1P7SA

T4 lysozyme core repacking mutant v103i/ta
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMIFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p7sA00
1C6MA 1CU3A 3RUNA 1L43A 1C6QA 1LYDA 1CV1A 1L00A 238LA 256LA 3C8RA 1CV3A 169LA 1OVJA 3OE0A 156LA 1DYCA 4EPFA 1OV5A 2OU0X 4EKQA 1L52A 1CU0A 1L38A 3OE6A 1OVKA 1KNIA 3OE9A 1L67A 3C82A 122LA 1WTHA 1XJUA 210LA 2HULA 1L41A 1QT8A 1C63A 3HWLA 187LA 4DKLA 1C6BA 1L81A 1KY0A 1L46A 115LA 3L2XA 1PQDA 128LA 175LA 1L26A 4EKRA 1LYIA 1L85A 4AQNA 182LA 2RB1X 1L66A 2OTZX 2B6XA 261LA 1QTHA 3HUQA 1L79A 4DAJA 3CDVA 4I7RA 3C8QA 139LA 2NTGA 1C6CA 177LA 112LA 3HH3A 1C6EA 1L88A 3CDTA 188LA 1KW7A 4ARQA 1L08A 3HT7A 1P56A 230LA 174LA 232LA 4W51A 1CV0A 1LI6A 1L44A 4IAPA 1QTCA 4ARLA 1L18A 1D2WA 3CDRA 1D3JA 3NYAA 1QS9A 1DYFA 125LA 1L07A 1L94A 1OWZA 142LA 1CUQA 1G0GA 3DMXA 137LA 185LA 254LA 3GUPA 3PBLA 173LA 1L86A 159LA 1L65A 1L34A 2B6WA 1XJTA 3HU9A 120LA 258LA 1C62A 3HTBA 4ARQB 1T6HA 1ZURA 109LA 1L03A 2B6ZA 4I7JA 4EKSA 3HUAA 1QSBA 4I7KA 1SX2A 2B6YA 246LA 1L0JA 118LA 7LZMA 240LA 1LYEA 1L50A 3C81A 1L35A 4LDLA 3G3WA 2B7XA 1L47A 1CV4A 3NY9A 1L96A 216LA 1L25A 2O4WA 165LA 1QT7A 2B73A 1D3MA 1QT6A 1LYJA 3GUNA 4I7PA 1CX6A 1LWKA 1L90A 1PQOA 3F9LA 1L83A 4DJHA 2RAYX 4W54A 1L70A 2B75A 157LA 1L69A 199LA 3L64A 3HT9A 151LA 3G3VA 1L16A 140LA 3HUKA 222LA 1L84A 145LA 3PDSA 4GBRB 1L10A 1L51A 1L09A 1SWZA 2RAZX 1L23A 3K2RA 4I7LA 236LA 3JR6A 123LA 4ARPA 4YXCA 1L21A 2CUUA 3HU8A 1L48A 1P2LA 1JTMA 1EPYA 1OYUA 4LZMA 103LA 1G0KA 1G0MA 1L80A 237LA 4PK0A 4LDEA 4OO9A 1L56A 2LC9A 1LGXA 1SWYA 1PQKA 1L76A 262LA 248LA 1L02A 231LA 243LA 244LA 104LA 190LA 4LDOA 3HT8A 1SSWA 1L60A 2O79A 4I7SA 1L74A 3DN8A 2F2QA 1PQIA 164LA 2O7AA 1L28A 249LA 257LA 252LA 3SBAA 3CDOA 166LA 138LA 2OTYX 3DN3A 3V2YA 1P2RA 214LA 1C69A 108LA 3UONA 3DN0A 3GUKA 2Q9EA 3GUMA 4K5YA 1LYFA 4W53A 1L0KA 1QT5A 110LA 201LA 2RBQA 1L49A 2OU9A 3SBBC 4ARMA 209LA 1LGWA 2RBNA 2HUMA 4W56A 3DN1A 2QARC 1CV6A 227LA 186LA 196LA 1C6AA 1L92A 146LA 2RBPA 161LA 1LWGA 102LA 1L17A 1L68A 213LA 260LA 1L31A 3CDQA 3SB5A 223LA 1P6YA 113LA 2OU8A 1T8AA 1G1WA 1QTBA 2F32A 3HT6A 2ANVA 1QTVA 2RBOA 3HDEA 1C6TA 168LA 1JQUA 2NTHA 2L78A 4I7TA 1OV7A 218LA 1TLAA 147LA 2OE4X 1C6LA 181LA 1L99A 3GUJA 1L57A 178LA 195LA 247LA 2OEAX 2RBRA 2B74A 3SN6R 3C80A 143LA 1P7SA 1L39A 184LA 167LA 1QSQA 150LA 3GUOA 1JTNA 250LA 1L14A 189LA 152LA 114LA 149LA 1C61A 1C64A 225LA 111LA 1CTWA 2B6TA 2RBSA 3D4SA 197LA 3QAKA 4GRVA 1C6PA 1D2YA 4I7OA 224LA 2RB2X 2HUKA 4EJ4A 1LYGA 2OE7X 1CVKA 1LPYA 200LA 1PQJA 2B72A 1LYHA 221LA 3C7WA 1L97A 4I7QA 3HH5A 1L32A 1B6IA 3HDFA 1G1VA 3DN2A 1L93A 1L27A 1L11A 3GUIA 239LA 206LA 1C65A 1CU5A 2IGCA 226LA 1D3FA 1DYGA 2ANXA 160LA 1C6DA 155LA 1DYAA 1L20A 198LA 1L95A 6LZMA 3RZEA 3C7ZA 1C6GA 1L37A 2A4TA 3SB6A 1G07A 245LA 1P5CA 229LA 2RH1A 3DMZA 1DYBA 1I6SA 1L12A 1QTDA 1L30A 205LA 1C6JA 1L62A 2B70A 1D9WA 1C60A 4YX7C 1P36A 1QS5A 171LA 141LA 1ZYTA 1QUOA 1L87A 1P37A 2LCBA 1C66A 3SB9A 3OE8A 4ARJA 1QTZA 1C6HA 4YXAC 3DNAA 3C7YA 255LA 1L63A 211LA 1L24A 1L77A 217LA 4W55A 251LA 1C6IA 212LA 2QB0B 1L36A 130LA 1L89A 1P3NA 3F8VA 3SB8A 1G0PA 3VW7A 3HTDA 1L45A 1L55A 5I14A 4S0WA 234LA 1L40A 1T8GA 5LZMA 4EXMA 126LA 1OWYA 1PQMA 4ZPUA 148LE 180LA 4W59A 4I7NA 1L98A 4EPIA 1L05A 2OE9X 129LA 3SB7A 1DYEA 1L04A 191LA 1L15A 1L01A 1LI3A 1P64A 3DMVA 3HH4A 1L61A 2F47A 3EMLA 1NHBA 3FA0A 1L33A 215LA 1LGUA 1L59A 1L13A 233LA 3C8SA 4ARMB 163LA 119LA 1L64A 3G3XA 2RB0X 1L19A 4W57A 127LA 235LA 1L73A 228LA 192LA 3FADA 170LA 4W52A 1LI2A 4EKPA 2LZMA 1L72A 1L75A 162LA 1CV5A 1QUGA 3HTFA 1T97A 4I7MA 3NY8A 3ODUA 4E97A 1C67A 253LA 1G0LA 1SSYA 176LA 242LA 1K28A 1L42A 241LA 1CU2A 3FI5A 1C6NA 1CUPA 1G0JA 1CU6A 1KS3A 1L82A 1C6FA 219LA 1C6KA 1L22A 1L53A 1L58A 3C83A 107LA 1L06A 1C68A 1L91A 1CX7A 1LLHA 183LA 1KY1A 131LA 1QT3A 3DN6A 158LA 1L54A 1DYDA 3HTGA 1KW5A 1QUHA 3V2WA 1D3NA 2Z6BA 1P46A 2Q9DA 172LA 1ZWNA 1L71A 220LA 3HH6A 1T8FA 1QUDA 144LA 1QT4A 4PJZA 3GULA 1G0QA 1SX7A 3LZMA 3DN4A 1OVHA 4W58A 1L29A 3DKEX 1G06A 259LA 1LW9A 1XEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GXXA 3RUNA 4M4OA 1LJFA 1CV3A 1MELL 1LJKA 4NHSA 1LZ5A 1DYCA 2N5ZA 4EPFA 1L52A 5LXWA 3TMUA 1BB7A 1DPWA 1KNIA 1WQNA 1XJUA 1B5YA 210LA 3A92A 2LYZA 3HWLA 4RLMA 4OWEA 1L81A 1UUZC 3L2XA 3TXEA 5KXZA 1LZBA 1LYIA 1LKRA 1L85A 1VDSA 2RB1X 1L66A 1JWRA 2OTZX 1D6QA 4I7RA 3C8QA 139LA 2NTGA 4GCEA 3A96A 3HH3A 1C6EA 1L88A 3QY4A 1IWTA 4WM4A 3CDTA 4WLXA 1L08A 3N9EA 4NGWA 1QIOA 3LYOA 4NGJA 4W51A 1YIKA 4HPEA 4IAPA 4NEBA 4ARLA 1IP7A 1GB8A 5M1YA 3CT5A 142LA 2MEAA 3WUMA 3DMXA 4NGOA 254LA 173LA 2DQEY 3HTBA 1C43A 4AXTA 1F6SA 1ZURA 4H8ZA 1L03A 5KXYA 1QSBA 4I0CA 1SX2A 1L0JA 118LA 5FSTA 2YDGA 2VB1A 1LYEA 1BB4A 1L50A 4LYTA 4LDLA 1GEVA 1GE2A 2B7XA 1IOTA 5LYZA 5FDJA 2IHLA 2YBLA 4B49A 216LA 3WYHA 1FLUA 2B73A 193LA 1HMKA 1LHLA 3CB7A 5KXNA 5APDA 1L70A 1LJJA 1GAZA 1O23A 2D6BA 1KXYA 157LA 3WMKA 3HT9A 151LA 1NDGC 4HP0A 4DD3A 1REMA 2ZYPA 3PDSA 1L51A 4II8A 2G4NA 1BWJA 1J1OY 1SWZA 2EQLA 4I7LA 1XEKA 1LMQA 236LA 3BKHA 2GV0A 135LA 3B0IA 1TAYA 2CUUA 3HU8A 1JTMA 3A91A 4WO6A 1G0MA 4NSIA 1EQ5A 4HJVA 4ETCA 1LGXA 5HMVA 1JITA 262LA 248LA 243LA 3B0OA 1CJ6A 3QE8A 1HHLA 1GF3A 2Q0MX 1GWDA 3DN8A 7LYZA 2EKSC 1L28A 1QUTA 4NSGA 252LA 1NQIA 4QGZA 2OTYX 3V2YA 4GCBA 1NWGA 214LA 3AYQA 3OJPA 153LA 4K5YA 3OK0A 1LYFA 2LYMA 1QT5A 1NKHA 3SBBC 1JKBA 4ARMA 209LA 1LGWA 4W56A 4N0JA 1IR9A 5DN4A 227LA 1CJ9A 186LA 1IP5A 2BQMA 2EPEA 4KL7A 1SQ2L 146LA 4KPMA 2RBPA 1NDMC 4LYZA 1QSAA 1L17A 213LA 2HEEA 3CDQA 5KXOA 3SB5A 4EOFA 113LA 1G1WA 1QTBA 1XFPL 3HDEA 168LA 1JQUA 1JJ1A 5KXPA 2F2NA 2B5ZA 2L78A 4I7TA 4LGKA 2W1YA 181LA 3GUJA 5KKJA 5F16A 1IC5Y 3VWOA 2WARA 2OEAX 4XENA 3SN6R 1P7SA 3F6ZA 1L39A 1QSQA 1LJ3A 1LZTA 1LZYA 1UACY 3AB6A 1B5XA 2BQDA 4RW1A 2YVBA 2RB2X 1LYGA 1JJ0A 2OE7X 1CVKA 1LPYA 200LA 3AGGG 4DD0A 4LYMA 1L97A 2ZIJA 4I7QA 1PZYA 1XGPC 5KJ9A 4B4JA 3DN2A 1JTOL 4ANRA 5APCA 2IGCA 160LA 3J6KA 4WOAA 1B7NA 3RT5X 1LMPA 3GXRA 198LA 1HMLA 1JTPL 3C7ZA 1L37A 3A34A 3SB6A 4TWSA 245LA 2HEDA 4XN6A 2BLXA 1GDWA 3TXDA 4ETBA 1YL1X 1DYBA 1OUGA 1L12A 1HSWA 1C6JA 4OWCA 1PS5A 3CQLA 5LVJA 3EBAB 3T36A 5A3EA 1P37A 4FJRA 4YEOA 1GE1A 2F4GA 1LSAA 1L63A 211LA 4W55A 1L77A 217LA 4B4EA 251LA 3ZVQA 4KT3A 3A93A 1LMCA 2QB0B 1V7SA 5LA8A 4WG1A 4PRQA 1G7JC 4EXMA 1NBZC 4UWNA 1LZGA 1LSBA 4OWHA 1ZVYB 4W59A 2MEEA 1L98A 1L05A 2OE9X 1AT6A 1LZAA 4LT1A 1LSPA 1L04A 3DMVA 1LSYA 1UIAA 3HH4A 3W6EA 1QQYA 3EMLA 1GF9A 4DYGA 233LA 3C8SA 1W6ZA 4ARMB 3WPKA 1L64A 1L19A 1B5ZA 1V7TA 3FI7A 5D5CA 4LFPA 2Y8PA 2DBTA 1LSCA 170LA 1BGIA 2BQAA 4GCCA 1LI2A 1GBXA 3AW7A 1L75A 1T97A 1HEQA 4I7MA 4H9AA 4WM5A 4GCDA 4E97A 1G0LA 1SSYA 4ETDA 3AW6A 4AGAA 1VEDA 1LJGA 1CUPA 1G0JA 2ZNWY 2DQAA 1GF6A 2LZTA 5I53A 1CU6A 1C6FA 1VAUA 1LYZA 1L58A 3C83A 4PGJB 1DKKA 1UIBA 1L06A 1CX7A 5B59A 4HTQA 1HEWA 1DYDA 2C8PA 1YAPA 1D3NA 2Q9DA 172LA 2XBRA 3B6LA 3ATNA 1L71A 1QUDA 4W58A 1L29A 259LA 4WLTA 5C6IA 1XEPA 1LSGA 1C6QA 1LYDA 3HBHA 1LZCA 3C8RA 169LA 5KXXA 4J1AA 156LA 1IEEA 4CGEA 1CU0A 1IWZA 4DD1A 3C82A 122LA 4TX7A 1IP3A 1NF5A 3W3EA 1JTTL 1N4FA 4DKLA 1C6BA 2I25L 1L46A 1OUBA 1PQDA 128LA 1CNSA 5LA5A 3W6CA 1GF8A 1I56A 1KIRC 3AGIA 1QTHA 177LA 3LYZA 2MEFA 188LA 2HUBA 3HT7A 174LA 1HELA 1REXA 3RW8A 2DQIY 1QTCA 3CDRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GXX A;  3RUN A;  4M4O A;  1LJF A;  1CV3 A;  1MEL L;  1LJK A;  4NHS A;  1LZ5 A;  1DYC A;  2N5Z A;  4EPF A;  1L52 A;  5LXW A;  3TMU A;  1BB7 A;  1DPW A;  1KNI A;  1WQN A;  1XJU A;  1B5Y A;  210L A;  3A92 A;  2LYZ A;  3HWL A;  4RLM A;  4OWE A;  1L81 A;  1UUZ C;  3L2X A;  3TXE A;  5KXZ A;  1LZB A;  1LYI A;  1LKR A;  1L85 A;  1VDS A;  2RB1 X;  1L66 A;  1JWR A;  2OTZ X;  1D6Q A;  4I7R A;  3C8Q A;  139L A;  2NTG A;  4GCE A;  3A96 A;  3HH3 A;  1C6E A;  1L88 A;  3QY4 A;  1IWT A;  4WM4 A;  3CDT A;  4WLX A;  1L08 A;  3N9E A;  4NGW A;  1QIO A;  3LYO A;  4NGJ A;  4W51 A;  1YIK A;  4HPE A;  4IAP A;  4NEB A;  4ARL A;  1IP7 A;  1GB8 A;  5M1Y A;  3CT5 A;  142L A;  2MEA A;  3WUM A;  3DMX A;  4NGO A;  254L A;  173L A;  2DQE Y;  3HTB A;  1C43 A;  4AXT A;  1F6S A;  1ZUR A;  4H8Z A;  1L03 A;  5KXY A;  1QSB A;  4I0C A;  1SX2 A;  1L0J A;  118L A;  5FST A;  2YDG A;  2VB1 A;  1LYE A;  1BB4 A;  1L50 A;  4LYT A;  4LDL A;  1GEV A;  1GE2 A;  2B7X A;  1IOT A;  5LYZ A;  5FDJ A;  2IHL A;  2YBL A;  4B49 A;  216L A;  3WYH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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