1PQIA

T4 lysozyme core repacking mutant i118l/core7/ta
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGVLRNAKLKPMYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqiA00
1L85A 216LA 1CU6A 1OVJA 243LA 255LA 1QTDA 4K5YA 1T97A 159LA 4I7RA 1C65A 2NTGA 2Q9EA 1L29A 1L60A 1I6SA 3SB5A 1K28A 1L06A 1L05A 1L99A 4ARLA 2RB1X 4YXAC 4YX7C 1QS9A 4I7PA 1L22A 2HUMA 217LA 3DN1A 150LA 3C8QA 4LDLA 1C61A 1LYHA 1C6IA 1DYEA 191LA 1L90A 2RAYX 161LA 1C6FA 1QUOA 259LA 3HUKA 1D2WA 1CV0A 238LA 1T8GA 1ZURA 1NHBA 145LA 1L46A 2RB2X 245LA 155LA 1CV6A 2NTHA 1L11A 1G0PA 213LA 3HTDA 177LA 102LA 1L81A 4W54A 120LA 175LA 1KNIA 158LA 2LZMA 2RB0X 1L96A 2QARC 2HUKA 1L40A 4ARJA 1G0LA 222LA 2B6XA 1L86A 1CU0A 1L51A 1PQKA 1L80A 3DMVA 1EPYA 1C6LA 186LA 3L2XA 226LA 187LA 138LA 168LA 1B6IA 1L47A 230LA 2B74A 149LA 4S0WA 1L25A 3OE8A 142LA 1P46A 4W56A 1L03A 3C81A 3C82A 1C6BA 1CX7A 1L56A 3G3VA 192LA 1LGXA 3DKEX 2F47A 1L34A 1L10A 4GBRB 1L88A 1C6CA 1L04A 4OO9A 3SB7A 7LZMA 1L23A 225LA 4I7JA 1LYFA 172LA 4EXMA 1L43A 3C7WA 188LA 1L82A 231LA 1C6DA 234LA 4W55A 2F2QA 1L39A 1XJTA 1L45A 119LA 1OYUA 2HULA 2OE4X 4EJ4A 4PK0A 147LA 1L53A 3NYAA 1C67A 3FADA 1P6YA 3C7YA 118LA 2RBNA 3SBBC 1L41A 1QTZA 4PJZA 2O4WA 1DYAA 1C6AA 2B6YA 129LA 3CDVA 1QSBA 4EKQA 4DAJA 3HT7A 1G0GA 3DN4A 4LDEA 3GULA 4DJHA 3HH5A 1L49A 1L87A 185LA 212LA 199LA 1CU5A 1L27A 1T8AA 1L35A 1L48A 1LWGA 1WTHA 1ZYTA 2L78A 1QS5A 1L65A 1L42A 1OV7A 1L77A 2B6TA 1QTCA 3HH6A 4EKSA 127LA 1QUHA 1SWYA 219LA 1QTHA 229LA 2B6ZA 3HTGA 1T6HA 3C8RA 3GUPA 1L54A 3FI5A 1QT5A 1L14A 1L02A 184LA 262LA 1C6MA 1D9WA 3C80A 1CV5A 254LA 1C6EA 108LA 1L16A 4I7NA 1P56A 1KW5A 1LYGA 3OE9A 115LA 3HT9A 1SSYA 183LA 1QUDA 1OWZA 152LA 3CDOA 4EKRA 1KS3A 1L75A 128LA 1SSWA 1L0KA 3HUAA 190LA 1L84A 2OTZX 162LA 1L98A 2RH1A 249LA 3DMXA 1P37A 1DYCA 196LA 1PQJA 2RAZX 1L52A 1L01A 1OVKA 1P64A 1LWKA 237LA 3HH4A 1OWYA 3GUKA 171LA 1QT7A 3OE6A 1L31A 1LPYA 1LYJA 1L44A 1G0KA 166LA 137LA 2OTYX 3L64A 1CVKA 189LA 260LA 3RZEA 1L38A 4EPFA 4ARMA 1SX7A 2IGCA 1L55A 215LA 1C6QA 111LA 3G3WA 144LA 1DYFA 103LA 1G06A 3PBLA 148LE 1L71A 210LA 1QT3A 1L83A 4W59A 123LA 3D4SA 3DN6A 1C6GA 151LA 3PDSA 1L17A 211LA 3HWLA 1QTVA 3CDTA 5I14A 1L64A 1L67A 2ANXA 125LA 3HDEA 3K2RA 3CDQA 2CUUA 4LZMA 3F8VA 3SB9A 1QTBA 2OU8A 239LA 2OEAX 4I7KA 241LA 220LA 1C69A 1C6KA 6LZMA 4EPIA 4IAPA 256LA 1CU2A 1QT4A 1T8FA 3FA0A 1C6HA 1L12A 244LA 1LYEA 1C63A 1L57A 1LW9A 261LA 205LA 1PQIA 1L94A 1L13A 1CUPA 1L62A 1C68A 198LA 2Z6BA 2B75A 1L28A 1LYDA 200LA 1KY1A 2B6WA 4W58A 1L61A 1L08A 1L18A 1L91A 1LGUA 169LA 146LA 1L76A 1D3FA 164LA 4GRVA 4ARQA 1P36A 258LA 1P7SA 3DNAA 3HTFA 2F32A 3SB8A 3DN3A 251LA 1QSQA 1L09A 1OV5A 235LA 1L93A 1P5CA 2B73A 1C6JA 1P3NA 2A4TA 1SWZA 3HU8A 1L63A 252LA 2LC9A 3C83A 1JTMA 4ARPA 3ODUA 2RBSA 3GUNA 3HU9A 1XEPA 2RBQA 2O7AA 1JTNA 1L19A 232LA 2O79A 1QUGA 228LA 4DKLA 3DN8A 3GUMA 3NY9A 1L68A 143LA 4I7OA 3HTBA 3OE0A 1LGWA 3DN2A 4I7MA 3GUJA 1L72A 1L74A 114LA 4ZPUA 1C6TA 3RUNA 181LA 240LA 250LA 242LA 122LA 2B70A 246LA 170LA 1L30A 3C7ZA 195LA 1DYDA 1XJUA 2LCBA 1P2RA 3F9LA 4I7QA 182LA 1LLHA 107LA 3SBAA 1C64A 1L37A 1TLAA 253LA 4E97A 1C62A 2RBOA 1G0MA 1QT6A 3EMLA 221LA 1L70A 1PQOA 2RBRA 1D3MA 1CTWA 173LA 4ARMB 1C6NA 1L89A 141LA 4YXCA 176LA 1SX2A 3NY8A 167LA 1C6PA 1LI2A 1QT8A 257LA 1CV4A 1G0QA 1LI3A 109LA 1DYGA 3UONA 1L36A 112LA 1CU3A 2OU0X 224LA 1L33A 206LA 157LA 1L69A 2Q9DA 1CUQA 4W52A 1L73A 236LA 3C8SA 2QB0B 3JR6A 1L50A 1ZWNA 3DN0A 3HT8A 4W57A 139LA 1L15A 1L79A 174LA 1L66A 248LA 4I7LA 1D3NA 3SN6R 4I7TA 1KW7A 1JQUA 1L21A 1L58A 1L00A 3HUQA 223LA 3HDFA 227LA 233LA 4AQNA 1CX6A 1G07A 3LZMA 1LYIA 178LA 110LA 3HH3A 4W51A 165LA 140LA 3G3XA 247LA 3QAKA 3GUIA 214LA 201LA 4LDOA 1D2YA 197LA 3CDRA 2ANVA 4EKPA 156LA 1L97A 104LA 1L07A 1L32A 3HT6A 3SB6A 1KY0A 3V2WA 1L92A 218LA 1D3JA 4ARQB 2B72A 2OE9X 1C66A 1DYBA 1L59A 4I7SA 3VW7A 1PQDA 1OVHA 209LA 126LA 1L0JA 1L95A 2OE7X 1P2LA 2OU9A 131LA 1CV3A 3GUOA 3DMZA 1PQMA 2RBPA 163LA 1L24A 2B7XA 130LA 113LA 1C60A 1CV1A 1G0JA 4W53A 1L20A 1LI6A 1L26A 160LA 180LA 1G1WA 5LZMA 1G1VA 3V2YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4IA 1BWJA 2BQKA 4XYYA 1OVJA 4LT2A 3M18B 4L41A 255LA 1QTDA 4K5YA 4YEMA 1C65A 4XENA 1L29A 4CHXA 3SB5A 1J1PY 1GE4A 1INUA 4YX7C 1QS9A 1LMOA 1CJ9A 217LA 3DN1A 1BB4A 1KIRC 1UA6Y 1C61A 1LYHA 5IDDA 1MELL 1DYEA 1LMQA 4J1BA 4HV1A 2W1YA 4NGVA 1CKGA 2RAYX 1QUTA 1D2WA 4WM2A 1AT6A 1CV0A 2Z2FA 3A67Y 1BQLY 4ANRA 4PPOA 3GXKA 4W54A 120LA 1UUZC 1UIGA 5HNCA 4WM4A 5LAGA 5I4YA 1KNIA 1AM7A 158LA 1WQOA 1XEJA 1GE2A 2RB0X 3N9CA 1LPIA 2QARC 4CFOA 2BQJA 1L86A 132LA 2EKSC 3DMVA 1B6IA 1CKFA 4G49A 1L25A 3QNGA 1GD6A 1IC7Y 3C82A 1GBSA 1CX7A 3G3VA 3DKEX 4ET9A 1L34A 1L10A 1L04A 7LZMA 1LZAA 1TDYA 3C7WA 4NGIA 3J6KA 1C6DA 1JWRA 1XJTA 3BKVA 4EJ4A 2OE4X 1GE3A 1L53A 3C7YA 1J1OY 4Z3MA 1GAYA 3SBBC 207LA 2G4NA 4NIJA 3HBHA 1WQPA 1IP5A 4ETEA 2DQDY 1C43A 1YKYX 3DN4A 5FCPA 3A91A 1IR7A 1QTEA 1HSXA 1L49A 1LJGA 2W1XA 185LA 2DQAA 1CU5A 4NG1A 1L27A 1L35A 1L48A 1HEWA 1BVKC 2YBNA 2B6TA 1ZMYL 5B59A 4B4IA 5HQ1A 4RLMA 1OUHA 1QTHA 2B6ZA 4B1AA 1UIBA 1F10A 3GUPA 1L54A 5APCA 3FI5A 4DQJA 1QT5A 1T3PA 9LYZA 4H8XA 1FLQA 1CKHA 1B5ZA 1OUFA 1NHEA 1D9WA 1IR9A 1YILA 108LA 1L16A 1NQIA 1JUGA 1P56A 1KW5A 1DI4A 4PHIA 183LA 1QUDA 1LZNA 128LA 1SSWA 1YAQA 5J7CA 4DDAA 1L0KA 4QDNA 3HUAA 1LJHA 249LA 4U3XB 2RAZX 1ZV5L 4P2EA 1P64A 1BHZA 4GN4A 4H9FA 4N0JA 3HH4A 1FBIX 1LYJA 4WM1A 3TMUA 189LA 3RZEA 4ARMA 1SX7A 2IGCA 1L55A 3TXEA 144LA 3D9AC 4J0LA 1DYFA 4XJHA 3KAMA 5KY1A 4IATA 4GCFA 1C7PA 4H94A 3HWLA 211LA 2GV0A 4MCKA 1C46A 5KXKA 4KL7A 4YOPA 2D4JA 3K2RA 4M6DA 2OU8A 1GFUA 241LA 1BB5A 2PC2A 1C6KA 1HHLA 256LA 1CU2A 4C3WA 2BQEA 1C6HA 1L12A 1PZYA 5FEKA 1JKBA 1L13A 4CFPA 3AZ6A 1L62A 1C68A 4EMNA 2B75A 1LSNA 1LYDA 1KY1A 2XBSA 1L61A 1L08A 2G4PA 5I4XA 2Z38A 2EQLA 1D3FA 164LA 1GDXA 4ARQA 258LA 1P7SA 4BS7A 3HTFA 1LZCA 1ZVHL 2G4QA 2XJWA 1QSQA 1L09A 1P5CA 2B73A 2F4AA 1HMLA 2A4TA 1B5UA 5ILCA 3C83A 4WO9A 4J7VA 3ODUA 4HJZA 1GF0A 2O7AA 2DQHY 1IP7A 3RW8A 1RI8B 232LA 1G7IC 1QUGA 228LA 4XJFA 3DN8A 3GUMA 4TWSA 1L68A 143LA 1LJ4A 1J1XY 5FELA 1REZA 4KPMA 5T3FA 4ZPUA 3WPJA 1GFRA 3LYZA 4G4HA 2BQGA 181LA 1QQYA 250LA 2C8OA 3C7ZA 1DYDA 1IORA 1XJUA 1LOZA 1P2RA 4I7QA 1LJ3A 182LA 2MEEA 2Z12A 4H9EA 5L3IA 3SBAA 1VDTA 3A94A 253LA 1TLAA 2RBOA 1HEQA 3A8ZA 1PQOA 3WU9A 4LYBA 1CTWA 4ARMB 1B7PA 167LA 1C6PA 1LI2A 2N5ZA 4GCBA 2OU0X 1CU3A 1L33A 4E3UA 3B72A 1UIEA 4W52A 1I56A 4RDSA 1HFYA 4W57A 139LA 1B7QA 174LA 1L66A 248LA 3TXIA 2BQMA 1KW7A 1JQUA 1L58A 1L00A 1LCNA 1WQRA 2D6BA 233LA 4AQNA 1CX6A 1A2YC 3LHMA 4H92A 3HH3A 140LA 4LFPA 4HV2A 3QAKA 3GUIA 2HUBA 1FKVA 4NHQA 3M3UA 1D2YA 3WVXA 3CDRA 2ANVA 156LA 2EPEA 4H9CA 1GF8A 1NBZC 1GB3A 4ARQB 2MEDA 1PQDA 7LYZA 1GF9A 4XJGA 1L95A 4N8ZA 2BQDA 3GUOA 3DMZA 3LN2A 4DD1A 163LA 2B7XA 3WPLA 1IIZA 4H9AA 1CV1A 1LSMA 1JPOA 1LI6A 1G1WA 5LZMA 1G1VA 1L85A 3CQLA 5APDA 216LA 1HC0A 1CU6A 1GFVA 1BB7A 5HLLA 3RT5X 1T97A 5E4PA 3AZ4A 1B9OA 2NTGA 1JHLA 4C5FA 1K28A 5LVKA 1L99A 4ARLA 2RB1X 5KXPA 1RJCB 1D0LA 1RCMA 1LHKA 4M4OA 5DL9A 1L90A 1GEZA 3HUKA 259LA 5L3HA 1B5WA 5KKIA 1IO5A 2IHLA 238LA 1ALCA 2MEHA 1NHBA 145LA 1GB0A 3CSQA 3N9EA 4IASA 1L11A 213LA 2I6ZA 2YBIA 3HBEX 4H9BA 4ZFPA 5HMVA 175LA 3RZ4A 5IELA 1B7SA 1IWWA 4OOTA 3AGHA 1L96A 4NWHA 3WU8A 4ARJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D4I A;  1BWJ A;  2BQK A;  4XYY A;  1OVJ A;  4LT2 A;  3M18 B;  4L41 A;  255L A;  1QTD A;  4K5Y A;  4YEM A;  1C65 A;  4XEN A;  1L29 A;  4CHX A;  3SB5 A;  1J1P Y;  1GE4 A;  1INU A;  4YX7 C;  1QS9 A;  1LMO A;  1CJ9 A;  217L A;  3DN1 A;  1BB4 A;  1KIR C;  1UA6 Y;  1C61 A;  1LYH A;  5IDD A;  1MEL L;  1DYE A;  1LMQ A;  4J1B A;  4HV1 A;  2W1Y A;  4NGV A;  1CKG A;  2RAY X;  1QUT A;  1D2W A;  4WM2 A;  1AT6 A;  1CV0 A;  2Z2F A;  3A67 Y;  1BQL Y;  4ANR A;  4PPO A;  3GXK A;  4W54 A;  120L A;  1UUZ C;  1UIG A;  5HNC A;  4WM4 A;  5LAG A;  5I4Y A;  1KNI A;  1AM7 A;  158L A;  1WQO A;  1XEJ A;  1GE2 A;  2RB0 X;  3N9C A;  1LPI A;  2QAR C;  4CFO A;  2BQJ A;  1L86 A;  132L A;  2EKS C;  3DMV A;  1B6I A;  1CKF A;  4G49 A;  1L25 A;  3QNG A;  1GD6 A;  1IC7 Y;  3C82 A;  1GBS A;  1CX7 A;  3G3V A;  3DKE X;  4ET9 A;  1L34 A;  1L10 A;  1L04 A;  7LZM A;  1LZA A;  1TDY A;  3C7W A;  4NGI A;  3J6K A;  1C6D A;  1JWR A;  1XJT A;  3BKV A;  4EJ4 A;  2OE4 X;  1GE3 A;  1L53 A;  3C7Y A;  1J1O Y;  4Z3M A;  1GAY A;  3SBB C;  207L A; 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