1PSNA

The crystal structure of human pepsin and its complex with pepstatin
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
VDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQSGSVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (acid proteinase)
molecule keywords PEPSIN 3A
publication title Crystal structure of human pepsin and its complex with pepstatin.
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 326
sequence length 326
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 1995-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1psnA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1psnA01
4GJ9A 1GNOA 5APRE 2B42A 2OAHA 3DJKA 5OZ9A 5KR1A 1MT8A 4YD7A 5P34A 4DJYA 5DR0A 3GI5A 5OZBA 1BDLA 3LIZA 4J1IA 4DPFA 2JYSA 4EXHA 3PCWA 3VSWA 1MERA 5P11A 1D4HA 1NH0A 3KMXA 5P5JA 4J0YA 5P1DA 2VIZA 5OZ2A 3ZPTA 5P1UA 4I1CA 4RVJA 5OYVA 2AOFA 3FNUA 4M8YA 3G72A 2AOHA 3IN4A 5P7IA 4CPUA 3KMYA 5OYWA 5P38A 4BELA 5P24A 5HTZA 1MT9A 2BPYA 5P06A 2ER0E 5JFUA 5P1LA 3L3AA 1TQFA 5P5RA 5DQ4A 2ZJMA 5OZGA 3SO9A 4HE9A 4Y4TA 5P6ZA 3WB5A 3INDA 3VSXA 4J1HA 1QBRA 2Z54A 2QMPA 1W5WA 4KB9A 3WB4A 5HE5A 3PI0A 4RRNA 3PSYA 4PEPA 4J17A 4DQEA 2OHKA 3CMSA 1KJ4A 3PGIA 2PSGA 2Q3KA 4J0VA 3S56A 3UDNA 3QI1A 1YTHA 1SIVA 2WEDA 4CPQA 5P0QA 2PYNA 3U71A 1MIQA 5EZZA 5KR2A 2NXMA 4Y3AA 5P4XA 5JG1A 6UPJA 3K4VA 3RTHA 2O4NA 2PWRA 1TZSA 3R0WA 5P3RA 2AOGA 1W5XA 2VA7A 4K4PA 3QPJA 1SDUA 4FAFA 5P3MA 4Y9WA 3EM6A 5P67A 1HVLA 3AUPA 2O4PA 5P4OA 1U8GA 4H3GA 4K4QA 1LYWB 5IS4A 3NUJA 5P5GA 1W50A 4LXMA 3K5GA 4U7VA 1LF4A 4HDBA 1MUIA 4YE3A 4K8SA 2VNNA 4YDFA 5P27A 5SY3A 1OEXA 2ANLA 2O4KA 3SFCA 3OU4A 2R9BA 5P0PA 5P2FA 1B5FB 1GKTA 4Y3JA 5P4SA 2WHHA 1BIMA 2A1EA 1CZIE 4OBHA 3IXOA 3K1WA 3VLAA 3URJA 3L5FA 5P1HA 5P45A 4DJQA 2IDWA 5P7PA 5OYQA 3RVIA 3TKWA 1IZHA 3EKQA 1SIPA 5P4GA 5P32A 2HC0A 2Z4OA 1LYBB 5P20A 5FIVA 1APWE 4QJ8A 3NU5A 5OZPA 5P00A 3O9CA 5P83A 5P6MA 1MEUA 3EL5A 2R43A 3OUDA 4ZIPA 3IVIA 4KUPA 1AM5A 5P78A 5P1YA 3ZPUA 4Y4AA 1N49A 3OTSA 4H3IA 5P87A 3T7XA 2QAKA 3NDTA 5P29A 3RTMA 3L5DA 4AZYA 1YX9A 3VV8A 1IZDA 4I0ZA 5P5HA 5P5NA 3K5FA 5P2OA 3OGPA 3NDXA 1IVQA 5OZWA 2Q15A 2JJJA 4I0GA 2QNPA 5ENMA 5P6UA 3TNEA 1VIKA 1AIDA 4JECA 3CIBA 3LHGA 4ZSMA 1BBSA 2J9JA 1ZTZA 3D1ZA 1FLHA 3BC4A 4AMTA 4YBIA 3L5CA 1RPIA 5P71A 5P0FA 5P7WA 3BUFA 5I3YA 3CIDA 3S7MA 4B0QA 3ZKIA 1IBQA 4RROA 1LYAA 4Y37A 2Q5KA 3UQRA 2VA6A 4IVTA 4FSLA 1FMBA 5P5BA 5OZCA 5B18A 1A94A 4I10A 3UPJA 4NPTA 4EP2A 1ODWA 5P7FA 2R8NA 1CMSA 5AH9A 3HAUA 5P51A 2AOJA 3OAGA 7HVPA 2I4XA 4GYEA 4Y3WA 2XFJA 4XX3A 5AHAA 5P63A 5P64A 4D8CA 3LPJA 5OYSA 4R95A 2HB3A 1GVXA 5P53A 5HE7A 2JE4A 3O9DA 2V16C 3LITA 5CLMA 3RU1A 3UDRA 5P0HA 4ZPGA 2QHYA 4FLGA 1ZLFA 2FGVA 2QD8A 5OZ1A 1OD1A 5P18A 3OADB 2VIYA 2P3DA 2I4DA 3URLA 2ZJIA 1RQ9A 4CPTA 5SZ9A 1LZQA 3UQPA 4EXGA 1LS5A 2ZHSA 5ENKA 4H3JA 4EJLA 1EEDP 4RRSA 3G6ZA 2G27A 4Y6MA 5COKA 5P8OA 1MTBA 5P0SA 5P07A 4DQFA 2PH6A 5P7QA 5P8FA 2G1RA 1QBUA 1MSNA 4MC6A 5P2HA 4PYVA 3NUOA 1YT9A 5P4YA 4J0ZA 3EM3A 3OUAA 3MSJA 5P0IA 5P3PA 2QZXA 4QLHA 3EXOA 3LZYA 4A6BA 4ZPEA 4D83A 4DJVA 4Y5GA 5P8QA 2QI4A 3N3IA 2PSUA 5P2QA 3S2OA 1HPSA 3VYDA 5OZTA 4Y4GA 5P05A 3FSMA 1APUE 3FKTA 4J1FA 5DQ1A 5P6JA 5F00A 5OYXA 2I4QA 1EPME 1M43A 3KFSA 2CENA 1EPOE 3KT5A 5P6CA 5P3ZA 1W5VA 5P6XA 4FGXA 4J0TA 4OBJA 3PCZA 3UDPA 5P23A 5P7XA 4YCYA 4ER2E 4GMIA 2P3AA 5P7MA 5SXNA 2AVMA 5IVTA 4D88A 2QMDA 3S43A 2NNKA 5P6BA 1BWAA 5P1MA 5P6LA 2V12C 5P1ZA 2ZYEA 2QHCA 3VF5A 5AH6A 1G35A 3ZLQA 4FM8A 2FDPA 5OZ4A 1KJFA 1HVCA 4QGIA 1HVKA 3KDCA 3I8WA 5KOQA 2R5PA 2V0ZC 5P73A 5P33A 2P3BA 4PZWA 2XFKA 5P14A 2APRA 3MXEA 3QN8A 4Y3TA 4KE1A 2VKMA 3NU3A 5COOA 2WECA 5OYZA 1BVEA 3UQXA 4AA9A 3PLLA 5P1PA 2RMPA 3G70A 5P6PA 3DUYA 5P1AA 3OXXA 5P1QA 3LZSA 2P4JA 2RKFA 4Y51A 4Y3RA 1QBSA 2IQGA 4Y5PA 3UDMA 5OZJA 2ER6E 3INEA 4Q5MA 3NSHA 4ZLSA 2ZJJA 3NYGA 3OU1A 1FQ7A 5HDVA 2WJOA 5P5QA 2QI6A 4KE0A 5DPZA 2PYMA 1SDVA 4K4RA 4Y3PA 5P4RA 5P7JA 4FRJA 2OHTA 5P3FA 3HZCA 5P6TA 5P4EA 4TRWA 5P36A 5P6OA 5P8AA 3OQKA 5OZQA 1TCXA 4RCFA 5OZ5A 5P5EA 2OHQA 1HTEA 3KDDA 1YTJA 1FG6C 2OHNA 2PH8A 1J71A 1ENTE 4FM6A 4HVPA 4FRIA 5ER2E 3PB5A 1GNMA 5P1NA 1HVHA 4XKXA 1HTFA 5KAOA 3R0YA 3OXVA 5P22A 2VJ7A 3BUHA 3PMUA 3VFAA 5P5PA 1HBVA 3VUCA 4OBZA 4YCKA 3DCKA 4EP3A 3PEPA 3ZKXA 5P47A 4EJKA 1B6LA 1XN3A 4J1CA 5E5JA 5P4ZA 2ZHTA 2ZDZA 4ZE6A 3OU4B 1T7KA 2FXDA 4DQBA 5P8UA 1SGUA 5P13A 4L1AA 3NU6A 5P55A 1BAIA 3EKWA 1SMEA 4FE6A 2WEAA 1EBWA 3OXWA 2AZ9A 4DQHA 2G20A 3GI0A 3MWSA 3O9BA 4K9HA 1F7AA 3OUDB 4L7JA 5P80A 8HVPA 3INHA 3UFLA 4RZ1A 3CKTA 5P0WA 1EC3A 3TTPA 5P1VA 5P16A 5OZUA 1BDQA 5P3VA 5T4SA 5KOSA 5P15A 4I0JA 3ZOVA 1G2KA 4Y35A 4DJXA 3K5DA 5P6EA 5HU0A 5KQXA 5P1TA 3L58A 3SA4A 2FNTA 3TPPA 5P4MA 5P1KA 5CONA 1GVUA 3R4BA 2ZGAA 4H1EA 3S54A 3EKVA 3U7SA 2QMFA 3BRAA 5OZ3A 3T7QA 1META 5P1EA 2QNNA 3ZKGA 2F3EA 3T3CA 3HW1A 5P8HA 2AVQA 5P72A 4QJAA 3DM6A 2BKSA 3OQAA 1LYAB 1KJGA 2G69A 4Y44A 5P42A 4COEA 3LIQA 1EPRE 3MXDA 3SA6A 2ZE1A 2HPFA 4Y5MA 4Y54A 5P70A 4FSEA 4DJRA 4ER1E 3SA7A 3INFA 3OQFA 3HVGA 3R2FA 1NPAA 3TLHA 4Y45A 3D20A 4Z2ZA 4GJ8A 5IVRA 4TRZA 3LINA 1Z8CA 5P2NA 4B00A 5P2KA 4B05A 1YM4A 1IIQA 5P2RA 4DV9A 2B7ZA 2WEBA 3ER3E 5P4JA 2G21A 3OAGB 4NKKA 4Y5LA 3SA5A 4U8WA 3QRVA 3EL1A 3GW5A 5P7UA 3GI4A 2CEJA 4J55A 1Z1HA 5P8RA 2QP8A 1WBKA 5P1JA 1FEJC 5P2MA 3HVPA 1UH8A 4Y3GA 1FQ5A 2R3TA 5OZLA 5P6HA 4R5NA 4QJ9A 4B1CA 1XL5A 3AIDA 2OHMA 3Q5HA 3PBDA 1LV1A 3Q70A 5P8PA 1FB7A 4RCDA 5P0VA 4AA8A 4YHQA 2I4WA 3M9FA 3OHHA 3R1GB 1AVFA 1PPME 2FXEA 5J25A 2HIZA 2SAMA 3TPJA 5BRYA 1Z1RA 3OOTA 4GJDA 4HZTA 5P2IA 2XFIA 1MTRA 3T11A 1XDHA 1OEWA 1EC2A 2ZJHA 5OZIA 2VIJA 1ZP8A 1K1TA 4RLDA 5P31A 2P3CA 5P3TA 5P62A 3O9LA 1FGCC 3OQ7A 3ZKSA 1AAQA 2NXLA 3QAAA 5P43A 2QHZA 1HTGA 2OHUA 4XXSA 3SKGA 5P2AA 1HPXA 2O4LA 4DJWA 3IXJA 5HDZA 3QRSA 3APRE 1EBKC 5P3BA 5P7AA 3VCMA 1AJVA 4B72A 5P03A 4OD9A 3PLDA 3PI5A 4WY6A 1EPNE 3Q3TA 5P3SA 5P5IA 5P6NA 3O9FA 3RTNA 1AXAA 2Q64A 5P57A 5HCOA 3SKFA 4I11A 4HDPA 4Q1XA 4J54A 5P7OA 1EAGA 5P5FA 2ZJKA 5P61A 1HIHA 5P5DA 3TOGA 1HXBA 5P77A 4F74A 2IEOA 3IN3A 4LXAA 4OBFA 2PC0A 2UPJA 1DP5A 3QVCA 3S43B 4NJSA 2A4FA 2F80A 5OZ8A 1QBTA 5P0CA 4DUSA 2PQZA 2AQUA 4GJCA 3TH9A 3WZ6A 4R93A 3OGQA 2IENA 5P3LA 9HVPA 3EKXA 5P2WA 1XE5A 5P01A 5P5MA 5P5OA 3SM2A 1IVPA 2FGUA 4Y58A 1APVE 4LXKA 2OHLA 1D4IA 4PHVA 1IZIA 3SABA 4YOAA 1DW6C 2I4UA 4I0FA 2P3BB 3S85A 3PSUA 4Y3ZA 1MVPA 3WZ7A 4OBDA 3IVHA 2AZBA 5P7KA 3H5BA 4D89A 1TW7A 2HB4A 4I0EA 3ER5E 3Q4BA 4Y48A 4FCOA 5P3HA 3F9QA 5OYYA 5P3AA 5P79A 5P6FA 4ACUA 2QZKA 3GGXA 2ZHUA 4JPCA 4Y5KA 1MRWA 1D4SA 1T7IA 5P2VA 4JP9A 3FNSA 5P0TA 5P8CA 4Y38A 4LBTA 5P81A 1BVGA 5P3EA 5P49A 1ZBGA 1DIFA 2AZCA 2G26A 4WTUA 3O99A 1ZAPA 4Y5AA 3EBZA 4Y50A 5OZAA 3OU1B 2BPXA 3L38A 5P3UA 4F76A 5I3WA 1C6XA 4QJ7A 4U7QA 4Y47A 3NWXA 2CEMA 3PBZA 3O9GA 3EL4A 4I0HA 4Q1YA 5P28A 2G1YA 1HXWA 2QI7A 3LIYA 4EWOA 5P1OA 3FV3A 3WZ8A 5P8GA 2RENA 3OXCA 5P4KA 3UDQA 4X7IA 4NJVA 5OZVA 4CPSA 4JPEA 1SDTA 5P1SA 5IVQA 4J0PA 3NXNA 1DPJA 4MC2A 2JJIA 4DI2A 5P6YA 4Y39A 5P6SA 4MC1A 2VIEA 1MESA 4Y3XA 1BXOA 5P7HA 5P59A 5KQZA 1C70A 3TOFA 4EQ0A 5P7BA 5P10A 4LP9A 4LL3A 2WF3A 4Y41A 4QJ6A 1LF2A 5P8SA 1XE6A 4DFGA 5P5XA 3VV7A 3QRMA 7UPJA 1HSGA 3IXKA 4YD3A 1BV7A 3OK9A 3EC0A 2F3FA 3A2OA 3NR6A 5P7EA 3U6AA 2BKTA 4EQJA 3OY4A 3HDKA 3CYXA 2B8VA 5P08A 1MPPA 3H0BA 3LZUA 2QI5A 3NXEA 5P3NA 5P2LA 1LYBA 1MSMA 4Y3MA 2BJUA 2ER7E 4L7GA 4APEA 5OZZA 3KF0A 2AOEA 5P2UA 1ZSFA 3ZMGA 1ZPAA 3S53A 1W6HA 4Z4XA 4JOOA 2IS0A 4PPHA 3JW2A 5P65A 1EBYA 2ZJLA 1BWBA 2IGXA 5P6QA 4B77A 2IGYA 3HAWA 5HDXA 1K6CA 5P88A 1D4LA 1GNNA 3BXSA 4EJDA 3FX5A 5P04A 2O4SA 1KZKA 5P17A 2BB9A 1EPPE 5P58A 1Q9PA 5P19A 4LAPA 4J1EA 4F73A 4Y5EA 4CKUA 1JLDA 5P26A 5P5LA 5P7SA 1SGZA 4J5JA 3OHFA 3EL0A 3JVYA 5DR7A 1HHPA 1HEGE 2Q55A 1B11A 3BGBA 3SA3A 5P7CA 4APRE 2ASIA 1CPIA 4LHHA 3ZKMA 2V10C 5P4CA 5P0RA 3SA9A 5P5UA 2WKZA 5P1GA 2H6SA 2IKOA 5P0JA 5OZOA 5P35A 1PFZA 1ZPKA 2F3KA 4WY1A 3QIHA 2HAHA 5P5YA 1PSAA 3O9HA 5HU1A 1AZ5A 3KFPA 5DR4A 5EZXA 3DV5A 4BFBA 3LNKA 5P7RA 5P0MA 3KFNA 3OOZA 1MRXA 2R5QA 3DV1A 1RNEA 4Q1WA 4Y4WA 4GJ7A 4YD5A 2NTRA 5P0XA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJ9 A;  1GNO A;  5APR E;  2B42 A;  2OAH A;  3DJK A;  5OZ9 A;  5KR1 A;  1MT8 A;  4YD7 A;  5P34 A;  4DJY A;  5DR0 A;  3GI5 A;  5OZB A;  1BDL A;  3LIZ A;  4J1I A;  4DPF A;  2JYS A;  4EXH A;  3PCW A;  3VSW A;  1MER A;  5P11 A;  1D4H A;  1NH0 A;  3KMX A;  5P5J A;  4J0Y A;  5P1D A;  2VIZ A;  5OZ2 A;  3ZPT A;  5P1U A;  4I1C A;  4RVJ A;  5OYV A;  2AOF A;  3FNU A;  4M8Y A;  3G72 A;  2AOH A;  3IN4 A;  5P7I A;  4CPU A;  3KMY A;  5OYW A;  5P38 A;  4BEL A;  5P24 A;  5HTZ A;  1MT9 A;  2BPY A;  5P06 A;  2ER0 E;  5JFU A;  5P1L A;  3L3A A;  1TQF A;  5P5R A;  5DQ4 A;  2ZJM A;  5OZG A;  3SO9 A;  4HE9 A;  4Y4T A;  5P6Z A;  3WB5 A;  3IND A;  3VSX A;  4J1H A;  1QBR A;  2Z54 A;  2QMP A;  1W5W A;  4KB9 A;  3WB4 A;  5HE5 A;  3PI0 A;  4RRN A;  3PSY A;  4PEP A;  4J17 A;  4DQE A;  2OHK A;  3CMS A;  1KJ4 A;  3PGI A;  2PSG A;  2Q3K A;  4J0V A;  3S56 A;  3UDN A;  3QI1 A;  1YTH A;  1SIV A;  2WED A;  4CPQ A;  5P0Q A;  2PYN A;  3U71 A;  1MIQ A;  5EZZ A;  5KR2 A;  2NXM A;  4Y3A A;  5P4X A;  5JG1 A;  6UPJ A;  3K4V A;  3RTH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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