1PQIA

T4 lysozyme core repacking mutant i118l/core7/ta
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGVLRNAKLKPMYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqiA00
3HU9A 1L64A 1QS5A 181LA 3GULA 1CV6A 241LA 180LA 2QARC 3FI5A 127LA 1P2LA 1L96A 3NYAA 2OE7X 3CDRA 187LA 1C6QA 1L59A 3DN8A 1ZYTA 1L24A 1L63A 4W52A 3UONA 1G0LA 147LA 4GBRB 131LA 2Z6BA 1L71A 4S0WA 161LA 1L17A 1CV1A 1L79A 1PQOA 211LA 1LYDA 1C6BA 1LPYA 1G1WA 201LA 159LA 1C68A 1JTMA 1QUDA 3DN0A 3C7WA 256LA 1DYEA 1L85A 3G3XA 4PK0A 1DYFA 1LYEA 220LA 3DMVA 190LA 128LA 1L39A 2RAYX 2B6ZA 1L40A 1LYIA 1L99A 142LA 3K2RA 4I7PA 4W51A 157LA 210LA 1G1VA 1L00A 1QUGA 1NHBA 4YX7C 1L36A 3G3WA 1OVJA 249LA 4ARJA 1L01A 1L53A 1T8AA 231LA 103LA 2ANXA 1L26A 1SX7A 260LA 3HDFA 1L65A 1L35A 1C6AA 1LI3A 1L19A 1C6CA 141LA 229LA 206LA 1QTZA 137LA 197LA 1CU3A 2F32A 1L47A 1L48A 113LA 4EPFA 1L45A 3HH4A 3DN3A 230LA 3FADA 151LA 3JR6A 1L30A 1G06A 1L60A 3HTGA 1L95A 1DYDA 3EMLA 3C8RA 1I6SA 1KW5A 258LA 177LA 4EKSA 1P2RA 184LA 4W53A 1L89A 1L90A 1EPYA 176LA 4ARLA 4LZMA 1L49A 3FA0A 261LA 3SN6R 1L03A 110LA 3CDOA 4AQNA 3GUIA 1QTBA 1C69A 1QT7A 254LA 1L11A 3GUJA 1C6MA 168LA 1L72A 192LA 3C7YA 3C8QA 108LA 1L09A 1L34A 259LA 1QTDA 3ODUA 4LDLA 1G0MA 4E97A 1CTWA 150LA 125LA 1C6TA 1C65A 3L2XA 4I7RA 4I7OA 3D4SA 5LZMA 158LA 3C80A 3GUOA 3SBBC 1KS3A 1C6FA 1PQJA 1CV3A 1T6HA 1L0JA 2IGCA 219LA 1L68A 166LA 4ARMA 2B72A 2RH1A 1L29A 1DYAA 1L70A 2B6WA 1LLHA 1L54A 228LA 123LA 1QT5A 1C64A 1L16A 1C6IA 146LA 1P3NA 1D3FA 3HTFA 1L46A 3HT7A 1CU0A 1L08A 227LA 1DYBA 1L23A 250LA 3C83A 3HUQA 4EKPA 1OVKA 1L84A 1P7SA 1C61A 169LA 1QUHA 1L52A 4W56A 236LA 2F2QA 4GRVA 3HT8A 4DKLA 104LA 2O4WA 144LA 2B70A 111LA 109LA 4YXAC 4ARQA 240LA 102LA 1L75A 173LA 1G0GA 1JTNA 255LA 1SSYA 1CUQA 164LA 171LA 1L61A 1L42A 139LA 196LA 1WTHA 2CUUA 1L20A 1QT4A 4I7TA 3DKEX 1L15A 138LA 2NTGA 186LA 1LWGA 1PQDA 145LA 2HUKA 2OE4X 122LA 1D3JA 1CX6A 3SB6A 1KY1A 1L93A 2OTZX 3SBAA 3G3VA 1L04A 1KW7A 3C7ZA 3NY8A 2Q9DA 163LA 1C62A 1G0QA 2B6XA 1L05A 3PBLA 1LI6A 222LA 2RBSA 2B74A 2OEAX 257LA 3CDTA 1C6JA 3V2YA 3VW7A 175LA 1CX7A 1QT8A 188LA 2OU0X 1L88A 1B6IA 3GUKA 3HT9A 1C6NA 2RAZX 1L28A 245LA 4EPIA 1QS9A 1L66A 1L83A 1D2YA 1OWYA 2RB2X 3C81A 170LA 1G0KA 1L94A 3HTBA 114LA 1L55A 1SWZA 107LA 2B7XA 143LA 4IAPA 1L98A 4EKQA 1QT3A 3RUNA 1LWKA 3HUKA 4I7SA 1P37A 1L02A 185LA 156LA 199LA 1CV0A 174LA 2A4TA 3HU8A 238LA 191LA 3F8VA 4W59A 2B6TA 212LA 162LA 213LA 2RB0X 239LA 3HH5A 1L77A 198LA 1L13A 3OE9A 1P56A 3DMXA 2NTHA 6LZMA 4DJHA 1DYGA 4I7MA 4I7QA 3OE8A 3DNAA 1L43A 262LA 3QAKA 1P6YA 2HUMA 3HUAA 4I7NA 1OV5A 1QTVA 1L91A 225LA 1L62A 3OE6A 1OYUA 3HWLA 1T97A 4K5YA 1L44A 246LA 130LA 4EKRA 1L22A 2ANVA 3OE0A 3HT6A 2HULA 1QT6A 4EXMA 3CDQA 1L58A 112LA 1L76A 2O7AA 252LA 2OTYX 1KNIA 1C6LA 5I14A 226LA 1XJUA 233LA 224LA 3F9LA 3C8SA 3DN6A 1D3MA 1OV7A 3GUMA 1SX2A 1LGWA 1L0KA 214LA 1LGUA 4EJ4A 1L86A 1G0PA 1CV4A 152LA 1QSBA 1LYFA 2RBQA 1D2WA 2RBNA 3SB9A 126LA 1L57A 1SSWA 1G07A 115LA 253LA 218LA 1DYCA 247LA 1PQMA 2OU9A 217LA 2Q9EA 3DN2A 1L10A 1OVHA 2B75A 3CDVA 1LW9A 1L07A 1D3NA 234LA 1QUOA 1C6EA 1L51A 215LA 1LYGA 1LGXA 4W58A 1PQIA 1L50A 1L06A 2B6YA 1P5CA 4W55A 1L12A 242LA 3LZMA 1PQKA 3HTDA 1CU2A 3NY9A 149LA 165LA 1L38A 1L80A 118LA 1L97A 223LA 1CV5A 4W57A 1L81A 4W54A 3HDEA 1JQUA 1LYJA 120LA 221LA 3SB7A 1C6PA 1G0JA 2B73A 237LA 3RZEA 3SB8A 1L67A 183LA 1L14A 2OE9X 1P64A 182LA 205LA 3HH3A 1C6GA 119LA 3DN4A 4YXCA 4I7JA 1D9WA 244LA 1L31A 216LA 1P46A 1OWZA 3HH6A 248LA 3L64A 2LC9A 1L69A 1SWYA 155LA 1L41A 7LZMA 1LI2A 3PDSA 2OU8A 200LA 1L18A 1L92A 2F47A 3C82A 1XJTA 1CU5A 1QTHA 1P36A 1CU6A 1K28A 1L32A 4LDEA 195LA 189LA 1C6HA 251LA 3SB5A 1CVKA 2RBPA 235LA 1C60A 1ZURA 2RB1X 2RBOA 3GUNA 1L21A 4ARMB 172LA 4ZPUA 1C63A 1C6KA 2QB0B 1L82A 2RBRA 3V2WA 1XEPA 243LA 178LA 1L73A 4I7LA 4OO9A 1L37A 2L78A 2LZMA 4LDOA 1C67A 1LYHA 1C6DA 1L25A 1L74A 2O79A 3DMZA 1TLAA 1L56A 1L87A 1KY0A 1ZWNA 1L27A 1C66A 1T8GA 3GUPA 129LA 232LA 4ARPA 167LA 1QTCA 148LE 1QSQA 209LA 3DN1A 2LCBA 1CUPA 1L33A 140LA 4I7KA 4PJZA 1T8FA 160LA 4ARQB 4DAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L64A 3GULA 2MEFA 1GF0A 4NSHA 3A34A 2MEAA 1V7TA 1JKBA 2YBIA 2BQNA 1LSYA 1L24A 4W52A 147LA 1IC5Y 1B0DA 2Z6BA 1L71A 1OUJA 1C6BA 5A3ZA 201LA 1GE3A 1GBXA 3RT5X 4KPMA 3ATNA 1L39A 4H8YA 2WARA 1A4VA 2ZWBA 4W51A 210LA 3CT5A 4ZEEA 1L53A 231LA 2ANXA 1LTMA 1FKVA 1DPXA 1HC0A 1GF3A 1L19A 2MECA 4H91A 1CU3A 1KXXA 2LYMA 1LMOA 3N9CA 1FLQA 3DN3A 230LA 3FADA 1VDPA 1GWDA 5C6IA 1L30A 1LZAA 1L95A 3EMLA 177LA 4EKSA 5LYTA 1EPYA 4NHSA 3FA0A 4WLYA 1ZVHL 3W6EA 1YKZX 3CSZA 2LYOA 110LA 3CDOA 3B72A 2BPUA 3A93A 4GLVA 4MR1A 1QT7A 1HFYA 4HTQA 2Z18A 3M3UA 1UCOA 259LA 1YILA 1G7IC 4E97A 3A6BY 1LHIA 150LA 3L2XA 1B7OA 4I7OA 5LZMA 3C80A 4H90A 3SBBC 2I26L 4YEOA 1C6FA 2IGCA 219LA 4ARMA 4P2EA 1JJ3A 1L29A 1DYAA 1XEJA 1L54A 228LA 123LA 4YEMA 1VEDA 4BS7A 1L16A 3P4ZA 2LHMA 146LA 1P3NA 1D3FA 1IOCA 3HTFA 1L08A 4GN3A 2MEGA 4KT3A 1G7HC 3SP3A 1QUHA 1L52A 236LA 3HT8A 8LYZA 2B70A 2D4IA 1VAUA 240LA 1G0GA 1L75A 164LA 1L42A 3LYTA 1AT5A 1YIKA 1YAQA 2W1MA 1LHJA 1LSCA 1FKQA 3ZVQB 5KXTA 3N9AA 2HU1A 1L93A 2YVBA 1L04A 1KW7A 3C7ZA 3NY8A 1GE2A 1LZGA 3PBLA 4M4OA 4E3UA 2RBSA 2B74A 1LCNA 3CDTA 4WL6A 3VW7A 175LA 1CX7A 5KJ9A 4HV1A 4H8ZA 1LJKA 1LSBA 1JSFA 1OWYA 1GFEA 170LA 4NGKA 4NGJA 1XFPL 4RW2A 3RNXA 1ZMYL 2XBSA 4W96A 1GB9A 1UICA 2B7XA 143LA 2DQCY 1QT3A 1CKFA 185LA 1GF4A 1HEMA 156LA 3HU8A 3MGWA 2A4TA 1GB3A 1IOQA 213LA 4NWHA 5FHWA 2ZNXY 5B07A 198LA 3QNGA 5KXYA 1DYGA 4CJ2A 4I7QA 3OE8A 262LA 3CSQA 2A7FA 1LMCA 1LSNA 2HUMA 4DDAA 1LJJA 3B0OA 2RSCA 225LA 3A94A 3AZ7A 1UUZC 1JTPL 4NGWA 1T97A 4K5YA 1LYOA 4KL7A 1PS5A 1AM7A 2ANVA 1QT6A 3CDQA 1EQ5A 1L58A 2Z37A 2BQLA 5I14A 233LA 2EIZC 224LA 3DN6A 4MSTA 5EBHA 4B4JA 4HJYA 1SX2A 4M6DA 1LGWA 1QDTA 3HFMY 1LGUA 4N1CC 1HEOA 1G0PA 4GN4A 1QSBA 4LT0A 2RBQA 2F4AA 3A8ZA 1G07A 1UIEA 1IX0A 253LA 2OU9A 4TTDA 1DI4A 3AZ5A 9LYZA 1OVHA 3HBEX 3A96A 3A3RX 2G4NA 2W1LA 1QUOA 1C6EA 1IR7A 5HMJA 5FELA 1LYGA 1LGXA 2DQIY 1A2YC 1EQ4A 1L50A 3LYMA 1ZV5L 1GBZA 1LYZA 4W55A 4R6CA 3TMVA 1LZ9A 4I0CA 3HTDA 4WL7A 1CU2A 3TXFA 4WG1A 1L38A 1B7RA 223LA 1CV5A 4W57A 3HDEA 1JQUA 1QIOA 221LA 1C6PA 1G0JA 237LA 1REZA 5T3FA 1L14A 1UIHA 1P64A 5L3HA 3KAMA 3D9AC 1HEPA 1C6GA 4LFPA 119LA 2W1YA 1D9WA 4H9AA 1L31A 4RDSA 3HH6A 1OWZA 5E9RA 2LC9A 1LI2A 1B7MA 3W6DA 3T6UA 3WULA 2HEAA 3W6BA 1P36A 1OUDA 1L32A 1F6RA 4B1AA 195LA 189LA 1C6HA 4DD3A 4A7DA 1CVKA 2RBPA 1TEWA 3GUNA 2RB1X 4B49A 5KKIA 1L21A 3K3TA 4B4IA 172LA 3TXIA 1BQLY 4ET8A 4NG1A 1IR9A 4LYCA 1L82A 1JKDA 1XEPA 132LA 2BAAA 3HBHA 2CGIA 4UWNA 1UIDA 4I7LA 1HELA 4LYMA 4LDOA 1JIYA 1UIAA 2O79A 3WW5A 1LJFA 2A7DA 5AMYA 2H9JA 1C66A 3GUPA 5D5CA 4LYTA 232LA 4ARPA 3CQLA 5F9UA 2MEIA 3DN1A 4NHIA 4FDYA 4ZFPA 180LA 5F14A 4DYGA 127LA 1P2LA 1JWRA 3NYAA 3CDRA 1CKDA 1L59A 3DN8A 1ZYTA 2Z12A 1IP7A 1G0LA 4GBRB 161LA 1LJ4A 1VFBC 1CV1A 3P65A 3AGGG 1LYDA 1SQ2L 1UC0A 2ZQ4A 1C68A 1JTMA 4LYOA 1JEFA 1HFXA 256LA 2BLXA 3G3XA 1LYEA 3DMVA 1KIPC 1LYYA 7LYZA 3WUNA 5DL9A 1L40A 1LYIA 1L99A 4I7PA 1G1VA 1LSAA 1B7NA 1NHBA 1L36A 1ALCA 4NG8A 103LA 1L26A 1BB5A 260LA 1PZYA 1F0WA 3WXUA 4QDNA 2FYCA 5FCPA 229LA 3J4GA 1DXJA 197LA 2F32A 1CKCA 1IWYA 2BQAA 113LA 4WLXA 1LZ4A 1D6QA 2F2NA 1G06A 1C46A 4B4EA 1GF7A 1KW5A 4OW1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L64 A;  3GUL A;  2MEF A;  1GF0 A;  4NSH A;  3A34 A;  2MEA A;  1V7T A;  1JKB A;  2YBI A;  2BQN A;  1LSY A;  1L24 A;  4W52 A;  147L A;  1IC5 Y;  1B0D A;  2Z6B A;  1L71 A;  1OUJ A;  1C6B A;  5A3Z A;  201L A;  1GE3 A;  1GBX A;  3RT5 X;  4KPM A;  3ATN A;  1L39 A;  4H8Y A;  2WAR A;  1A4V A;  2ZWB A;  4W51 A;  210L A;  3CT5 A;  4ZEE A;  1L53 A;  231L A;  2ANX A;  1LTM A;  1FKV A;  1DPX A;  1HC0 A;  1GF3 A;  1L19 A;  2MEC A;  4H91 A;  1CU3 A;  1KXX A;  2LYM A;  1LMO A;  3N9C A;  1FLQ A;  3DN3 A;  230L A;  3FAD A;  1VDP A;  1GWD A;  5C6I A;  1L30 A;  1LZA A;  1L95 A;  3EML A;  177L A;  4EKS A;  5LYT A;  1EPY A;  4NHS A;  3FA0 A;  4WLY A;  1ZVH L;  3W6E A;  1YKZ X;  3CSZ A;  2LYO A;  110L A;  3CDO A;  3B72 A;  2BPU A;  3A93 A;  4GLV A;  4MR1 A;  1QT7 A;  1HFY A;  4HTQ A;  2Z18 A;  3M3U A;  1UCO A;  259L A;  1YIL A;  1G7I C;  4E97 A;  3A6B Y;  1LHI A;  150L A;  3L2X A;  1B7O A;  4I7O A;  5LZM A;  3C80 A;  4H90 A;  3SBB C;  2I26 L;  4YEO A;  1C6F A;  2IGC A;  219L A;  4ARM A;  4P2E A;  1JJ3 A;  1L29 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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