1P37A

T4 lysozyme core repacking back-revertant l102m/core10
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNMIFQIGETGAAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p37A00
4I7RA 212LA 1G0LA 4ARJA 140LA 1L69A 1LYIA 229LA 254LA 1L34A 1L08A 1L54A 1L94A 3HT7A 1T8GA 1DYEA 174LA 1L70A 4LDOA 4W54A 4YXCA 120LA 1QTBA 111LA 3L64A 2A4TA 1DYGA 1CU0A 1CU6A 1D3JA 1L74A 110LA 196LA 4I7QA 138LA 3DN2A 1L63A 1L28A 2OTYX 1LI2A 1L73A 4AQNA 1L32A 206LA 1ZWNA 1LPYA 1QTVA 1QSBA 103LA 3OE0A 2LZMA 3GUKA 4DKLA 3HUKA 2ANXA 126LA 2HUKA 1PQKA 192LA 1L71A 1CX6A 1LW9A 2RBSA 4I7JA 3SN6R 1CU3A 255LA 3G3WA 3K2RA 3GUNA 3QAKA 3SB6A 3RZEA 259LA 143LA 146LA 1C60A 1PQJA 1KY0A 2LCBA 1L72A 1L42A 4IAPA 1LGXA 246LA 2F32A 3HH6A 1L93A 1OVKA 1C6PA 1ZURA 200LA 199LA 3SB8A 1L13A 1CV4A 210LA 1ZYTA 1P64A 1L04A 157LA 1C6GA 118LA 109LA 3C8QA 3SB9A 107LA 1L49A 148LE 2LC9A 1L03A 233LA 1C63A 1QUGA 1OV7A 1LYEA 2B6YA 1L09A 1D2YA 1P5CA 4YX7C 3HH5A 4ARMB 128LA 159LA 4ZPUA 161LA 1OWYA 232LA 1L02A 122LA 3HU8A 190LA 169LA 237LA 3C8RA 2RBNA 4LDLA 1L17A 1P37A 1L10A 1G06A 213LA 125LA 1LGUA 242LA 3NY8A 3LZMA 195LA 1L97A 4EKRA 1D3FA 1G1VA 2OU8A 3C7ZA 221LA 4ARQA 1KW7A 2B74A 2RB1X 4DAJA 2RAZX 1L85A 1C6CA 1L48A 4W55A 1L84A 3GUIA 4W51A 3G3VA 1L26A 2B73A 4PK0A 1I6SA 4EPFA 1C6DA 1C6KA 144LA 1C69A 1C6FA 234LA 1L99A 1OWZA 3DMXA 3SB7A 2CUUA 3C83A 3FA0A 4EPIA 1KNIA 1KW5A 1XEPA 247LA 228LA 261LA 257LA 112LA 168LA 1LYDA 4GRVA 2B6XA 238LA 2OE7X 1DYAA 1L20A 185LA 205LA 2O7AA 1L66A 4I7PA 1DYBA 183LA 1KY1A 1QT8A 180LA 1L30A 3G3XA 3PDSA 4W53A 155LA 184LA 1L01A 2O4WA 1D3MA 1SWZA 1EPYA 4DJHA 176LA 141LA 162LA 1KS3A 2B70A 3V2YA 3VW7A 252LA 209LA 1P46A 4S0WA 3NY9A 1CV3A 4W52A 172LA 1L96A 1QT7A 151LA 167LA 3CDRA 4OO9A 1L23A 129LA 166LA 2ANVA 1JTMA 4ARLA 1SX2A 2L78A 1L15A 1SX7A 1P56A 1CUPA 3EMLA 142LA 147LA 1JTNA 1L38A 4LDEA 217LA 248LA 1LWKA 2OTZX 1L86A 1T6HA 1L98A 1XJTA 241LA 216LA 145LA 1C64A 7LZMA 1T8FA 173LA 231LA 1L14A 1TLAA 1QS9A 4YXAC 1L55A 1P3NA 1L50A 4E97A 1SWYA 1CUQA 3NYAA 1G1WA 119LA 2OU9A 1L75A 250LA 1L62A 1L07A 211LA 1PQDA 223LA 1C6JA 218LA 1LLHA 219LA 3ODUA 2HUMA 3SBBC 127LA 230LA 4GBRB 1L21A 3CDTA 1L65A 1K28A 4ARMA 2B7XA 201LA 2OE4X 3HT9A 1L91A 1LYHA 1C66A 1L58A 177LA 1XJUA 1L39A 2F2QA 131LA 3DN6A 1CV0A 3C81A 4EXMA 1CV1A 3F8VA 3D4SA 2NTGA 3OE8A 189LA 171LA 1L00A 1LWGA 2RBPA 4W59A 1L43A 3HH3A 1P6YA 3C7YA 1P7SA 1C6LA 3HUAA 4W56A 186LA 224LA 1QTDA 1L82A 1C61A 2Q9DA 1D9WA 3DKEX 1L35A 243LA 1L90A 1QUHA 188LA 1G0MA 1L11A 3OE9A 3HUQA 3HT8A 1L77A 191LA 149LA 123LA 1QUOA 1OVJA 2OE9X 3DMZA 3DN1A 1C6QA 2OU0X 113LA 1LI3A 1C6AA 104LA 1G0QA 3CDQA 1L64A 3V2WA 1L80A 160LA 1L27A 1QT6A 1P36A 3HTBA 1CV5A 225LA 1L61A 1L92A 1L36A 3C82A 1CU2A 1LYFA 253LA 3SB5A 137LA 1G0JA 1C68A 1LYJA 2QB0B 1L46A 2B6TA 139LA 1PQIA 245LA 262LA 1L37A 1L19A 2QARC 3HH4A 1L06A 1L76A 1L60A 260LA 1C62A 1L40A 2RBQA 251LA 3CDVA 1C6MA 1L0JA 6LZMA 3F9LA 3C80A 1D2WA 2B72A 1L47A 4I7TA 4EKQA 3L2XA 2RBRA 108LA 4I7LA 1L53A 3DN4A 3FI5A 164LA 181LA 178LA 2OEAX 1L44A 1QTHA 1L18A 1L51A 1C6EA 4I7NA 214LA 227LA 165LA 3FADA 2RB0X 3HDFA 2B6ZA 1QT5A 152LA 1L89A 1C6TA 2Q9EA 3C7WA 1C6NA 175LA 1L45A 1C6IA 150LA 1WTHA 1L29A 3DN8A 156LA 3DN0A 4I7KA 1PQOA 1DYCA 5LZMA 3HTFA 4PJZA 3HWLA 4W57A 1C6BA 1LGWA 1L24A 3CDOA 1G07A 256LA 3SBAA 2NTHA 3GUJA 240LA 1QT3A 1QTCA 4I7OA 2B6WA 2B75A 1QS5A 3PBLA 1CVKA 197LA 2RAYX 4LZMA 4W58A 244LA 1B6IA 1CX7A 1QUDA 1L22A 1L81A 1LYGA 5I14A 3GULA 1L31A 258LA 1L79A 4ARPA 1D3NA 226LA 3GUMA 1L33A 1L59A 1L0KA 1CTWA 1QT4A 4EJ4A 1SSWA 1L56A 1QTZA 249LA 3DMVA 3GUOA 2O79A 1L12A 114LA 1DYFA 3DN3A 4I7SA 130LA 3JR6A 182LA 1L68A 1OYUA 1P2LA 2RH1A 222LA 1G0GA 1SSYA 1L05A 1NHBA 1PQMA 1C65A 1L16A 4K5YA 1CV6A 3RUNA 1L41A 2Z6BA 239LA 1JQUA 3UONA 1C6HA 158LA 1L25A 1DYDA 4I7MA 102LA 235LA 2RB2X 3DNAA 1L95A 198LA 1T8AA 215LA 3HTDA 1OV5A 3HU9A 1QSQA 2HULA 3HDEA 1LI6A 2F47A 4EKSA 1L88A 115LA 163LA 1OVHA 3C8SA 1CU5A 220LA 187LA 1L87A 236LA 3HT6A 1L57A 4EKPA 4ARQB 2RBOA 1G0KA 3HTGA 1G0PA 1L67A 1L83A 2IGCA 1L52A 1T97A 170LA 1P2RA 1C67A 3GUPA 3OE6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
132LA 1G0LA 4ARJA 140LA 3A91A 1D9UA 2MEFA 4QY9A 3A93A 1C08C 3HT7A 5LVKA 1LYSA 193LA 1T3PA 174LA 5DN5A 2MEHA 120LA 1QTBA 1UA6Y 1GE2A 1L74A 1D3JA 1IP2A 4XJFA 3P66A 4I7QA 138LA 1TAYA 1YAQA 1L28A 4AQNA 4ANRA 1GFTA 4KPMA 206LA 1BB7A 3A90A 1BQLY 2YBHA 1NHEA 4DKLA 2AUBA 2NWDX 4BS7A 1L71A 3ZVQA 2CJLA 1UICA 255LA 3K2RA 3RZEA 1IWXA 1BVXA 146LA 1HELA 4IAPA 3HH6A 5ILFA 2FBDA 4XJDA 1IR7A 2Z38A 3SB8A 5DL9A 1GB7A 5LVHA 1CV4A 5HMVA 5LVGA 3TXDA 1CKGA 1GEZA 1GE4A 2BQGA 1HEWA 148LE 4H9HA 233LA 1OV7A 1LYEA 1LSDA 4NGWA 4DQ5A 3HH5A 4B1AA 1DZBX 4W94A 161LA 1OWYA 4H8YA 4WLTA 1BWJA 4H8XA 2Y8PA 1GFKA 1H6MA 3W6DA 4WG1A 1P37A 213LA 1BWIA 1DI4A 3NY8A 195LA 3EMSA 2C8OA 2EPEA 4LT3A 1WTNA 3GUIA 234LA 2BQCA 1KXWA 1OUBA 3SB7A 5IELA 1B7NA 3FA0A 1KNIA 4WLXA 1XEPA 228LA 1B5VA 5DM9A 4NGVA 261LA 3WULA 112LA 1EL1A 1LYDA 1G7JC 4GRVA 4NG8A 185LA 4ZEEA 183LA 1G7HC 1KY1A 1IWVA 1NBZC 1QT8A 1UBZA 3G3XA 5FCPA 4W53A 2DQJY 155LA 2O4WA 1SWZA 4DJHA 141LA 1LZAA 209LA 1P46A 1WQNA 3NY9A 3WUMA 1L96A 1ZVYB 151LA 4MSTA 1BGIA 1GBXA 3CDRA 4OO9A 5C6LA 166LA 4ARLA 4OOTA 1SX7A 3KAMA 3AGIA 3GXKA 142LA 1JISA 1GFUA 1GF3A 4LFPA 1G7LC 3OJPA 4KT3A 4GN5C 7LZMA 2HUBA 3HFMY 1TLAA 1LYZA 1IWZA 1L55A 1DKKA 1LJIA 1LZYA 1CUQA 3NYAA 119LA 194LA 250LA 5KXKA 1FN5A 3ODUA 3SBBC 4B4IA 127LA 1GE1A 2HTXA 4R6CA 1L21A 2BQJA 3W6CA 4Z98A 3A34A 201LA 4XN6A 1OQMA 1L39A 2BQIA 1CV1A 4B4EA 5HLLA 4G4CA 2I6ZA 3RT5X 1FLUA 1GD6A 3E3DA 3AW6A 4OWBA 4CGEA 4TUNA 1IWUA 1P6YA 5F14A 1HSXA 2YVBA 1YAOA 4BADA 224LA 5KXYA 1YKXX 1L90A 1HEOA 3B6LA 3HUQA 1DXJA 3HT8A 4ETAA 3LYZA 1B5YA 1LSYA 1QUOA 3B0KA 3DN1A 2LYOA 4DD9A 1RI8B 2BQMA 4GCCA 3V2WA 3AZ5A 2D4KA 3WH1A 9LYZA 1LZEA 3C82A 2ZQ4A 1IOTA 3TMVA 1G0JA 4ETDA 1GFRA 1TBYA 245LA 1L37A 1IORA 1UIBA 5FELA 1GBWA 1F0WA 1WQOA 2W1YA 3CDVA 153LA 1MLCE 3WU7A 4WM1A 1C45A 4I7TA 4EKQA 4N9RA 1L53A 1LMPA 1JIYA 2Z2FA 5DLAA 4I7NA 4H94A 227LA 1WVVA 3HDFA 1QT5A 2ZNXY 2CGIA 1L89A 1C6TA 1C6NA 1B0DA 4CFOA 1L29A 3DN8A 4WM2A 156LA 3AJNA 2HU3A 1JTOL 3HBHA 154LA 1BB4A 4NSGA 2Z18A 4DD2A 4DD7A 4W57A 1C6BA 3T6UA 2ZILA 1LJJA 3SBAA 1YL0X 3TMXA 2A7DA 4DD1A 1D0KA 4DYGA 135LA 1CVKA 2RAYX 4WLYA 1UACY 3IJUA 2BAAA 1B6IA 1QUDA 1L22A 1LYGA 5LINA 258LA 3MGWA 4GN3A 1EQ4A 4ARPA 226LA 4PHIA 1L59A 1L0KA 1CTWA 5KXMA 1QT4A 1QTZA 2O79A 1L12A 2PC2A 3DN3A 1C43A 4I7SA 1YKZX 1J1XY 1L68A 4DWXA 1LSPA 1OUJA 4YM8A 2RH1A 222LA 4N1CC 3AGHA 1G0GA 3A67Y 1SSYA 5E4PA 3N9CA 1LZBA 1L16A 4K5YA 4HJYA 3P4ZA 4FDYA 4L41A 239LA 1JQUA 4M4OA 1REYA 4I7MA 3DNAA 1L95A 2HECA 2ZYCA 1T8AA 1GB3A 1LI6A 2F47A 1GF0A 2D4IA 1OVHA 1IEEA 1BVKC 1G0PA 2BQBA 5KXXA 3A94A 1LCNA 3OE6A 3A96A 229LA 1VDQA 1WQPA 4RW1A 1L08A 1FLWA 4TSBA 1EQEA 1DYEA 4W54A 1FDLY 3L64A 1JWRA 4WM3A 1CU6A 4LYCA 1W6ZA 196LA 1IY3A 5B1GA 4OWEA 1GF6A 1L73A 5B07A 4CHXA 1LPYA 1QSBA 103LA 4LYBA 3GUKA 1E8LA 3HUKA 1I20A 1LW9A 1UIEA 1IP4A 1LPIA 3G3WA 2G4QA 1LZ4A 4PRUA 1PQJA 2LCBA 1L42A 1LGXA 246LA 1IVMA 1YANA 1L93A 4LZTA 1ZURA 5HNLA 5APCA 199LA 1JKCA 4PRQA 3W6AA 1WVUA 3A6BY 4AGAA 1C6GA 1AT6A 2D4JA 2LC9A 1C63A 1QUGA 1I56A 4P2EA 4H8ZA 1D2YA 4B49A 4ARMB 128LA 4DD3A 2MEAA 122LA 3WXTA 5B05A 1OUHA 1VEDA 1TDYA 2RBNA 3VWOA 3N9EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 132L A;  1G0L A;  4ARJ A;  140L A;  3A91 A;  1D9U A;  2MEF A;  4QY9 A;  3A93 A;  1C08 C;  3HT7 A;  5LVK A;  1LYS A;  193L A;  1T3P A;  174L A;  5DN5 A;  2MEH A;  120L A;  1QTB A;  1UA6 Y;  1GE2 A;  1L74 A;  1D3J A;  1IP2 A;  4XJF A;  3P66 A;  4I7Q A;  138L A;  1TAY A;  1YAQ A;  1L28 A;  4AQN A;  4ANR A;  1GFT A;  4KPM A;  206L A;  1BB7 A;  3A90 A;  1BQL Y;  2YBH A;  1NHE A;  4DKL A;  2AUB A;  2NWD X;  4BS7 A;  1L71 A;  3ZVQ A;  2CJL A;  1UIC A;  255L A;  3K2R A;  3RZE A;  1IWX A;  1BVX A;  146L A;  1HEL A;  4IAP A;  3HH6 A;  5ILF A;  2FBD A;  4XJD A;  1IR7 A;  2Z38 A;  3SB8 A;  5DL9 A;  1GB7 A;  5LVH A;  1CV4 A;  5HMV A;  5LVG A;  3TXD A;  1CKG A;  1GEZ A;  1GE4 A;  2BQG A;  1HEW A;  148L E;  4H9H A;  233L A;  1OV7 A;  1LYE A;  1LSD A;  4NGW A;  4DQ5 A;  3HH5 A;  4B1A A;  1DZB X;  4W94 A;  161L A;  1OWY A;  4H8Y A;  4WLT A;  1BWJ A;  4H8X A;  2Y8P A;  1GFK A;  1H6M A;  3W6D A;  4WG1 A;  1P37 A;  213L A;  1BWI A;  1DI4 A;  3NY8 A;  195L A;  3EMS A;  2C8O A;  2EPE A;  4LT3 A;  1WTN A;  3GUI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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