The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
116
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sequence length |
346
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structure length |
327
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Chain Sequence |
b'MELRHTPARDLDKFIEDHLLPNTFRTQVKEAIDIVRFLKERCFQGPVRVSKVVKGGSSRSDADLVVFLTKLTSFEDQLRRRGEFIQEIRRQLEACQREQKFKVTFEVQSPALSFVLSSPQLQQEVEFDVLPAFDALGQWTPGYKPNPEIYVQLIKECKSRGKEGEFSTCFTELQRDFLRNRPTKLKSLIRLVKHWYQTCKKTHGNKLPPQYALELLTVYAWEQGSRKTDFSTAQGFQTVLELVLKHQKLCIFWEAYYDFTNPVVGRCMLQQLKKPRPVILDPADPTGNVGGGDTHSWQRLAQEARVWLGYPCCKNLDGSLVGAWTML'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the 2'-specific and double-stranded RNA-activated interferon-induced antiviral protein 2'-5'-oligoadenylate synthetase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
2'-5'-oligoadenylate synthetase 1
|
| source organism |
Sus scrofa
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| molecule tags |
Transferase
|
| total genus |
116
|
| structure length |
327
|
| sequence length |
346
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.84: 2'-5' oligoadenylate synthase. |
| pdb deposition date | 2003-07-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01909 | NTP_transf_2 | Nucleotidyltransferase domain |
| A | PF10421 | OAS1_C | 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Poly(a)-polymerase, middle domain | 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZQX A; 4I2H A; 1TV9 A; 4QZB A; 8ICB A; 3RJH A; 3AU2 A; 1ZJM A; 3AQK A; 4RPX A; 9ICB A; 1XSL A; 3AQM A; 4UBC A; 2ID1 A; 2ZH8 A; 2DR9 A; 4EBJ A; 1ZQH A; 4IQV A; 4R66 A; 4XQ7 A; 4UD5 A; 3OVS A; 5CJ7 A; 4WC4 A; 8ICA A; 3ISC A; 3HX0 A; 4RWN A; 3H3A A; 4I2G A; 1BPZ A; 1BPX A; 4RWO A; 2PFP A; 5HRH A; 9ICT A; 2ZH9 A; 4MF8 A; 3WFR E; 3RJF A; 5HHH A; 4Z6F A; 4X4R A; 4I2E A; 7ICN A; 4ATB B; 1KNY A; 2ZH2 A; 2DVI A; 1Q79 A; 1UEV A; 4WC5 A; 3RJG A; 4RPY A; 4Z6C A; 1RPL A; 4RQ4 A; 5BOL A; 5J2H A; 4XQ8 A; 7ICT A; 4X4S A; 8ICU A; 1ZQF A; 4TUP A; 9ICE A; 5CB1 A; 2BPC A; 2ZH4 A; 1HUO A; 1Q78 A; 2BCU A; 4O5E A; 2ZHB A; 4P4M A; 5J0P A; 4M9J A; 3AQN A; 3UQ0 A; 7ICO A; 7ICE A; 4NM1 A; 5HRK A; 4KLF A; 5J0O A; 4GXI A; 4I27 A; 4WC2 A; 4AT7 B; 3RJI A; 4XRH A; 8ICL A; 2FMP A; 4LVS A; 4NXZ A; 2M2U A; 4Z6D A; 7ICH A; 4E80 A; 4WC3 A; 3WFS C; 3OV7 A; 7ICJ A; 5J29 A; 2RFF A; 9ICP A; 3OGU A; 2PFO A; 5HHI A; 4YCX A; 8ICG A; 1NO5 A; 1BPD A; 3WFQ E; 2ZH6 A; 9ICQ A; 3C5G A; 8ICO A; 1KEJ A; 4E8F A; 3C2K A; 2M2W A; 1MIY A; 9ICU A; 3MGI A; 8ICV A; 3C2L A; 3LQC B; 9ICV A; 1PX5 A; 5J0T A; 2ZH3 A; 4PGQ A; 4O5C A; 2BPF A; 2ISP A; 1ZJN A; 4QZE A; 4NKT A; 4QZF A; 5IIK A; 3RJJ A; 3JPO A; 1BPY A; 4KLU A; 7ICU A; 1MIV A; 5CP2 A; 3OUY B; 4QZ9 A; 4F5R A; 4KLO A; 2O5A A; 9ICI A; 2PFN A; 1R8A A; 3C18 A; 4DOC A; 1ZQR A; 1ZQA A; 8ICE A; 1KDH A; 5J2D A; 5DBC A; 5J0S A; 4M5D A; 7ICV A; 4MFA A; 4UAW A; 3V72 A; 4PGY A; 4F5Q A; 4X4N A; 3TFS A; 1MQ3 A; 4I2I A; 1ZQB A; 1ZQQ A; 4LZG A; 4RQ8 A; 4I2C A; 4YMO A; 4RT2 A; 5IIN A; 3K75 D; 1HUZ A; 3WFO A; 5J2J A; 4F5O A; 3JPP A; 3B0X A; 2BCS A; 4M9N A; 4KLD A; 4PGX A; 4AT8 B; 1V4A A; 1ZQG A; 5D49 A; 4M9H A; 4F5N A; 4R64 A; 4X4U A; 5J2I A; 8ICY A; 4GXJ A; 9ICS A; 1OU5 A; 4TUR A; 1NOM A; 7ICF A; 5HR9 A; 4R63 A; 3OUY A; 7ICQ A; 4RQ7 A; 4YMN A; 5J0R A; 2ZH5 A; 3L9D A; 4KLE A; 4RQ1 A; 2PBE A; 4FHX A; 1BPE A; 4KLM A; 4I28 A; 9ICO A; 7ICR A; 5J2F A; 3UXN A; 4PHP A; 5J2C A; 4EP7 A; 5J2A A; 5BPC A; 3RH5 A; 4LZD A; 3PNC A; 4YMM A; 4IQT A; 4QZD A; 4RQ3 A; 5IIL A; 4KLH A; 4JWN A; 5J2B A; 1ZQY A; 3AU6 A; 1UET A; 4QZI A; 1ZQK A; 8ICK A; 2HHP A; 5J2E A; 2M2V A; 3GDX A; 4KLI A; 3MBY A; 3AUO A; 8ICZ A; 5IIM A; 4DOA A; 1FA0 A; 4KLG A; 2O1P A; 5DDY A; 3PMN A; 3ISB A; 4FO6 A; 3OVA A; 1R8C A; 1F5A A; 5HRG A; 4TUQ A; 3H37 A; 5III A; 4DO9 A; 4QZ8 A; 2PFQ A; 4QZH A; 5TZV A; 3UQ2 A; 5EOZ A; 8ICC A; 3JPQ A; 4DOB A; 5DED A; 8ICH A; 8ICS A; 4WC7 A; 4ATB A; 4KLJ A; 1R89 A; 5BOM A; 1ZQN A; 1JMS A; 4FH5 A; 5DB9 A; 2DR8 A; 1MQ2 A; 5IIJ A; 4I2A A; 2PXI A; 2FMQ A; 3JPS A; 3C5F A; 2BCQ A; 2BCV A; 4X4O A; 4EBK A; 8ICX A; 4QZA A; 3HIY A; 4O5K A; 4X4V A; 2BPG A; 4MFF A; 4RQ2 A; 5DBB A; 4X4T A; 2BE3 A; 3V7L A; 2ZH1 A; 4FH3 A; 5DDM A; 5J2G A; 4JWM A; 3HJ4 A; 4IQU A; 4I2D A; 4TUS A; 4AT7 A; 4I2F A; 4FHW A; 4NLK A; 9ICF A; 1XSP A; 4UB1 A; 3HWT A; 5HRF A; 4RWP A; 4I2B A; 5J0Q A; 3MGH A; 5HRD A; 4X0A A; 4R65 A; 9ICG A; 4UB2 A; 8ICJ A; 2NRK A; 5J0U A; 4M0A A; 4IQW A; 3HJ1 A; 4YD1 A; 4UAY A; 8ICP A; 4PPX A; 4O9M A; 3UXP A; 5DBA A; 5J0X A; 5DB8 A; 4F5P A; 9ICC A; 3RJK A; 4RQ5 A; 5HC9 A; 8ICR A; 3TFR A; 4PHE A; 8ICI A; 3WFP A; 4K4G A; 4X4Q A; 9ICH A; 1RZT A; 9ICN A; 4UB4 A; 1ZQL A; 5J0W A; 5J2K A; 4MF2 A; 1TFY A; 5DB6 A; 1ZQT A; 4WBY A; 3JPR A; 3V7J A; 4P2H A; 1JQR A; 2W9M A; 2FMS A; 4RQ0 A; 5DKW A; 1ZQZ A; 9ICW A; 3MDC A; 4NLN A; 4XUS A; 3RH6 A; 1XSN A; 4M04 A; 3H39 A; 4FHV A; 4P4P A; 9ICK A; 4PHA A; 1ZQU A; 4M2Y A; 2Q66 A; 3PML A; 3HW8 A; 4UB3 A; 5CR0 A; 4KLQ A; 2M2T A; 2GWS A; 4RWQ A; 1ZQW A; 2BCR A; 4QZG A; 4K4H A; 3MDA A; 1BPB A; 4UB5 A; 4M9L A; 4KLL A; 4KLT A; 4UBB A; 3LK9 A; 4XA5 A; 4FHY A; 4QZC A; 4X5V A; 2IHM A; 1JN3 A; 3ISD A; 4YD2 A; 4PHD A; 2I9G A; 1UEU A; 1TFW A; 4AT8 A; 4I29 A; 1ZQM A; 4M9G A; 4NM2 A; 5DEC A; 4NLZ A; 4X0B A; 3UPS A; 9ICM A; 8ICT A; 5F2V O; 4WC0 A; 4YN4 A; 4P4O A; 1YLQ A; 8ICM A; 4M47 A; 5CA7 A; 1VJ7 A; 5D46 A; 9ICA A; 4NY8 A; 3AQL A; 1TVA A; 3NYB A; 4FHP A; 4PH5 A; 7ICP A; 4UD4 A; 9ICL A; 4RT3 A; 4WC1 A; 5DB7 A; 9ICX A; 4MFC A; 4I2J A; 4NKU A; 1MIW A; 4UAZ A; 7ICG A; 7ICS A; 3JPT A; 7ICI A; 4Z6E A; 3C66 A; 4RPZ A; 4KLS A; 4AT9 B; 2P66 A; 4X4P A; 2ZH7 A; 9ICJ A; 4GXK A; 3H38 A; 7ICM A; 5HRB A; 5CWR A; 2ZHA A; 1ZQE A; 4E7X A; 3UXO A; 4LT6 A; 2ISO A; 1ZQD A; 1VFG A; 7ICK A; 5D4B A; 3RH4 A; 3JZ0 A; 5J0Y A; 1ZQO A; 3OVB A; 2DRB A; 4WBZ A; 5HRE A; 7ICL A; 5HRL A; 1ZQI A; 1R8B A; 3RJE A; 3JYY A; 1ZQC A; 4WCW A; 4WC6 A; 2DR5 A; 3UPQ A; 8ICQ A; 2DR7 A; 9ICR A; 4IG8 A; 4K4I A; 5IIO A; 1ZQS A; 3JPN A; 5CHG A; 8ICF A; 2VAN A; 3C2M A; 1JAJ A; 4AT9 A; 3B0Y A; 8ICN A; 4S3N A; 1WOT A; 1ZQJ A; 1ZQP A; 2DRA A; 8ICW A; 1ZQV A; 3V7K A; 4RQ6 A; 5HRI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZQX A; 4I2H A; 1TV9 A; 4QZB A; 8ICB A; 3RJH A; 3AU2 A; 1ZJM A; 3AQK A; 4RPX A; 9ICB A; 1XSL A; 3AQM A; 4UBC A; 2ZH8 A; 2ID1 A; 2DR9 A; 4EBJ A; 1ZQH A; 4IQV A; 4R66 A; 4XQ7 A; 4UD5 A; 3OVS A; 3NWI A; 5CJ7 A; 4WC4 A; 8ICA A; 3ISC A; 4MKP A; 3HX0 A; 4RWN A; 3H3A A; 4I2G A; 1BPZ A; 1BPX A; 4RWO A; 2PFP A; 5HRH A; 9ICT A; 2ZH9 A; 4MF8 A; 3WFR E; 4O67 A; 3RJF A; 5HHH A; 4Z6F A; 4X4R A; 4I2E A; 7ICN A; 4ATB B; 4K9A A; 1KNY A; 2ZH2 A; 2DVI A; 1Q79 A; 4LEV A; 1UEV A; 1GPJ A; 4WC5 A; 3RJG A; 4RPY A; 4Z6C A; 1RPL A; 4RQ4 A; 5BOL A; 5J2H A; 4XQ8 A; 7ICT A; 4X4S A; 8ICU A; 1ZQF A; 2FCL A; 4TUP A; 9ICE A; 5CB1 A; 2BPC A; 2ZH4 A; 1HUO A; 1Q78 A; 2BCU A; 3EF2 A; 4O5E A; 2ZHB A; 4P4M A; 3ER8 C; 4WH5 A; 5J0P A; 4M9J A; 3AQN A; 3UQ0 A; 7ICO A; 7ICE A; 4NM1 A; 5HRK A; 4KLF A; 5J0O A; 4GXI A; 4I27 A; 4WC2 A; 4AT7 B; 3RJI A; 4XRH A; 8ICL A; 2FMP A; 4LVS A; 4NXZ A; 2M2U A; 4Z6D A; 7ICH A; 4E80 A; 4WC3 A; 3WFS C; 4JLZ A; 3OV7 A; 7ICJ A; 5J29 A; 2RFF A; 9ICP A; 3OGU A; 2PFO A; 3NVO A; 5HHI A; 4YCX A; 8ICG A; 1NO5 A; 1BPD A; 4OAG A; 3WFQ E; 2ZH6 A; 9ICQ A; 2BBJ A; 3C5G A; 8ICO A; 1KEJ A; 4E8F A; 3C2K A; 2M2W A; 5D63 A; 3ERC C; 1MIY A; 5CFU A; 9ICU A; 3MGI A; 8ICV A; 3C2L A; 4K97 A; 3LQC B; 9ICV A; 1PX5 A; 5J0T A; 2ZH3 A; 4PGQ A; 4O5C A; 2BPF A; 2ISP A; 1ZJN A; 4QZE A; 4NKT A; 4QZF A; 5IIK A; 3RJJ A; 3JPO A; 1BPY A; 4KLU A; 7ICU A; 1MIV A; 4HX0 A; 5CP2 A; 4WQK A; 2B56 A; 3CK6 A; 3OUY B; 4QZ9 A; 4F5R A; 4KLO A; 2O5A A; 4OAF A; 9ICI A; 2PFN A; 1R8A A; 3C18 A; 4DOC A; 1ZQR A; 1ZQA A; 8ICE A; 1KDH A; 5J2D A; 5DBC A; 5J0S A; 4M5D A; 7ICV A; 4MFA A; 4UAW A; 3V72 A; 4X4N A; 4PGY A; 4F5Q A; 3TFS A; 1MQ3 A; 4I2I A; 1ZQB A; 1ZQQ A; 4LZG A; 4RQ8 A; 2HN2 A; 4I2C A; 4YMO A; 4RT2 A; 2IUB A; 5IIN A; 3K75 D; 1HUZ A; 3WFO A; 5J2J A; 4F5O A; 2B51 A; 3JPP A; 3B0X A; 2BCS A; 4M9N A; 4KLD A; 3JCF A; 4K8V A; 4PGX A; 4AT8 B; 1V4A A; 1ZQG A; 5D49 A; 4M9H A; 4F5N A; 4R64 A; 4X4U A; 4EV6 A; 5J2I A; 8ICY A; 4GXJ A; 9ICS A; 1OU5 A; 4TUR A; 1NOM A; 7ICF A; 5HR9 A; 4R63 A; 3OUY A; 7ICQ A; 4RQ7 A; 4YMN A; 5J0R A; 4O68 A; 2ZH5 A; 3L9D A; 3NKU A; 4KLE A; 4RQ1 A; 3ER9 B; 2PBE A; 5CHE A; 4FHX A; 1BPE A; 4KLM A; 4I28 A; 9ICO A; 4EEB A; 7ICR A; 5J2F A; 3UXN A; 4PHP A; 5J2C A; 4EP7 A; 5J2A A; 5BPC A; 2HN1 A; 3RH5 A; 4LZD A; 3PNC A; 4YMM A; 4IQT A; 4QZD A; 4RQ3 A; 5IIL A; 4KLH A; 4JWN A; 5J2B A; 1ZQY A; 3AU6 A; 1UET A; 4K9B A; 4QZI A; 1ZQK A; 8ICK A; 2HHP A; 5J2E A; 2M2V A; 5B3Q A; 3GDX A; 3MBY A; 3AUO A; 4KLI A; 8ICZ A; 5IIM A; 4DOA A; 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4PHE A; 8ICI A; 3WFP A; 4K4G A; 4X4Q A; 9ICH A; 1RZT A; 4LEW A; 9ICN A; 4KM5 A; 4UB4 A; 2B4V A; 1ZQL A; 5J0W A; 5J2K A; 4MF2 A; 1TFY A; 5DB6 A; 4WOY A; 1ZQT A; 4WBY A; 3JPR A; 4OAH A; 3V7J A; 4P2H A; 1JQR A; 2W9M A; 4EED A; 2FMS A; 4RQ0 A; 5DKW A; 1ZQZ A; 9ICW A; 3MDC A; 4NLN A; 4XUS A; 3RH6 A; 4K99 A; 1XSN A; 4M04 A; 4FHV A; 3H39 A; 4P4P A; 9ICK A; 4PHA A; 2Q66 A; 1ZQU A; 4M2Y A; 4NXU A; 3MCR A; 3PML A; 3HW8 A; 4UB3 A; 5CR0 A; 4KLQ A; 2M2T A; 2GWS A; 4RWQ A; 1ZQW A; 2BCR A; 2IHO A; 4QZG A; 4K4H A; 3MDA A; 1BPB A; 4UB5 A; 4M9L A; 4KLL A; 4KLT A; 4UBB A; 3LK9 A; 4K98 A; 4XA5 A; 4FHY A; 4QZC A; 4X5V A; 2IHM A; 1JN3 A; 4O69 A; 4YD2 A; 4PHD A; 3ISD A; 2I9G A; 1UEU A; 1TFW A; 4AT8 A; 4FO1 A; 5B3P A; 4I29 A; 1ZQM A; 4M9G A; 4NM2 A; 5DEC A; 4NLZ A; 4X0B A; 3UPS A; 9ICM A; 4KB6 A; 8ICT A; 5F2V O; 4WC0 A; 4YN4 A; 4P4O A; 1YLQ A; 8ICM A; 4M47 A; 5CA7 A; 1VJ7 A; 5D46 A; 9ICA A; 4NY8 A; 3AQL A; 1TVA A; 3NYB A; 5CFT A; 4FHP A; 4PH5 A; 7ICP A; 4UD4 A; 9ICL A; 4RT3 A; 4NXT A; 4LEY A; 4WC1 A; 5DB7 A; 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