1P5CA

Circular permutation of helix a in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
LRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNSGGAMNIFEMLRIDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Relocation or duplication of the helix A sequence of T4 lysozyme causes only modest changes in structure but can increase or decrease the rate of folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p5cA00
1L38A 127LA 1P2RA 147LA 138LA 3GUKA 234LA 1L40A 1L70A 1QTCA 3C8SA 1P36A 161LA 1C6CA 4DJHA 1CVKA 1L68A 1L77A 1L74A 219LA 1C6PA 1C6LA 1KY0A 209LA 1L90A 1JTMA 1OWZA 1QT3A 2B6YA 3HTDA 1C6JA 1C61A 165LA 5LZMA 1L58A 3L2XA 1L84A 146LA 3V2YA 1OVJA 252LA 1B6IA 225LA 1QTDA 1L83A 258LA 3HH3A 1NHBA 1D9WA 1PQMA 144LA 113LA 1ZURA 1L19A 1G06A 123LA 236LA 129LA 109LA 1L49A 249LA 1CUPA 223LA 3DKEX 1C67A 1C6EA 4AQNA 1C6TA 1P3NA 1C6GA 199LA 228LA 1L32A 2RBQA 4I7NA 3HDFA 114LA 1L63A 2OE9X 4ARPA 142LA 1C6HA 4I7OA 2RBOA 3K2RA 1C68A 1LYEA 171LA 3OE6A 3C7WA 3C7YA 1L17A 141LA 1L12A 143LA 187LA 1DYBA 4I7RA 2RAYX 257LA 3HH5A 1CX6A 1L93A 1P64A 2B6WA 1L02A 4EXMA 2Q9EA 1CV1A 2B7XA 1SWYA 1PQDA 4I7QA 131LA 1L82A 182LA 2CUUA 217LA 2LC9A 245LA 1OVHA 128LA 1WTHA 2B74A 103LA 1SSYA 3HDEA 1C6MA 166LA 4EPFA 1L39A 2A4TA 4EKRA 1D3MA 4I7TA 1ZYTA 173LA 3GUJA 1G1WA 1L55A 1L57A 1QSQA 1G07A 3C80A 1L0JA 1L91A 206LA 4EJ4A 1CV6A 108LA 137LA 1CV5A 189LA 1L76A 242LA 230LA 201LA 1L79A 1K28A 3DN2A 3CDRA 1C6KA 221LA 1L72A 158LA 1L42A 1SX2A 3EMLA 140LA 1C6FA 3NY9A 1QTHA 1C64A 1C6AA 3DN0A 1T6HA 1QUOA 2HUMA 4ARJA 4I7LA 2OTYX 240LA 238LA 1OV5A 3C83A 4YXCA 1L89A 2RB2X 1DYGA 3FI5A 1L43A 220LA 3SB9A 157LA 186LA 184LA 188LA 1L22A 218LA 2F47A 1L88A 1SSWA 2B75A 4IAPA 1L00A 2NTGA 2O79A 1LLHA 4W59A 3OE0A 1T8FA 2QB0B 145LA 3HUAA 3DN4A 4PK0A 1L51A 1JTNA 162LA 1QTBA 2LZMA 1SX7A 2OU0X 1L21A 3JR6A 1QUHA 3DMVA 3HH4A 1L24A 3NYAA 2RBNA 2ANVA 1LW9A 1D3FA 2OU8A 4DKLA 247LA 1L66A 212LA 222LA 241LA 1L36A 1L87A 1JQUA 151LA 243LA 1L48A 2RB0X 3PDSA 1G1VA 191LA 4W52A 164LA 1LGUA 1CU5A 183LA 1L81A 1LPYA 4EKSA 1KS3A 1QS5A 256LA 3D4SA 4I7MA 1C6DA 1L03A 1C63A 244LA 2ANXA 3VW7A 4LDOA 4GBRB 2LCBA 233LA 2Z6BA 1L99A 3GUPA 210LA 3LZMA 197LA 1L13A 1PQOA 3UONA 1G0QA 1T8GA 1CU6A 1P2LA 2B73A 1I6SA 3DN8A 5I14A 2B6ZA 4LZMA 1L27A 125LA 1D2WA 248LA 2F2QA 1G0GA 239LA 3DMZA 1OV7A 1G0LA 259LA 1C6NA 3G3WA 229LA 253LA 255LA 2NTHA 1P37A 167LA 237LA 1QSBA 1L86A 4PJZA 3CDVA 3DN6A 3HWLA 3C8QA 1C6QA 1QUGA 3SN6R 2RBPA 3HT8A 1L47A 3F9LA 1L34A 1OWYA 1L07A 3C7ZA 4I7KA 2OE7X 2RAZX 1L30A 2O7AA 190LA 192LA 3HU9A 205LA 3CDOA 3GUNA 111LA 1C65A 3HH6A 1L50A 1DYDA 2HUKA 169LA 1L64A 1QTVA 3HU8A 232LA 1L15A 170LA 1CX7A 3OE8A 2F32A 178LA 3HT9A 3FADA 150LA 254LA 1L94A 1CU3A 1L29A 200LA 2Q9DA 2RB1X 4I7JA 1LYDA 1C60A 4ARMA 122LA 119LA 3ODUA 4OO9A 1L37A 1L11A 1L44A 2B72A 1D3NA 1L31A 3SBAA 1CV0A 4S0WA 148LE 1L05A 1QT7A 3RZEA 3SB7A 1CV3A 1L53A 1KNIA 1CTWA 196LA 3OE9A 1P7SA 1QUDA 3FA0A 1ZWNA 3C82A 1L98A 1L97A 1DYFA 1LYFA 152LA 1OVKA 3HT6A 1DYAA 4I7PA 4I7SA 251LA 1LGWA 1QT6A 160LA 4E97A 3L64A 1L25A 2B6XA 4W53A 4ARQA 1CU0A 3NY8A 1KY1A 260LA 1L08A 1C62A 126LA 118LA 3PBLA 3V2WA 2QARC 1L73A 195LA 1L61A 6LZMA 3DMXA 3C8RA 4ZPUA 216LA 1PQKA 3RUNA 1L28A 1L20A 7LZMA 1L54A 1EPYA 1L96A 4W55A 3GULA 3HUKA 139LA 213LA 2RBSA 104LA 1L18A 4DAJA 1QS9A 227LA 215LA 1LYIA 2OEAX 250LA 1QT5A 2O4WA 3C81A 3HTGA 1LYGA 246LA 1P56A 1L46A 3DN3A 156LA 180LA 1L09A 235LA 4W58A 1L45A 3SB8A 2HULA 176LA 3CDQA 149LA 1XJTA 163LA 107LA 2B70A 3HUQA 1T8AA 1P5CA 4LDLA 1PQIA 1C6BA 1G0MA 1L23A 102LA 231LA 130LA 1CUQA 1LI6A 1PQJA 1L62A 1LWKA 112LA 1L92A 198LA 1L41A 1G0PA 175LA 1L04A 214LA 110LA 1P46A 3G3VA 181LA 4YXAC 1LYJA 172LA 262LA 155LA 1L33A 159LA 1C69A 1L35A 1L52A 1L67A 3SB6A 168LA 3G3XA 1LWGA 4ARLA 1CV4A 2B6TA 4EKPA 3GUOA 1LI3A 224LA 1OYUA 3F8VA 1CU2A 1L0KA 1L95A 2OU9A 3HTBA 1D3JA 3GUIA 1L10A 1L75A 3DNAA 177LA 1LGXA 4GRVA 4YX7C 2RBRA 1C66A 1XEPA 1L69A 2IGCA 226LA 3SB5A 1DYCA 1D2YA 4W54A 174LA 1QTZA 3CDTA 1L80A 115LA 1L65A 1QT8A 185LA 1L71A 4ARMB 3QAKA 1KW7A 1T97A 1P6YA 1L60A 3HT7A 4LDEA 1L06A 4EKQA 1TLAA 211LA 1KW5A 4W51A 2OTZX 1L26A 1LYHA 3HTFA 120LA 4W56A 2RH1A 1QT4A 3GUMA 3SBBC 1C6IA 1L85A 4EPIA 261LA 1SWZA 3DN1A 4W57A 1L59A 1G0KA 2L78A 1DYEA 1L16A 4ARQB 1L01A 1G0JA 1XJUA 1LI2A 1L56A 2OE4X 1L14A 4K5YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
127LA 3GUKA 1B7OA 1L40A 2Z18A 2BQKA 3D3DA 1D0LA 1KXXA 1L74A 219LA 209LA 1B9OA 4HSFA 3WPJA 3HTDA 3ZVQB 1C61A 1OUAA 3RZ4A 1L84A 1GB9A 146LA 1B6IA 4NWEA 1L83A 4ETBA 1PQMA 4QGZA 1L19A 2MEHA 129LA 249LA 3DKEX 1C67A 2BQLA 1LHLA 2LYOA 2DQDY 1IOSA 142LA 1LYEA 4II8A 1IWYA 1LZGA 1YROA 3C7YA 1HFXA 3WU9A 1L12A 143LA 1CKFA 4QDNA 1YQVY 3LYMA 3HH5A 1GF7A 5KXRA 2B6WA 1N4FA 4N8ZA 1WTNA 1SLYA 1CV1A 4N0JA 1PQDA 1LHHA 193LA 4GCBA 1VAUA 1ZV5L 2LC9A 6LYZA 4DD2A 1OVHA 4XJFA 4PRUA 1WTHA 1SSYA 1JTOL 1KXWA 166LA 4XYYA 1IP4A 4WG7A 1L39A 3M18B 1A2YC 1EQ4A 3B6LA 3ATNA 3GUJA 1L57A 1QSQA 4NGYA 2D4JA 1L0JA 1H87A 1L91A 1IR8A 1AKIA 189LA 242LA 2DQIY 1K28A 3CDRA 2A7DA 1L42A 140LA 4PGJB 1LZAA 1C64A 5LA5A 1JSFA 4I7LA 1GB3A 238LA 3WPKA 4C5FA 4NG8A 2RB2X 7LYZA 184LA 4G4HA 4WM1A 1B7RA 5KXOA 4W59A 4NFVA 1GBWA 3A6BY 3J4GA 145LA 3HBHA 3HUAA 2DKVA 4PK0A 1IC5Y 1IEEA 1L51A 5M1YA 1JTNA 5I4WA 162LA 1LYZA 1QIOA 1L21A 3DMVA 2YBLA 4NGKA 5K7OA 3A90A 3RU5A 1FLUA 1FLWA 1F6RA 2I26L 247LA 222LA 4GCEA 1L87A 4PRQA 3ZVQA 1IWTA 4WM3A 2I6ZA 1JJ0A 1GB2A 1C63A 2ANXA 194LA 3VW7A 4GBRB 4DD1A 233LA 2Z6BA 4ZEEA 4DD7A 197LA 3UONA 1T8GA 1I6SA 4HTNA 1D2WA 5KKJA 1G0GA 5LINA 4I8SA 4RLMA 1UCOA 1Z55A 2ZILA 253LA 1LZ1A 4ET9A 3AB6A 1DXJA 4PJZA 2DQCY 2BQBA 3C8QA 2YBJA 1IP1A 3HT8A 4WM5A 1L47A 5LAGA 4HP0A 1L34A 1OWYA 4BADA 1YAPA 1YL1X 2RAZX 2O7AA 4NEBA 2DQAA 3CDOA 3GUNA 4CFOA 1C65A 1GDWA 1QTVA 1B5UA 2HUBA 1LSFA 4H94A 2F32A 1GEVA 4GLAA 150LA 254LA 4P2EA 5HQ1A 5APFA 4CFPA 200LA 4O34A 5B06A 1J1PY 3ODUA 4ETAA 2YBMA 4OO9A 1IIZA 2MECA 2BAAA 3MGWA 1WTMA 1LSZA 3SP3A 148LE 1BB5A 1XSFA 3SB7A 1L53A 4NIJA 3A96A 1KIRC 1QUDA 2ZNWY 1ZWNA 4EOFA 1HEMA 1L97A 1GFRA 1FLYA 1LYFA 4I7SA 3W3EA 1NHEA 4E97A 2BQGA 1IP3A 4OWBA 1VDTA 3NY8A 2BQMA 5ILCA 4OWCA 3HBDA 126LA 3V2WA 1BWJA 2CJLA 1L73A 1B7LA 1JUGA 5LYTA 1IWWA 4FDYA 1L20A 7LZMA 4W55A 1LHMA 1XGQC 4N5RA 2RBSA 1XGUC 1HEOA 1H6MA 1LJKA 2EPEA 1T6VL 1UIGA 1LZSA 1LZDA 5FHWA 1LZNA 2O4WA 5LVJA 1IR7A 3P65A 2ZIJA 1LYGA 1GBXA 1P56A 1L46A 4YOPA 156LA 1UA6Y 1ALCA 4HV1A 4G4CA 1L45A 1LJ4A 107LA 1WVUA 3WPLA 2G4NA 3GXKA 4LDLA 5I5QA 2IHLA 1GF5A 1UC0A 102LA 130LA 3QE8A 1LI6A 1PQJA 1LJNA 1LZ4A 1LWKA 112LA 1VDSA 5LVKA 2HEDA 1G0PA 1L04A 1GWDA 1P46A 181LA 1F10A 4PPOA 155LA 9LYZA 3SB6A 5KXLA 1LWGA 2D6BA 135LA 1GFVA 1WQNA 4ARLA 1BB6A 1LI3A 1L0KA 5KXYA 3WYHA 3EBAB 3DNAA 1LGXA 3WUAA 1GF0A 1L69A 226LA 1DYCA 4OW1A 4LYCA 1BHZA 3QAKA 1KW7A 4NSIA 4EKQA 1REYA 1GFAA 3WXTA 4ETEA 211LA 4LT3A 3HTFA 1REZA 1HEWA 1JITA 3AW6A 4WM2A 4EPIA 3WW6A 4W57A 1LYOA 1DYEA 1L01A 4DDCA 1LI2A 1L56A 3CSQA 4B4IA 1LSEA 1QTCA 2BQFA 2BQAA 1JKAA 1C6CA 3CQLA 4DJHA 1CVKA 2XQOA 4ETDA 1G7JC 1LJFA 1L77A 1B7SA 5LAFA 1C6LA 1NF5A 1WQMA 1QT3A 2B6YA 1DI4A 4FJRA 165LA 2HEEA 4IJ4A 2HU3A 3WULA 5F14A 2YVBA 1DPWA 1JJ1A 2Z38A 1LAAA 258LA 3N9AA 1NHBA 4H9CA 1D9WA 3HFMY 5KXSA 113LA 4TX7A 1OUCA 1UIDA 4OOTA 1CUPA 1LYYA 4LYTA 4AQNA 1C6TA 1HF4A 1V7TA 199LA 228LA 1L32A 2RBQA 1FBIX 3A6CY 5KY1A 1L63A 2OE9X 4X3BA 2RBOA 4PHIA 3WUMA 134LA 1OUJA 1RCMA 3A95A 1L17A 4L41A 1DYBA 4J1BA 2RSCA 3FI7A 4MSTA 1B5VA 1ZMYL 1GB7A 1NMMA 2YSSC 131LA 1L82A 182LA 2CUUA 4ANRA 4NHQA 217LA 128LA 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178LA 3FADA 1L94A 1CU3A 1L29A 1VFBC 2RB1X 4I7JA 1OUFA 5E9RA 1A4VA 2MEDA 5LIOA 5DM9A 5KXNA 1LSMA 3EMSA 2B72A 1YAOA 1D3NA 2H9KA 1C7PA 1CV0A 4S0WA 2EKSC 3RZEA 4GN3A 1D6PA 2MEIA 3OE9A 1G7IC 5HNCA 1YILA 2ZIKA 1L98A 4GCDA 4OOOA 1GFJA 4H9HA 152LA 1OVKA 160LA 3L64A 4ARQA 1CU0A 260LA 1BGIA 2X0AA 1GBSA 1GD6A 1L08A 4HTKA 1JHLA 5DLAA 195LA 6LZMA 5KJ9A 3TMXA 1PQKA 1EPYA 1L96A 5IDDA 3HUKA 2F2NA 213LA 5FSTA 3AZ4A 2YBNA 104LA 1B7PA 1CJ8A 2EQLA 3M3UA 215LA 3B0IA 1LZTA 4DWXA 4WLYA 4BAFA 1HFZA 2FYCA 246LA 4KPMA 180LA 235LA 2HULA 3HUQA 1UIFA 1C08C 4YEOA 1C6BA 1GBZA 1OP9B 4H8XA 1HELA 5IELA 1L92A 1L41A 1XGPC 4UWVA 110LA 3G3VA 1IR9A 172LA 3BKVA 1C69A 1YKZX 1BQLY 2B6TA 4EKPA 1IP6A 2DQHY 3GUOA 1CU2A 2N5ZA 5HMVA 2BQNA 3CSRA 1L10A 1L75A 177LA 1GAZA 4GRVA 3LYOA 5HNLA 4YX7C 2RBRA 4H8ZA 1C66A 1GFKA 2IGCA 1OUBA 1D2YA 4W54A 3A91A 5D5CA 1BVKC 1IORA 1QT8A 4MR1A 1L71A 4ARMB 1T97A 1L60A 3HT7A 4LDEA 1VEDA 5HLLA 1TLAA 1KW5A 1QSWA 5C6LA 4W51A 5T3FA 1GB0A 1WVVA 2Z39A 4LT2A 5KXKA 1QT4A 1GB8A 1LOZA 3SBBC 2DQGY 4H9EA 261LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 127L A;  3GUK A;  1B7O A;  1L40 A;  2Z18 A;  2BQK A;  3D3D A;  1D0L A;  1KXX A;  1L74 A;  219L A;  209L A;  1B9O A;  4HSF A;  3WPJ A;  3HTD A;  3ZVQ B;  1C61 A;  1OUA A;  3RZ4 A;  1L84 A;  1GB9 A;  146L A;  1B6I A;  4NWE A;  1L83 A;  4ETB A;  1PQM A;  4QGZ A;  1L19 A;  2MEH A;  129L A;  249L A;  3DKE X;  1C67 A;  2BQL A;  1LHL A;  2LYO A;  2DQD Y;  1IOS A;  142L A;  1LYE A;  4II8 A;  1IWY A;  1LZG A;  1YRO A;  3C7Y A;  1HFX A;  3WU9 A;  1L12 A;  143L A;  1CKF A;  4QDN A;  1YQV Y;  3LYM A;  3HH5 A;  1GF7 A;  5KXR A;  2B6W A;  1N4F A;  4N8Z A;  1WTN A;  1SLY A;  1CV1 A;  4N0J A;  1PQD A;  1LHH A;  193L A;  4GCB A;  1VAU A;  1ZV5 L;  2LC9 A;  6LYZ A;  4DD2 A;  1OVH A;  4XJF A;  4PRU A;  1WTH A;  1SSY A;  1JTO L;  1KXW A;  166L A;  4XYY A;  1IP4 A;  4WG7 A;  1L39 A;  3M18 B;  1A2Y C;  1EQ4 A;  3B6L A;  3ATN A;  3GUJ A;  1L57 A;  1QSQ A;  4NGY A;  2D4J A;  1L0J A;  1H87 A;  1L91 A;  1IR8 A;  1AKI A;  189L A;  242L A;  2DQI Y;  1K28 A;  3CDR A;  2A7D A;  1L42 A;  140L A;  4PGJ B;  1LZA A;  1C64 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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