1POY1

Spermidine/putrescine-binding protein complexed with spermidine (dimer form)
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
NNTLYFYNWTEYVPPGLLEQFTKETGIKVIYSTYESNETMYAKLKTYKDGAYDLVVPSTYYVDKMRKEGMIQKIDKSKLTNFSNLDPDMLNKPFDPNNDYSIPYIWGATAIGVNGDAVDPKSVTSWADLWKPEYKGSLLLTDDAREVFQMALRKLGYSGNTTDPKEIEAAYNELKKLMPNVAAFNSDNPANPYMEGEVNLGMIWNGSAFVARQAGTPIDVVWPKEGGIFWMDSLAIPANAKNKEGALKLINFLLRPDVAKQVAETIGYPTPNLAARKLLSPEVANDKTLYPDAETIKNGEWQNDVGAASSIYEEYYQKLKAGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of PotD, the primary receptor of the polyamine transport system in Escherichia coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
molecule keywords SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
total genus 98
structure length 323
sequence length 323
chains with identical sequence 2, 3, 4
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1poy101
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1poy102
1SW4A 5AA2B 2O68A 3OSQA 5FTIA 1T0KA 4H6DA 3LC8A 5DTBA 1R1NA 2NWJA 4NF6A 3ZS6A 4N13A 2XXWA 4OVJA 2DVCA 4R2BA 2DWIA 3C9HA 3KEIA 5ISUA 2V84A 1B3LA 1A8FA 3RLFE 2QPQA 4U4XA 5DVIA 2Q9TA 3S9EA 1QUJA 3M3LA 1Y9UA 4GFRA 5KDTA 4F31B 1PBPA 3T93B 1DTGA 5TP9A 2FA7A 5H8FB 2VGQA 1O64A 2O69A 4YB5A 1URSA 4BLAA 1DMBA 2F8DA 3E9XA 1UTBA 3KSJA 3VLVA 4MF3A 2XX7A 2H99A 1OQGA 1I6BA 4ISUA 4R75A 3Q27A 5JTYB 1TFAA 3K1MA 4NF8B 4PP0A 4ZEDA 1CB6A 2QMXA 4YKPA 4OTEA 1PEBA 4R72A 1GTKA 4UACA 3UK4A 1RYOA 4QSDA 3EF7A 4R9FA 4I8CA 4YKJA 3EHTA 5CMKA 3IR1A 4KYEA 4YU0A 3KN8A 5FTHA 4ECFA 3CSBA 1XVYA 3IJOB 2XHDA 3U8QA 3KSXA 4WEDA 2R71A 4GVOA 3DELB 3R26A 4KQPA 2QS4A 4U1OA 4F39A 1BP5A 4I62A 1ZKBA 3KGCA 1YCJA 3MVWA 2B3FA 4KCDA 2PX1A 4N6PA 5L9OA 4NWCA 1NMUA 4HCYA 5CBSA 3TPAA 1BIYA 1PB8A 1R6ZA 2ZNUA 3HHGA 4BDMA 3QUJA 4XKQA 2O51A 3K6XA 3K02A 2G29A 4AB6A 2HZLA 2P0SA 3KG2A 3HPIA 3O29A 4Q8RA 1H44A 3MP8A 4ZE8A 2RC9A 2E1SA 5H8HA 4MH5A 1HSJA 1LB8A 4PFTA 1B1HA 1DPPA 3VXBA 3VV5A 5K2YA 1QKAA 3VFJA 4WEPA 1ZTYA 3CFZA 4TOZA 2DWAA 1MG1A 1NNPA 2V25A 3OELA 2DVZA 1F9BA 3T9HB 3FXQA 1US5A 4NMYA 3RT8A 4Z7EA 4XIGQ 2ABHA 2NVUB 2DXRA 3H03A 3IX1A 1FQEA 3OO9A 4FORA 4RY1A 4FIMA 1XVXA 3C36A 2ZMBA 4DDDA 4IB2A 5B70A 3SETA 1B32A 2HEUA 1NNTA 3T9VA 3QUFA 1TT1A 4YB7A 1ATGA 3UORA 1UQWA 2DWJA 1S9TA 3TAJA 1SYHA 3RNNA 3S9LC 1FQDA 3CRBA 5M2VA 3FUZA 3MBPA 3TTRA 1XHYA 1WDNA 1VFDA 3TDJA 1JVYA 2VOZA 4PFUA 4U1ZA 5CMMA 1P1NA 2F7CA 2Z8EA 3PPOA 5H8FA 3PV0E 3PUXE 2V93A 1MXXA 1FTMA 2DOJA 2XXRA 1LCTA 4JBZA 4PFYA 5CMCA 3G3IA 2ZXTA 1AOVA 1MXVA 3M8UA 5CI5A 1Y1MA 4POXA 3OXNA 2UVGA 5B7DA 1Q35A 2ZYOA 5I2NA 2F97A 5H8SA 3SEVA 5TPAB 3O28A 2RCBA 1R9LA 3RN8A 3MW0A 3C35A 3IOUA 1LGBC 1B7UA 2Q8JA 3PU5A 1OVTA 1TWYA 2O6AA 2F35A 2Y7WA 3OMBA 1UIUA 1MS7A 1B9JA 4M4GA 1AIVA 1YAEA 2D3IA 5A5XB 3AXFA 1IITA 1YTVA 2GFEA 4DIGA 1LFHA 2DP8A 1B7ZA 4XKNA 2QSXA 4P0GA 2XXHA 4LQ2A 2QS1A 5I59A 4YMBA 4FECA 4LZ5A 1QULA 3TELA 2RKMA 2DSFA 3T9XB 4BDOA 3C33A 4Q5TA 1JEUA 3A3CA 1Y3QA 2E0SA 4JWYA 1SQYA 3FGSA 5KCJB 4KYSA 3PPQA 4EXKA 2PVUA 4LP2B 2I4BA 4EQBA 3HN0A 4QFNA 4YKKA 2GHBA 4E0XA 3HO7A 3FVGA 3VVDA 2F5XA 4F29A 1CE2A 4FEBA 4RPOA 1A99A 3IB0A 1VFEA 3ZSFA 2QL3A 2QS2A 3U93A 1LAXA 3CFXA 3U72A 4R6KA 1M5DA 4OFLA 5H8QB 2YLNA 3CI8A 3G3FA 2F34A 4R6HA 5DYHA 4DXCA 1QUKA 3K1NA 4EUOA 3B7DA 3D4GA 4DCXA 2XX9A 1BKAA 1GGGA 1Y4CA 4NE4A 3THIA 3KJTA 3T9UA 4OXVA 2HQ0A 3C4MA 4G68C 3UP9A 3MVZA 3G7WA 2I48A 3FZVA 3SESA 1H43A 4F1VA 3V5AA 1SYIA 2I6EA 2NOOA 2I0BA 5TU0A 2RC7A 2PBWA 4ZEFA 1IQ7A 2ONKE 3O2AA 3K6WA 3U94A 4GWOA 1R9QA 3IO4A 3RT6B 3TTKA 3LSXA 4EQ9A 1B46A 3T22A 2HFBA 1Q1KA 4C0RA 3IOVA 3QYTA 3V89B 4DXBA 5JEIA 4LZ7A 4FATA 3TYHA 4RA1A 1B5IA 2Y7KA 4BDRA 2XXXA 1B0LA 3T66A 4KI0E 3K6UA 3DM0A 3SEXA 3TCGA 1I6AA 2DE2A 4ESWA 2F7AA 2F6PA 1M5FA 2VD3A 1OIBA 1EU8A 4Z0IA 3N94A 3ZKLA 5I57A 5DVJA 2Q2CA 4QFLA 4DXUA 1JVXA 2QMWA 2G93A 4ESXA 2RC8A 4NF4B 3O6GA 3UA8A 3K1PA 1GV8A 2PMSA 2PYYA 1MQGA 4TQUQ 2HAUA 4JWXA 4ELPA 1LLSA 3OEMA 1PB7A 1FTLA 2A5TB 3DP6A 3MZBA 3H3GA 4C1TA 3OENA 1UTHB 2Y7IA 2DXYA 1VR5A 1SI0A 4NWDA 2OWSA 2HCAA 4EXLA 2UYFA 4G77A 2NUVA 3UGWA 3QK6A 2Q88A 1VSOA 2HXWA 1MXZA 1B1XA 4YAHX 4OEUA 3K6VA 3VVEA 4U2RA 5CC2A 2UXAA 3IK6B 4RNSA 3FVOA 4LATA 5EHSA 3H6TA 1ZJLA 5AA1A 3RUMA 4XKPA 5JK4A 2H98A 1S7YA 2F6GA 1FQAA 1B0HA 5KZTA 4HW8A 4F22A 1OLCA 1OMPA 2I49A 2F78A 3G3JA 4OERA 3FD3A 4RK2A 1JW1A 3EHSA 2QJEA 5ITPA 1MPCA 1PC3A 4LVQA 4F3BA 3ONMA 1N7XA 1NNFA 1P1QA 3HCQA 3QSLA 1OLAA 1MH4A 1USYE 1TXFA 4F3GA 3KFMA 4KD5A 1P1OA 4GL8A 5AE4A 1ZU0A 1D3KA 2XX8A 4DLDA 1MXWA 3E4RA 2XXPA 4ZE9A 1ZMGA 3N26A 1NH8A 3PMVA 1Y1ZA 2DE4A 4P0IA 5ITOA 2Z8DA 3JYRA 1IXCA 3CG3A 3O6HA 4H65A 1B3EA 4POWA 1TFDA 2VHAA 2OJTA 1B51A 3BKIB 5DEXB 4WXJA 1MPBA 1P99A 1B6HA 1ANFA 2IA4A 3HV1A 4G2ZA 3IORA 4QSCA 4GQOA 1Y3PA 1ELJA 2Y7PA 3KOSA 3H6VA 1OVBA 3FJMA 3FV1A 4YZZA 3K00A 4XXUA 2OLBA 3RTWB 3OOAA 2ZNTA 5HPQA 4L17A 2Q2AA 1SW5A 3TKDA 1Y3NA 3QIMA 4MBPA 5L9MA 1MQIA 5AA2D 2H4IA 5ELVA 1XC1A 5DVFA 4E0WA 5AA2A 1LFGA 3K01A 5AA3A 1IXIA 1SDXA 2W7YA 1Y4TA 2O1MA 3Q28A 3FATA 1LBBA 4F2OA 3KBRA 4I1DA 4NF4A 2R6GE 1A40A 2H9BA 4PETA 1DTZA 1N04A 1L5TA 1QKBA 1PDAA 3B6TA 1H3DA 2A5TA 2Z22A 3VE1B 2DS9A 3ZKKA 1UTHA 4KHZE 2AIXA 4O3AA 4YB6A 4GRKA 3D4CA 1FTJA 2GH9A 2DQVA 3BBRA 3PUVE 4NTLA 2THIA 1UIVA 4YKIA 3JZJA 4OHNA 2V3QA 3GBBA 3MWBA 1N7WA 3RTFB 1PBQA 4P11A 4N07A 1D9VA 2IEEA 3MQ9A 3LSWA 5JTYA 1FCKA 4FE8A 3USDA 4BDLA 5EYFA 4NF8A 5I56B 4IO7A 2X7PA 3G3GA 1MQDA 2ANJA 3C34A 3KZGA 2DWHA 2UVHA 3SEUA 5I84A 5CMBA 4U4SA 5AA4B 1A7LA 1MH3A 3DP8A 1LAHE 3BFTA 1D4NA 2XXIA 5BUUA 1JW4A 4NF6B 3VVFA 2F36A 4GLIA 2FYIA 1KWHA 1N84A 3K4UA 1A55A 4RJZA 3GLBA 4IO3A 3PMWA 4OEVA 4OENA 3Q29A 3WAFA 4OESA 4JWOA 1YPNA 1A54A 4H8JA 5L9SA 3A3UA 1II5A 1B52A 1J1NA 5I58B 3KN3A 1ZBMA 4RK9A 4H8IA 3T96B 4LONB 3IAZA 1B3FA 4RXLA 3SERA 5HBCA 1URDA 3RPWA 4EDPA 3IOTA 1FQBA 1EZ9A 3EN3A 3HHFA 4IY6A 1RYXA 4LZ8A 3H4ZA 1NL5A 4OFOA 1IXGA 3OSRA 3N6TA 3JV9A 5FHOA 1QJMA 2O1LA 4H5FA 3S9MC 2ZYKA 3OO8A 4F18A 3CG1A 3H6UA 4FAJA 1MY4A 1LSTA 4X1BA 1RKMA 3TFLA 4ZECA 3H06B 3ECRA 4JSOA 3C32A 2AL4A 2PT2A 3VLUA 3TEPA 3MPLA 2BJJX 1QUIA 4ND9A 1I6QA 4F3PA 2V3TA 5DT6A 4ZS9A 1IXHA 3S4UA 1GVCA 4H5GA 1MY3A 1FQCA 4QFOA 3IB2A 3MAMA 3SKPA 1B3HA 2H25A 3MZ1A 3QAXA 3KOTA 2V3UA 3ODBA 3RQTA 1B5JA 3F11A 2O7IA 2B3BA 4BDQA 4R74A 3CVGA 1B2HA 1I69A 5FHMA 4GXSB 3W9VA 1B05A 2F7BA 4KCCA 4PFWA 3UN6A 3W15C 1DOTA 3MP1A 1O63A 3K0VA 1LCFA 3G3HA 3GZGA 3PMXA 3N5LA 1B40A 4F3SA 3LBSA 1Y20A 4MLVA 4G8MA 2XXUA 3OO7A 1GR2A 3LSFB 3V83A 2A5SA 3E13X 5CBRA 2UVIA 1MQHA 4IGTA 2D5WA 4F1YA 3P7IA 3M3FA 1O7TA 4KPTA 5TPAA 3FVKA 1VE4A 1LB9A 4QRZA 1IIWA 4ZEIA 5AA4A 4JSDA 3GBAA 4BDNA 3MC2A 4ZEBA 2R9JA 3IB1A 5A5XA 1NNKA 2CMOA 4XKRA 1JNFA 2GHAA 2ALUA 2I3WA 4R6YA 4DZ1A 1SW2A 2O7UA 2REGA 4QF9A 3SDFA 4I9DA 4LUBA 3KN7A 4GXAA 1QVSA 2UVJA 1M5CA 5IAIA 2H5YA 1JW5A 2XXYA 4X48A 1MM6A 5L8DA 1MXYA 2DE3A 5I58A 2NXOA 3TODA 1N3XA 5KCJA 2ZNSA 1AMFA 3PPRA 3N6UA 4ELQA 1SW1A 3Q25A 3BFUA 4U21A 1IZ1A 1URGA 1M5BA 3FIRA 4ZZEA 1EZOA 2QS3A 3OD7A 4MLQA 3DLNA 3FV2A 1POY1 5I2NB 4PQJA 4FEDA 1MRPA 4PE5B 4ZDMA 3OEKA 4QFPA 4HCWA 2FNCA 4M1VA 5H8QA 4IO2A 2OBGA 3U1OA 2VP1A 3DP4A 1P1WA 1A8EA 3B6QA 3L6HA 1SVXB 4GD5A 1FW0A 1MY2A 2ONRA 2XXQA 1LAGE 4OQOA 4NF5B 2ONSA 4ELRA 5FHNA 5ICQA 3R6UA 2HZKA 1US4A 4C1UA 5I59B 3TQWA 2OZZA 2VD2A 3MVYA 3HSTA 3TZAA 3S9NC 1JETA 1BLFA 1MDP1 3FJ7A 2XXVA 2D21A 4OWDA 2RINA 4F2QA 4G68B 3UIFA 3FVNA 5IKBA 4G8HA 2P1SA 3MVXA 2OWTA 4O3CA 4GF8A 3VXCA 2Q89A 2XD3A 2LAOA 4WKMA 4LQ5A 1B3GA 5EHMA 1MM7A 4MFIA 3O6IA 1B4HA 1P1UA 1NH7A 4KFQA 1SI1A 3PGFA 4U22A 1OQHA 5LOMA 1B5HA 2OK2A 2KLFA 3L6GA 3PD8A 3PD9A 1LBCA 4TLMB 1AL3A 1Z7NE 3A09A 1EH3A 4F19A 3TCFA 1POTA 3PUYE 4JXIA 4KYDA 1NFTA 2ZYMA 3TTMA 3LUYA 1FTKA 3IOWA 5F1QA 4OFJA 3FJGA 2I58A 3C31A 3IJXB 3ILUB 1AH5A 1MQJA 3MZ9A 2XD2A 1HSEA 2OCUA 1DPEA 3CR9A 2AYSA 1PB9A 2GRVA 4RPNA 3TQLA 5J1DA 3TMGA 3H6WA 3TCHA 1JQFA 3GXAA 1LFIA 1XOCA 3MJNA 4FJPA 5H8NB 5I2KB 3PUZE 2RCAA 3TTNA 1WODA 3I3VA 3H7MA 3TTLA 1N0TA 4JB7A 4YMAA 2Y84A 4AQ4A 3FASA 4OETA 4QSEA 3LR1A 1SBPA 4ONYA 5CRYA 5CM6A 3PPNA 4GL0A 3Q26A 3VDFA 5I57B 4G8NA 1B58A 3EQ1A 2X26A 4IO5A 3O66A 3E3KA 1MY0A 4ELOA 4HS7A 5ICTA 3W9WA 3QXMA 3IL1B 1BTJA 4X1DA 1EZPA 3MPKA 3TUSA 1XS5A 3MUQA 4KR5A 3RGYA 3FXUA 3I5OA 1LAFE 2Z8FA 3EHUA 4EQ7A 4K3FA 5KDTB 2ZYNA 4NF5A 2DYXA 4AB5A 4HTGA 5TP9B 4THIA 1ZLQA 4R9GA 2Y7RA 1HSLA 4GOTA 1FTOA 3CIJA 3SEYA 5BWJA 2I0CA 4NEDA 1MXUA 1IUDA 3KJ7A 1UTBB 1IEJA 4IO4A 4F1UA 4G4PA 2YJPA 4TLLB 5DEXA 4G68A 4O3BA 3EPEA 1MY1A 2I3VA 3K2DA 4R73A 2UYEA 2ESNA 2B65A 3RY3A 3SEWA 4R2FA 5F7VA 2RF1A 4Q30B 1FQFA 3S2VA 4H67A 1D9YA 3V8XB 4XTCQ 2Z23A 4U23A 3WAEA 3IO6A 4QHQA 2HAVA 3PPPA 4ZZAA 5K2XA 3CFLA 4OYVA 3OO6A 1H45A 3I6VA 2O84X 3M3KA 2P2AA 3ILTB 3LSLA 2PT1A 2I4CA 4EF2A 4IO6A 2M8CA 4LA9A 1B4ZA 2CZLA 1JEVA 2YPNA 1ZIUA 3O97A 5HM4B 4JDFA 4RYAA 2QRYA 4H0WA 2AL5A 3CSGA 1S50A 3B6WA 4OMBA 2X7QA 4OZ9A 2WKYA 5H8HB 4UA8A 4ZEKA 1N76A 1B7HA 3PUWE 1SD3A 4IY5A 4EF1A 4DE8A 1Z7ME 1MDQA 4YICA 4H1XA 2XXTA 4Q0CA 5H8NA 5I2KA 3FXRA 1DSNA 1XT8A 4GIZA 2REJA 3G3KA 1WVJA 4IGRA 4QFKA 3U92A 1USYH 1N3WA 3MP6A 5I56A 3VLWA 4X9TA 1M5EA 1QW0A 4DCYA 3R7XA 1NKXA 1MPDA 3O9PA 1H76A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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