1Q86O

Crystal structure of cca-phe-cap-biotin bound simultaneously at half occupancy to both the a-site and p-site of the the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q86O00
1VQMN 1KC8O 1NJIO 5HL7L 1VQ6N 3CCQN 1W2BM 5H1SQ 5DM7L 1VQKN 3CCJN 2OTLN 3J7ZO 1YJ9N 3G4SN 2ZJRL 5JVHL 5GAEP 5MLCQ 2ZJPL 3G6EN 1ILYA 3OW2M 3CCMN 1M1KO 1N8RO 3CC4N 3CMAN 3CD6N 1OVYA 3CC2N 1Q81O 3G71N 3CC7N 3CCVN 4IO9L 1Q82O 3DLLL 3CCRN 4IOAL 3I55N 1Q86O 1VQLN 2ZJQL 4U67L 3CCUN 1KD1O 1VQ5N 1VQPN 3CPWM 3CCEN 1YHQN 1YI2N 3CXCM 1M90O 1KQSM 1VQ9N 4WF9L 1VQ4N 2OTJN 3CCLN 3PIPL 1K8AO 1JJ2M 1VQON 1VQNN 4WFAL 1YITN 5GAHP 3I56N 1VQ8N 1QVFM 4WFBL 1YIJN 4WCEL 3CF5L 1QVGM 4WFNL 3CCSN 1S72N 1Q7YO 4IOCL 5GAGP 2QA4N 5JVGL 1K9MO 1VQ7N 3PIOL 1K73O 2QEXN 1YJNN 1YJWN 4UY8O 5GADP 5DM6L 3CMEN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OGEA 4BR0A 4JLHA 4FXDA 1DKGD 5KGXA 3O3HA 4BROA 3L3UA 4YHHK 4B8CA 1C6VA 5ELZA 4CESA 1N5YA 4BQLA 3WXKA 1NGDA 2KFNA 3HVTA 5C2DA 2GBZA 1IJJA 4DMNA 3LPTA 4CIFA 4F9OA 1FKPA 3QB0A 1L5UA 1XNRK 1TAQA 1SUQA 2NRZA 3K9JA 2G8KA 3L2RA 1UA0A 4X66K 1ZBLA 4QS7A 1HQEA 4I6MA 2DTUA 1XMQK 3U9DA 2X6SA 5EY4A 3MN5A 1ZBHA 2NRVA 1SZ2A 4IEIA 3HVRA 4IO9L 1JLQA 5CYMA 3QEWA 1SS6A 3EE9A 3CETA 5F1XA 4CGHA 3CPWM 3AVBA 1YHQN 1MA9B 3WXLA 2KHOA 3BEXA 4JK7A 1SL1A 2P1JA 1HLUA 2YHXA 4Z0UA 3O4NA 1YVNA 1RBUA 3WXJA 4FM1A 2QKKA 5K14A 4FCYA 3O9RA 2HHQA 1VSEA 1GLEG 4BC3A 3VQCA 1IBKK 2OZSA 4R5PA 4KHWA 3DOLA 4BRQA 3FFIA 5AJ3K 3QEPA 3KTQA 4FWQA 5JLFA 4BWJA 2HVIA 4NCAA 3QBWA 4CJWA 4X65K 4GV3A 4BE0A 4BR5A 4BQZA 4I9LA 2YHWA 2OPSA 4RTFD 1KVAA 4CK2A 4OX9K 3E9OA 2HHTA 4YDUC 5AQKA 3S9HA 2EHGA 2P9IB 3U3YA 4CZEA 4KH4A 3O6WA 4LF5K 3KJVA 1KC8O 4E1MA 3AVCA 4DQ8A 1L3TA 4BDZA 4DQQA 3MK6A 4F3TA 4R79A 1U6ZA 2VGMA 3ZSVA 2P9NB 1O13A 3HYFA 3QESA 2I5JA 5AZJB 2QWQA 3QBXA 1HQUA 3J7ZO 3VGLA 2QI2A 3R8EA 1RDCA 5SWMA 5FPEA 3HO1A 2YKNA 1Q8IA 1U04A 3H3OB 3ZEUA 2ZJPL 3QETA 3G6EN 3O9TA 2ITMA 4CZIA 3KKRA 1KVBA 1TK5A 3HSTB 4H5VA 4JYAK 4F8RA 1VSFA 1V4SA 3P5JA 5HRSA 4OPAA 1U4BA 4XIUA 4AM6A 1RDAA 3CD6N 4HWIA 3PO4A 4CEZA 1BOTO 2A42A 2HVHA 5E26A 4DF4A 1NLVA 1JLEA 4IBNA 3QLHA 2ZJQL 3IUCA 4FWOA 1KRPA 4GVMA 3DYAA 4DWIA 3VQ5A 1JCGA 4LSLA 2A5XA 3V9UA 4L3QA 3VQDA 1RBTA 5TKYA 2BDPA 2P9LB 1HRHA 1CLQA 3SPYA 1NGBA 3WT0A 2O4IA 4EIAA 1NGCA 4PQUA 4OO1J 1JXBA 1IH7A 4IFEA 4N56A 3IDHA 3OS2A 1D9DA 2YHYA 3AY9A 1Z26A 2WUSA 2O8DA 2YJFA 4Z4HA 2P9KA 1BGXT 3VQ6A 4CK3A 2ETJA 2F8TA 2UUBK 3QEIA 3VQ8A 1GLLO 1JLCA 2ATQA 4WQ4C 1FKOA 2QA4N 3JSMA 2A1SA 4NYNA 3WNHA 3PIOL 1K73O 4CZFA 1HNXK 4OGCA 3HBTA 3DRSA 2A41A 3I8DA 4I7FA 1RTIA 1U2VB 5DM6L 4YOYA 1VHXA 3QINA 4CJPA 4CFAA 4ISFA 3GOIA 1YVUA 2VQEK 2O4GA 1SQKA 1ZBFA 4JK9A 1VRTA 2B6AA 1WB9A 1QSLA 4JRQA 3WNGA 4DTMA 5AQTA 3NMUA 5BRDA 2YNFA 1Z6RA 4N5SA 3F9KA 1HKCA 1TKTA 3V9SA 3H45C 4H0OA 3S3MA 3HK2A 4BRMA 1VAZA 2BANA 1IKYA 3CCMN 3ULDA 1TAUA 2XO7A 3CM6A 4CEFA 5C10A 4I9QA 3V81A 3MCPA 1Q81O 4GKKK 3CC7N 5KTQA 4A5BA 4JI7K 4CEQA 1RT2A 4DU4A 5AZIB 2RPIA 5AQGA 4DTUA 2QWOA 3OBYA 3MEEA 3CJBA 3MXMA 3KLFA 4CEDA 1FXXA 3AVKA 3CPEA 4JN4A 1BIUA 3VQQA 1VQ4N 4CJUA 3THWA 1NGEA 2O8CB 3ASMA 3M8RA 3S3OA 5KRSA 1J9AA 3IFRA 1RT4A 3NFAA 2G8VA 2DFHA 1VK0A 4E19A 1WSJA 3A0IX 4DUYK 1Z25A 1KCFA 4M45A 4CBXA 4JHDA 1GOAA 2P9IA 1KFSA 5LMUK 4HCBA 4NXNK 1BDGA 4H5RA 2G8FA 2G8WA 4CCHA 1P8ZA 1NJYA 1ATRA 2P9NA 3F73A 4E7HA 4ELVA 5AZJA 3FZKA 2E4LA 3O9QA 2P9SB 4O0JA 3CM5A 4A2BA 1C1BA 4ELTA 2VYPA 4FLZA 3BZCA 3OA9A 3V1RA 3RMBA 4JKEA 4DV6K 3HTVA 5AQXA 1VQKN 1NGGA 4JI1K 1BQMA 1S1TA 3VEWA 4O8UA 4GV9A 1I39A 4FJHA 4AHSA 3VGMA 1XI1A 2FXUA 4DTNA 4CGJA 2WC9A 4BGBA 4DSLA 1HMVA 5EVZA 3ATUA 3DI6A 1EXQA 2ZQBA 1RBVA 4FLXA 2D4WA 3V4IA 1I94K 2G8UA 2D0OA 2WOMA 4UQGA 1WUAA 3VERA 4DTOA 3ZSZA 1RTDA 2UXCK 4B8AB 3SQ4A 3I0RA 2GWKA 4IDHA 2QW9A 2P9LA 3H46O 3VMFB 2YKMA 3MDQA 4PL8A 4M42A 3ZSWA 5BR9A 4CEBA 4OVLA 5HROA 1NOYA 2A1RA 1YTUA 3LWMA 3LDNA 2HHWA 4MDAA 5AQWA 3T19A 2OPPA 3R3LA 4FWPA 4FK0A 5I3UA 3K59A 2Y1IA 3WNFA 5HOOA 1E3MA 1YXQA 1K8AO 3CQYA 4CHPA 4JNEA 4H0XB 2F4VK 1G99A 1CZ9A 2W6LA 4H03B 4LF4K 4KAZA 4B9UA 3DXMB 3I56N 3GE1A 4ILJA 4BRDA 4GMJB 4CIGA 4C8LA 4RW7A 4XH4A 1JLBA 5KQDA 3O4QA 1U2VA 1GLAG 3UIQA 1H1VA 1IKWA 4WFNL 4ZTJA 2W40A 3VPZA 4DQRA 4IJNA 5FDLA 3OS1A 4BRHA 4CFDA 1K9MO 4I2QA 4PWDA 4JD2B 1W97L 2HBJA 3LP0A 3OYKA 1K8KB 3K5MA 4DTRA 3PUFA 2AA4A 2A3ZA 5C42A 4M3YA 2FLOA 2CGJA 4BRCA 1S1XA 1VSHA 1UAXA 4CJQA 4IG0A 4FWLA 2E8AA 4A5AA 1RT5A 2D5RA 4BR4A 3JXUA 3VF2A 4KPYA 3MAQA 2BGGA 4DSFA 3AO4A 3HRGA 1DEJA 3WUHA 2HF4A 3K2PA 3TAMA 1XHXA 1ASWA 4JV5K 3IS9A 2P9UB 1J53A 3G10A 3H08A 1HNZK 5AZIA 3K9KA 3NF7A 3VEYA 4BG8A 3HPOA 4W5RA 5EOYA 4A59A 1OVYA 3HL8A 4J8FA 3AVMA 1J6ZA 1T6DA 1TL1A 4MDBA 3RTVA 4K8XA 4DV1K 3TTFA 2FSKA 2O8CA 1KD1O 4CHYA 5FLXO 1B9DA 3A2FA 3KIOA 4C8MA 3PX4A 1ZYQA 1S1WA 4M7XA 5AFUA 3KD5E 4OJRA 1CZBA 1R59O 2NUBA 2HHVA 3PLAA 2YNGA 3DMJA 3AVNA 4FJXA 5E84A 3QIPA 1NK4A 5AQQA 3UB5A 2QXFA 4CW7B 1RDBA 4A2AA 4CHQA 1J54A 4O5FA 4YY3K 1R0AA 3KVGA 4BDPA 3MX5A 4LF7K 5LL6Z 3CFPA 4DF8A 1SKWA 2QM1A 2P9SA 4A61A 3O5BA 5LY3A 1NK6A 2BTFA 1WSGA 3J8AA 3VQBA 4EFHA 3RWUA 3V9XA 1BO5O 2YNHA 3LP1A 3FFKB 1WAFA 5GAGP 4GV6A 2JWKA 5AQZA 4BREA 3QNNA 1BU6O 2HBMA 4DV3K 4FJLA 3AA2A 4KHPK 5GADP 3BGRA 4DSIA 4LFBK 4G9ZA 3QFPA 4DFPA 2YJEA 2V52B 5FROA 1W2BM 4BC4A 4JS5A 4O44A 4EHTA 2B4JA 1NGAA 1WNSA 1SL0A 4E89A 4DLGA 5M1FA 4FL9A 3ZSRA 3WXMB 3SAHA 2OTLN 2YHBA 3OYHA 4CZJA 3DLGA 4KV8A 4CGGA 5EXWA 3UKUB 4O4GA 4BG9A 5LMNK 5J2PA 3CJ1A 3PO5A 3O9UA 4J2EA 4CHNA 2VWKA 5BN8A 1M1KO 2KZMA 3F2KA 1GLJO 2ZM6K 4H5TA 3ZX2A 4EP5A 3SUNA 3MXIA 5CZ1A 1XMOK 4DQIA 3DRRA 4L8RB 1S9GA 3G25A 2E2QA 3PY8A 1TKXA 3DXKB 1HPZA 1LW2A 4IWVA 4H5WA 4DSJA 3U4LA 1J5EK 4F3OA 4ILGB 4DKWA 3D2FA 3MEDA 3TPQA 5CE3A 1NKCA 3P39A 4B08A 2P9PB 3TARA 1EQYA 3CI5A 4FJ5A 1JXEA 3VQ4A 4RG8A 3DXMA 1TV6A 2IVNA 3SJHA 3OYEA 5CYQA 2VWBA 5C24A 4JKHA 4Z4FA 4DV0K 3LANA 1IV0A 2DPNA 1EKEA 1XQSC 3IMXA 4M7YA 4CFBA 1QQCA 2NRHA 1YITN 5AQLA 2EWSA 3OTOK 1N33K 1YAGA 4JD2A 4N41A 2FSNA 4B1ZA 4B9NA 1QVGM 4GKJK 1K8KA 4BRIA 5CY4A 4BRFA 2IC3A 4IOCL 2DFEA 4AQYK 3C6AA 3E9PA 4FVUA 5JS2A 3TAEA 3ULEB 2P5GA 4UY8O 1HX1A 5JMVA 4BC5A 1RDDA 4JI5K 1QHTA 2W6KA 1SAZA 4DS5A 3SLCA 4CJKA 2G8IA 1W0HA 5DMRA 3CFRA 1JL1A 1GOBA 5BREA 2GEMA 4WE1A 5HRNA 3OYDA 3ZX0A 2P9UA 4X64K 2QXLA 5AQPA 3L4IA 4F4KA 4C8OA 1YJ9N 1NM1A 1Q18A 3ID8A 4NLBA 4CF9A 2ZJRL 1FW6A 2OPRA 3P38A 5GAEP 2IVPA 3HPGA 1RTJA 2VGNA 4GNIA 3SBGA 4DLEA 3C65A 4J2BA 3C94A 3SV4A 4DTJA 3THVA 3HT3A 4BRKA 4BACA 1BWFO 4CJVA 2IVOA 3KLIA 4MLHA 1DT9A 3ISNC 4B1XB 3R9PA 1ZBIA 3ZLJA 1RGIA 4IOAL 3NVMA 2GWJA 1RDUA 2FSJA 4FPBA 1CZAN 3RMDA 1B9FA 1DLOA 3VENA 3AGRA 4JAXA 3KD1E 4OKJA 3VGKA 4B3OA 1X9JA 2GUPA 4JI6K 3EE8A 2KW4A 1JLAA 3KLHA 5AQMA 4BE2A 2OTJN 1NK0A 3H1VX 1S1UA 1KAZA 1HNIA 3NH1A 3PV8A 2A6AA 1JJ2M 3MN7A 4M3TA 3ZX3A 2HNYA 4CIEA 4DUZK 3LL3A 4C1NI 1VQNN 4M3ZA 4KO0A 1OH6A 1YIJN 3DAWA 3MEGA 3KK3A 4WCEL 1KSPA 1C0MA 3M8QA 4M41A 3KLGA 5AQNA 3PX0A 2QWRA 5TKWA 1Q7YO 5AQIA 3O9SA 3ZT1A 3V1OA 2OYQA 4IXCA 4Q5VA 4H0VB 1HYSA 1JKHA 3O3GA 3WQTA 4HHTA 3P4IA 3ZETB 1E4FT 2CH5A 2X6NA 3P1GA 3UKUA 3NF9A 4CVNE 5DM7L 3C6UA 3EY1A 3GBTA 4MFBA 2NZTA 3F5TA 1EP4A 4EZ9A 1C1AA 3O1BA 4CBUA 1OH7A 1ILYA 1TKDA 2NNWA 3DXKA 3QO9A 1JL2A 1P90A 2ZD1A 3A5NC 1RT3A 5J1EA 3OYJA 1U47A 4EHUA 4DTPA 4DTSA 3O8MA 3CC4N 4FJJA 1BHLA 1EWRA 1B92A 1L3VA 2P9PA 3L2WA 2WTUA 3TAGA 1YT3A 3LAMA 3MX2A 2HOEA 3ITHA 3G71N 3I0SA 3K5OA 2GX9A 3E66A 4PKIA 2RN2A 2IOCA 4LF9K 2HB5A 5F2RA 4JK8A 3VTHA 1WSFA 4BDYA 1O1WA 1VQ5N 4B9TA 1ASUA 4DV7K 1LAWA 2OPQA 3SUPA 1X3MA 3CXCM 3CJ9A 1QSSA 4FJMA 4G1QA 1IKXA 5I9EB 3KWGA 4OPJA 1NG9A 1GLDG 5AQSA 3TSPA 3J7YP 2XY7A 3DJCA 2HMPA 1NBWA 2GTDA 3L8BA 3OYLA 1LAVA 4CZMA 3VEXA 1FK9A 3VA3A 1QVFM 1V4TA 5GIOA 3ULEA 2UU9K 1D9FA 1D4XA 3AVLA 5BPNA 1JCEA 3U9ZA 2ZWHA 1HYZA 1BCMA 1CXQA 2IDOA 1S72N 1NJZA 3KK1A 5KRTA 4O0IA 1S6PA 3AA3A 2QWNA 3JYTA 1BG3A 4M3UA 3R6MA 2I7NA 4FWNA 4AHTA 4LSNA 5AQVA 3NF6A 4WQ4A 1C0TA 3THXB 1NKBA 3CMEN 2NRTA 4HUFA 2P5OA 2KKZA 4H0PA 3W3DA 3MECA 3CERA 3S41A 3SCXA 5BRHA 5C25A 1VSJA 5A2QO 4DFKA 1S5JA 3LDOA 1QS4A 4ISGA 4KFBA 3LWLA 3SAFA 3SZ2A 4GY2B 1NMNA 3AO2A 4BY9C 2YHAA 3C0BA 4FLVA 4FYDA 5C15A 3PX6A 4YOXA 2E88A 1IG9A 4U7BA 5AR0A 1MWKA 4CF2A 2HNDA 1HJRA 4BWMA 4DR2K 3RMAA 1YI2N 2E5LK 1A5WA 3SV3A 3LP2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQM N;  1KC8 O;  1NJI O;  5HL7 L;  1VQ6 N;  3CCQ N;  1W2B M;  5H1S Q;  5DM7 L;  1VQK N;  3CCJ N;  2OTL N;  3J7Z O;  1YJ9 N;  3G4S N;  2ZJR L;  5JVH L;  5GAE P;  5MLC Q;  2ZJP L;  3G6E N;  1ILY A;  3OW2 M;  3CCM N;  1M1K O;  1N8R O;  3CC4 N;  3CMA N;  3CD6 N;  1OVY A;  3CC2 N;  1Q81 O;  3G71 N;  3CC7 N;  3CCV N;  4IO9 L;  1Q82 O;  3DLL L;  3CCR N;  4IOA L;  3I55 N;  1Q86 O;  1VQL N;  2ZJQ L;  4U67 L;  3CCU N;  1KD1 O;  1VQ5 N;  1VQP N;  3CPW M;  3CCE N;  1YHQ N;  1YI2 N;  3CXC M;  1M90 O;  1KQS M;  1VQ9 N;  4WF9 L;  1VQ4 N;  2OTJ N;  3CCL N;  3PIP L;  1K8A O;  1JJ2 M;  1VQO N;  1VQN N;  4WFA L;  1YIT N;  5GAH P;  3I56 N;  1VQ8 N;  1QVF M;  4WFB L;  1YIJ N;  4WCE L;  3CF5 L;  1QVG M;  4WFN L;  3CCS N;  1S72 N;  1Q7Y O;  4IOC L;  5GAG P;  2QA4 N;  5JVG L;  1K9M O;  1VQ7 N;  3PIO L;  1K73 O;  2QEX N;  1YJN N;  1YJW N;  4UY8 O;  5GAD P;  5DM6 L;  3CME N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4OGE A;  4BR0 A;  4JLH A;  4FXD A;  1DKG D;  5KGX A;  3O3H A;  4BRO A;  3L3U A;  4YHH K;  4B8C A;  1C6V A;  5ELZ A;  4CES A;  1N5Y A;  4BQL A;  3WXK A;  1NGD A;  2KFN A;  3HVT A;  5C2D A;  2GBZ A;  1IJJ A;  4DMN A;  3LPT A;  4CIF A;  4F9O A;  1FKP A;  3QB0 A;  1L5U A;  1XNR K;  1TAQ A;  1SUQ A;  2NRZ A;  3K9J A;  2G8K A;  3L2R A;  1UA0 A;  4X66 K;  1ZBL A;  4QS7 A;  1HQE A;  4I6M A;  2DTU A;  1XMQ K;  3U9D A;  2X6S A;  5EY4 A;  3MN5 A;  1ZBH A;  2NRV A;  1SZ2 A;  4IEI A;  3HVR A;  4IO9 L;  1JLQ A;  5CYM A;  3QEW A;  1SS6 A;  3EE9 A;  3CET A;  5F1X A;  4CGH A;  3CPW M;  3AVB A;  1YHQ N;  1MA9 B;  3WXL A;  2KHO A;  3BEX A;  4JK7 A;  1SL1 A;  2P1J A;  1HLU A;  2YHX A;  4Z0U A;  3O4N A;  1YVN A;  1RBU A;  3WXJ A;  4FM1 A;  2QKK A;  5K14 A;  4FCY A;  3O9R A;  2HHQ A;  1VSE A;  1GLE G;  4BC3 A;  3VQC A;  1IBK K;  2OZS A;  4R5P A;  4KHW A;  3DOL A;  4BRQ A;  3FFI A;  5AJ3 K;  3QEP A;  3KTQ A;  4FWQ A;  5JLF A;  4BWJ A;  2HVI A;  4NCA A;  3QBW A;  4CJW A;  4X65 K;  4GV3 A;  4BE0 A;  4BR5 A;  4BQZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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