1PQMA

T4 lysozyme core repacking mutant v149i/t152v/ta
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqmA00
3SBBC 4ARPA 2LC9A 163LA 3G3VA 1C6NA 2RH1A 1L56A 1L88A 1L83A 1DYDA 1QTCA 1QUGA 2OU0X 4DJHA 4I7TA 4W51A 1C6AA 1L99A 1C66A 1L60A 122LA 1L49A 1L07A 2B6XA 242LA 1LYIA 1L01A 3SB8A 2B6WA 212LA 4LDLA 1T8FA 180LA 3HWLA 3FA0A 239LA 107LA 1LW9A 1C6BA 3HU8A 1KW7A 140LA 173LA 167LA 3HT6A 3DMZA 4EXMA 1XJTA 130LA 1LYFA 1QTVA 144LA 3PDSA 1L90A 2OEAX 1L35A 4S0WA 1SSWA 1G07A 1L75A 1T6HA 2F2QA 1T8AA 2OE4X 2OTZX 4LDEA 3D4SA 1LPYA 1L38A 2OU9A 3DN6A 4AQNA 3GUNA 3GULA 128LA 3K2RA 3G3XA 1OVHA 4EPFA 3GUKA 249LA 131LA 3CDRA 2NTGA 1SWYA 1CU0A 2B72A 4I7LA 183LA 1C6JA 1P46A 1OV5A 211LA 1L03A 1P7SA 4W57A 1L85A 1CX6A 218LA 1P3NA 1L94A 1C6DA 1SSYA 1L22A 3DMXA 4LZMA 3DMVA 209LA 129LA 3HUKA 4GBRB 1LI6A 176LA 1TLAA 171LA 1P2RA 1L51A 1L70A 1I6SA 1LWGA 1C6CA 200LA 2LZMA 210LA 1G0PA 2IGCA 3HUQA 259LA 3HDFA 1T97A 3DN8A 1L43A 109LA 1L27A 1QSBA 1C65A 1L31A 3C8QA 5LZMA 1C6MA 4E97A 150LA 3GUIA 4EKRA 3L64A 1C69A 1P2LA 1L61A 3HDEA 1L55A 1G0JA 1L68A 186LA 1L30A 1L81A 1DYAA 1LWKA 1QT4A 2B74A 1L34A 1QT7A 4YXAC 262LA 1C6HA 1C62A 3OE0A 4EKSA 1CU6A 2RBSA 3HUAA 3RZEA 1L14A 4W54A 170LA 168LA 1CV6A 2OTYX 253LA 1L97A 2NTHA 1G0QA 1L42A 2Q9EA 3NYAA 2CUUA 258LA 1C6GA 4IAPA 174LA 4OO9A 1C64A 1L74A 237LA 2RAZX 3CDTA 3DKEX 192LA 2HUKA 158LA 233LA 1L96A 4YX7C 222LA 138LA 1L92A 2RBPA 4I7RA 1G1WA 261LA 1L71A 201LA 1DYBA 1CX7A 4K5YA 4I7OA 157LA 4I7QA 1L02A 1CU2A 1L20A 4W56A 143LA 1KS3A 1L58A 189LA 3V2WA 1PQMA 104LA 1B6IA 1QUHA 255LA 1L41A 1LGWA 2RBNA 181LA 188LA 1QS5A 1L06A 1L89A 1QTHA 1PQIA 1D2YA 1ZURA 102LA 125LA 2A4TA 1LGXA 3NY8A 3GUOA 3OE9A 3C8RA 3JR6A 238LA 3GUMA 248LA 3DN1A 1CVKA 2L78A 3HH5A 1DYEA 1OVKA 187LA 1L53A 1L46A 1L12A 1L32A 1OWZA 3HH3A 4I7JA 234LA 1CV1A 206LA 1LYHA 2B73A 190LA 1C6PA 1L72A 3DN3A 108LA 2B75A 1L10A 1L24A 4GRVA 1L64A 1CV4A 3HU9A 1C6LA 1SX2A 1L76A 1LYEA 199LA 3C81A 1L77A 1L98A 2RAYX 1L91A 1WTHA 1G0LA 1L54A 2QARC 3NY9A 2RBRA 3VW7A 1JTNA 4YXCA 1L39A 1OYUA 256LA 1C68A 3C7WA 1QSQA 2O7AA 1KNIA 1L0JA 1L59A 145LA 246LA 226LA 1XJUA 1L84A 216LA 3F8VA 127LA 3DN4A 1L18A 3SBAA 3HT7A 1OWYA 2Q9DA 2QB0B 1L0KA 1C61A 2OE9X 1L47A 1QS9A 1C6KA 2F32A 225LA 4I7KA 3C7YA 243LA 3CDVA 1EPYA 1G1VA 1KY1A 1QUOA 4PJZA 1CTWA 1CUQA 3HTFA 4I7SA 2RB1X 1D3NA 2RB2X 1QT3A 257LA 1L26A 2B70A 2B7XA 3DN0A 1G06A 7LZMA 184LA 2ANXA 1LI3A 1D2WA 1L86A 1DYGA 1PQDA 3V2YA 223LA 3DN2A 4ARJA 1D3FA 1ZWNA 123LA 4PK0A 3SN6R 2B6YA 4W55A 1LYDA 111LA 169LA 1QT8A 195LA 155LA 245LA 235LA 1L25A 3ODUA 4DAJA 2Z6BA 1L50A 4W53A 198LA 1L79A 1L62A 217LA 1L15A 160LA 3HT8A 4EJ4A 3G3WA 1T8GA 1L33A 1L63A 1LI2A 4EKQA 1L45A 1L04A 120LA 147LA 1L29A 3HH4A 1CU5A 1SWZA 1CV5A 1D9WA 244LA 220LA 2HUMA 2F47A 182LA 139LA 1L80A 3FI5A 1L65A 224LA 137LA 1L16A 3L2XA 214LA 2ANVA 1LYJA 3C80A 178LA 1C6TA 3HT9A 2B6ZA 1P37A 3F9LA 1L67A 1L17A 1L82A 1L13A 1C6QA 114LA 250LA 3FADA 3RUNA 1L00A 260LA 149LA 1L09A 4I7MA 3CDQA 4ARQA 6LZMA 1OVJA 241LA 3C83A 4I7PA 4ARMA 162LA 1ZYTA 1L08A 240LA 3UONA 3HTBA 119LA 2OU8A 148LE 1L11A 3OE8A 219LA 2RBOA 3SB9A 156LA 213LA 1L87A 1L05A 110LA 1KW5A 4EKPA 2B6TA 1L95A 1KY0A 1L37A 1XEPA 228LA 1QTBA 1L93A 205LA 166LA 1L52A 2OE7X 1C63A 1LGUA 236LA 1C60A 159LA 1CV0A 3HH6A 1L69A 1SX7A 2O79A 4W52A 1JQUA 2RB0X 1LYGA 1DYFA 1QTDA 146LA 197LA 1L57A 252LA 185LA 1QT5A 3SB7A 1CU3A 3PBLA 1L19A 1C6FA 1C6EA 1QTZA 3C7ZA 1P5CA 1PQKA 2RBQA 3C8SA 3CDOA 1L44A 254LA 3SB5A 1NHBA 1P36A 3HTGA 247LA 1PQJA 113LA 112LA 230LA 1QT6A 1G0GA 215LA 3GUPA 191LA 2LCBA 1L73A 164LA 4ARLA 4W58A 165LA 1D3MA 1L40A 1JTMA 2HULA 1CV3A 1K28A 172LA 5I14A 2O4WA 4ZPUA 175LA 229LA 221LA 1L48A 115LA 3GUJA 231LA 4DKLA 196LA 1PQOA 3HTDA 1G0KA 1L66A 3SB6A 1L21A 1OV7A 4I7NA 4W59A 3DNAA 1D3JA 3OE6A 1C67A 1P56A 3C82A 141LA 1P6YA 1QUDA 103LA 1C6IA 3LZMA 3QAKA 1L36A 142LA 4LDOA 1DYCA 1P64A 1G0MA 1LLHA 118LA 1L23A 232LA 126LA 3EMLA 151LA 227LA 152LA 1L28A 4ARQB 161LA 1CUPA 4EPIA 251LA 4ARMB 177LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XFPL 3HFMY 2RH1A 3F6ZA 1QTCA 1IC7Y 4I7TA 1G7HC 1GFGA 122LA 154LA 4NWHA 1HEPA 1LYZA 2ZIJA 1OUDA 2HTXA 4DD3A 4EOFA 180LA 4NSGA 4NGYA 1LW9A 1INUA 2PC2A 2BQEA 3HU8A 173LA 167LA 130LA 1JTTL 1LYFA 144LA 1KIPC 5FELA 2OEAX 1L35A 4GCCA 1B0DA 4H94A 4N1CC 1IEEA 128LA 4FJRA 3A92A 1G7JC 1G7IC 1LZ9A 2D6BA 2YBJA 4KL7A 183LA 1C6JA 1KXWA 1V7SA 211LA 1L03A 1P7SA 1DZBX 1LSBA 1L94A 4LZMA 4A7DA 1LHHA 1TLAA 1T3PA 171LA 1P2RA 1YL0X 4DDCA 5KKIA 1LWGA 1B5VA 2IGCA 3HUQA 1IWUA 1L43A 109LA 1L27A 3B0IA 1XEJA 1QSBA 2X0AA 1P2LA 3RU5A 5J7CA 3A3RX 4O34A 1L81A 5FSTA 1QT7A 262LA 1C6HA 1C62A 1GEVA 4BAPA 4FDYA 1F6SA 2Z2EA 1L14A 2IFFY 2W1YA 168LA 2OTYX 4H9HA 253LA 1IP1A 2NTHA 1B7LA 4NY5A 1XGPC 3A93A 4LT3A 3TMVA 2I25L 5LXWA 1GFTA 1LJIA 1L74A 3DKEX 1GE2A 192LA 1B7RA 4ET8A 1LMPA 4YX7C 138LA 1F0WA 4TX7A 1G1WA 261LA 1L71A 5HNLA 1CX7A 4OWEA 2BQJA 1JPOA 1KS3A 2HEFA 104LA 1B6IA 4TSBA 1IP4A 1JISA 1LGWA 1B5UA 4H9EA 1L06A 3BKHA 1YIKA 4H92A 2G4NA 3OE9A 3RT5X 238LA 3D3DA 1B9OA 3HH5A 1DYEA 2Z38A 1IWVA 1L53A 1OWZA 3TXKA 4HTKA 1LCNA 1LYHA 4B0DA 1JSFA 1LYOA 3B6LA 2VB1A 3DN3A 4XYYA 4PRQA 1DKKA 1L76A 2ZWBA 3OJPA 3C81A 1L54A 153LA 3VW7A 1JSEA 1JTNA 5B06A 1XSFA 4OWCA 1L39A 256LA 133LA 1C68A 2N5ZA 226LA 1GB0A 1HELA 1XJUA 3F8VA 2YBLA 1GE1A 1AZFA 4XJDA 3DN4A 4C5FA 3SBAA 2BQOA 1IY4A 3WMKA 1L0KA 2AUBA 1HC0A 1ZV5L 6LYZA 225LA 5FHWA 1W08A 2ZYCA 243LA 4HJYA 1LJ3A 1CTWA 1CUQA 5LIOA 4WG1A 2RB2X 4LYBA 3AZ7A 4ZFPA 1G06A 4LYZA 5APDA 1GE3A 1L86A 2Z12A 1OUGA 1GF3A 2ZQ3A 4ARJA 4LYMA 1ZWNA 4PK0A 3SN6R 195LA 155LA 2Z6BA 1TBYA 1XEIA 1L62A 1L15A 160LA 3HT8A 4WO9A 1YKYX 2BLYA 4HPEA 5LVHA 8LYZA 1LI2A 3M3UA 3HBDA 4N5RA 1CV5A 1D9WA 244LA 2HUMA 3FI5A 4NGVA 1L65A 1LAAA 1C08C 2GV0A 2YDGA 4HTQA 1LKSA 3P65A 2IHLA 1VFBC 4HP0A 4NSJA 1GFVA 1GF7A 1C6QA 1L13A 1FLQA 1LJEA 3RUNA 2W1LA 149LA 3CDQA 4WLYA 3C83A 4I7PA 4ZEEA 1CKCA 162LA 1HENA 148LE 2H9KA 1IP5A 3SB9A 5LA8A 3WYHA 2HEAA 1KW5A 4EKPA 2B6TA 1B2KA 1KY0A 1XEPA 5LVIA 4RLMA 228LA 2DQJY 5LAGA 1VEDA 1L93A 4CHXA 4DD7A 2C8PA 1LHJA 1SQ2L 1C63A 2ZYPA 3HH6A 1HFZA 2O79A 2Q0MX 1D6PA 3A95A 1DYFA 1GDWA 1LJFA 197LA 4GLVA 4WM4A 1QT5A 2I6ZA 1LZ6A 3AW6A 2RBQA 1LYYA 6LYTA 3CQLA 4CFPA 1L44A 254LA 1P36A 1JEFA 4HJVA 113LA 4LYOA 1G0GA 193LA 1LZ8A 165LA 3W6EA 1BVKC 1CKGA 4NGOA 1ZMYL 1QDTA 2O4WA 2BQNA 1L48A 1WQMA 1CNSA 1GXXA 3GUJA 4DKLA 196LA 1LZBA 4J7VA 1C43A 1L66A 5HQ1A 1OV7A 2BQKA 3DNAA 3A94A 1D3JA 1IO5A 1UBZA 1BB7A 1P56A 3C82A 4XENA 3TXFA 4NHIA 2ZIKA 103LA 1LZ4A 1NDGC 2DQIY 142LA 4XN6A 1P64A 1GFEA 3RZ4A 4ARQB 5EBHA 161LA 4EPIA 3SBBC 1D9UA 3WUNA 3IWRA 1L83A 1DYDA 1QUGA 2CJLA 2OU0X 1GAZA 5APFA 4PGJB 4W51A 194LA 1FLUA 1L49A 1C45A 5KXPA 1LYIA 1L01A 3SB8A 2B6WA 4GN3A 2ZQ4A 1UIFA 2A7DA 239LA 3MGWA 2BLXA 1KW7A 4EXMA 1XJTA 4LT1A 2DQGY 2MEDA 1VDQA 4S0WA 1SSWA 1TAYA 3AB6A 1FKVA 4WM2A 3D4SA 4B4IA 4NGLA 2CDSA 3GUNA 3K2RA 3G3XA 5KXLA 4EPFA 1QSAA 3GUKA 4OW1A 249LA 1OUBA 1GFKA 2B72A 1IWWA 4I7LA 3ULRA 1LSYA 5C6LA 5LA5A 1P3NA 1C6DA 1SSYA 1L22A 1B5YA 2FBDA 2W1MA 1EQEA 5F9XA 1I1ZA 4L41A 1GB2A 5IHGA 1WVVA 1L51A 1GB6A 2XBSA 1HMKA 3RW8A 1C6CA 4N8ZA 210LA 1NBYC 3WU7A 3HDFA 1T97A 1HERA 1C65A 3C8QA 5LZMA 4E97A 150LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XFP L;  3HFM Y;  2RH1 A;  3F6Z A;  1QTC A;  1IC7 Y;  4I7T A;  1G7H C;  1GFG A;  122L A;  154L A;  4NWH A;  1HEP A;  1LYZ A;  2ZIJ A;  1OUD A;  2HTX A;  4DD3 A;  4EOF A;  180L A;  4NSG A;  4NGY A;  1LW9 A;  1INU A;  2PC2 A;  2BQE A;  3HU8 A;  173L A;  167L A;  130L A;  1JTT L;  1LYF A;  144L A;  1KIP C;  5FEL A;  2OEA X;  1L35 A;  4GCC A;  1B0D A;  4H94 A;  4N1C C;  1IEE A;  128L A;  4FJR A;  3A92 A;  1G7J C;  1G7I C;  1LZ9 A;  2D6B A;  2YBJ A;  4KL7 A;  183L A;  1C6J A;  1KXW A;  1V7S A;  211L A;  1L03 A;  1P7S A;  1DZB X;  1LSB A;  1L94 A;  4LZM A;  4A7D A;  1LHH A;  1TLA A;  1T3P A;  171L A;  1P2R A;  1YL0 X;  4DDC A;  5KKI A;  1LWG A;  1B5V A;  2IGC A;  3HUQ A;  1IWU A;  1L43 A;  109L A;  1L27 A;  3B0I A;  1XEJ A;  1QSB A;  2X0A A;  1P2L A;  3RU5 A;  5J7C A;  3A3R X;  4O34 A;  1L81 A;  5FST A;  1QT7 A;  262L A;  1C6H A;  1C62 A;  1GEV A;  4BAP A;  4FDY A;  1F6S A;  2Z2E A;  1L14 A;  2IFF Y;  2W1Y A;  168L A;  2OTY X;  4H9H A;  253L A;  1IP1 A;  2NTH A;  1B7L A;  4NY5 A;  1XGP C;  3A93 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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