1PQJA

T4 lysozyme core repacking mutant a111v/core10/ta
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNLIFQIGETGVAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title REPACKING THE CORE OF T4 LYSOZYME BY AUTOMATED DESIGN
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqjA00
2RBQA 1L06A 3HTGA 1P2LA 1G1VA 148LE 3SB5A 247LA 167LA 1QTZA 233LA 4S0WA 4W54A 1L0JA 215LA 2Q9EA 262LA 185LA 2O4WA 1L05A 3GUPA 1CV4A 139LA 2RAZX 1L85A 1L99A 2LCBA 1LYDA 1ZWNA 1L75A 1T97A 3DMXA 2B6TA 243LA 195LA 155LA 1L20A 261LA 1CV6A 1C6FA 1L53A 1C6QA 1P56A 4I7JA 234LA 3DNAA 3DMVA 1OYUA 1LI6A 4EKSA 1L62A 1OVKA 142LA 1DYCA 220LA 201LA 4GBRB 216LA 3HH3A 3HUQA 2OU8A 1DYDA 3C83A 3G3VA 1QS5A 254LA 1LYEA 1PQDA 187LA 1ZYTA 3HT8A 171LA 110LA 1C6JA 1P6YA 4W58A 1G0JA 186LA 222LA 1L38A 3G3WA 174LA 1D9WA 107LA 5I14A 2F32A 4ARQB 219LA 1KY0A 1L86A 1JTNA 1DYEA 2O79A 1L58A 169LA 1L45A 246LA 4W52A 1LGUA 2B6YA 3C7ZA 4YX7C 3HTFA 252LA 4LDLA 1L02A 4K5YA 244LA 3C7YA 3JR6A 256LA 2OTZX 4ARMB 1L81A 2LZMA 1P64A 3HT6A 1L0KA 214LA 1L37A 1C67A 1L57A 1C6GA 2RBNA 223LA 1C6TA 144LA 2OE4X 3SB6A 4I7LA 123LA 1L72A 1QTHA 1L79A 1L91A 4I7KA 1L35A 1L26A 1QTBA 229LA 1L21A 4W53A 170LA 1C65A 1L49A 127LA 2O7AA 3V2YA 1L77A 3HUAA 1C60A 1T8FA 1L51A 1C69A 2NTGA 111LA 1L84A 3SB9A 1L64A 118LA 1L47A 1LYIA 3RUNA 3GUMA 131LA 1L66A 1L42A 1QTDA 3C8SA 1TLAA 1PQOA 1L48A 3GUIA 1L89A 109LA 122LA 2QB0B 1L34A 1OVJA 1B6IA 3OE0A 1QUGA 157LA 1L65A 1L23A 152LA 2L78A 1L74A 1P46A 1C6LA 1DYBA 168LA 1SSYA 257LA 1LYFA 172LA 1P5CA 108LA 145LA 1L95A 4I7OA 2B70A 1L56A 1C6NA 4DJHA 1CTWA 1SX7A 4W51A 1CX7A 2B74A 206LA 1L93A 4I7NA 114LA 1C64A 1L52A 239LA 2B6WA 1C6MA 3DN6A 4PK0A 4E97A 1C6BA 1L68A 158LA 1PQIA 1SX2A 156LA 162LA 209LA 1DYFA 175LA 1L41A 4YXCA 1JTMA 1T6HA 120LA 1C63A 1L96A 258LA 182LA 1G0GA 1L59A 1OV7A 1C6DA 4LDOA 1C6IA 205LA 200LA 4LDEA 1C61A 1CUQA 3CDQA 1QUHA 3PDSA 1L14A 1L12A 3GUJA 2B6XA 1L24A 190LA 3FADA 1L46A 3C81A 4GRVA 1OWZA 251LA 3HH4A 129LA 1P37A 4ARQA 1L90A 4DAJA 4EKQA 2OTYX 2OE7X 224LA 3C80A 1G07A 3C8QA 138LA 4DKLA 2B73A 4YXAC 189LA 1D2WA 3L64A 1XJTA 213LA 1D3NA 1DYAA 3HH5A 1C6KA 1L71A 248LA 1LLHA 1QUOA 163LA 221LA 1XJUA 1L87A 3PBLA 2OU0X 128LA 1G0PA 3SB8A 3HTDA 130LA 141LA 4PJZA 1C6EA 1XEPA 225LA 3V2WA 1PQJA 1L01A 1L70A 1QSQA 230LA 4AQNA 3HH6A 1D3JA 1L50A 238LA 232LA 1EPYA 1CUPA 3HU8A 125LA 4EJ4A 253LA 1L00A 1OWYA 173LA 2B75A 2QARC 3OE6A 3DMZA 4W56A 249LA 2RB0X 3DN0A 212LA 2B6ZA 3D4SA 241LA 1LYJA 3NY8A 1L08A 1LI2A 1G0MA 2RAYX 2RBPA 3C8RA 1L54A 2OU9A 2B7XA 1C62A 1L22A 1SWZA 4I7QA 4W59A 1CVKA 3UONA 2CUUA 3DN2A 115LA 1L60A 1L19A 1QTCA 226LA 146LA 112LA 1G0KA 1OV5A 192LA 137LA 1L17A 1L28A 1L18A 161LA 3C82A 103LA 196LA 1C6HA 3ODUA 3DN8A 7LZMA 4I7RA 2HUMA 1L03A 149LA 159LA 183LA 3SB7A 1L36A 3HUKA 2RB1X 4LZMA 1C6AA 1L33A 1K28A 1LWGA 2LC9A 1ZURA 1SWYA 3F8VA 1DYGA 3CDTA 1QT7A 1L69A 178LA 1QSBA 1L83A 140LA 2OE9X 1QT6A 2RBOA 4OO9A 1LWKA 1CV3A 231LA 1P36A 3DN1A 1L92A 236LA 1L40A 1P3NA 2RBRA 4ARPA 3GUOA 1L15A 4IAPA 1KNIA 1L67A 3FA0A 151LA 3CDVA 1L61A 3GUNA 1G1WA 240LA 1L10A 4ARLA 2A4TA 1D2YA 245LA 2Q9DA 1L82A 3OE8A 2RH1A 102LA 126LA 3GUKA 3SBBC 1LYHA 176LA 217LA 2F2QA 3L2XA 113LA 4EKPA 242LA 1P2RA 199LA 218LA 4ZPUA 1L25A 1L16A 1C6PA 1CX6A 1QT8A 2B72A 2Z6BA 1QUDA 2RBSA 3K2RA 1LW9A 3G3XA 1L94A 227LA 1I6SA 1KY1A 3C7WA 1L43A 2RB2X 3DKEX 1L11A 1C66A 1WTHA 1L27A 191LA 104LA 4ARMA 1L80A 2F47A 1L39A 1G0QA 150LA 1LPYA 1L09A 3HU9A 4W55A 188LA 1L32A 1T8AA 3CDOA 1CU5A 1L29A 2NTHA 1LI3A 235LA 6LZMA 181LA 3HT9A 180LA 1QT3A 3NYAA 1G0LA 1KS3A 1QS9A 5LZMA 4W57A 1QTVA 4I7SA 1JQUA 1CV0A 1OVHA 1L30A 1SSWA 4EKRA 1QT5A 1L07A 119LA 1CU6A 4EPFA 4I7TA 1T8GA 1PQKA 2ANXA 1L76A 255LA 1L31A 3SN6R 1PQMA 4I7PA 2HULA 260LA 1CU2A 1KW5A 1L98A 3EMLA 3NY9A 211LA 177LA 3DN3A 1CV5A 1LGXA 1L73A 1L04A 3FI5A 3QAKA 3RZEA 1KW7A 228LA 197LA 2HUKA 3HTBA 164LA 1CU3A 210LA 1LGWA 1CV1A 237LA 1CU0A 2ANVA 4EPIA 1QT4A 4I7MA 3VW7A 1L97A 147LA 1L55A 1L63A 3CDRA 3HWLA 1L88A 3HT7A 3HDFA 3F9LA 4EXMA 143LA 3LZMA 1P7SA 166LA 3OE9A 3SBAA 165LA 2IGCA 1C6CA 3HDEA 1G06A 198LA 1D3MA 1L13A 160LA 3GULA 1C68A 250LA 1NHBA 2OEAX 3DN4A 1LYGA 1L44A 1D3FA 4ARJA 184LA 259LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RBQA 4H94A 3A67Y 1GBWA 148LE 1LHKA 5F9XA 4S0WA 4W54A 2MECA 1L99A 1IOCA 243LA 155LA 1QUSA 1L20A 1LMQA 1L53A 4I7JA 234LA 3QNGA 1OVKA 4HPEA 4GBRB 216LA 3HH3A 3LYMA 4YM8A 4GN4A 1KXWA 2C8OA 3LYZA 4OW1A 2BQJA 1DQJC 4RLMA 4QY9A 4N1EI 1UIBA 1JTTL 1LJIA 1P6YA 5IDDA 3W6FA 107LA 1KY0A 4OWBA 3A3RX 1DI3A 1L58A 1IC7Y 246LA 4GCDA 3C7ZA 1LHLA 3HTFA 4N9RA 1NQIA 1CJ7A 1HSWA 5EBHA 2CGIA 4LDLA 4K5YA 3RU5A 2HEBA 2Z12A 3C7YA 1F6RA 256LA 1OUIA 1EQ4A 2LZMA 1GF8A 1GB2A 2BQGA 3WXTA 1L57A 1UICA 1WVVA 4TSCA 1B7QA 1HFXA 1LSBA 4B0DA 4I0CA 2BLXA 1J1PY 4I7LA 1GDXA 2LHMA 1DI5A 4M6DA 1IP6A 1GFEA 4I7KA 1DXJA 4CJ2A 4PRQA 1IO5A 127LA 3AW7A 3CT0A 1IP5A 111LA 1GE4A 1LZ6A 1L47A 1OQMA 1LYIA 4GLVA 4J1AA 2YBMA 1L66A 3RZ4A 1LJNA 122LA 2BQAA 1DKKA 4HTNA 1FLWA 4ETAA 3AGHA 2L78A 1DYBA 4H9AA 4HJYA 172LA 1LSEA 4OWAA 4I7OA 1L56A 1C6NA 2BQNA 2B74A 206LA 1GF9A 4H8YA 1D0KA 4CHXA 4H92A 5IELA 153LA 1AZFA 1WVUA 2MEHA 4H90A 5ILCA 3WULA 5LVKA 3ATOA 1GF0A 1L68A 158LA 4LGKA 175LA 1GXXA 4LT1A 1C63A 1L96A 1IP3A 1CKDA 2YSSC 1C6DA 4W96A 4LDEA 3PDSA 2Z39A 3RW8A 1CNSA 1D0MA 2ZWBA 4NFVA 1HEMA 4EKQA 2OE7X 224LA 3C80A 3C8QA 3HBEX 4LYTA 3SP3A 189LA 1GF4A 3L64A 4NGIA 248LA 3W3EA 2DQIY 3TMXA 163LA 1XJUA 1REYA 1V7SA 1KIQC 130LA 4PJZA 3AZ6A 1YKYX 1B2KA 1PQJA 1L01A 1LZ9A 1YAOA 1RJCB 2D91A 1EPYA 2H9KA 2W1XA 125LA 253LA 1L00A 2XBRA 3DN0A 2RB0X 2YBIA 4XJHA 1LZAA 1LYJA 1SQ2L 3AJNA 3NY8A 1L08A 4DDCA 1UIAA 3WW5A 3D3DA 5HLLA 1L22A 1SWZA 4I7QA 1XGQC 1LMOA 2CUUA 1IY4A 3DN2A 1L19A 1LSPA 1QTCA 5KXLA 146LA 2BQHA 1OV5A 1OUHA 1INUA 1YROA 4GCCA 2EIZC 3P65A 2HUMA 5F81A 5A3ZA 4XENA 1GFRA 2RB1X 3W6BA 1OUAA 5HMJA 3CDTA 4NG8A 1GAYA 1L69A 2ZQ3A 5FSTA 1QTEA 1QSBA 4C5FA 1GE2A 1GB6A 1B7MA 1IY3A 1CV3A 1GF5A 3DN1A 4W94A 3B0OA 236LA 2RBRA 1LSNA 2EPEA 1LOZA 2H9JA 3CDVA 5FHWA 5LA8A 3GUNA 1G1WA 4UWUA 1UIHA 2A4TA 1OUDA 4WO9A 245LA 4ANRA 1L82A 3OE8A 5E9RA 102LA 126LA 1YAPA 1PZYA 4NGOA 4B4IA 199LA 4GCBA 1JTPL 1L25A 1JSFA 1LYOA 3B0KA 2B72A 5I53A 1B7OA 5D5FA 1MELL 1C43A 4WG1A 4H8ZA 1KY1A 5I54A 4NG1A 1JPOA 2MEDA 1LZTA 1L27A 1XFPL 5LVJA 104LA 1L39A 1YL1X 1C7PA 5APDA 7LYZA 1LCNA 188LA 1JTOL 4W55A 5JENB 2XBSA 1CU5A 1L29A 2NTHA 235LA 2IHLA 1IP1A 181LA 1LZNA 2I25L 3HT9A 1NWGA 1GFKA 3A6CY 1QS9A 1QTVA 4B4JA 1XGRC 1JQUA 3A95A 1GBOA 3WH1A 4WM6A 1G7HC 1LMNA 1L07A 2BQBA 1LYSA 5FDJA 3WXUA 4H9FA 3P4ZA 2ANXA 2G4NA 4I8SA 255LA 1IP4A 4DWXA 1YAMA 4I7PA 2HULA 260LA 4EMNA 2XJWA 5KXWA 2ZILA 1GF6A 1ZVHL 2ZQ4A 5LXWA 1DI4A 4XJFA 5DL9A 1L73A 1L04A 3FI7A 3FI5A 5LVIA 3CSZA 4PHIA 164LA 1LJGA 1CU3A 1LGWA 1CU0A 5F14A 2D4IA 1UACY 2ANVA 4EPIA 4FJRA 1L97A 147LA 3CDRA 3WU9A 3ZEKA 2YBJA 143LA 3LZMA 1P7SA 1NMMA 3OE9A 1GBSA 3FE0A 1C6CA 135LA 4NHQA 3M18B 3TXKA 5II3A 5LYTA 3LZ2A 1T6VL 1C68A 1NHBA 2OEAX 4G4BA 2D6BA 1IR9A 4RW2A 259LA 1L06A 3HTGA 4KL7A 1CJ8A 5LIOA 5KXTA 4TX7A 167LA 1G7JC 1L0JA 215LA 4H93A 2Q9EA 262LA 1L05A 139LA 1L85A 2LCBA 5FCPA 2D4JA 2N5ZA 1L75A 3DMXA 2B6TA 195LA 3CSRA 2DQEY 261LA 3DMVA 1LI6A 4YEOA 4IJ4A 1LZYA 1NF5A 4DDAA 220LA 4YENA 2ZNWY 2OU8A 4KPMA 1GB9A 1QS5A 254LA 1LYEA 1HF4A 1PQDA 110LA 1IWVA 1VDSA 4W58A 186LA 222LA 3G3WA 4ARQB 1L86A 1ZV5L 2O79A 169LA 5LA5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RBQ A;  4H94 A;  3A67 Y;  1GBW A;  148L E;  1LHK A;  5F9X A;  4S0W A;  4W54 A;  2MEC A;  1L99 A;  1IOC A;  243L A;  155L A;  1QUS A;  1L20 A;  1LMQ A;  1L53 A;  4I7J A;  234L A;  3QNG A;  1OVK A;  4HPE A;  4GBR B;  216L A;  3HH3 A;  3LYM A;  4YM8 A;  4GN4 A;  1KXW A;  2C8O A;  3LYZ A;  4OW1 A;  2BQJ A;  1DQJ C;  4RLM A;  4QY9 A;  4N1E I;  1UIB A;  1JTT L;  1LJI A;  1P6Y A;  5IDD A;  3W6F A;  107L A;  1KY0 A;  4OWB A;  3A3R X;  1DI3 A;  1L58 A;  1IC7 Y;  246L A;  4GCD A;  3C7Z A;  1LHL A;  3HTF A;  4N9R A;  1NQI A;  1CJ7 A;  1HSW A;  5EBH A;  2CGI A;  4LDL A;  4K5Y A;  3RU5 A;  2HEB A;  2Z12 A;  3C7Y A;  1F6R A;  256L A;  1OUI A;  1EQ4 A;  2LZM A;  1GF8 A;  1GB2 A;  2BQG A;  3WXT A;  1L57 A;  1UIC A;  1WVV A;  4TSC A;  1B7Q A;  1HFX A;  1LSB A;  4B0D A;  4I0C A;  2BLX A;  1J1P Y;  4I7L A;  1GDX A;  2LHM A;  1DI5 A;  4M6D A;  1IP6 A;  1GFE A;  4I7K A;  1DXJ A;  4CJ2 A;  4PRQ A;  1IO5 A;  127L A;  3AW7 A;  3CT0 A;  1IP5 A;  111L A;  1GE4 A;  1LZ6 A;  1L47 A;  1OQM A;  1LYI A;  4GLV A;  4J1A A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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