1OYUA

Long-distance conformational changes in a protein engineered by modulated sequence duplication
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
173
structure length
173
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAINAAKSELDKAIGGGGGGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Long-distance conformational changes in a protein engineered by modulated sequence duplication
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 52
structure length 173
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1oyuA00
1L27A 1CV4A 231LA 3CDQA 199LA 188LA 1QTBA 3UONA 166LA 2OE7X 4PK0A 1CX7A 1QT6A 201LA 1L57A 180LA 1C6IA 3HUKA 1L19A 2HUKA 1C6AA 147LA 2QARC 1L92A 1P36A 1DYCA 1G0PA 2A4TA 252LA 255LA 1JTNA 238LA 1L49A 2HULA 3G3XA 1B6IA 146LA 1OV5A 253LA 3RUNA 3HT7A 1L70A 176LA 6LZMA 1KW5A 187LA 1KNIA 2OU9A 251LA 144LA 4S0WA 138LA 1C61A 3GUJA 2CUUA 215LA 3GULA 108LA 1L29A 2RB0X 2B6YA 3DKEX 222LA 1L72A 168LA 1L58A 243LA 3L64A 1G0MA 1L99A 1K28A 1DYAA 2B6XA 2OU0X 3FI5A 3PBLA 156LA 1P56A 1OVHA 129LA 1C6DA 1QTCA 119LA 3DMZA 3HUQA 3NY8A 234LA 4LDEA 4YXAC 4ARPA 3SBBC 4DJHA 1QTDA 1OVJA 1P6YA 3HH4A 1L16A 4I7OA 1DYGA 158LA 1G06A 244LA 4AQNA 1L09A 1D9WA 1QT4A 1L75A 1L69A 4I7JA 3GUIA 3CDOA 4I7MA 3OE8A 1G07A 1L88A 1L71A 224LA 7LZMA 3SB7A 1L0KA 1D3NA 1P37A 1QTHA 230LA 3HH5A 1L90A 1L95A 3HH6A 1XJUA 2LCBA 3CDTA 3GUOA 1QT5A 3SN6R 3HU9A 2F47A 113LA 1L13A 1CV1A 1T97A 3DN4A 1L84A 206LA 3NY9A 2OE9X 178LA 3FADA 1L94A 1L45A 1C6EA 1LYEA 221LA 2O79A 1PQJA 125LA 200LA 1D2YA 2F2QA 1L89A 1L31A 140LA 185LA 3LZMA 3FA0A 1QTZA 4I7KA 1L59A 233LA 149LA 2Q9EA 1L00A 1L15A 2HUMA 3C81A 2B7XA 3HTBA 3RZEA 4ARMB 1XJTA 227LA 4LDOA 171LA 107LA 186LA 1LWKA 2NTHA 164LA 3D4SA 4EKPA 209LA 216LA 1PQIA 1QT3A 1L73A 2RBSA 1L21A 4ARJA 3C8SA 3DMXA 1L48A 1T6HA 111LA 1ZWNA 3OE9A 152LA 1KS3A 3K2RA 1L11A 159LA 139LA 1L91A 245LA 3C7WA 165LA 1I6SA 4W56A 1KY1A 4I7SA 1L79A 3GUNA 143LA 249LA 2RBOA 1L35A 110LA 3QAKA 142LA 4GRVA 1LI3A 1C6JA 1L02A 4I7RA 1L26A 1CU6A 1L62A 1C60A 1P2RA 236LA 150LA 3V2YA 1L53A 247LA 175LA 3CDVA 1C6NA 1LYGA 177LA 1PQOA 4DKLA 1G1WA 128LA 2B6WA 1L40A 1L22A 262LA 2RAZX 1CV0A 5I14A 3DN0A 1CUPA 1L41A 1CU2A 1CX6A 2IGCA 1L86A 1QT7A 3HT9A 114LA 3SB5A 1LGXA 3HDFA 196LA 1OV7A 1G0LA 131LA 4ARQB 1L36A 1C69A 220LA 1L06A 3DN8A 1XEPA 235LA 2RAYX 1C6MA 4W57A 260LA 2RB1X 1QS5A 258LA 239LA 4W55A 3HT6A 3VW7A 3DN2A 118LA 1L52A 1QUHA 210LA 157LA 1L43A 250LA 1C62A 4ZPUA 3HDEA 1L55A 1QSQA 1OYUA 2B6TA 1CUQA 1SX7A 4EJ4A 1P64A 4W54A 1SWZA 1QSBA 1OWZA 1L37A 3HT8A 172LA 1L46A 184LA 3HTDA 1L66A 130LA 1KW7A 1PQMA 1LLHA 1SSWA 167LA 163LA 173LA 1C68A 3JR6A 4W59A 1CVKA 4I7PA 3OE6A 1DYFA 1L38A 1JTMA 4I7TA 1C6CA 1L82A 1L76A 1G0QA 2RBPA 3F8VA 1L34A 2OTYX 3C8RA 1L51A 2RBQA 1LI6A 232LA 148LE 2OU8A 4I7QA 1LYIA 1C6TA 1QS9A 4K5YA 2B70A 102LA 4OO9A 3HWLA 240LA 1OVKA 1L50A 1L47A 3ODUA 4EKSA 2NTGA 1L01A 1CTWA 214LA 1JQUA 151LA 1ZURA 1C6GA 1T8FA 205LA 1OWYA 1PQKA 1C6QA 4ARMA 1LYHA 1L54A 195LA 2L78A 3DNAA 192LA 3HTGA 223LA 1PQDA 2RB2X 2B73A 1L44A 3G3WA 229LA 1EPYA 3NYAA 1L77A 3SBAA 1C6KA 1L42A 2ANVA 4I7NA 1T8GA 1L03A 1QUGA 248LA 1SSYA 1L20A 182LA 1G1VA 109LA 2B74A 3SB8A 1QUOA 3C8QA 4W52A 1L56A 4EXMA 1LYDA 123LA 1P3NA 3GUKA 1CU5A 1ZYTA 2RH1A 3HH3A 120LA 1L23A 1LYFA 1DYEA 3C80A 241LA 1P7SA 4ARLA 2O4WA 4DAJA 1CU3A 160LA 3HUAA 1D3JA 4EKQA 197LA 1L32A 170LA 2Q9DA 4W58A 1C6LA 3HU8A 104LA 2LZMA 4I7LA 141LA 242LA 2OE4X 1L39A 1P5CA 127LA 2B75A 1D2WA 1L24A 1L83A 3C83A 1L10A 1LI2A 4LZMA 4PJZA 189LA 115LA 161LA 4ARQA 1CV6A 1G0KA 1L61A 169LA 213LA 1LYJA 1CV5A 1C67A 4EPFA 183LA 1G0GA 1SX2A 1C63A 1QT8A 2OEAX 145LA 1C6FA 122LA 1P46A 3GUMA 1LGWA 2Z6BA 1L28A 1L74A 259LA 1L68A 1LWGA 3C7ZA 3DN3A 1TLAA 2RBRA 2QB0B 1DYDA 1L65A 246LA 1DYBA 3PDSA 1L33A 3DMVA 1C6HA 2ANXA 212LA 1D3FA 1QTVA 2F32A 4EKRA 261LA 3G3VA 3OE0A 4W53A 3SB6A 191LA 228LA 4LDLA 4EPIA 1C6BA 1C65A 126LA 256LA 1L07A 1L17A 237LA 1L85A 1L87A 3C82A 219LA 112LA 1L64A 1LW9A 4E97A 1QUDA 3HTFA 1T8AA 1NHBA 211LA 2B72A 1L12A 1L80A 2OTZX 5LZMA 1CU0A 1L60A 1LPYA 4GBRB 1C66A 2LC9A 1D3MA 1L30A 1P2LA 3DN6A 4W51A 218LA 1L18A 1CV3A 3L2XA 137LA 1C6PA 174LA 4YX7C 181LA 155LA 1L08A 3F9LA 1C64A 3V2WA 226LA 2O7AA 1L93A 3GUPA 254LA 190LA 225LA 3EMLA 1L14A 3DN1A 257LA 2B6ZA 1L05A 1LGUA 1SWYA 162LA 1L63A 1L81A 3C7YA 103LA 217LA 1L97A 198LA 1G0JA 1L0JA 2RBNA 1KY0A 1L25A 1L96A 1L67A 1WTHA 4YXCA 1L98A 3SB9A 4IAPA 1L04A 3CDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
199LA 5IDDA 2HU1A 1YKZX 3HUKA 5KKIA 1L19A 5LYTA 4M6DA 3W6CA 2BAAA 2HUBA 2LYZA 252LA 255LA 1B7MA 4HP0A 1B6IA 2ZIKA 4H91A 5A3ZA 1OV5A 1LHMA 253LA 3RUNA 1HF4A 1BB3A 1OUDA 4GCEA 1F0WA 3HT7A 1MLCE 1YAMA 4PPOA 187LA 1V7SA 251LA 1BB5A 4S0WA 138LA 1G7MC 1C61A 3GUJA 4ML7A 1YQVY 2B6YA 222LA 1L72A 168LA 1L58A 243LA 1CKCA 3PBLA 2DQJY 1QTCA 3HUQA 4DJHA 4NEBA 4QEQA 1DI3A 4WO9A 1HENA 244LA 4GN5C 4DD0A 1L09A 1P2CC 1QT4A 1JHLA 4KL7A 4OWBA 3ZEKA 1L88A 1L71A 5D5CA 1G7JC 1LZTA 3SB7A 1JPOA 1L0KA 1D3NA 5ILCA 1IOQA 1LJEA 1GFVA 4J1AA 1UIFA 1TBYA 5KXOA 5LVHA 9LYZA 1QT5A 4LYOA 2MECA 1CKGA 1CV1A 1LSCA 154LA 1HEOA 2BQDA 1GXV2 1GB2A 206LA 2OE9X 3FADA 125LA 5LINA 1LJFA 5DN5A 1GE1A 185LA 4WLTA 1QTZA 2BLYA 1LKSA 4I7KA 4B49A 1L59A 2BQHA 1WQQA 1KXYA 149LA 3W6AA 1L15A 1YKYX 2ZNWY 1HFZA 3WPJA 1WQOA 1QDTA 171LA 2EQLA 4OOOA 133LA 4EOFA 1UIHA 2ZWBA 2BPUA 4DD2A 2LYMA 3K2RA 1L11A 3QNGA 194LA 1L91A 5FHWA 165LA 3TXGA 4I7SA 1L79A 2RBOA 4O34A 1C6JA 4I7RA 1GFUA 1L62A 1D6PA 3EMSA 236LA 4BAFA 4R0FA 1QTKA 3WXTA 177LA 1GE3A 1PQOA 1OUIA 4XJGA 2BQMA 2RAZX 2EPEA 1IX0A 1HMKA 1OUEA 3FI7A 1IOSA 1HMLA 3HT9A 1LGXA 3P65A 4HTNA 1B7NA 3HDFA 196LA 1JKBA 1I56A 4ARQB 4OWEA 5IHGA 3A95A 4W57A 2RB1X 1QS5A 1VDPA 3VW7A 5FELA 4LYZA 1L52A 4H94A 4H9FA 2HEEA 4G4HA 1IY4A 1LJKA 5F81A 250LA 4IJ4A 1GF0A 1YL1X 3HDEA 2B6TA 1CUQA 2YSSC 4EJ4A 1P64A 1G7IC 3HBEX 1OUBA 172LA 1L46A 3HTDA 5ILFA 1L66A 1W6ZA 1UC0A 1PQMA 4WL6A 4WM3A 1LLHA 4RW1A 1YIKA 2G4QA 1C68A 1GE0A 4GCCA 4I8SA 4I7TA 1C6CA 5JENB 1G0QA 5KXSA 148LE 2OU8A 5LYZA 1C6TA 5KXRA 3HWLA 5C6JA 1LSPA 2DQEY 1L47A 3ODUA 3P4ZA 4Z98A 4EKSA 1JQUA 2XJWA 1C6GA 1T8FA 205LA 4N1CC 1FLUA 1L54A 195LA 2L78A 4G4BA 1PQDA 5M1YA 2B73A 1L44A 3G3WA 3W6DA 229LA 3SBAA 1L77A 1L42A 248LA 4YM8A 1SSYA 1L20A 4R6CA 1IC5Y 1ZMYL 4GN4A 3SB8A 3AZ6A 2YDGA 1F6SA 4XJDA 2LZ2A 4EXMA 1JWRA 1P3NA 1WQRA 3GUKA 1C08C 2IHLA 2BQEA 1DYEA 2BQFA 241LA 1P7SA 1TCYA 1GBXA 5LA5A 1CU3A 1XEJA 1MELL 1D3JA 170LA 4NFVA 3W3EA 4DYGA 1EQEA 2LZMA 4I7LA 1LJIA 1L39A 127LA 1LSAA 1ZV5L 1L24A 1LI2A 1CKDA 161LA 4ARQA 1CV6A 2BQCA 1JEFA 4NGZA 1CV5A 4WMGA 4B0DA 4EPFA 4YENA 1WTNA 2Z2FA 1QTEA 4HJYA 1YANA 145LA 1C6FA 122LA 2HTXA 208LA 2Q0MX 1P46A 3GUMA 2Z39A 1TLAA 1GE4A 4GLVA 1L33A 3DMVA 1VDQA 3TMXA 1C6HA 1DZBX 1LPIA 261LA 4W53A 5IELA 1DQJC 1C6BA 4DD7A 1IC7Y 1LSMA 4D9ZA 1BHZA 237LA 3F6ZA 1L85A 1HEPA 1L87A 1YL0X 2D4JA 112LA 1L64A 1LW9A 1LZ6A 4E97A 1QUDA 3BKVA 1L12A 5LZMA 2OTZX 5E4PA 1IWUA 1LPYA 1GWDA 3DN6A 1UCOA 4W51A 2W1LA 5KXKA 1VAUA 4RLNA 4ETEA 1L08A 2G4PA 1IEEA 2MEIA 1IP6A 2G4NA 2BQLA 5FDJA 3GUPA 3CT0A 3EMLA 1LMTA 162LA 1L81A 1LHLA 2CJLA 103LA 4U3XB 4CGEA 2RBNA 4YOPA 1KY0A 1WQNA 1LMPA 1NDMC 1JSEA 4TWSA 2FBBA 4FDYA 1L98A 4KT3A 3WVXA 3SB9A 4PJ2C 4NSHA 4IAPA 1L04A 3CDQA 3IWRA 3GXRA 1IP2A 4PK0A 1CX7A 1L57A 4L41A 1L92A 1P36A 1DYCA 1G0PA 4WM1A 2A4TA 2GV0A 3CSRA 1L49A 4P2EA 4C3WA 146LA 3WYHA 1CNSA 4N1EI 1KIPC 3RZ4A 6LZMA 1RCMA 3N9EA 4ETBA 1KW5A 2OU9A 4GCFA 2I25L 1AT5A 3AGGG 2LYOA 1BB7A 3M18B 3L64A 2F4GA 1DYAA 2B6XA 3FI5A 4G49A 1P56A 129LA 1C6DA 2F4AA 2A7DA 2BQAA 3CT1A 2DQHY 4RLMA 4J7VA 4NGKA 1IIZA 4J0LA 4ARPA 4KPMA 1D0KA 1QTDA 1OVJA 1L16A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 199L A;  5IDD A;  2HU1 A;  1YKZ X;  3HUK A;  5KKI A;  1L19 A;  5LYT A;  4M6D A;  3W6C A;  2BAA A;  2HUB A;  2LYZ A;  252L A;  255L A;  1B7M A;  4HP0 A;  1B6I A;  2ZIK A;  4H91 A;  5A3Z A;  1OV5 A;  1LHM A;  253L A;  3RUN A;  1HF4 A;  1BB3 A;  1OUD A;  4GCE A;  1F0W A;  3HT7 A;  1MLC E;  1YAM A;  4PPO A;  187L A;  1V7S A;  251L A;  1BB5 A;  4S0W A;  138L A;  1G7M C;  1C61 A;  3GUJ A;  4ML7 A;  1YQV Y;  2B6Y A;  222L A;  1L72 A;  168L A;  1L58 A;  243L A;  1CKC A;  3PBL A;  2DQJ Y;  1QTC A;  3HUQ A;  4DJH A;  4NEB A;  4QEQ A;  1DI3 A;  4WO9 A;  1HEN A;  244L A;  4GN5 C;  4DD0 A;  1L09 A;  1P2C C;  1QT4 A;  1JHL A;  4KL7 A;  4OWB A;  3ZEK A;  1L88 A;  1L71 A;  5D5C A;  1G7J C;  1LZT A;  3SB7 A;  1JPO A;  1L0K A;  1D3N A;  5ILC A;  1IOQ A;  1LJE A;  1GFV A;  4J1A A;  1UIF A;  1TBY A;  5KXO A;  5LVH A;  9LYZ A;  1QT5 A;  4LYO A;  2MEC A;  1CKG A;  1CV1 A;  1LSC A;  154L A;  1HEO A;  2BQD A;  1GXV 2;  1GB2 A;  206L A;  2OE9 X;  3FAD A;  125L A;  5LIN A;  1LJF A;  5DN5 A;  1GE1 A;  185L A;  4WLT A; 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