1PB9A

Crystal structure of the nr1 ligand binding core in complex with d-cycloserine at 1.60 angstroms resolution
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
289
structure length
281
Chain Sequence
TRLKIVTIHQEPFVYVKPTMSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINTERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords N-methyl-D-aspartate Receptor Subunit 1
publication title Mechanisms of activation, inhibition and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding core
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Ligand binding protein
total genus 78
structure length 281
sequence length 289
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-05-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pb9A02
5KCJA 4G8NA 1BKAA 3EHTA 3PUYE 3FD3A 2F35A 4QFNA 2F5XA 1MY4A 4ZZEA 1JETA 3RNNA 3IX1A 4BDRA 4RK9A 2QS2A 4DIGA 1B4ZA 1VR5A 3LR1A 3GBAA 1MXXA 5JTYA 5ELVA 1I6AA 4LQ5A 2ZNUA 4JWYA 1SW5A 1FTLA 1XT8A 2RCAA 3HSTA 2HCAA 4HS7A 4YKJA 4G68A 1UIVA 3LSFB 4NTLA 2F34A 1WODA 5HPQA 3B6WA 4NF5A 1JQFA 3T9XB 4OMBA 3R6UA 3JZJA 4E0WA 3U92A 2P2AA 3VVFA 1FTJA 1N76A 1N3XA 4WKMA 3SESA 1EH3A 2PT2A 5TP9A 5IAIA 2F7BA 3TODA 3N5LA 5CC2A 4OESA 3A09A 1Q35A 1HSJA 1B1HA 1N7XA 3OEMA 1NH8A 3IB0A 1B1XA 3ODBA 3FXUA 5I58B 5HM4B 3BFTA 3IK6B 2O7UA 1FCKA 1EZPA 1QJMA 1MPBA 3M3KA 3T9VA 4H5FA 4TLMB 3CFLA 1MH3A 2I48A 1IXGA 4R72A 2YJPA 3MPKA 4NF6A 1IXCA 4YB7A 2H5YA 3LBSA 1RKMA 4C1TA 1L5TA 3MZ9A 4F2QA 4EUOA 2PX1A 4U1ZA 2ONSA 4ELOA 1FQCA 4I8CA 3TTNA 5H8QB 3KJTA 4LA9A 3U93A 4POXA 1IITA 3IO4A 3FJGA 4YMAA 4U23A 4IB2A 5ITOA 4I9DA 1J1NA 1FQBA 1SYIA 1OMPA 4TOZA 1ELJA 3RLFE 1OVTA 3RGYA 3H06B 4ZE9A 3K1MA 2CZLA 3VLUA 3O97A 3OO8A 3Q26A 3KFMA 1DMBA 1WDNA 2DWJA 2Q88A 5H8NA 3IOTA 5DEXA 2A5SA 4XTCQ 3VLVA 4TQUQ 4BDNA 3TDJA 4UA8A 2LAOA 5AA4B 1PC3A 4R2FA 3FGSA 4Z7EA 1SYHA 3H6VA 1NL5A 2RC8A 3DP4A 3PD8A 3RT8A 4DLDA 3PV0E 3FXRA 2H9BA 4R75A 3FZVA 4N07A 5IKBA 1RYXA 4XKPA 1Y3NA 5KDTA 1MM7A 2ZYMA 1MXWA 1OVBA 2HAVA 1YPNA 1MRPA 2O1LA 3V8XB 1N84A 4H6DA 5L9OA 2VD3A 3RPWA 2ZYOA 2RINA 1SW2A 3EN3A 2VP1A 2Q89A 3TTLA 3UK4A 1M5BA 2XXIA 5CMBA 2ZYNA 3O2AA 2V84A 3KSXA 3VVEA 3M8UA 1URGA 1NNPA 1QW0A 1MXZA 4F18A 3FJMA 3B6QA 3S9EA 1UTHA 2O1MA 2ZMBA 4OEVA 3D4GA 1B46A 1S7YA 3H4ZA 5HBCA 2Z22A 5DYHA 1R6ZA 3O66A 1YCJA 3OXNA 1FQDA 3RTWB 4ESXA 2P1SA 3KGCA 3KG2A 4HCWA 1POY1 1O7TA 1HSEA 2OCUA 4LUBA 1Y1MA 5EHSA 4EQBA 1SI1A 1ZLQA 4MLVA 4KD5A 4ZDMA 1SW4A 3F11A 2Q2AA 3MJNA 4NF4B 3SEUA 5I2NB 3R26A 3N6TA 1A54A 4IY6A 1MQGA 2QS1A 1H43A 4RY1A 5I57A 3PUZE 1OQGA 2I0BA 3RY3A 3MZBA 4C1UA 1B6HA 2O7IA 2PBWA 4H8JA 4PFWA 4F31B 3CG1A 1M5CA 1XVXA 4IO7A 2DE4A 5EHMA 5B7DA 2A5TB 3PUXE 5H8SA 4QHQA 3CFXA 1R9QA 2G29A 1MQIA 3FVGA 3K6UA 4YKKA 4BDLA 2F6PA 3QUFA 1IXHA 3W15C 3H7MA 4R6KA 4THIA 1XOCA 3S9NC 3ZKKA 3K4UA 5KZTA 4G68C 1JW4A 1IEJA 4F1VA 4FORA 5A5XB 5TPAA 3O29A 1ZBMA 3L6HA 5CRYA 4HTGA 2QMXA 1SD3A 4H1XA 4OEUA 4KCCA 4OVJA 3T9HB 2UVIA 4NF8B 4RYAA 4FAJA 2B65A 5BWJA 4F19A 1MH4A 4AQ4A 3ILUB 2REGA 2G93A 3M3LA 4IO3A 2OJTA 4GOTA 4QFLA 3G7WA 5DVFA 2Y84A 2O69A 4OWDA 1JNFA 4ESWA 4X1DA 5AA2B 3LSWA 2DWHA 3V89B 3KOTA 3PU5A 3FUZA 1H3DA 3IO6A 3K1NA 4U1OA 5J1DA 2Q2CA 5FTIA 2I3WA 3PPPA 4EQ9A 2ZNSA 3EPEA 1URSA 2BJJX 3V83A 2RF1A 3KOSA 3K2DA 3OELA 1YTVA 3MP8A 1DOTA 3JV9A 1OLCA 4FE8A 3O6HA 3CG3A 1B0LA 2HFBA 4RPOA 4IO4A 1P1QA 1QKBA 2OWTA 5TU0A 1LFIA 3I3VA 1PBPA 1PBQA 2X7QA 1LBBA 4ELQA 1NNFA 3OSQA 3MPLA 1EU8A 3ZS6A 1MY2A 3C33A 2OBGA 5AA3A 4ELRA 4H0WA 3KBRA 4R2BA 2OK2A 1B58A 3KN3A 3VLWA 2F7CA 2V3UA 4WXJA 2ZYKA 3WAEA 3CSBA 1LAXA 3GBBA 5F1QA 1B40A 2Y7KA 2OLBA 1B3FA 2ABHA 4O3CA 4GL0A 5DTBA 2YPNA 4RXLA 3R7XA 1WVJA 1JEVA 3CFZA 3OMBA 2Y7IA 2QRYA 2IA4A 3C31A 4OFJA 4LVQA 5H8QA 4PE5B 3FIRA 1MDQA 1US4A 4JSOA 1URDA 2DS9A 4X1BA 4DZ1A 1MG1A 1P99A 3K6VA 1MXUA 2GFEA 3GLBA 2VD2A 3B6TA 2Z8DA 1FQAA 1GR2A 1LAGE 2UYFA 3G3KA 3W9WA 3TTKA 5FHNA 1PB9A 3G3JA 1US5A 2QS4A 2GHAA 3USDA 2Z8FA 1BIYA 5L9MA 4YB5A 5CMMA 2V93A 2DQVA 1UTBA 2DE3A 1ZTYA 3K6XA 5AA4A 5I59B 4RA1A 1N04A 3S2VA 3OSRA 4F1YA 1GVCA 2HAUA 1R9LA 3ZSFA 4F39A 5I56B 4ISUA 2O84X 2DWAA 3T22A 3CR9A 2RCBA 4NEDA 2DOJA 1XS5A 3S9MC 4JWOA 1NNTA 1AH5A 2E1SA 5AE4A 3VDFA 2Y7PA 3O28A 3QK6A 1A99A 1B5IA 3QSLA 2QS3A 3PGFA 3GXAA 3OO7A 4OYVA 2ESNA 3UORA 3MQ9A 3KSJA 4LZ8A 1EZ9A 2UVHA 1VE4A 4YKPA 1LCFA 4POWA 3BFUA 1JVYA 4EF2A 1FTKA 4MH5A 1B3EA 4NF6B 4R9GA 4U4SA 2HXWA 2XD2A 2AYSA 5H8HB 2Z23A 1MQHA 3IJXB 4WEDA 1DSNA 1DTGA 3H3GA 5H8FB 2QJEA 4GWOA 1MM6A 1TXFA 1VFEA 4GLIA 1O63A 3VXCA 1N0TA 4PQJA 2QL3A 1BLFA 3S4UA 2XXRA 2NUVA 4DXBA 5I2KA 3VVDA 1FQEA 3TCHA 2XXPA 1QKAA 4BDMA 3I6VA 4AB5A 4IO2A 1B7ZA 4KCDA 3SEVA 3KN8A 4BDOA 1TT1A 3UA8A 2DVZA 5FTHA 4R6YA 1NH7A 4LONB 4ZZAA 4YZZA 3PUVE 1MXVA 3SDFA 3PMXA 4QF9A 4Q0CA 4C0RA 1AIVA 4NF4A 4DXUA 5I2NA 1LLSA 2DE2A 3C36A 3ZKLA 4LZ5A 4FATA 2YLNA 4O3AA 3MBPA 4KHZE 1LBCA 1N3WA 4M1VA 4ZEFA 4MLQA 2DXYA 1IQ7A 4LZ7A 2A5TA 4U2RA 1MY3A 1H44A 4HW8A 2P0SA 4YICA 1SBPA 2B3BA 1LSTA 3BBRA 3LSLA 1H45A 4JDFA 2ALUA 4R6HA 2E0SA 3JYRA 2F8DA 1XHYA 1B5HA 2X26A 3DP8A 3C32A 1BP5A 2X7PA 1N7WA 5A5XA 3ONMA 4G77A 4G8HA 3S9LC 3N26A 3ECRA 4NWDA 4ONYA 3HHGA 4OETA 1LFGA 1AMFA 3IOWA 3E13X 4I62A 4KQPA 2QMWA 2I49A 4ZEIA 3U8QA 2DVCA 2PVUA 3AXFA 4RK2A 4MF3A 3T93B 1I6QA 4H67A 4E0XA 4F3BA 3W9VA 2O68A 3FVNA 1P1NA 4BDQA 2UVGA 5ITPA 4R9FA 5DVJA 1Y3QA 4OENA 3MP6A 2RKMA 4GFRA 1CE2A 1B3GA 3MAMA 1NKXA 3MUQA 2D21A 1M5DA 3RQTA 3G3IA 1LB8A 4MFIA 3G3FA 4QFPA 4RPNA 1SI0A 3L6GA 3M3FA 4EXLA 4QFOA 3MZ1A 3Q25A 1B5JA 1FQFA 4GXSB 3CSGA 1Z7NE 4KYEA 2O51A 3BKIB 4GVOA 1MS7A 2V3QA 3MVYA 2F97A 4WEPA 4XXUA 3IR1A 1SW1A 2QSXA 3HCQA 3TYHA 2XXYA 4I1DA 4GQOA 2D3IA 1IIWA 2Q9TA 3RTFB 1S9TA 4YAHX 1B4HA 1D4NA 3O6GA 1RYOA 4MBPA 3K02A 2HQ0A 1S50A 2DP8A 3HPIA 1PB7A 4NWCA 4P0IA 4Z0IA 4PETA 3EQ1A 1ATGA 3RUMA 3DP6A 4IGRA 2AL4A 4L17A 1B51A 5ISUA 5M2VA 1ZMGA 4EDPA 2Y7WA 2VGQA 1LB9A 1A8FA 3GZGA 3OOAA 3TELA 3HN0A 1DPPA 4QFKA 1JW1A 2PMSA 4NMYA 1B52A 2XXWA 2XXQA 2VHAA 1I69A 2FA7A 3TFLA 3FATA 5CBRA 3Q28A 2UYEA 2ONKE 4GIZA 1R1NA 1MQDA 3KEIA 3FVKA 1LAFE 1MY1A 2B3FA 1LAHE 1NFTA 5I58A 3TQLA 3H03A 3LUYA 4EXKA 2H4IA 3EHUA 3C4MA 1UIUA 2XXTA 1GTKA 4G8MA 1QVSA 1B2HA 1LGBC 2HEUA 2GH9A 3FVOA 5I59A 5L8DA 5JEIA 2IEEA 1B05A 2F36A 5ICQA 2GRVA 5I56A 1Y20A 4YU0A 1MY0A 3DELB 2M8CA 4U22A 5CI5A 4F22A 1A40A 1M5FA 4NE4A 4XKQA 5AA1A 4DCXA 2I4CA 3UIFA 4ZEBA 3U72A 2F78A 5KCJB 4LQ2A 4LATA 3V5AA 3G3HA 4M4GA 5K2XA 4QSCA 3TTRA 2XX9A 1SVXB 3O6IA 4PFTA 5AA2D 3RN8A 3TMGA 2OZZA 3TKDA 1II5A 4F1UA 3PPNA 3TQWA 1F9BA 5JTYB 2NOOA 3IL1B 1XC1A 2Z8EA 4G68B 1DPEA 1D9YA 1JEUA 2O6AA 3TPAA 4NF5B 2KLFA 4X48A 3LSXA 4JBZA 5H8HA 5I84A 4GL8A 3KJ7A 3MC2A 3OEKA 3MVWA 1MDP1 1PDAA 4OZ9A 2HZKA 5TP9B 1PB8A 5H8FA 4FEDA 4X9TA 4TLLB 2XX8A 4ZECA 3IB2A 3N6UA 1HSLA 3O9PA 3RT6B 1BTJA 4EQ7A 2D5WA 2V3TA 4GD5A 1FW0A 2UXAA 5DT6A 4ZS9A 3C9HA 2VOZA 1POTA 3PUWE 4QSEA 2Q8JA 2W7YA 2GHBA 2RC9A 2WKYA 3IORA 5CBSA 3TZAA 2RC7A 1PEBA 3FXQA 4KFQA 3SETA 3CI8A 3CIJA 1YAEA 1B7HA 2FYIA 2AL5A 3CVGA 3D4CA 3QUJA 1UTBB 4FECA 3SKPA 1IXIA 1Y4TA 1LFHA 1UQWA 1DTZA 1VFDA 4F2OA 2F7AA 2QPQA 3PPQA 1FTMA 1LCTA 4LP2B 4DCYA 2XXUA 2H25A 4KPTA 3T9UA 1QUIA 4ND9A 3E3KA 4JXIA 5JK4A 2DSFA 4JWXA 2FNCA 3DLNA 3PPRA 1KWHA 2R71A 1H76A 4ZE8A 2R9JA 5L9SA 3TCFA 3IAZA 3EF7A 3SERA 4OHNA 4H5GA 1VSOA 3E9XA 4IO6A 3I5OA 3QYTA 5H8NB 5DEXB 4R74A 3QXMA 3B7DA 4DDDA 1O64A 3PPOA 4YB6A 1QUKA 1USYE 3DM0A 2I4BA 2THIA 2ANJA 2Y7RA 4G2ZA 3FJ7A 2UVJA 1CB6A 3PMWA 2DWIA 2NXOA 5LOMA 1M5EA 1EZOA 3OENA 1B3HA 3A3CA 3KZGA 1TFDA 3IOUA 1P1OA 1GGGA 3H6UA 3HV1A 5CMKA 5KDTB 3SEXA 1NNKA 3KN7A 5FHOA 2F6GA 2XD3A 1NMUA 5ICTA 4UACA 1TWYA 5I2KB 2PYYA 4KYDA 1MPDA 3Q29A 1IUDA 2XXXA 2I58A 3IJOB 1I6BA 5F7VA 3SEYA 4JSDA 4OFLA 3LC8A 4P0GA 4DXCA 1Y9UA 3K00A 1B0HA 1SQYA 2XXHA 2ZNTA 4YMBA 1ZIUA 1ANFA 2AIXA 3MVXA 1OQHA 4H65A 3UN6A 4ZEKA 1Y1ZA 2I0CA 2V25A 4BLAA 4KI0E 3VXBA 4OXVA 5EYFA 4H8IA 1QULA 4F29A 4ECFA 1OIBA 3C35A 5BUUA 2PT1A 1UTHB 3IB1A 4P11A 2I6EA 1Z7ME 1USYH 4F3GA 3H6WA 4GXAA 1XVYA 5B70A 5K2YA 1JVXA 4NF8A 3FV2A 3H6TA 3TAJA 4QSDA 4ELPA 3U94A 3K0VA 3A3UA 2ZXTA 4AB6A 4IGTA 4OERA 4XIGQ 1P1UA 3EHSA 3MVZA 2NWJA 3MWBA 4EF1A 5FHMA 4OQOA 4OFOA 5AA2A 4PFYA 4R73A 3OD7A 4N13A 3IOVA 1FTOA 4U21A 4JB7A 2ONRA 4Q8RA 4PFUA 4F3PA 1A8EA 1ZU0A 2REJA 4U4XA 1A7LA 3OO6A 1Y3PA 3MP1A 1GV8A 1B3LA 4RNSA 1IZ1A 3G3GA 5CM6A 3TCGA 3OO9A 3C34A 3K01A 1B32A 1D9VA 5I57B 1AL3A 1Y4CA 4G4PA 2I3VA 4FEBA 4FIMA 3ILTB 4ZEDA 4GF8A 4IO5A 4OTEA 5DVIA 3P7IA 1TFAA 3HO7A 2H99A 2XXVA 2XHDA 3T66A 1SDXA 3FASA 2DYXA 3PMVA 1B9JA 3T96B 1ZJLA 1ZKBA 3K6WA 4HCYA 2OWSA 4DE8A 1JW5A 4N6PA 4QRZA 4XKNA 3VFJA 3QAXA 3Q27A 3TEPA 1QUJA 1Q1KA 5CMCA 3TUSA 1A55A 4Q5TA 1OLAA 3U1OA 3UGWA 5TPAB 1MXYA 4F3SA 4IY5A 1MQJA 2NVUB 4PP0A 3PD9A 4YKIA 4KR5A 1D3KA 3N94A 2H98A 3VE1B 3QIMA 3UP9A 4KYSA 4Q30B 1P1WA 4XKRA 1MPCA 3VV5A 4O3BA 3TTMA 3SEWA 3HHFA 4FJPA 3MW0A 3THIA 3E4RA 4K3FA 1T0KA 2R6GE 2HZLA 3CRBA 2CMOA 3WAFA 2DXRA 2XX7A 1AOVA 3K1PA 1B7UA 4RJZA 4GRKA 3FV1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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