q; 5A0G A; 3UT1 A; 1VQK Q; 3FEO A; 4KGV B; 2B86 A; 2LJ1 A; 3L2Q A; 1IXD A; 4A54 A; 1XJW B; 3BDU A; 4ESR A; 5CKF A; 2CSQ A; 2RN8 A; 5GAN 3; 1M3A A; 5HK0 A; 1W70 A; 1KQ1 A; 4KT0 E; 2DBK A; 1SHF A; 2ESW A; 3J7A F; 1K9M C; 2RQW A; 2KT1 A; 4JDS A; 4RTX A; 2KEA A; 3CCS T; 1ZUU A; 5FRO A; 4F7U E; 2RHX A; 3EFO A; 3DKM A; 2D1X A; 4JRQ A; 3H0F A; 1QQJ A; 2XG8 D; 2DPP B; 5GAM f; 3ER0 A; 4CRI A; 3J80 E; 2LQK A; 3P8B B; 4AFU C; 1OZ3 A; 5A0L A; 2COW A; 1ACM B; 4C5I A; 2PVO B; 5GAN h; 2V8K A; 2RMO A; 2DZ9 A; 2JVV A; 2EQI A; 2PU9 B; 1B3Q A; 3PT9 A; 3X28 B; 3HTR A; 4QQ6 A; 1MHN A; 5GAM e; 1NE8 A; 2COY A; 4OMN A; 2PTK A; 3M55 A; 5KE2 A; 5I22 A; 4AT1 B; 5KYY A; 2MK5 A; 2K9G A; 1ZSZ B; 3EH2 A; 1TSF A; 1IZ6 A; 5GAO n; 3CPW A; 3EG0 A; 2RO0 A; 3NHN A; 4Z88 A; 3OYH A; 3HRT A; 1D3B A; 2QQA A; 2EQM A; 2QTV A; 4LE9 A; 1GFC A; 2X3X D; 4ME7 A; 1I4K 1; 1QMC A; 2DTI A; 1QVF S; 2VWF A; 4HXJ A; 3OSS C; 2J06 A; 3CCQ Q; 3MEU A; 4K11 A; 1RLP C; 2L3Q A; 2M9U A; 2QEX A; 2QGF B; 2A0F B; 3QZ9 B; 1SPK A; 3JCM J; 4HVV A; 1WHH A; 4M7D E; 4LDV A; 4N0A A; 1YJW A; 1VQK A; 1GCP A; 3DLL A; 1ZA2 B; 1D0X A; 1TG0 A; 1D0Y A; 4C0D B; 1OX9 A; 3M4Y A; 3BW1 A; 1NZ9 A; 1F1B B; 2KDS A; 2VC8 A; 2YXY A; 3CCL A; 3OB9 A; 2HNI A; 2X4J A; 4E2F B; 1VQP Q; 2RQR A; 3CD6 T; 2MOX A; 4HVW A; 4RCB A; 3CCV Q; 2EJG A; 2MPX C; 3HFN A; 2XIC A; 3RKX A; 3OYG A; 4J9C A; 3FC3 A; 3M0S A; 2DYI A; 4OB0 B; 3CCE Q; 3LX7 A; 1MGQ A; 2DZC A; 3CCR Q; 2YRD A; 5CKD A; 3PMI A; 4JLG A; 4M7A E; 1RLQ C; 2CDT A; 4LN2 A; 1JU5 C; 3CBM A; 2RH2 A; 2LTO A; 4M75 E; 1WFW A; 3V8L A; 2BKD N; 3GLX A; 3H41 A; 1JEG A; 3CXC S; 1QCN A; 3E1S A; 2QA4 Q; 3NTI A; 3OYI A; 4R55 A; 5LJ3 d; 1PC0 A; 1J3T A; 1YJN Q; 1GCQ C; 2CZ0 B; 2CZ1 B; 1B34 A; 2LX7 A; 2K4Y A; 2ZPH B; 5D6Y A; 5GAM g; 3EGD B; 4B9W A; 4PKC C; 3A8L B; 1Y71 A; 4FT2 A; 3EGX B; 2JJ9 A; 4HCC A; 3WVE B; 1X75 C; 3G6E T; 5GAO m; 1X69 A; 2ENM A; 5I2S A; 4MZT A; 4HT9 A; 1M2O A; 1OU8 A; 2JS0 A; 3JB9 D; 3EG9 B; 5GAN 7; 1HSQ A; 1VOM A; 3CCQ A; 1WLP B; 3A8G B; 4EMK B; 3SHW A; 2DEU A; 2RQV A; 3CCJ Q; 4M77 D; 1NJI R; 1SEM A; 4KH1 B; 4PFP A; 2A36 A; 3VS5 A; 2OJ2 A; 3VS2 A; 2VUB A; 1U1S A; 5LJ3 g; 4M77 A; 3FRN A; 1VQL Q; 1MND A; 3MO8 A; 3G71 Q; 2SRC A; 4RG2 A; 2YUP A; 3L1A A; 3SDZ A; 2E5Q A; 1WJS A; 2GFU A; 1VQP A; 3I55 Q; 5J39 A; 3I9Q A; 3CCV A; 4OMM A; 4Z02 A; 1OI1 A; 4J83 A; 1YI2 Q; 4ORZ A; 2HKQ B; 5LJ5 h; 4ZGJ B; 3CCE A; 4LDY A; 3CQT A; 3BDL A; 4FU6 A; 4RTY A; 4P5N A; 5GMK j; 3CCS Q; 4WTO B; 4EMK A; 2PNI A; 1WPY A; 4RTV A; 2F5T X; 2C0T A; 2FG0 A; 3QO3 A; 2LT1 A; 1UJ0 A; 1G2B A; 1RAH B; 1N8R C; 4JLI A; 2QA4 A; 1YFN A; 2GBQ A; 4KBM B; 1YJN A; 3INZ A; 1OPK A; 3SWN A; 2P0K A; 3CEY A; 1ABO A; 4LUD A; 2HBW A; 3RES A; 4J7I A; 5A2Q E; 1S72 Q; 1M90 U; 1NEG A; 4LDW A; 1WXU A; 1H8K A; 1UGS B; 2DXC A; 3ULR B; 2XDD A; 2KBT A; 1RAB B; 5CKH A; 1JJ2 S; 3JCM V; 1M5Q 1; 4M78 B; 3M58 A; 1Y0M A; 2QEX T; 4E7I A; 1DJ7 B; 1PKS A; 3OYE A; 1Q7Y R; 2NUP A; 2KYM A; 2RQT A; 2MMP A; 3UWN A; 1MMN A; 2R57 A; 3JRZ A; 2FPF A; 2E65 A; 1N27 A; 2BIV A; 4J9E A; 4EMH A; 2E41 A; 1VQK T; 2EJF A; 3OY9 A; 2OTL T; 1AD5 A; 2ZZD A; 3S3O A; 2XK0 A; 7AT1 B; 1RAD B; 3HKS A; 1NYG A; 2F2W A; 3CCJ A; 2BE7 D; 3C4S A; 4JPB W; 4BI4 A; 1WNL A; 2HZY A; 2BTT A; 3EG1 A; 5GMK m; 2FZG B; 3CCL T; 4C0F A; 3J81 E; 4PLI A; 1XQH A; 1M90 C; 1VQL A; 5KYW B; 1HJD A; 3LH5 A; 3G71 A; 2CZ6 B; 4D6W A; 4M78 D; 3I55 A; 3VRY A; 1LJO A; 2P0Q A; 4M7D F; 1OYX A; 1YI2 A; 2PUO B; 1M1K C; 3L2W A; 1X01 A; 2GNC A; 2RI2 A; 3G4S Q; 2DK3 A; 1KG1 A; 3UA6 A; 3IQL A; 1Q81 U; 3BE3 A; 4QVC A; 2OI3 A; 2Z0W A; 1Q86 U; 1K76 A; 3CD6 Q; 2K3B A; 4EIK A; 1VQ5 T; 4FM4 B; 3CCS A; 4XU2 A; 2MWO A; 1WXT A; 1GRI A; 2QAS A; 4J7F A; 2HDA A; 4QVZ A; 1VQN Q; 2E70 A; 3JCM d; 4QVD A; 1Q95 G; 5GAN 6; 2LC4 A; 1WHM A; 4XK8 E; 1VYU A; 4N4I A; 1QCF A; 1S72 A; 1VYT A; 1BCM A; 1RAG B; 2YLB A; 1LCK A; 3TVT A; 4ELY C; 4M7A F; 1G83 A; 4ELZ C; 4WCI A; 3G1J A; 3HHT B; 1K1Z A; 5IAY A; 2V8J A; 2CS7 A; 1M30 A; 1RAF B; 1Q81 C; 2QK0 A; 1HYO A; 5D7U A; 4PJO B; 4C0D C; 2KRM A; 4ZTJ A; 1CKA A; 1VA7 A; 2EQU A; 4EMG A; 2YDL A; 5A0D A; 3X20 B; 1G3T A; 2MF2 A; 5CQX A; 3GBQ A; 2IVW A; 3QYH B; 4JS4 A; 1TU0 B; 1ABQ A; 3VJP A; 1UEC A; 3MET A; 3ASK A; 5KYN A; 1VQP T; 2PUK B; 4X9D A; 4OB3 B; 4GBQ A; 3CPW P; 3NMZ C; 1KQS S; 2RJF A; 2EBP A; 2EYQ A; 2LRQ A; 4XTX A; 4HCK A; 4J9I A; 5GAN j; 2JZ2 A; 3CCE T; 3RKW A; 1IHW A; 3UDC A; 1EZZ B; 2K3X A; 2DL8 A; 1D1B A; 4PJO D; 5GMK e; 3G4S A; 4J6Y A; 2ZGW A; 4C5E A; 2E6Z A; 3E2U A; 3KBG A; 1AWJ A; 4M77 C; 4DOV A; 3CD6 A; 2D8J A; 2QA4 T; 4L59 A; 1OPL A; 4ZGD B; 2DO3 A; 2FRW A; 1MMG A; 2HAX A; 2RQU A; 1YJN T; 1BI1 A; 2NYS A; 1R8O B; 1VQN A; 5CK9 A; 4DOW A; 1KSW A; 1AVZ C; 2JS2 A; 3O8V A; 3V8K A; 1TWB A; 3CCM Q; 1AZG B; 9ATC B; 2QG9 B; 2ROT A; 1Q7Y C; 1UG1 A; 2QYZ A; 2YRC A; 1PSF A; 1D09 B; 1QWE A; 4FW1 A; 1VYV A; 2K57 A; 4J9G A; 4EMK C; 3OYD A; 5IN1 A; 4RTW A; 2MAM A; 1WA7 A; 1WZO A; 3RMS A; 3LGF A; 3FJP A; 2BE9 B; 1K9M U; 3VS0 A; 5FRM A; 3CCJ T; 3EFO B; 4ZN3 A; 2O01 E; 3SWN C; 2LCS A; 3HPW A; 1WXB A; 3NGP A; 2DER A; 1UJY A; 1CSK A; 2CP3 A; 1Z9Z A; 1QVG S; 5FLX E; 1VQL T; 4M4Z A; 5HK3 A; 2LNH B; 4J9H A; 2CH4 A; 8ATC B; 1CKB A; 3A8M B; 3I55 T; 1H64 1; 2OTL Q; 1GL5 A; 3GOX A; 5I2M A; 1OOT A; 1YI2 T; 2FZK B; 1PCX A; 3A1P A; 3CXC A; 5KYY B; 2KXC A; 3HRS A; 1BB9 A; 1TOV A; 2DD4 A; 1YIJ Q; 2M0Y A; 5EG2 A; 1C6V X; 1I5O B; 3REB B; 3CCL Q; 1RL2 A; 2EVR A; 4MML A; 1YHQ Q; 2X9H A; 1GFD A; 4FL6 A; 3VS6 A; 1D3B B; 1UGR B; 3PE0 A; 1H3H A; 3M0Q A; 3X25 B; 3OYM A; 2E3I A; 2SEM A; 5IHN A; 1U1T A; 2JMA A; 2I2L A; 1K8A R; 2QQB A; 4A4G A; 4PL6 A; 2HQX A; 5D6W A; 3NFC A; 2KRS A; 2I0N A; 4KRT A; 4BDZ A; 2QI2 A; 4ZTF A; 2CT4 A; 4DBH A; 1ZX6 A; 4OP0 A; 1S72 T; 2YHT A; 4BD3 A; 1YCS B; 1GBR A; 2DIL A; 2LP5 A; 4F7U A; 4M78 C; 3CCM A; 1VQ5 Q; 1T0H A; 1PNJ A; 2K3Y A; 4LD6 A; 2D0Q B; 1V1C A; 1RUW A; 2PQW A; 3GF5 A; 3EG2 A; 2LCL A; 3SEM A; 2KRO A; 1YJ9 Q; 2FEI A; 1TTH B; 5GAO p; 2BZ8 A; 2EQJ A; 4ZGE B; 3QYG B; 1QCO A; 3RNJ A; 2K79 A; 1UE9 A; 4XTW A; 3OS2 A; 1PHT A; 4BE1 A; 3MP8 A; 5GAN f; 2FYK A; 1VQ8 T; 2K2V A; 4LXC A; 3KUF A; 3OYK A; 1UHC A; 3EHR A; 1D1A A; 2LMJ A; 1H92 A; 1QP2 A; 3S3M A; 1M3C A; 4CC4 B; 1XTD A; 1QVP A; 3OYY A; 4ZNX A; 2QQ9 A; 3CPF A; 5LJ5 j; 2DRM A; 3VRZ A; 4XU3 A; 4AFZ C; 5GAN e; 1OV3 A; 2OTL A; 2GQV A; 1PG5 B; 4A4K A; 4DEX A; 2MI6 A; 1NYF A; 1KIK A; 3LYI A; 4A4H A; 1B34 B; 3G4S T; 4C0Z A; 1YIJ A; 1G8X A; 2FPE A; 5GAM d; 2ABL A; 4M7D D; 2FB7 A; 3I5S A; 3PFS A; 4E7H A; 4XU1 A; 2DM1 A; 1YHQ A; 3PMT A; 1K73 U; 3TCJ A; 4AFQ C; 4M7D A; 1IGU A; 3OMC A; 2KY9 A; 1KD1 U; 2CGH A; 2XKO C; 1VQN T; 4X1V A; 1SG5 A; 4GLM A; 2L3R A; 3QSU A; 2HSP A; 1LOJ A; 3LWH A; 4BE0 A; 1JJ2 A; 1OX8 A; 3ZFJ A; 3HRU A; 1H3Z A; 4OMF B; 3JCM b; 2YLC A; 1UGQ B; 4HA8 A; 4M78 G; 1M8V A; 1N5Z A; 2FL7 A; 2XDB A; 2YSQ A; 3MP6 A; 4XAX B; 1VQ5 A; 3M53 A; 2K2M A; 2VV5 A; 4AMC A; 4BI3 A; 2J6O A; 4C8Q D; 1Q82 R; 4M7A D; 4M77 B; 1KK7 A; 2RI5 A; 4J6X A; 1I1J A; 2LT4 A; 4M75 D; 2P84 A; 1M9S A; 1T0J A; 1R0C B; 3NPF A; 4PJO C; 1MV3 A; 1X6B A; 2K5F A; 2JXB A; 3Q1J A; 4BAC A; 4DBR A; 1K73 C; 4YTL A; 1KC8 U; 1UUE A; 3C94 A; 4C8Q A; 4CI0 C; 2Y4X A; 4M7A A; 1YJ9 A; 4M75 A; 4XTY A; 1M1G A; 1KD1 C; 5GAO l; 1JXM A; 4PJN A; 1X2Q A; 3M5A A; 3JV3 A; 3RKY A; 4CC7 A; 1VQ9 Q; 2KAF A; 3VYH B; 3X26 B; 4Q5W A; 4JJB A; 1AT1 B; 3CC7 T; 2RK1 A; 3CCU Q; 1N6A A; 3OW2 A; 3DB4 A; 1OQK A; 2L3P A; 1Y57 A; 3TSW A; 2QGG A; 1N9R A; 2LZ6 B; 1KC8 R; 4E6R A; 1N8R U; 5C6S A; 3PGG A; 4FT4 A; 3M0T A; 4PFZ A; 2EGE A; 3ZEH A; 4XTV A; 3SWN B; 2K6D A; 1BIA A; 1Z9Q A; 5GAN g; 2FPD A; 4C5G A; 3R6O A; 5FW9 A; 2GTJ A; 1ZBX A; 1EIF A; 2EPD A; 3I35 A; 1WHJ A; 3L2V A; 2C0I A; 2EWN A; 3KFV A; 3QXE B; 3GIB A; 2NLU A; 1LNX A; 4IIM A; 4RMO A; 4RUG A; 4Z89 A; 3ME9 A; 2JTF A; 2DXB A; 2NUP B; 4JUV A; 3QWX X; 2P0P A; 3HFO A; 2YUQ A; 2DE0 X; 3OYN A; 1OEB A; 3RMQ A; 2LX9 A; 4AFS C; 3CCM T; 2R58 A; 4XQ3 A; 5HCK A; 2LNV A; 3OMG A; 4X34 A; 2RI3 A; 1PD1 A; 3H6Z A; 1QKX A; 4PJO G; 5CKE A; 1M2V A; 2L2P A; 3EG3 A; 3M9Q A; 5FWB A; 3JCM h; 2EAY A; 2RHU A; 3A98 A; 1B7T A; 3EFS A; 5LJ5 f; 2HSE B; 3DLM A; 2EYW A; 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