1PQOA

T4 lysozyme core repacking mutant l118i/ta
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSIRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqoA00
1PQIA 2RAYX 1L31A 1L67A 4ZPUA 1L14A 2CUUA 1L39A 1EPYA 173LA 1L61A 3CDQA 2OE4X 181LA 3HTDA 216LA 2O79A 4W55A 1P37A 162LA 1I6SA 1P64A 1L42A 1L66A 3HU8A 1D3NA 1QTZA 4ARMB 4W54A 4W57A 3OE9A 198LA 4I7NA 3HTBA 3DNAA 131LA 190LA 3HUAA 1L82A 1L86A 3HT7A 3HT8A 1L00A 126LA 1L59A 1L68A 1OYUA 1L65A 233LA 1DYFA 2B6WA 2OE7X 1L89A 127LA 231LA 1C6NA 1L43A 3HT9A 123LA 140LA 229LA 2O4WA 3UONA 1LYFA 2QB0B 1L33A 3EMLA 4I7PA 1CX7A 224LA 196LA 4PJZA 186LA 1LYHA 225LA 2HULA 109LA 4I7LA 2B6TA 1L92A 1DYCA 1L0KA 1L19A 1D2WA 2O7AA 1C60A 112LA 1QTVA 235LA 2B70A 1T8GA 1L60A 189LA 1LGXA 254LA 252LA 1C6JA 1L24A 4ARMA 3CDTA 170LA 3DN4A 1L71A 1L56A 1G0KA 1LGWA 241LA 2RB1X 2OU0X 3RZEA 214LA 1L91A 1L04A 1NHBA 1L30A 107LA 1L21A 4W58A 1CX6A 1L06A 236LA 230LA 243LA 1G0JA 1G0PA 1L35A 1L37A 1QUDA 1L84A 3OE6A 1XJTA 1L34A 1L20A 1L01A 2RBOA 1LYEA 1L81A 1CV4A 1CU2A 1SWYA 3HTGA 4I7JA 1WTHA 3DN3A 138LA 2IGCA 129LA 3L2XA 1L75A 166LA 1L11A 2HUKA 3SB8A 1L99A 1L95A 260LA 4ARPA 108LA 1C68A 1L76A 1L22A 1LW9A 1QTCA 2NTGA 3DMXA 1L23A 2RBSA 4DJHA 262LA 3GUMA 1PQJA 4LZMA 227LA 3SB9A 1LLHA 257LA 1P36A 1L58A 102LA 1D3JA 1SX2A 3GUPA 212LA 1L18A 223LA 160LA 2OU9A 1C6EA 1L29A 115LA 3RUNA 4S0WA 119LA 3D4SA 3OE0A 1L52A 2F32A 1L26A 4I7OA 1LWGA 1QTHA 1DYAA 1QUOA 1QUGA 1T8FA 253LA 1LYGA 228LA 1D3MA 3GUNA 1L83A 1LI2A 1L08A 3GUJA 1D3FA 1L32A 1P6YA 1C6AA 1CUPA 1C67A 2B75A 1C6TA 2RAZX 3PBLA 1ZWNA 215LA 1L55A 1KW5A 185LA 1QT3A 1PQMA 1CTWA 184LA 3L64A 187LA 1OV7A 3HH3A 156LA 3C7ZA 3C8SA 2B6ZA 174LA 128LA 2ANVA 1C64A 1CVKA 1CU6A 1L54A 3V2WA 1SX7A 248LA 1L15A 1LYIA 4EPIA 3NYAA 1L48A 3DMVA 1SSWA 3DN6A 3HTFA 2F47A 110LA 3DMZA 3PDSA 4W51A 1XJUA 1LI3A 3DN8A 4W59A 1L0JA 1KW7A 1LGUA 251LA 2HUMA 2RBQA 1XEPA 2LC9A 3GUKA 1L53A 1C63A 1QSBA 168LA 2LZMA 1C6DA 3C82A 4W53A 1L57A 3LZMA 3SN6R 4GBRB 172LA 118LA 1CU5A 1G0LA 2ANXA 1C69A 1C6CA 1QSQA 242LA 2RBPA 1L96A 1B6IA 149LA 1G07A 3HH5A 1L38A 1G1VA 2B7XA 1L51A 147LA 1KS3A 218LA 1L03A 1L41A 1CV1A 3HH4A 1PQOA 5LZMA 3FI5A 1QTBA 2OEAX 1QS5A 3HU9A 1L88A 1CU3A 1L47A 1P46A 240LA 1QS9A 4EKSA 2OE9X 4EPFA 180LA 177LA 1D9WA 210LA 3QAKA 4GRVA 3NY8A 1G0GA 1JTNA 1C6BA 1L40A 1C65A 4E97A 222LA 1PQKA 152LA 3C7YA 3SB7A 4ARLA 182LA 1L79A 3F8VA 1L25A 120LA 2LCBA 5I14A 1L73A 3SBBC 4YXCA 2F2QA 3JR6A 3K2RA 6LZMA 3CDOA 1C6FA 1KY0A 1KY1A 161LA 3ODUA 4YXAC 164LA 205LA 2B6YA 1L69A 1CV6A 1G06A 1JQUA 1L85A 3C7WA 191LA 4EXMA 1QT8A 1L93A 2B73A 1L50A 1LYJA 125LA 1DYGA 1T6HA 1D2YA 1L70A 244LA 1G0MA 2Z6BA 111LA 7LZMA 1P2LA 1C6MA 3DN0A 4I7SA 4I7RA 1P56A 1L97A 4I7TA 148LE 1C6KA 1DYEA 4EKPA 3VW7A 150LA 2OTZX 4I7MA 4EJ4A 1CV5A 1QT6A 3SB5A 183LA 4DAJA 151LA 155LA 3C81A 1C66A 1L44A 255LA 3G3WA 245LA 2OTYX 3CDRA 3C83A 219LA 159LA 1DYBA 175LA 3FA0A 1C6PA 1ZYTA 3C8RA 103LA 1QUHA 4I7QA 165LA 3HDFA 201LA 1C61A 1L16A 3GUOA 1C6IA 1QT5A 3FADA 1LWKA 2L78A 2B74A 1CV0A 1C6QA 171LA 4PK0A 176LA 1L17A 2QARC 3F9LA 4W56A 1DYDA 4EKQA 1L36A 4I7KA 146LA 145LA 1G1WA 4ARJA 1L62A 246LA 4ARQB 1C62A 178LA 4K5YA 1L02A 3OE8A 3HDEA 3DN2A 3SBAA 130LA 195LA 4LDEA 4EKRA 1KNIA 3HUQA 1LI6A 104LA 3SB6A 1OVKA 1P3NA 1L10A 1L45A 250LA 2RBNA 3HWLA 2RH1A 1CV3A 2Q9EA 3G3VA 113LA 158LA 1OVJA 1P7SA 114LA 2B6XA 1L94A 213LA 1SWZA 1QT7A 1L72A 1P5CA 2Q9DA 1T97A 1T8AA 1K28A 3HT6A 192LA 4LDLA 1L64A 1L49A 4OO9A 1SSYA 4LDOA 1CU0A 4ARQA 2OU8A 1C6GA 1G0QA 1L46A 1L77A 220LA 1JTMA 1L27A 3HH6A 1P2RA 2A4TA 3V2YA 1L74A 139LA 1TLAA 217LA 1OVHA 3C80A 1ZURA 1L07A 3HUKA 211LA 141LA 1L12A 2RB2X 122LA 1L90A 247LA 157LA 1QT4A 238LA 4W52A 142LA 206LA 1OWYA 3C8QA 261LA 209LA 4IAPA 226LA 256LA 221LA 1L05A 188LA 2B72A 3DKEX 3GULA 199LA 3GUIA 3DN1A 1OV5A 200LA 1PQDA 1L28A 1C6LA 1L09A 1C6HA 1QTDA 4DKLA 237LA 239LA 167LA 2RB0X 1CUQA 3CDVA 3G3XA 1L63A 3NY9A 163LA 169LA 2NTHA 259LA 1L87A 1L80A 144LA 232LA 1L98A 2RBRA 143LA 197LA 137LA 1LYDA 234LA 4YX7C 258LA 4AQNA 1OWZA 249LA 1LPYA 1L13A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PQIA 1L14A 3ATOA 3M3UA 133LA 1WVVA 1F6RA 2G4NA 3CDQA 2OE4X 3HTDA 1REXA 4MR1A 1L42A 4LFXA 2DQJY 1G7IC 3AZ7A 1QTZA 3TXBA 4ARMB 4W57A 4L41A 2XBRA 1GE1A 4NGWA 3HUAA 1L82A 1YKZX 3HT8A 1L68A 1LCNA 1OYUA 233LA 4OOTA 1DYFA 194LA 1L89A 127LA 1C6NA 2DQCY 3A34A 229LA 2HEFA 2O4WA 1KIQC 134LA 1DXJA 1IC7Y 3EMLA 1IWVA 4W96A 1LYHA 2HULA 4I7LA 2B6TA 1IC4Y 2H9JA 4H92A 5FSTA 3TMWA 1GE4A 1LSMA 1L0KA 5IHGA 5LVGA 1D2WA 2O7AA 5APDA 112LA 1GBXA 1JKCA 252LA 3TXJA 3A91A 5LVJA 4B4IA 3CDTA 2HEAA 4BS7A 1L71A 1G0KA 1P2CC 1MLCE 2OU0X 1L91A 1L04A 107LA 5LIOA 2Z39A 1G0JA 1L37A 3OE6A 5EBHA 1LZCA 2RBOA 3AW7A 1L81A 4PPOA 1ALCA 2YBHA 4R0FA 1SWYA 4LT1A 1WTHA 3DN3A 1IWZA 1JJ3A 1L11A 2BPUA 1L99A 1L95A 1YAQA 2MEBA 1L22A 1GEZA 1LSZA 3DMXA 1KIPC 2N5ZA 1WVUA 5KXXA 2MEFA 1LMAA 5APFA 3IJUA 1GF0A 1B5VA 3W6CA 1BQLY 5L9JA 1VDQA 212LA 1L18A 160LA 2OU9A 4LYCA 1BHZA 115LA 5K7OA 207LA 3TXEA 3D4SA 4TWSA 1TEWA 1IWXA 5KXNA 5D5CA 1DYAA 253LA 1D3MA 2ZIKA 3G3AB 1L08A 3GUJA 1D0MA 4WO9A 2AUBA 3PBLA 1ZWNA 5F9UA 4B4EA 185LA 1CTWA 5LXWA 1LMNA 1BB6A 184LA 1QQYA 3HH3A 4WO6A 1UUZC 2WARA 1L54A 1JJ0A 1V7TA 1LYIA 3NYAA 1BWHA 3DN6A 3DMZA 3PDSA 3WU7A 1GAYA 1L0JA 1INUA 4HTNA 3WPKA 5DLAA 2EPEA 5KXZA 2D6BA 2BQMA 1C63A 168LA 1UIGA 2LZMA 5HNCA 1FLUA 1UIAA 2HTXA 2BQFA 2EIZC 1C69A 5LINA 5KXRA 1L96A 1OUBA 4NWEA 1KS3A 4C5FA 1GDXA 2BQGA 3HH4A 1NWGA 4NGVA 1NBZC 4HV2A 1H87A 3FI5A 1QTBA 1ZVHL 1QIOA 1GFUA 1HFXA 1GHLA 1QS9A 3P65A 2OE9X 2W1LA 1JUGA 4ETCA 4P2EA 1G0GA 4H9AA 2B5ZA 2YBJA 2G4PA 1BWJA 2BQBA 4WM1A 1WTNA 1C65A 1WQRA 1LZGA 1LHKA 4CGEA 1L25A 5F14A 120LA 1JKAA 4NHIA 2F2QA 3JR6A 4XJGA 3RZ4A 3K2RA 2D4KA 4QGZA 4YXAC 1VDPA 1NMMA 1G06A 1G7LC 3AB6A 1QT8A 1LAAA 3A67Y 1LOZA 2DQGY 1D2YA 1L70A 5F81A 1G0MA 5FDJA 1QSAA 1QDTA 2YBMA 4MCKA 4UWVA 1DPWA 4XYYA 2HEDA 4I7RA 5A3ZA 2F2NA 148LE 1CJ6A 3VW7A 1JSEA 4I7MA 3SB5A 4GN3A 2HEBA 4DD3A 1CJ8A 3C81A 2ZNXY 1T6VL 4KT3A 2DBTA 1YIKA 2HU1A 159LA 1DYBA 3FA0A 1CKHA 4I7QA 3HDFA 1C61A 4TSBA 4BAPA 4J0LA 3CT1A 5KXOA 1IX0A 3B0OA 171LA 5IDDA 3BKHA 3OJPA 1LMQA 4LYTA 4ARJA 178LA 1OUGA 1L02A 3HDEA 3SBAA 4LDEA 1XGRC 1GFVA 5LVKA 3SB6A 1P3NA 250LA 1B7LA 2FYDA 4NGZA 2LYMA 3EO5A 1CV3A 2XJWA 1P7SA 158LA 3TXIA 1B2KA 1L94A 4ZEEA 1SWZA 1QT7A 4NHTA 2BQCA 1T97A 1T8AA 1K28A 4XJDA 5HMVA 5KXSA 1OUJA 4LDOA 4ARQA 4WM2A 1C6GA 1GE2A 1L27A 1L74A 4DD7A 1FKQA 4R6CA 1C10A 1OVHA 1ZURA 1FKVA 4OWEA 122LA 1L90A 4W52A 1IP7A 142LA 1OP9B 1HEQA 261LA 221LA 3TMUA 2GV0A 4C3WA 1QTKA 3DKEX 5LVIA 2RSCA 1C45A 4NIJA 2Z38A 3AGHA 167LA 1UACY 2RB0X 3G3XA 4TTDA 4EMNA 1FLYA 1L63A 2NTHA 3WYHA 2H5ZA 137LA 1LYDA 4YX7C 3D9AC 5C6LA 1OWZA 1RJCB 1HFYA 4H91A 1L13A 2RAYX 4WLTA 4OWBA 2YVBA 4ZPUA 1YL1X 2CUUA 1L39A 1JJ1A 4DQJA 4G9SA 162LA 5IELA 1L66A 3HU8A 1D9UA 1IP3A 4H9HA 2YBIA 4J7VA 1GB6A 4LGKA 4RW2A 3OE9A 1LYYA 4MSTA 1AKIA 1J1PY 4H8XA 131LA 190LA 1L86A 3HT7A 126LA 2NWDX 4YF2A 3A6BY 2B6WA 4B0DA 2OE7X 231LA 1UCOA 1TCYA 1YAPA 1HNLA 4GCFA 1RI8B 1IOSA 1GBYA 2CGIA 2BQIA 3UONA 1LYFA 4I7PA 4HJYA 3WUMA 5LAFA 4I0CA 1DI5A 225LA 1L19A 1OUAA 1LZTA 3M18B 4G4HA 4OWHA 189LA 254LA 1C6JA 1GF5A 4DDAA 4ARMA 4KL7A 3OK0A 4NHPA 170LA 1L56A 3AW6A 4WLXA 1XEJA 1L21A 1CX6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L04 A;  1NHB A;  1L30 A;  107L A;  1L21 A;  4W58 A;  1CX6 A;  1L06 A;  236L A;  230L A;  243L A;  1G0J A;  1G0P A;  1L35 A;  1L37 A;  1QUD A;  1L84 A;  3OE6 A;  1XJT A;  1L34 A;  1L20 A;  1L01 A;  2RBO A;  1LYE A;  1L81 A;  1CV4 A;  1CU2 A;  1SWY A;  3HTG A;  4I7J A;  1WTH A;  3DN3 A;  138L A;  2IGC A;  129L A;  3L2X A;  1L75 A;  166L A;  1L11 A;  2HUK A;  3SB8 A;  1L99 A;  1L95 A;  260L A;  4ARP A;  108L A;  1C68 A;  1L76 A;  1L22 A;  1LW9 A;  1QTC A;  2NTG A;  3DMX A;  1L23 A;  2RBS A;  4DJH A;  262L A;  3GUM A;  1PQJ A;  4LZM A;  227L A;  3SB9 A;  1LLH A;  257L A;  1P36 A;  1L58 A;  102L A;  1D3J A;  1SX2 A;  3GUP A;  212L A;  1L18 A;  223L A;  160L A;  2OU9 A;  1C6E A;  1L29 A;  115L A;  3RUN A;  4S0W A;  119L A;  3D4S A;  3OE0 A;  1L52 A;  2F32 A;  1L26 A;  4I7O A;  1LWG A;  1QTH A;  1DYA A;  1QUO A;  1QUG A;  1T8F A;  253L A;  1LYG A;  228L A;  1D3M A;  3GUN A;  1L83 A;  1LI2 A;  1L08 A;  3GUJ A;  1D3F A;  1L32 A;  1P6Y A;  1C6A A;  1CUP A;  1C67 A;  2B75 A;  1C6T A;  2RAZ X;  3PBL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PQI A;  1L14 A;  3ATO A;  3M3U A;  133L A;  1WVV A;  1F6R A;  2G4N A;  3CDQ A;  2OE4 X;  3HTD A;  1REX A;  4MR1 A;  1L42 A;  4LFX A;  2DQJ Y;  1G7I C;  3AZ7 A;  1QTZ A;  3TXB A;  4ARM B;  4W57 A;  4L41 A;  2XBR A;  1GE1 A;  4NGW A;  3HUA A;  1L82 A;  1YKZ X;  3HT8 A;  1L68 A;  1LCN A;  1OYU A;  233L A;  4OOT A;  1DYF A;  194L A;  1L89 A;  127L A;  1C6N A;  2DQC Y;  3A34 A;  229L A;  2HEF A;  2O4W A;  1KIQ C;  134L A;  1DXJ A;  1IC7 Y;  3EML A;  1IWV A;  4W96 A;  1LYH A;  2HUL A;  4I7L A;  2B6T A;  1IC4 Y;  2H9J A;  4H92 A;  5FST A;  3TMW A;  1GE4 A;  1LSM A;  1L0K A;  5IHG A;  5LVG A;  1D2W A;  2O7A A;  5APD A;  112L A;  1GBX A;  1JKC A;  252L A;  3TXJ A;  3A91 A;  5LVJ A;  4B4I A;  3CDT A;  2HEA A;  4BS7 A;  1L71 A;  1G0K A;  1P2C C;  1MLC E;  2OU0 X;  1L91 A;  1L04 A;  107L A;  5LIO A;  2Z39 A;  1G0J A;  1L37 A;  3OE6 A;  5EBH A;  1LZC A;  2RBO A;  3AW7 A;  1L81 A;  4PPO A;  1ALC A;  2YBH A;  4R0F A;  1SWY A;  4LT1 A;  1WTH A;  3DN3 A;  1IWZ A;  1JJ3 A;  1L11 A;  2BPU A;  1L99 A;  1L95 A; 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