1Q82O

Crystal structure of cc-puromycin bound to the a-site of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
b'ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights Into Peptide Bond Formation
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q82O00
2QA4N 1Q82O 2ZJPL 5H1SQ 3CXCM 1YIJN 2OTLN 1VQLN 5MLCQ 1K8AO 3DLLL 1Q81O 1YJ9N 3OW2M 1K9MO 1QVGM 1VQPN 3CCLN 2ZJRL 3CC2N 1YHQN 3CCRN 1M90O 4UY8O 1VQNN 1S72N 3G71N 3CCEN 3CC7N 3CCMN 1K73O 1KQSM 1NJIO 3CCSN 4WFBL 3CD6N 3CCQN 3CCVN 3CMEN 1VQ4N 4U67L 3CF5L 1YI2N 3CPWM 3PIPL 1ILYA 3I55N 4IOCL 1JJ2M 1KD1O 1KC8O 2ZJQL 1OVYA 1M1KO 1VQKN 1N8RO 1Q7YO 1VQ7N 5DM7L 1VQMN 5JVHL 5GAEP 1Q86O 4WFNL 1W2BM 3CC4N 3CCJN 3CMAN 5HL7L 3I56N 5GAHP 1YJWN 1VQ5N 3CCUN 2QEXN 4IOAL 3G6EN 4WCEL 1YJNN 1VQON 5DM6L 2OTJN 1QVFM 1VQ6N 5GADP 4WFAL 5GAGP 1YITN 3J7ZO 1VQ8N 4WF9L 5JVGL 1VQ9N 3PIOL 4IO9L 3G4SN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DFFA 1XI1A 1JL2A 2YNIA 4DFJA 4JV5K 4Z4GA 1NK5A 1HPZA 5BRDA 1IG8A 2Q31A 2P9PA 2A42A 3CFPA 4RW4A 1NNEA 1GOCA 4HUFA 1VQPN 3CQXA 3IG1A 3MCPA 3AO1A 1S1UA 3CCRN 1N5YA 1RT6A 5FPEA 1TL1A 3AGKA 3VF6A 2NZTA 3VQEA 2OPSA 4BWJA 4B1VA 3THWA 3DI6A 1HYVA 3I8BA 3QERA 2O8CB 2NLXA 3SUOA 1VK0A 3BP8A 3MX5A 3VGMA 3HPHA 5CZ1A 3R3LA 4FM0A 4DQRA 2ETJA 4FPBA 5EY4A 4M3UA 1FJGK 4FK2A 3HI0A 3P5JA 1BA1A 2AJQA 3FZMA 3CQYA 5AQKA 4KH5A 3ID6A 3R8EA 1DEJA 4BRLA 4KAZA 2XY6A 1Q7YO 4IDKA 1NKBA 1S1TA 4B3RK 3WNEA 4QOZB 1QQOA 3A8YA 4H0PA 5T7BA 3NCIA 3GL1A 4DTNA 3WEEB 4KI6A 2OANA 1HRHA 4BDPA 3OYHA 4M63C 3KKSA 4WYBA 1YJWN 2P9IB 4K8ZA 4CJTA 1CZAN 1YJNN 2FBTA 4DFMA 3TAQA 2KW4A 4XH1A 3AV9A 2QWOA 3DLEA 2HF3A 4BR2A 4ICLA 3V1RA 4IBNA 3QFUA 4CJ4A 1S1WA 1LWCA 3NBPA 4O8KA 1YTUA 5KGXA 3LPUA 3G4SN 4CJEA 1BWFO 3NMUA 4FJXA 2E88A 3CQ8A 4JI7K 4IG3A 5M1OA 4FVMA 3L4QA 4DS5A 2KHOA 1QVGM 3F9KA 2YHWA 3SQ1A 2W6LA 4OKEA 1X1PA 4BQZA 4KFBA 1NK8A 4CJ7A 3VETA 4DR7K 1ASUA 4DR5K 5AQIA 2UXCK 3HP9A 3HBTA 3PV8A 2E20A 3HJFA 2KTQA 3EO3A 5HROA 4IJAA 2VQFK 4NYNA 1RDAA 4CIFA 3OYFA 4JKGB 3WT0A 2YJEA 3O3FA 1NGFA 2B5JA 2Z1JA 1E4FT 1KAXA 3JXUA 4PKIA 5E41A 4CESA 1MU2A 3O9UA 3OJSA 2D5RA 1SV5A 1O1WA 4H5NA 1D5AA 1WAFA 2VWBA 3QEPA 1LOTB 1ZBFA 4CFBA 3OYLA 4FJNA 3OS1A 4ILGB 4B1WB 4EAHD 2HNYA 3WUHA 2E1ZA 4E19A 1BU6O 1G15A 1VHXA 1MWMA 5M1NA 4HHTA 5BR8K 2HBJA 1REVA 2FF3B 2Z1IA 4DU3A 1LWFA 1NG9A 4R5PA 1BI4B 3O5BA 1BIZA 4DQPA 1XMQK 3TR8A 2D0AA 3FLCO 1IBLK 1GLBG 2HHQA 3CPEA 1L3SA 3K0SA 1ASWA 2E2PA 2P9UB 1BCOA 4FK0A 2FBXA 4E1MA 4WCEL 4OPAA 2HMPA 4DSJA 4AHUA 1BDGA 3V9UA 4DV3K 1WBDA 3HPOA 4A57A 1NBWA 1L3VA 3KD5E 4BVOA 5KPTA 4PUOA 3W0LA 3OYDA 3QIPA 4Z4CA 1YTAA 2YNHA 3CERA 2XRIA 3J7YP 4FK4A 4GVEA 4OO1J 3ID8A 4L3QA 2ZWHA 4NYFA 4FJ7A 3FZFA 2ZJPL 1RDCA 1HPMA 3TANA 4GKJK 5B8HA 5HP1A 2HHVA 4DTXA 2VGMA 3DWLA 1X9JA 4PL7A 4CJKA 3CCLN 5KQ8A 2YV0X 3AA2A 4JKFA 2RKIA 4FJIA 1OKJA 2HBKA 3J8AA 1U6ZA 3E9LA 1IO2A 1IKXA 1SKSA 3NGYA 1S72N 4H0OA 3E66A 4BRNA 2Z1GA 1SL0A 4E1NA 2YKNA 4CBUA 4E7IA 3CM6A 4B3TK 3WXMB 1RGIA 3E9OA 2HF4A 3LAMA 3O1BA 3CF5L 5AQFA 4BR9A 2GUIA 5I3UA 5JLHA 3HYFA 1VSEA 4DLEA 4BY9C 4ISEA 4X65K 1TKZA 3T7ZA 1M1KO 2PAVA 3NF9A 2VG5A 4CGGA 4CEEA 5LMNK 3OHRA 3SUPA 4JKDA 4I9LA 4CCHA 5D3GA 2Q97A 4O0JA 1YT3A 4DSIA 2E6MA 5C2DA 3DAWA 3H6EA 4BRAA 3NVMA 4KHQA 3CMAN 1EWRA 4E7JA 2ASPA 4DUYK 4LF7K 3O3HA 1KLNA 2IS3A 3OYNA 3SZ2A 3ZT0A 3HSTB 3ZSOA 1UOCA 4KHYA 1RBSA 5AQXA 1QVFM 4JRQA 4CZHA 2X6SA 1S9EA 2GWKA 4XIUA 4DR1K 4DV4K 5JS2A 4CGHA 3H45C 5FDLA 2GUPA 3VN5A 4MDBA 1HNXK 2PZSA 3IUCA 5J2PA 3RMDA 2NRHA 4CE9A 2IOCA 4DQ8A 3QB0A 3KTQA 1D4XA 3KK3A 4E7KA 4F3TA 4AQYK 4CJPA 2OTLN 4MFBA 4FOIA 1RFQA 1U48A 4H5RA 3IRXA 4LFBK 4YORA 1X3MA 3TAFA 1QSLA 1E4GT 3LP1A 2QWLA 2RPIA 1YF5L 3NFAA 3H08A 4DTRA 5GIOA 5CY4A 1WSJA 4OLBA 2P9SB 4LF5K 1QHTA 4UY8O 1GOAA 3AAQA 4O55A 4AHCA 3WNFA 1TYQB 4Q0BA 3CD6N 4DSLA 1JLBA 1KCFA 3DXKA 5AZIA 1OH5A 4CZFA 1RDBA 1JLEA 3LDPA 4QS7A 2HNZA 3K57A 5CHIA 3SV3A 3ASMA 3H1QA 4DSEA 1ILYA 3MXMA 1HJRA 1JJ2M 5EU7A 1JLQA 3B8AX 3ZT1A 3J7AP 2ZD1A 2O8FA 3U6FA 4C1NK 3VTHA 5HLFA 1JLFA 3THXA 2UUAK 1ITGA 1HKBA 3FZKA 4CEQA 3T1YK 3ULEB 4ISFA 2P51A 4FLUA 4FXDA 4B8AB 3EKSA 2V51B 4BC2A 3CETA 2GEMA 2UUCK 3U9DA 4DTOA 2HW3A 4HUGA 4DF4A 5C10A 4O4GA 3RSEA 4J2BA 5GAHP 4DCHA 1S1VA 1RTJA 3HVRA 3KVGA 1JL1A 1CXUA 4CFAA 4YHHK 3AO3A 4JD2B 5AQPA 1NMDA 2ZGZA 3HL8A 2HHHK 3NHGA 4DKWA 3NAEA 3P39A 3OYCA 2W42A 3ENBA 5AQMA 4OJRA 3VQCA 1Q9XA 4B3MK 2Y1IA 4RG8A 3TABA 4WF9L 3OYIA 3PUFA 3QBWA 5KRSA 4DFKA 3SYZA 3VQ6A 1JLGA 2W41A 3TU5A 2HMIA 1BGXT 4EFHA 3G10A 1C0TA 2F9WA 4YDUC 4DQSA 1Q81O 1YJ9N 4Y1CA 2ZJRL 2PYLA 1A5WA 3NF8A 4CEZA 3JAMO 1KLMA 5AQOA 1TUYA 2HSTA 5F2RA 1NOYA 3HT3A 1NGEA 4AHSA 3CC7N 4IO8A 3DXKB 1VSDA 1NJIO 1W0HA 3LDLA 2V7YA 4A62A 4GW6A 4FLZA 3U4LA 3TSUA 3CCQN 3DRPA 2WTUA 3RMCA 4C8NA 1SL1A 4O5FA 4JI1K 2Z1HA 4K41A 3KJVA 3EKUA 4OGCA 4WQ5C 4AHVA 1YI2N 3V9XA 3LANA 4RWTA 3S3NA 2HHTA 3OA9A 1VRUA 3I55N 4I2PA 2X78A 2VQEK 4HCCA 4R79A 3QESA 3NGZA 1JCGA 4DQQA 3KKRA 3LP0A 3THXB 4JK9A 2VG7A 2P9LB 1X9SA 3BF3A 5EVZA 2B6AA 1BG3A 3TAMA 5DM7L 5C0YA 1XC3A 2AA4A 4CFDA 4FJ9A 2NRWA 4FWNA 3P83D 4XH4A 3VQAA 2QXLA 3VPZA 3F73A 1J5EK 1Q18A 1NK7A 1X9WA 1HNIA 1NKCA 3QINA 4ISGA 2O8CA 5IT9O 3GG4A 4YDUA 1D9DA 3RSEB 1RT7A 3H1VX 1N33K 4KHNA 4PWDA 3NE6A 3CCUN 5AQHA 2GELA 3RMAA 3G6EN 4CGFA 2BUPA 3C6HA 4PHTX 3C6AA 4CHZA 3D2FB 5KGWA 1XQSC 3L2QA 4FJJA 3ITHA 3ATVA 3QEIA 1BUPA 3J7ZO 1HNZK 1EQYA 4J2AA 4BQLA 2IC3A 3I0SA 4CEFA 3WEEA 4FLWA 2OPPA 3TTCA 3AVJA 4WQ5A 4IO9L 2QI2A 3HM9A 1V4TA 2P9IA 3KHYA 3VMFB 3CXCM 3K5OA 1ZBLA 1WN7A 4FWKA 1J9AA 3V1QA 3BGRA 4BRCA 1WSHA 3KLFA 1K8KB 3QEXA 4W5RA 4JHDB 4JEPA 1T7PA 4CHNA 1T6CA 3DM2A 1MA9B 4X62K 1QSYA 2NRZA 1NM1A 4CJFA 3MEGA 3OYEA 4BRMA 2H3GX 2UXBK 3Q7BA 1WSEA 3S3MA 2VG6A 1JCFA 5KPZA 1K73O 2WONA 2I7PA 5BREA 4WFBL 2VCPA 3ZSXA 4CERA 1BQMA 4BR4A 3UE5A 2O4IA 4FLTA 4BGBA 4DLGA 3QEWA 4DMNA 3CIPA 1HNVA 4DR2K 3FZHA 3K58A 4LF6K 2V52B 5CR4A 3ZSRA 2E2QA 3SLCA 1Q86O 3FR0A 4LD0A 1C0UA 1XHZA 1X3NA 2Q0UA 3OS2A 4JKHA 4JI3K 3SK3A 3KLHA 4JKGA 1FKOA 3ULDA 4B3SK 4A2AA 4K25A 1NK4A 3LZJA 4GKKK 1NGDA 4IFEA 1VQON 5KPRA 3O4QA 3KD1E 3CJ1A 2OYQA 3TAEA 1OVQA 1RDUA 5DMRA 1J6ZA 2JWKA 2OCEA 3VEXA 4F4KA 4IOXA 3DLRA 2IVNA 1IV0A 3M5RA 3FZLA 4CK2A 3NF6A 1EKEA 5AFUA 3LP2A 1BI4A 4JKAA 4JI8K 1NGAA 1VSJA 1HNWK 1BO5O 4NB4A 4LSNA 1RT5A 3VQQA 2P9UA 4H0VB 3CM5A 5H1SQ 3A0IX 3M8PA 3HXMA 4DB3A 3L2VA 4BWMA 2CGLA 3ZX3A 4FZXC 5HRPA 5FPNA 4FJMA 3SAFA 3QDKA 4CD3A 3ZSQA 1S6PA 2GWJA 1ASVA 3DLBA 1DLOA 3AVMA 2DFEA 2GTDA 3NH1A 4F9OA 3VQ4A 3O80A 3D6RA 3LP3A 3V9SA 3CCSN 3K2PA 4DR3K 2IGIA 2BGGA 4CZGA 3QFPA 1GOBA 4JNEA 1JXEA 4BVPA 3O3GA 4L8RB 2CH6A 3WXIA 3V81A 3D7EO 3B6PA 1EX4A 1HJOA 4LFAK 4DWIA 4E89A 1VQKN 1JCEA 4DFPA 3KK1A 3QETA 4FPAA 4B1ZA 4QS9A 3T1AA 3NGIA 3UKUB 5BN8A 3KLEA 1RBUA 2E1YA 1NJXA 4CI6A 2A3ZA 3P1GA 3U3YA 2NNWA 1SS6A 4AHTA 4Z4FA 3K9JA 3U9ZA 3I56N 1WSFA 4NCBA 1CZBA 4FWOA 3GBTA 4HWIA 2WBNA 2YNGA 1GLJO 3BUZB 4PKGA 3RMBA 1KVCA 1LCUA 5LMUK 4A2BA 2P5OA 4C23A 2OZSA 3F2KA 2A40A 4FZZA 3LDQA 2X74A 1KVAA 3EY1A 4BE1A 4K0KK 1YVNA 2WFBA 2PY5A 3BDPA 4NCAA 4C8KA 3QO9A 4G9ZA 3IKMA 4A5AA 1NK0A 1LAWA 1ATNA 4B9NA 1RBVA 2WC9A 3T19A 4I6MB 1FW6A 4M7YA 4ZTFA 2OA8A 1LAVA 1K9MO 4RTFD 4H03B 4C1NI 1SQKA 2ITGA 3QNNA 1YHQN 5BN9A 1GLEG 4C8MA 5DK5A 1QQCA 1BQNA 4OKJA 3PX6A 3L2WA 4XH5A 1YAGA 5AQSA 4YFUA 1RT1A 5EXWA 4YOUA 1OH6A 2I5JA 3PX0A 1D9FA 5KRTA 5TKYA 4JI2K 5GIPA 4NLCA 1WBBA 3PO5A 4U67L 3DXMB 4NXNK 1E3MA 5JS1A 4IEIA 4FM2A 4CHYA 5HRNA 4OPKA 1L5UA 3ZETB 2KLAA 4OPHA 1KD1O 3SAGA 4JS4A 3J81O 3O9SA 4LF8K 1VSHA 4CF1A 4BR7A 3ALYA 2P9SA 4GNIA 3D45A 2QWNA 3HO1A 4ILJA 2QWQA 2J4RA 4WFNL 1VRTA 1TYQA 3A5LC 4DSKA 3HOTA 2KQ2A 1T8EA 1UAXA 2UYTA 5FROA 4N5SA 4Z4HA 5AQWA 4CJUA 2P9NB 1RT4A 2B4JA 2HBMA 4CZJA 3O9TA 4DV2K 2ZF5O 3LM2A 3ZT3A 5AR0A 1C0MA 3EN9A 1B92A 5I9EB 4LF9K 1W7AA 1T44A 4JI0K 1UWBA 1DKGD 3ULEA 1QQNA 3HTVA 1BISA 3R1XA 4BRKA 3GE1A 3BEXA 1K6YA 3DRSA 4IXCA 1XNQK 2HB5A 1KTQA 3LL3A 2G8VA 1I94K 1NGBA 3OYAA 3VF2A 2QWMA 2O4GA 1QQMA 1RTHA 1XWLA 2YNFA 3EL2A 4JKEA 4JD2A 3BZCA 3K59A 1TGOA 4Z4IA 4KHPK 3TARA 3DLLL 1RDWX 2BE2A 4M3RA 4A61A 3FFKB 1UA1A 4W5OA 3CC2N 1ZXOA 3CYMA 4KKOA 4NLBA 4FYDA 1ZYQA 3RR8A 2FC0A 4JI6K 4FWMA 2E5LK 3ZX0A 4JI5K 4CGIA 4PL8A 4E7HA 3G71N 4DTSA 5J2NA 3WNHA 5E84A 3SBGA 5LL6Z 4CF9A 4Z4EA 2E2OA 3VEVA 2O8BB 4YOWA 4ELUA 4BRGA 3CCVN 1IG9A 3AVFA 2KKZA 4H0YB 4WQ4C 1NGHA 1U2VB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QA4 N;  1Q82 O;  2ZJP L;  5H1S Q;  3CXC M;  1YIJ N;  2OTL N;  1VQL N;  5MLC Q;  1K8A O;  3DLL L;  1Q81 O;  1YJ9 N;  3OW2 M;  1K9M O;  1QVG M;  1VQP N;  3CCL N;  2ZJR L;  3CC2 N;  1YHQ N;  3CCR N;  1M90 O;  4UY8 O;  1VQN N;  1S72 N;  3G71 N;  3CCE N;  3CC7 N;  3CCM N;  1K73 O;  1KQS M;  1NJI O;  3CCS N;  4WFB L;  3CD6 N;  3CCQ N;  3CCV N;  3CME N;  1VQ4 N;  4U67 L;  3CF5 L;  1YI2 N;  3CPW M;  3PIP L;  1ILY A;  3I55 N;  4IOC L;  1JJ2 M;  1KD1 O;  1KC8 O;  2ZJQ L;  1OVY A;  1M1K O;  1VQK N;  1N8R O;  1Q7Y O;  1VQ7 N;  5DM7 L;  1VQM N;  5JVH L;  5GAE P;  1Q86 O;  4WFN L;  1W2B M;  3CC4 N;  3CCJ N;  3CMA N;  5HL7 L;  3I56 N;  5GAH P;  1YJW N;  1VQ5 N;  3CCU N;  2QEX N;  4IOA L;  3G6E N;  4WCE L;  1YJN N;  1VQO N;  5DM6 L;  2OTJ N;  1QVF M;  1VQ6 N;  5GAD P;  4WFA L;  5GAG P;  1YIT N;  3J7Z O;  1VQ8 N;  4WF9 L;  5JVG L;  1VQ9 N;  3PIO L;  4IO9 L;  3G4S N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2DFF A;  1XI1 A;  1JL2 A;  2YNI A;  4DFJ A;  4JV5 K;  4Z4G A;  1NK5 A;  1HPZ A;  5BRD A;  1IG8 A;  2Q31 A;  2P9P A;  2A42 A;  3CFP A;  4RW4 A;  1NNE A;  1GOC A;  4HUF A;  1VQP N;  3CQX A;  3IG1 A;  3MCP A;  3AO1 A;  1S1U A;  3CCR N;  1N5Y A;  1RT6 A;  5FPE A;  1TL1 A;  3AGK A;  3VF6 A;  2NZT A;  3VQE A;  2OPS A;  4BWJ A;  4B1V A;  3THW A;  3DI6 A;  1HYV A;  3I8B A;  3QER A;  2O8C B;  2NLX A;  3SUO A;  1VK0 A;  3BP8 A;  3MX5 A;  3VGM A;  3HPH A;  5CZ1 A;  3R3L A;  4FM0 A;  4DQR A;  2ETJ A;  4FPB A;  5EY4 A;  4M3U A;  1FJG K;  4FK2 A;  3HI0 A;  3P5J A;  1BA1 A;  2AJQ A;  3FZM A;  3CQY A;  5AQK A;  4KH5 A;  3ID6 A;  3R8E A;  1DEJ A;  4BRL A;  4KAZ A;  2XY6 A;  1Q7Y O;  4IDK A;  1NKB A;  1S1T A;  4B3R K;  3WNE A;  4QOZ B;  1QQO A;  3A8Y A;  4H0P A;  5T7B A;  3NCI A;  3GL1 A;  4DTN A;  3WEE B;  4KI6 A;  2OAN A;  1HRH A;  4BDP A;  3OYH A;  4M63 C;  3KKS A;  4WYB A;  1YJW N;  2P9I B;  4K8Z A;  4CJT A;  1CZA N;  1YJN N;  2FBT A;  4DFM A;  3TAQ A;  2KW4 A;  4XH1 A;  3AV9 A;  2QWO A;  3DLE A;  2HF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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