1P46A

T4 lysozyme core repacking mutant m106i/ta
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQIGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p46A00
166LA 1ZWNA 1L59A 1C62A 3EMLA 138LA 1L21A 4ARLA 4YX7C 2B70A 1L58A 1L29A 2B6ZA 1L91A 3HUKA 229LA 1L70A 1L98A 178LA 7LZMA 3SB8A 109LA 212LA 1JTMA 4I7MA 3VW7A 3V2WA 111LA 1C6LA 210LA 2F32A 2LC9A 3HU8A 1DYGA 252LA 3HT7A 1T6HA 1L72A 3SB6A 255LA 3HT6A 1C6GA 234LA 2RB2X 3F8VA 1L57A 1PQDA 123LA 1L73A 2OE4X 3NY8A 2OE9X 196LA 3SB7A 139LA 1L16A 2RBRA 1SSWA 247LA 1C63A 232LA 1C6EA 1L10A 125LA 4EPIA 1L43A 6LZMA 1L38A 1QTVA 1CX6A 1PQOA 3CDTA 1CU5A 4ARMB 1D2YA 1TLAA 126LA 1L61A 4W53A 3DMVA 3G3XA 206LA 1P3NA 1LI6A 1CUQA 1P2LA 1L20A 1QSQA 1P64A 242LA 1C6JA 199LA 143LA 249LA 3HH3A 186LA 235LA 3DN8A 2B7XA 130LA 183LA 129LA 1C6DA 1C6CA 1L07A 4ZPUA 4W59A 1C6AA 2RBNA 3HH5A 4EXMA 198LA 3DN4A 4W58A 2ANVA 4I7JA 3OE8A 4LDEA 1D3FA 1DYFA 192LA 1L12A 1L76A 1G07A 4DKLA 230LA 2B6TA 3GUJA 4E97A 1OVKA 103LA 1L88A 168LA 1G1WA 1L55A 2B73A 1L81A 2RAYX 145LA 233LA 4ARJA 1D2WA 1LGXA 180LA 1CV1A 2OEAX 3LZMA 1T8AA 1T8FA 1SX2A 1DYEA 2NTGA 3SBBC 3HTGA 1L92A 251LA 3SB9A 1LPYA 160LA 3HH4A 1OVHA 1QT5A 120LA 1QT4A 261LA 128LA 205LA 1L90A 3F9LA 1P37A 1L68A 4IAPA 4W55A 4AQNA 2Q9DA 3CDRA 189LA 3HUAA 3L64A 112LA 1OWYA 3DKEX 1QUOA 1XEPA 4I7NA 1LYFA 1QTBA 1L15A 1JTNA 239LA 1G0QA 1CX7A 1L04A 1P2RA 164LA 1L40A 3K2RA 1ZURA 201LA 1CV0A 3JR6A 149LA 1L0JA 2HUKA 1OVJA 4EKPA 1L85A 236LA 1QT3A 3CDVA 1CU6A 1CU3A 1WTHA 3SN6R 4I7SA 1CTWA 2IGCA 1L05A 2OU0X 244LA 1L87A 1L0KA 1KW5A 1C67A 256LA 1L99A 1L94A 140LA 1CV3A 3RUNA 222LA 260LA 225LA 1C6IA 215LA 4PJZA 227LA 1L25A 1L41A 1LYHA 3NY9A 2O4WA 1CU2A 104LA 3CDOA 1C6TA 2B6YA 1LWKA 146LA 4DJHA 3GULA 1OV5A 1L67A 1QTCA 4PK0A 3PBLA 3HT8A 4W56A 1L84A 1C6BA 1P36A 1CVKA 1C64A 4W51A 184LA 1PQJA 1CUPA 157LA 2HULA 3C83A 1LI2A 2NTHA 1QS5A 241LA 1QUDA 1L93A 1P5CA 1CV6A 1G06A 1L42A 152LA 3FI5A 3RZEA 3DN0A 181LA 2OU9A 248LA 2F47A 3GUMA 3OE6A 171LA 1LYIA 142LA 1DYCA 1L51A 223LA 1QTHA 1QT7A 240LA 1OYUA 191LA 4OO9A 190LA 3PDSA 237LA 1L34A 1CV4A 2OTYX 1NHBA 3G3WA 1L26A 102LA 1QTDA 1L62A 131LA 151LA 158LA 187LA 1L35A 218LA 209LA 4YXAC 1QSBA 162LA 1L54A 4LZMA 3C81A 1KNIA 155LA 1G0LA 1L03A 1SSYA 1L02A 1SWYA 1T8GA 2A4TA 220LA 114LA 3HTFA 173LA 172LA 4ARQA 147LA 3HDEA 1G0PA 1L11A 1QUHA 3HWLA 148LE 1C6HA 3OE9A 1L37A 2RB1X 2RH1A 4EKQA 1QUGA 3HTDA 253LA 1L30A 1L52A 3GUPA 1L08A 213LA 1KS3A 1D3JA 1OV7A 262LA 1L14A 1L06A 1L46A 1L01A 1D9WA 2RBOA 1I6SA 1OWZA 1L24A 1L74A 3C7ZA 1PQIA 141LA 1LGUA 1LLHA 1K28A 4EKRA 2O7AA 122LA 250LA 2OE7X 1T97A 1L49A 2Q9EA 1L79A 4GBRB 163LA 3V2YA 3C8SA 259LA 1L39A 1P56A 1L83A 1L66A 176LA 258LA 1C65A 1G0MA 177LA 3C8RA 1L96A 2QARC 3GUKA 159LA 238LA 219LA 182LA 1L63A 118LA 3GUIA 2B74A 4I7QA 1L48A 4S0WA 217LA 1JQUA 4EKSA 1C69A 3C7WA 1C6FA 1QT6A 1L80A 1DYAA 1C66A 1L44A 1L36A 161LA 3L2XA 3HH6A 1LYGA 3HUQA 3C7YA 4W54A 1LWGA 1XJUA 1L28A 110LA 1L71A 216LA 4I7RA 4ARMA 137LA 3HU9A 3DNAA 108LA 1L75A 1KY1A 231LA 2RB0X 3DN6A 4YXCA 4DAJA 156LA 1G0GA 1G0JA 243LA 1B6IA 115LA 1D3NA 1P46A 4I7KA 3HTBA 1L45A 1L19A 2O79A 5LZMA 2LCBA 4K5YA 1KY0A 1DYBA 4W52A 3SBAA 3FA0A 1L00A 2LZMA 4GRVA 3UONA 3DMXA 1L97A 2QB0B 3DN3A 188LA 2F2QA 185LA 1L82A 1L18A 3NYAA 1L53A 211LA 3DMZA 150LA 170LA 1L33A 2B6XA 3CDQA 2RBSA 2RBPA 1C6KA 1L64A 1G0KA 1LGWA 1QT8A 2L78A 1LYEA 2B72A 174LA 1L09A 257LA 254LA 1L89A 246LA 4ARPA 1SWZA 1LYDA 1C61A 1G1VA 1KW7A 228LA 5I14A 2Z6BA 1D3MA 1P6YA 1C6QA 1L95A 2ANXA 1P7SA 3HDFA 1L77A 169LA 1L32A 4W57A 2OU8A 3GUNA 195LA 2RAZX 3DN2A 3FADA 167LA 3OE0A 4I7TA 1DYDA 3GUOA 2B75A 2B6WA 1C6MA 3G3VA 197LA 1L47A 3SB5A 2HUMA 1ZYTA 119LA 1L69A 1QTZA 1L22A 1L50A 221LA 3QAKA 1LI3A 1L13A 245LA 1C60A 1LYJA 4I7PA 1PQMA 1CV5A 165LA 127LA 1EPYA 4I7OA 214LA 1C6NA 3HT9A 1L23A 4EPFA 1L86A 226LA 2RBQA 1QS9A 4LDLA 224LA 1PQKA 113LA 3C82A 4EJ4A 4ARQB 1L31A 1C68A 1CU0A 144LA 1L60A 3ODUA 3C80A 3DN1A 107LA 1L56A 2OTZX 1L27A 1SX7A 175LA 3D4SA 4I7LA 1LW9A 1L17A 2CUUA 200LA 3C8QA 1C6PA 4LDOA 1L65A 1XJTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L59A 1L21A 4ARLA 1LMCA 4Z46A 1TBYA 2B70A 3P65A 5KJ9A 5KXWA 2LYMA 194LA 4LYZA 1GEZA 4UWVA 3WU8A 3BKHA 4B1AA 1L70A 1L98A 1HEMA 3SB8A 4B49A 109LA 4I7MA 5HNCA 4RDSA 1B7LA 210LA 1QTKA 2F32A 1DPXA 3HT7A 4ETEA 2RB2X 3F8VA 1PQDA 3CT5A 5E4PA 1QIOA 3NY8A 3WUNA 196LA 1XGTC 1SQ2L 4NGJA 2W1LA 4LGKA 1C63A 1IC4Y 232LA 1IWYA 125LA 4PGJB 1L38A 1F6SA 1CX6A 1QTVA 1JEFA 1PQOA 5JENB 4ARMB 1D2YA 4HPIA 4W53A 1NWGA 1HMLA 206LA 1YANA 1QSAA 4TUNA 4IJ4A 3EBAB 1L20A 4GCBA 4MSTA 134LA 5LYZA 4B0DA 4LFXA 1C6JA 1DQJC 2H9KA 1GB0A 235LA 2MEDA 3DN8A 2BQJA 3SP3A 4ZPUA 4H9IA 5FSTA 1CKCA 4EXMA 1IR9A 2ZIKA 3IWRA 4ANRA 1L76A 1JTTL 2FYCA 2N5ZA 4E97A 1C7PA 168LA 1KIQC 3B0IA 4NGYA 1HEQA 1L81A 2BQHA 145LA 4TX7A 1D2WA 1QTEA 1SX2A 2D4JA 4GCDA 1CKFA 1LPYA 2H9JA 4HSFA 120LA 1BGIA 1JPOA 1ZMYL 3EO5A 1P37A 4W55A 3LYZA 2Q9DA 4N8ZA 5KXPA 1UBZA 1T6VL 4IATA 1LZCA 1QUOA 2BQGA 239LA 5KXRA 1IOSA 1L40A 201LA 3JR6A 1XGQC 1L85A 1QT3A 2BLYA 2MEAA 1CU3A 4GLAA 1B5UA 1JSEA 2OU0X 2BQBA 1LSAA 3TXBA 3ATOA 3E3DA 3A34A 260LA 215LA 2O4WA 1VATA 4XENA 5F14A 1CNSA 4DJHA 146LA 1P2CC 3HBDA 1RI8B 1L67A 1OUHA 4PK0A 1GF3A 1GE2A 1L84A 1CVKA 1C64A 1DKKA 1OUJA 5KXLA 5KXXA 4UWNA 3C83A 1UUZC 2NTHA 193LA 1FLYA 1G06A 5LAGA 4II8A 1L42A 1QUTA 2F47A 5F9UA 2BQAA 2MECA 2F30A 142LA 1DYCA 3J4GA 1QT7A 4NY5A 2EIZC 191LA 4J1AA 4NGKA 2HTXA 131LA 151LA 187LA 2DQHY 2D6BA 4YXAC 162LA 1TCYA 1L54A 4WLYA 4LZMA 1W08A 5B05A 1KNIA 1L03A 4WOAA 4WM2A 1L02A 4DDBA 3WU7A 1JTPL 114LA 220LA 1LSGA 3HDEA 5FDJA 1QUHA 3HWLA 148LE 1OUCA 1GB6A 3HTDA 2BQLA 3GUPA 1CKGA 6LYTA 1D3JA 1GEVA 1D9WA 2RBOA 4BAPA 1I6SA 1L24A 1GBZA 1L74A 1LJHA 3J6KA 141LA 3W6EA 1ALCA 3AW7A 1IP6A 1IWZA 1GB2A 122LA 1JJ1A 4DD2A 1L79A 3AZ4A 3C8SA 1LYYA 3CSZA 1B5ZA 259LA 1P56A 1LZ6A 1L66A 3AZ6A 176LA 1G0MA 4GN4A 177LA 3C8RA 4H92A 1GF9A 2QARC 4WLTA 1YAMA 4L41A 1REXA 1JTOL 5LAFA 219LA 1L63A 4ML7A 4I7QA 4KT3A 3EMSA 4XJHA 1JQUA 1C69A 1C6FA 1L80A 1C66A 3VWOA 161LA 4N0JA 5LYMA 137LA 3HU9A 1L75A 4FDYA 3W6AA 1BVKC 1C08C 156LA 1AZFA 1G0JA 1L45A 4H9BA 4ETDA 2YBLA 4LYCA 4K5YA 1HELA 4ZEEA 1DYBA 4W52A 3SBAA 3AZ5A 3A94A 188LA 207LA 1HC0A 1LZDA 2D4IA 1L33A 1CKDA 3B72A 1LZSA 1BB4A 1L64A 1QQYA 2L78A 2B72A 4XN6A 2LYOA 4WO9A 1FLQA 2ZYCA 1LMOA 1GBWA 1G1VA 2Z6BA 1P6YA 1L95A 1IWWA 2ANXA 2C8PA 2BQKA 4H9AA 1L32A 1B7PA 3WL2A 1DZBX 2Q0MX 1BHZA 3BKVA 4PRUA 1LHMA 3DN2A 4NHTA 1DYDA 4BAFA 3GUOA 2Z38A 4CJ2A 1D0LA 3WULA 4H8ZA 1ZYTA 1L69A 1VDPA 1L22A 1L50A 1KXXA 4I8SA 1XGPC 2BLXA 1L13A 3QE8A 245LA 1GXV2 4GN3A 1EPYA 4CGEA 214LA 1C6NA 3FE0A 1L23A 4HTQA 1WVUA 224LA 1PQKA 4Z98A 1BVXA 1AKIA 2DKVA 4H90A 1XGUC 1J1XY 2OTZX 3TXDA 1NQIA 1GWDA 1WQOA 133LA 1QDRA 166LA 1ZWNA 4M6DA 138LA 2Z37A 2BQEA 3CSQA 5HMJA 1L29A 2B6ZA 1B7SA 1GFUA 4RLNA 4O34A 2HEDA 1CJ6A 1WTMA 1LHIA 3HUKA 7LZMA 1LHKA 1C45A 1C6LA 3QY4A 4Z3MA 1IC5Y 1LKSA 4N9RA 1L72A 3HT6A 4YENA 234LA 1L57A 1JKBA 2FBBA 3SB7A 3A6BY 1L16A 2RBRA 247LA 5DN4A 5DLAA 1C6EA 1LZAA 6LZMA 2IFFY 3CDTA 1XEIA 1NBZC 126LA 3DMVA 1B7NA 1YAOA 5A3EA 1P3NA 2LZ2A 1LI6A 4WM3A 1P64A 4CFPA 5KKIA 242LA 199LA 2XBRA 5LA5A 1HMKA 130LA 1GDXA 1OQMA 129LA 3T36A 7LYZA 1C6CA 1L07A 1LJKA 4W59A 3HH5A 198LA 2ANVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L59 A;  1L21 A;  4ARL A;  1LMC A;  4Z46 A;  1TBY A;  2B70 A;  3P65 A;  5KJ9 A;  5KXW A;  2LYM A;  194L A;  4LYZ A;  1GEZ A;  4UWV A;  3WU8 A;  3BKH A;  4B1A A;  1L70 A;  1L98 A;  1HEM A;  3SB8 A;  4B49 A;  109L A;  4I7M A;  5HNC A;  4RDS A;  1B7L A;  210L A;  1QTK A;  2F32 A;  1DPX A;  3HT7 A;  4ETE A;  2RB2 X;  3F8V A;  1PQD A;  3CT5 A;  5E4P A;  1QIO A;  3NY8 A;  3WUN A;  196L A;  1XGT C;  1SQ2 L;  4NGJ A;  2W1L A;  4LGK A;  1C63 A;  1IC4 Y;  232L A;  1IWY A;  125L A;  4PGJ B;  1L38 A;  1F6S A;  1CX6 A;  1QTV A;  1JEF A;  1PQO A;  5JEN B;  4ARM B;  1D2Y A;  4HPI A;  4W53 A;  1NWG A;  1HML A;  206L A;  1YAN A;  1QSA A;  4TUN A;  4IJ4 A;  3EBA B;  1L20 A;  4GCB A;  4MST A;  134L A;  5LYZ A;  4B0D A;  4LFX A;  1C6J A;  1DQJ C;  2H9K A;  1GB0 A;  235L A;  2MED A;  3DN8 A;  2BQJ A;  3SP3 A;  4ZPU A;  4H9I A;  5FST A;  1CKC A;  4EXM A;  1IR9 A;  2ZIK A;  3IWR A;  4ANR A;  1L76 A;  1JTT L;  2FYC A;  2N5Z A;  4E97 A;  1C7P A;  168L A;  1KIQ C;  3B0I A;  4NGY A;  1HEQ A;  1L81 A;  2BQH A;  145L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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