1P64A

T4 lysozyme core repacking mutant l133f/ta
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p64A00
127LA 2RBPA 4EPIA 1L18A 4YXAC 1OWYA 4EPFA 4LZMA 225LA 1DYCA 229LA 231LA 3G3VA 3D4SA 198LA 1L51A 3C81A 1L63A 3C7WA 3HT8A 3OE8A 197LA 139LA 164LA 2B72A 126LA 1P2RA 1LWGA 3CDRA 1L62A 237LA 1LYEA 4DKLA 1LGUA 3HH6A 1L74A 2A4TA 3C80A 3DMXA 249LA 1L85A 2RB2X 258LA 174LA 1D3FA 184LA 178LA 3FI5A 1G1VA 1DYAA 103LA 209LA 4K5YA 1L44A 2Q9DA 3DN8A 2F47A 1C6FA 1QTBA 4YXCA 1C65A 1L33A 1P6YA 3C8QA 160LA 4I7TA 1L77A 1L0KA 1G1WA 2B70A 1L17A 1L32A 1WTHA 2LCBA 1L16A 1L69A 3DN1A 2B6YA 1CU0A 1L60A 166LA 1L41A 1QTDA 181LA 1L81A 240LA 1CV5A 1L03A 3VW7A 1C6IA 1G07A 1L89A 1G0QA 4W59A 1OVHA 3CDOA 3C7ZA 3HTFA 1L49A 3GULA 4GBRB 1C67A 1CVKA 1L92A 3GUNA 206LA 1QT8A 1JQUA 1L99A 1G0GA 2O7AA 1L11A 3L64A 1LYJA 122LA 2L78A 1C6TA 1L48A 4DAJA 1CU2A 107LA 1T8FA 1L45A 1L09A 1L25A 2B7XA 1CV1A 3LZMA 1L34A 254LA 205LA 1CTWA 1L61A 235LA 2RB0X 151LA 1KY1A 110LA 7LZMA 3C83A 112LA 3DN0A 3OE9A 232LA 163LA 1C6EA 1QT3A 1L38A 140LA 1L52A 191LA 2B6ZA 1SX2A 1L57A 3GUOA 131LA 1L04A 1L64A 3CDTA 1D3MA 3F9LA 3GUJA 1L95A 3DNAA 1P64A 1QT6A 1L20A 256LA 1P37A 1P46A 155LA 1T6HA 3HTGA 165LA 3SB5A 1OYUA 1L98A 1C6PA 1L37A 1XJTA 2Q9EA 3FADA 1C6KA 243LA 4E97A 4I7KA 1CU6A 2OE4X 226LA 138LA 1C66A 3SN6R 1I6SA 182LA 1P36A 261LA 1QUDA 1L39A 2B6WA 2QB0B 1DYGA 1PQKA 3SB9A 3RUNA 2HULA 1L01A 4EXMA 1ZYTA 1G0JA 213LA 1CV3A 4I7OA 141LA 3NY9A 1L19A 1LGXA 1OVJA 1C6BA 1CU5A 200LA 3HH5A 5I14A 1LI2A 187LA 1DYBA 252LA 4W53A 1LYHA 233LA 1KW5A 5LZMA 214LA 234LA 108LA 3GUIA 1L97A 2RAYX 1C69A 1L42A 1QTZA 217LA 1LYGA 1L53A 247LA 1C6MA 195LA 185LA 1L59A 1LYIA 1CUQA 1P5CA 3HT7A 1D2YA 1OWZA 1L06A 1L40A 4ARMA 144LA 175LA 2RBRA 4W55A 4EKQA 1QTVA 4ARLA 1CUPA 2OU0X 3HH4A 1SSYA 3NY8A 1C64A 1K28A 172LA 3UONA 3SBAA 1L68A 245LA 1QS5A 3FA0A 3HU8A 244LA 3HH3A 1LI6A 1L10A 188LA 4I7LA 1L30A 4LDEA 3C8SA 4I7PA 1D3JA 176LA 1LYDA 152LA 192LA 1L08A 1L72A 1C6AA 157LA 227LA 2HUKA 130LA 1L65A 1KS3A 2B73A 1ZURA 2OU8A 6LZMA 4ARMB 1L27A 3V2YA 1L75A 3HU9A 1L50A 1L31A 230LA 1EPYA 186LA 1PQJA 1G0LA 2B6XA 1L43A 2B74A 4S0WA 2O4WA 113LA 168LA 1CX6A 1L58A 183LA 1C6DA 1QUOA 3CDQA 1B6IA 161LA 1L07A 1L24A 1L02A 3DN4A 1SX7A 189LA 250LA 1QUGA 4I7MA 4IAPA 1G06A 1CU3A 2NTGA 3HUAA 1L56A 228LA 1XJUA 158LA 150LA 1XEPA 3K2RA 2B6TA 1P2LA 2ANXA 3PDSA 1L14A 3ODUA 128LA 1D3NA 2OTZX 2QARC 3PBLA 1L67A 1P56A 1NHBA 3DKEX 3G3XA 167LA 118LA 2F2QA 123LA 224LA 4PJZA 1L47A 4ARPA 4W52A 1LPYA 3DN2A 3SB7A 1KNIA 1L00A 4I7NA 2IGCA 3SBBC 3C82A 1L22A 3GUMA 171LA 248LA 1G0KA 1P7SA 1L91A 1P3NA 4I7SA 180LA 1PQDA 125LA 1OV7A 142LA 1DYEA 3V2WA 3C7YA 3CDVA 211LA 1L13A 3GUPA 137LA 1C6QA 4GRVA 1L88A 3DN3A 111LA 2RBNA 1L0JA 1QUHA 1SSWA 1L71A 3F8VA 1L87A 1DYFA 4PK0A 260LA 1PQMA 2OE9X 251LA 109LA 1L15A 1L35A 2Z6BA 220LA 1SWYA 1QT5A 1QT4A 3EMLA 115LA 1QT7A 3RZEA 3DN6A 222LA 1KY0A 3HTBA 216LA 104LA 2LZMA 3OE0A 4YX7C 196LA 4EJ4A 145LA 236LA 1T8AA 255LA 1L93A 170LA 3HT6A 3HWLA 190LA 1L83A 1OV5A 2OU9A 1OVKA 4I7QA 146LA 2RBQA 253LA 1L79A 4ARQA 2CUUA 3SB8A 1LW9A 162LA 3L2XA 1C61A 114LA 1C6GA 4ARJA 3HDFA 219LA 1L76A 3DMVA 1CV4A 1QTCA 1PQOA 4LDOA 4AQNA 177LA 1QSBA 1KW7A 1QSQA 1L90A 119LA 147LA 173LA 238LA 4EKSA 129LA 3G3WA 2RAZX 3GUKA 212LA 3OE6A 218LA 1C62A 1C63A 1JTNA 3DMZA 120LA 4EKRA 4W51A 1L46A 4I7JA 3C8RA 4ARQB 1C68A 4ZPUA 4W57A 3SB6A 1LLHA 3HUQA 148LE 1L66A 4DJHA 1D9WA 1JTMA 143LA 1C6NA 1G0PA 2O79A 3HTDA 3QAKA 1L26A 156LA 1L80A 239LA 259LA 3HUKA 2F32A 2RBOA 1L82A 3HDEA 1L05A 1L21A 1C60A 1TLAA 1L73A 102LA 2RH1A 4EKPA 1CV0A 1L55A 1L84A 2HUMA 4W58A 2RB1X 4W56A 1ZWNA 2OEAX 4OO9A 3JR6A 149LA 1L70A 1CX7A 257LA 1LI3A 1LWKA 1C6CA 1L28A 1CV6A 215LA 210LA 223LA 1SWZA 2ANVA 2RBSA 1T97A 1C6JA 1G0MA 201LA 1LYFA 262LA 241LA 242LA 2OE7X 4I7RA 159LA 221LA 2NTHA 1L94A 3NYAA 1L54A 1L23A 1C6HA 4W54A 1D2WA 199LA 1T8GA 246LA 169LA 1QS9A 2LC9A 1L36A 2B75A 4LDLA 1L12A 1C6LA 1QTHA 3HT9A 1L96A 1L29A 1DYDA 1PQIA 1LGWA 2OTYX 1L86A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZEEA 4EPIA 4XJIA 1L18A 5LVHA 229LA 231LA 3G3VA 5HMVA 3C81A 4N5RA 3C7WA 1GBZA 4B4EA 126LA 1WVVA 5KXOA 4DKLA 1LGUA 3TXHA 5ILFA 1L74A 3DMXA 1LZEA 1Z55A 1WQOA 3N9CA 3ZEKA 258LA 174LA 178LA 4IJ4A 4XADA 4GCBA 4K5YA 2Q9DA 2F47A 3HBHA 1QTBA 5B1GA 3RNXA 1GB6A 1P6YA 4N1EI 5LYZA 1L77A 1BB6A 1WTHA 2DQJY 1L16A 1CU0A 1LHHA 1BWJA 181LA 1L81A 5F81A 3VW7A 4HPIA 4LYBA 3C7ZA 1T6VL 1L49A 207LA 3GULA 2XBSA 1LZ8A 1W08A 1QT8A 2O7AA 1L11A 1LYJA 1LZ1A 1CU2A 5KKJA 1UIFA 4XJGA 1LSFA 1CV1A 3LZMA 254LA 205LA 151LA 1B9OA 4ET9A 1C10A 4LT1A 1IORA 1JTTL 2DKVA 1L57A 1NHEA 4DD7A 1YILA 1B7RA 1JSFA 4DD3A 1L95A 3DNAA 3LZ2A 5HMJA 3GXKA 2A7DA 1P46A 4H9HA 1LPIA 1XJTA 5IDDA 1C66A 1GD6A 3SN6R 1P36A 4NGKA 4TUNA 1GF5A 1LMPA 1TEWA 1ZYTA 4DD2A 213LA 3AYQA 1GFGA 2MECA 1OP9B 4I7OA 7LYZA 4FDYA 1CU5A 3HH5A 4WM5A 187LA 4YEOA 5I4WA 193LA 1DYBA 4W53A 2W1XA 2EQLA 108LA 1IY3A 4II8A 4CHXA 1GDWA 4RLMA 4EMNA 3WYHA 217LA 247LA 1C6MA 195LA 1L59A 1BVXA 1GAYA 1GE0A 1OWZA 1D0LA 1GFTA 3FE0A 2D91A 1HMLA 144LA 1V7TA 208LA 4EKQA 1QTVA 2Z2EA 1LZTA 3NY8A 1C64A 1K28A 172LA 1L68A 245LA 3AW6A 3FA0A 3HU8A 4W96A 5LIOA 1L10A 4H90A 4LYTA 4HJVA 1L30A 4WM6A 3WXUA 4LDEA 4DD0A 1NDMC 1B7LA 176LA 1CKGA 1GFVA 1LYDA 1YAOA 2H5ZA 1C6AA 227LA 130LA 2B73A 5KXLA 3RZ4A 1L27A 4NGIA 1LMTA 1ZVYB 1CKDA 3CT5A 4S0WA 2Q0MX 1L58A 183LA 3WPKA 1F10A 1L24A 1L02A 4LFPA 5HLLA 3HBEX 1LZ9A 1GXXA 5KXNA 5I4YA 1XJUA 150LA 1LSAA 1XEPA 2YBIA 1P2LA 3PDSA 3ODUA 1D3NA 2QARC 1FDLY 2Z18A 5L3HA 1JSEA 5APFA 3HBDA 5B59A 1IP7A 1C7PA 3DN2A 1HELA 1N4FA 2IGCA 4W94A 3SP3A 1L22A 1H6MA 1WTMA 2BQOA 1JUGA 1LZYA 1DYEA 3CDVA 5DLAA 211LA 137LA 3A90A 1DI3A 1C6QA 4GRVA 1LZ5A 1L0JA 3TXJA 1B5WA 1EQEA 4H8YA 4PRUA 1OUJA 109LA 2BQCA 4FJRA 1GB8A 1SWYA 1QT5A 115LA 3RZEA 4MR1A 3WU7A 4LGKA 1QSWA 222LA 1KY0A 1E8LA 2Z38A 3OE0A 196LA 2ZILA 145LA 1T8AA 1L93A 1LZBA 4H91A 4HTNA 1L83A 4ANRA 2RBQA 1GEZA 1L79A 1HENA 3SB8A 1LJHA 1LW9A 1LJEA 1D0MA 4YM8A 1CV4A 1NMMA 8LYZA 1GF4A 4DWXA 5KY1A 1HHLA 119LA 4BS7A 173LA 3TMXA 5I5QA 3G3WA 3EBAB 4WMGA 3LHMA 1IP5A 3DMZA 120LA 1DI5A 1LJFA 4W51A 5HNLA 3WW5A 1LLHA 1ALCA 3HUQA 148LE 1L66A 1JTMA 143LA 1G0PA 1GDXA 3QAKA 4DDBA 1L26A 3OK0A 239LA 3A96A 1LYZA 2HUBA 2F32A 3HDEA 1IP1A 1L73A 2DQCY 3IJVA 5C6IA 2D6BA 5KXKA 3WPLA 1B7SA 1L84A 1TCYA 3JR6A 5L3IA 2BLYA 1CX7A 3W6CA 257LA 5B06A 1OUEA 1GEVA 210LA 2ANVA 5D5FA 1EQ4A 1LOZA 3G3BB 1WQPA 1P2CC 1IC4Y 4CGEA 1LZRA 1LYFA 262LA 4LT2A 4NG1A 2HEAA 2OE7X 1IP3A 1YKZX 5LINA 4DQJA 3A8ZA 4W54A 1D2WA 199LA 3WVXA 3AW7A 1L36A 4HPEA 1C6LA 1GBOA 1YAQA 5APDA 1LGWA 2OTYX 4PGJB 127LA 4YXAC 1OWYA 4XJFA 1VAUA 4H9AA 1L51A 2BLXA 1IR7A 3GXRA 3OE8A 1QUTA 2B72A 1LZNA 1C08C 2MEDA 4H9CA 1LWGA 3B72A 3IJUA 237LA 3HH6A 2MEIA 3A6BY 5LXWA 2B5ZA 249LA 4YEMA 1D3FA 184LA 3FI5A 3BKVA 1G1VA 1OUDA 2FBBA 1LMOA 4NWEA 4LT0A 1GF9A 1DYAA 1G7LC 1YROA 3WH1A 4H93A 1GB7A 1LSCA 1JJ0A 1L33A 5KKIA 3C8QA 4I7TA 1FKQA 2B70A 1L17A 2LCBA 3DN1A 2B6YA 1QTDA 1CV5A 1L03A 1C6IA 4CJ2A 1L89A 1G0QA 4W59A 4D9ZA 3TXKA 1CVKA 2N5ZA 4PRQA 2W1MA 4NGLA 2L78A 4DAJA 3B6LA 1LZCA 5FCPA 1CKCA 1GE2A 4CFPA 9LYZA 1CTWA 1L61A 235LA 4YOPA 4N8ZA 2RB0X 1REXA 1KY1A 110LA 3C83A 1LKSA 3OE9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ZEE A;  4EPI A;  4XJI A;  1L18 A;  5LVH A;  229L A;  231L A;  3G3V A;  5HMV A;  3C81 A;  4N5R A;  3C7W A;  1GBZ A;  4B4E A;  126L A;  1WVV A;  5KXO A;  4DKL A;  1LGU A;  3TXH A;  5ILF A;  1L74 A;  3DMX A;  1LZE A;  1Z55 A;  1WQO A;  3N9C A;  3ZEK A;  258L A;  174L A;  178L A;  4IJ4 A;  4XAD A;  4GCB A;  4K5Y A;  2Q9D A;  2F47 A;  3HBH A;  1QTB A;  5B1G A;  3RNX A;  1GB6 A;  1P6Y A;  4N1E I;  5LYZ A;  1L77 A;  1BB6 A;  1WTH A;  2DQJ Y;  1L16 A;  1CU0 A;  1LHH A;  1BWJ A;  181L A;  1L81 A;  5F81 A;  3VW7 A;  4HPI A;  4LYB A;  3C7Z A;  1T6V L;  1L49 A;  207L A;  3GUL A;  2XBS A;  1LZ8 A;  1W08 A;  1QT8 A;  2O7A A;  1L11 A;  1LYJ A;  1LZ1 A;  1CU2 A;  5KKJ A;  1UIF A;  4XJG A;  1LSF A;  1CV1 A;  3LZM A;  254L A;  205L A;  151L A;  1B9O A;  4ET9 A;  1C10 A;  4LT1 A;  1IOR A;  1JTT L;  2DKV A;  1L57 A;  1NHE A;  4DD7 A;  1YIL A;  1B7R A;  1JSF A;  4DD3 A;  1L95 A;  3DNA A;  3LZ2 A;  5HMJ A;  3GXK A;  2A7D A;  1P46 A;  4H9H A;  1LPI A;  1XJT A;  5IDD A;  1C66 A;  1GD6 A;  3SN6 R;  1P36 A;  4NGK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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