1PPKE

Crystallographic analysis of transition state mimics bound to penicillopepsin: phosphorous-containing peptide analogues
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PENICILLOPEPSIN
publication title Crystallographic analysis of transition-state mimics bound to penicillopepsin: phosphorus-containing peptide analogues.
pubmed doi rcsb
source organism Penicillium janthinellum
total genus 89
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1994-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ppkE02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ppkE01
5P83A 2RKFA 3OQFA 3PB5A 1T6EX 5P8JA 3BC4A 5P6VA 1K2BA 4NJTA 2ZHRA 3I25A 2ZE1A 2O4LA 3BGBA 2VS2A 5P6PA 4YD3A 2AOJA 3TKGA 3FX5A 4DH6A 2I4UA 5DR0A 5P11A 5HE4A 2NMYA 5P45A 1SDTA 5P1FA 1W50A 1HVIA 1EPME 2QZLA 4Y53A 3CKRA 3TOFA 5P8AA 3GGXA 1MVPA 4A6CA 3OGPA 2AVSA 5P0SA 3H5BA 1B5FA 3JVYA 2BPZA 4F74A 4H3JA 2HM1A 1C6YA 5P0FA 2HC0A 3VV8A 5OZZA 1QRPE 4Y3PA 5DR4A 4FS4A 1EC1A 3EKTA 4CPQA 2JXRA 4Q1XA 3EKVA 4Y3EA 4Y6MA 1YT9A 1G2KA 9HVPA 1ODXA 1VIJA 1TCWA 5P1IA 1META 1MSNA 1JLDA 1XS7D 2B42A 4EXHA 1KJ4A 4RCFA 2JE4A 6APRE 5P3HA 4J0ZA 4GMIA 3EL9A 1HVKA 3WSJA 3OQ7A 3IVIA 4FM7A 4LXMA 5P3PA 4CPUA 2AOCA 2FGUA 3UDJA 4I8WA 2F3KA 1HBVA 3BXSA 3NU3A 1WBMA 1MRWA 1IBQA 1HIHA 3QI1A 5OZMA 2QNNA 5OZIA 4J0YA 1ZSFA 5P6XA 2ASIA 5P5LA 3EKYA 4RLDA 4Y4TA 4GJDA 4Y5CA 5P1YA 5P1RA 4Y3MA 5HCOA 5OZNA 4TVGA 1QS8A 5P0PA 5P1OA 4Y48A 5E5KA 1HTRB 2AVVA 5P5QA 2BBBA 5P22A 5P3ZA 1K6PA 3UFLA 3FNSA 4Y5MA 5P24A 2VNMA 3UDRA 5P84A 3TOGA 1AVFA 5P3GA 3ST5A 1YTHA 4OBHA 4Z22A 4ZEAA 5P4YA 1LS5A 3WB4A 5P8KA 2FDEA 3S54A 4CP7A 4ACUA 1AZ5A 4LBTA 5P87A 2H6SA 5P67A 2VJ9A 5P03A 2G20A 4OC6A 4Y54A 2G1YA 5P13A 1UH7A 4J1CA 5P4IA 5HE5A 3NXEA 5OZEA 2WEZA 3PMYA 1QBSA 3FV3A 4Y43A 3SQFA 2V00A 4D8CA 2SAMA 5AHAA 3L5FA 5OZDA 4Y58A 3VCMA 5OZFA 3CIDA 5OZRA 5P4HA 5P6HA 5P5SA 1B6PA 5P5DA 1OD1A 3ECGA 5I3YA 1EAGA 5HDXA 5P0MA 3OOZA 1C70A 1LYAB 4L7JA 1C6XA 5P80A 4QJ9A 2XYEA 4B0QA 4AA9A 4B1CA 2OF0A 3SA6A 4E43A 5P5MA 5OZ2A 3CIBA 2QU3A 3KFNA 2P3BA 2QP8A 1SDUA 4Y3YA 1SMRA 3L58A 5KOSA 2UXZA 5P5JA 3LZYA 4L1AB 5P2SA 5P52A 4MC6A 3I8WA 2RKGA 5OYUA 4OD9B 5P6IA 2H6TA 5P1HA 2OHPA 3K5FA 3NR6A 3T3CA 1N49A 1AIDA 5P1AA 5P54A 5P8RA 3LHGA 2Q15A 2G21A 3K5DA 4I0FA 4JOOA 4U8WA 4TRZA 1OEWA 5P4DA 4M8YA 2WECA 1NH0A 4YBIA 4RVXA 3S45A 1HVCA 4RRNA 3UQRA 5DGWA 2O4SA 4Y45A 2WF3A 2P83A 1UH9A 2B7FA 4YDGA 5P19A 5P4CA 4HZTA 4Y51A 3ZKMA 1YM4A 3N3IA 1IZDA 4TRYA 5P7EA 4I11A 3LZVA 1AXAA 3NWQA 5OZ1A 1FF0C 2ER0E 1W5YA 2P3AA 1AJVA 3TPLA 5P6KA 4J0PA 2QD6A 5P09A 3I2LA 1KJ7A 1MTBA 4YE3A 3VF7A 5JODA 4J1KA 2PK6A 5P0VA 4U7QA 5P53A 1LYBA 2WHHA 2VA7A 2A4FA 1MERA 5P48A 3UDQA 1K6VA 5P8DA 5DQ1A 4ZSQA 1HPOA 4I0JA 5P6LA 1KJFA 1FQ6A 5P3WA 1ME6A 1ZP8A 3OADA 4RCEA 5AH9A 4PZXA 4GJ9A 3U7SA 1B5FB 5P68A 4GJ7A 5SY2A 5P38A 1EPOE 3TLHA 4QJ2A 2G26A 2OHRA 5BWYA 3EM4A 3D1YA 1LV1A 5P37A 1SIPA 2ER6E 3PGIA 1BWAA 1NPWA 5P44A 4D88A 1KJGA 1B6MA 3CMSA 1ER8E 3O9GA 5P0AA 2ZHUA 3D91A 4DVFA 1YTJA 4FM6A 5P5TA 5JFPA 2V16C 5P2JA 3PSYA 5P63A 4RROA 3SA3A 1CPIA 2BKSA 5P5OA 3K4VA 4DQBA 4I10A 5P1BA 4JPEA 3ZKQA 1BVEA 3QBFA 4Z50A 1FMUA 5P71A 3BXRA 5P4JA 4Z2ZA 5F01A 3CKTA 2AOEA 2NTRA 5P7ZA 2OAHA 3OUBA 5P60A 3S43A 2CEJA 3WZ7A 4XX3A 5P0IA 4GJAA 5HCTA 3PLLA 3PWRA 4Y39A 3G72A 2WF4A 1E5OE 2FDDA 5P04A 3VV7A 2VIZA 1FG8C 4HE9A 3M9FA 5ISKA 5ER1E 5P0LA 2PYMA 1F7AA 3DCRA 1QBUA 5P1ZA 2MIPA 4EYRA 1PPLE 4Y36A 3TPJA 4JECA 4BFDA 1TW7A 2NNKA 5P7KA 4Y5KA 1A30A 1MRXA 5DR1A 5OZ8A 1D4IA 3OAGA 4Y4ZA 2J9JA 4OC6B 2FGVA 3T11A 2I4VA 3LINA 5P02A 4FM8A 5P32A 5P5GA 4APRE 3VYEA 1HIVA 3BRAA 5P4EA 5P28A 3IVHA 3FKTA 1MT7A 3SA4A 4HEGA 3UDPA 3OTSA 3EKPA 3R2FA 3O99A 3S7LA 3HW1A 4R93A 1BDQA 1T7IA 1LF2A 3SA8A 3GI6A 4HLAA 2VIEA 3EKXA 3KFSA 2PYNA 5P8SA 5P8VA 1APVE 5OYRA 1FQ5A 4NPTA 4WTUA 3N4LA 2PWRA 4DI2A 3T7XA 4Y3TA 5P2RA 3S85A 5P2GA 1SBGA 3APPA 3FSMA 5P6DA 2P3BB 2BQVA 1EBWA 1HPSA 1EC3A 3EL4A 4DUSA 2IEOA 1ZPAA 5OYWA 3B7VA 3O9CA 1ODWA 3NDUA 3MSJA 3GW5A 5P8NA 3LIVA 3SACA 4B77A 2AIDA 4RCDA 4TRWA 3INHA 5KQFA 2R3WA 5F00A 1CMSA 3ZPTA 2FS4A 4FRSA 3SKGA 5P7TA 5P7QA 5C9DA 4YD5A 1HEFE 4GYEA 5J25A 1GVUA 5P5FA 3KMXA 5DQ2A 3CYXA 4GB2A 1EC2A 1MUIA 2OHSA 3LPJA 5OZWA 4LXKA 4DPIA 5KOQA 1BDLA 1FGCC 1XE5A 4RZ1A 3OXWA 3S2OA 3UQWA 2ZJIA 5P72A 1GVXA 4DQCA 3GI4A 4GJBA 2IENA 1NPAA 5P7HA 3U6AA 1PSOE 5SY3A 2IRZA 4PZWA 5P3CA 1IZIA 4OBGA 5P41A 5HDZA 3KYRA 1LYBB 4I8ZA 1SDVA 2B8VA 2QD8A 2HIZA 2FNTA 1W5XA 2WKZA 4IVTA 5OZHA 5P1XA 2IGYA 1HPVA 3ER5E 5KQZA 5OZ7A 5P2AA 4GJ6A 4CPXA 3UCBA 1FKNA 4DJYA 3OADB 5P3EA 4BFBA 5P5NA 1FMXA 5IVRA 3ZPSA 4XXSA 3R4BA 1B6JA 5P4NA 4F76A 5P78A 4J1EA 5OYTA 3QIHA 2R8NA 1F34A 4Y5AA 1HEGE 2WF0A 3NYGA 4UPJA 5AGZA 1HOSA 1XN2A 1YTIA 5P1JA 1DIFA 2PSUA 2QHYA 3KFPA 2IQGA 5P6TA 4KE0A 4Y4WA 1A8GA 4Q1NA 2OHMA 2AOFA 1BILA 3RTHA 5P17A 5P2IA 3HAWA 3BUFA 4YBFA 3UQPA 4LAPA 2AVOA 4J0TA 2FIVA 3LZSA 5P70A 5IE1A 1EBYA 4Y3JA 4WY6A 5P0BA 1XE6A 3DCKA 1FIVA 2HB3A 4KE1A 5PEPA 5P47A 4K4RA 3UTLA 5P1NA 3S43B 4EXGA 5AHBA 3SABA 2IKUA 3MXEA 4NJVA 3D1XA 3O9FA 4EJKA 1MESA 2AZ8A 1FQ4A 2ZDZA 4Y41A 1BV9A 1GNNA 3PHVA 3LIZA 5OZCA 1T7KA 3KA2A 4F75A 1MIQA 5P8IA 5P4TA 3Q6YA 3TPPA 1HVLA 1EC0A 4AMTA 3HAUA 3PI0A 2QZWA 5P2QA 2P8HA 2ZHSA 4ZPGA 3K1WA 3OAGB 2J9JB 3NWXA 4J54A 1EEDP 4EP3A 2Z54A 4I0GA 4Z4XA 1SIVA 3TH9A 2WEBA 5P50A 2BPWA 5P86A 3DOXA 3GGUA 1QBTA 3QS1A 4Y3NA 4JP9A 3RU1A 1K2CA 4K4QA 5FIVA 2O40A 5HU0A 5OZJA 1MTRA 6UPJA 3VLAA 1IDBA 5P0CA 2APRA 1HSIA 5OZ6A 1C6ZA 3WB5A 5SXNA 4CPSA 3OXXA 3VYDA 5P14A 1W6HA 2HS2A 4KUPA 5P4XA 4ER4E 4RVJA 4Y3ZA 2QI6A 3PCWA 4LXAA 3ZKGA 1FG6C 1DMPA 3TNEA 2WF2A 5P74A 3BVBA 5P3OA 5IS4A 4YOAA 3MWSA 2BPXA 3IGBA 1GNOA 5P1CA 2QMPA 3EKWA 3IXOA 4HDPA 4ZSPA 5P5PA 1ZJ7A 3EBZA 4DJQA 4IVSA 5ENMA 3OU4A 4CPWA 1XDHA 4FGXA 4Q1YA 5P2EA 2XYFA 5P5KA 2RSPA 3QVIA 5P25A 5P6MA 4CPTA 3VUCA 2I4DA 4F73A 5P0ZA 3INEA 2QZXA 3RSXA 3UQUA 5T4SA 3SM1A 3OY4A 3OWNA 3KFRA 3OUDA 5P7DA 5C9FA 1EPQE 3OU3A 1RL8A 2WL0A 5P1UA 3IN4A 5P3QA 5KR1A 1E82E 1T7JA 3PI5A 1MEUA 4GJCA 4DJOA 1QDMA 1XN3A 5AHCA 2OHUA 5P81A 4MC1A 3IXKA 4L7GA 5DQCA 1XL2A 2I0DA 2WEDA 1TSUA 3DV5A 3D3TA 2IS0A 3ZKIA 2QNQA 4K9HA 4YCYA 2CEMA 4RRSA 1MPPA 3DUYA 2PH8A 5P2OA 4D85A 2FXDA 4EJ8A 2J9KA 1HSHA 1HTGA 3OGQA 3NUOA 4YOBA 5P00A 2R5PA 5P3AA 2AOIA 3B80A 1Z8CA 4Y38A 3UDKA 4DJPA 1EPPE 4EQ0A 1QBRA 2Q64A 1DP5A 2F8GA 5P6RA 1MT8A 2QI1A 2QHZA 4S1GA 3BUGA 4FRJA 5P12A 2NXLA 5P61A 4ER2E 2Q3KA 3PBZA 5P7RA 2NR6A 5P39A 5P58A 3PSUA 3EL0A 5OZKA 3DJKA 3LIXA 3AUPA 2AZ9A 5P2NA 4Y5NA 3ZKXA 3VFBA 1LF3A 1W51A 2ZJJA 4BEKA 5P4BA 2OHQA 4Y4DA 1G35A 1LZQA 3LZUA 2AODA 1ENTE 1RPIA 4HA5A 6FIVA 2P3CA 3HVPA 4B05A 4K4PA 5P2LA 1ZPKA 4EJDA 1HVJA 2JJIA 4Y5GA 4OBZA 3TOHA 5P1QA 1T6GA 5P16A 4CPRA 5P07A 4D89A 3VF3A 1A8KA 2V10C 3FNTA 1PSAA 5P23A 5P6GA 1LYWA 5SZ9A 5OZXA 2OHLA 2R3TA 1HTFA 5KR8A 4NKKA 4Y3GA 5P1GA 3LIQA 5P8QA 2QI5A 5I3XA 5P4AA 2G94A 4R92A 1DAZC 1KZKA 4PPHA 1B6KA 5P8GA 2UPJA 1EBKC 2AVQA 1SMEA 4I0EA 4TVHA 5DR8A 1FQXA 4Y5EA 4Y3LA 3QP0A 1APUE 5P7UA 5P2MA 5P51A 5OYVA 4Y4AA 4DJXA 1LEEA 3JVWA 1D4LA 5P46A 5HDUA 1WBKA 4L6BA 4DJRA 2UY0A 3BVAA 1VIKA 3QRMA 5P8TA 4FLGA 4J0VA 4ZIPA 5P26A 3QRVA 1EPLE 5DQ5A 3NXNA 3L5DA 2AZBA 2ZJLA 5OZTA 2FXEA 5AH7A 3QRSA 2Q55A 4FRKA 4J1FA 4B78A 3KDCA 4Y4JA 3PWWA 2HS1A 2IGXA 1PROA 1TSQA 2P4JA 3OHHA 3EMYA 3APRE 4FL8A 1GVWA 5CONA 5DR3A 5P29A 5HDVA 3ZPUA 4MC9A 8HVPA 3Q3TA 3OQDA 5P5UA 5P0NA 2IDWA 4QJAA 4NJUA 4OBFA 2HPFA 2IKOA 1IVQA 5P34A 4ACXA 3NDTA 3H0BA 3KN0A 4FE6A 2ZHVA 2NPHA 4COEA 1OEXA 3DV1A 2ER9E 5JFUA 5HE7A 1AAQA 5P1EA 1Z1HA 4AZYA 2NXMA 5P4LA 1APWE 5P8LA 5I70A 2PWCA 5P5EA 1IIQA 4Y4GA 4Y3XA 3BGCA 5P6QA 5ER2E 3HVGA 3OUDB 1FLHA 4I0HA 3PVKA 2G1NA 4YD4A 5OZPA 5P1MA 5P5VA 4YDFA 3ZL7A 5OYXA 2F3FA 5P7MA 3TL9A 5I3WA 3ZLQA 3HZCA 4QLHA 3HBOA 4HDFA 3AIDA 5C9BA 5P3VA 2FMBA 2HB2A 2R38A 4KB9A 4B00A 1BBSA 2R9BA 4N00A 4Y56A 3UDYA 3L5BA 5P01A 1TCXA 1SH9A 5P7PA 5OZQA 1HWRA 5OZ5A 4ZPFA 2WEAA 1RNEA 5KR0A 3OU1A 1XL5A 3QN8A 7UPJA 2QZKA 1HTEA 4CMSA 5P6JA 3GGAA 4L7HA 5KQXA 4HDBA 4Y5PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P83 A;  2RKF A;  3OQF A;  3PB5 A;  1T6E X;  5P8J A;  3BC4 A;  5P6V A;  1K2B A;  4NJT A;  2ZHR A;  3I25 A;  2ZE1 A;  2O4L A;  3BGB A;  2VS2 A;  5P6P A;  4YD3 A;  2AOJ A;  3TKG A;  3FX5 A;  4DH6 A;  2I4U A;  5DR0 A;  5P11 A;  5HE4 A;  2NMY A;  5P45 A;  1SDT A;  5P1F A;  1W50 A;  1HVI A;  1EPM E;  2QZL A;  4Y53 A;  3CKR A;  3TOF A;  5P8A A;  3GGX A;  1MVP A;  4A6C A;  3OGP A;  2AVS A;  5P0S A;  3H5B A;  1B5F A;  3JVY A;  2BPZ A;  4F74 A;  4H3J A;  2HM1 A;  1C6Y A;  5P0F A;  2HC0 A;  3VV8 A;  5OZZ A;  1QRP E;  4Y3P A;  5DR4 A;  4FS4 A;  1EC1 A;  3EKT A;  4CPQ A;  2JXR A;  4Q1X A;  3EKV A;  4Y3E A;  4Y6M A;  1YT9 A;  1G2K A;  9HVP A;  1ODX A;  1VIJ A;  1TCW A;  5P1I A;  1MET A;  1MSN A;  1JLD A;  1XS7 D;  2B42 A;  4EXH A;  1KJ4 A;  4RCF A;  2JE4 A;  6APR E;  5P3H A;  4J0Z A;  4GMI A;  3EL9 A;  1HVK A;  3WSJ A;  3OQ7 A;  3IVI A;  4FM7 A;  4LXM A;  5P3P A;  4CPU A;  2AOC A;  2FGU A;  3UDJ A;  4I8W A;  2F3K A;  1HBV A;  3BXS A;  3NU3 A;  1WBM A;  1MRW A;  1IBQ A;  1HIH A;  3QI1 A;  5OZM A;  2QNN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 5P83 A;  2RKF A;  3OQF A;  3PB5 A;  1T6E X;  5P8J A;  3BC4 A;  5P6V A;  1K2B A;  4NJT A;  2ZHR A;  3I25 A;  2ZE1 A;  2O4L A;  3BGB A;  2VS2 A;  5P6P A;  4YD3 A;  2AOJ A;  3TKG A;  3FX5 A;  4DH6 A;  2I4U A;  5DR0 A;  5P11 A;  5HE4 A;  2NMY A;  5P45 A;  1SDT A;  5P1F A;  1W50 A;  1HVI A;  1EPM E;  2QZL A;  4Y53 A;  3CKR A;  3TOF A;  5P8A A;  3GGX A;  1MVP A;  4A6C A;  3OGP A;  2AVS A;  5P0S A;  3H5B A;  1B5F A;  3JVY A;  2BPZ A;  4F74 A;  4H3J A;  2HM1 A;  1C6Y A;  5P0F A;  2HC0 A;  3VV8 A;  5OZZ A;  1QRP E;  4Y3P A;  5DR4 A;  4FS4 A;  1EC1 A;  3EKT A;  4CPQ A;  2JXR A;  4Q1X A;  3EKV A;  4Y3E A;  4Y6M A;  1YT9 A;  1G2K A;  9HVP A;  1ODX A;  1VIJ A;  1TCW A;  5P1I A;  1MET A;  1MSN A;  1JLD A;  1XS7 D;  2B42 A;  4EXH A;  1KJ4 A;  4RCF A;  2JE4 A;  6APR E;  5P3H A;  4J0Z A;  4GMI A;  3EL9 A;  1HVK A;  3WSJ A;  3OQ7 A;  3IVI A;  4FM7 A;  4LXM A;  5P3P A;  4CPU A;  2AOC A;  2FGU A;  3UDJ A;  4I8W A;  2F3K A;  1HBV A;  3BXS A;  3NU3 A;  1WBM A;  1MRW A;  1IBQ A;  1HIH A;  3QI1 A;  5OZM A;  2QNN A; 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