1Q82M

Crystal structure of cc-puromycin bound to the a-site of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights Into Peptide Bond Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 30
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1q82M02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1q82M01
3CMEO 1YJ9L 1KC8M 1VQLL 3CCJO 3CCRL 1YJ9O 1K9MP 1K8AP 1YI2L 1Q81M 1N8RP 1VQ4L 3CMAL 1VQ5L 1VQ8L 3CPWN 1VQKL 3CCML 1YIJO 3CMAO 1K73P 3CCMO 2QEXO 1M90P 1VQML 1VQ7O 1QVFN 1KD1M 1KC8P 1KQSK 3CCQL 1YJWL 1Q86M 3CCQO 3CMEL 1Q81P 1M1KM 3CCJL 3G71O 1QVGN 1VQ9L 3CC7L 3CPWK 1VQ6O 1VQ9O 3CC7O 1YIJL 1VQPO 1W2BN 1KD1P 2QEXL 1Q86P 3I56L 3CCEO 1Q7YM 1QVFK 3I56O 1VQ7L 2OTJL 1M1KP 1S72O 2OTJO 1NJIM 1VQNL 1JJ2N 3CCVO 1VQNO 1YHQL 3G71L 1QVGK 1YHQO 3CCLL 1YITL 1Q7YP 1VQ6L 3G4SO 1YITO 1W2BK 3CCLO 3OW2N 1VQPL 3CD6L 2OTLO 3CD6O 3CCEL 1NJIP 3I55L 1Q82M 1VQOL 3I55O 3CCUL 1S72L 3CCSL 3CXCN 1VQOO 3CC2O 3CCUO 3CCSO 1YJNO 1JJ2K 3CCVL 3G6EO 2QA4L 2QA4O 1VQLO 3CCRO 1YI2O 3OW2K 3G4SL 3CC4L 1Q82P 1VQ4O 1VQ5O 1VQ8O 3CC4O 2OTLL 1VQKO 1K9MM 1K8AM 1N8RM 1VQMO 3CXCK 1K73M 3CC2L 1YJWO 1YJNL 1KQSN 1M90M 3G6EL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CMEO 1YJ9L 1KC8M 1VQLL 3CCJO 3CCRL 1YJ9O 1K9MP 1K8AP 1YI2L 1Q81M 1N8RP 1VQ4L 3CMAL 1VQ5L 1VQ8L 3CPWN 1VQKL 3CCML 1YIJO 3GODA 3CMAO 1K73P 3CCMO 2QEXO 5DLJA 1M90P 1VQML 5FCLA 4QDLA 1VQ7O 1QVFN 1KD1M 1KC8P 1KQSK 3CCQL 1YJWL 1Q86M 3CCQO 3CMEL 1Q81P 1M1KM 3CCJL 3G71O 4P6IC 5DQZA 1QVGN 1VQ9L 3CC7L 3CPWK 4N06A 4XTKA 1VQ6O 1VQ9O 3CC7O 1YIJL 1VQPO 1W2BN 1KD1P 2QEXL 1Q86P 3I56L 3CCEO 1Q7YM 1QVFK 3I56O 1VQ7L 2OTJL 2YZSA 1M1KP 1S72O 2OTJO 1NJIM 1VQNL 1JJ2N 3CCVO 1VQNO 1YHQL 3G71L 1QVGK 1YHQO 3CCLL 1YITL 1Q7YP 1VQ6L 3G4SO 1YITO 1W2BK 3CCLO 4WJ0A 3OW2N 1VQPL 3CD6L 4W8KA 2OTLO 5DS4A 3CD6O 5DQTA 5DS5A 3CCEL 1NJIP 3I55L 1Q82M 1VQOL 3I55O 5DS6A 3CCUL 1S72L 3CCSL 3CXCN 1VQOO 3CC2O 3CCUO 3CCSO 1YJNO 1JJ2K 3CCVL 3G6EO 2QA4L 2QA4O 1VQLO 3CCRO 1YI2O 3OW2K 3G4SL 3CC4L 1Q82P 1VQ4O 3NKDA 1VQ5O 3CC4O 1VQ8O 1VQKO 2OTLL 1K9MM 1K8AM 1N8RM 1VQMO 3CXCK 1K73M 3CC2L 1YJWO 1YJNL 1KQSN 1M90M 3G6EL
chains in the Genus database with same CATH topology
3CMEO 1YJ9L 1KC8M 1VQLL 3CCJO 3CCRL 1YJ9O 1K9MP 1K8AP 1YI2L 1Q81M 1N8RP 1VQ4L 3CMAL 1VQ5L 1VQ8L 3CPWN 1VQKL 3CCML 1YIJO 3GODA 3CMAO 1K73P 3CCMO 2QEXO 5DLJA 1M90P 1VQML 5FCLA 4QDLA 1VQ7O 1QVFN 1KD1M 1KC8P 1KQSK 3CCQL 1YJWL 1Q86M 3CCQO 3CMEL 1Q81P 1M1KM 3CCJL 3G71O 4P6IC 5DQZA 1QVGN 1VQ9L 3CC7L 3CPWK 4N06A 4XTKA 1VQ6O 1VQ9O 3CC7O 1YIJL 1VQPO 1W2BN 1KD1P 2QEXL 1Q86P 3I56L 3CCEO 1Q7YM 1QVFK 3I56O 1VQ7L 2OTJL 2YZSA 1M1KP 1S72O 2OTJO 1NJIM 1VQNL 1JJ2N 3CCVO 1VQNO 1YHQL 3G71L 1QVGK 1YHQO 3CCLL 1YITL 1Q7YP 1VQ6L 3G4SO 1YITO 1W2BK 3CCLO 4WJ0A 3OW2N 1VQPL 3CD6L 4W8KA 2OTLO 5DS4A 3CD6O 5DQTA 5DS5A 3CCEL 1NJIP 3I55L 1Q82M 1VQOL 3I55O 5DS6A 3CCUL 1S72L 3CCSL 3CXCN 1VQOO 3CC2O 3CCUO 3CCSO 1YJNO 1JJ2K 3CCVL 3G6EO 2QA4L 2QA4O 1VQLO 3CCRO 1YI2O 3OW2K 3G4SL 3CC4L 1Q82P 1VQ4O 3NKDA 1VQ5O 3CC4O 1VQ8O 1VQKO 2OTLL 1K9MM 1K8AM 1N8RM 1VQMO 3CXCK 1K73M 3CC2L 1YJWO 1YJNL 1KQSN 1M90M 3G6EL
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CME O;  1YJ9 L;  1KC8 M;  1VQL L;  3CCJ O;  3CCR L;  1YJ9 O;  1K9M P;  1K8A P;  1YI2 L;  1Q81 M;  1N8R P;  1VQ4 L;  3CMA L;  1VQ5 L;  1VQ8 L;  3CPW N;  1VQK L;  3CCM L;  1YIJ O;  3CMA O;  1K73 P;  3CCM O;  2QEX O;  1M90 P;  1VQM L;  1VQ7 O;  1QVF N;  1KD1 M;  1KC8 P;  1KQS K;  3CCQ L;  1YJW L;  1Q86 M;  3CCQ O;  3CME L;  1Q81 P;  1M1K M;  3CCJ L;  3G71 O;  1QVG N;  1VQ9 L;  3CC7 L;  3CPW K;  1VQ6 O;  1VQ9 O;  3CC7 O;  1YIJ L;  1VQP O;  1W2B N;  1KD1 P;  2QEX L;  1Q86 P;  3I56 L;  3CCE O;  1Q7Y M;  1QVF K;  3I56 O;  1VQ7 L;  2OTJ L;  1M1K P;  1S72 O;  2OTJ O;  1NJI M;  1VQN L;  1JJ2 N;  3CCV O;  1VQN O;  1YHQ L;  3G71 L;  1QVG K;  1YHQ O;  3CCL L;  1YIT L;  1Q7Y P;  1VQ6 L;  3G4S O;  1YIT O;  1W2B K;  3CCL O;  3OW2 N;  1VQP L;  3CD6 L;  2OTL O;  3CD6 O;  3CCE L;  1NJI P;  3I55 L;  1Q82 M;  1VQO L;  3I55 O;  3CCU L;  1S72 L;  3CCS L;  3CXC N;  1VQO O;  3CC2 O;  3CCU O;  3CCS O;  1YJN O;  1JJ2 K;  3CCV L;  3G6E O;  2QA4 L;  2QA4 O;  1VQL O;  3CCR O;  1YI2 O;  3OW2 K;  3G4S L;  3CC4 L;  1Q82 P;  1VQ4 O;  1VQ5 O;  1VQ8 O;  3CC4 O;  2OTL L;  1VQK O;  1K9M M;  1K8A M;  1N8R M;  1VQM O;  3CXC K;  1K73 M;  3CC2 L;  1YJW O;  1YJN L;  1KQS N;  1M90 M;  3G6E L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CME O;  1YJ9 L;  1KC8 M;  1VQL L;  3CCJ O;  3CCR L;  1YJ9 O;  1K9M P;  1K8A P;  1YI2 L;  1Q81 M;  1N8R P;  1VQ4 L;  3CMA L;  1VQ5 L;  1VQ8 L;  3CPW N;  1VQK L;  3CCM L;  1YIJ O;  3GOD A;  3CMA O;  1K73 P;  3CCM O;  2QEX O;  5DLJ A;  1M90 P;  1VQM L;  5FCL A;  4QDL A;  1VQ7 O;  1QVF N;  1KD1 M;  1KC8 P;  1KQS K;  3CCQ L;  1YJW L;  1Q86 M;  3CCQ O;  3CME L;  1Q81 P;  1M1K M;  3CCJ L;  3G71 O;  4P6I C;  5DQZ A;  1QVG N;  1VQ9 L;  3CC7 L;  3CPW K;  4N06 A;  4XTK A;  1VQ6 O;  1VQ9 O;  3CC7 O;  1YIJ L;  1VQP O;  1W2B N;  1KD1 P;  2QEX L;  1Q86 P;  3I56 L;  3CCE O;  1Q7Y M;  1QVF K;  3I56 O;  1VQ7 L;  2OTJ L;  2YZS A;  1M1K P;  1S72 O;  2OTJ O;  1NJI M;  1VQN L;  1JJ2 N;  3CCV O;  1VQN O;  1YHQ L;  3G71 L;  1QVG K;  1YHQ O;  3CCL L;  1YIT L;  1Q7Y P;  1VQ6 L;  3G4S O;  1YIT O;  1W2B K;  3CCL O;  4WJ0 A;  3OW2 N;  1VQP L;  3CD6 L;  4W8K A;  2OTL O;  5DS4 A;  3CD6 O;  5DQT A;  5DS5 A;  3CCE L;  1NJI P;  3I55 L;  1Q82 M;  1VQO L;  3I55 O;  5DS6 A;  3CCU L;  1S72 L;  3CCS L;  3CXC N;  1VQO O;  3CC2 O;  3CCU O;  3CCS O;  1YJN O;  1JJ2 K;  3CCV L;  3G6E O;  2QA4 L;  2QA4 O;  1VQL O;  3CCR O;  1YI2 O;  3OW2 K;  3G4S L;  3CC4 L;  1Q82 P;  1VQ4 O;  3NKD A;  1VQ5 O;  3CC4 O;  1VQ8 O;  1VQK O;  2OTL L;  1K9M M;  1K8A M;  1N8R M;  1VQM O;  3CXC K;  1K73 M;  3CC2 L;  1YJW O;  1YJN L;  1KQS N;  1M90 M;  3G6E L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CME O;  1YJ9 L;  1KC8 M;  1VQL L;  3CCJ O;  3CCR L;  1YJ9 O;  1K9M P;  1K8A P;  1YI2 L;  1Q81 M;  1N8R P;  1VQ4 L;  3CMA L;  1VQ5 L;  1VQ8 L;  3CPW N;  1VQK L;  3CCM L;  1YIJ O;  3GOD A;  3CMA O;  1K73 P;  3CCM O;  2QEX O;  5DLJ A;  1M90 P;  1VQM L;  5FCL A;  4QDL A;  1VQ7 O;  1QVF N;  1KD1 M;  1KC8 P;  1KQS K;  3CCQ L;  1YJW L;  1Q86 M;  3CCQ O;  3CME L;  1Q81 P;  1M1K M;  3CCJ L;  3G71 O;  4P6I C;  5DQZ A;  1QVG N;  1VQ9 L;  3CC7 L;  3CPW K;  4N06 A;  4XTK A;  1VQ6 O;  1VQ9 O;  3CC7 O;  1YIJ L;  1VQP O;  1W2B N;  1KD1 P;  2QEX L;  1Q86 P;  3I56 L;  3CCE O;  1Q7Y M;  1QVF K;  3I56 O;  1VQ7 L;  2OTJ L;  2YZS A;  1M1K P;  1S72 O;  2OTJ O;  1NJI M;  1VQN L;  1JJ2 N;  3CCV O;  1VQN O;  1YHQ L;  3G71 L;  1QVG K;  1YHQ O;  3CCL L;  1YIT L;  1Q7Y P;  1VQ6 L;  3G4S O;  1YIT O;  1W2B K;  3CCL O;  4WJ0 A;  3OW2 N;  1VQP L;  3CD6 L;  4W8K A;  2OTL O;  5DS4 A;  3CD6 O;  5DQT A;  5DS5 A;  3CCE L;  1NJI P;  3I55 L;  1Q82 M;  1VQO L;  3I55 O;  5DS6 A;  3CCU L;  1S72 L;  3CCS L;  3CXC N;  1VQO O;  3CC2 O;  3CCU O;  3CCS O;  1YJN O;  1JJ2 K;  3CCV L;  3G6E O;  2QA4 L;  2QA4 O;  1VQL O;  3CCR O;  1YI2 O;  3OW2 K;  3G4S L;  3CC4 L;  1Q82 P;  1VQ4 O;  3NKD A;  1VQ5 O;  3CC4 O;  1VQ8 O;  1VQK O;  2OTL L;  1K9M M;  1K8A M;  1N8R M;  1VQM O;  3CXC K;  1K73 M;  3CC2 L;  1YJW O;  1YJN L;  1KQS N;  1M90 M;  3G6E L; 
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