1POY1

Spermidine/putrescine-binding protein complexed with spermidine (dimer form)
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
b'NNTLYFYNWTEYVPPGLLEQFTKETGIKVIYSTYESNETMYAKLKTYKDGAYDLVVPSTYYVDKMRKEGMIQKIDKSKLTNFSNLDPDMLNKPFDPNNDYSIPYIWGATAIGVNGDAVDPKSVTSWADLWKPEYKGSLLLTDDAREVFQMALRKLGYSGNTTDPKEIEAAYNELKKLMPNVAAFNSDNPANPYMEGEVNLGMIWNGSAFVARQAGTPIDVVWPKEGGIFWMDSLAIPANAKNKEGALKLINFLLRPDVAKQVAETIGYPTPNLAARKLLSPEVANDKTLYPDAETIKNGEWQNDVGAASSIYEEYYQKLKAGR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of PotD, the primary receptor of the polyamine transport system in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Transport protein
total genus 98
structure length 323
sequence length 323
chains with identical sequence 2, 3, 4
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1poy101
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1poy102
1UTHB 1RYXA 3KJ7A 1FTOA 1MXYA 1R6ZA 3VLUA 1FQCA 3S9NC 5M2VA 4JWYA 2P1SA 4LZ5A 3OENA 1DOTA 4XKNA 2DWHA 5AA4A 1Z7NE 4LZ8A 1AMFA 3MZBA 3T9UA 2HXWA 1ZMGA 2I0BA 3CFXA 3K00A 3CRBA 3OO6A 4DDDA 4QFPA 1IUDA 3FATA 3USDA 3DP4A 4O3AA 2F97A 4ZECA 2PVUA 4NEDA 2QSXA 4ESXA 1ZU0A 3UA8A 4F2QA 4OFJA 1I6BA 1LCTA 3QIMA 4PFTA 3QYTA 2D21A 2O7UA 3IB2A 2PT2A 3VFJA 4G68B 3IJOB 4NF8B 1Y1MA 1MY2A 2GH9A 1M5FA 1MXXA 1R1NA 3H3GA 3TDJA 2FYIA 3A3CA 3KZGA 4I9DA 1HSEA 4Q5TA 4YU0A 1IIWA 1B9JA 3GBBA 3IK6B 2DE4A 4IO6A 3HPIA 3H6TA 5AA2D 5AA2B 4TQUQ 4F1VA 3UK4A 3K01A 3TMGA 2PT1A 1MDQA 1FW0A 5I2KB 3FXRA 4JB7A 3O6GA 2ZMBA 3VVFA 1M5EA 2YJPA 3O29A 4OFLA 1PB8A 1B7ZA 3DM0A 2P2AA 1USYE 3KSJA 1EZOA 3O9PA 1N84A 3UP9A 5ITPA 3K1NA 3K1MA 4OENA 4OZ9A 4R9FA 3U94A 3M3LA 2XX8A 4OXVA 3Q26A 3EHSA 1NNTA 2M8CA 2ZXTA 1JW1A 1DPPA 4UA8A 2VOZA 2Y7KA 3LSWA 3K2DA 5AA4B 1B4HA 3HSTA 4YZZA 1D3KA 3D4GA 2PMSA 2DE2A 1NMUA 1B3HA 5KDTA 1GR2A 2CZLA 4H67A 1MDP1 4MF3A 3ZKLA 2ZNSA 3H7MA 4G8HA 1N3WA 4YAHX 3C35A 3A09A 3O6HA 2Y7IA 2DXRA 1EZ9A 1PDAA 1SD3A 2DWJA 5AA1A 2LAOA 4R73A 2G29A 5CMCA 3DP8A 4PFYA 2GRVA 3FVGA 1Q35A 1PB9A 4QSDA 3M3FA 4JSOA 4EXLA 1MH3A 2XXVA 4GOTA 4MH5A 1MRPA 3N94A 1XC1A 4BDLA 4U4SA 3GXAA 1GTKA 1B3GA 4P11A 3MVZA 2PBWA 2V3TA 4O3BA 2QPQA 3LR1A 4KFQA 1B6HA 2XXRA 3MWBA 4JXIA 3KJTA 3MJNA 3OO9A 1NH8A 1SW4A 4YKPA 5F7VA 3N6TA 3U72A 2ESNA 1POTA 2Q88A 3FIRA 3TPAA 3G7WA 1US5A 1CB6A 3OXNA 4BDNA 5DVJA 5L9SA 3D4CA 3PPNA 1XT8A 1B5IA 1WODA 1MY0A 2NVUB 5I59A 4X9TA 4FEBA 1BTJA 3U8QA 3RTWB 2F36A 1DSNA 1Y1ZA 4RY1A 3VLVA 1XVYA 3KOTA 3AXFA 2D5WA 2HCAA 2DXYA 4UACA 4R6HA 4P0IA 4IO4A 5IAIA 3SKPA 2I0CA 4HW8A 2ABHA 2THIA 1B40A 3EHUA 5JK4A 3TEPA 2X7PA 4QFLA 1LAXA 4E0XA 3MZ1A 1GGGA 1Y20A 3K02A 1B1HA 4H0WA 1WDNA 4FAJA 1JVYA 1B5JA 1MS7A 2QMXA 4GXAA 3U93A 2UVHA 3MQ9A 3TTNA 1AH5A 4F3PA 4I8CA 4WEDA 2CMOA 4U22A 2DYXA 4H8IA 1Y4TA 3FUZA 1A7LA 4G8NA 2F6PA 4OTEA 4F3BA 5FTIA 3E9XA 3JV9A 5CMMA 5I2NA 5ICTA 2GFEA 3O28A 1OLCA 2DP8A 3K6UA 1YCJA 4IO2A 4KYEA 1URGA 1H3DA 2VP1A 3N26A 5KCJB 3H6WA 4KYSA 4GL0A 2I4CA 2F7BA 2OLBA 3MZ9A 1VSOA 2QS3A 1I6AA 5DYHA 3MVXA 1QULA 3ZS6A 4GWOA 4KD5A 4KI0E 3H6UA 4LVQA 2QS1A 4FEDA 3PUZE 2RC9A 3MP8A 2Y7WA 3TTRA 4GIZA 3EQ1A 3EN3A 4F19A 3PUWE 1CE2A 3RT6B 3SEUA 4PE5B 1IITA 5I59B 4WKMA 4POWA 3GZGA 1N76A 4ELPA 1ZTYA 3CG3A 3LUYA 3QUJA 2I3WA 3L6HA 4OEVA 4U2RA 1A8FA 1LBBA 3FASA 1LAGE 4FIMA 4H5GA 3I3VA 2DOJA 2OCUA 4G8MA 1URDA 3I6VA 1RYOA 4C0RA 1O7TA 4DXCA 3R7XA 4XKRA 3F11A 4F39A 1SYHA 1LSTA 3EPEA 1WVJA 1QUKA 3T93B 5HBCA 2UVJA 1B32A 4F2OA 2UYFA 1P1QA 4IY5A 1ANFA 4LA9A 3K6XA 3VXBA 3W9VA 2UXAA 1UTBA 2QRYA 5J1DA 4M4GA 4AQ4A 5CRYA 4RPNA 2BJJX 4IGRA 4EQBA 1URSA 4F31B 4EUOA 5CM6A 3LBSA 3VXCA 4MLQA 5F1QA 3TTMA 4R6KA 3DP6A 2O6AA 3IL1B 5I2NB 3QXMA 1B3EA 4DCYA 1QJMA 3QAXA 3RN8A 4DZ1A 4P0GA 4LUBA 4YB5A 3O2AA 1SQYA 1VR5A 3GBAA 3PPOA 1ATGA 3RY3A 1HSLA 5ISUA 4M1VA 2B65A 5HM4B 4TLMB 4QSCA 3PU5A 2WKYA 2AL4A 1FQBA 1MPDA 1LCFA 1YPNA 4N13A 5AE4A 2B3BA 1LB9A 1NL5A 2XHDA 3R26A 5EYFA 3IB1A 4KYDA 2Z8EA 1LGBC 1A54A 4OFOA 4THIA 2OZZA 3BFTA 1FTMA 1Z7ME 1N04A 2OBGA 2V25A 3PD8A 4OESA 3WAEA 1XS5A 4IB2A 4RYAA 2F8DA 4GQOA 3C32A 5I56A 1SW5A 3IOUA 4NF5B 4E0WA 3DELB 3S9EA 3TAJA 1PC3A 3RNNA 2OJTA 3IOWA 4F1UA 4OHNA 4XXUA 3ZSFA 3DLNA 4FJPA 1OLAA 3MW0A 1AOVA 1BLFA 1ZJLA 4QSEA 1JQFA 2Y7PA 3R6UA 4RNSA 4LQ2A 3KGCA 1JVXA 1B05A 2Y84A 3KOSA 4POXA 2G93A 4YKJA 4RJZA 1M5BA 1UTBB 4OYVA 4ONYA 4I62A 2REGA 1T0KA 1XVXA 2RCBA 4GVOA 3OMBA 5AA3A 1TFAA 3C31A 4ZE8A 2XXQA 1XOCA 2V3UA 1B7UA 4GL8A 2Q9TA 2AYSA 3EF7A 1UQWA 1S9TA 1MQIA 4EDPA 4QHQA 3V8XB 4ECFA 3O97A 2ZYNA 1TFDA 3CR9A 3LSFB 2ONKE 5HPQA 4OQOA 3W9WA 3PGFA 2Q2CA 4F3SA 1EZPA 1SBPA 4QFKA 3U1OA 1Q1KA 3HO7A 3FGSA 1R9LA 1MG1A 3MBPA 4ELQA 5DVFA 1NKXA 1L5TA 3K1PA 3G3IA 4MBPA 2F35A 1MQGA 4AB6A 3E4RA 1MM6A 3CSGA 4NF6A 2V93A 2O1MA 4ZEFA 4LATA 5FHOA 1OQHA 4RXLA 1R9QA 2HZKA 5ELVA 3QSLA 2RINA 4ZEBA 4NTLA 4Q0CA 4LZ7A 1USYH 5L9OA 1IXGA 4FORA 2VHAA 4ZEKA 4YB7A 5B70A 4X1DA 1SDXA 4BDMA 4JDFA 1P1OA 3Q28A 5I56B 1A55A 3V5AA 5KCJA 2RC7A 4RK2A 1B46A 1US4A 3N5LA 2X26A 1IXIA 3UGWA 3KEIA 4ZEIA 1MQJA 4IY6A 4OETA 5H8FA 1XHYA 2O7IA 2ZNTA 2RC8A 2XX7A 3K0VA 1MQDA 2Z22A 1BIYA 5H8NB 3QUFA 2DVZA 3FJ7A 1A40A 4NF4A 1SW1A 1VFDA 5CI5A 3IX1A 1NFTA 2XD3A 3UN6A 1ELJA 2GHBA 5H8QA 4WEPA 1FTKA 2RKMA 2PX1A 3PPQA 3Q27A 1B3FA 3ONMA 1N7WA 2XXUA 4K3FA 5TU0A 2F7CA 2XXHA 1IXCA 3SEXA 1BP5A 4C1UA 1QVSA 1JNFA 1I6QA 3JZJA 1MM7A 4X1BA 3OSQA 5L9MA 5I58A 2YLNA 2OWSA 5JTYA 1B52A 2VD2A 4G77A 1QUJA 1HSJA 1MXUA 1RKMA 1S50A 2QJEA 1P99A 4ZZEA 2UYEA 3T9VA 1Y9UA 1QKAA 1UIUA 3C33A 2D3IA 2OWTA 1VE4A 2F7AA 3I5OA 4YB6A 3M8UA 4YKIA 4NF6B 2F78A 1TWYA 1OVTA 3E13X 2O69A 3IO6A 3T96B 1B0LA 2XD2A 4F1YA 5TPAA 3IR1A 3TQLA 3TFLA 3THIA 3FJMA 4GF8A 3SESA 1JW4A 3G3GA 3FV1A 3MP1A 1MXZA 5EHMA 3TQWA 3B6QA 1QUIA 1MY1A 3B6WA 3G3HA 1MPBA 4FECA 3MC2A 3T22A 2O1LA 1P1WA 4EQ9A 5H8FB 4R2FA 1B1XA 2OK2A 3SEVA 4IGTA 3KN8A 4FATA 4DIGA 1Y3QA 1H76A 4XTCQ 2NUVA 4TLLB 3V83A 1LBCA 4NF4B 2XXWA 1OMPA 3CFZA 2REJA 4F22A 5BWJA 1PB7A 4GXSB 1QW0A 4HCYA 1IXHA 3RGYA 2E0SA 5H8QB 3MVYA 1DTGA 4NF5A 2HQ0A 3VVEA 3CSBA 4OERA 3PV0E 3IAZA 3TKDA 4H1XA 4ZE9A 1LFGA 2HFBA 5ITOA 4RPOA 3CG1A 3UORA 1JEVA 5I58B 1BKAA 4LQ5A 3ODBA 5JTYB 4GD5A 4U4XA 4I1DA 4PETA 1EU8A 1P1NA 3S4UA 3PUXE 1SI0A 1TXFA 4QRZA 1OQGA 3PMVA 1SI1A 1N7XA 2FA7A 4EQ7A 3OEMA 3TTLA 2A5SA 1B0HA 5TPAB 4ESWA 1MY4A 4NWDA 2H9BA 1N3XA 2DQVA 1PBQA 3B7DA 4PP0A 2FNCA 2R9JA 4G4PA 1AIVA 4DE8A 4G68C 3HHFA 3G3FA 3TELA 1POY1 5K2XA 2F6GA 4R74A 1J1NA 1AL3A 2VD3A 1B51A 3HCQA 1ZLQA 3FXQA 3P7IA 4JSDA 2ZNUA 1N0TA 4L17A 5H8SA 3TCHA 5I57A 4JWXA 1H45A 1Y3NA 3H03A 1YAEA 4EF2A 4GRKA 3G3JA 2QS4A 4IO7A 1FQEA 1JETA 1A8EA 1PEBA 3G3KA 1MPCA 1PBPA 3H4ZA 3IOTA 4HS7A 1KWHA 3Q29A 5FHMA 1FCKA 2H5YA 4KQPA 1LFHA 4YKKA 2XXPA 2IA4A 2KLFA 3MPLA 2I3VA 2E1SA 1FQAA 3TCGA 1M5CA 1ZBMA 1LFIA 4JWOA 4DCXA 1B2HA 2ANJA 1NH7A 3SERA 1ZKBA 2DVCA 5H8HA 3M3KA 3TCFA 3KG2A 3QK6A 3MP6A 2NXOA 1UIVA 3VE1B 5H8NA 1OVBA 3RT8A 4OEUA 4XIGQ 4U1OA 3ECRA 4PFUA 2F5XA 3FVKA 2A5TB 1NNKA 3PMXA 2YPNA 1O63A 1IQ7A 2X7QA 2HAUA 1VFEA 4BDQA 1SW2A 3IO4A 4IO5A 1JW5A 1FTJA 3OD7A 5CC2A 4Z0IA 2Z23A 5CMBA 3UIFA 4ZEDA 4ISUA 3SDFA 2ZYMA 3SETA 5LOMA 3LSXA 4U21A 3ILUB 1EH3A 2QL3A 1I69A 2Y7RA 4KHZE 3EHTA 1QKBA 4GLIA 4Q8RA 4XKQA 2I48A 3MAMA 4WXJA 5CBSA 4NE4A 5I57B 3OOAA 1II5A 3LC8A 5FTHA 2IEEA 4LP2B 4F29A 3FJGA 5CBRA 1FQFA 3FXUA 4JBZA 1LAFE 4R72A 3KBRA 4LONB 2ALUA 1D4NA 3H06B 4RA1A 4TOZA 5DVIA 3S9MC 1GV8A 3C4MA 2ZYKA 3RTFB 2UVGA 4O3CA 5DTBA 5CMKA 3KSXA 1H43A 2H98A 2HAVA 3K4UA 4EF1A 4IO3A 4OWDA 2XXXA 4PQJA 3KFMA 5KZTA 3TODA 2R6GE 3TZAA 3OSRA 4DXBA 3O6IA 2B3FA 2XXYA 3MUQA 4DXUA 3VDFA 4YICA 1O64A 4H5FA 5H8HB 2QS2A 3PPRA 2XXTA 3V89B 5K2YA 4OMBA 4GFRA 2AIXA 2Z8DA 4NMYA 4FE8A 4ZZAA 3OO7A 3ILTB 4QFNA 3W15C 4Z7EA 4YMAA 2GHAA 3K6WA 2H4IA 3S2VA 3CIJA 1IZ1A 3C34A 3OEKA 3OO8A 4BDOA 4HTGA 3E3KA 5DEXA 3SEWA 3T66A 4F3GA 3FZVA 3S9LC 2O51A 5L8DA 2DWAA 3C36A 4BLAA 3IOVA 2DE3A 2W7YA 1M5DA 4KCDA 3VVDA 2QMWA 2UVIA 1B7HA 4KR5A 3SEYA 1MH4A 1IEJA 1JEUA 3RUMA 3HN0A 3TUSA 3MVWA 3IB0A 4N6PA 3T9XB 5TP9A 4U23A 1FQDA 4MFIA 4H8JA 3CVGA 1Y4CA 4YMBA 2ONSA 1F9BA 3TYHA 3PUVE 1DMBA 2AL5A 4QF9A 4MLVA 3B6TA 4G2ZA 5KDTB 5A5XA 4Q30B 2R71A 2ZYOA 4R75A 3O66A 4X48A 2V3QA 1OIBA 3BKIB 2O68A 4ND9A 1MXWA 3A3UA 3RLFE 4DLDA 2XXIA 3JYRA 4C1TA 4AB5A 1UTHA 1MY3A 5B7DA 5ICQA 3BFUA 1TT1A 3RPWA 2F34A 2I49A 5I84A 1B4ZA 1NNFA 1P1UA 3PPPA 3FVOA 3RQTA 2HEUA 1LLSA 3C9HA 3L6GA 2ONRA 4KCCA 1DPEA 3PMWA 4ZS9A 2RCAA 5IKBA 3IORA 2DSFA 4R2BA 2H25A 4F18A 3FD3A 2V84A 1B3LA 3CI8A 2XX9A 3HHGA 1LB8A 2PYYA 4PFWA 3KN7A 2NWJA 3FV2A 4RK9A 1SVXB 3VLWA 3N6UA 4BDRA 1DTZA 2I4BA 5DEXB 4H6DA 1H44A 3FVNA 1SYIA 4OVJA 4G68A 2I58A 3MPKA 4XKPA 5BUUA 4NF8A 5JEIA 2NOOA 4R9GA 3PD9A 2P0SA 2DS9A 4ELRA 2I6EA 3ZKKA 4U1ZA 4EXKA 1Y3PA 2Z8FA 4KPTA 4NWCA 1ZIUA 5TP9B 3TTKA 3VV5A 2VGQA 3OELA 3Q25A 1MQHA 3GLBA 3H6VA 1FTLA 2O84X 3K6VA 5AA2A 4R6YA 5FHNA 3LSLA 2DWIA 5I2KA 1B5HA 2HZLA 3U92A 1B58A 3KN3A 1MXVA 1D9VA 3CFLA 3PUYE 5DT6A 1LAHE 5A5XB 2A5TA 2Q2AA 4H65A 4ELOA 2H99A 1GVCA 3IJXB 5EHSA 1A99A 3BBRA 3T9HB 3HV1A 4QFOA 4ZDMA 1S7YA 2Q8JA 3WAFA 2RF1A 1D9YA 1NNPA 1YTVA 4HCWA 2Q89A 4N07A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FJ6A 4N8YA 1UTHB 4PF8A 1RYXA 4MHFA 3KJ7A 4MNIA 1FTOA 1MXYA 1R6ZA 3VLUA 1FQCA 3S9NC 5M2VA 4JWYA 2P1SA 4LZ5A 3OENA 1DOTA 1LBXA 4XKNA 2DWHA 5AA4A 1Z7NE 3CHGA 4LZ8A 4PCDA 1AMFA 3MZBA 3T9UA 2HXWA 1ZMGA 2I0BA 3CFXA 3K00A 3CRBA 3OO6A 1IMBA 4DDDA 4PFBA 4QFPA 1IUDA 3FATA 3USDA 3DP4A 4O3AA 2F97A 4ZECA 2PVUA 4NEDA 2QSXA 4ESXA 1ZU0A 3UA8A 4F2QA 4OFJA 1I6BA 1LCTA 3QIMA 4AS4A 4PFTA 3QYTA 1FPDA 2D21A 2O7UA 3IB2A 2PT2A 3VFJA 4G68B 1YYZA 3IJOB 4NF8B 1FBHA 1Y1MA 1MY2A 2GH9A 1M5FA 1MXXA 1R1NA 3H3GA 5ET6A 3TDJA 2FYIA 3A3CA 4PF6A 3KZGA 4I9DA 1HSEA 4Q5TA 2BJIA 4YU0A 1IIWA 2CEYA 1B9JA 3GBBA 3IK6B 1NI9A 2DE4A 4IO6A 3HPIA 3H6TA 2WBDA 5AA2D 5AA2B 4TQUQ 4F1VA 3UK4A 3K01A 3TMGA 2PT1A 1MDQA 1FW0A 5I2KB 3FXRA 4JB7A 3O6GA 2ZMBA 3VVFA 1M5EA 2YJPA 3O29A 4OFLA 1FTAA 1PB8A 3ROJA 1B7ZA 4DI4B 3DM0A 2P2AA 1USYE 3KSJA 1EZOA 3O9PA 1N84A 3UP9A 5ITPA 3K1NA 4GWSA 3K1MA 4OENA 4OZ9A 4R9FA 3U94A 3M3LA 2XX8A 2Q74A 4OXVA 3Q26A 3EHSA 4NGUA 4GX4A 1NNTA 2M8CA 2CZIA 2ZXTA 4GWUA 1JW1A 1DPPA 4UA8A 2VOZA 2Y7KA 1LBVA 3LSWA 3K2DA 5AA4B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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