1PQMA

T4 lysozyme core repacking mutant v149i/t152v/ta
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 163
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqmA00
2B72A 2CUUA 1C64A 220LA 138LA 3DMZA 1OV5A 3OE9A 1XJUA 1WTHA 108LA 222LA 1SX2A 2QB0B 1LI2A 1SX7A 1DYCA 3DNAA 190LA 1L11A 3GUNA 3L2XA 3F9LA 169LA 1L91A 115LA 160LA 4EKQA 1L48A 1C66A 187LA 3OE0A 1LGXA 195LA 2A4TA 3SBBC 1L16A 1L22A 3C7ZA 1C6PA 1CV0A 1L0JA 261LA 3HTDA 3HT9A 196LA 4I7OA 3DN4A 1OWYA 1EPYA 3C8RA 1LYIA 1CV3A 1QTHA 1C6GA 1L39A 128LA 1L90A 2RBSA 163LA 5LZMA 1L30A 4AQNA 3C82A 2RBRA 1L32A 3HH3A 3HT6A 4I7MA 1L00A 2B6XA 3SB5A 125LA 112LA 107LA 3FI5A 4DJHA 2RB1X 1L23A 1L75A 1QSQA 1D9WA 253LA 1L85A 1L34A 1I6SA 1ZWNA 243LA 109LA 2RBOA 1L13A 1XJTA 3G3VA 4W54A 3RUNA 1L19A 3L64A 2RAZX 191LA 1C6TA 178LA 1KNIA 3GUKA 1L62A 2O4WA 1B6IA 1L27A 1L58A 3HT7A 1L50A 3EMLA 1L07A 3C7YA 1L83A 3V2YA 4W55A 127LA 122LA 2B6YA 3F8VA 3DKEX 3UONA 4EPFA 1L15A 4ARMB 3HTBA 3VW7A 129LA 3V2WA 1P5CA 3LZMA 1C6EA 1G0QA 246LA 1T8AA 1L94A 4PK0A 2RH1A 1L57A 102LA 224LA 1KY0A 252LA 1L76A 1P64A 4LDLA 1LYGA 240LA 4E97A 3HH4A 1L35A 1L92A 3GUOA 126LA 1C69A 141LA 123LA 151LA 118LA 1XEPA 219LA 186LA 200LA 147LA 137LA 3FA0A 1L77A 235LA 1LGUA 1CU0A 1D2WA 1C6IA 1DYEA 1G07A 3NY9A 2Q9EA 215LA 1QTVA 1D3NA 4YXCA 262LA 3DN3A 1L42A 1QTCA 1DYAA 1L18A 1L52A 1L67A 258LA 181LA 4ARQB 1CV6A 165LA 1C62A 3HUAA 1KY1A 1L45A 1L64A 1L37A 149LA 239LA 4I7TA 4LZMA 1OVHA 161LA 1D2YA 1SSYA 3G3XA 3HTGA 1L93A 3ODUA 218LA 4I7JA 1L49A 1C6QA 1L87A 1CVKA 1C6NA 4ARJA 2F2QA 176LA 1L51A 1QS5A 139LA 2QARC 237LA 1QT4A 230LA 1CU2A 1L98A 245LA 238LA 244LA 2LZMA 3HH6A 119LA 2B74A 4IAPA 1P36A 1DYDA 242LA 2OTYX 1P7SA 1L38A 2NTGA 1DYBA 211LA 1QT8A 255LA 1LYJA 2IGCA 2OU0X 1T8FA 1P3NA 1L61A 1ZYTA 1P6YA 4PJZA 1PQOA 1L95A 1L10A 1L97A 4W52A 1JQUA 3G3WA 260LA 2OEAX 1L41A 2LC9A 3SB8A 225LA 2B6TA 1L96A 4W57A 131LA 1P37A 3SBAA 3C81A 2HULA 1KW7A 254LA 4EKRA 1G0LA 232LA 3DMXA 1LI6A 1LGWA 1JTMA 1L20A 1LYEA 221LA 2RB0X 3HUQA 4I7LA 229LA 3OE8A 1D3FA 2OE9X 3DN0A 1PQJA 4ARPA 1OVKA 1L70A 1C65A 164LA 1ZURA 2B7XA 1CUPA 4W59A 1SWZA 3GUJA 1L05A 3FADA 1TLAA 3GUMA 1C63A 7LZMA 1C6LA 1T6HA 1G0MA 167LA 1L25A 1QT6A 1L44A 1L55A 4K5YA 4EPIA 1PQKA 177LA 2HUKA 2LCBA 1C6FA 4GRVA 1CV1A 2OTZX 1G1VA 1L66A 140LA 1CX7A 192LA 3CDQA 1L24A 156LA 1C6AA 231LA 1QUHA 1L86A 1L31A 3SB7A 159LA 3C80A 1L81A 1G06A 1G0PA 1CX6A 1L06A 259LA 1CU5A 2B6WA 104LA 247LA 175LA 1SWYA 1QTDA 227LA 1T8GA 1L09A 171LA 1L68A 1QS9A 113LA 183LA 2O79A 1L82A 1T97A 1LI3A 250LA 1L79A 148LE 3CDTA 4S0WA 180LA 1L28A 4GBRB 223LA 1DYFA 1L74A 1OYUA 1QUDA 198LA 166LA 3PDSA 257LA 168LA 1L72A 1NHBA 1P56A 1DYGA 1PQMA 2B70A 189LA 2Z6BA 226LA 120LA 1L69A 170LA 4I7KA 214LA 1C67A 1L03A 1G0JA 217LA 3RZEA 4I7PA 1CU6A 233LA 1C6MA 2HUMA 1QT7A 3SB9A 241LA 3DN6A 172LA 1OWZA 162LA 4I7RA 1L65A 114LA 4YX7C 3CDVA 1L14A 1CV4A 3C8SA 3HDFA 1KS3A 142LA 197LA 1L01A 4ZPUA 1L08A 4ARMA 1P2LA 1L59A 3NY8A 1L53A 2B73A 1QUOA 4LDEA 1L40A 2F47A 4DAJA 3JR6A 1L73A 3D4SA 1C6JA 144LA 1JTNA 1QT3A 2ANXA 2RBNA 1G1WA 1PQDA 3HTFA 3HT8A 3OE6A 2Q9DA 3HU9A 1LYHA 4EJ4A 3CDOA 248LA 182LA 1P2RA 1C68A 3PBLA 2RB2X 2NTHA 1LYDA 1C6HA 4I7SA 2RAYX 4W51A 1OVJA 3SB6A 4EKSA 184LA 1L21A 1G0GA 1D3MA 1L02A 1LLHA 256LA 1QTBA 6LZMA 2RBPA 1LPYA 3DN1A 201LA 3NYAA 2L78A 3K2RA 1L36A 1L17A 1L54A 209LA 1QT5A 1CTWA 3HDEA 3GUIA 3HWLA 2OE4X 3HUKA 1L04A 4LDOA 4ARLA 4ARQA 111LA 173LA 185LA 228LA 1C6KA 212LA 4EXMA 174LA 251LA 3HU8A 1C6CA 1LW9A 4YXAC 1OV7A 158LA 249LA 1CU3A 1L26A 2ANVA 1SSWA 1QUGA 1L43A 1L56A 1L84A 3DN2A 150LA 146LA 3DN8A 1L47A 3C83A 1L88A 2RBQA 145LA 2B6ZA 1L89A 1QTZA 1L0KA 1L60A 4EKPA 1D3JA 1LWKA 1C60A 4W53A 143LA 1KW5A 155LA 1L63A 4OO9A 2OU9A 1C6DA 199LA 236LA 1LWGA 2B75A 130LA 152LA 1G0KA 3QAKA 234LA 3GULA 3DMVA 206LA 157LA 3GUPA 2F32A 110LA 3CDRA 188LA 5I14A 1K28A 1CV5A 210LA 1L80A 4W58A 1L12A 4DKLA 1L33A 1L71A 4I7NA 3C7WA 4I7QA 205LA 1CUQA 1L99A 213LA 1PQIA 1L46A 1C61A 216LA 3SN6R 1C6BA 2OE7X 3HH5A 2OU8A 2O7AA 1LYFA 1P46A 1QSBA 103LA 3C8QA 4W56A 1L29A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IOCA 2B72A 4GCFA 1C64A 1LJKA 108LA 1LMNA 2QB0B 1BWHA 1SX7A 3WVYA 1YANA 2LHMA 115LA 4EKQA 4B4JA 187LA 3OE0A 1LGXA 4ETCA 3C7ZA 1C6PA 3HFMY 3HT9A 196LA 2YBJA 4I7OA 4NGKA 1OWYA 1AT6A 1L39A 2BQBA 1L90A 5KXLA 1LHMA 4AQNA 1JUGA 2F4GA 4XJBA 1B7LA 3C82A 2RBRA 5C6JA 1WQMA 1LSPA 5HQ1A 112LA 107LA 4DJHA 1ZVYB 1QSQA 5DL9A 3WW6A 4PHIA 2HEBA 253LA 3EXDA 1XJTA 4W54A 3TMUA 1REMA 1KNIA 1JKAA 4ETBA 1UIDA 3EMLA 1L07A 3C7YA 1L83A 4W55A 1JJ0A 1LZBA 6LYZA 1GF9A 4Z98A 1GFTA 3CSZA 2IFFY 3J6KA 1P5CA 1C6EA 1T8AA 5LINA 4N0JA 102LA 4WLDA 1QQYA 4DD3A 4AXTA 1LMPA 1W08A 2MEEA 4YF2A 3ULRA 3W3EA 1B5VA 4PPOA 4E3UA 1WTNA 1AT5A 3FA0A 1GB3A 1LGUA 4G9SA 1JTOL 2Q9EA 3RZ4A 262LA 3DN3A 1DYAA 1T6VL 1LZTA 4ETDA 181LA 7LYZA 4ZIXA 2YVBA 5DN4A 5A3EA 4NGLA 4WLTA 1BB7A 4WM1A 1L93A 218LA 4I7JA 1C6QA 1XSFA 2F2QA 2DQGY 2ZILA 1WQNA 176LA 1KIPC 5J7CA 1QT4A 4TTDA 1DXJA 1CU2A 1B7QA 5B59A 238LA 3HH6A 1EL1A 119LA 3D3DA 1IWYA 1IOSA 1UACY 2BQJA 255LA 4H92A 4TSBA 1LYJA 4LYZA 4R0FA 3IJVA 1PQOA 1L95A 4W52A 4DYGA 4YENA 3LN2A 1HSWA 2B6TA 5F14A 5KXMA 3TXBA 3SBAA 2HULA 1KW7A 254LA 4EKRA 1G0LA 1LZEA 1LI6A 1HFZA 1OUCA 1LJGA 2BQGA 1IR7A 3DN0A 1HEPA 1WTMA 4TUNA 5B1GA 1L70A 1C65A 4CGEA 2YBIA 4ET9A 194LA 1SWZA 2LZ2A 1EQEA 2F30A 2WARA 1CNSA 3WUNA 1C6LA 3A95A 1QUSA 4NGJA 2MEDA 4WM2A 2MEHA 3E3DA 1IEEA 1G0MA 1L25A 4NEBA 1QT6A 5LVJA 1L44A 4NWEA 3CT5A 1PQKA 3EO5A 177LA 2XBSA 1D6PA 1GBSA 1GB2A 1PZYA 1HELA 1L66A 192LA 156LA 1FLYA 231LA 1GPQC 1QUHA 5LXWA 3TXDA 1IWXA 1G06A 1CX6A 259LA 5KXTA 3W6AA 1J1OY 1QS9A 1L82A 1LI3A 148LE 3CDTA 3AZ5A 4S0WA 5APEA 1L28A 3WUMA 166LA 257LA 3J4GA 3TXFA 1LSFA 1NHBA 1DYGA 2B70A 1GE4A 1REZA 226LA 2HEFA 1EQ4A 120LA 1L69A 1LYYA 4DDAA 1LHLA 1REYA 4OWBA 1L03A 4XN6A 217LA 3RZEA 4CFOA 1I56A 5II3A 3P4ZA 5FELA 153LA 4H9IA 5LA8A 1QDRA 1GF6A 4I7RA 4YX7C 1J1PY 4DDBA 1F10A 3WH1A 3C8SA 3RNXA 142LA 4HJVA 4ARMA 1L59A 3K3TA 4NGWA 2B73A 1L40A 1XGUC 4DAJA 1BHZA 3D4SA 1GD6A 5E9RA 144LA 1D6QA 1GBOA 1QT3A 1G1WA 4P2EA 4YEMA 1GBWA 1LKSA 1LYHA 4XADA 4EJ4A 3AB6A 3WYHA 5FCPA 1W6ZA 1JTTL 5KXXA 1KIQC 1LYDA 2DQDY 4PGJB 4W51A 1IWZA 1LJIA 3SB6A 184LA 1L02A 4LFPA 6LZMA 3NYAA 3IWRA 1L17A 3WXUA 4HV2A 4H8ZA 1CTWA 4H9FA 4X3BA 2OE4X 1IR8A 4LDOA 133LA 1IOTA 1CKHA 2ZIJA 3HU8A 2ZYPA 1BB3A 1L26A 1L84A 3TXKA 5LYZA 5F9UA 4IASA 1GHLA 145LA 1GFRA 1OP9B 1L60A 4EKPA 1D3JA 3T6UA 4OO9A 130LA 1JJ3A 2W1MA 4LFXA 3W6FA 2PC2A 8LYZA 1DI4A 157LA 4PJ2C 5D5FA 110LA 3CDRA 4M6DA 1Z55A 1K28A 2X0AA 4OOOA 1GFAA 210LA 2GV0A 1FLUA 3RT5X 4DKLA 4I0CA 2ZWBA 1GFGA 205LA 213LA 1NMMA 1WQRA 2BQMA 3TXIA 3SP3A 1LSNA 2H9JA 3N9AA 4HTQA 138LA 3OE9A 4QGZA 4CFPA 1SX2A 1LSZA 2F4AA 1H87A 3TMVA 190LA 3A92A 3WUAA 1VAUA 3F9LA 169LA 1L91A 4D9ZA 1DPWA 1L48A 2LYOA 4ETAA 1IY4A 3SBBC 4KL7A 4O34A 1L22A 261LA 4LYCA 3VWOA 2ZQ3A 3DN4A 1GE2A 1NQIA 2Z2FA 3C8RA 1CV3A 1QTHA 1C6GA 1HEMA 5KXWA 128LA 4L41A 163LA 5LZMA 1L30A 3FI7A 1KIRC 1LZAA 1QUTA 4ZFPA 1C43A 1VFBC 1JISA 1L75A 1D9WA 5APDA 4C5FA 1L85A 1JKCA 1ZWNA 243LA 109LA 3RUNA 1L13A 5KXKA 2BQCA 1G7LC 1L19A 3WPLA 191LA 178LA 5LYMA 1GB9A 2BQFA 4WM4A 1HMKA 5B06A 127LA 122LA 1IX0A 4HJZA 3UONA 3AGGG 4EPFA 1CKCA 1RJCB 1DI5A 3AZ4A 3HTBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IOC A;  2B72 A;  4GCF A;  1C64 A;  1LJK A;  108L A;  1LMN A;  2QB0 B;  1BWH A;  1SX7 A;  3WVY A;  1YAN A;  2LHM A;  115L A;  4EKQ A;  4B4J A;  187L A;  3OE0 A;  1LGX A;  4ETC A;  3C7Z A;  1C6P A;  3HFM Y;  3HT9 A;  196L A;  2YBJ A;  4I7O A;  4NGK A;  1OWY A;  1AT6 A;  1L39 A;  2BQB A;  1L90 A;  5KXL A;  1LHM A;  4AQN A;  1JUG A;  2F4G A;  4XJB A;  1B7L A;  3C82 A;  2RBR A;  5C6J A;  1WQM A;  1LSP A;  5HQ1 A;  112L A;  107L A;  4DJH A;  1ZVY B;  1QSQ A;  5DL9 A;  3WW6 A;  4PHI A;  2HEB A;  253L A;  3EXD A;  1XJT A;  4W54 A;  3TMU A;  1REM A;  1KNI A;  1JKA A;  4ETB A;  1UID A;  3EML A;  1L07 A;  3C7Y A;  1L83 A;  4W55 A;  1JJ0 A;  1LZB A;  6LYZ A;  1GF9 A;  4Z98 A;  1GFT A;  3CSZ A;  2IFF Y;  3J6K A;  1P5C A;  1C6E A;  1T8A A;  5LIN A;  4N0J A;  102L A;  4WLD A;  1QQY A;  4DD3 A;  4AXT A;  1LMP A;  1W08 A;  2MEE A;  4YF2 A;  3ULR A;  3W3E A;  1B5V A;  4PPO A;  4E3U A;  1WTN A;  1AT5 A;  3FA0 A;  1GB3 A;  1LGU A;  4G9S A;  1JTO L;  2Q9E A;  3RZ4 A;  262L A;  3DN3 A;  1DYA A;  1T6V L;  1LZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1IOC A;  2B72 A;  4GCF A;  1C64 A;  1LJK A;  108L A;  1LMN A;  2QB0 B;  1BWH A;  1SX7 A;  3WVY A;  1YAN A;  2LHM A;  115L A;  4EKQ A;  4B4J A;  187L A;  3OE0 A;  1LGX A;  4ETC A;  3C7Z A;  1C6P A;  3HFM Y;  3HT9 A;  196L A;  2YBJ A;  4I7O A;  4NGK A;  1OWY A;  1AT6 A;  1L39 A;  2BQB A;  1L90 A;  5KXL A;  1LHM A;  4AQN A;  1JUG A;  2F4G A;  4XJB A;  1B7L A;  3C82 A;  2RBR A;  5C6J A;  1WQM A;  1LSP A;  5HQ1 A;  112L A;  107L A;  4DJH A;  1ZVY B;  1QSQ A;  5DL9 A;  3WW6 A;  4PHI A;  2HEB A;  253L A;  3EXD A;  1XJT A;  4W54 A;  3TMU A;  1REM A;  1KNI A;  1JKA A;  4ETB A;  1UID A;  3EML A;  1L07 A;  3C7Y A;  1L83 A;  4W55 A;  1JJ0 A;  1LZB A;  6LYZ A;  1GF9 A;  4Z98 A;  1GFT A;  3CSZ A;  2IFF Y;  3J6K A;  1P5C A;  1C6E A;  1T8A A;  5LIN A;  4N0J A;  102L A;  4WLD A;  1QQY A;  4DD3 A;  4AXT A;  1LMP A;  1W08 A;  2MEE A;  4YF2 A;  3ULR A;  3W3E A;  1B5V A;  4PPO A;  4E3U A;  1WTN A;  1AT5 A;  3FA0 A;  1GB3 A;  1LGU A;  4G9S A;  1JTO L;  2Q9E A;  3RZ4 A;  262L A;  3DN3 A;  1DYA A;  1T6V L;  1LZT A; 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