1P7SA

T4 lysozyme core repacking mutant v103i/ta
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMIFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p7sA00
1LYHA 250LA 2OU8A 3GUIA 196LA 1L15A 5LZMA 1L83A 4W55A 6LZMA 1L65A 1L47A 1T6HA 2OTZX 3HDEA 251LA 2B72A 4W51A 3L64A 1C6KA 1L50A 4I7OA 3SB6A 183LA 1L90A 192LA 1L58A 3C7WA 1C67A 182LA 3DN6A 4AQNA 3C8SA 174LA 3DNAA 1P37A 3F8VA 1LI3A 118LA 4I7LA 3HH4A 1L13A 2RBNA 4I7PA 3D4SA 1L18A 2RH1A 198LA 1L37A 160LA 1G0QA 230LA 1CVKA 4LDEA 2OU9A 2OU0X 1L44A 1L68A 1L30A 221LA 2CUUA 1L33A 1QUOA 3CDOA 2Q9EA 1L02A 1L26A 200LA 1C6DA 1L16A 1L97A 1QTHA 262LA 1QSQA 3HT9A 3CDQA 1QT7A 1C60A 1OWZA 1L22A 3ODUA 2O7AA 151LA 1JQUA 1CTWA 242LA 1LLHA 3OE8A 1L79A 1PQIA 140LA 1CUQA 259LA 234LA 1LGUA 1G07A 235LA 114LA 191LA 1SSWA 1C6HA 240LA 1L08A 1C6CA 1G06A 1L92A 178LA 3HUQA 237LA 1LYFA 1L31A 1L69A 1LGXA 1P5CA 1L67A 1OV7A 3DN4A 3SB7A 1G0KA 3LZMA 152LA 1L06A 195LA 1L84A 2A4TA 2LCBA 4I7SA 1LWKA 1CX6A 109LA 1QT4A 2LC9A 168LA 131LA 144LA 143LA 1DYEA 3DN0A 3HDFA 225LA 3HH6A 224LA 3FI5A 1SWZA 4EPFA 2B6ZA 111LA 1CU2A 1L42A 245LA 2NTHA 3HH5A 3HT6A 169LA 130LA 1OYUA 1L19A 1L74A 145LA 1OVHA 256LA 1T8GA 1CV5A 1CU3A 217LA 2B73A 1D3MA 218LA 1P46A 2IGCA 4DKLA 3G3WA 3HTBA 1L36A 177LA 1L09A 4LDOA 3GUJA 1L23A 1QUDA 1LGWA 3DMXA 3SB9A 226LA 4IAPA 4ZPUA 258LA 4I7QA 1C6BA 141LA 148LE 4YXAC 1G1WA 1L81A 1QT8A 1C6QA 236LA 2RB1X 3V2WA 1QTCA 1XEPA 2RBRA 181LA 1CU0A 1KS3A 219LA 1L86A 227LA 1L91A 3SBAA 2Z6BA 1CV1A 1G0LA 1L27A 1PQOA 2Q9DA 3C83A 3GUMA 247LA 3HU8A 120LA 222LA 209LA 189LA 158LA 4W59A 1C6NA 4YXCA 185LA 4EXMA 2L78A 3FA0A 211LA 1D3NA 3FADA 3OE6A 1C6EA 1CUPA 167LA 1KW5A 1L52A 249LA 188LA 1L70A 2F47A 142LA 1C6LA 1ZYTA 4EKPA 122LA 1L41A 1C6PA 2B7XA 1OV5A 4ARLA 1PQDA 197LA 4I7JA 147LA 3C81A 137LA 1OVJA 1D2WA 3UONA 1PQJA 1SWYA 257LA 4W56A 3CDRA 1KNIA 1LPYA 2B75A 1L17A 1P64A 1G0MA 1L24A 3C7YA 1QTVA 3DN2A 1LI2A 184LA 1ZWNA 1D9WA 1L49A 1PQMA 3HT8A 1P36A 1G0JA 4W52A 3HTGA 2OE4X 1T8FA 1LYDA 1L57A 150LA 4W58A 4ARQA 2RB2X 102LA 170LA 180LA 1L35A 1DYFA 1T97A 3SBBC 139LA 4K5YA 3NY8A 1CV3A 1L39A 110LA 223LA 2OEAX 3NYAA 1SSYA 1CX7A 1L12A 1C63A 1L11A 3HUKA 1P56A 3HU9A 1C62A 1L89A 129LA 1L61A 206LA 1L82A 1L88A 1SX7A 1C61A 1L34A 1L40A 1L66A 3GUOA 1L20A 1L51A 1DYAA 3NY9A 172LA 1G1VA 4I7NA 1I6SA 3GUKA 1L48A 4EPIA 1L53A 4EJ4A 1KW7A 3L2XA 175LA 1C64A 4DAJA 3GULA 1LYGA 3RUNA 3F9LA 1DYBA 126LA 1C6IA 1QS5A 2RBQA 1B6IA 1C66A 1L87A 241LA 165LA 2RB0X 3PBLA 1QUGA 163LA 1P6YA 107LA 3V2YA 1KY0A 238LA 2OE9X 1L76A 3DN3A 1CU5A 1D3FA 173LA 157LA 4ARPA 1CV0A 1D2YA 3K2RA 1TLAA 115LA 3DN8A 1L0JA 3VW7A 127LA 113LA 3HTDA 1L72A 4E97A 138LA 1LI6A 1LYJA 4I7MA 1L98A 1L07A 229LA 1LW9A 244LA 1L59A 1C65A 1L96A 1T8AA 199LA 4PK0A 1L56A 1L60A 161LA 228LA 1L28A 112LA 1SX2A 2QARC 2HULA 2OTYX 4W53A 125LA 214LA 2OE7X 3DMZA 210LA 164LA 1C6JA 2F2QA 3HH3A 4OO9A 4ARQB 1G0GA 1C6MA 2RAZX 3HTFA 2B74A 1L71A 1OVKA 2RBPA 1L05A 1L03A 1L64A 1P2LA 3SB5A 1L75A 1G0PA 253LA 1D3JA 3GUPA 1CU6A 1L0KA 1C6FA 2RAYX 254LA 4W57A 1C68A 216LA 119LA 4DJHA 4PJZA 2B6XA 166LA 1OWYA 162LA 1ZURA 231LA 2B6WA 2O4WA 171LA 260LA 248LA 3HT7A 176LA 1L80A 2B6YA 1CV6A 1LYEA 3SN6R 4EKSA 4LDLA 1L21A 3PDSA 3OE0A 1L00A 1L99A 1XJUA 3DMVA 4YX7C 1QT5A 2ANXA 4EKRA 2RBSA 1XJTA 1L77A 1JTNA 1PQKA 4ARMA 186LA 2ANVA 1L55A 3C80A 1L95A 123LA 1LWGA 215LA 220LA 243LA 3HUAA 1K28A 149LA 190LA 159LA 128LA 4W54A 3DKEX 2O79A 201LA 255LA 1L45A 3RZEA 246LA 2B70A 3G3XA 3OE9A 104LA 4S0WA 1QTZA 4EKQA 1LYIA 261LA 4ARJA 1QTBA 1C6TA 1DYCA 1L10A 187LA 252LA 1P2RA 108LA 3CDTA 2HUMA 103LA 1C6AA 1QS9A 3C7ZA 3QAKA 1C6GA 1L29A 4I7KA 2QB0B 5I14A 1NHBA 1JTMA 2B6TA 2NTGA 1DYDA 3SB8A 205LA 1CV4A 1L54A 3JR6A 1QT6A 1L14A 212LA 1L43A 1L93A 1QUHA 2RBOA 1L04A 4I7TA 1L63A 7LZMA 156LA 233LA 1QT3A 1P7SA 3EMLA 1L25A 3HWLA 3CDVA 4GRVA 1P3NA 1QTDA 155LA 1C69A 3C82A 3C8RA 4LZMA 1L46A 4I7RA 1KY1A 1QSBA 3DN1A 1L38A 1L73A 2F32A 213LA 4GBRB 3C8QA 2HUKA 1L32A 1DYGA 2LZMA 1L85A 3G3VA 1L01A 146LA 4ARMB 3GUNA 1L62A 1EPYA 232LA 1L94A 1WTHA 239LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OU8A 4TSCA 4W55A 5L9JA 2LYMA 1MLCE 4XJIA 4NGVA 4W51A 4DD3A 1NDGC 1NBZC 3SB6A 3WPLA 1D0MA 5ILFA 1P37A 1LI3A 2MECA 2HTXA 3OK0A 4XJDA 1L13A 5AMYA 3D4SA 6LYZA 1KXWA 1NF5A 3AZ4A 221LA 1L33A 1BWIA 1L02A 4H94A 1L97A 1GEVA 1QTHA 4BS7A 1T6VL 1XEJA 3CDQA 2YVBA 2BQIA 1KXXA 1OWZA 3CQLA 1LMQA 1JQUA 1OUHA 242LA 1LLHA 1DI3A 3OE8A 1OUEA 1GBOA 3A95A 1LJKA 1LJGA 1IWZA 3HUQA 1OUFA 5ILCA 1L69A 4N8ZA 1GAZA 1IWVA 1LGXA 1D0LA 2Y8PA 1GF4A 1OV7A 4GLAA 1VDSA 1CKHA 1B5XA 152LA 1D6PA 4I7SA 1QSWA 4LT0A 2LYOA 1A4VA 168LA 144LA 143LA 3FI5A 4EPFA 2B6ZA 5DN4A 111LA 4YM8A 169LA 1GBXA 2I25L 4W96A 1L74A 145LA 1OVHA 5KXKA 1CV5A 4NG8A 217LA 4DWXA 1KIQC 1DPWA 2BQBA 4EOFA 4DKLA 1P46A 1L09A 4LDOA 4I0CA 1B7OA 4ZPUA 4I7QA 3WU8A 1C6BA 2BQHA 4H9CA 148LE 3V2WA 236LA 1QTCA 3A34A 3ZVQA 1L86A 2BLYA 1L91A 2Z6BA 5JENB 1CV1A 1WQOA 1JKBA 1AT6A 2HEEA 3GUMA 4WM2A 4O34A 4G4HA 133LA 3J4GA 3WW6A 4W59A 4ZIXA 3EBAB 3OE6A 1CUPA 1B7LA 3OJPA 1JUGA 4NGZA 188LA 1C6LA 1HMLA 4ARLA 1PQDA 197LA 147LA 2Z39A 1OVJA 257LA 2BQFA 4W56A 4NGIA 1D6QA 4H8YA 1P64A 1IY3A 5KXWA 3C7YA 3KAMA 1QTVA 3DN2A 4YOPA 1OQMA 1L49A 1PQMA 5KXMA 1LTMA 5J7CA 1LYSA 4NGKA 3TMXA 1CKGA 4G4BA 1IEEA 4R6CA 4NGJA 170LA 1IC5Y 1NHEA 139LA 4K5YA 4LYBA 3G3AB 1SSYA 3LHMA 1GF7A 1L12A 1FLUA 4OW1A 3D9AC 1L61A 1L82A 2CGIA 1XEIA 1LJHA 1GFHA 1L51A 1G1VA 1UIDA 3GUKA 4NHTA 3RU5A 3ZVQB 3L2XA 5D5CA 1LZ4A 1LYOA 1WTNA 3A90A 1GB3A 1XEKA 3WU9A 3F9LA 1DYBA 1FLWA 4LGKA 1C6IA 5F9XA 4XJGA 1QS5A 8LYZA 1QDRA 2IFFY 4B4EA 2Z37A 3ATOA 207LA 238LA 1L76A 1LZTA 4ETAA 1D3FA 1GXV2 1OUGA 1CV0A 1D2YA 1YKYX 3DN8A 3RZ4A 2MEIA 2ZWBA 1HEPA 1BVKC 5I54A 2W1LA 4Z98A 1LI6A 1L98A 4ET9A 2MEEA 4N0JA 4Z3MA 244LA 1HSWA 4KXIA 5I4YA 4PK0A 5IDDA 1GDXA 1YKXX 134LA 4WL7A 214LA 1LKSA 1IIZA 210LA 1C6JA 1LZBA 2D4KA 2F2QA 3HH3A 5L3IA 1XGQC 1B0DA 1C6MA 2XTHA 1UA6Y 1RE2A 2Z18A 3CSQA 2A7FA 1LYYA 1GE1A 3SB5A 4C3WA 2F4GA 2NWDX 1G0PA 1GB9A 1CNSA 2BAAA 1CU6A 2D6BA 1IR8A 254LA 4PJZA 2LZTA 1N4FA 1OWYA 171LA 260LA 1JKCA 176LA 4ETDA 1LSBA 1KIPC 3SN6R 1YILA 5M1YA 4LDLA 1BB6A 1IR7A 1L21A 5LVGA 4CHXA 2ZYCA 4YX7C 1L99A 1XJUA 3DMVA 1HERA 1HMKA 1JTNA 215LA 220LA 4BAPA 4B1AA 3WW5A 1HFYA 1DKKA 1LHJA 3G3BB 4RLMA 1WTMA 1L45A 4N9RA 3RZEA 2B70A 1GE4A 1C6TA 1DYCA 2DQIY 1GF6A 3CDTA 3A91A 1REXA 3J6KA 1LHMA 1LZ9A 2QB0B 3T36A 4D9ZA 4LZTA 4J1AA 2B6TA 2NTGA 2BQAA 1L54A 1HFXA 2YBNA 3TXEA 1AM7A 212LA 4IATA 1W08A 156LA 4IJ4A 1QT3A 1JHLA 1LZSA 2F4AA 4Z41A 1B7RA 4NWEA 3W6CA 1D9UA 4H92A 4TWSA 4N1EI 5FHWA 213LA 5E9RA 1PS5A 5HNLA 1DYGA 1LZGA 1NWGA 2LZMA 1L85A 2ZNWY 1L01A 5F16A 1IOTA 1L62A 1JKDA 1IOSA 1IO5A 1L94A 5APEA 3GUIA 1L15A 2WARA 1I56A 1GF9A 3AGHA 4NWHA 3TXJA 2AUBA 1L47A 2OTZX 3HDEA 251LA 2BQDA 153LA 4ANRA 3L64A 3HBHA 1L50A 4NIJA 1DI4A 1L90A 1J1OY 1LMOA 1JSEA 3C8SA 2Z12A 174LA 1BQLY 1IVMA 5KXRA 118LA 1G7HC 1RI8B 1VDPA 5A3ZA 2DBTA 2DQAA 1IWTA 3TXBA 3WH1A 4A7DA 3AZ7A 1GE2A 4NSIA 2OU0X 3W6DA 2HEAA 1L68A 4ETEA 2Q9EA 5EBHA 1QUSA 4G9SA 1QT7A 1C60A 1L22A 3ATNA 2LHMA 2ZIJA 5LYZA 1AT5A 1GAYA 4PRUA 140LA 2DQGY 259LA 1CJ7A 1G07A 1SSWA 4U3XB 1TAYA 1L92A 2F2NA 1J1XY 1L31A 2BQMA 2G4PA 5LVKA 1L67A 4WLDA 3FE0A 3DN4A 3SB7A 1BWHA 1G0KA 2YBLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OU8 A;  4TSC A;  4W55 A;  5L9J A;  2LYM A;  1MLC E;  4XJI A;  4NGV A;  4W51 A;  4DD3 A;  1NDG C;  1NBZ C;  3SB6 A;  3WPL A;  1D0M A;  5ILF A;  1P37 A;  1LI3 A;  2MEC A;  2HTX A;  3OK0 A;  4XJD A;  1L13 A;  5AMY A;  3D4S A;  6LYZ A;  1KXW A;  1NF5 A;  3AZ4 A;  221L A;  1L33 A;  1BWI A;  1L02 A;  4H94 A;  1L97 A;  1GEV A;  1QTH A;  4BS7 A;  1T6V L;  1XEJ A;  3CDQ A;  2YVB A;  2BQI A;  1KXX A;  1OWZ A;  3CQL A;  1LMQ A;  1JQU A;  1OUH A;  242L A;  1LLH A;  1DI3 A;  3OE8 A;  1OUE A;  1GBO A;  3A95 A;  1LJK A;  1LJG A;  1IWZ A;  3HUQ A;  1OUF A;  5ILC A;  1L69 A;  4N8Z A;  1GAZ A;  1IWV A;  1LGX A;  1D0L A;  2Y8P A;  1GF4 A;  1OV7 A;  4GLA A;  1VDS A;  1CKH A;  1B5X A;  152L A;  1D6P A;  4I7S A;  1QSW A;  4LT0 A;  2LYO A;  1A4V A;  168L A;  144L A;  143L A;  3FI5 A;  4EPF A;  2B6Z A;  5DN4 A;  111L A;  4YM8 A;  169L A;  1GBX A;  2I25 L;  4W96 A;  1L74 A;  145L A;  1OVH A;  5KXK A;  1CV5 A;  4NG8 A;  217L A;  4DWX A;  1KIQ C;  1DPW A;  2BQB A;  4EOF A;  4DKL A;  1P46 A;  1L09 A;  4LDO A;  4I0C A; 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