1PB9A

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with d-cycloserine at 1.60 angstroms resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
289
structure length
281
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINTERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Ligand binding protein
total genus 78
structure length 281
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb9A02
3CFXA 1MQDA 2O69A 5H8NA 1LB8A 4F19A 4LUBA 5ELVA 1JW4A 3QUJA 4HW8A 4JB7A 1GVCA 3U8QA 4PP0A 5FHOA 1B4HA 3W9WA 3MC2A 3CG3A 3KBRA 3V83A 2I4BA 4IB2A 3G3FA 2I4CA 3Q27A 2H98A 3TTLA 3HSTA 3H4ZA 1JVXA 2D21A 2D3IA 3EQ1A 1FQAA 2H4IA 3OSQA 2Q8JA 4THIA 2OWTA 3N26A 1OIBA 2H5YA 3KSXA 5CI5A 2X7QA 1Q1KA 4EQ9A 1JETA 4RA1A 1GGGA 1ELJA 4ZZEA 4R6KA 1FQDA 3OELA 1RYXA 4DXCA 2OCUA 4H5FA 3THIA 5AA2D 1OQHA 5FTIA 1AH5A 1B6HA 5ITPA 2QSXA 4F39A 4FJPA 1Z7NE 1NKXA 2CZLA 4PQJA 4RNSA 3SETA 3VLUA 3OD7A 4QSCA 1OLCA 5BWJA 2ONRA 5H8SA 2NUVA 1HSLA 3O66A 4RK2A 2B3FA 3H6TA 2I6EA 1OQGA 4GD5A 2P1SA 2G29A 3IOWA 3F11A 2Y7RA 2PT1A 5DVJA 3U1OA 1VFEA 1MQHA 3ZSFA 5H8QB 3H03A 3EN3A 4OZ9A 3G3KA 3KG2A 3MP6A 4EQBA 1SVXB 3CSBA 4M4GA 4R9FA 1WDNA 1WODA 4ISUA 3IX1A 1VSOA 2DS9A 4G2ZA 2HEUA 2ZYOA 1DOTA 4R2BA 4JWYA 2Z8DA 3K01A 2QS2A 2OK2A 4QFOA 3ZKKA 1SYHA 4GF8A 1NMUA 2I49A 1A8FA 3EHUA 3VE1B 5L9SA 3S9EA 2B65A 4DZ1A 5ITOA 5AA2A 3UK4A 1UTBB 3MZBA 1O64A 3C9HA 4F2OA 4HTGA 1XOCA 1BLFA 1Q35A 1DTGA 1PB8A 1N3XA 3V5AA 2AL5A 5TPAB 2XXUA 1LBCA 2A5SA 2Y7KA 1MXYA 5CBRA 3PMWA 2XXQA 3MJNA 3DM0A 4P0GA 1ZMGA 1DPEA 5LOMA 4XTCQ 5JEIA 3Q25A 2ZNTA 1MQJA 3E9XA 1B7UA 2ZXTA 1A99A 1ZU0A 1ZJLA 3ILTB 2R9JA 1UTBA 3IOVA 2ONSA 3N6UA 4ZEBA 3CG1A 1S50A 3JYRA 2VOZA 4F1VA 3A3CA 5TPAA 1EZOA 3LR1A 1O7TA 3H6VA 2GFEA 2VHAA 5K2YA 2XXXA 3TKDA 3HCQA 1SW1A 1TFAA 2X26A 3C36A 5A5XA 4AQ4A 4PFUA 4RXLA 3K1PA 1B7ZA 3VLWA 1YCJA 1JEUA 3TTNA 4G4PA 1H3DA 4OEUA 4NEDA 4U2RA 3MP1A 3HV1A 2HFBA 4KD5A 1CE2A 3T9HB 3Q28A 3RNNA 3O6IA 4LVQA 2F34A 2ZNSA 3RY3A 4Q5TA 1BIYA 2F7CA 3PMXA 3RN8A 3MQ9A 3OO6A 3QUFA 3D4CA 1URDA 4U1ZA 1FTOA 2DYXA 1B32A 4IO2A 5EHMA 4YB6A 4R75A 4QSDA 1QW0A 5K2XA 4U4XA 1CB6A 2AYSA 4U22A 1POTA 4XKQA 2O68A 1QVSA 1XVYA 4EXLA 1FCKA 2RC9A 4RPOA 1ATGA 3FXQA 3I3VA 5EHSA 2XXYA 1B52A 4IO3A 4IO4A 3ONMA 3SESA 2DVCA 2R71A 2NVUB 5HPQA 3SEYA 1R9LA 4PFTA 1B05A 1NNTA 2OWSA 1IITA 2O1MA 3IJXB 2DE4A 2DXYA 4QFLA 4JWOA 1YTVA 4H6DA 3TFLA 4KPTA 4FEBA 1MG1A 5DTBA 4C1UA 1MS7A 5DYHA 4OENA 4ZS9A 3V89B 2UVIA 5CRYA 4LONB 1B2HA 3HN0A 1Y3NA 4P0IA 4JDFA 1M5FA 1M5CA 3MAMA 4N07A 3S4UA 2IEEA 4RYAA 4GXAA 4I9DA 5KZTA 1PBPA 1LGBC 4NTLA 1NH8A 3PUXE 1AL3A 3T9XB 2AIXA 5CM6A 4BDNA 3U94A 4IY5A 4OYVA 1MH4A 3TAJA 1O63A 2DWJA 1NFTA 4WEPA 3W15C 5ISUA 4PFYA 4H5GA 2BJJX 1MY0A 2XHDA 1T0KA 3R26A 4YMBA 4RY1A 1I69A 5I59B 3DELB 3C35A 5I84A 1JQFA 2RC7A 1B40A 3K6VA 4IO5A 4OHNA 1MPDA 1IQ7A 1EU8A 2KLFA 2UXAA 1S9TA 4DIGA 2QS4A 2FYIA 1SQYA 1MPCA 3KZGA 3FGSA 1TWYA 3TELA 4QHQA 5I59A 2HXWA 3IOTA 1MY2A 3C31A 4ZZAA 1LLSA 1FQFA 3CRBA 1US5A 3K6WA 4NF8B 1YPNA 3FJGA 2RF1A 3KJ7A 1N0TA 4F3BA 4TOZA 2ZYKA 1VFDA 3IO6A 3A09A 3CVGA 4YB5A 4OTEA 4ELRA 5H8FB 5L9MA 1B3LA 3K4UA 1D3KA 4RPNA 5IAIA 3K00A 1P1QA 1MY4A 4NF8A 1JW5A 3FV1A 1B46A 3P7IA 3OEMA 1J1NA 1B9JA 4WKMA 1N7XA 2Z23A 2I3WA 3VXBA 3E4RA 1MRPA 1N76A 4NF6B 3K6UA 2XXVA 4LZ7A 3CFZA 4BLAA 4EXKA 1PB9A 4EF1A 1URSA 5H8FA 2O7UA 4IY6A 4R74A 3TYHA 1Y1MA 3MPLA 1F9BA 4KYSA 3MVYA 1FQBA 4BDMA 4QFNA 3AXFA 4QSEA 4NWDA 3VLVA 3ODBA 4OFOA 3K6XA 3UP9A 2VP1A 1MQIA 4FATA 4GIZA 4R2FA 5CMBA 4KHZE 1HSEA 3MP8A 4NF6A 5KDTB 1LCFA 4GXSB 4KCCA 3O9PA 1DSNA 2O6AA 3OENA 1SI0A 3PUVE 3KEIA 2FNCA 3IB1A 2PYYA 3H06B 3H3GA 2O7IA 4ZDMA 4OERA 3FXRA 5BUUA 1XVXA 2XXWA 2YJPA 5AA2B 1B5HA 2W7YA 1DTZA 3KFMA 2UYEA 1R9QA 4Z0IA 3C33A 3LC8A 2F6GA 1MQGA 1SW2A 1ZTYA 2Q88A 3M3LA 3CFLA 1B58A 3QIMA 4JBZA 5KDTA 3TDJA 4F3PA 4ESWA 3TCGA 3R6UA 3LSWA 2G93A 1TT1A 4OESA 1SD3A 1OLAA 3QYTA 3RUMA 1XC1A 3PD8A 1SYIA 1P1OA 4LZ8A 4GL8A 1B3FA 3UORA 3EHSA 3PPRA 4X9TA 4PETA 3OSRA 2QMXA 4YICA 1Y20A 4N13A 3GXAA 1A7LA 3H7MA 5IKBA 3G3JA 3N6TA 1FW0A 2NXOA 3FD3A 3LSLA 1SW5A 4NWCA 3N94A 1NNFA 1OVBA 2M8CA 3EHTA 1L5TA 4F29A 3TCFA 4QF9A 1PBQA 1JW1A 2O84X 4OXVA 3GBAA 3RTFB 1MDQA 1Y4CA 4F3SA 3O6HA 1FTMA 5A5XB 5JK4A 3FJMA 1BP5A 4KI0E 4X1DA 2P2AA 1Y3QA 1QUIA 3FIRA 1N84A 1N3WA 4E0WA 4F1UA 4C0RA 1MH3A 4KYEA 1US4A 3B6WA 1D9VA 3QK6A 3PPPA 2I3VA 1PB7A 2O51A 4ZEFA 2HCAA 2DWHA 3SKPA 4G77A 3K02A 2Z8EA 2VD2A 4LATA 3WAEA 4X48A 4UA8A 1IXGA 4KYDA 2F35A 3LSFB 1VE4A 1USYE 2XD2A 4EDPA 4F2QA 4Q0CA 3D4GA 5AA4A 3VDFA 4U1OA 3FZVA 4YKKA 4QFPA 2NWJA 1EH3A 2ZMBA 3TZAA 1LFHA 4Z7EA 2Y7WA 4OEVA 4ELOA 4ECFA 2Q89A 4EUOA 2ZNUA 4KQPA 3CSGA 4FECA 3U72A 4G8HA 5TU0A 2DOJA 2V84A 2H25A 3QSLA 4DXBA 2DXRA 4IO6A 1FQCA 1ZIUA 2UVHA 1USYH 4PE5B 1QKAA 5FHNA 4H0WA 2DE2A 2QMWA 5F1QA 3IK6B 5AE4A 5I58B 1MXUA 4DCYA 4ZE9A 3FVOA 2RCAA 4MFIA 1H43A 4U23A 4XIGQ 3KOTA 1B3EA 4GLIA 1B1HA 1WVJA 2GHBA 4H1XA 2UVGA 2WKYA 2LAOA 3MW0A 2OBGA 3CIJA 5TP9A 3TTRA 3VXCA 5DEXB 2NOOA 2FA7A 1IXHA 3BKIB 4OWDA 1P1NA 1LAHE 4ZEKA 3T96B 4F3GA 4F1YA 2F36A 5I58A 4LQ5A 1A54A 2PBWA 5HBCA 1UQWA 3N5LA 2R6GE 3A3UA 4Q8RA 1QUJA 4EQ7A 1URGA 1RKMA 3MZ9A 4FORA 1B3HA 3GLBA 3H6WA 3TQWA 5I57B 3K1NA 5M2VA 4IGTA 3O6GA 3FATA 4M1VA 5CMMA 3DP4A 5DEXA 1R1NA 3T9UA 1IZ1A 1GTKA 1N04A 1P1UA 3G3GA 1LFIA 4JWXA 2Y7IA 2X7PA 4IO7A 3IAZA 4G68B 5H8HB 3KJTA 3KN3A 3VV5A 4GQOA 1MM7A 3ZS6A 4BDQA 3UA8A 3T66A 1A8EA 4H8IA 3ZKLA 4RK9A 4DDDA 2H9BA 1IEJA 2YLNA 4YKIA 5I57A 4OFLA 1D9YA 2Q2CA 3O97A 4I1DA 2B3BA 1II5A 1M5EA 3JZJA 4I62A 4OETA 4TQUQ 2Q2AA 2Y7PA 3JV9A 3PU5A 1XS5A 3MUQA 2ZYMA 3C34A 3ECRA 2XX7A 4XKRA 3O29A 4YMAA 2QPQA 3B6QA 2H99A 3Q26A 4G68A 5H8HA 4DCXA 1PEBA 4L17A 5EYFA 2F7BA 2HZLA 2ABHA 4F31B 3V8XB 3PPOA 5I2KA 4BDOA 1ZBMA 4R6YA 3FVNA 2A5TA 4OMBA 4X1BA 3SERA 3SDFA 3SEXA 4PFWA 3K1MA 4U4SA 4YKJA 4ZECA 4LP2B 4XXUA 1PC3A 4RJZA 1XHYA 3R7XA 3HHGA 1QJMA 2QL3A 5J1DA 1UTHB 3DP6A 1B7HA 1YAEA 3FXUA 1TXFA 1Z7ME 2Z22A 2XX8A 4NF5B 3MVZA 4R72A 3E3KA 3ILUB 3SEWA 5DVIA 3K2DA 4MLQA 3TUSA 1VR5A 2ESNA 1LSTA 3Q29A 3IJOB 5AA1A 1GR2A 3OMBA 3TMGA 3BBRA 3KN8A 3BFUA 3OEKA 5L9OA 2F78A 2PMSA 2E0SA 4C1TA 3LSXA 3IB2A 1UTHA 4H8JA 3O2AA 3I5OA 1RYOA 2P0SA 2XXHA 1MM6A 1P99A 5ICTA 3S2VA 1POY1 4NF5A 3GZGA 5I56B 3IO4A 4LA9A 2QJEA 3UGWA 4FAJA 2V93A 4GOTA 1KWHA 3MBPA 3IB0A 1BTJA 4P11A 1LCTA 2F8DA 2XXPA 4FIMA 3OXNA 1QULA 4GFRA 4O3CA 5ICQA 2REGA 1B5IA 1Y3PA 4KFQA 3FVGA 2XXIA 3BFTA 5AA3A 3QXMA 4ZEDA 3PV0E 3WAFA 5I56A 4TLLB 3OO9A 2Q9TA 3W9VA 2AL4A 4YB7A 4O3BA 3B6TA 2HAUA 4Q30B 1B51A 3IOUA 5B70A 2REJA 4E0XA 1MY1A 2PVUA 4POWA 4MF3A 4GRKA 1SW4A 1ZLQA 4DXUA 3TPAA 3L6GA 3VVEA 3T93B 2GH9A 4QFKA 5JTYB 2UYFA 1MXXA 4MBPA 1OVTA 2XXRA 2I58A 1MXVA 3IL1B 2IA4A 3GBBA 3L6HA 3PPNA 1A55A 3HPIA 5CC2A 4AB6A 3RT6B 4R73A 2HAVA 2DWAA 3PPQA 3SEVA 4H65A 4OQOA 5H8QA 1FTLA 3U92A 1IXIA 1FTKA 5CMKA 3RQTA 3TCHA 4WXJA 2OLBA 3E13X 1Y9UA 3KSJA 5HM4B 3RPWA 3TTKA 5F7VA 5JTYA 4WEDA 1SDXA 3FV2A 1BKAA 1LB9A 1I6QA 4LQ2A 4IGRA 1TFDA 4ONYA 4AB5A 4ELPA 3O28A 4FE8A 3PD9A 1LAXA 2F6PA 4YKPA 1B5JA 3USDA 5AA4B 1FQEA 4KCDA 2V3UA 1MXZA 3MWBA 3C4MA 3PUWE 1A40A 2OJTA 4U21A 3LBSA 1DPPA 1JNFA 4MH5A 3VVDA 1B0LA 2DVZA 5FTHA 1N7WA 1B3GA 1FTJA 5KCJB 1NL5A 1MDP1 4NMYA 2GHAA 3S9MC 1D4NA 3S9LC 3RGYA 5DVFA 1JEVA 3IR1A 1GV8A 1AOVA 2VGQA 3I6VA 2V25A 1IIWA 4ESXA 1LAFE 2QRYA 2XXTA 1R6ZA 1NH7A 2ONKE 3HO7A 3CI8A 1MXWA 5I2NB 4KR5A 5FHMA 2F97A 3M8UA 1Y4TA 3H6UA 2ANJA 4YZZA 3PGFA 2QS3A 5KCJA 3FJ7A 4DLDA 1AIVA 3TQLA 1JVYA 5TP9B 4UACA 4XKNA 3QAXA 1MPBA 3EF7A 4GL0A 1LBBA 1EZ9A 4YU0A 3LUYA 3KOSA 4GWOA 2GRVA 4JSOA 1QKBA 4YAHX 3OO8A 3KN7A 2THIA 1ANFA 5I2NA 4N6PA 1OMPA 4TLMB 4I8CA 1Y1ZA 2I0CA 3PMVA 2Y84A 1AMFA 1I6AA 4JSDA 3OOAA 1B1XA 4ZEIA 3T22A 4ELQA 3TEPA 1SBPA 1IXCA 1DMBA 1H76A 2OZZA 4OFJA 4F18A 2I48A 4JXIA 5DT6A 1SI1A 2DE3A 3S9NC 2F5XA 3M3KA 3RT8A 5L8DA 2DWIA 1I6BA 1MY3A 3MVXA 2DQVA 4G8MA 3RLFE 2PT2A 3K0VA 1LAGE 3MZ1A 1P1WA 2DP8A 3PUZE 2I0BA 2ZYNA 2RINA 3SEUA 2RC8A 3C32A 4G8NA 4LZ5A 3EPEA 3G3HA 4QRZA 3MPKA 3VVFA 2V3TA 3OO7A 2HZKA 1UIVA 4H67A 3VFJA 3MVWA 3T9VA 1QUKA 4MLVA 1M5BA 1NNPA 4G68C 3DP8A 4XKPA 4HCWA 2XD3A 1H45A 3CR9A 4POXA 4NF4B 4EF2A 5CMCA 1NNKA 4R9GA 1H44A 1B0HA 1PDAA 5B7DA 2XX9A 5I2KB 4ND9A 1XT8A 2A5TB 3HHFA 3IORA 2E1SA 3PUYE 2HQ0A 4GVOA 4K3FA 3TODA 1UIUA 4DE8A 1IUDA 4NF4A 2Z8FA 4NE4A 3G3IA 4F22A 1B4ZA 1ZKBA 3U93A 5H8NB 4BDRA 4FEDA 2QS1A 2RCBA 2V3QA 4BDLA 3M3FA 2DSFA 3FVKA 2YPNA 4O3AA 3B7DA 4R6HA 2CMOA 4HS7A 2D5WA 2VD3A 3G7WA 2PX1A 2RKMA 3FASA 1M5DA 1EZPA 4ZE8A 3KGCA 5CBSA 1LFGA 1HSJA 1S7YA 4OVJA 2UVJA 2O1LA 2F7AA 3TTMA 3UN6A 3DLNA 4HCYA 2ALUA 3RTWB 3UIFA 3FUZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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