1Q81P

Crystal structure of minihelix with 3' puromycin bound to a-site of the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into Peptide Bond Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 37
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1q81P00
1VQ7L 1VQ8L 1Q7YM 3I55O 3CMAL 2QA4L 1VQ5O 3OW2K 2OTJO 1K8AP 1YI2O 3CCRO 2OTLL 3CCML 3CCLO 1M90M 1VQPO 1W2BK 1KC8P 1VQ9O 3G4SO 1Q86P 1K73M 3G71O 1M1KM 1VQLL 1VQML 1Q7YP 1QVGN 1YJ9L 1JJ2N 3CCEL 3CXCN 1YIJL 1VQ6L 3CCQO 1YITL 1YJWL 1VQKL 1VQNO 3CC2O 3CCVL 1K9MP 3CD6O 1VQOL 3CCSO 3G6EL 1Q82P 1VQ4L 3CC7L 1NJIM 1KD1P 1S72O 1QVGK 3CCJL 1QVFN 1JJ2K 3CXCK 3I55L 1VQ5L 3CMEO 1YHQO 1YI2L 3CCRL 3I56O 1Q81M 1KQSN 1N8RM 2QEXO 1YJNO 1VQPL 3CC4O 3CCUO 1VQ9L 3G4SL 3G71L 1NJIP 1M90P 1QVFK 1VQ7O 1YITO 1VQ8O 1K73P 1M1KP 1K8AM 2QA4O 3CMAO 3CCQL 2OTLO 1VQNL 3CC2L 1KQSK 3CCMO 1Q86M 3CD6L 2OTJL 3CCSL 1VQLO 3CPWK 3CCLL 1VQMO 1S72L 1YJ9O 3CCEO 1VQ6O 1YIJO 3CPWN 3OW2N 1K9MM 3CMEL 1YJWO 1YHQL 1VQKO 3CCVO 3I56L 1Q82M 1VQOO 2QEXL 1YJNL 3G6EO 1Q81P 1KD1M 1W2BN 3CC4L 1KC8M 3CCUL 1N8RP 1VQ4O 3CC7O 3CCJO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ7L 1VQ8L 1Q7YM 3I55O 3CMAL 2QA4L 1VQ5O 3OW2K 2OTJO 1K8AP 1YI2O 3CCRO 2OTLL 3CCML 3CCLO 1M90M 1VQPO 1W2BK 1KC8P 1VQ9O 3G4SO 1Q86P 1K73M 3G71O 1M1KM 1VQLL 5DLJA 1VQML 1Q7YP 1QVGN 1YJ9L 1JJ2N 3CCEL 3CXCN 1YIJL 1VQ6L 3CCQO 1YITL 1YJWL 1VQKL 1VQNO 3CC2O 3CCVL 1K9MP 4WJ0A 3CD6O 1VQOL 3CCSO 3G6EL 1Q82P 1VQ4L 3CC7L 1NJIM 1KD1P 1S72O 1QVGK 3CCJL 1QVFN 1JJ2K 3CXCK 5FCLA 3I55L 1VQ5L 5DQZA 3CMEO 4N06A 1YHQO 1YI2L 3CCRL 3I56O 1Q81M 1KQSN 1N8RM 5DS4A 2QEXO 1YJNO 1VQPL 4XTKA 3CC4O 3CCUO 1VQ9L 3G4SL 3G71L 1NJIP 1M90P 1QVFK 1VQ7O 1YITO 1VQ8O 1K73P 5DS6A 1M1KP 1K8AM 2QA4O 3CMAO 3CCQL 2YZSA 5DQTA 2OTLO 3GODA 3CC2L 1VQNL 1KQSK 3CCMO 5DS5A 1Q86M 3CD6L 2OTJL 3CCSL 1VQLO 3CPWK 4QDLA 3CCLL 1VQMO 1S72L 1YJ9O 3CCEO 1VQ6O 1YIJO 3CPWN 3OW2N 1K9MM 3CMEL 1YJWO 1YHQL 3NKDA 1VQKO 3CCVO 3I56L 1Q82M 4P6IC 1VQOO 4W8KA 2QEXL 1YJNL 3G6EO 1Q81P 1KD1M 1W2BN 3CC4L 1KC8M 3CCUL 1N8RP 1VQ4O 3CC7O 3CCJO
chains in the Genus database with same CATH topology
1VQ7L 1VQ8L 1Q7YM 3I55O 3CMAL 2QA4L 1VQ5O 3OW2K 2OTJO 1K8AP 1YI2O 3CCRO 2OTLL 3CCML 3CCLO 1M90M 1VQPO 1W2BK 1KC8P 1VQ9O 3G4SO 1Q86P 1K73M 3G71O 1M1KM 1VQLL 5DLJA 1VQML 1Q7YP 1QVGN 1YJ9L 1JJ2N 3CCEL 3CXCN 1YIJL 1VQ6L 3CCQO 1YITL 1YJWL 1VQKL 1VQNO 3CC2O 3CCVL 1K9MP 4WJ0A 3CD6O 1VQOL 3CCSO 3G6EL 1Q82P 1VQ4L 3CC7L 1NJIM 1KD1P 1S72O 1QVGK 3CCJL 1QVFN 1JJ2K 3CXCK 5FCLA 3I55L 1VQ5L 5DQZA 3CMEO 4N06A 1YHQO 1YI2L 3CCRL 3I56O 1Q81M 1KQSN 1N8RM 5DS4A 2QEXO 1YJNO 1VQPL 4XTKA 3CC4O 3CCUO 1VQ9L 3G4SL 3G71L 1NJIP 1M90P 1QVFK 1VQ7O 1YITO 1VQ8O 1K73P 5DS6A 1M1KP 1K8AM 2QA4O 3CMAO 3CCQL 2YZSA 5DQTA 2OTLO 3GODA 3CC2L 1VQNL 1KQSK 3CCMO 5DS5A 1Q86M 3CD6L 2OTJL 3CCSL 1VQLO 3CPWK 4QDLA 3CCLL 1VQMO 1S72L 1YJ9O 3CCEO 1VQ6O 1YIJO 3CPWN 3OW2N 1K9MM 3CMEL 1YJWO 1YHQL 3NKDA 1VQKO 3CCVO 3I56L 1Q82M 4P6IC 1VQOO 4W8KA 2QEXL 1YJNL 3G6EO 1Q81P 1KD1M 1W2BN 3CC4L 1KC8M 3CCUL 1N8RP 1VQ4O 3CC7O 3CCJO
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ7 L;  1VQ8 L;  1Q7Y M;  3I55 O;  3CMA L;  2QA4 L;  1VQ5 O;  3OW2 K;  2OTJ O;  1K8A P;  1YI2 O;  3CCR O;  2OTL L;  3CCM L;  3CCL O;  1M90 M;  1VQP O;  1W2B K;  1KC8 P;  1VQ9 O;  3G4S O;  1Q86 P;  1K73 M;  3G71 O;  1M1K M;  1VQL L;  1VQM L;  1Q7Y P;  1QVG N;  1YJ9 L;  1JJ2 N;  3CCE L;  3CXC N;  1YIJ L;  1VQ6 L;  3CCQ O;  1YIT L;  1YJW L;  1VQK L;  1VQN O;  3CC2 O;  3CCV L;  1K9M P;  3CD6 O;  1VQO L;  3CCS O;  3G6E L;  1Q82 P;  1VQ4 L;  3CC7 L;  1NJI M;  1KD1 P;  1S72 O;  1QVG K;  3CCJ L;  1QVF N;  1JJ2 K;  3CXC K;  3I55 L;  1VQ5 L;  3CME O;  1YHQ O;  1YI2 L;  3CCR L;  3I56 O;  1Q81 M;  1KQS N;  1N8R M;  2QEX O;  1YJN O;  1VQP L;  3CC4 O;  3CCU O;  1VQ9 L;  3G4S L;  3G71 L;  1NJI P;  1M90 P;  1QVF K;  1VQ7 O;  1YIT O;  1VQ8 O;  1K73 P;  1M1K P;  1K8A M;  2QA4 O;  3CMA O;  3CCQ L;  2OTL O;  1VQN L;  3CC2 L;  1KQS K;  3CCM O;  1Q86 M;  3CD6 L;  2OTJ L;  3CCS L;  1VQL O;  3CPW K;  3CCL L;  1VQM O;  1S72 L;  1YJ9 O;  3CCE O;  1VQ6 O;  1YIJ O;  3CPW N;  3OW2 N;  1K9M M;  3CME L;  1YJW O;  1YHQ L;  1VQK O;  3CCV O;  3I56 L;  1Q82 M;  1VQO O;  2QEX L;  1YJN L;  3G6E O;  1Q81 P;  1KD1 M;  1W2B N;  3CC4 L;  1KC8 M;  3CCU L;  1N8R P;  1VQ4 O;  3CC7 O;  3CCJ O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQ7 L;  1VQ8 L;  1Q7Y M;  3I55 O;  3CMA L;  2QA4 L;  1VQ5 O;  3OW2 K;  2OTJ O;  1K8A P;  1YI2 O;  3CCR O;  2OTL L;  3CCM L;  3CCL O;  1M90 M;  1VQP O;  1W2B K;  1KC8 P;  1VQ9 O;  3G4S O;  1Q86 P;  1K73 M;  3G71 O;  1M1K M;  1VQL L;  5DLJ A;  1VQM L;  1Q7Y P;  1QVG N;  1YJ9 L;  1JJ2 N;  3CCE L;  3CXC N;  1YIJ L;  1VQ6 L;  3CCQ O;  1YIT L;  1YJW L;  1VQK L;  1VQN O;  3CC2 O;  3CCV L;  1K9M P;  4WJ0 A;  3CD6 O;  1VQO L;  3CCS O;  3G6E L;  1Q82 P;  1VQ4 L;  3CC7 L;  1NJI M;  1KD1 P;  1S72 O;  1QVG K;  3CCJ L;  1QVF N;  1JJ2 K;  3CXC K;  5FCL A;  3I55 L;  1VQ5 L;  5DQZ A;  3CME O;  4N06 A;  1YHQ O;  1YI2 L;  3CCR L;  3I56 O;  1Q81 M;  1KQS N;  1N8R M;  5DS4 A;  2QEX O;  1YJN O;  1VQP L;  4XTK A;  3CC4 O;  3CCU O;  1VQ9 L;  3G4S L;  3G71 L;  1NJI P;  1M90 P;  1QVF K;  1VQ7 O;  1YIT O;  1VQ8 O;  1K73 P;  5DS6 A;  1M1K P;  1K8A M;  2QA4 O;  3CMA O;  3CCQ L;  2YZS A;  5DQT A;  2OTL O;  3GOD A;  3CC2 L;  1VQN L;  1KQS K;  3CCM O;  5DS5 A;  1Q86 M;  3CD6 L;  2OTJ L;  3CCS L;  1VQL O;  3CPW K;  4QDL A;  3CCL L;  1VQM O;  1S72 L;  1YJ9 O;  3CCE O;  1VQ6 O;  1YIJ O;  3CPW N;  3OW2 N;  1K9M M;  3CME L;  1YJW O;  1YHQ L;  3NKD A;  1VQK O;  3CCV O;  3I56 L;  1Q82 M;  4P6I C;  1VQO O;  4W8K A;  2QEX L;  1YJN L;  3G6E O;  1Q81 P;  1KD1 M;  1W2B N;  3CC4 L;  1KC8 M;  3CCU L;  1N8R P;  1VQ4 O;  3CC7 O;  3CCJ O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1VQ7 L;  1VQ8 L;  1Q7Y M;  3I55 O;  3CMA L;  2QA4 L;  1VQ5 O;  3OW2 K;  2OTJ O;  1K8A P;  1YI2 O;  3CCR O;  2OTL L;  3CCM L;  3CCL O;  1M90 M;  1VQP O;  1W2B K;  1KC8 P;  1VQ9 O;  3G4S O;  1Q86 P;  1K73 M;  3G71 O;  1M1K M;  1VQL L;  5DLJ A;  1VQM L;  1Q7Y P;  1QVG N;  1YJ9 L;  1JJ2 N;  3CCE L;  3CXC N;  1YIJ L;  1VQ6 L;  3CCQ O;  1YIT L;  1YJW L;  1VQK L;  1VQN O;  3CC2 O;  3CCV L;  1K9M P;  4WJ0 A;  3CD6 O;  1VQO L;  3CCS O;  3G6E L;  1Q82 P;  1VQ4 L;  3CC7 L;  1NJI M;  1KD1 P;  1S72 O;  1QVG K;  3CCJ L;  1QVF N;  1JJ2 K;  3CXC K;  5FCL A;  3I55 L;  1VQ5 L;  5DQZ A;  3CME O;  4N06 A;  1YHQ O;  1YI2 L;  3CCR L;  3I56 O;  1Q81 M;  1KQS N;  1N8R M;  5DS4 A;  2QEX O;  1YJN O;  1VQP L;  4XTK A;  3CC4 O;  3CCU O;  1VQ9 L;  3G4S L;  3G71 L;  1NJI P;  1M90 P;  1QVF K;  1VQ7 O;  1YIT O;  1VQ8 O;  1K73 P;  5DS6 A;  1M1K P;  1K8A M;  2QA4 O;  3CMA O;  3CCQ L;  2YZS A;  5DQT A;  2OTL O;  3GOD A;  3CC2 L;  1VQN L;  1KQS K;  3CCM O;  5DS5 A;  1Q86 M;  3CD6 L;  2OTJ L;  3CCS L;  1VQL O;  3CPW K;  4QDL A;  3CCL L;  1VQM O;  1S72 L;  1YJ9 O;  3CCE O;  1VQ6 O;  1YIJ O;  3CPW N;  3OW2 N;  1K9M M;  3CME L;  1YJW O;  1YHQ L;  3NKD A;  1VQK O;  3CCV O;  3I56 L;  1Q82 M;  4P6I C;  1VQO O;  4W8K A;  2QEX L;  1YJN L;  3G6E O;  1Q81 P;  1KD1 M;  1W2B N;  3CC4 L;  1KC8 M;  3CCU L;  1N8R P;  1VQ4 O;  3CC7 O;  3CCJ O; 
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