1PSQA

Structure of a probable thiol peroxidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MVTFLGNPVSFTGKQLQVGDKALDFSLTTTDLSKKSLADFDGKKKVLSVVPSIDTGICSTQTRRFNEELAGLDNTVVLTVSMDLPFAQKRWCGAEGLDNAIMLSDYFDHSFGRDYALLINEWHLLARAVFVLDTDNTIRYVEYVDNINSEPNFEAAIAAAKAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Structure of a probable thiol peroxidase from Streptococcus pneumoniae
rcsb
molecule keywords probable thiol peroxidase
total genus 48
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2003-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1psqA00
4TR4A 2FNOA 4XS4A 3IK7A 1AUCA 4KGIA 2IFQA 4XS6A 2R2JA 2M46A 4RQXA 1SKSB 2PUKC 3DWVA 4OO5A 1QGVA 2KLXA 3FR6A 1TI3A 4DSRA 3M9KA 1UA5A 5ECMB 1FOVA 2EC4A 3AY8A 1X5DA 4IS0A 1XIYA 1TRVA 3O3TA 3F63A 1GNWA 4WBJA 3FK8A 3O6TA 2LRNA 3W6GA 4EDYA 1EEMA 3UVHA 1DSBA 4MJBA 2QGVA 1KEBA 1Y25A 3LJRA 3M1GA 4DSSA 1M2DA 3CTFA 1DE1A 2H66A 2I9HA 2FHEA 2H72A 3DD3A 3UARA 2TRXA 3TKSC 1T4YA 2LKUA 1YKAA 4POLA 2IMIA 1EP8A 1T4ZA 5ECIB 5FHIA 4MDCA 4LL4B 4MH3A 5FT3A 1WMJA 4PXOA 1GUKA 1GTUA 4N0VA 4TRXA 1G7EA 1VGLA 2LNSA 4TXOB 1H75A 1S3AA 5F07A 3P7XA 1JHBA 4EVMA 2H1DA 1URMA 3JCML 3C1SA 1T00A 4POKA 1YJ6A 3Q18A 3GNJA 2H73A 1WIKA 3PH9A 5JWOB 5JCWA 1Z3EA 2H6XA 1T1VA 3TUEA 4OFTA 4BWSA 2IMFA 2IL3A 1K0OA 4KDUA 5DQYA 2JZTA 2WDUA 4AJ8A 4KA0A 3UJ1A 5CRGA 2CT6A 2V32A 2IN3A 1X9MB 5HFIA 5B8BA 3E3EA 1JZDA 4GSNA 5A4UA 1TXXA 4IVFA 2OA7A 4TVEA 2MMOA 1R26A 4D73B 4KX4A 1MDKA 3TJGA 3EU3A 2LJAA 3F0IA 4KH7A 3KMOA 4YQMA 1M9AA 1SD8A 3ZFLA 2DBCA 2LNTA 1Z6NA 4AGSA 3P8WA 4G10A 3KJYA 5ELAA 2HRFA 3QOUA 1XBSA 2AAWA 5IMFA 5D9VA 2LTKA 2R4VA 5DJLA 1J08A 2C0GA 3TKRA 5GAPD 1YF1A 4WEYA 3TOTA 4XS1A 2AB6A 4ZBAA 4KNDA 4AJ7A 3KD0A 2WCIA 5G5EA 2JACA 2JZSA 2FY6A 3IDVA 3IXRA 2DMMA 2YJHA 4MABA 2RUFA 2GQKA 2RIIA 3ZIJA 2VO4A 5AISA 1MTCA 1EOGA 3F6DA 3FYGA 3US3A 3LYPA 1XZOA 4L5OA 1TKDB 3QAVA 4KSMA 3L78A 3CMIA 3LFLA 9GSSA 3HYPA 5ABRA 4IJ3A 1O8WA 3N5OA 5IMCA 4OMVA 2WZ9A 2WJUA 1MD4A 5IPGA 1GSSA 4PUFC 4Q5QA 2WB9A 5F05A 5AN1A 1PX7A 2VL2C 4ECCA 5DDLA 2E0QA 5C04A 4JE1A 2FWHA 4IHUA 5HR1A 3FHKA 3ZLPA 1FB6A 1PL1A 3ZIVA 1Z7PA 1EGRA 4BL7A 3U6VA 4PUAA 3LORA 2HYXA 3RPPA 2GGTA 3FRCA 1ST9A 3UAPA 3RPNA 3GSSA 4TW5A 5G30A 3ME8A 2MMZA 2OE0A 2X8HA 4HI7A 2HZEA 3MSZA 5ELGA 4TR3A 3G7YA 2MBSA 1M99A 3GKKA 2IMKA 1MDJA 2M80A 3BD2A 3DGQA 3ISOA 1XXUA 3TCOA 4F03A 1KNGA 5IMZA 3QD9A 2VM1A 3M0FA 4ZBBA 3GL3A 1TW9A 1QFNA 4EDZA 4WBRD 2KHPA 2H74A 5HR2A 3IR4A 1TP9A 4KW6A 5IO0A 3QPMA 3EC3A 1O6JA 4GQCA 4Q5RA 4IQAA 2MBTA 3ZFBA 4F9ZA 3A3TA 4GWRA 2P5QA 1KTEA 5LNKe 1W89A 3TKPA 4JU5A 3ZRDA 2RUEA 3LWAA 3GH6A 4EUYA 4HZ4A 2KOKA 4MMMA 4EL1A 2HXKA 2K6VA 4MJEA 4YAPA 2NDOA 4ISDA 3HDCA 5H5RA 4OFNA 3ERGA 1GRXA 4MLYA 3FEUA 1ZCPA 3K8NA 4RQRA 2C3QA 2LUSA 3HA9A 3UIWA 2V1MA 4TXVA 3EE2A 1NM3A 2CVBA 3D4MA 4JR4A 1YY7A 3ZTLA 1GULA 4TKYA 1QMVA 3D5JA 2EIRA 5HR3A 1N2AA 1XW9A 4OCFA 2VL3A 3RBTA 2HFDA 1AQVA 4NV2A 4HJMA 1TU8A 3M3MA 1SENA 5IMDA 5KEJA 1NW2A 2K18A 1R7HA 3KTLA 3TGZA 5D8IA 2V6OA 1EV9A 1OKTA 2RM6A 1PKWA 4J2FA 3GA4A 2VCQA 5HQPA 5A4WA 2O85A 1GSUA 1EEJA 2X99A 1QQ2A 4G2EA 2PU9C 2B1LA 2GT6A 3ZMKA 1USBA 1WJKA 2C4JA 1PQNA 3TKSA 2GZYA 2E7PA 4NAXA 2DLXA 2HSYA 8GSSA 1A23A 1DUGA 2FWEA 1Z9HA 3HHVA 1A0FA 2P0GA 3KH7A 1JFUA 2R6KA 2V2GA 1A0RP 2H6ZA 2R5GA 1XWAA 1XOBA 3MDKA 1K0MA 4G19A 4KDYA 20GSA 2FCHA 5IM9A 1BAYA 2AUVA 5G31A 4HQSA 3DRNA 1SK2A 5D9WA 3E9JB 2GQMA 2PVOC 4MPGA 4I6XA 4ACSA 2H8LA 3GH9A 3P90A 3GURA 3GMFA 5GAND 3L9UA 4NXIA 4V2LA 2O7KA 1RK4A 3UBKA 1A8LA 4AF2A 3DVXA 2F3MA 2DJKA 2PMTA 3GRXA 2YZUA 1KBNA 2GDRA 2YN1A 1OC3A 2PPTA 2JZRA 1TRWA 4KSOA 4V1Ap 4JRRA 1TK8B 2GSQA 2IMDA 1PKZA 4K2DA 1PSQA 1K3OA 1YKCA 6GSXA 1PMTA 1V40A 2I4AA 2C0FA 3L4NA 4QQ7A 2YWIA 5KN2A 2YV9A 3LXZA 1PA3A 1B9YC 3TJFA 4MPFA 4MH2A 1B9XC 3KP9A 4L0WA 5F06A 5AGYA 1F3AA 1BEDA 2OACA 5ECSA 2L6CA 1FVJA 4IW9A 5E59A 3TJJA 3GX0A 1ZGNA 2IPAA 3HXSA 4FH8A 4N11A 4FYCA 2F51A 2CX4A 3FW2A 4WKWA 4Z7XA 2H70A 3BCIA 3DYRA 4NHWA 3CYNA 5ECPB 2HT9A 4ZB6A 2AV4A 3RAZA 3GSTA 3ZVJA 2VCXA 3KZQA 5DVBA 4LL1B 4TR1A 4P3YB 3WD6A 2Z9SA 3KEBA 5G1KA 2J9HA 1U88A 1XCCA 2C0EA 4IQ1A 5HFGA 4K7NA 3J7Yk 3WGDA 1BG5A 2H1AA 1FVKA 3F8UA 1ZYEA 3L9VA 2PBJA 3TJBA 4I8BA 3FR9A 3L0HA 2CA8A 2VL2A 3KP8A 2XBIA 4MZWA 2BTOT 2B5XA 3GFKA 3HD5A 2HNLA 5ECHB 1XOAA 2O8VB 2H01A 1EV4A 3WGXA 5KN3A 2JADA 2X8GA 4X0XA 3C71A 5DALB 3H8QA 1VRSD 2CVKA 1ERTA 3IE3A 2CZ2A 1YDKA 3KM6A 2LQOA 1OE7A 3ERWA 2OBIA 5KN0A 4X43A 4V1Ag 2I1UA 2NPBA 3I43A 1B4PA 3FR3A 4MA9A 2VCVA 2PGTA 3A2WA 2LJRA 1ON4A 3N9JA 2OE1A 4TXOA 4N10A 1T7PB 1ERWA 2QKEA 3IK9A 1MDIA 11GSA 3D0ZA 1ZZYA 2GSRA 4ZIJA 5JCGA 3WT1A 1K3YA 5EY6A 2HSHA 1IYHA 1XW5A 2MYGA 2KUCA 2HE3A 3A2VA 3KMNA 5JWRB 1A2LA 2IWTA 3CSIA 1ACVA 2DJ0A 5CNWA 4ZL9A 1R5AA 1YZXA 3MNGA 5EL8A 5ID2B 4YQVA 2XHFA 3LEFA 4K1FA 4TOPA 2EIQA 4I5QA 1K0AA 5J4UA 4RI6A 2G0FA 2IMEA 1AIUA 4O32A 4Q5NA 4XRDA 3KCMA 1XWCA 4GLTA 4D73A 1OC9B 1FO5A 2L57A 2J23A 5IPHA 6GSTA 4ECIA 2AJQB 1JLWA 5ECNB 1FB0A 1M2AA 19GSA 1Z5YE 5JCUA 1MD3A 4ZB9A 3VLNA 2JSYA 2D2ZA 3UBLA 3SWLA 3ZZXA 3LYKA 1A2JA 4PQIA 1V9WA 5A5KA 2QC7A 3NOFA 1DE2A 4BWQA 3OR5A 3GKXA 5KN1A 1U6TA 2ZNMA 4CDOA 16GSA 1VF4A 3IPZA 1LU4A 3CBUA 2C3NA 2EIOA 4FO5A 3PR8A 5E4WA 3Q6OA 5ENUA 1PX6A 1X0RA 2I81A 4XCSA 5J3RA 1X5CA 3QMXA 2PVQA 1AQWA 3VWWA 5DQSA 2TIRA 4MF7A 3BCKA 1K0CA 4F2IA 4KCEA 3H79A 4ML1A 6GSYA 5J9BA 4LA1A 3GIXA 1I5GA 1GSFA 5HFKA 4PGTA 1SU9A 1ZMAA 4GCIA 1VF3A 3H93A 2B1KA 3LXTA 2VL9A 1UC7A 4I97A 2C80A 3VPQA 2P5RA 3DMLA 3H4KA 1TRUA 2YWOA 4OFMA 3TRXA 1EP7A 1HNCA 5IMVA 1GL8A 1XWKA 2E2GA 3TDGA 3FZ4A 2GVPA 2OKAA 1UN2A 4J56E 5DJMA 4MP4A 1VF2A 4WR5A 3DXBA 4IJIA 6GSSA 2B5YA 5G5FA 4NMUA 1RQMA 1WWJA 1ILOA 4ILFA 1YEPA 1B8XA 3IRAA 1TU7A 4HU7A 4JR6A 3HJPA 4V2MA 5F8BA 1K0NA 4E8HA 4AJ6A 5D96A 3ZREA 2YNXA 18GSA 4K0NA 4OD7A 2C1YA 1TOFA 2DJJA 4K7OA 3UOMA 3LGCA 1WP0A 4KDXA 3W8JA 3CSJA 5DCHA 1SYXA 1ML6A 4BA7A 1AW9A 4MJAA 4LMWA 4MZBA 4FYBA 4BVXA 2L4QA 4POBA 3DVWA 5GZZB 4F82A 2DJ3A 3VWXA 3H1NA 2GZZA 1O73A 2IIYA 3C7MA 14GSA 2N5FA 4K8MA 4HOJA 2H76A 1OC8A 2B7KA 1G6WA 1O7UA 1SKWB 4NPBA 2B3SA 4KE3A 2VUPA 4YH2A 3KGKA 3IA1A 1G0TA 4MZCA 4PX1A 4F0CA 4Q5FA 2V6KA 2A2SA 3UEMA 1GTAA 4POMA 2FWGA 4ZXGA 1J0FA 1NHYA 3FZAA 3ZL5A 4NV5A 2F8FA 3QFBC 3DIEA 1HYUA 3FZ5A 2VLVA 4N30A 4TN8A 4FYUA 1F2EA 1GLQA 4J57E 1OE8A 5CRHA 4CHSA 3VWVA 4YQUA 4ZL7A 3APSA 3GX8A 2VCTA 2FWFA 2AHEA 4L0UA 3RDWA 4HEA2 5DAKB 5EVOA 12GSA 4HUAA 3QR6A 5DCGA 2LS5A 3A2XA 2H30A 2LQQA 1B4QA 2JU5A 5ECOB 5A4VA 3SBCA 2CX3A 3F9UA 1EZKA 3PINA 4O7HA 5D93A 3VURA 3VI7A 2MMNA 3CRTA 2LRCA 3KH9A 1SL0B 4HS1A 5CRWA 2BMXA 1OKDA 5ECLB 2N5BA 3GV1A 3IBHA 2ALBA 5B6NA 1N8JA 4IN0A 4PURA 1NHOA 3GL5A 1ZYQB 4HU9A 4JZQA 2FA4A 2PERA 5DAKA 5CO3A 3APOA 4WR4A 1M2BA 4GQFA 3HJMA 2C8UA 4L5LA 4EF0A 1EOHA 4GF0A 1SKRB 1E6BA 5ECKB 3CSHA 3C73A 4XS4B 2LJKA 2B7JA 2VD1A 4CW9A 3ED3A 3C8EA 3TOUA 3D6IA 3QFAC 1PRXA 1ERVA 3TRPA 2KP1A 4JBBA 5IOWA 4WXTA 5CYYA 4YAVA 1SJ6A 1U87A 2LV3A 1GUMA 2MMAA 4KCAA 2YCDA 4IGJA 2B6MA 3O76A 4KUNA 1GH2A 4XTSA 2FD3A 1XVQA 2O87A 4GXZA 1QK8A 4BPYA 2TRCP 4FIWA 1OAZA 5CREA 1XWGA 4IELA 5INYA 2CVDA 3KIJA 2VOCA 4DSSB 2YWNA 4K6XA 3BOAA 3HZ4A 4WF4A 1TK5B 2YJ7A 1AAZA 1XWBA 4LLRA 4XIHA 3VI5A 1UVZA 2YZHA 2H1GA 4X1UA 1F3BA 3C1RA 6GSWA 2H0IA 5B8AA 1V57A 3TRQA 1XW6A 1ERUA 3MAKA 3HCZA 17GSA 5HR0A 3W8SA 4GSSA 2RLIA 4K7IA 1TJDA 2GQLA 3EURA 3EWLA 1FAAA 1JZOA 1QXHA 1AXDA 3EMXA 2HRNA 1JZRA 1SL1B 5D9XA 1SK0A 2H75A 1PN9A 4MF6A 3IV4A 1K3LA 2WRTA 2L4CA 4EC0A 2H0GA 2L5LA 3HVVA 4MCUA 2CAIA 5CAXA 2YANA 2LSTA 1V2AA 2VCZA 2NTOA 4NWYA 2HZFA 2FGXA 3KXOA 1TDIA 2ZCTA 3Q19A 1SJZA 1S3DA 7GSSA 4ZILA 3J7Yb 4RI7A 1H4OA 3A5WA 4BVYA 3R2QA 2GZPA 1GTBA 2DIYA 1Q98A 2HLSA 1O85A 3DEXA 4IBPA 3UVTA 2I3YA 3GYKA 1U3AA 4QL7A 1XPVA 2CV4A 3TJKA 5CRDA 3PGTA 5DALA 1E2YA 2ES7A 4EO3A 1EGOA 5C00A 3S9FA 1IYIA 1X9WB 4IP1A 1WRYA 1LJRA 3D21A 2FA8A 2OADA 1V58A 2AYTA 2K9FA 1WPIA 4DEJA 1U3IA 2R3XA 4HZ2A 5COHA 5LD0A 2GLRA 2O89A 4N0ZA 2XPEA 1GSYA 1R4WA 4IKHA 1SYRA 1ZOFA 1SJIA 2YWMA 2F8AA 3TKQA 3IAS2 1HD2A 1VF1A 1GNEA 4EE0A 4WETA 1W4VA 2NBSA 4H86A 4GTUA 3RHCA 2YOIA 2HI7A 2L59A 5ID2A 4I2TA 4PQHA 3I6AA 1WOUA 1BQ7A 3ZYWA 1FHEA 3BBYA 4TR0A 3FKFA 2MZCA 2H71A 2DJ2A 1I9DA 4G9HA 4O5RA 2CQ9A 3D22A 3VK9A 1M0UA 1OYJA 4IP6A 1O8XA 1OC9A 3F6FA 3APQA 2OBKA 2WFCA 1SD9A 3VPTA 2VM2A 1A2MA 1YF0A 4NHZA 5AIVA 2VD0A 2LEGA 2V41A 3HVXA 3I69A 4MJCA 1LBKA 1JZWA 2G2QA 1OVNA 2YPMA 2HZEB 4OO4A 1O81A 1T8EB 3EINA 1PL2A 3ME7A 1V98A 2F9SA 2CZ3A 3ERFA 5J9CA 2X64A 3WGEA 1M7TA 2VLUA 3GHAA 2A4VA 2KP2A 2WULA 1X5EA 2E2MA 3EYTA 4DVCA 3IOSA 3ZVJD 2XBQA 5J5NA 5D73A 3GKNA 1BYEA 2NVLA 3M8NA 2DJ1A 2ON5A 2QSIA 3NIVA 3FY7A 3UMAA 1GSEA 3QCPA 2JL4A 3Q74A 4GRFA 5G1LA 1TTZA 2R37A 2K8VA 2GS3A 2C0DA 1F9MA 4JEDA 1SL2B 2LRTA 2CAQA 3G7JA 3QDNA 5CP1A 3M9JA 5DBQA 3F4TA 3MWHA 4ULXA 1TRSA 2RM5A 3U5RE 3WYWA 3VWUA 5IMAA 1F37A 2H1BA 5IIZA 1MEKA 4DSQA 5FWGA 1XFLA 4ID0A 1C72A 3V1WA 1HNAA 4E8EA 1YEXA 2IJYA 1AQXA 2XPDA 2PWJA 2FLSA 5B7CA 22GSA 2H19A 1GLPA 2DIZA 4HJ2A 5JWQB 4L8EA 3EMPA 3G9BA 1BX9A 2ZUPA 5H5SA 4KB3A 1A8YA 4EKZA 4XHMA 3WT2A 4ZBDA 4MF5A 1S3CA 5D9TA 6GSVA 1Z7RA 3E0UA 4V2NA 3HZ8A 1ZL9A 3GUSA 3F4SA 3ZMLA 2WS2A 3IC4A 3HJOA 5EPFA 2GSTA 3P2AA 3VFIA 4I2UA 1CQGA 1Z6MA 2JSZA 3GN3A 3LG6A 2ON7A 1AC1A 1RW1A 10GSA 1XVWA 3ZITA 5LCZA 1DBYA 1G7OA 3F4RA 4HQZA 3GKMA 3IAM2 3TKSE 5IO2A 3HVSA 1CQHA 5ECRB 1HQOA 1QUWA 1GUHA 2OJLA 3EU4A 1JLVA 3LSZA 4OCEA 2P31A 4GSTA 1TK0B 1GWCA 3GTUB 3KTBA 2L5OA 3NZNA 1THXA 5AIXA 2H0HA 1WE0A 1SK1A 2VAFA 3RHBA 1B48A 1PD21 1T3BA 5IQYA 2VLTA 2GTUA 1HNBA 5B6MA 3HKRA 2L6DA 2WGRA 1GSDA 2DC5A 1TI1A 4RUVA 1F6MC 3LQ7A 2VIMA 3IHQA 4ML6A 3D4TA 1M9BA 1PGTA 5F0GA 1GSQA 4F0BA 1ABAA 3G7IA 2GSSA 1YQ1A 2VCWA 4EXJA 1R5PA 2OE3A 1BJXA 2GT5A 1FG4A 4LMVA 3GTUA 3FZ9A 2BJXA 5G2ZA 3HY2A 1Q4JA 3EVIA 1GP1A 1THOA 1FW1A 2K8SA 4OWYA 4KAEA 2YV7A 1J9BA 2A2RA 2DMLA 2X8CA 3UL3A 1NSWA 4ZL8A 2YP6A 4ECBA 4K0GA 5J41A 3TB2A 5IOXA 1EWXA 3F3RA 2N5AA 5H5QA 3QAGA 1A24A 5ECQB 2C3TA 4K9ZA 3QAWA 1G6YA 1K0BA 4ZB8A 13GSA 1GTIA 4ECJA 2REMA 4XRAA 4PNFA 4PNGA 2XC2A 3DKSA 2IFQB 1Y6EA 3L9SA 2H6YA 3CXGA 5GSTA 2DSAA 5GSSA 2M72A 3CTGA 4MK3A 3F3QA 4HDEA 4PQ1A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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