1OYUA

Long-distance conformational changes in a protein engineered by modulated sequence duplication
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
173
structure length
173
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAINAAKSELDKAIGGGGGGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Long-distance conformational changes in a protein engineered by modulated sequence duplication
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 52
structure length 173
sequence length 173
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1oyuA00
2NTHA 3HTBA 1L56A 1L77A 3GUOA 1L65A 2B6WA 3HH6A 3CDQA 2O79A 201LA 1L30A 1CX6A 4W56A 1L63A 6LZMA 3CDOA 125LA 4W59A 1CVKA 1QTZA 3C82A 165LA 1DYGA 1G0QA 144LA 1QTHA 187LA 127LA 126LA 2B73A 3C8SA 1L75A 3C7WA 1C6JA 156LA 4AQNA 1DYDA 3C8RA 1C62A 4I7QA 2B6ZA 1L10A 2F2QA 1LI2A 1QT8A 185LA 1C6CA 192LA 169LA 131LA 4ZPUA 3CDVA 3HT7A 4YXAC 2LZMA 190LA 1LYHA 3C83A 224LA 171LA 1LYFA 213LA 175LA 2B6YA 2RB0X 2RBRA 2B75A 200LA 2OEAX 2HULA 3EMLA 3OE9A 4W52A 3G3VA 1OWYA 1D3FA 1L48A 4W58A 4EKQA 1PQIA 3QAKA 109LA 1D3NA 1JTNA 1L21A 1QTDA 261LA 2Q9DA 119LA 3HUQA 1G1WA 161LA 1L93A 1CUPA 4ARMB 108LA 1JQUA 230LA 168LA 1LYJA 1L50A 1LYIA 3K2RA 1D2YA 1G1VA 103LA 1L06A 3VW7A 2OTYX 1P56A 2QARC 1L68A 1QTBA 4ARMA 209LA 1CV4A 1LGXA 1L58A 1L39A 2B70A 3RUNA 1I6SA 113LA 1L0JA 1L43A 1L33A 1C6TA 2B6XA 3HU8A 163LA 1QS5A 3GUKA 1LYGA 1L57A 2OE4X 3SB9A 1QT3A 237LA 3GUPA 1L19A 1P64A 1QT6A 1LYDA 1L95A 1L76A 140LA 1LLHA 2RAYX 1ZURA 1L60A 1L72A 262LA 257LA 1L11A 1QUDA 3HTGA 160LA 1L81A 189LA 1OWZA 4DKLA 1WTHA 3DMXA 1QSQA 3GUMA 4I7NA 130LA 232LA 166LA 4EPIA 205LA 177LA 4W55A 173LA 1CV1A 172LA 1SSYA 1XJTA 1L89A 1OV5A 3CDTA 1C6QA 1QT7A 150LA 238LA 1L86A 1L28A 2OE7X 3HUAA 1T6HA 1P5CA 3PDSA 1P3NA 159LA 231LA 3HUKA 1L91A 1L82A 2O4WA 1L85A 1L32A 1L29A 1L64A 1KW7A 1L16A 1L07A 1ZYTA 1L62A 228LA 3DN3A 4I7OA 4EPFA 1L49A 245LA 3HT8A 206LA 151LA 215LA 129LA 145LA 1KY0A 1SSWA 4I7KA 4EJ4A 1L45A 1OVHA 217LA 2OU9A 3DNAA 1C6EA 1CU6A 3SN6R 1P2RA 3OE6A 211LA 2RBNA 1C68A 114LA 2ANXA 1C6AA 1L40A 2NTGA 242LA 4YXCA 1L92A 4YX7C 223LA 2ANVA 3DKEX 254LA 3C80A 2RBPA 1L26A 3DN2A 1OV7A 212LA 3C7YA 1CU2A 107LA 2OE9X 137LA 139LA 1C60A 162LA 1G0JA 183LA 1P2LA 3GUNA 2F32A 1QT5A 3OE8A 250LA 4I7PA 210LA 1L83A 1LGWA 4I7SA 4DJHA 1KNIA 2LC9A 240LA 244LA 1C6HA 1KS3A 1QT4A 259LA 4ARLA 197LA 219LA 3RZEA 3HTDA 3DN0A 4W57A 2QB0B 184LA 3SB8A 1L71A 214LA 1B6IA 4I7RA 1QSBA 148LE 164LA 1OVKA 1G07A 1C69A 1G0PA 3FI5A 1P7SA 1L61A 246LA 1G06A 1D3MA 4PK0A 3HH3A 1LI6A 1KW5A 3DN8A 3DMZA 1CU3A 120LA 2RBQA 4LDEA 1QTCA 1JTMA 3FADA 3HDFA 167LA 1C6LA 3DN1A 1LI3A 2RB1X 1OYUA 1L94A 1L35A 198LA 180LA 2OTZX 1TLAA 1T8AA 3NY8A 1DYCA 191LA 4W51A 1G0GA 1C6KA 1PQDA 225LA 4EKSA 3SB6A 2RAZX 1L74A 4ARPA 1G0LA 4ARQB 1D3JA 3G3WA 1C6IA 1EPYA 112LA 143LA 1L96A 1P36A 3F9LA 1L05A 1L51A 1QTVA 4DAJA 216LA 3SB5A 3V2YA 1XJUA 1SWZA 1CU0A 1DYAA 1L79A 1QUOA 229LA 5LZMA 1C6DA 2LCBA 1L27A 1L13A 1K28A 1L90A 1L44A 3C81A 3SBBC 1L41A 3GUIA 2B7XA 2RBOA 253LA 3GULA 1L12A 1CV5A 146LA 1DYFA 110LA 123LA 1L04A 1C6FA 1L34A 1L52A 3HT9A 3DN6A 4GBRB 2O7AA 2B6TA 2B72A 1L99A 1DYEA 4S0WA 1G0KA 3FA0A 1C66A 1L98A 3OE0A 2CUUA 1L08A 1L25A 2RBSA 1QUGA 188LA 4EKPA 252LA 1KY1A 181LA 1PQMA 1L14A 3V2WA 1L70A 1LW9A 3GUJA 1L84A 235LA 2Z6BA 186LA 3HU9A 3C7ZA 176LA 1L37A 1CUQA 4IAPA 1QUHA 1C6PA 1LWGA 128LA 1P6YA 104LA 222LA 4LZMA 147LA 1L69A 3CDRA 1C64A 1L15A 226LA 1CV0A 1OVJA 122LA 1L47A 1P37A 2OU8A 3DN4A 3HTFA 3L2XA 1L24A 2HUMA 1CTWA 1L54A 4I7TA 149LA 1G0MA 2B74A 3NY9A 157LA 3DMVA 102LA 3F8VA 3PBLA 3HH4A 247LA 2L78A 241LA 251LA 236LA 1L38A 1PQKA 1PQJA 233LA 243LA 1L42A 2Q9EA 4EKRA 7LZMA 4K5YA 1L55A 1L03A 3ODUA 4GRVA 4W54A 1SX2A 3LZMA 3D4SA 1C61A 158LA 138LA 1L36A 1T97A 1L02A 142LA 1L88A 170LA 1D2WA 1DYBA 1SWYA 2A4TA 220LA 239LA 3G3XA 1CU5A 4E97A 2HUKA 141LA 4I7LA 1L09A 2IGCA 1L53A 260LA 1L20A 248LA 3UONA 1D9WA 1L59A 1NHBA 1PQOA 1LPYA 1L46A 1C6NA 115LA 1L87A 1T8FA 4PJZA 111LA 1P46A 3SB7A 1LWKA 1L17A 152LA 1L18A 3HWLA 218LA 155LA 3SBAA 178LA 5I14A 1C67A 2RB2X 3C8QA 196LA 3L64A 1T8GA 4LDOA 4I7MA 1XEPA 4ARQA 174LA 1SX7A 1QS9A 234LA 1L01A 3HDEA 227LA 1CV6A 1L31A 1L67A 1ZWNA 258LA 1C6MA 182LA 1C6GA 1L80A 1LGUA 4I7JA 4ARJA 1LYEA 2F47A 1L23A 255LA 3NYAA 195LA 1L66A 2OU0X 1L97A 1L73A 2RH1A 1CV3A 3HT6A 221LA 1C6BA 1L22A 199LA 4LDLA 4EXMA 3HH5A 1C63A 249LA 3JR6A 4OO9A 1C65A 118LA 1CX7A 1L0KA 4W53A 1L00A 256LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GFRA 207LA 3HTBA 2W1LA 1L65A 2MEIA 1IC7Y 3CDQA 3EBAB 1IVMA 1L63A 3FI7A 2YBNA 125LA 2G4PA 1LJ4A 1QTZA 1FDLY 4ETAA 1LMCA 1DYGA 2VB1A 1G0QA 1ZVYB 127LA 3WUAA 3C8SA 3C7WA 1C6JA 1XGQC 1C62A 3GXRA 6LYZA 1FKVA 3WULA 2D6BA 5DN5A 2XQOA 1UIFA 1FN5A 4I0CA 1LI2A 1YKZX 2DQGY 3CDVA 1AT6A 1LYHA 1LZGA 1LYFA 4FJRA 175LA 2RB0X 3EMSA 2LYZA 3OE9A 4W52A 5J7CA 5LVKA 4L41A 5HMVA 1PQIA 1IR9A 3QAKA 1D3NA 1QTDA 119LA 3LHMA 1IWUA 4QDNA 2G4NA 1CUPA 1CKGA 1JQUA 1UC0A 230LA 2F4GA 1L50A 1LYIA 1REXA 1VDPA 1D2YA 1G1VA 1KXYA 1JISA 1L06A 5IHGA 3M3UA 1P56A 1HEMA 2CDSA 2Z37A 209LA 1C46A 1L58A 2Z19A 3HBHA 3RUNA 1FLYA 1LSPA 1JSEA 3MGWA 2B6XA 163LA 3GUKA 3HBEX 3SB9A 1HEWA 1QT6A 2I26L 5M1YA 4ANRA 2DQDY 1ZURA 3G3BB 1VDSA 1AZFA 2MECA 1L11A 1GB7A 5FELA 3N9CA 1YAOA 1AKIA 1OWZA 1WTHA 1B9OA 4QEQA 232LA 5HNLA 166LA 1UACY 4EPIA 2Y8PA 205LA 4PRQA 4R6CA 7LYZA 1GDXA 4WLXA 3CDTA 2BQMA 2DQHY 5KXXA 1L28A 2Z2FA 1JEFA 1T6HA 1P3NA 4J0LA 5KXTA 4DD7A 4KXIA 1L91A 1QSWA 1DKKA 1L85A 1JJ0A 1JTTL 1L07A 1ZYTA 4WO9A 228LA 245LA 1DPWA 4NGVA 215LA 129LA 145LA 4LYOA 5LYZA 217LA 3DNAA 3CT0A 1B5XA 2ANXA 1C6AA 1OUFA 1L92A 1YL0X 4PJ2C 3DKEX 1GEZA 3CSRA 4DD9A 4I8SA 3DN2A 1WQRA 1OV7A 4OWBA 5HMJA 1KIRC 1C60A 162LA 1I56A 2MEFA 4NGYA 4OOOA 5DL9A 1QT5A 4WOAA 4WLYA 4C5FA 2BAAA 3OE8A 4DJHA 1UIHA 240LA 1XSFA 244LA 1JITA 5KJ9A 4ARLA 197LA 1LMNA 3HTDA 3OK0A 2QB0B 3SB8A 4A7DA 5B1FA 3BKVA 1B6IA 1OUIA 164LA 1OVKA 1C69A 4PPOA 1O23A 3HH3A 1LHKA 120LA 4DDCA 1REZA 1C7PA 1QTCA 4DQ7A 1VDQA 1B5ZA 1OYUA 4LYCA 5IDDA 1GB9A 198LA 3NY8A 1FBIX 4H9BA 1GEVA 1G7JC 1OUBA 1OQMA 4W51A 4EKSA 4YENA 3SB6A 1L74A 1LZCA 4ET8A 2DQCY 1C6IA 1XGRC 143LA 1L05A 4ML7A 4DAJA 3WU7A 1CU0A 1GFGA 1RFPA 1LHMA 4LGKA 4AGAA 1QIOA 1C6DA 1L13A 1WQPA 4M6DA 1L44A 4G4HA 5I53A 1UIDA 2B7XA 253LA 2HECA 123LA 1QDTA 4KT3A 4KPMA 2CUUA 1L08A 1GXV2 4QGZA 1YIKA 134LA 181LA 1YKXX 1YROA 1LMTA 2YBMA 1L70A 4IJ4A 1LJNA 4GN3A 3ZVQA 4TWSA 1LCNA 176LA 1L37A 4G9SA 1WQMA 4IAPA 1LWGA 1P6YA 5KXPA 1ALCA 1GAZA 1LSCA 3A90A 3J6KA 4WO6A 3GXKA 1OUCA 1LSFA 5LYTA 1L47A 1A4VA 4WMGA 2B74A 4YEOA 157LA 102LA 3SP3A 1QSAA 247LA 133LA 5I5QA 5LAGA 233LA 243LA 7LZMA 1L55A 1JTOL 1L03A 4GRVA 1SX2A 1LJEA 4HTKA 2BQDA 1L02A 3T6UA 1D2WA 220LA 2Z38A 239LA 3G3XA 1CU5A 4E97A 1FLWA 4I7LA 4OOTA 3A67Y 2C8PA 1L20A 1WVUA 1PQOA 1LPYA 1ZV5L 1HEOA 3W6FA 4W96A 1RI8B 3B0OA 1LWKA 1LYSA 1B2KA 4IATA 1G7IC 1LZ8A 1FKQA 5FDJA 2BQGA 3P66A 5I14A 3L64A 1OUDA 4LDOA 4I7MA 1XEPA 174LA 3E3DA 2ZQ4A 3HDEA 3CSZA 8LYZA 4DD2A 1L67A 1ZWNA 1C6MA 1GFAA 1LJ3A 4ARJA 1LYEA 3EXDA 3CT1A 5C6JA 1L66A 1LZ9A 2I6ZA 3WPJA 1L73A 2RH1A 221LA 4XJDA 4NSHA 3HH5A 249LA 1HELA 1CX7A 6LYTA 1BWHA 4ZFPA 2Z12A 256LA 1LSDA 1JHLA 2CGIA 4RW2A 2B6WA 2O79A 1GFVA 3A3RX 1CX6A 6LZMA 1QTKA 1NHEA 1KXWA 3TXDA 1NQIA 3AB6A 2HU3A 1IORA 5APCA 3TXKA 3C8RA 1DPXA 1ZMYL 4NSJA 1GPQC 4B0DA 4H94A 4ETEA 4NFVA 4UWVA 192LA 169LA 1GBWA 131LA 1GF0A 3AGHA 4ZPUA 4UWUA 4NSIA 190LA 1CKCA 171LA 4TX7A 4GLVA 1UCOA 213LA 5E4PA 3EMLA 5A3ZA 3G3VA 1D3FA 4EKQA 1FLUA 109LA 1JTNA 3LYOA 261LA 2F30A 1HFXA 1HMLA 153LA 3QY4A 1SLYA 1J1OY 2NWDX 4ARMA 4TTDA 1CV4A 3WPLA 1H6MA 4NGJA 2B70A 3CT5A 1L43A 4XJHA 1GB5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GFR A;  207L A;  3HTB A;  2W1L A;  1L65 A;  2MEI A;  1IC7 Y;  3CDQ A;  3EBA B;  1IVM A;  1L63 A;  3FI7 A;  2YBN A;  125L A;  2G4P A;  1LJ4 A;  1QTZ A;  1FDL Y;  4ETA A;  1LMC A;  1DYG A;  2VB1 A;  1G0Q A;  1ZVY B;  127L A;  3WUA A;  3C8S A;  3C7W A;  1C6J A;  1XGQ C;  1C62 A;  3GXR A;  6LYZ A;  1FKV A;  3WUL A;  2D6B A;  5DN5 A;  2XQO A;  1UIF A;  1FN5 A;  4I0C A;  1LI2 A;  1YKZ X;  2DQG Y;  3CDV A;  1AT6 A;  1LYH A;  1LZG A;  1LYF A;  4FJR A;  175L A;  2RB0 X;  3EMS A;  2LYZ A;  3OE9 A;  4W52 A;  5J7C A;  5LVK A;  4L41 A;  5HMV A;  1PQI A;  1IR9 A;  3QAK A;  1D3N A;  1QTD A;  119L A;  3LHM A;  1IWU A;  4QDN A;  2G4N A;  1CUP A;  1CKG A;  1JQU A;  1UC0 A;  230L A;  2F4G A;  1L50 A;  1LYI A;  1REX A;  1VDP A;  1D2Y A;  1G1V A;  1KXY A;  1JIS A;  1L06 A;  5IHG A;  3M3U A;  1P56 A;  1HEM A;  2CDS A;  2Z37 A;  209L A;  1C46 A;  1L58 A;  2Z19 A;  3HBH A;  3RUN A;  1FLY A;  1LSP A;  1JSE A;  3MGW A;  2B6X A;  163L A;  3GUK A;  3HBE X;  3SB9 A;  1HEW A;  1QT6 A;  2I26 L;  5M1Y A;  4ANR A;  2DQD Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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