1PB9A

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with d-cycloserine at 1.60 angstroms resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
289
structure length
281
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINTERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
molecule tags Ligand binding protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
total genus 78
structure length 281
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb9A02
4DXUA 1LFIA 5DEXB 1YCJA 3EHSA 1B3LA 1N84A 5HM4B 3IB0A 4TQUQ 1JW1A 3CSGA 3C31A 3SERA 4R9FA 1NNPA 4OFJA 2XXWA 1D4NA 2DVZA 3VE1B 1IIWA 2UVGA 2E0SA 3IJOB 3S2VA 4GRKA 3Q26A 3UORA 1Y3QA 2OK2A 1N0TA 3M8UA 3TAJA 1D9VA 1UTHA 4L17A 3B6WA 1QJMA 4RPNA 2QMXA 3IB2A 1R1NA 1B5JA 4FEDA 2FA7A 3MVWA 3TTMA 2Q8JA 4ISUA 3OXNA 5DVJA 3OMBA 4F29A 2I0CA 1LSTA 1GR2A 1B4HA 2M8CA 4IGRA 1EH3A 3K0VA 2Z8FA 1MY1A 2UYEA 4ZDMA 2HXWA 5H8SA 4GQOA 4POWA 2VGQA 3CFLA 2O68A 3DLNA 1QW0A 2REJA 4HCWA 3TELA 4F2QA 4KHZE 1R6ZA 1A40A 3FJMA 4H6DA 3IORA 4NTLA 4ZEDA 3TTRA 3PUZE 4F22A 4IO7A 3G3FA 1BTJA 1PC3A 2H9BA 1A55A 3PUWE 2NOOA 1P1NA 1XVYA 2Y7RA 2ZYNA 4OQOA 2B3BA 2UVJA 1FQDA 3H06B 3MUQA 1VE4A 4JWOA 1MDQA 5A5XB 5CM6A 1IITA 4WEDA 1B58A 2PMSA 3KBRA 3THIA 4NE4A 4NWCA 3MVZA 2NVUB 1US5A 3BFTA 4POXA 2GFEA 3WAFA 3N6UA 4XKQA 4KYDA 3MVYA 4EQ9A 1LBCA 4F3GA 1PBPA 1LGBC 4NF8A 2DE2A 1OMPA 5L9OA 4O3AA 1IZ1A 2Y7PA 4Q5TA 3EHUA 3IJXB 2NWJA 2DE3A 3G3KA 4ONYA 1VSOA 1N7XA 4H5FA 1NL5A 2Q88A 1N3XA 1UTHB 2O69A 1OLCA 4ZS9A 1B3HA 2RCAA 2DWHA 1EZOA 3LSXA 4P0IA 1S50A 3RQTA 2HZKA 3RTWB 1MY0A 3O28A 2ZNSA 2RC9A 1DTGA 2A5TB 4IY5A 1HSLA 4N6PA 3K1NA 2DP8A 3SEVA 4OERA 4LQ5A 3IK6B 2F34A 4U4SA 4YKJA 2ZYKA 4H0WA 4KR5A 2Q2AA 4G68B 3IOVA 5TP9B 1D3KA 4PETA 3VXCA 1T0KA 4I9DA 4QFNA 1J1NA 4DLDA 2I48A 2PBWA 2QPQA 3C9HA 3MPLA 2RF1A 1B3EA 4FATA 3MVXA 1MQGA 4NF4A 4X1DA 4GL8A 3Q28A 1SI1A 5AA2A 3ZSFA 4KYSA 3L6HA 3Q29A 3QXMA 1ATGA 1Y9UA 2XD3A 4ESXA 1EU8A 3G3JA 4GXAA 3B6QA 1PB7A 1GV8A 4X9TA 4NF8B 2RKMA 2O51A 3A3CA 3N26A 3PV0E 4FECA 4F1VA 2PYYA 1HSJA 2X26A 1Y1MA 3FVKA 3RNNA 4ZE8A 4JXIA 3OOAA 4GFRA 4DE8A 1Z7ME 1MH3A 1RYXA 3UGWA 5KZTA 1TFDA 2DYXA 2YJPA 2ESNA 2QS2A 4M4GA 4QFLA 3FZVA 4MLVA 3MBPA 3H6WA 3VVEA 1KWHA 1A54A 2D3IA 2HAVA 2OCUA 3VVDA 1WDNA 2ZXTA 3MP6A 4BDQA 2H25A 4RK9A 5I59A 4OXVA 2O1MA 3FASA 1DMBA 1GVCA 1PB9A 5AA2D 1UTBA 1JNFA 3QUJA 5AA3A 3VVFA 2ONRA 4Z7EA 4ZEBA 4NMYA 5L9SA 1MH4A 5CBRA 5F1QA 4IO4A 3MJNA 4BDNA 1S7YA 1URDA 5L8DA 3A09A 1QUIA 2QJEA 4YMBA 4ZZAA 3TTKA 5AA2B 1AOVA 2OLBA 3ONMA 3T9XB 4YZZA 1B5IA 3K1MA 5I2KB 1MQDA 3S4UA 1H45A 1DTZA 3JZJA 3KSXA 1QKBA 4IY6A 2RINA 1MQIA 3E4RA 4YB7A 3WAEA 3MQ9A 4ELOA 4YB5A 1JEUA 2Z8DA 2P2AA 4QSEA 4BDOA 1QULA 3K6UA 1QVSA 1NNKA 3M3FA 1USYH 4QSDA 3K2DA 3TYHA 4O3BA 2ZYOA 4GVOA 3TCGA 2HQ0A 5AA1A 3VXBA 1I6BA 4YMAA 2XXQA 4H8IA 3PMWA 3RN8A 4HW8A 4RJZA 4IO6A 1Q1KA 3MAMA 1Z7NE 2F6GA 1SYHA 2XXXA 3RUMA 5KDTB 1FTMA 4LUBA 3MWBA 1XOCA 3OSRA 1B40A 1MXZA 3R7XA 2GHBA 3I3VA 1JVXA 1M5DA 3HN0A 2F7BA 4R2BA 2ONKE 1LAFE 1FQFA 3C32A 1B2HA 5I84A 2QRYA 4H67A 2DOJA 3LC8A 4LQ2A 3U92A 4LVQA 1FTOA 5DYHA 3FXRA 1SVXB 5I58A 2DWJA 2VP1A 1PDAA 2ALUA 3I6VA 2GRVA 1BP5A 3H7MA 1H44A 3IOWA 2UXAA 4QF9A 3HHGA 3ZKLA 4PFUA 1B7HA 4U4XA 2QS3A 3AXFA 3V5AA 3TCHA 2XXHA 3EPEA 1IEJA 3CRBA 5I56A 1SDXA 4N13A 1XHYA 4ZZEA 3UN6A 4F19A 1QUJA 1LLSA 3IO6A 2F35A 3TDJA 3ODBA 3KSJA 1CB6A 1NMUA 2O7UA 4X1BA 2UVIA 3C35A 3O9PA 4I1DA 3FATA 5EYFA 5I2NB 1ZLQA 1P1WA 3SEXA 3K00A 4EQ7A 3K1PA 4JSDA 3GZGA 5JTYA 1Y1ZA 5H8FB 2PT2A 3TMGA 1SBPA 4OWDA 5CMBA 5ICTA 4R6HA 3JV9A 3ZS6A 2VD2A 2DWAA 4NF5B 1B3FA 4QSCA 3MW0A 1II5A 4RPOA 1HSEA 1VFDA 1H43A 1N04A 1SW4A 1URSA 4KD5A 1B5HA 4EUOA 4F3SA 2V84A 3O97A 1AIVA 1B51A 5B70A 4ELQA 3RPWA 3W15C 1MPBA 4RNSA 3BBRA 1CE2A 1ZU0A 1FTKA 3N6TA 1D9YA 4U21A 4R2FA 3CR9A 4RXLA 3GLBA 2DWIA 3EQ1A 1Y3PA 3C34A 5IKBA 2Y7WA 3O29A 3VLUA 5KCJA 3PPNA 1I6QA 3QIMA 4R72A 1ELJA 5CMKA 1SYIA 4NWDA 5LOMA 3HO7A 4F3BA 3FUZA 1ZIUA 1UIUA 3KJTA 4LA9A 3F11A 2ZNTA 4I62A 2AL4A 4F18A 5J1DA 5I57A 1RKMA 3KOTA 3U93A 4DZ1A 4ZEIA 4F1YA 3PUYE 3OO8A 4WEPA 3PPRA 1SW2A 2Z23A 2F7AA 1MXUA 1DOTA 4U1OA 3S9EA 1IXCA 2R71A 4KYEA 5TPAA 1UIVA 1MPCA 1IXHA 3TQWA 4N07A 2ZYMA 3U72A 1GTKA 3GBAA 4C1UA 5BUUA 1S9TA 2CZLA 3N5LA 1VFEA 2V93A 3MC2A 4FEBA 4JSOA 3FJ7A 1ZBMA 3OO9A 3DM0A 5K2YA 4OFLA 2D21A 1LBBA 2ABHA 3MP8A 3CG1A 4NEDA 3PUXE 3OO6A 1LAXA 2I0BA 3QUFA 3O66A 3UIFA 2DXYA 1MDP1 1FTLA 3Q27A 4ND9A 4WXJA 1MQJA 4U2RA 4HS7A 2G93A 3LR1A 2G29A 1MY2A 1IXGA 4PQJA 3RY3A 1LB8A 4G8MA 2AYSA 4OETA 3T22A 5H8QA 3MZ1A 2H98A 4IB2A 1P1UA 2DXRA 1O64A 3S9NC 3FXQA 1P1OA 3KEIA 4PFTA 4KCDA 4FAJA 3GBBA 4Z0IA 4LZ5A 3R26A 3CI8A 2RCBA 3SESA 2IEEA 3KGCA 2XXVA 5EHMA 3TQLA 1BLFA 3VDFA 2DVCA 2ZNUA 2XXUA 1YPNA 5HBCA 1H76A 3PPQA 2NXOA 1B7UA 3T9HB 4EF2A 1ZKBA 3D4GA 2BJJX 1B05A 3SEUA 3C36A 3LBSA 1IXIA 4OMBA 2DE4A 4M1VA 2YLNA 4IO2A 3T9UA 4OYVA 2O84X 3E13X 3H4ZA 4XKPA 3TUSA 2W7YA 5FTIA 1B0HA 3VLWA 4JDFA 4EXKA 4YKKA 2XX9A 3FV2A 4KFQA 4AB5A 5BWJA 4UACA 2VHAA 3UA8A 4ZE9A 2DSFA 4OTEA 2OWSA 3HV1A 2FNCA 2DS9A 4F2OA 1JQFA 2LAOA 3C4MA 4NF4B 3SEYA 4QFPA 3EN3A 4R73A 2OWTA 3OEMA 2ANJA 3CFXA 5H8HA 1ZJLA 4KCCA 1N76A 3EF7A 4IGTA 4TLLB 1MXYA 3TPAA 1US4A 3PUVE 1LAGE 3G7WA 2OJTA 4FORA 5H8NA 3MZBA 2Y84A 1RYOA 2D5WA 1SW5A 2UVHA 3QK6A 3QAXA 4IO3A 5ISUA 2F5XA 2XD2A 2YPNA 3TZAA 4OESA 3BKIB 4H1XA 3VV5A 1JVYA 1SW1A 2OZZA 4DXCA 4DIGA 2F8DA 4QFKA 1MXXA 4XTCQ 1R9LA 3H6UA 3OENA 3LSLA 3TODA 4GWOA 4JWYA 3KZGA 5CRYA 5ITOA 3TEPA 3IR1A 3EHTA 2HFBA 3T96B 1B6HA 3KN3A 4UA8A 2R6GE 3IAZA 5I59B 2XX7A 4KPTA 3SDFA 4DXBA 3H6VA 2HEUA 1MM7A 3PPPA 2I6EA 3RGYA 3LUYA 4DCXA 3N94A 1UTBB 4F3PA 3H3GA 2REGA 1A8EA 1XT8A 1B9JA 4G8HA 5TU0A 2I3VA 5DVIA 3O2AA 2PT1A 3KN7A 4YB6A 3TTLA 1N3WA 3CG3A 1XS5A 2Z8EA 2XX8A 3U94A 1AMFA 4TLMB 1NH8A 2KLFA 4ECFA 1P99A 4F1UA 1OQHA 4ZECA 5H8HB 3TTNA 2O6AA 3HHFA 5A5XA 1B3GA 2XXRA 2PX1A 2XXPA 3DP6A 3PU5A 4JWXA 2RC8A 4DDDA 1LCTA 4C0RA 4EXLA 2I3WA 5H8NB 1NFTA 3K4UA 3FVGA 1MM6A 4Q8RA 3FJGA 1B52A 5FHOA 2P0SA 1P1QA 1FQEA 4H5GA 4EF1A 5CMMA 3FIRA 1FQAA 5JEIA 1Y20A 1B32A 3P7IA 1ZTYA 2B3FA 3ILUB 2H5YA 5CI5A 4GL0A 4MBPA 4ESWA 1MXVA 4MH5A 2I4BA 1TWYA 4YICA 2H99A 2HCAA 4YKPA 4GOTA 2O7IA 1AL3A 2AIXA 3M3KA 3K01A 3JYRA 1NH7A 3CFZA 5M2VA 1O7TA 4U22A 2I4CA 3KFMA 2A5TA 3PMVA 3KG2A 4OZ9A 2QS4A 2H4IA 3PMXA 1B1XA 2I49A 3H03A 1JW4A 5CMCA 4HTGA 4PP0A 3SETA 4G68A 4O3CA 1N7WA 5TP9A 2XXTA 2HAUA 2V25A 4DCYA 3RLFE 4ELRA 4MLQA 5I58B 4RA1A 1IUDA 5AE4A 2HZLA 4G68C 1DSNA 3OELA 1YTVA 1JW5A 5CBSA 3IL1B 1TT1A 4JBZA 4PFYA 3V89B 3HCQA 1WVJA 3DELB 2WKYA 1POY1 4G2ZA 3IX1A 3UK4A 1A8FA 4NF6A 1MPDA 1TFAA 1FTJA 3L6GA 1FW0A 3LSWA 4G77A 1LFGA 1AH5A 4ZEKA 5I56B 3MZ9A 2X7PA 4R6YA 2OBGA 3C33A 4TOZA 4R74A 2Q2CA 2F6PA 3KOSA 1OVBA 1DPPA 3D4CA 1PB8A 3T9VA 5DTBA 3TCFA 1JETA 5ICQA 5F7VA 3RT8A 5FTHA 5L9MA 4OVJA 3K6WA 4MF3A 1XC1A 4GLIA 2GHAA 1FQCA 5JTYB 1BKAA 2F78A 3TKDA 3QYTA 4AQ4A 1MS7A 3K6VA 1M5EA 3FVNA 1Y4CA 1POTA 2XXIA 3A3UA 1A7LA 4GIZA 3OSQA 1PEBA 1GGGA 1R9QA 4KQPA 3K6XA 1H3DA 3BFUA 3IB1A 5JK4A 2F36A 4EQBA 2FYIA 1OQGA 3T66A 2VD3A 4Q0CA 4EDPA 3PD8A 5FHNA 4K3FA 2P1SA 1MG1A 5AA4A 3CSBA 1A99A 1SD3A 3S9MC 1MY3A 4BLAA 3E9XA 4OEVA 2RC7A 4G8NA 1MRPA 3B6TA 1B1HA 3H6TA 3O6HA 1ANFA 1LFHA 3HSTA 2XXYA 5KCJB 4RK2A 3CVGA 4U1ZA 4NF6B 1Q35A 3G3IA 3PGFA 3U8QA 3SEWA 5IAIA 1LCFA 5ITPA 4P0GA 4G4PA 4OHNA 5I2KA 1USYE 3IO4A 5I57B 3HPIA 3G3HA 1YAEA 4WKMA 3KJ7A 4QFOA 1ZMGA 5DVFA 4GF8A 4YKIA 3O6IA 1NNFA 3G3GA 4P11A 1TXFA 4XIGQ 1B46A 5FHMA 3PD9A 4ELPA 2E1SA 1EZPA 2V3QA 1M5BA 1XVXA 5TPAB 4GD5A 3ZKKA 4E0XA 4PE5B 3IOTA 1Y4TA 1SQYA 3W9WA 4LP2B 3LSFB 4HCYA 1L5TA 1LB9A 3OO7A 1PBQA 4Q30B 5ELVA 3GXAA 1LAHE 1QUKA 4R75A 4RY1A 5DT6A 3M3LA 4H8JA 4PFWA 1UQWA 3PPOA 4OENA 5KDTA 4FJPA 3RTFB 3O6GA 4LONB 5CC2A 1F9BA 1NKXA 3T93B 2I58A 4KI0E 4OEUA 4FIMA 1EZ9A 2GH9A 3B7DA 1NNTA 2V3TA 3ECRA 4BDLA 2AL5A 2UYFA 2DQVA 5AA4B 2A5SA 2Q9TA 2ZMBA 4LATA 5K2XA 1B7ZA 5EHSA 4XKNA 3VLVA 1WODA 1MY4A 2QSXA 3CIJA 1I6AA 3UP9A 3DP4A 4JB7A 4X48A 1O63A 3FD3A 3MP1A 5DEXA 4GXSB 4IO5A 1JEVA 1FCKA 5H8QB 2F7CA 2ONSA 4OFOA 2F97A 1MXWA 4BDRA 3VFJA 3R6UA 2V3UA 2IA4A 4E0WA 4RYAA 2CMOA 3USDA 3DP8A 2Z22A 1OLAA 1SI0A 4AB6A 5B7DA 3OEKA 1I69A 3I5OA 3FVOA 1IQ7A 3U1OA 4LZ7A 4YU0A 2QL3A 4MFIA 4ZEFA 3MPKA 2NUVA 2PVUA 1URGA 3SKPA 1OVTA 4F31B 4H65A 1Y3NA 2THIA 4XXUA 4QHQA 1B0LA 5I2NA 4I8CA 2QS1A 3E3KA 2X7QA 3FXUA 4FE8A 3TFLA 3V8XB 3FV1A 3K02A 1MQHA 1DPEA 4R6KA 4R9GA 2VOZA 5H8FA 5HPQA 3FGSA 4LZ8A 2Y7IA 3V83A 2O1LA 1FQBA 4NF5A 3ILTB 4U23A 3S9LC 3IOUA 4C1TA 3Q25A 3RT6B 1B4ZA 4YAHX 3OD7A 2Y7KA 2R9JA 4XKRA 4BDMA 3W9VA 2Q89A 1M5FA 4THIA 2XHDA 4QRZA 3QSLA 2B65A 1OIBA 4F39A 3KN8A 1VR5A 1BIYA 2QMWA 1M5CA 1QKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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