The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
69
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sequence length |
272
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structure length |
272
|
Chain Sequence |
DPVWRFDDRDVILYNIALGATTKQLKYVYENDSDFQVIPTFGHLITFNSGKSQNSFAKLLRNFNPMLLLHGEHYLKVHSWPPPTEGEIKTTFEPIATTPKGTNVVIVHGSKSVDNKSGELIYSNEATYFIRNCQADNKVYADRPAFATNQFLAPKRAPDYQVDVPVSEDLAALYRLSGDRNPLHIDPNFAKGAKFPKPILHGMCTYGLSAKALIDKFGMFNEIKARFTGIVFPGETLRVLAWKESDDTIVFQTHVVDRGTIAINNAAIKLVG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Two-domain Structure of One Subunit Explains Unique Features of Eukaryotic Hydratase 2.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Candida tropicalis
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| molecule keywords |
Peroxisomal hydratase-dehydrogenase-epimerase
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| total genus |
69
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| structure length |
272
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| sequence length |
272
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
1.1.1.n12: (3R)-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase. |
| pdb deposition date | 2003-06-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01575 | MaoC_dehydratas | MaoC like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Thiol Ester Dehydrase; Chain A | Hotdog Thioesterase | ||
| Alpha Beta | Roll | Thiol Ester Dehydrase; Chain A | Hotdog Thioesterase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5EO4 A; 2EGI A; 3AZB A; 3B7K A; 4GAH A; 4ZV3 A; 2UV8 G; 4NCP A; 4A0X A; 2GLV A; 3KVZ A; 4RLJ B; 5SZY A; 4RLT A; 2CWZ A; 3KG8 A; 4AE7 A; 1MKB A; 1PSU A; 1WLU A; 1U1Z A; 2H4U A; 4YBV A; 5SZZ A; 1PN4 A; 3SPS A; 3HDU A; 3KUV A; 3R3A A; 5BUX A; 3HMJ G; 4I82 A; 4RV2 B; 2OWN A; 1LO9 A; 3DOY A; 4K02 A; 5HMC A; 4A12 A; 2B3M A; 2Q2B A; 3OML A; 5DIO A; 2V1O A; 3E29 A; 2OKI A; 4I83 A; 4K4B A; 2PZH A; 2FS2 A; 5DM5 A; 4B0B A; 2OAF A; 4MZQ A; 4CL6 A; 3LMB A; 5HD6 A; 4IEN A; 4MOC A; 2DSL A; 4B0I A; 4QD9 A; 1MKA A; 3K67 A; 1IQ6 A; 4E3E A; 3AZ8 A; 3KX7 A; 3LZ7 A; 1WN3 A; 3D04 A; 3KVU A; 1BVQ A; 2HX5 A; 4OOB A; 5HWF A; 4RLW A; 3DP2 A; 2QWZ A; 2AV9 A; 2HBO A; 5EP5 A; 2GVH A; 2GLM A; 1YOC A; 2OV9 A; 2O5U A; 1J1Y A; 1NJK A; 1VI8 A; 4RLT B; 5HZ4 A; 3LBB A; 1WM6 A; 1VPM A; 3AZA A; 3DKZ A; 4FFU A; 3R35 A; 4RLU B; 4WNB A; 1VH9 A; 4HZO A; 3R3F A; 1C8U A; 3CF9 A; 1WLV A; 2PRX A; 3DP1 A; 4K4A A; 4B0J A; 3CK1 A; 3P2S A; 3DP3 A; 3D6L A; 3Q62 A; 1LO8 A; 4QDB A; 1Q6W A; 3P2R A; 4W78 A; 2EGR A; 3P3I A; 1YLI A; 1LO7 A; 3DOZ A; 5T06 A; 1Y7U A; 2GLP A; 4QDA A; 1Q4T A; 2F41 A; 3GEK A; 4RLJ A; 5T02 A; 2F3X A; 4XY6 A; 4RLW B; 1ZKI A; 5EGL A; 1Q4S A; 3F5O A; 5SZV A; 2W3X A; 2CYE A; 1Q4U A; 5F6R A; 4RV2 A; 3S4K A; 3ESI A; 3R3D A; 4K4D A; 4QD7 A; 5CPG A; 4ZJB A; 2OKH A; 2XEM A; 4I4J A; 2C2I A; 2ESS A; 3NWZ A; 3EXZ A; 2F0X A; 3LW3 A; 4B0C A; 3KV7 A; 4KEH A; 5BUW A; 2XFL A; 3WEW A; 3KH8 A; 4HZP A; 2OIW A; 4M20 A; 3QOO A; 4RMM A; 1Z6B A; 2O6T A; 3CF8 A; 3ED0 A; 3KV8 A; 2HLJ A; 1Z54 A; 3R34 A; 4XY5 A; 4ZW0 A; 5KL9 A; 3R37 A; 4K00 A; 5BYU A; 4FQ9 A; 1S9C A; 3F1T A; 3LBE A; 3R3C A; 4GAK A; 4MTU A; 4W78 B; 4AE8 A; 3HM0 A; 3KHP A; 4A0Z A; 4B8U A; 4A0Y A; 3LWG A; 5BUY A; 2BI0 A; 3DP0 A; 2O6B A; 3IR3 A; 3P3F A; 3R36 A; 4ZRF A; 4I45 A; 2CY9 A; 5EGK A; 4RLU A; 5SZU A; 2GF6 A; 2GLL A; 1SBK A; 2NUJ A; 1VH5 A; 5HMB A; 3QY3 A; 4H4G A; 1SH8 A; 3E1E A; 3R32 A; 3TEA A; 5EGJ A; 2QQ2 A; 3BJK A; 2Q78 A; 4WNB B; 2O6U A; 3BNV A; 3D6X A; 1S5U A; 4ZRB A; 3KX8 A; 4MOB A; 1TBU A; 1T82 A; 3KW1 A; 4HZN A; 4ORD A; 2B6E A; 3AZ9 A; 4K49 A; 5T07 A; 3KVI A; 1PN2 A; 2EIS A; 2PIM A; 2VKZ G; 4QD8 A; 3E8P A; 3R87 A; 1ZHG A; 2FUJ A; 1IXL A; 3P2Q A; 4K4C A; 3B7J A; 5EO2 A; 2EGJ A; 3R3B A; 1SC0 A; 3KUW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EO4 A; 2EGI A; 3AZB A; 3B7K A; 4GAH A; 3S6P A; 4ZV3 A; 2UV8 G; 4NCP A; 4A0X A; 2GLV A; 3KVZ A; 4RLJ B; 5SZY A; 4RLT A; 2CWZ A; 3KG8 A; 4AE7 A; 1MKB A; 1PSU A; 1WLU A; 1U1Z A; 2H4U A; 4YBV A; 5SZZ A; 1PN4 A; 3SPS A; 3HDU A; 3KUV A; 3R3A A; 5BUX A; 3HMJ G; 4I82 A; 4RV2 B; 2OWN A; 1LO9 A; 3DOY A; 4K02 A; 5BP2 A; 5HMC A; 4A12 A; 2B3M A; 3KG7 A; 2Q2B A; 3OML A; 5DIO A; 2V1O A; 3E29 A; 2OKI A; 4I83 A; 4K4B A; 2PZH A; 2FS2 A; 5DM5 A; 4B0B A; 2OAF A; 4MZQ A; 4CL6 A; 3LMB A; 5HD6 A; 4U3V A; 4IEN A; 4MOC A; 2DSL A; 3ZH5 A; 4B0I A; 4QD9 A; 1MKA A; 3K67 A; 1IQ6 A; 3ZH7 A; 4E3E A; 3AZ8 A; 3KX7 A; 3LZ7 A; 1WN3 A; 3HRQ A; 3D04 A; 3KVU A; 1BVQ A; 1OHF A; 2HX5 A; 4OOB A; 5E1V A; 5HWF A; 3FRN A; 4RLW A; 3DP2 A; 2QWZ A; 2AV9 A; 2HBO A; 4R4U A; 2GVH A; 5EP5 A; 2GLM A; 1YOC A; 2OV9 A; 2O5U A; 1J1Y A; 3KG6 A; 1NJK A; 1VI8 A; 4RLT B; 3ZH6 A; 3LBB A; 1WM6 A; 5HZ4 A; 1VPM A; 3AZA A; 3DKZ A; 4FFU A; 3HRR A; 3R35 A; 4RLU B; 4WNB A; 1VH9 A; 4HZO A; 3R3F A; 1C8U A; 3CF9 A; 1WLV A; 2PRX A; 3DP1 A; 4K4A A; 4B0J A; 3CK1 A; 3P2S A; 2QQP A; 3DP3 A; 3D6L A; 3Q62 A; 1LO8 A; 5BP3 A; 4QDB A; 1Q6W A; 3P2R A; 4W78 A; 2EGR A; 3P3I A; 1YLI A; 1LO7 A; 3DOZ A; 3ZH7 B; 5T06 A; 1Y7U A; 2GLP A; 4QDA A; 1Q4T A; 2F41 A; 3GEK A; 4RLJ A; 5T02 A; 2F3X A; 4XY6 A; 3BBJ A; 4RLW B; 1ZKI A; 5EGL A; 1Q4S A; 3F5O A; 5SZV A; 2W3X A; 2VZ9 A; 2CYE A; 1Q4U A; 5F6R A; 4RV2 A; 3S4K A; 3B18 A; 3ESI A; 3R3D A; 4K4D A; 4QD7 A; 5CPG A; 4ZJB A; 2OKH A; 2XEM A; 4I4J A; 2C2I A; 2ESS A; 3NWZ A; 4KC5 A; 3EXZ A; 2F0X A; 3LW3 A; 4B0C A; 4QFW A; 3KV7 A; 4KEH A; 5BUW A; 2XFL A; 3WEW A; 3KH8 A; 4HZP A; 2OIW A; 4M20 A; 3QOO A; 4RMM A; 1Z6B A; 2O6T A; 3CF8 A; 3ED0 A; 3KV8 A; 2HLJ A; 1Z54 A; 3R34 A; 4XY5 A; 4ZW0 A; 5KL9 A; 3R37 A; 4K00 A; 5BYU A; 4FQ9 A; 1S9C A; 3F1T A; 3LBE A; 3R3C A; 4GAK A; 4MTU A; 4W78 B; 4AE8 A; 3HM0 A; 3KHP A; 3RQB A; 4A0Z A; 4B8U A; 2VZ8 A; 4A0Y A; 3LWG A; 4LN9 A; 5BUY A; 2BI0 A; 3DP0 A; 2O6B A; 5KKU A; 3IR3 A; 3P3F A; 3R36 A; 4ZRF A; 4I45 A; 3RD7 A; 2CY9 A; 5EGK A; 4RLU A; 5SZU A; 2GF6 A; 2GLL A; 1SBK A; 2NUJ A; 1VH5 A; 5HMB A; 3QY3 A; 4H4G A; 1SH8 A; 3E1E A; 3R32 A; 4R9Z A; 3TEA A; 5EGJ A; 2QQ2 A; 3BJK A; 2Q78 A; 4WNB B; 2O6U A; 2PFC A; 3BNV A; 3U0A A; 3D6X A; 1S5U A; 4ZRB A; 3KX8 A; 4MOB A; 1TBU A; 1T82 A; 3EL6 A; 3KW1 A; 4HZN A; 2B6E A; 3AZ9 A; 4ORD A; 4K49 A; 3CJY A; 3KVI A; 5T07 A; 1PN2 A; 2EIS A; 2PIM A; 2VKZ G; 4QD8 A; 3E8P A; 3R87 A; 1ZHG A; 2FUJ A; 1IXL A; 3P2Q A; 3KG9 A; 4K4C A; 3B7J A; 5EO2 A; 2EGJ A; 4OOC A; 3R3B A; 1SC0 A; 3KUW A; #chains in the Genus database with same CATH homology 5EO4 A; 2EGI A; 3AZB A; 3B7K A; 4GAH A; 4ZV3 A; 2UV8 G; 4NCP A; 4A0X A; 2GLV A; 3KVZ A; 4RLJ B; 5SZY A; 4RLT A; 2CWZ A; 3KG8 A; 4AE7 A; 1MKB A; 1PSU A; 1WLU A; 1U1Z A; 2H4U A; 4YBV A; 5SZZ A; 1PN4 A; 3SPS A; 3HDU A; 3KUV A; 3R3A A; 5BUX A; 3HMJ G; 4I82 A; 4RV2 B; 2OWN A; 1LO9 A; 3DOY A; 4K02 A; 5HMC A; 4A12 A; 2B3M A; 2Q2B A; 3OML A; 5DIO A; 2V1O A; 3E29 A; 2OKI A; 4I83 A; 4K4B A; 2PZH A; 2FS2 A; 5DM5 A; 4B0B A; 2OAF A; 4MZQ A; 4CL6 A; 3LMB A; 5HD6 A; 4IEN A; 4MOC A; 2DSL A; 4B0I A; 4QD9 A; 1MKA A; 3K67 A; 1IQ6 A; 4E3E A; 3AZ8 A; 3KX7 A; 3LZ7 A; 1WN3 A; 3D04 A; 3KVU A; 1BVQ A; 2HX5 A; 4OOB A; 5HWF A; 4RLW A; 3DP2 A; 2QWZ A; 2AV9 A; 2HBO A; 5EP5 A; 2GVH A; 2GLM A; 1YOC A; 2OV9 A; 2O5U A; 1J1Y A; 1NJK A; 1VI8 A; 4RLT B; 5HZ4 A; 3LBB A; 1WM6 A; 1VPM A; 3AZA A; 3DKZ A; 4FFU A; 3R35 A; 4RLU B; 4WNB A; 1VH9 A; 4HZO A; 3R3F A; 1C8U A; 3CF9 A; 1WLV A; 2PRX A; 3DP1 A; 4K4A A; 4B0J A; 3CK1 A; 3P2S A; 3DP3 A; 3D6L A; 3Q62 A; 1LO8 A; 4QDB A; 1Q6W A; 3P2R A; 4W78 A; 2EGR A; 3P3I A; 1YLI A; 1LO7 A; 3DOZ A; 5T06 A; 1Y7U A; 2GLP A; 4QDA A; 1Q4T A; 2F41 A; 3GEK A; 4RLJ A; 5T02 A; 2F3X A; 4XY6 A; 4RLW B; 1ZKI A; 5EGL A; 1Q4S A; 3F5O A; 5SZV A; 2W3X A; 2CYE A; 1Q4U A; 5F6R A; 4RV2 A; 3S4K A; 3ESI A; 3R3D A; 4K4D A; 4QD7 A; 5CPG A; 4ZJB A; 2OKH A; 2XEM A; 4I4J A; 2C2I A; 2ESS A; 3NWZ A; 3EXZ A; 2F0X A; 3LW3 A; 4B0C A; 3KV7 A; 4KEH A; 5BUW A; 2XFL A; 3WEW A; 3KH8 A; 4HZP A; 2OIW A; 4M20 A; 3QOO A; 4RMM A; 1Z6B A; 2O6T A; 3CF8 A; 3ED0 A; 3KV8 A; 2HLJ A; 1Z54 A; 3R34 A; 4XY5 A; 4ZW0 A; 5KL9 A; 3R37 A; 4K00 A; 5BYU A; 4FQ9 A; 1S9C A; 3F1T A; 3LBE A; 3R3C A; 4GAK A; 4MTU A; 4W78 B; 4AE8 A; 3HM0 A; 3KHP A; 4A0Z A; 4B8U A; 4A0Y A; 3LWG A; 5BUY A; 2BI0 A; 3DP0 A; 2O6B A; 3IR3 A; 3P3F A; 3R36 A; 4ZRF A; 4I45 A; 2CY9 A; 5EGK A; 4RLU A; 5SZU A; 2GF6 A; 2GLL A; 1SBK A; 2NUJ A; 1VH5 A; 5HMB A; 3QY3 A; 4H4G A; 1SH8 A; 3E1E A; 3R32 A; 3TEA A; 5EGJ A; 2QQ2 A; 3BJK A; 2Q78 A; 4WNB B; 2O6U A; 3BNV A; 3D6X A; 1S5U A; 4ZRB A; 3KX8 A; 4MOB A; 1TBU A; 1T82 A; 3KW1 A; 4HZN A; 4ORD A; 2B6E A; 3AZ9 A; 4K49 A; 5T07 A; 3KVI A; 1PN2 A; 2EIS A; 2PIM A; 2VKZ G; 4QD8 A; 3E8P A; 3R87 A; 1ZHG A; 2FUJ A; 1IXL A; 3P2Q A; 4K4C A; 3B7J A; 5EO2 A; 2EGJ A; 3R3B A; 1SC0 A; 3KUW A;
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