1P6YA

T4 lysozyme core repacking mutant m120y/ta
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p6yA00
199LA 191LA 1CX6A 3L2XA 4ARMB 1L85A 1L88A 1L51A 1L39A 175LA 1OWYA 3UONA 2O79A 1T8AA 195LA 1QSQA 228LA 1C6NA 5LZMA 200LA 1QT5A 3C8QA 183LA 4K5YA 1L91A 1L95A 1L26A 1QTDA 3HTDA 1L34A 1D3JA 1L49A 1L47A 1C64A 108LA 1L14A 115LA 141LA 1L35A 252LA 1PQMA 4I7JA 152LA 3QAKA 4ARMA 2LZMA 1G0MA 1QT8A 3SB5A 147LA 1L41A 3GUNA 4I7KA 1L00A 1QS9A 4EPIA 2OU8A 1P46A 227LA 2NTGA 240LA 1DYGA 1PQKA 187LA 1CU0A 2O7AA 1L59A 1LPYA 1L42A 3HU8A 1OVJA 146LA 1LWKA 1C63A 1PQDA 149LA 4I7TA 3SB8A 150LA 215LA 189LA 251LA 1XJUA 103LA 4W52A 1G07A 1L69A 225LA 2B6ZA 1CU5A 1SWYA 1L29A 2OEAX 2ANVA 3HU9A 1QUOA 1C6TA 3NYAA 5I14A 168LA 3ODUA 148LE 2RH1A 3LZMA 111LA 1P7SA 1QTBA 2RB0X 120LA 1L70A 1C69A 230LA 1L0KA 1DYCA 3RUNA 166LA 1XEPA 151LA 125LA 3C81A 1D2YA 1EPYA 1OVHA 248LA 4EXMA 2RB1X 1LYHA 3RZEA 1L36A 1D2WA 4ARLA 245LA 1L74A 174LA 162LA 212LA 1L90A 1L06A 142LA 143LA 1L16A 163LA 177LA 139LA 1T8FA 4LDOA 2RAZX 243LA 4YXAC 1L20A 2O4WA 3HTBA 3HTFA 2B75A 1L99A 192LA 1L17A 122LA 1JQUA 4EKSA 3HT8A 113LA 1L37A 2B7XA 4AQNA 1C6DA 4LDLA 253LA 4GRVA 3G3WA 1KW5A 1LYEA 1L03A 1L10A 1SSWA 1L73A 4OO9A 1L23A 1L38A 1C6CA 4DJHA 3C7WA 242LA 247LA 2OE9X 1C66A 114LA 1L46A 1PQJA 129LA 1L64A 1JTNA 3G3XA 1JTMA 140LA 1C68A 1L22A 1L0JA 2QARC 6LZMA 1ZWNA 2ANXA 3OE8A 1G0JA 4W55A 1L43A 4EKQA 1C6KA 1L84A 1L53A 161LA 1D3NA 1LYIA 233LA 4DKLA 184LA 1G1WA 1L09A 259LA 172LA 3C8SA 3C8RA 3C7ZA 1G0GA 2F47A 1QT3A 1L75A 1L44A 236LA 1CU3A 1L12A 1L62A 3F8VA 1C6HA 4YX7C 1ZYTA 4PK0A 3DNAA 1L21A 1L19A 4ARJA 3HH4A 170LA 128LA 1G1VA 1L48A 1L65A 3HDEA 1L79A 4I7OA 4I7PA 3HT6A 1L52A 1L30A 1KS3A 235LA 131LA 1B6IA 2B70A 1LW9A 2HUKA 3GUPA 1C6IA 2RAYX 1P6YA 249LA 2IGCA 4I7NA 137LA 237LA 3C80A 1L25A 3NY8A 232LA 3V2YA 3SN6R 3OE9A 3SBAA 167LA 238LA 1C6AA 1C6LA 1LYGA 2NTHA 3HTGA 4LDEA 1QTZA 1CUQA 2HUMA 1G0LA 1L27A 4GBRB 2OE4X 3FI5A 1XJTA 2OTZX 1WTHA 156LA 1C60A 1CTWA 157LA 102LA 4DAJA 197LA 3V2WA 1L24A 181LA 3HDFA 214LA 1P2LA 1CV6A 4ZPUA 3VW7A 217LA 3GUJA 2RB2X 1C6QA 1L02A 1L28A 1C62A 107LA 1L98A 169LA 3HT9A 216LA 220LA 4W53A 1L87A 1OWZA 2Q9DA 1CU2A 3DMZA 1QS5A 1L40A 1SWZA 1L50A 1P2RA 7LZMA 1KY1A 145LA 1C67A 1CV4A 205LA 1SX7A 1L15A 3JR6A 1L13A 3SB7A 3DMXA 155LA 1L63A 255LA 1QT6A 3DMVA 1P5CA 246LA 219LA 1OV5A 1L76A 138LA 1DYDA 1L31A 1L56A 1QUHA 3C7YA 1L83A 3HUAA 2OTYX 3FA0A 2OE7X 1L60A 1L93A 1CUPA 4W56A 3GUMA 218LA 1C65A 3CDOA 1PQOA 164LA 110LA 1C61A 2A4TA 2HULA 118LA 176LA 3SB9A 2B72A 206LA 1L55A 1LI3A 2F2QA 1C6FA 1PQIA 4W51A 3DN8A 2LCBA 1CVKA 1L07A 2RBOA 1CV1A 2OU9A 1L58A 1L89A 201LA 2RBPA 4I7QA 1NHBA 1QT7A 221LA 158LA 186LA 1QSBA 1TLAA 165LA 1LYDA 1L32A 1I6SA 1P3NA 4EJ4A 3HT7A 1SSYA 3CDQA 123LA 1OYUA 1QT4A 1G0QA 2RBRA 2RBNA 1C6JA 3HH5A 3HWLA 4W57A 4ARPA 1L67A 1LGXA 1OV7A 222LA 1L01A 1L11A 1P64A 1L54A 1LWGA 3D4SA 1CV5A 3FADA 1KNIA 1D9WA 1KW7A 1DYBA 4IAPA 1L92A 3GUKA 4YXCA 1C6PA 1CX7A 231LA 1T6HA 3EMLA 4I7RA 3GUIA 4EKPA 254LA 3K2RA 3HH3A 2LC9A 3F9LA 1L82A 180LA 261LA 256LA 1LGWA 1CV3A 1L72A 2L78A 130LA 1P56A 3SBBC 1L66A 1K28A 2B6WA 2RBSA 4I7MA 196LA 3L64A 3DN0A 1L96A 1QTVA 1LYFA 190LA 3DN6A 1G06A 1SX2A 1QTHA 1L08A 1LLHA 1C6GA 1OVKA 3DN4A 1P37A 185LA 223LA 229LA 4W58A 4I7LA 1DYFA 1CV0A 160LA 1QUGA 2B6XA 2Z6BA 1D3FA 257LA 4EPFA 1L61A 3OE0A 1L80A 210LA 258LA 234LA 1L77A 3HUQA 4PJZA 1QUDA 4W59A 173LA 3G3VA 209LA 3HUKA 1LI6A 178LA 1L45A 1DYEA 2CUUA 1L81A 3C82A 1C6EA 3DN3A 1L05A 1L71A 262LA 171LA 1P36A 1LGUA 144LA 226LA 1G0KA 224LA 3HH6A 1KY0A 3SB6A 188LA 159LA 109LA 1L04A 239LA 1C6MA 4W54A 2Q9EA 2F32A 119LA 241LA 3C83A 3GULA 1L18A 260LA 1T8GA 213LA 1L68A 2B6YA 1C6BA 127LA 3DN2A 3DKEX 1T97A 4ARQB 3CDVA 3CDTA 4LZMA 3PDSA 1CU6A 2B74A 3DN1A 1LI2A 182LA 126LA 2B6TA 1QTCA 2RBQA 104LA 244LA 1LYJA 1DYAA 1L97A 1G0PA 1L33A 2OU0X 211LA 250LA 4E97A 1L94A 1L86A 4EKRA 1L57A 2B73A 4I7SA 112LA 4S0WA 1ZURA 3OE6A 198LA 3GUOA 3CDRA 3NY9A 4ARQA 3PBLA 1D3MA 2QB0B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
199LA 4YOPA 2ZILA 1NDMC 1LJFA 1OWYA 4LYOA 2Z2EA 195LA 4NGJA 4NGZA 4HPIA 2H9JA 1L26A 3HTDA 4NSGA 1B5XA 1C64A 1L14A 2FBBA 115LA 4LT0A 252LA 5C6JA 1PQMA 4I7JA 4WLDA 152LA 1LYYA 4FDYA 1H87A 3B72A 1L41A 3GUNA 1QS9A 1B7LA 1LTMA 2BQAA 1XGUC 3LZ2A 3WVXA 1PQKA 3TXJA 187LA 2O7AA 5I4YA 2BQBA 2BQFA 1LWKA 5F9XA 1C63A 1GE3A 3A3QA 1GBXA 215LA 1XJUA 1P2CC 2ZQ4A 1OUBA 2CJLA 4BS7A 1TBYA 4O34A 1LZYA 5LVJA 3HU9A 1C6TA 2BQGA 1B5UA 1CJ6A 1XSFA 4G9SA 1BB6A 3ODUA 4Z3MA 3W6CA 1LMAA 1C69A 4J0LA 1OUAA 2GV0A 1L0KA 1DYCA 2Y8PA 1NMMA 5APFA 1XEPA 4H9AA 1GB0A 248LA 2IHLA 3LYTA 5DN5A 4WM1A 1D0MA 1TCYA 1L90A 1OUEA 4HTQA 4IATA 1LSFA 2O4WA 4H9CA 3HTBA 122LA 3P65A 4EKSA 3HT8A 5F9UA 1L37A 4AQNA 1C6DA 1JTTL 1IWXA 253LA 1KW5A 1SSWA 5LIOA 1VDTA 4NIJA 193LA 2BQNA 4YEMA 2OE9X 4OW1A 1REXA 114LA 1BQLY 3SP3A 3B0KA 3CT0A 1JTMA 3TMWA 2QARC 3P64A 2ANXA 3TMUA 1G0JA 4W55A 4ETCA 1YKYX 1GE4A 259LA 3C8SA 2F47A 4OWEA 1CKDA 3B0OA 3LYMA 1LOZA 236LA 1B5VA 1L12A 1YIKA 3P66A 3P68A 1L21A 128LA 1IWTA 1LYSA 1L65A 4I7OA 4HPEA 3HT6A 5KXXA 3A67Y 2MEFA 1P6YA 137LA 3C80A 1L25A 4H1PA 5LXWA 2ZIJA 3OE9A 3A6CY 238LA 1VFBC 1C6LA 1LYGA 4YEOA 4LDEA 1CUQA 2HUMA 4NGKA 4GBRB 2F4AA 157LA 4BAPA 2YSSC 1DKKA 1GE0A 4LT1A 2RB2X 1LZGA 1C6QA 1L28A 107LA 3LYOA 134LA 1AT5A 4ZIXA 1L87A 2LYMA 1L40A 145LA 1CV4A 205LA 1L15A 1DPXA 1GFTA 1LMOA 255LA 2I25L 1LJIA 3RZ4A 4WL6A 4PJ2C 138LA 1DYDA 3G3BB 1QUHA 1L83A 1LZ6A 2OTYX 1JIYA 2Z12A 4ANRA 1L93A 1ZMYL 2BQHA 1H6MA 1QUTA 4I8SA 2A4TA 2FYDA 3AJNA 1B7QA 1IP3A 2YBIA 4UWNA 4H93A 1AZFA 2W1MA 3A92A 1DI5A 2RBPA 4B0DA 158LA 1QSBA 1GD6A 5KXLA 1TLAA 165LA 2EPEA 1MELL 2ZNXY 4QY9A 4GCCA 5LVHA 1BGIA 1LHIA 123LA 1G0QA 2RBRA 3IJVA 3HWLA 4M4OA 2MEGA 1JHLA 4PHIA 1VDSA 1L54A 1GFEA 3FADA 1F6RA 4EKPA 1T6HA 3GUIA 4DDBA 2LC9A 1L72A 130LA 4ZEEA 5FSTA 1B2KA 3CB7A 4I7MA 1GF9A 4G4BA 1REMA 2LZTA 3A94A 1L96A 4J7VA 5LVGA 4UWVA 2X0AA 3DN6A 2EQLA 2G4QA 1IORA 1LPIA 1GXV2 1YAMA 4RDSA 229LA 4CFOA 4I7LA 1CV0A 1TDYA 210LA 5I4XA 234LA 4PRQA 1LJKA 1GBZA 1LSYA 4B4JA 209LA 1WQMA 1GHLA 178LA 1DYEA 2EIZC 1L71A 5HMJA 1IIZA 4YM8A 2XQOA 4ETEA 1KY0A 1BVKC 1EQEA 188LA 3QY4A 1L04A 1YILA 4W54A 3WW5A 1BB7A 3GULA 1UBZA 1L68A 2BQKA 4FJRA 3DN2A 1XGQC 3CDVA 3CDTA 1OQMA 4KXIA 2B74A 182LA 1HEOA 3QE8A 2B6TA 4WLTA 3WPKA 104LA 244LA 1DYAA 1IOQA 1L97A 2Z2FA 1RFPA 1IOTA 1ZV5L 5KY1A 4EKRA 112LA 4GN3A 4S0WA 3OE6A 1IWVA 4NGLA 1GB5A 1HSWA 3CDRA 3GUOA 1IVMA 2F4GA 2XBRA 4ARMB 2BQEA 2CWIA 1L39A 175LA 4KL7A 3W3EA 3CT1A 1JWRA 4Z41A 3C8QA 4YF2A 183LA 4TSCA 3BKHA 1QTDA 153LA 2Z38A 1L49A 4RLMA 4XJFA 108LA 141LA 3A91A 3ZEKA 2ZWBA 2BQMA 2LZMA 1G0MA 1DI4A 1BB3A 1REYA 4NHTA 1L00A 4NGYA 4XADA 1FLYA 2OU8A 2YBNA 2H5ZA 1LSDA 4II8A 240LA 1G7MC 1CJ9A 4QDNA 4MCKA 1CU0A 1GFKA 1OVJA 2PC2A 146LA 2YBJA 1T6VL 1T3PA 1C08C 1LJ4A 1B7PA 1JSFA 4H91A 1G07A 1L69A 1L29A 1C43A 4RW1A 1UA6Y 5APDA 2BLXA 5I14A 1IEEA 148LE 2RH1A 1YL1X 2XTHA 1P7SA 1QTBA 5KXRA 1F6SA 120LA 1EL1A 1GB8A 1NBZC 1YAQA 5B1GA 3T36A 5ILFA 1J1PY 3RUNA 3WH1A 1GFGA 125LA 1TAYA 2NWDX 1D2YA 4LFXA 1B7SA 1OVHA 1VDPA 1DPWA 4EXMA 3EMSA 5LYZA 3CSQA 1LYHA 4LGKA 3RZEA 2MECA 1IP6A 2WARA 177LA 3TXFA 163LA 1T8FA 1WQOA 2DQAA 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1CVKA 1L07A 5C6LA 1SQ2L 2RBOA 4U3XB 4DDCA 1CV1A 1L58A 1LKRA 1QT7A 221LA 4OWBA 1GE2A 4GLAA 4NHSA 3RT5X 1IP2A 1L32A 2DQHY 5FHWA 1I6SA 1QUSA 4IJ4A 4NY5A 1XEJA 1SSYA 3CDQA 2MEAA 2C8OA 1OUIA 1LGXA 4WM4A 1CJ8A 1L11A 1P64A 4BADA 1WQNA 3D4SA 3MGWA 1KNIA 3WUAA 1B0DA 4TWSA 4XN6A 4N1CC 254LA 4OWCA 4H9FA 1LYZA 5M1YA 4N1EI 180LA 261LA 3A95A 2AUBA 1LGWA 1CV3A 4NSIA 3WU8A 2L78A 1B5YA 3SBBC 1FKVA 3W6FA 3N9AA 1K28A 2B6WA 196LA 3L64A 4WMGA 1QTHA 1C6GA 1HEMA 1P37A 185LA 2H9KA 1LSCA 2A7FA 5KJ9A 5I4WA 2B6XA 4EPFA 1XEIA 3OE0A 1GF4A 2HUBA 3TXKA 3HUQA 4PJZA 3HUKA 1GFVA 1GFUA 4H9BA 1LI6A 1L45A 5B59A 4H92A 2I6ZA 2Z19A 5LVKA 4WO9A 4NG1A 1L05A 4WM2A 3K3TA 2D4IA 4DT3A 144LA 226LA 4J1BA 4DD3A 1N4FA 224LA 159LA 1GFJA 1C6MA 2Q9EA 3C83A 2N5ZA 1GF5A 1IWYA 1UIBA 1LZCA 5J7CA 3DKEX 5B07A 3PDSA 5KXSA 1CU6A 1FKQA 4DQ7A 1LI2A 1XGTC 4E3UA 2MEHA 1A2YC 1D6PA 5C6IA 4HP0A 1IO5A 2G4NA 250LA 4E97A 1GEZA 1LYOA 5APCA 1ZURA 4GN5C 1JKBA 3W6DA 5II3A 5ILCA 3NY9A 1HEWA 3L2XA 1L85A 1L51A 4R0FA 1INUA 1GB7A 3UONA 1T8AA 1LMCA 4GN4A 1LZSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 199L A;  4YOP A;  2ZIL A;  1NDM C;  1LJF A;  1OWY A;  4LYO A;  2Z2E A;  195L A;  4NGJ A;  4NGZ A;  4HPI A;  2H9J A;  1L26 A;  3HTD A;  4NSG A;  1B5X A;  1C64 A;  1L14 A;  2FBB A;  115L A;  4LT0 A;  252L A;  5C6J A;  1PQM A;  4I7J A;  4WLD A;  152L A;  1LYY A;  4FDY A;  1H87 A;  3B72 A;  1L41 A;  3GUN A;  1QS9 A;  1B7L A;  1LTM A;  2BQA A;  1XGU C;  3LZ2 A;  3WVX A;  1PQK A;  3TXJ A;  187L A;  2O7A A;  5I4Y A;  2BQB A;  2BQF A;  1LWK A;  5F9X A;  1C63 A;  1GE3 A;  3A3Q A;  1GBX A;  215L A;  1XJU A;  1P2C C;  2ZQ4 A;  1OUB A;  2CJL A;  4BS7 A;  1TBY A;  4O34 A;  1LZY A;  5LVJ A;  3HU9 A;  1C6T A;  2BQG A;  1B5U A;  1CJ6 A;  1XSF A;  4G9S A;  1BB6 A;  3ODU A;  4Z3M A;  3W6C A;  1LMA A;  1C69 A;  4J0L A;  1OUA A;  2GV0 A;  1L0K A;  1DYC A;  2Y8P A;  1NMM A;  5APF A;  1XEP A;  4H9A A;  1GB0 A;  248L A;  2IHL A;  3LYT A;  5DN5 A;  4WM1 A;  1D0M A;  1TCY A;  1L90 A;  1OUE A;  4HTQ A;  4IAT A;  1LSF A;  2O4W A;  4H9C A;  3HTB A;  122L A;  3P65 A;  4EKS A;  3HT8 A;  5F9U A;  1L37 A;  4AQN A;  1C6D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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