1P46A

T4 lysozyme core repacking mutant m106i/ta
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQIGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p46A00
1CUPA 1D3JA 1L85A 7LZMA 177LA 125LA 1C6IA 255LA 215LA 3CDQA 1CX6A 235LA 4GBRB 4EKQA 1JQUA 3NYAA 184LA 158LA 1QTCA 1CVKA 1SWYA 3C7ZA 4W54A 3LZMA 4ARMA 3K2RA 4I7MA 3HTFA 1L31A 1L90A 1K28A 1KY1A 2QB0B 122LA 1L55A 1OV5A 4LDOA 2OU8A 2HULA 2QARC 1OVJA 4W56A 162LA 2OE7X 1QT4A 2RBRA 1L16A 1L84A 3DMZA 2B70A 1DYFA 4IAPA 2F32A 1L67A 1QUDA 1L48A 2RAZX 1KY0A 1L03A 221LA 127LA 1CV1A 3CDTA 4ARJA 1C69A 3C8SA 2RB1X 2O7AA 1SX2A 1G0PA 257LA 1L46A 3GUMA 103LA 1C65A 2LCBA 1QT3A 1L28A 3RUNA 1L91A 206LA 1L53A 1L18A 3NY9A 1G1VA 3V2WA 1LGWA 169LA 2RBOA 2OTZX 1L64A 1L42A 1P56A 2RB2X 1L49A 3DN8A 150LA 1ZYTA 1C66A 114LA 1L27A 1C6AA 4W52A 1JTNA 218LA 3OE9A 128LA 1P7SA 1CU5A 2B72A 1G0QA 1P46A 1QSBA 236LA 1L66A 143LA 2RH1A 1LPYA 2OEAX 1SX7A 248LA 1T8GA 1C6FA 3HH6A 1QS5A 227LA 1L02A 3HUAA 1DYDA 4E97A 4K5YA 178LA 3RZEA 1QUGA 171LA 113LA 1L25A 195LA 1L24A 1SSYA 1L08A 3SB9A 3HWLA 4GRVA 3CDVA 213LA 186LA 174LA 1XEPA 182LA 1L12A 1C6EA 3NY8A 3DNAA 1B6IA 1G06A 191LA 4I7JA 1LYHA 1C6NA 4AQNA 1L65A 1L40A 1L14A 2Q9EA 1L61A 2HUKA 108LA 1SSWA 1LYJA 120LA 1D3FA 1LYDA 220LA 1L69A 4EXMA 1QSQA 2B7XA 4EKRA 1C61A 1G0LA 2L78A 1P3NA 4I7PA 4ARLA 3HU8A 4EJ4A 1L59A 1L56A 1LW9A 109LA 1KW7A 1L35A 4YXAC 4I7RA 3OE8A 1NHBA 1PQDA 1QTZA 2RBQA 1L71A 1CV3A 1L96A 1LI2A 238LA 1DYEA 3OE6A 1LWKA 2B6YA 2F47A 1L32A 1P5CA 4LDEA 2ANXA 183LA 1L99A 2LZMA 4W51A 3ODUA 1L86A 1L29A 1PQMA 214LA 1L10A 225LA 3C80A 198LA 1L80A 3C82A 210LA 168LA 1XJTA 1L83A 254LA 244LA 1C67A 1L88A 216LA 242LA 252LA 3L2XA 1CU2A 166LA 170LA 3C8RA 115LA 118LA 1CU6A 1G0JA 2OTYX 3DMVA 1D2YA 2LC9A 4YXCA 1L50A 1CU3A 1LYFA 2OE4X 1L38A 190LA 3C81A 145LA 3FI5A 137LA 3SB7A 1ZURA 1T97A 1L74A 1D3MA 3HTDA 1QT5A 3DN0A 1LLHA 4W57A 240LA 241LA 5I14A 146LA 1L45A 1SWZA 262LA 234LA 1L26A 2HUMA 1DYBA 1EPYA 1CU0A 1L23A 1L0KA 3SBBC 3GUPA 3HTBA 4EPFA 200LA 3DKEX 163LA 1P2RA 1C6LA 1L70A 2B6TA 1L20A 1TLAA 1QT7A 1T6HA 1L54A 1L97A 211LA 1CV0A 4LDLA 1L93A 1P64A 1OVKA 212LA 1L81A 2RBSA 222LA 4I7TA 3DN1A 5LZMA 3PBLA 1G0GA 1CV6A 1LYEA 4I7LA 1L07A 1L77A 1C60A 4LZMA 4OO9A 1DYGA 3C8QA 228LA 243LA 2RBNA 126LA 1CX7A 3HH3A 1L22A 3C83A 246LA 219LA 1QS9A 1L62A 1C68A 1DYCA 1L30A 1OYUA 251LA 159LA 1L89A 148LE 1I6SA 4PK0A 1LWGA 138LA 1G07A 3C7WA 3SN6R 1L73A 180LA 160LA 1KNIA 261LA 1P2LA 123LA 1C6KA 1PQIA 157LA 3DMXA 4EPIA 2B6ZA 4ARQB 3GUKA 112LA 1C6MA 1C64A 1OVHA 189LA 3HH5A 1L47A 3UONA 1C6HA 256LA 4I7SA 2RBPA 1L68A 1L60A 1P36A 6LZMA 1PQOA 1L94A 224LA 4W58A 197LA 181LA 2O4WA 3C7YA 1CTWA 1PQKA 4DJHA 3HT8A 192LA 3FADA 151LA 2B74A 239LA 1PQJA 164LA 2NTGA 260LA 2RB0X 1L41A 3FA0A 3HUQA 1QTBA 1L58A 155LA 1CUQA 1LI6A 1QUOA 1L87A 1L72A 1L95A 3V2YA 104LA 1C6PA 1C63A 1LI3A 1QT8A 156LA 130LA 3GUOA 1OWYA 1G1WA 1LYGA 1ZWNA 167LA 1C6BA 3QAKA 3VW7A 232LA 1QUHA 237LA 1XJUA 4ARPA 1L21A 111LA 4EKPA 1L13A 230LA 205LA 4ARQA 1OV7A 3GUJA 2O79A 110LA 119LA 3G3VA 188LA 102LA 1L04A 175LA 4I7KA 2Z6BA 1DYAA 1L82A 2Q9DA 1L11A 3EMLA 196LA 1L79A 1L57A 1L52A 2A4TA 229LA 140LA 1C6JA 3DN6A 1C6GA 1L05A 165LA 142LA 131LA 1CV4A 4PJZA 1L76A 141LA 2ANVA 1C6TA 1D9WA 1L75A 258LA 1L43A 3GUNA 1D2WA 1C6CA 4I7OA 259LA 3DN4A 3CDOA 250LA 1WTHA 233LA 1OWZA 4EKSA 1G0KA 3SB8A 1L09A 4DKLA 129LA 1T8AA 3HU9A 3SBAA 1C62A 3HT7A 3DN3A 1LGXA 4I7NA 1L06A 2OE9X 1P6YA 1L19A 107LA 209LA 144LA 226LA 3DN2A 199LA 3SB6A 161LA 1C6DA 1L37A 3OE0A 152LA 3HT6A 2NTHA 1QTDA 1L39A 149LA 1JTMA 1P37A 223LA 249LA 2CUUA 2OU9A 1L98A 176LA 1L92A 247LA 173LA 1T8FA 3PDSA 3GULA 2B73A 217LA 4I7QA 1D3NA 1L0JA 4ARMB 1L63A 2B6XA 1L51A 185LA 3F9LA 4DAJA 1L00A 2IGCA 3CDRA 231LA 3HUKA 3HH4A 3HDFA 1L01A 1L17A 139LA 187LA 3F8VA 1QTHA 1LGUA 2B6WA 1L34A 2OU0X 1QT6A 1L15A 4ZPUA 3D4SA 3HTGA 4S0WA 3L64A 245LA 3GUIA 2B75A 201LA 1C6QA 3JR6A 1KW5A 2RAYX 1L36A 1L33A 4W59A 4W53A 1L44A 3SB5A 3HDEA 1LYIA 2F2QA 4YX7C 1CV5A 172LA 1QTVA 3G3WA 4W55A 1G0MA 147LA 3G3XA 1KS3A 3HT9A 253LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D3JA 255LA 1LJNA 1RCMA 235LA 4H91A 5LVIA 153LA 3SP3A 1B7RA 5KXWA 1L31A 2BQKA 2QB0B 3FE0A 2W1LA 5IHGA 1EQ5A 3AGHA 2RBRA 2B70A 1D0LA 1LHMA 1HEOA 1QUDA 1I56A 3J4GA 1OUEA 4LT2A 4ARJA 1C69A 2O7AA 4HTNA 4WO9A 4DWXA 1L46A 5LYTA 1QT3A 1GF3A 1L91A 3WVYA 2BQJA 3T36A 4WL6A 1LZTA 3V2WA 1B5XA 5LVKA 3J6KA 1L42A 4G49A 1L49A 1DPWA 114LA 4W52A 3OE9A 2FBDA 1YIKA 1P7SA 3W6EA 1QSAA 1G0QA 3TMVA 4H9EA 5A3EA 4B4EA 3CSRA 1SX7A 4XADA 5HNCA 1GBXA 4XJDA 248LA 227LA 1J1XY 178LA 4HV1A 113LA 4NWEA 1GXXA 1L08A 4NHSA 2ZYCA 1ALCA 186LA 6LYTA 1B6IA 1G06A 1B5ZA 1GHLA 191LA 4I7JA 1LYHA 2LZTA 5B05A 1C6NA 4OWEA 4AQNA 1L65A 2Q9EA 4ETBA 108LA 4Z98A 4LYMA 4NEBA 4EXMA 1GF4A 1G0LA 3HU8A 4EJ4A 1L59A 109LA 1L35A 4YXAC 1LMQA 2BQHA 4GCBA 1NHBA 1PQDA 2ANXA 2RSCA 5KXRA 1LYZA 1F0WA 1CJ6A 225LA 3C80A 2BLYA 1HELA 4DC4A 210LA 2ZNWY 1GB3A 1GB5A 4WG1A 1TAYA 3B0KA 216LA 4YEOA 1IY4A 1G0JA 2OTYX 1D2YA 3W6CA 4YXCA 1LYFA 1LOZA 3WU8A 1C08C 137LA 5KKIA 1QT5A 3DN0A 1GPQC 1LLHA 241LA 5K7OA 1WQRA 1BWHA 3TXFA 4LYCA 1KXXA 1L45A 2PC2A 4H9BA 262LA 2EPEA 2HUMA 1DYBA 2W1XA 1L23A 1CJ7A 2EIZC 1L0KA 3SBBC 1CJ8A 3GUPA 4LYTA 3HTBA 4EPFA 3DKEX 1BWIA 4N5RA 1L20A 1TLAA 1IWZA 1T6HA 1L54A 1IP6A 2MEEA 3WULA 2YBJA 3D3DA 1H6MA 212LA 4PRQA 132LA 3PBLA 1IP5A 1B5UA 4OO9A 3C8QA 1LSZA 3OK0A 4C3WA 126LA 1LYOA 3HH3A 3C83A 5KXLA 4YOPA 219LA 5L9JA 1ZVYB 1L62A 1F6RA 1L30A 1OYUA 5FELA 159LA 1B7OA 4FJRA 3AZ6A 5HMVA 3BKVA 4PK0A 5KXTA 1GB2A 3SN6R 4NHPA 160LA 3AW6A 4NY5A 1GFJA 1UUZC 4QEQA 1GBSA 1IP1A 3MGWA 157LA 4DD0A 4DQ7A 1LSYA 2I25L 189LA 1VAUA 1L68A 5LA8A 6LZMA 181LA 3C7YA 1IP3A 3A6CY 2D6BA 2NWDX 2BQDA 4DQJA 4DJHA 2MEBA 3FADA 5APDA 4TSBA 1I1ZA 1HFZA 1QTBA 4HTKA 4PHIA 4DD3A 5B07A 1L87A 2Y8PA 104LA 1LSGA 3AJNA 1QT8A 156LA 1TCYA 232LA 2DQIY 1BB6A 2Z19A 1REMA 4N1EI 205LA 1OV7A 3GUJA 3QE8A 1LSEA 2Z6BA 2F4AA 1L82A 1LMPA 5KKJA 3DN6A 2Z38A 1C6GA 1GE2A 131LA 1LZ9A 4PJZA 1L76A 1OQMA 141LA 1C6TA 4NGYA 1LYSA 3B6LA 2HTXA 250LA 5KXOA 1IOCA 3P65A 4B4JA 3ATNA 1HSXA 4ANRA 4I7NA 1VDTA 2YBLA 1L19A 2A7DA 3K3TA 5F9UA 199LA 4H90A 3HT6A 2G4QA 1JTMA 1P37A 1HFXA 176LA 1JUGA 2DQCY 4I8SA 1KIPC 3GULA 2B73A 1G7LC 217LA 2LYZA 2VB1A 5F81A 4KPMA 5E4PA 1IC4Y 139LA 4NGZA 3F8VA 1LJKA 3QY4A 3P68A 1HSWA 4ZPUA 3F6ZA 245LA 3GUIA 4HP0A 1C7PA 5KXXA 4QDNA 1LCNA 5KXMA 1KW5A 2RAYX 3RT5X 1VDSA 1FLWA 4W59A 3M18B 4YX7C 1GFKA 172LA 3TXKA 5APCA 5DN4A 3G3XA 1IY3A 3HT9A 1FLQA 5KY1A 1CUPA 4A7DA 215LA 5FDJA 1JQUA 184LA 158LA 1QTCA 1SWYA 3C7ZA 4W54A 5DN5A 4I7MA 4BS7A 1L90A 1KY1A 2YBIA 1OV5A 1NWGA 1XEIA 1GF9A 1GB8A 1BHZA 1JISA 1OVJA 2Z39A 4W56A 162LA 4EMNA 3ULRA 3WMKA 1L16A 1L84A 3DMZA 3TMXA 4WMGA 1NKHA 2RAZX 1LZ5A 5I5QA 4M4OA 1L03A 194LA 3CDTA 4B49A 4HV2A 1DI4A 1SX2A 1C65A 2LCBA 5II3A 1L28A 1EQEA 206LA 1L53A 3NY9A 1IOTA 1NF5A 1XFPL 4FDYA 169LA 2RBOA 3A96A 2OTZX 1YAOA 3WUMA 4NWHA 4WO6A 2H5ZA 5L3HA 4AGAA 1ZYTA 1L27A 1C6AA 2ZQ4A 1D0MA 1CU5A 4H9CA 4OOTA 2B72A 4HJZA 1IOQA 1REYA 2HECA 143LA 3CQLA 1GAYA 1GFUA 2OEAX 4U3XB 1LMTA 1LHLA 4XN6A 1SLYA 3A3QA 133LA 1JKAA 2BQNA 3HUAA 4CFPA 1DYDA 4E97A 3RZEA 4H9IA 5HNLA 1LZDA 1QUGA 1LSBA 3CSZA 2DQFC 2MEAA 1CKDA 3ZEKA 1HMKA 4DD9A 174LA 2F4GA 2MECA 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1I20A 260LA 5LYZA 1IIZA 1L41A 5FCPA 1JJ1A 1JHLA 2Z2FA 4E3UA 4PPOA 4WLYA 4NGWA 1QUOA 1YKXX 1JKCA 3V2YA 3WUAA 4TTDA 1B7PA 5EBHA 3EO5A 1LYGA 1FLUA 1ZWNA 4CFOA 1GE0A 1XJUA 2ZIKA 4ARPA 2BAAA 3G3BB 111LA 1L13A 230LA 1JEFA 3AW7A 2O79A 1DYAA 5AMYA 1L11A 2HU3A 196LA 1L57A 5LYMA 1LZSA 1REXA 2A4TA 4WOAA 1AKIA 1C6JA 2XQOA 142LA 2ANVA 1D9WA 1L75A 5ILFA 1W08A 4OWBA 2BQGA 5FEKA 1IP7A 1C45A 5IDDA 4CGEA 3A8ZA 3DN4A 4L41A 4NGKA 1OWZA 3A95A 4EKSA 3SB8A 1NBZC 1L09A 2MEGA 4DDCA 4GLVA 4DKLA 1HMLA 1CKGA 3HT7A 4TX7A 1L06A 209LA 144LA 226LA 3DN2A 3SB6A 3EBAB 1FBIX 1L37A 3W6AA 4PRUA 1UA6Y 4M6DA 2NTHA 1T6VL 2CUUA 1L98A 2DQJY 3PDSA 4I7QA 4ARMB 1L63A 4W96A 4B1AA 1INUA 3BKHA 4RW1A 1BB5A 4DAJA 1REZA 231LA 1LJ4A 4RW2A 2BQFA 187LA 3OJPA 1LZBA 1LGUA 1L15A 2FYDA 3D4SA 4Z46A 1LZCA 4IJ4A 2B75A 5F14A 5B1GA 3FI7A 2GV0A 4W53A 2Z12A 3HDEA 1LYIA 2F2QA 4H9HA 2LYMA 1WQNA 2Z2EA 1FDLY 3TXGA 1WVVA 3G3WA 147LA 1LJEA 2A7FA 1HEQA 177LA 125LA 1GE1A 3CDQA 4EKQA 2H9JA 3NYAA 4DD2A 1CVKA 3CT5A 4H8YA 3HTFA 4LFXA 1K28A 1HC0A 4Z41A 1L55A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D3J A;  255L A;  1LJN A;  1RCM A;  235L A;  4H91 A;  5LVI A;  153L A;  3SP3 A;  1B7R A;  5KXW A;  1L31 A;  2BQK A;  2QB0 B;  3FE0 A;  2W1L A;  5IHG A;  1EQ5 A;  3AGH A;  2RBR A;  2B70 A;  1D0L A;  1LHM A;  1HEO A;  1QUD A;  1I56 A;  3J4G A;  1OUE A;  4LT2 A;  4ARJ A;  1C69 A;  2O7A A;  4HTN A;  4WO9 A;  4DWX A;  1L46 A;  5LYT A;  1QT3 A;  1GF3 A;  1L91 A;  3WVY A;  2BQJ A;  3T36 A;  4WL6 A;  1LZT A;  3V2W A;  1B5X A;  5LVK A;  3J6K A;  1L42 A;  4G49 A;  1L49 A;  1DPW A;  114L A;  4W52 A;  3OE9 A;  2FBD A;  1YIK A;  1P7S A;  3W6E A;  1QSA A;  1G0Q A;  3TMV A;  4H9E A;  5A3E A;  4B4E A;  3CSR A;  1SX7 A;  4XAD A;  5HNC A;  1GBX A;  4XJD A;  248L A;  227L A;  1J1X Y;  178L A;  4HV1 A;  113L A;  4NWE A;  1GXX A;  1L08 A;  4NHS A;  2ZYC A;  1ALC A;  186L A;  6LYT A;  1B6I A;  1G06 A;  1B5Z A;  1GHL A;  191L A;  4I7J A;  1LYH A;  2LZT A;  5B05 A;  1C6N A;  4OWE A;  4AQN A;  1L65 A;  2Q9E A;  4ETB A;  108L A;  4Z98 A;  4LYM A;  4NEB A;  4EXM A;  1GF4 A;  1G0L A;  3HU8 A;  4EJ4 A;  1L59 A;  109L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1D3J A;  255L A;  1LJN A;  1RCM A;  235L A;  4H91 A;  5LVI A;  153L A;  3SP3 A;  1B7R A;  5KXW A;  1L31 A;  2BQK A;  2QB0 B;  3FE0 A;  2W1L A;  5IHG A;  1EQ5 A;  3AGH A;  2RBR A;  2B70 A;  1D0L A;  1LHM A;  1HEO A;  1QUD A;  1I56 A;  3J4G A;  1OUE A;  4LT2 A;  4ARJ A;  1C69 A;  2O7A A;  4HTN A;  4WO9 A;  4DWX A;  1L46 A;  5LYT A;  1QT3 A;  1GF3 A;  1L91 A;  3WVY A;  2BQJ A;  3T36 A;  4WL6 A;  1LZT A;  3V2W A;  1B5X A;  5LVK A;  3J6K A;  1L42 A;  4G49 A;  1L49 A;  1DPW A;  114L A;  4W52 A;  3OE9 A;  2FBD A;  1YIK A;  1P7S A;  3W6E A;  1QSA A;  1G0Q A;  3TMV A;  4H9E A;  5A3E A;  4B4E A;  3CSR A;  1SX7 A;  4XAD A;  5HNC A;  1GBX A;  4XJD A;  248L A;  227L A;  1J1X Y;  178L A;  4HV1 A;  113L A;  4NWE A;  1GXX A;  1L08 A;  4NHS A;  2ZYC A;  1ALC A;  186L A;  6LYT A;  1B6I A;  1G06 A;  1B5Z A;  1GHL A;  191L A;  4I7J A;  1LYH A;  2LZT A;  5B05 A;  1C6N A;  4OWE A;  4AQN A;  1L65 A;  2Q9E A;  4ETB A;  108L A;  4Z98 A;  4LYM A;  4NEB A;  4EXM A;  1GF4 A;  1G0L A;  3HU8 A;  4EJ4 A;  1L59 A;  109L A; 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