1P37A

T4 lysozyme core repacking back-revertant l102m/core10
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNMIFQIGETGAAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p37A00
4W51A 1SSYA 1C6QA 1L84A 1LGXA 1C65A 1P64A 1OVJA 130LA 1SSWA 1L87A 1OWZA 229LA 1L06A 183LA 1L33A 3GUJA 1L28A 2ANXA 222LA 1L30A 3SB7A 1L37A 1L01A 3NYAA 4GRVA 1QTDA 1C6AA 1C6KA 1L48A 180LA 1XJUA 1C63A 1QTCA 2RH1A 236LA 2RBSA 4PJZA 1C6EA 4YX7C 165LA 1L39A 125LA 1L45A 3SB9A 1L24A 1L89A 147LA 1LWGA 4I7RA 3HUQA 3F9LA 1KW5A 2B6ZA 1QT7A 1P56A 1LI2A 1L0KA 4W57A 220LA 1T6HA 1L81A 5LZMA 111LA 186LA 166LA 227LA 2ANVA 2IGCA 1D9WA 1L51A 4ARMB 1EPYA 1L47A 3DMZA 1L07A 7LZMA 3C8QA 123LA 1T8FA 4I7PA 244LA 253LA 249LA 230LA 182LA 4ARLA 3HU9A 129LA 3HUAA 3CDQA 3GUMA 2HUKA 3L2XA 3C7WA 177LA 1QT5A 3GUNA 4ARQA 1CX7A 1LGWA 1OVKA 4EPFA 131LA 4S0WA 4I7NA 3PBLA 247LA 1L18A 225LA 3VW7A 1LYIA 2OU8A 2B7XA 4EKSA 3DMXA 1L66A 108LA 2B6WA 3OE0A 1C6PA 1CV6A 1DYEA 199LA 1L11A 1JTMA 1QUGA 2OTZX 3DMVA 1L94A 259LA 174LA 251LA 1DYFA 1P36A 248LA 4IAPA 120LA 189LA 1C66A 1C6NA 1CV0A 246LA 243LA 4EJ4A 2CUUA 197LA 2Q9DA 3HT8A 2B72A 1L77A 2OU9A 1CU3A 1L69A 3GULA 217LA 1LYHA 1LYFA 1L03A 1G0LA 2HULA 1L22A 144LA 1L35A 1PQKA 4I7LA 1L14A 192LA 3DNAA 3EMLA 1L98A 195LA 209LA 1T8GA 143LA 224LA 1L61A 1L60A 1LI6A 1TLAA 3QAKA 1CV1A 201LA 1QTHA 196LA 1L86A 3FI5A 2QB0B 1KY0A 1L08A 1L21A 1L93A 3CDRA 1L25A 4W58A 1SWYA 219LA 3DN4A 3RZEA 4ARJA 2B6TA 1P7SA 1G1WA 1L19A 148LE 152LA 3OE8A 1ZYTA 1L09A 1L10A 1P5CA 3C80A 3RUNA 4EPIA 155LA 2NTGA 3HTBA 1L23A 1L55A 1L04A 1L58A 237LA 1L75A 258LA 1QS5A 1C69A 1SX7A 5I14A 254LA 1G0GA 211LA 167LA 176LA 3C81A 206LA 104LA 234LA 191LA 142LA 1L31A 2RAYX 1G0MA 2RBRA 1JQUA 3G3WA 1XJTA 4I7OA 1QUHA 175LA 1QSBA 185LA 2LZMA 4LDEA 138LA 3GUIA 1G0PA 1L12A 172LA 1QTVA 2LCBA 1L56A 2F2QA 3C7YA 3G3XA 3HUKA 1WTHA 1L92A 1L34A 1L97A 140LA 1C62A 3NY8A 1XEPA 128LA 238LA 1SX2A 139LA 3HDFA 169LA 2RB0X 1LPYA 1LI3A 1ZWNA 1L76A 4K5YA 1KW7A 3DKEX 1C6MA 1DYDA 2O79A 1DYAA 3L64A 1C68A 1D3JA 1JTNA 3HH6A 149LA 4AQNA 226LA 168LA 4EKPA 1C6IA 2RB1X 1L90A 109LA 1L82A 181LA 1LGUA 150LA 1QT3A 1L44A 212LA 1L54A 113LA 4W54A 1CUPA 1L46A 1OV5A 103LA 1P2RA 3C8SA 3G3VA 187LA 110LA 3GUOA 262LA 3LZMA 1L02A 2B6XA 145LA 146LA 1P46A 1L13A 1L32A 1DYBA 1I6SA 4I7TA 2RBNA 184LA 205LA 1L49A 159LA 1G06A 2OE9X 1C6FA 2RBOA 2RAZX 4W52A 200LA 1D3MA 122LA 1C6BA 1P3NA 126LA 4ARMA 210LA 3FA0A 1CVKA 1D2WA 157LA 235LA 6LZMA 1CTWA 1L68A 1CU5A 4I7MA 1QUDA 3DN0A 1G0QA 2RB2X 1NHBA 114LA 4YXAC 1L62A 190LA 1C6DA 3CDVA 198LA 2OEAX 3OE6A 216LA 3V2YA 1LYEA 255LA 2O7AA 3C8RA 4LDLA 3HH3A 1L85A 218LA 1KS3A 1CUQA 1C6LA 1G07A 1D3FA 1QSQA 1L72A 242LA 1G0JA 1L40A 3HTDA 1L74A 240LA 3HH5A 3SBAA 171LA 214LA 1L80A 4E97A 213LA 3CDTA 3SBBC 2RBPA 4ARQB 107LA 3V2WA 4W59A 1LYDA 1L59A 1L88A 1L26A 1L96A 156LA 3DN1A 1L41A 173LA 1D3NA 2RBQA 1QTBA 2L78A 1PQOA 1L52A 1KY1A 2LC9A 1PQMA 4W53A 215LA 1L65A 1P37A 1OWYA 3PDSA 4EXMA 4DJHA 1L43A 1PQIA 3DN8A 4ARPA 2F47A 4DKLA 1CV5A 4ZPUA 1DYCA 4GBRB 4I7KA 3F8VA 2B70A 1SWZA 4LDOA 3SN6R 2OU0X 261LA 2F32A 102LA 257LA 4DAJA 1CU0A 3HTFA 164LA 1L29A 260LA 4EKQA 2NTHA 1PQDA 1L83A 1LYGA 3JR6A 3OE9A 4PK0A 3HDEA 163LA 1L50A 252LA 3GUKA 1C64A 1L53A 1OYUA 1T97A 3SB5A 231LA 1K28A 1L17A 1L36A 112LA 1G0KA 245LA 1L0JA 3GUPA 2B75A 1L57A 161LA 1L99A 1L15A 1C6TA 1L20A 151LA 1B6IA 1PQJA 3HWLA 3HT6A 1CV4A 119LA 4LZMA 3D4SA 1CX6A 115LA 1DYGA 2B74A 2O4WA 1LWKA 1L05A 1ZURA 256LA 1L38A 1C67A 1QT6A 4W56A 3SB8A 4OO9A 1L00A 221LA 137LA 1OV7A 2A4TA 232LA 4I7JA 3SB6A 1QS9A 250LA 4I7SA 3DN2A 3NY9A 1C6GA 1CU2A 3HT7A 1C6CA 3HH4A 3UONA 1P2LA 3DN3A 1L27A 1QUOA 241LA 141LA 3HU8A 2OTYX 3DN6A 118LA 3ODUA 2Z6BA 3FADA 4W55A 1C6HA 1OVHA 239LA 2OE4X 1CU6A 1C61A 233LA 158LA 2B73A 1C6JA 4EKRA 1C60A 2HUMA 2QARC 1L91A 127LA 228LA 1L73A 1L95A 3HT9A 1CV3A 223LA 1P6YA 1L71A 3K2RA 1G1VA 3C83A 3C7ZA 1L67A 162LA 4YXCA 1KNIA 1L64A 3CDOA 1D2YA 1LYJA 1LW9A 1QT8A 1T8AA 1L70A 1L79A 178LA 3C82A 1QTZA 2B6YA 1QT4A 1L16A 188LA 3HTGA 2Q9EA 170LA 1L63A 160LA 2OE7X 4I7QA 1LLHA 1L42A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SSYA 5D5FA 1B5WA 1OVJA 1DZBX 4NSJA 1L28A 3ULRA 2ANXA 1C6KA 1L48A 2LYMA 1EQEA 236LA 4DQ5A 2BQDA 4PJZA 1C6EA 1CJ9A 1ZVHL 1JPOA 4NSIA 4YX7C 1GD6A 1LCNA 1WTNA 1A4VA 4ETBA 1BGIA 4HTKA 3QY4A 3F9LA 1KW5A 2B6ZA 4W57A 4GCBA 111LA 166LA 4OWEA 1EPYA 2I6ZA 4BAPA 3WPJA 1HHLA 3WPLA 3GXKA 1VDTA 4DDAA 1XFPL 1IWUA 230LA 3P64A 4QEQA 3HU9A 129LA 3CDQA 4H94A 1G7LC 1J1PY 1HELA 2HEAA 5APEA 4DD9A 4WO9A 1GFJA 5L9JA 5LYZA 4FDYA 1FDLY 1LGWA 4MCKA 4LYOA 1T3PA 2D6BA 3WVYA 3DMXA 4C5FA 2MEHA 5J7CA 4DC4A 1CV6A 199LA 2BLYA 3A91A 5APFA 1IP7A 1L94A 1C66A 1LJNA 5L3HA 2F30A 243LA 1W08A 1DI4A 1L77A 1CU3A 1RFPA 4NWEA 1B7SA 1IP5A 1L03A 2D4KA 2HULA 144LA 2BLXA 1L14A 3RZ4A 3EMLA 209LA 2MEGA 1T8GA 4DWXA 4NG8A 1LMCA 4HJVA 4WG1A 1IIZA 1LJEA 3AZ4A 2YBLA 1SLYA 1W6ZA 4H9FA 196LA 1L86A 1WTMA 4H9AA 2ZYPA 4XYYA 219LA 3DN4A 4B4IA 2DKVA 1WVUA 1P7SA 3MGWA 4YM8A 1G1WA 1MLCE 1EQ4A 1ZYTA 1P5CA 3C80A 3RUNA 4NGLA 1XGTC 4ET9A 5DN4A 155LA 2Z2EA 1L04A 1L58A 4PRUA 4ZEEA 258LA 1C69A 5I14A 2LZ2A 254LA 1G0GA 1L31A 1XJTA 3P68A 2BAAA 2D4JA 4A7DA 1L12A 172LA 194LA 2ZNXY 2BQJA 1L56A 1QSAA 4QGZA 140LA 3NY8A 2MEFA 5I4WA 4HSFA 3AGIA 169LA 1LPYA 1LI3A 1L76A 1D3JA 1JTNA 4J7VA 1NMMA 168LA 1C6IA 1RE2A 2D91A 2DQJY 5I4XA 150LA 1V7TA 212LA 4OWBA 4W54A 1L46A 1KIPC 110LA 2I25L 3GUOA 3HBHA 3M18B 1P46A 1NHEA 3AW6A 1L32A 2XBRA 4Z41A 3WUNA 2BQCA 1L49A 3ATNA 1G7IC 2BQFA 1C6FA 4X3BA 1D6QA 2YDGA 122LA 1IO5A 1GFKA 1P3NA 126LA 210LA 3FA0A 4FJRA 6LZMA 5B1GA 1A2YC 3CT0A 2B5ZA 4I7MA 1G0QA 1MELL 2IHLA 1NQIA 2RB2X 1L62A 1IOQA 1KIRC 1DKJA 4CFPA 1GFVA 3CDVA 5DLAA 3OE6A 4PGJB 4UWNA 2DQHY 1L85A 1CUQA 1D3FA 2LHMA 3CSZA 1G0JA 4NGKA 1L40A 3LYZA 1GB0A 1GHLA 5KXYA 3SBBC 2YBIA 4KT3A 2ZILA 1OUAA 3DN1A 1L26A 3OJPA 1IP1A 2ZNWY 1D3NA 3W6AA 1NWGA 3CT5A 2A7DA 3WVXA 1GFRA 1FLQA 5E9RA 1LHLA 1B7QA 1OWYA 3PDSA 4G4HA 4H93A 1OUGA 4B0DA 3TXIA 2ZQ3A 1LSFA 3DN8A 4G4BA 4ZPUA 1JWRA 1DYCA 4I7KA 1B5UA 3F8VA 5LVHA 1LJ4A 3A93A 3WPKA 2DQIY 1VATA 4EOFA 1L29A 4H8YA 4EKQA 1YIKA 2NTHA 4LYZA 5F14A 3OE9A 3HDEA 5KXLA 4NHTA 1REMA 4WL7A 2BQKA 1T97A 4KL7A 3SB5A 4TX7A 4HPIA 2LZTA 1K28A 1LMTA 112LA 3TMUA 1V7SA 245LA 1B5ZA 1TCYA 5I4YA 1UCOA 1L99A 1L20A 1GB3A 2HUBA 5F81A 1PQJA 1JJ3A 3D9AC 2O4WA 3W3EA 1GB6A 1LZBA 1QT6A 2DQCY 1J1XY 4W56A 2FBDA 4OO9A 1L00A 4LYCA 3SB6A 2Z2FA 232LA 1QS9A 1LSPA 3DN2A 1YL0X 5M1YA 1CU2A 1B7RA 3HH4A 4GN5C 4WM6A 5HLLA 1AM7A 4BAFA 5KXOA 2Z6BA 3FADA 1HC0A 1CU6A 1AZFA 4TWSA 1GF6A 1LYYA 1C60A 5FELA 1L95A 1PS5A 4WM1A 4RLMA 1P6YA 3IWRA 1QIOA 4OWHA 1JIYA 1OQMA 1L64A 3CDOA 1LW9A 4B4EA 1LOZA 4WM2A 3W6EA 4LT3A 5F9UA 5KXWA 1L63A 1LMOA 1OUIA 1L42A 5T3FA 1LGXA 130LA 2CDSA 4I8SA 4NGJA 1OWZA 1OUJA 183LA 3GUJA 1YANA 1L37A 1GBSA 5HMVA 180LA 2HECA 3OK0A 4YOPA 1KXXA 1QTCA 2RH1A 3B0IA 3CSQA 4NHSA 1JEFA 165LA 1LPIA 4QY9A 1L45A 1L24A 4NGZA 4NGWA 1LWGA 2YVBA 2XBSA 1T6HA 2EQLA 2IGCA 4GLAA 1WQPA 1L07A 3C8QA 4WM3A 3LZTA 3E3DA 7LYZA 253LA 4ARLA 5IELA 3L2XA 3C7WA 5HNLA 3VWOA 2CWIA 1OVKA 4EPFA 1GBWA 3SP3A 3VW7A 1LYIA 2OU8A 4EKSA 1L66A 2H5ZA 108LA 5EBHA 3OE0A 3TXKA 4HJZA 4WM5A 1DYEA 3TXGA 2BQLA 5KXMA 1HMKA 1JTMA 2OTZX 174LA 1UICA 4HPEA 1P36A 1GE4A 120LA 8LYZA 5APCA 2PC2A 197LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SSY A;  5D5F A;  1B5W A;  1OVJ A;  1DZB X;  4NSJ A;  1L28 A;  3ULR A;  2ANX A;  1C6K A;  1L48 A;  2LYM A;  1EQE A;  236L A;  4DQ5 A;  2BQD A;  4PJZ A;  1C6E A;  1CJ9 A;  1ZVH L;  1JPO A;  4NSI A;  4YX7 C;  1GD6 A;  1LCN A;  1WTN A;  1A4V A;  4ETB A;  1BGI A;  4HTK A;  3QY4 A;  3F9L A;  1KW5 A;  2B6Z A;  4W57 A;  4GCB A;  111L A;  166L A;  4OWE A;  1EPY A;  2I6Z A;  4BAP A;  3WPJ A;  1HHL A;  3WPL A;  3GXK A;  1VDT A;  4DDA A;  1XFP L;  1IWU A;  230L A;  3P64 A;  4QEQ A;  3HU9 A;  129L A;  3CDQ A;  4H94 A;  1G7L C;  1J1P Y;  1HEL A;  2HEA A;  5APE A;  4DD9 A;  4WO9 A;  1GFJ A;  5L9J A;  5LYZ A;  4FDY A;  1FDL Y;  1LGW A;  4MCK A;  4LYO A;  1T3P A;  2D6B A;  3WVY A;  3DMX A;  4C5F A;  2MEH A;  5J7C A;  4DC4 A;  1CV6 A;  199L A;  2BLY A;  3A91 A;  5APF A;  1IP7 A;  1L94 A;  1C66 A;  1LJN A;  5L3H A;  2F30 A;  243L A;  1W08 A;  1DI4 A;  1L77 A;  1CU3 A;  1RFP A;  4NWE A;  1B7S A;  1IP5 A;  1L03 A;  2D4K A;  2HUL A;  144L A;  2BLX A;  1L14 A;  3RZ4 A;  3EML A;  209L A;  2MEG A;  1T8G A;  4DWX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1SSY A;  5D5F A;  1B5W A;  1OVJ A;  1DZB X;  4NSJ A;  1L28 A;  3ULR A;  2ANX A;  1C6K A;  1L48 A;  2LYM A;  1EQE A;  236L A;  4DQ5 A;  2BQD A;  4PJZ A;  1C6E A;  1CJ9 A;  1ZVH L;  1JPO A;  4NSI A;  4YX7 C;  1GD6 A;  1LCN A;  1WTN A;  1A4V A;  4ETB A;  1BGI A;  4HTK A;  3QY4 A;  3F9L A;  1KW5 A;  2B6Z A;  4W57 A;  4GCB A;  111L A;  166L A;  4OWE A;  1EPY A;  2I6Z A;  4BAP A;  3WPJ A;  1HHL A;  3WPL A;  3GXK A;  1VDT A;  4DDA A;  1XFP L;  1IWU A;  230L A;  3P64 A;  4QEQ A;  3HU9 A;  129L A;  3CDQ A;  4H94 A;  1G7L C;  1J1P Y;  1HEL A;  2HEA A;  5APE A;  4DD9 A;  4WO9 A;  1GFJ A;  5L9J A;  5LYZ A;  4FDY A;  1FDL Y;  1LGW A;  4MCK A;  4LYO A;  1T3P A;  2D6B A;  3WVY A;  3DMX A;  4C5F A;  2MEH A;  5J7C A;  4DC4 A;  1CV6 A;  199L A;  2BLY A;  3A91 A;  5APF A;  1IP7 A;  1L94 A;  1C66 A;  1LJN A;  5L3H A;  2F30 A;  243L A;  1W08 A;  1DI4 A;  1L77 A;  1CU3 A;  1RFP A;  4NWE A;  1B7S A;  1IP5 A;  1L03 A;  2D4K A;  2HUL A;  144L A;  2BLX A;  1L14 A;  3RZ4 A;  3EML A;  209L A;  2MEG A;  1T8G A;  4DWX A; 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