1Q82O

Crystal structure of cc-puromycin bound to the a-site of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Insights Into Peptide Bond Formation
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q82O00
1VQPN 3CCMN 1K8AO 3CCRN 5GAHP 1VQKN 1YJ9N 1K9MO 3PIPL 2QEXN 3CCLN 3CC2N 5GAGP 3CCVN 2OTLN 5DM7L 1Q82O 3OW2M 1YHQN 1K73O 3CCUN 3I55N 4WF9L 2QA4N 1YJNN 2OTJN 1VQ9N 3CPWM 4IOAL 1N8RO 4WFNL 4IO9L 1KQSM 1VQLN 3G6EN 3CMEN 3I56N 5DM6L 1Q81O 5MLCQ 1VQNN 1NJIO 1M1KO 4WFBL 1VQ8N 1VQ7N 1VQ6N 4IOCL 5GAEP 3CCQN 2ZJRL 5JVGL 1YJWN 1W2BM 1ILYA 3DLLL 4WFAL 1S72N 1Q7YO 1VQMN 1QVGM 3CC7N 3CCEN 3CCJN 5GADP 5H1SQ 1VQ4N 4UY8O 3CXCM 3PIOL 3CMAN 1OVYA 3G4SN 3CF5L 1QVFM 4U67L 1KD1O 1VQON 1YI2N 3CCSN 5HL7L 1VQ5N 4WCEL 3CD6N 2ZJPL 1KC8O 1YITN 3G71N 1M90O 3CC4N 3J7ZO 1Q86O 1JJ2M 1YIJN 5JVHL 2ZJQL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WUSA 3J7AP 1NU0A 4KTQA 4GKKK 3VESA 1QS4A 3H08A 1KFSA 3ALYA 1XC3A 2W6KA 4HCBA 3ZT1A 4M3UA 1IKXA 3ZLJA 4LF4K 2KZZA 3CYMA 4DTXA 3D7EO 1VSFA 1YTAA 4B9MA 4GNIA 3THVA 4HTLA 3PV8A 2NRZA 3U3GA 4Z4CA 3QIPA 4FWMA 1Q82O 2AJQA 3HJFA 3G25A 4OO1J 4ZHRA 4K43A 2OA8A 3M5RA 3SYZA 3RR7A 2HF3A 4IG0A 4CJ7A 3HT3A 1SL2A 2VCPA 4WFNL 4JD2A 2DFEA 4FK4A 3AA3A 4H0YB 4HUGA 1BU6O 1FJGK 5JLHA 4CF0A 2D0AA 4FJNA 4Z94A 2A1SA 3E9PA 4DS4A 1SV5A 4FPAA 2A41A 1VSHA 5HLFA 3QESA 4O8KA 2RHKA 4AHSA 3VMFB 3V9XA 1EWQA 4Y0WA 4B08A 4E7LA 3L4IA 2XY7A 3L3VA 1BDGA 2NZTA 3N4PA 4DUZK 3PLAA 1QQCA 1N32K 4FWNA 4FM0A 2XY5A 5GIPA 3ULEA 2P9KB 4AM7A 3L2RA 3LM9A 3FR0A 3VEXA 1HKGA 1VQ4N 2IS3A 5JMVA 5KQ8A 4CZMA 3MEDA 3CJAA 3SUNA 3AVGA 3ZETA 1RDUA 3NMUA 2P9IB 3P39A 1VSJA 4WYBA 3O3FA 3EEQA 3HYFA 2Q0UA 2P9LB 2QXLA 4RTFD 1VQ5N 4JHDA 2D0OA 1S3XA 2QWMA 4CGJA 3MX5A 2HHSA 1QZ5A 3TAQA 4F2SA 4M41A 4KH6A 3PX4A 2GV9A 2P5OA 1RDDA 4Q5VA 2P9NA 2HBJA 1S1TA 4CHOA 3SZ2A 3CCMN 4IJAA 3VETA 2QKBA 1JXEA 1NMDA 3U9DA 3KWIA 3UKUA 4E7KA 2NRTA 3JXUA 4RW6A 1IBMK 3D2FB 3G10A 2NRRA 4C8MA 2OPQA 3WXKA 4QS8A 1BI4B 1K6YA 5KTQA 1NNEA 3M8RA 1RT1A 3NH0A 1OH6A 4DV7K 3ULEB 2OPPA 1E4FT 2D1KA 5SWMA 4DHYA 3K5MA 2YNHA 3VERA 1RT2A 5AJ3K 4DLGA 4ELVA 5C12A 3THWA 4JKAA 3RSEA 5CY4A 2XRIA 4RG8A 3QNOA 5MLCQ 3MX2A 1Z05A 1KAYA 1BCMA 4YOXA 2XO7A 3K0SA 4FJHA 3AAQA 4JKDA 3J81O 4OVLA 4YHHK 1WBBA 4YNQA 3HPGA 5TKWA 4M42A 5HOOA 2E2QA 3NDKA 5HROA 1RDCA 3ATVA 2PYJA 3LZIA 3ZSVA 2O8DA 1S1WA 3OS1A 3VEYA 3DMJA 3HZ6A 1U2VA 3UKRA 1SUQA 1EO1A 3CC7N 4JI5K 3U9ZA 2UUAK 4O4GA 5H1SQ 1NK4A 4M63C 3DLGA 2X74A 4B1YB 4E7HA 4H4MA 2ZF5O 1O1WA 3TABA 2CGLA 3THWB 3A8YA 4AHUA 5C2DA 3CJ9A 1ATRA 1CZAN 5AQIA 5EU7A 1KCFA 4GKJK 5AQZA 3SQ2A 3KKSA 3BZCA 1QSSA 5JVHL 4FLZA 3AO1A 4LD0A 1HYZA 4AQYK 3OYEA 4L3QA 3TSQA 3T3FA 1XNRK 5FDLA 3KKRA 1DTQA 3SAFA 3DWLA 3A0IX 1U2VB 2BGGA 2QK9A 2HHUA 1CZBA 2E88A 5HP1A 4IXCA 3SUQA 4NCAA 4JNEA 3Q7CA 1EQYA 3P38A 4CI6A 3VTHA 3NGIA 1DLOA 4CW7B 4JS4A 1A5VA 3CCVN 4E7IA 2KW4A 3PX6A 1VAZA 5AQQA 4EZ9A 4OPKA 3NF9A 1B9FA 1J53A 4GVEA 2HBLA 3CPWM 1EXQA 1N8RO 4Z4GA 1RBTA 1GOBA 4B3OA 1UAXA 5KPZA 3DJCA 1J54A 4F4KA 3O9TA 3K9JA 5DK5A 2QW9A 1YVNA 3PO5A 4FLXA 3THXB 4WFBL 1L3TA 2P5GA 4RW4A 1GLLO 1VQ7N 2E8AA 1NGBA 4IOCL 1TL3A 4CIGA 4FM2A 1T6DA 3ZCMA 3SPZA 2HVIA 5HRPA 5I42A 3LAKA 4ZTJA 4FJJA 1YJWN 1N36K 1W2BM 1U45A 3LALA 2FSJA 5GINA 1S72N 2D0CA 2F7TA 2WTUA 3LZJA 1JLFA 1SKWA 1LAWA 5K14A 4IO8A 3GDQA 5AQRA 3CCJN 3AVNA 5FROA 4CZEA 3MXJA 3CXCM 3DXKB 3A2FA 3CMAN 1OVYA 3G4SN 3CF5L 4I7FA 3OTOK 1JXBA 1BGXT 4C1NK 2QWPA 3TTFA 4O5FA 4IFYA 4KHQA 3O9QA 2IVOA 1SQKA 4F8RA 1RT7A 1NK7A 4CERA 4DU3A 4O0JA 4B1WB 2H3GX 4CFCA 1WSEA 2ZJQL 3THYA 2F8SA 4N76A 1FW6A 2O8FA 4NO7A 4PQUA 5F2RA 3WEEB 3WNEA 2B6AA 3CCRN 3OYDA 3O1WA 3RMCA 3KJVA 4I2QA 4DR7K 2FF3B 5LMNK 4A61A 4JLHA 2A6AA 1RT4A 3OJUA 2E1ZA 4CJQA 3IRXA 4FJMA 3SMPA 3K5LA 1E4GT 1NOYA 4CECA 5J2PA 4CEEA 1SL1A 3OVNA 1C1BA 4AM6A 4CJVA 4BDYA 4DSKA 1JLAA 3WXMB 3AVKA 4BDZA 1WBDA 4H0OA 3TR8A 2QA4N 5LJVA 1VQ9N 4BR4A 1WSHA 2NRXA 4CJKA 5SZTA 3OYBA 3AA4A 3KHYA 4N47A 3C6UA 2EWSA 5DM6L 2KFZA 4AHCA 5LY3A 3I8BA 1VSEA 2OPSA 3LWMA 4BR9A 4OLBA 3AV9A 4CJUA 3OY9A 4NCBA 1YUWA 2JWLA 5GAEP 1HRHA 3VQEA 2ZJRL 3P83D 2O8DB 1RT6A 3AO2A 3AVAA 4E1NA 4DV4K 4ICLA 3SV3A 1ZBSA 4IFVA 5M1FA 3OA9A 3P31A 3S41A 1TK5A 3SJHA 4Z4FA 1IKVA 2VWKA 4DSJA 4NCGA 1GLFO 5AQHA 1FKOA 4CGGA 1JL2A 1GLBG 1TV6A 1X9JA 1VQON 3ZSWA 3EO3A 2RPIA 2YHAA 4AF1A 3T1YK 2JWKA 3R8EA 4CZGA 1K8KB 4DR6K 1HPZA 4JKBA 3HXMA 1KC8O 3HTVA 1HMVA 1UOCA 2A40A 1CZ9A 1VQPN 4B3MK 3ZSXA 1ZC6A 1IBLK 3NHGA 4I6MB 4W5RA 1TK8A 4HHTA 3ZX3A 4CEOA 2PZSA 4B9TA 5KGXA 4CHNA 2XY8A 1S6QA 3IKMA 4EZ6A 3J80O 4C23A 1TVRA 3WT0A 4KH4A 3Q7BA 4DR5K 2D5RA 3FZFA 5E41A 3E9OA 4HTUA 4B1ZA 5DM7L 4CHYA 2YKMA 4BE1A 1BUPA 1FKPA 4CJLA 1S5JA 2E20A 3UKRB 1SAZA 4BRDA 4J2BA 4C1NI 4IO9L 4BR2A 4CEDA 1NK9A 3EE8A 3KTQA 4F3OA 3O80A 5AQYA 1IO2A 3O5BA 2ATQA 4B1UB 5BREA 1C1AA 1GOCA 1RBUA 4CBXA 4CFBA 1DKGD 2FC0A 1EX4A 2HBMA 2HF4A 3TARA 4FWSA 1EKEA 5CZ2A 3TI0A 3VF4A 5TKYA 1VSLA 4E1JA 3CFPA 2P9PA 1LAVA 3C95A 4EIAA 4FWRA 5JS1A 3CCQN 3OYJA 1Z26A 3DRRA 3MN7A 5C10A 4K0KK 2O4GA 4LFBK 1XI1A 1LOTB 3DLRA 2ASPA 3FZKA 3QBXA 3HM8A 2YHWA 1Q9YA 3SJJA 3AVBA 1Q8IA 4ISGA 3NGZA 1T44A 3VPZA 3L0QA 2OZMA 2GTDA 3BF3A 1GLJO 2O8CB 2G8VA 3OS0A 3RMBA 1NGCA 4DF4A 3VN5A 4FCYA 3O1BA 1NK8A 3CPEA 3MN6A 1JLGA 2EX3A 2VWJA 2FBVA 4B9UA 5KQDA 1Q86O 4B8CA 1U47A 1CXUA 3AVCA 1ATNA 4JK7A 2P9PB 3AGRA 4LFCK 3TAPA 1N5YA 3ENOA 1MWKA 1ASVA 1RCHA 4BGAA 4FLYA 4FW1A 5ADXA 2PYLA 1C0MA 5M1NA 2IAJA 5E26A 2ZGYA 2XY6A 1IBKK 4HCCA 2E2PA 3DOKA 3CJ1A 5I3UA 2W40A 4DU4A 3RRHA 2P9UA 3BP8A 1ZBLA 2V7YA 2G8FA 4CCHA 4FL9A 5FPNA 1SZ2A 1NGJA 1WUAA 4M7YA 1RNHA 4IOXA 1JCFA 1X1PA 3KK2A 2CH5A 1U4BA 3GE1A 4ILHA 4YOYA 3PO4A 1ATSA 1RGIA 4YOVA 4F9OA 3LDNA 1B9DA 3VA3A 4KTZA 1U04A 4DV5K 4BWJA 1Z25A 3OW2M 3UE5A 2UUBK 3QBWA 4R5PA 4K25A 3CIPA 5AFUA 2QKKA 4W5NA 2E2OA 3AO3A 4CZIA 2HW3A 1WN7A 4WQ5A 5JLFA 1MA9B 2A1RA 4JS5A 2IDOA 3H46O 1BA0A 3SQ0A 4DQRA 1NK6A 1BHLA 1YVUA 3RRGA 4BC3A 1P8ZA 2I7NA 1S9EA 4AHTA 5AQSA 3JS6A 4ISFA 4BC2A 4JI7K 2P9SA 3C7NB 2QWOA 4DV0K 4B9LA 4H5VA 2AP1A 4QOZB 3CQXA 3WQUA 3EZWA 5JVGL 4OKKA 2P1JA 4LSNA 4KHYA 3R3LA 2HHXA 3FLCO 3O9SA 1JLCA 4FLUA 4B1VA 4KREA 3MECA 5KGWA 4BWMA 4DSEA 2YNFA 4JI1K 1ZBHA 4H5WA 3ZX0A 1NWKA 4A57A 4CJSA 4IEEA 4DR1K 2UXDK 1XWLA 3DRPA 1IKYA 3L2UA 1T7PA 4WCEL 1Z6RA 2KKZA 1FXXA 3M1FA 2Z1JA 1J5OA 3OHRA 3EN9A 3VEVA 4DKWA 2YI1A 2W6LA 3O4QA 4IG3A 4BREA 4ELTA 3MXMA 2DY4A 1KAZA 1OH7A 1OH5A 4PL8A 1BG3A 1JL1A 4PKGA 4CJ5A 3OYMA 4FPBA 3ZSQA 2GEMA 2HNZA 1YF5L 3CJ7A 2V52B 3IAYA 5C24A 2UU9K 2B4JA 1C0UA 5AQMA 2P9NB 4LF7K 3DOLA 3NCIA 5CE3A 4JI2K 2KTQA 3ZEUA 4F3TA 3KLGA 3S9HA 5AQWA 3I55N 3V9ZA 3MK6A 3O3GA 4Z0UA 3JYTA 3D6RA 4BRFA 2KLAA 1NKEA 3O8MA 3B6PA 3TAFA 1RILA 2OZSA 4FJIA 2OPRA 4ISEA 4NYNA 2HOEA 4CZKA 4JI4K 2HBKA 1JLBA 2GX9A 4WQ5C 1GLDG 2IIRA 5LMUK 4CIFA 2P9KA 4N56A 3O4NA 4FZXC 3TU5A 3M8SA 3IS9A 4B3RK 2GBZA 3RVCA 5J2MA 2IVNA 3KLEA 4CJEA 1JCGA 1NGFA 3DXMB 1VRTA 1X3NA 3DAWA 3UKUB 4X66K 4CJFA 4CJ4A 5C25A 4JHDB 1VSDA 4DTUA 4EP4A 4DS5A 3VGMA 2GUPA 2Q2RA 3WUHA 3CHWA 4IFEA 1QSLA 5CZ1A 3FZLA 4JKFA 4QCLA 3S3OA 4N5SA 4PHTX 2O8BB 4JKHA 3OYHA 4MLEA 4M3WA 3PX0A 5AQOA 5HL7L 5AQXA 1XUPO 4FZYA 4FWQA 1QHAA 3F73A 2ZJPL 1YITN 2Z1HA 5M1PA 5AQTA 2PAVA 3J7ZO 1JJ2M 4A2AA 1S22A 3NGYA 5M1OA 3HK2A 4JKCA 3M3ZA 3VQ9A 1TAQA 1RTHA 3LP2A 4MO5A 5KPTA 1QE1A 4O0IA 5J2NA 2O4IA 5CHIA 3I0RA 4ID1A 2VG7A 4KO0A 5E84A 3QMLA 3JAMO 3KD5E 3OJSA 2YNIA 4DUYK 1HNXK 3H1QA 4BR0A 1HNIA 3LDLA 3DLBA 3ZT3A 3LP3A 3QB0A 2OTLN 2HHHK 4K41A 1HYSA 1YT3A 3BF1A 2F4VK 4KB1A 3FZHA 1BCOA 4YDUC 5HRRA 2BUPA 3VQDA 4A5AA 3V1QA 4JKGA 4BVOA 4BRIA 3CMEN 1T3VA 3VQCA 2HSTA 4CJPA 3OBWA 1D9FA 2DFHA 1Q9XA 3D45A 3EY1A 4AILC 1WSGA 4LFAK 3DM2A 3QFPA 1KVBA 1MU2A 1UA0A 5EXWA 2R7YA 3B6OA 4OGCA 4KPYA 1KFDA 3I8DA 1VRUA 1KTQA 2I5JA 3R6MA 1NGDA 2FBXA 2VWBA 1LWFA 1ILYA 4BQLA 3OYLA 3VEWA 4IKFA 3SV4A 3MEGA 1KXPA 2UUCK 3FZMA 4E89A 4CESA 2IVPA 4J2AA 1HKCA 4IBNA 4B3TK 3QLHA 4CEFA 3VQ6A 3HOSA 2CH6A 3BUZB 5AQJA 4H0TB 1A5XA 1W9HA 1BWFO 1RBSA 4O44A 5BRFA 1WSFA 5AQGA 2ZE2A 1VK0A 4MDAA 4JYAK 1GLAG 3VQQA 3G71N 4PL7A 1R0AA 2LSNA 3SQ1A 1I94K 2WONA 4M45A 3ZT2A 3QEWA 2F8TA 4CEZA 3RSEB 1YAGA 3BGRA 2GUIA 4ELUA 4XIUA 1WAFA 1NJZA 3PY8A 3QFUA 4L8RB 1J6ZA 3W0LA 3J7YP 2IC3A 1K8KA 4ILJA 1QHTA 3MCPA 3BEXA 4KAZA 3WNGA 4JI3K 4JKEA 3H6EA 1RDAA 3V9WA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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