1PQJA

T4 lysozyme core repacking mutant a111v/core10/ta
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNLIFQIGETGVAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title REPACKING THE CORE OF T4 LYSOZYME BY AUTOMATED DESIGN
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqjA00
220LA 1CV3A 3RUNA 1L31A 255LA 227LA 1L82A 1DYAA 3HUAA 1KW5A 1P7SA 4W52A 1LI3A 4EKSA 2Z6BA 4YX7C 2B74A 1L88A 218LA 1L49A 4I7OA 1L36A 1L15A 2LZMA 1DYCA 1C67A 1CU2A 2RAZX 4LDLA 3SB6A 233LA 1L26A 3CDVA 4W54A 3C7ZA 1D3FA 1L73A 1C60A 1L44A 1CU3A 3HTBA 1QT4A 3CDRA 104LA 1C6AA 1L85A 3GUKA 1QUDA 3GUJA 1SSWA 260LA 3JR6A 2B75A 1OVKA 1LI2A 174LA 191LA 243LA 3C82A 1P3NA 249LA 2OEAX 112LA 216LA 1C6QA 2RBNA 4GBRB 3LZMA 228LA 1L50A 4I7PA 4K5YA 1JTNA 189LA 1G0LA 1L16A 4EKPA 7LZMA 3HTGA 114LA 1EPYA 1L05A 3DMXA 4I7LA 190LA 1LYDA 3DMZA 156LA 1QTVA 1OVJA 142LA 145LA 1ZWNA 172LA 2NTHA 4W59A 256LA 1QTDA 1OVHA 1C6FA 2QARC 3OE8A 215LA 1KY1A 147LA 3HU9A 1QTHA 1L91A 1OYUA 3GUPA 160LA 181LA 1QUOA 2IGCA 2RBQA 4DAJA 1LGXA 163LA 1K28A 1L92A 2HUKA 3GUNA 259LA 3DN8A 230LA 1L06A 1L75A 118LA 2B7XA 2OE4X 1C6CA 1WTHA 1G0QA 3CDOA 200LA 242LA 109LA 1SWYA 1L64A 148LE 5LZMA 4I7TA 217LA 3SB8A 3HUKA 1L83A 3SN6R 171LA 1PQDA 1QTCA 141LA 1L23A 252LA 3G3VA 169LA 2F47A 126LA 1L58A 3VW7A 1LYJA 108LA 1L46A 3OE0A 1SWZA 1L28A 119LA 151LA 1OV7A 159LA 3GUOA 3C81A 3F9LA 4E97A 1C6IA 1C6PA 1LYGA 2CUUA 1L25A 1QT7A 3C8SA 3DNAA 3G3XA 2RB0X 165LA 1L81A 115LA 1QS5A 254LA 1DYFA 1XEPA 236LA 1SX7A 158LA 186LA 239LA 1P2LA 1L0KA 1L12A 1L29A 177LA 4I7NA 1L21A 3C8QA 1QT5A 1L51A 3NYAA 1OV5A 3SBBC 3SB9A 176LA 245LA 1QUGA 2RBOA 206LA 1L03A 1L41A 3FI5A 1LYEA 1G06A 1LYIA 170LA 1G1WA 250LA 1JQUA 1C64A 1L40A 1G0JA 1CU5A 1T8GA 4ARMA 3SB7A 1C6KA 1L54A 213LA 3HT8A 199LA 1LW9A 1L0JA 3DN0A 5I14A 2OU9A 184LA 1LYFA 258LA 3D4SA 1B6IA 1CV0A 1L97A 1C6DA 4I7RA 1L09A 1LGUA 128LA 3ODUA 1LI6A 1LYHA 1L74A 1L35A 1L99A 3GUMA 4I7JA 3C7YA 3EMLA 2ANXA 2LCBA 1L63A 3HH4A 1L22A 1XJUA 3C83A 1C62A 257LA 185LA 1G0MA 2RBSA 1L70A 4EXMA 2B6XA 2OU8A 2OE9X 152LA 3PDSA 231LA 131LA 1QUHA 226LA 1JTMA 1C63A 1I6SA 4OO9A 2B73A 4EJ4A 244LA 1C65A 3QAKA 2OTYX 1G07A 2RBPA 1ZYTA 2HULA 3HU8A 3RZEA 1CUQA 234LA 1L17A 138LA 1C6JA 143LA 1C69A 1OWZA 4ARMB 3UONA 123LA 1D9WA 1L14A 1PQJA 3V2WA 1L18A 2O4WA 1QS9A 1L10A 4YXCA 1C6BA 3GUIA 2O79A 1L76A 3NY9A 1T8FA 1P56A 222LA 162LA 1CV1A 1L42A 1G0KA 130LA 4EKRA 3K2RA 173LA 129LA 1DYGA 1L68A 1C6GA 3V2YA 1CTWA 4AQNA 4EPFA 1L57A 1CU6A 1D3NA 1G0PA 1L56A 1L24A 102LA 219LA 3DN2A 1CV6A 4YXAC 1L07A 1XJTA 246LA 1L62A 4EPIA 1P36A 1C6TA 157LA 2OU0X 2B70A 3L64A 3SBAA 1L94A 261LA 1C6MA 1L30A 1QT6A 1L67A 3NY8A 1L87A 161LA 253LA 1LPYA 1L48A 1T6HA 1LGWA 1L55A 1C6LA 183LA 1D2WA 137LA 1L60A 4LDEA 1QSBA 1P64A 1L27A 1L43A 3HDEA 3DN6A 2L78A 3F8VA 1L84A 209LA 1CV5A 1CX7A 3C8RA 3OE6A 3HH5A 3FADA 1P5CA 155LA 196LA 1L98A 2RB1X 3HDFA 232LA 201LA 4I7QA 3DN4A 3DKEX 1L34A 2OTZX 3DN1A 198LA 235LA 247LA 1PQKA 1DYDA 188LA 214LA 4ARLA 1L53A 1P37A 180LA 122LA 146LA 111LA 187LA 229LA 2RB2X 248LA 197LA 120LA 3HTDA 1C6HA 2RAYX 4ARPA 4DKLA 2F32A 1DYBA 1L08A 4DJHA 1C66A 221LA 1QTZA 237LA 1L61A 1CX6A 2B72A 150LA 1L89A 4W56A 1PQIA 1QTBA 2F2QA 164LA 1L45A 240LA 1L38A 1C6NA 3FA0A 4IAPA 4LZMA 167LA 3SB5A 3HH3A 1C61A 3G3WA 1T97A 166LA 2B6ZA 3CDTA 1L69A 3HT9A 1ZURA 1L02A 1D3MA 1KNIA 1QT3A 1CVKA 2HUMA 2O7AA 3HTFA 1P2RA 2LC9A 4PK0A 3CDQA 1L37A 3C80A 1L59A 1CV4A 1L96A 1L65A 224LA 4ARQB 4I7MA 127LA 1G0GA 1SX2A 1L19A 1L79A 182LA 3OE9A 1L32A 1CUPA 1KY0A 1L80A 2A4TA 195LA 1LLHA 4EKQA 1L01A 107LA 1C6EA 1L33A 2ANVA 1TLAA 1LWGA 1L13A 1P46A 139LA 2Q9EA 4ZPUA 223LA 110LA 3GULA 2RH1A 1KW7A 125LA 238LA 2B6WA 1L93A 1PQOA 2QB0B 2RBRA 4W57A 2B6YA 4W53A 1OWYA 1T8AA 3PBLA 1D2YA 1C68A 2B6TA 2OE7X 3HT6A 4W51A 149LA 1CU0A 1L39A 205LA 1L11A 4LDOA 4S0WA 210LA 1L95A 1QSQA 3DN3A 1L71A 4ARJA 175LA 1L00A 4W55A 6LZMA 1L20A 3HH6A 4I7KA 1L72A 3DMVA 4PJZA 262LA 1L90A 4GRVA 1L04A 4W58A 4I7SA 103LA 2Q9DA 3HUQA 3L2XA 1G1VA 1NHBA 2NTGA 211LA 113LA 144LA 1SSYA 3HWLA 1KS3A 1L47A 1L77A 1QT8A 1P6YA 1PQMA 1L66A 140LA 1L86A 192LA 241LA 1LWKA 225LA 168LA 1L52A 251LA 1D3JA 1DYEA 178LA 4ARQA 3HT7A 212LA 3C7WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TWSA 5JENB 4ZEEA 3A8ZA 227LA 5APDA 1DYAA 1YL0X 2Z6BA 1B7PA 1L88A 1LOZA 1QSAA 1IOSA 1LZNA 1B7RA 3A91A 3SB6A 4LT3A 4I0CA 1J1OY 5C6JA 3C7ZA 1L44A 1LYYA 1QT4A 3CDRA 3GUKA 5KKJA 4J1BA 1OUDA 260LA 1DPXA 2B75A 1OVKA 191LA 1TEWA 243LA 1GF7A 249LA 2ZWBA 1LHJA 4TSCA 2HEDA 5L3IA 1L50A 4I7PA 4K5YA 1JTNA 189LA 1G0LA 2G4QA 3HTGA 4XJGA 1IOTA 1J1PY 1B0DA 1ZWNA 3N9CA 1IOCA 1LMPA 2HTXA 1OVHA 1LZAA 5A3EA 5LA8A 5APEA 1KY1A 1QTHA 1LSDA 2H9KA 1WQNA 2YDGA 3J4GA 3BKVA 2HEAA 5LYZA 1K28A 4XADA 2CWIA 1UCOA 2D91A 4HV1A 5KXKA 1INUA 1WTHA 148LE 2I26L 2Z38A 3A90A 4PRUA 5IDDA 4NEBA 1BWHA 1LZ8A 3CSRA 2W1XA 3G3VA 2F47A 108LA 4WM3A 2DQEY 1OV7A 1RI8B 1C43A 1H6MA 1W08A 1BB7A 1T6VL 4FJRA 1LYGA 4H90A 1B7LA 4NFVA 1LYZA 3G3XA 3CSZA 1IC7Y 2DQGY 1FLQA 4OWBA 1XEPA 4ETCA 1IR8A 1LSYA 186LA 4DQ5A 239LA 1JKAA 1L51A 3NYAA 4J0LA 176LA 2RBOA 1JHLA 1L03A 2LZTA 2ZNXY 1LZRA 3AGGG 3TMVA 3AZ5A 4NGZA 4DC4A 3WPLA 3WU7A 1CJ8A 1Z55A 1LSZA 199LA 1V7SA 2D6BA 5I14A 2OU9A 1LYFA 2G4NA 1B6IA 1L09A 1GB0A 3B0KA 4C5FA 128LA 1L74A 4I7JA 3WPJA 1LZYA 2MEAA 4KT3A 2ANXA 3HH4A 1XJUA 3C83A 257LA 2X0AA 1L70A 4EXMA 2B6XA 1JTOL 1DI5A 1JTMA 1A2YC 1QDTA 1FDLY 5KXSA 4EJ4A 3W6DA 1G07A 1JJ3A 2DQAA 3OK0A 2YBLA 3HU8A 4YM8A 4N9RA 1IWWA 1C6JA 3TMXA 5HLLA 5DN4A 4NSHA 1GF6A 2W1YA 5C6LA 1LZCA 3UONA 1D9WA 132LA 1AT6A 2O4WA 3GUIA 1NKHA 2O79A 3WXTA 1AM7A 3NY9A 3P64A 1P56A 5F14A 162LA 3B0OA 1L42A 130LA 3G3BB 3ZVQB 1OUCA 1HEPA 173LA 4EPFA 3V2YA 3ZEKA 4AQNA 1L57A 1OUIA 4NY5A 1QSWA 1L56A 4DYGA 1TDYA 219LA 3WW6A 3EBAB 2MEEA 1B5ZA 1GEVA 1B5UA 1L62A 3QNGA 4EPIA 157LA 4NGYA 2B70A 3L64A 4H92A 1C6MA 1YKXX 1IWZA 1L30A 4HJVA 1JITA 3A94A 1TCYA 1C6LA 183LA 4O34A 4G4HA 4MR1A 1L43A 1LSPA 2L78A 4YOPA 1D0KA 4CFPA 4NSIA 1L84A 1CV5A 1LZTA 3C8RA 1P5CA 1HEWA 4I7QA 232LA 2LYOA 1L34A 2OTZX 3WPKA 1GFHA 135LA 1L53A 180LA 122LA 5FEKA 3HTDA 1GWDA 4YF2A 2LYZA 2F32A 1ZVHL 4WG1A 2ZILA 4GCFA 1W6ZA 1A4VA 5DN5A 1LKSA 1DXJA 1GBWA 1WQOA 1C10A 1GB9A 1C6NA 5F9XA 5LVKA 167LA 3SB5A 3HH3A 1YAQA 166LA 1BWJA 1IC4Y 3CDTA 3HT9A 1QT3A 1LSFA 2O7AA 2LC9A 2BQDA 3B72A 1CV4A 127LA 1UICA 1GF3A 1NWGA 3AGIA 1HSWA 4BAPA 5AMYA 4H9AA 1HEQA 1L33A 1TLAA 1LWGA 1GF9A 2BQIA 5LXWA 1CKGA 223LA 3GULA 4AGAA 1HFYA 1GFAA 2QB0B 2RBRA 1GFTA 3J6KA 4W57A 1OWYA 4WM6A 3KAMA 2B6TA 3FI7A 4B49A 5KXXA 1L39A 1LZ6A 210LA 1QSQA 1LYOA 4MSTA 5T3FA 1VDQA 4OOTA 3LZTA 3EXDA 4L41A 1G1VA 193LA 144LA 5EBHA 133LA 3HWLA 4XN6A 4DQ7A 5FSTA 3AJNA 3LYTA 1LCNA 192LA 1L86A 3M3UA 1LWKA 225LA 5L9JA 1UC0A 3WVXA 1CNSA 4HTKA 4GN3A 3A3QA 2EQLA 3HT7A 1GB8A 3C7WA 4AXTA 2BAAA 5FDJA 2DKVA 5IHGA 255LA 1LMOA 1KW5A 2ZIJA 1LI3A 4YX7C 4E3UA 4I7OA 4TUNA 1L36A 1L15A 3WULA 1DYCA 1JKDA 3CDVA 1D3FA 1C60A 2BQBA 3VWOA 1CU3A 2BQKA 1L85A 207LA 3P66A 1DKJA 3JR6A 1LI2A 174LA 2YBHA 4H9HA 1P3NA 112LA 216LA 2RBNA 1PZYA 5I4XA 4RLMA 1LAAA 1LJNA 4RLNA 156LA 1IP4A 1OVJA 145LA 172LA 153LA 2NTHA 3LYMA 3RZ4A 1GB7A 1BVXA 2C8PA 4TTDA 1GBSA 4A7DA 3HBHA 5I4WA 1BVKC 2CDSA 3WYHA 4B0DA 181LA 1MLCE 3WH1A 2RBQA 1KXWA 259LA 3DN8A 2Y8PA 1GE4A 1L75A 118LA 2B7XA 3OJPA 4B4IA 2OE4X 1C6CA 3TMWA 5ILCA 3IJUA 4GCEA 3T6UA 5LZMA 1B5YA 217LA 5I53A 3SB8A 3LYOA 2YBJA 1QTCA 141LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4TWS A;  5JEN B;  4ZEE A;  3A8Z A;  227L A;  5APD A;  1DYA A;  1YL0 X;  2Z6B A;  1B7P A;  1L88 A;  1LOZ A;  1QSA A;  1IOS A;  1LZN A;  1B7R A;  3A91 A;  3SB6 A;  4LT3 A;  4I0C A;  1J1O Y;  5C6J A;  3C7Z A;  1L44 A;  1LYY A;  1QT4 A;  3CDR A;  3GUK A;  5KKJ A;  4J1B A;  1OUD A;  260L A;  1DPX A;  2B75 A;  1OVK A;  191L A;  1TEW A;  243L A;  1GF7 A;  249L A;  2ZWB A;  1LHJ A;  4TSC A;  2HED A;  5L3I A;  1L50 A;  4I7P A;  4K5Y A;  1JTN A;  189L A;  1G0L A;  2G4Q A;  3HTG A;  4XJG A;  1IOT A;  1J1P Y;  1B0D A;  1ZWN A;  3N9C A;  1IOC A;  1LMP A;  2HTX A;  1OVH A;  1LZA A;  5A3E A;  5LA8 A;  5APE A;  1KY1 A;  1QTH A;  1LSD A;  2H9K A;  1WQN A;  2YDG A;  3J4G A;  3BKV A;  2HEA A;  5LYZ A;  1K28 A;  4XAD A;  2CWI A;  1UCO A;  2D91 A;  4HV1 A;  5KXK A;  1INU A;  1WTH A;  148L E;  2I26 L;  2Z38 A;  3A90 A;  4PRU A;  5IDD A;  4NEB A;  1BWH A;  1LZ8 A;  3CSR A;  2W1X A;  3G3V A;  2F47 A;  108L A;  4WM3 A;  2DQE Y;  1OV7 A;  1RI8 B;  1C43 A;  1H6M A;  1W08 A;  1BB7 A;  1T6V L;  4FJR A;  1LYG A;  4H90 A; 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