1P36A

T4 lyoszyme core repacking mutant i100v/ta
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALVNMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p36A00
3NY8A 165LA 4LDEA 237LA 146LA 2OEAX 1L84A 1SSYA 3HTGA 2IGCA 1L17A 4GBRB 3SB7A 1L23A 1L08A 1LYHA 3C7WA 1L12A 3CDVA 166LA 1D2WA 1KW7A 1P37A 3GUOA 1DYFA 4I7MA 1PQIA 3SBAA 247LA 4I7JA 1OWYA 4ARMA 1L39A 1QSBA 254LA 161LA 217LA 4OO9A 150LA 189LA 3C7ZA 1I6SA 159LA 2RBSA 3HH5A 109LA 2OE7X 3C82A 3HU8A 4W58A 1L87A 1D3FA 4YXAC 1LGWA 4W54A 177LA 5I14A 138LA 181LA 1T8FA 1C6PA 1PQJA 1LW9A 160LA 4I7RA 209LA 4ARJA 1QT8A 2RBPA 191LA 1QUOA 126LA 4LDOA 2RBQA 4S0WA 3HDEA 259LA 2HULA 1C6TA 1QUDA 236LA 3NYAA 1L41A 3DMVA 3F9LA 251LA 1QTVA 3DN1A 1L29A 3VW7A 190LA 1L09A 1L38A 1L69A 1L0JA 1QTCA 1ZURA 173LA 1C6KA 257LA 1PQMA 2RBRA 1L11A 4EKQA 216LA 1L34A 3L2XA 1LWGA 1QTBA 1L50A 2L78A 186LA 140LA 1L26A 1L59A 2B74A 3DNAA 4EJ4A 1L74A 1LGUA 212LA 3DKEX 1L64A 1C69A 3DN8A 4ARLA 4EKPA 4I7KA 221LA 1CU5A 1L01A 4W52A 4DJHA 2RH1A 2CUUA 222LA 1P36A 3SB6A 1C6DA 233LA 241LA 1L00A 197LA 1L94A 157LA 1ZWNA 4I7LA 2RB0X 1CV3A 1XJTA 1G0PA 1DYBA 223LA 3GUJA 1L71A 1P6YA 3DN4A 231LA 220LA 2OE9X 1L0KA 1L15A 1CUPA 2B6XA 2RB1X 104LA 214LA 1LYJA 1OV7A 1G0JA 120LA 1P5CA 1L76A 234LA 3GUPA 1KW5A 2OTZX 7LZMA 3EMLA 168LA 255LA 3GUNA 3OE0A 3CDQA 1ZYTA 1LPYA 225LA 3V2WA 1C6FA 185LA 1LI2A 213LA 114LA 152LA 205LA 1JQUA 1L83A 2F2QA 3HH6A 2B7XA 127LA 3DN0A 4YXCA 3K2RA 169LA 1DYEA 1G0MA 1L28A 1LLHA 3OE6A 4ARMB 142LA 1L55A 174LA 3HT6A 1OYUA 172LA 1QT4A 3GUMA 1P46A 4K5YA 1EPYA 110LA 3GULA 1L33A 1KY0A 3C81A 1G0QA 1L14A 250LA 2B72A 1C67A 1LGXA 196LA 1L22A 1CU6A 1L99A 1L67A 228LA 1QS5A 2NTHA 1L40A 1CU3A 4YX7C 2F47A 210LA 1L92A 125LA 1G06A 2LCBA 195LA 1L66A 145LA 107LA 2LC9A 3SN6R 3GUKA 163LA 1G0LA 246LA 4W57A 1DYCA 1L98A 1OWZA 1QUHA 1QS9A 3DN6A 2B75A 240LA 102LA 1D3MA 3C8SA 226LA 4PJZA 3JR6A 4LDLA 1L85A 3CDRA 1L57A 1L07A 129LA 1T8GA 2OTYX 3C80A 1L60A 1SWZA 1C6CA 122LA 3ODUA 144LA 3DN3A 171LA 4W51A 1CU0A 1G1VA 239LA 1P2LA 1L30A 108LA 137LA 1L54A 1L42A 1C6LA 215LA 1L73A 143LA 4IAPA 128LA 1L44A 1L89A 2RB2X 1L46A 141LA 1L91A 2B6YA 180LA 1CUQA 1C61A 1LYGA 3C8QA 1L53A 232LA 162LA 1L93A 1CTWA 1C6EA 1L20A 1CVKA 2Q9EA 1C68A 4I7PA 1D3JA 200LA 175LA 1C60A 119LA 1QT5A 1LI6A 2Q9DA 3HTFA 112LA 229LA 4W56A 1QTHA 2A4TA 1C62A 3FI5A 4GRVA 2B70A 1NHBA 2OU9A 1SX7A 1K28A 113LA 151LA 176LA 1T97A 201LA 3DMZA 178LA 1C66A 4I7OA 1TLAA 4ARPA 1XJUA 147LA 1L16A 6LZMA 1L35A 3DMXA 248LA 1L49A 2HUMA 4I7TA 1C6HA 1L27A 155LA 1L62A 1L04A 253LA 4W53A 1C63A 1C6JA 4E97A 1PQOA 2RBNA 1T8AA 2B6WA 2Z6BA 4LZMA 2RAZX 1OVHA 3SB8A 170LA 1C6MA 3CDOA 1QSQA 1LI3A 1QT7A 1D3NA 3HUQA 3V2YA 245LA 149LA 1G0KA 227LA 1L75A 1L47A 3UONA 3HH3A 3HTDA 4I7SA 182LA 1C6GA 1L19A 1KS3A 4W55A 3HUKA 1L90A 1L56A 148LE 1G0GA 4EPFA 3HH4A 187LA 1QT6A 2OU0X 199LA 167LA 111LA 1SX2A 3HTBA 3HWLA 4PK0A 3CDTA 3DN2A 2ANVA 2O79A 1CX6A 3PDSA 1C6BA 1L32A 235LA 2B73A 1L24A 3C8RA 3RZEA 2F32A 1P64A 206LA 3HUAA 3GUIA 4ARQA 1C64A 1OV5A 1L61A 1L05A 3NY9A 1G07A 3HDFA 1T6HA 1SWYA 1CV5A 3SB9A 1L21A 1L81A 3FA0A 262LA 164LA 1XEPA 1JTNA 4EKSA 3LZMA 1L77A 183LA 3PBLA 1CV6A 1L52A 2ANXA 2NTGA 184LA 219LA 3HT7A 1C6AA 156LA 242LA 218LA 1PQKA 1JTMA 1L97A 1KNIA 1L13A 1OVJA 2B6TA 3SBBC 1DYGA 1L80A 3HT8A 258LA 1C6NA 3C7YA 3D4SA 1WTHA 1L02A 1L88A 1LYDA 2O4WA 1KY1A 4I7NA 1CU2A 244LA 1C6QA 1L36A 211LA 1L68A 1L72A 1L86A 118LA 188LA 260LA 3HU9A 1P56A 139LA 130LA 3G3VA 1L18A 1D9WA 4DKLA 103LA 2LZMA 2QARC 252LA 3G3WA 3F8VA 192LA 3G3XA 4W59A 4DAJA 1G1WA 1L31A 1QTZA 3C83A 1DYDA 1SSWA 256LA 1LYIA 4EXMA 3HT9A 4ZPUA 3FADA 1QTDA 3L64A 1L45A 4EPIA 5LZMA 3QAKA 1L95A 1QUGA 1L65A 1B6IA 1C65A 2B6ZA 1CV1A 158LA 1CX7A 198LA 1L70A 1L43A 1LYFA 2OE4X 1L58A 4EKRA 230LA 224LA 2HUKA 1D2YA 1LWKA 2QB0B 1C6IA 1L25A 3OE8A 131LA 1L82A 1L51A 2RBOA 2OU8A 1L79A 4I7QA 1DYAA 1OVKA 1L37A 1L96A 3SB5A 1CV0A 123LA 4AQNA 2RAYX 238LA 1L63A 1PQDA 4ARQB 1CV4A 1LYEA 243LA 1L03A 249LA 1L06A 3OE9A 2O7AA 1P7SA 1L10A 3RUNA 1QT3A 115LA 1P2RA 261LA 1L48A 1P3NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NQIA 1IY3A 3SB7A 2Z2EA 1L23A 1L08A 5LIOA 4KPMA 3D9AC 166LA 1D0MA 3GXRA 4X3BA 4NHQA 9LYZA 4XJBA 3MGWA 1P37A 3GUOA 3SBAA 1OWYA 4ARMA 4H9FA 3RNXA 1IR7A 4XJIA 150LA 1I6SA 159LA 3AGHA 109LA 3C82A 3HU8A 4C5FA 1LJ3A 1D3FA 2BAAA 1LHJA 181LA 3D3DA 1PQJA 1QTKA 4H8YA 1QT8A 3TXEA 191LA 1YAOA 1Z55A 4LDOA 4G9SA 259LA 1C6TA 1L41A 1A4VA 1WVUA 1EQEA 2Z2FA 3WXUA 1L38A 1L0JA 4LYOA 1ZURA 173LA 1FLUA 257LA 1L11A 1GF9A 4EKQA 1LSBA 216LA 3AW6A 3P64A 3L2XA 1L50A 1YL0X 1L26A 3EBAB 4HPEA 1LHKA 1C10A 1LZBA 3CSZA 1GAYA 1UBZA 193LA 4EKPA 4I7KA 4W52A 4DJHA 222LA 3SB6A 233LA 4PRQA 3LHMA 4I7LA 1LZTA 2G4QA 1XJTA 2YBJA 4OWEA 4KXIA 4WOAA 4WM2A 4DDCA 1CJ8A 3SP3A 2OE9X 2YBMA 1L0KA 1CUPA 1W6ZA 4LZTA 1G0JA 1BB3A 5EBHA 234LA 1QTEA 3GUPA 2W1XA 3OE0A 1ZYTA 225LA 4QGZA 3V2WA 4J0LA 1IWWA 213LA 1JKAA 1LSYA 3W6AA 1L83A 1GDWA 5T3FA 2C8OA 4RLMA 3B0KA 4LGKA 1CJ9A 3ZEKA 1HEMA 2LYZA 1G0MA 2HTXA 142LA 1UC0A 1YIKA 3N9EA 3W6BA 4KT3A 5HQ1A 3RU5A 1P46A 110LA 2Z19A 2YBLA 4OW1A 1F10A 3AJNA 1QS5A 1YKZX 1IP1A 1GE3A 1L40A 2HEDA 1CU3A 4DWXA 4YX7C 1O23A 1G06A 2MEIA 2BQGA 5F14A 107LA 163LA 134LA 1HHLA 246LA 4BS7A 1DYCA 1IR9A 240LA 2LZTA 102LA 1VDSA 1L85A 5D5CA 1LHIA 2OTYX 3C80A 3ZVQA 1CKGA 4XN6A 1CU0A 5LYMA 1P2LA 2BQNA 1GHLA 1SLYA 215LA 1UIFA 5LYTA 1L89A 1L46A 2HECA 1XGRC 2LYOA 5LVGA 1L53A 4E3UA 1I56A 1C6EA 3IWRA 4WO6A 1C46A 175LA 1WQMA 3TXBA 1C60A 119LA 1LI6A 2Q9DA 4W56A 1QTHA 1C62A 1IC5Y 1NHBA 2PC2A 1AT6A 176LA 1FN5A 4DD3A 7LYZA 1C66A 2X0AA 1IOTA 2GV0A 1TLAA 1XJUA 1LHLA 1OUJA 5E4PA 1GFJA 4MSTA 1GF3A 1JKDA 4RW1A 1LYSA 1L62A 1C63A 1T8AA 2B6WA 2Z6BA 2XBSA 1LJEA 1CKCA 1F0WA 2DBTA 1FKQA 4FJRA 3HUQA 4DD0A 4XYYA 5LVIA 8LYZA 4WM5A 3HTDA 1LZNA 2D6BA 1L90A 4QEQA 4W96A 3LYMA 187LA 4QY9A 167LA 1GF0A 2G4NA 1SX2A 4NSIA 1C7PA 4PK0A 5KXTA 1HC0A 4WG7A 1RCMA 2ANVA 1C6BA 3AZ6A 1L24A 3A95A 3RZEA 1LJGA 4NWEA 5D5FA 1G07A 3WUMA 2RSCA 6LYZA 4WMGA 3LN2A 1SWYA 1TDYA 5KKJA 3SB9A 1L21A 1VATA 1B5VA 2BQOA 262LA 164LA 1XEPA 5FDJA 2ZILA 3BKHA 183LA 1CV6A 2ZNWY 1C6AA 1PQKA 4H9CA 3SBBC 1C6NA 3C7YA 1WTHA 4OWAA 1LYDA 4MR1A 1KY1A 1HFYA 1EL1A 1L68A 4WL6A 1L86A 5LINA 2MEFA 188LA 1P56A 3G3VA 4J7VA 1XGTC 3A8ZA 1QIOA 3G3XA 4BADA 154LA 1UIGA 3WPLA 3C83A 4UWUA 2A7FA 256LA 5FHWA 4UWVA 1LMTA 4IASA 1QTDA 3L64A 3ULRA 5C6JA 5LYZA 2Z12A 1QUGA 2BLYA 1C65A 1GB7A 5FCPA 5ILCA 1TAYA 1L43A 1LYFA 1DI5A 4EKRA 1BB4A 2ZQ4A 2LHMA 1LWKA 2QB0B 5HMVA 1L82A 4I7QA 4Z98A 4XJGA 1IWUA 1PQDA 1CV4A 1JEFA 1L03A 1HEQA 1CKDA 2DQIY 3RUNA 1GEZA 1L48A 1JJ3A 1LMCA 1P3NA 2F4GA 4IATA 237LA 146LA 1H87A 1L84A 3HTGA 5AMYA 1LYHA 3C7WA 5KXZA 1L12A 1GFEA 1D2WA 1KW7A 1HNLA 4B0DA 2BQMA 1IP2A 4I7JA 1QSBA 2MEGA 4Z3MA 4HPIA 1L87A 4YXAC 1IWTA 3TMWA 1LMNA 4W54A 3HBEX 4TSBA 5I14A 138LA 1T8FA 4ETDA 1CKFA 1LZRA 126LA 4LT3A 1AKIA 1GD6A 3QNGA 1AM7A 3NYAA 3DMVA 3F9LA 1JTPL 1GBYA 1YANA 3DN1A 3WU7A 2YBHA 190LA 1GF5A 5LAFA 1L34A 3LYTA 1DZBX 1V7SA 4G4CA 140LA 186LA 4NGWA 2B74A 4NFVA 5E9RA 1KIRC 1L74A 212LA 1C69A 1LMOA 2YSSC 1FLYA 3WVYA 221LA 1CU5A 1L01A 1VEDA 1RI8B 1YAPA 241LA 4LFXA 4PGJB 4HV1A 1ALCA 3RT5X 4NG1A 2CGIA 223LA 1L71A 220LA 4H93A 1L15A 214LA 104LA 1NDMC 1LYJA 1OV7A 5FELA 1P5CA 3CT0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NQI A;  1IY3 A;  3SB7 A;  2Z2E A;  1L23 A;  1L08 A;  5LIO A;  4KPM A;  3D9A C;  166L A;  1D0M A;  3GXR A;  4X3B A;  4NHQ A;  9LYZ A;  4XJB A;  3MGW A;  1P37 A;  3GUO A;  3SBA A;  1OWY A;  4ARM A;  4H9F A;  3RNX A;  1IR7 A;  4XJI A;  150L A;  1I6S A;  159L A;  3AGH A;  109L A;  3C82 A;  3HU8 A;  4C5F A;  1LJ3 A;  1D3F A;  2BAA A;  1LHJ A;  181L A;  3D3D A;  1PQJ A;  1QTK A;  4H8Y A;  1QT8 A;  3TXE A;  191L A;  1YAO A;  1Z55 A;  4LDO A;  4G9S A;  259L A;  1C6T A;  1L41 A;  1A4V A;  1WVU A;  1EQE A;  2Z2F A;  3WXU A;  1L38 A;  1L0J A;  4LYO A;  1ZUR A;  173L A;  1FLU A;  257L A;  1L11 A;  1GF9 A;  4EKQ A;  1LSB A;  216L A;  3AW6 A;  3P64 A;  3L2X A;  1L50 A;  1YL0 X;  1L26 A;  3EBA B;  4HPE A;  1LHK A;  1C10 A;  1LZB A;  3CSZ A;  1GAY A;  1UBZ A;  193L A;  4EKP A;  4I7K A;  4W52 A;  4DJH A;  222L A;  3SB6 A;  233L A;  4PRQ A;  3LHM A;  4I7L A;  1LZT A;  2G4Q A;  1XJT A;  2YBJ A;  4OWE A;  4KXI A;  4WOA A;  4WM2 A;  4DDC A;  1CJ8 A;  3SP3 A;  2OE9 X;  2YBM A;  1L0K A;  1CUP A;  1W6Z A;  4LZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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