1PHWA

Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog 1-deoxy-a5p
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
284
structure length
272
Chain Sequence
MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of Escherichia coli KDO8P synthase complexes reveal the source of catalytic irreversibility.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 70
structure length 272
sequence length 284
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1phwA00
2JBMA 1TJPA 3IVTA 1GEQA 3BLIA 5AOUA 1QPRA 1QFEA 2ZRWA 4LT9A 5FF2A 4AMAA 3P82A 2C16A 1OX6A 3P80A 4HNTA 3LXAA 4LC6A 1NFBA 3HBLA 3L21A 1QOQA 3QZEA 4PFMA 3HG5A 1OX4B 5F2LA 3PUEA 2V30A 4Y90A 1VPXA 3W1NA 1P0KA 3EXSA 2EPHA 3MJYA 4FHAA 5FEWA 3UY7A 1KLYA 4IMCA 3SW6A 1X1ZA 3P61A 1OX5A 1W3NA 2Z0IA 2R94A 1JQXA 3CB8A 1QWGA 3TA6A 2OT0A 5CSSA 4N6EA 3WJYA 2Z2UA 1Q3NA 3GDLA 2TSYA 1TREA 4O19A 1F73A 2A1YA 2C0AA 3W1AA 4BR1A 3EX4A 3ZWTA 3LLFA 3W1XA 2DZSA 1T0OA 2E5DA 3TNOA 1TQJA 1B4KA 1X8FA 1G7VA 4D2JA 3N2MA 3PUDA 2R14A 3PY2A 2DZWA 4FO4A 2QUVA 3P8JA 1H50A 4IMDA 4K6AA 2CLMA 1UJPA 3NDOA 4MPQA 4O54A 4LC8A 5BRBA 1ZCOA 4DEFA 3DAQA 3G1FA 1OK4A 4LOCA 4E2DA 3LV5A 3CLMA 1UBSA 3GXNA 1KFCA 3W7GA 3VI2A 2CLFA 1W31A 2J9ZA 3QSTA 3LX9A 3TW7A 1LOSA 4MJMA 3NPWA 1C9DA 5C55A 3N34A 2Z6IA 2XFWA 3B8DA 5E1QA 4Z1BA 4OHQA 1RZMA 1ICPA 3PBYA 1EUNA 3DGRA 1SR9A 2O7SA 3W1RA 2CWNA 3TKFA 2CZDA 4NXKA 5F4WA 4BI7A 4O1DA 2F7FA 2ALDA 4POCA 1Q6QA 3G3DA 1OFEA 3BO9A 4ICNA 2C15A 2ISWA 3UWWA 2HTMA 4MOZA 2NV1A 3ZFHA 1IXQA 4FXRA 1GYNA 4KFOA 4RZ4A 3F1QA 2ZTKA 3O6DA 2UV8G 1XBXA 3HIJA 2C13A 1HG3A 4UNKA 2A2IA 3HJZA 1QO2A 3LBCA 2X1UA 4JTSA 4MY1A 1FBAA 2Y62A 2ZCGA 3NQ6A 1GPWA 1NF7A 3EWWA 3ATYA 3QPYA 2X30A 4MJZA 3GDTA 3HPSA 2YYUA 2CLHA 1OYCA 1S5VA 3DHDA 3WFAA 1AW2A 3M5ZA 3INPA 2A85A 3WK0A 3KVKA 1DV7A 1G6CA 4FNSA 4NX5A 2YXGA 1FDYA 1OFRA 4LRSA 4M7SA 5KZDA 1H1YA 4N9CA 4QM1A 3SR7A 1KFEA 4FNTA 1TPEA 4UTMA 5EY5A 3IIXA 3A21A 2A0NA 3UWQA 4XKYB 4YCOA 5D04C 5G2WA 2E1DA 1JCMP 3HPZA 4ZZ9A 3CC1A 1W3IA 4NX0A 3IGXA 3QH2A 3KRSA 3STGA 4GXMA 5K2ZA 1L6SA 3NZ1A 3TK7A 5KSWA 4N4QA 4ZQPA 5I3GA 2V2DA 4IMEA 2Y7EA 1OFDA 2PRHA 4GWEA 1K8XA 2VKZG 1HTIA 3UWYA 5F4XA 3M1ZA 2YCEA 1QAPA 4QNEA 1PV8A 3VKJA 1H1ZA 2QCFA 1GT8A 3O63A 3W87A 4CQ9A 1F2JA 4YCPA 1OJXA 3CQ0A 2NUWA 5D2WA 4IOTA 3NQ7A 2E5BA 4YLWA 3RLUA 5DN1A 2VFDA 1IXOA 3LCIA 4OV9A 3VCRA 3T7VA 3I6RA 7TIMA 2BX7A 4QJ1A 3F4WA 4GJ1A 1A50A 3G24A 1K03A 2AQWA 3LLDA 2VFHA 5C2XA 3M0ZA 2E6FA 1XDMA 3U2OA 5D37A 1D3GA 4O4VA 2A7RA 4RJEA 4C1KA 1KW1A 3NM1A 4UTUA 3PBWA 4O53A 1DJNA 3FS2A 1EX5A 2QCEA 5FEPA 1YTDA 4I9AA 3W71A 1SU5A 4UFHA 1GTHA 1PIIA 2GJLA 3L5LA 3GK0A 5D30A 1VHNA 2B0MA 2VFEA 2A6NA 1XUUA 3MP5A 4DO4A 4JYEA 1OF8A 4K7VA 4WD0A 2Y89A 4DF1A 4JYDA 3W7JA 5F2MA 1GJPA 4YXGA 3KRUA 4H4IA 4GE8A 4Z1DA 4GUFA 1EWDA 4BF9A 1ADOA 1WX0A 2E77A 1W5QA 3PG9A 3MHUA 3W7MA 2Y88A 3TIMA 3LCHA 4JY8A 3L65A 3RF9A 3THQA 3W74A 1YPFA 4PL1A 3HGOA 3L2IA 3LV6A 4NZJA 3EX6A 5DY2A 1H63A 3LHWA 3NZRA 3ABRA 3UNDA 1VCVA 3P7YA 3PC0A 3NQMA 2QDGA 1TRDA 4ZQMA 2Y70A 5AHFA 4ORMA 4OT7A 4GUGA 3M7WA 5KTLA 5LNVA 3LOTA 4ALDA 4PCFA 3HOJA 2QKFA 5U4NA 2VELA 2ZRZA 3Q2DA 3B05A 4MLRA 5LSMA 4O28A 3P5YA 5CPLA 5I3FA 1KM0A 4X3ZA 2WNNA 4NNBA 3VFLA 2ZZ3A 4UMAA 1R46A 4ZQNA 1DHPA 5D33A 1SZNA 1ML1A 3TJXA 1SSDA 1NAL1 4DF2A 1T99A 1KTCA 1FWSA 3CEUA 1DQWA 3C56A 3IIZA 3B06A 5IM51 3AO0A 5D38A 3P81A 5I3HA 2DZTA 3TR2A 2ZQ0A 3L66A 1LORA 4HNUA 1GYLA 3GNDA 3W7KA 2NWSA 1IF2A 4MY8A 1SO3A 3T4CA 3KVJA 3LRMA 3AJXA 3BK0A 2HMCA 5KZMA 3W83A 2Q8ZA 3YPIA 3NQ2A 1M6JA 2FTPA 4IPJA 3C2OA 1Z42A 3SJ3A 1Q6OA 2VOMA 1RR2A 2O7QA 3NYZA 3GAYA 3L0NA 4BK9A 4GUHA 1SPQA 1TYGA 2J88A 1LOQA 4A3UA 1OVDA 2CZ5A 4DELA 3L0GA 5F1VA 1LLZA 3GZ3A 1C8VA 4NVTA 5LGZA 5LKYA 1VCFA 1I2OA 8TIMA 4MKNA 3KHJA 3HGSA 1HUVA 1YDNA 2CU0A 5AYYA 2X1TA 3TSMA 1NEYA 2WNZA 4XQ6A 4N6FA 2VEMA 3M41A 3TE9A 2CLIA 1QCWA 3NQEA 3NL6A 5AC6A 3LCLA 3IGSA 4JTJA 4KKXA 1B9BA 1ICSA 2DZUA 4P61A 4YL2A 1G7UA 3K30A 3G0UA 4RR4A 2GJNA 2ISSA 3C0JA 2RDUA 3B4UA 4JTFA 3C4UA 3R8RA 3OEXA 2EGZA 1EEPA 1K3UA 1Q6LA 4O1BA 3NL5A 3W1UA 2V5BA 5HUPA 4CCEA 1MEIA 3PSWA 1YDOA 3MI6A 2P1FA 3SSJA 1TCDA 3I68A 3SZ8A 4O14A 3QSRA 2RHGA 1OYBA 1PHWA 1H5YA 5EYWA 1K7XA 4NNCA 4B5NA 1RPXA 3TC7A 1SW0A 4LV4A 3OBKA 3ABOA 1VZWA 2QAPA 3GKAA 1EWEA 3O1NA 4L4LA 4EF8A 3V75A 1JCJA 2VENA 3GB6A 3PUOA 4MYXA 4CNNA 1W8SA 2Y63A 3IIPA 3NPVA 1FWWA 2GQ8A 2ABBA 1GVRA 1XI3A 3EX1A 4JTLA 4I7WA 3KOFA 3LI0A 1LOLA 5FEZA 3W07A 3KX6A 2B7PA 3W1PA 3RK8A 4MZ1A 3CT7A 1H7XA 3SI9A 3NAVA 3PAJA 4AHQA 3UWZA 1YXCA 5D03A 1LBLA 1ZENA 4LTSA 3HG2A 3LCFA 4CCCA 3A9IA 5HR6A 1DKWA 4LUJA 5CSRA 1XBZA 3EXTA 2YR1A 3W7OA 5LNWA 3SY5A 3ZR4A 1SO4A 4WJEA 3G1SA 1W5MA 1W5PA 3F03K 3N19B 2QR6A 4JY9A 1LYXA 3NG3A 2FFCA 1L6WA 4JTTA 4MFEA 1RV8A 4ADUA 4RXFA 4CCDA 4IXHA 3G1XA 4NU7A 3NVTA 3UD6A 1I8JA 3MP4A 3STCA 1UB3A 2FB2A 1N7KA 3GLCA 3CWNA 2G96A 3QFEA 2WQPA 2EAWA 5E0KA 1G4TA 3P8IA 1DVJA 1ONRA 2X2GA 4KFPA 5FESA 4UFJA 4BFAA 4GUJA 4M5PA 5AHIA 3I7QA 1TV5A 1RQEA 3PWAA 3W7HA 4RCXA 4W9TA 1KLZA 4JTGA 2D73A 5D02A 4IQLA 1OG0A 4X2RA 3TXZA 4K38A 1R30A 4RKAA 1LROA 4JEQA 3D0CA 1ZALA 1P4CA 5DBUA 5BOOA 2DJLA 4Q33A 2E5CA 2G95A 3LRLA 4OBTA 1TPVA 1JRBA 3H55A 1JJKA 3PBVA 3W9ZA 5EA9A 3JS3A 3W76A 4UFIA 1B4EA 4DPQA 2Z1BA 2I9EA 1OYAA 2CFFA 2QCCA 1LTDA 3DZ1A 3W75A 6TIMA 4N02A 1X7FA 2FPVA 3GDRA 3EWXA 3PS7A 3BW3A 3UWVA 3WJZA 1XM3A 1CX9A 4FB7A 3P62A 4EF9A 3R5EA 1NSJA 2QCMA 3E9AA 4AWUA 3RFAA 3GVGA 1WAUA 1LCOA 4JIQA 4WXYA 3HF3A 3F4NA 1C29A 4JDBA 4LWWA 5AYZA 4NJIA 3NR0A 2QJHA 1FWTA 4WQ6A 2QCDA 4TMCA 1H51A 3O15A 2JKEA 4R33A 1TTIA 2NLIA 1YPIA 5CZJA 5DY3A 4AVFA 3P67A 3PG8A 1SO5A 4QAIA 3PULA 3TQKA 4TR9A 3SFKA 5J5RA 5D32A 3W7DA 1VGAA 1EPXA 3KAOA 3LM7A 3I7RA 3RNDA 4XUGA 3G8EA 1I4NA 4UTWA 3S1UA 5FF4A 3KVLA 1ME7A 4NQ1A 3M16A 4IMGA 1VLWA 3EEGA 1Y0EA 5G5IA 5DCDA 4GUIA 3LHTA 2H90A 1BWKA 2J9XA 4A2SA 1Q6RA 1O60A 1K7FA 2CZEA 1AL7A 1NF0A 5DXYA 3S5YA 4WOZA 3BGJA 4WY0F 2H3DA 1QR7A 4MZ8A 5DLCA 2DJXA 1XCFA 4RX0A 3PVFA 2TPSA 3G22A 4ZQRA 4LNYA 3STFA 2A21A 4FX6M 2ZA2A 3NA8A 4L4MA 3S5ZA 3BW2A 4LRTA 2C6QA 4FF7A 5D05A 1GZGA 3W7EA 3NQ8A 3MO7A 4WY0A 1F05A 3UZJA 2Y7DA 3W88A 3GDKA 5SWUA 4U4MA 1M7PA 4FEZA 1WYIA 3Q94A 4WUIA 1R2SA 3H54A 4NJGA 4LV9A 3KRZA 3GR7A 3DENA 3CWOX 3NNTA 1H7PA 2CW6A 1YLVA 1K8ZA 1JRCA 1U5JA 4TO8A 2TMDA 3S9YA 3RU6A 1M7OA 4TU1A 1OX4A 1WBJA 3M47A 2G97A 1LZOA 1VYRA 3NQAA 4QSHA 1Q45A 1CI1A 2V2HA 4K39A 4MLJA 4GBUA 2W6RA 4AH7A 3TH6A 4Z08A 3MMTA 2DZPA 2JGQA 1FQ0A 3LTYA 2RFGA 3W2KA 2JGYA 3VNDA 2QJGA 2ZRVA 5AYXA 2NX3A 4QIUA 2W0UA 2CLLA 3QQ0A 4I7VA 3T40A 2Q8LA 4HNVA 2OT1A 3M9YA 2FDSA 3CTLA 3W2NA 3G18A 1FY6A 4MUZA 1TRIA 1F5ZA 1L9WA 4PA8A 1G4EA 4AEOA 3BG9A 2VEIA 2GUUA 3NQVA 3HGRA 1LP6A 1SW7A 3QQ1A 3N9SA 1JUBA 1GVOA 2E6YA 3W2JA 2ISVA 3A5FA 3ZS4A 3NQCA 1ALDA 1XUZA 4Q32A 1TTQA 1TPC1 4K7YA 3CIWA 1CW2A 2GQAA 4MIMA 3TAKA 2QEZA 2FJKA 1R2TA 1TO3A 5LNUA 3E0IA 1OF6A 3HG3A 2NUXA 1TPH1 1W5NA 1VLIA 3E02A 3HG4A 3SGZA 2HS6A 2WOQA 4ZQOA 1FXPA 1P5BA 2IQTA 4JTUA 4ORIA 4WX2A 1G4PA 1EP2A 1JR1A 3DI0A 5BW6A 1FDJA 3W7RA 2H8XA 4JS3A 4UTKA 4N4PA 4TIMA 2WJZA 3S5NA 4MYAA 1O5KA 1TV7A 1OFBA 4NXSA 4JTHA 1SO6A 1V7YA 3QMSA 4NJJA 3IVSA 2Y85A 4XTDA 5EKYA 1DJQA 1EP1A 3USBA 4UUIA 3Q58A 1KM2A 4XBSA 4A21A 3G0SA 2C14A 2WSYA 5DELA 5HNRA 3MBFA 3DFOA 3W6YA 1SZFA 4OGZA 5BMXA 3LI1A 3S1XA 1KM6A 4X22A 5C6MA 3W22A 1E51A 1TB3A 1H61A 5AHEA 1XC4A 4DBEA 4EWND 1QPQA 4N9EA 3LHZA 1S5WA 1VYSX 5HUOA 5AHMA 3G1HA 1FXQA 1IIGA 4LUIA 3UXAA 3W85A 4KWWA 1KBIA 3RLVA 4EIVA 1AG1O 3EKZA 3LDVA 3W1QA 3W7NA 4NJKA 1GG1A 3OVQA 4JNMA 2I14A 2RDWA 4IXXA 3STEA 3UPWA 4LS2A 5LZLA 2FB3A 3NEVA 1G4SA 1TPDA 4GFSA 3BG5A 3PM6A 3LBMA 3DU0A 1FWRA 1F6PA 5AN7A 1QO5A 2V5LA 2QF7A 3QYQA 3W86A 5AHNA 2BSLA 3G1VA 4H3DA 1KFKA 4JICA 3OA3A 3OG3A 2NX9A 3C6CA 3B0VC 3NXFA 3TROA 5EPDA 3W7CA 3M44A 3CHVA 3FFSA 3MI2A 4JTIA 1HO1A 3EB2A 4PEKA 2V0TA 3OVRA 1JCYA 1O94A 4CQ8A 1OFPA 4O1AA 1DL3A 5G1YA 1SQ7A 1W0MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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