1Q86O

Crystal structure of cca-phe-cap-biotin bound simultaneously at half occupancy to both the a-site and p-site of the the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1q86O00
3CCSN 1YIJN 1ILYA 1W2BM 4WFNL 2OTLN 1S72N 3CC7N 1YJ9N 3CMAN 1M90O 1VQ6N 1VQLN 2ZJRL 3CF5L 1K73O 3J7ZO 4IO9L 1VQ8N 1YITN 1VQ4N 4WF9L 3CCVN 1YJNN 1VQKN 2ZJQL 1VQ5N 1KC8O 1M1KO 5DM7L 5MLCQ 5GAGP 5GAEP 2QEXN 1VQNN 5JVGL 1VQ9N 5GAHP 5HL7L 1KD1O 3CCMN 2QA4N 1NJIO 4WFAL 4U67L 3G4SN 5GADP 3CCRN 4WCEL 1QVGM 3CD6N 4IOAL 3CXCM 3CC2N 1Q81O 3CCJN 3CMEN 3G6EN 1VQMN 1VQON 5DM6L 3CCQN 1N8RO 1K8AO 3OW2M 3I55N 4UY8O 2OTJN 1VQPN 4WFBL 1Q82O 1QVFM 3CPWM 1OVYA 2ZJPL 3CCLN 1JJ2M 3G71N 1VQ7N 3CCEN 4IOCL 1Q7YO 3CC4N 1YHQN 3I56N 3DLLL 1K9MO 1YJWN 3PIPL 1YI2N 3CCUN 1Q86O 3PIOL 5H1SQ 1KQSM 5JVHL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A6AA 1GLBG 1I3AA 3RRGA 4RG8A 4H0XB 5LY3A 3QETA 3SQ1A 2QKBA 1X9JA 4F8RA 3CJAA 1SKWA 2D0AA 3O5BA 1YJ9N 1TKDA 4ILGB 3EN9A 4N41A 4Y0WA 5BPLA 2YKNA 3M8PA 1Z6RA 4KTQA 4FJ8A 4CJ4A 3G0ZA 1A5VA 2P9KB 1J6ZA 4PKGA 1OH7A 2X74A 2RPIA 5M1FA 4IFVA 1RDWX 1XHZA 1WSIA 1JCGA 5KPTA 4DFKA 1JLCA 4NLCA 3O9SA 1W7AA 3MK6A 3WNEA 1BQNA 4MQ3A 3OYEA 3E9LA 1WLJA 3MAQA 1NGEA 2E6LA 3SJHA 3PV8A 5HROA 4LFAK 4LF5K 5AQKA 4A62A 3SAGA 4NCAA 4WYBA 3LDPA 1HYZA 3CFPA 3AVNA 5BRDA 1NM1A 3QFPA 2OPRA 3RWUA 3LWLA 4EHUA 3SQ4A 3L2RA 3VA3A 5LJVA 4Q0BA 1S5JA 1S1TA 4M3RA 3MEGA 1QQMA 5KTQA 5E26A 3ZSYA 1G15A 2QWPA 1BI4B 3PX6A 4FJ9A 1VQMN 2O8FB 3DM2A 2YJEA 4Z4IA 3DLBA 4AM6A 2OTJN 3UKRA 4DSFA 2R7YA 3CERA 5GIPA 4BRCA 1NJWA 4CJUA 4XH4A 4A5AA 5C2DA 3CC4N 4M3WA 2BGGA 3I56N 4E1JA 1Y64A 3CQ8A 3WNGA 2G8UA 4E0DA 1RNHA 4FO0A 4CE9A 1I94K 1NK8A 1OH8A 3VTIA 5A2QO 1TUYA 4B1YB 1KQSM 2ASMA 5AQNA 4HTLA 4ELTA 3VQ9A 4A59A 5T7BA 3ZX0A 5AFUH 3O9RA 4J2AA 3RR7A 4DQPA 5J2NA 3CC7N 3U9DA 4DF8A 1HNXK 3CMAN 4M41A 3N4QA 1EWQA 4DR5K 2HMPA 3CQXA 4I9QA 2RE2A 2O4IA 1NGHA 4IWVA 4EZ6A 1RBTA 1KRPA 3O80A 1BA0A 3RSEB 3A5OC 4BR5A 5IWAK 4DU3A 3GBTA 1ZBIA 1D9FA 1S1UA 4CGDA 1ZYQA 2HB5A 4CJ5A 1NK5A 1QS4A 1FK9A 3LANA 1LAWA 2VGNA 4BWJA 3PX0A 3F9MA 2QXFA 2E2NA 4CJVA 2CGKA 4BDYA 2ZD1A 1O1WA 1J5OA 3LZIA 1C0GA 5GAHP 2QWNA 4B3SK 1KXPA 4N76A 3O08A 4CGGA 3JSMA 4DR3K 4JKGB 1TVRA 3K57A 2VQFK 5BREA 1ASUA 3NGIA 3QERA 4CFDA 1IKWA 3CJ9A 3MN7A 3VQAA 1QSLA 4MLEA 2HF4A 3S9HA 1WSJA 1RBVA 4B3MK 1KFSA 3H45C 1IKXA 2E20A 1JL2A 2IC3A 5B8HA 3M6GA 3LP3A 3DXKB 3IDHA 3AVJA 4JHDB 5AQMA 3VESA 1IG8A 1HQUA 3CG7A 1P90A 3VN5A 2KW4A 4ILHA 3DLRA 1S1WA 4H0VB 4IOCL 3JAMO 1CLQA 2OPSA 4BR7A 3EY1A 1IKVA 1DT9A 3UB5A 4DTJA 1K9MO 3TAFA 4BE1A 4FLWA 2I7PA 4HVJA 3ZYYX 3DLHA 4BRLA 3QIPA 4AILC 2QTDA 3AVCA 3KD1E 3H6EA 4DV6K 4RW7A 3KLEA 3QEIA 4HUEA 3LP0A 2D0BA 4AHTA 3ZT0A 1HX1A 3ZT1A 3SI6A 4CEOA 5CY4A 4JRPA 1DTQA 3KKSA 4CIFA 2ZQBA 2BH1A 1ITGA 4O5FA 4BE2A 4CEEA 2ZJRL 3IS9A 4CHOA 4ZHRA 4OKKA 3J7ZO 3VEXA 4FWOA 3JXUA 3QEPA 1N6QA 3ULEA 4JV5K 4JKEA 2YHWA 4CFBA 4WF9L 4W5RA 4DTXA 1VQ5N 2PFUA 1KC8O 4ILJA 1DGKN 4DSIA 2BTFA 4JAXA 4BE0A 5JLHA 4M63C 4V19S 4JD2B 3AVLA 2FLOA 4XH1A 4FM0A 3IKMA 4DS4A 4OO1J 2YNHA 2IGIA 3ZSRA 1MA9B 1KAYA 4O55A 2P9SB 4KHQA 1WSGA 2YX6A 4CF9A 5AQHA 1TYQA 2UXDK 2D4WA 3L2VA 4WCEL 3M8QA 3LPTA 3BGRA 1RFQA 4LSLA 1BG3A 1Z05A 3A8YA 1L5UA 4BY9C 4K8ZA 5JS1A 4J8FA 4AHSA 3O4NA 4FOEA 3OYAA 3BF1A 4Z0UA 3NH1A 3TSUA 3UIQA 3CI5A 4H5VA 4CJWA 1VQON 4EFHA 1SKRA 4BVPA 2P51A 3KWIA 1E3MA 2OPQA 4UY8O 2IOCA 3LDOA 1SUQA 4IG0A 4IJAA 2P9PB 2ZJPL 1JJ2M 2WONA 4Z94A 1C0UA 1QTMA 1X3NA 1YAGA 5DK5A 5FPEA 4NCGA 4MLHA 1J54A 3BDPA 3KK2A 1S3XA 2VYPA 4FJKA 1J9AA 4BQLA 2D0OA 3L4IA 1YF5L 3O6WA 1XMOK 2HNDA 4F3TA 1RT3A 4JYAK 4C8NA 2QWMA 2P5OA 3JS6A 5J2MA 5FRMA 4BRQA 1R0AA 3EZWA 3VEVA 1LWEA 4BC5A 4CZJA 5AQSA 3OYGA 4DU1A 3AO4A 2VWKA 4N56A 1QSYA 1WN7A 4OGEA 1C1AA 4YOTA 3SV3A 1YT3A 3T1AA 3T19A 4J2BA 3VEZA 3CF5L 1TKZA 3NCIA 4YNQA 1NJXA 4B9QA 2NRXA 2V7ZA 3AO1A 1UWBA 4L3QA 3OYBA 3L3VA 3FE1A 3PO4A 4DB3A 2A1RA 2F8SA 3FZLA 2DPNA 2W6LA 1M1KO 4JI8K 5DM7L 3EKUA 2Q97A 4LF8K 4JI0K 2QKKA 5GAGP 2FSJA 1NGIA 4QCLA 3HP6A 3IFRA 5JVGL 1L3VA 5FPMA 3FZMA 4OLBA 4GVMA 2FF3B 1U2VB 2FBYA 3D6RA 3ULDA 4WFAL 4U67L 3EEQA 3MCAB 3N4PA 5GADP 4NCBA 2HOEA 3V9WA 3NMUA 3AA2A 3T3FA 4JS4A 1RTIA 4QOZB 2NUBA 5M1OA 3UKUB 3VQBA 1NGAA 3DRRA 4DSJA 1LW0A 1FXXA 1S1XA 5BR8K 3V1OA 3MEDA 4ZTJA 3CQYA 3OYIA 4KH6A 3BEXA 3H1QA 4BC3A 2WTUA 3QFUA 3F2KA 1ZBSA 3KLHA 4CZGA 1ZXOA 3BZKA 4CBWA 3MXJA 1VQ7N 3THYB 4H5RA 3OJUA 3D0PA 4HWIA 1JLEA 3K5LA 4M3TA 1BCOA 4LSNA 3HOSA 4KI4A 3BUZB 3D2EB 3TWHA 4JI7K 3SAHA 4YOWA 1EX4A 4OVLA 3CM6A 4GV6A 1YIJN 2X78A 4FJXA 3GE1A 2P9LB 2PBDA 1NK4A 4ISEA 3H3NO 4RCHA 4JKBA 2NRHA 3B8AX 4OLAA 1HUXA 3CFRA 3WXIA 2UU9K 4OGCA 4BR2A 2P9IB 4FJMA 4CJKA 4KHYA 1TL1A 3D2FB 3KIOA 3O3GA 1XC9A 4PUOA 1DEJA 3AAPA 4FJLA 3THXB 3TU5A 3HTVA 4H0PA 4B9SA 3AVMA 4OX9K 3HL8A 1T7PA 3KWGA 4MDBA 4CZMA 1ZBHA 2OPPA 3TTCA 1X9MA 1W97L 3C65A 4IBNA 3K5NA 1KSPA 3VQ8A 3CCMN 3O3HA 1UA1A 3HSTB 3PSIA 3KKRA 3VENA 1RDCA 1NJIO 2IDOA 2ZE2A 2KZZA 3P1GA 2ATQA 1GLDG 1Q8IA 5HLFA 4B9UA 4BG9A 4H5NA 3DMJA 1QVGM 3VQ7A 4W5NA 4DV5K 2XRIA 3G25A 1XHXA 1IO2A 3ZSZA 2W42A 4CFCA 3ISNC 1RDAA 3ZSWA 4ELVA 4FJIA 3C6UA 4AHVA 1MWMA 1TKTA 4OPHA 5AQJA 3G6EN 3R9PA 2ZWHA 4CGHA 2XY7A 2O8BA 3OW2M 3FZFA 4C23A 3HPHA 3DRSA 5AZIB 1CXQA 2QWOA 4IOXA 4CZHA 1OH6A 2DFHA 4QS7A 5HRNA 2RKIA 4NYNA 3NGZA 3V9XA 3GOIA 3L4QA 3OS1A 4OPJA 2GUPA 1CZ9A 1SQKA 2CH6A 3O1WA 2WOMA 4B8CA 4CZIA 2HF3A 4HTUA 4CZEA 1VAZA 1XUPO 3J7YP 4DS5A 1IBLK 1ILYA 3MEEA 2UUBK 2NRVA 3QICA 1E4FT 1KLNA 1Z25A 4JKDA 2O8DB 2B5JA 4I7FA 3P4IA 4B1VA 3KLIA 4CEFA 3G10A 3VQ4A 1BIZA 3O1BA 2AJQA 1U45A 5AFUA 1BI4A 5CYQA 3HPGA 2ASOA 2QW9A 1O13A 2B4JA 3L8BA 4KI6A 5I42A 3MX2A 4C8KA 2ZF5O 3VQDA 3L2UA 1RTDA 3NBPA 1HQEA 3TANA 1WAFA 3AO5A 2YI1A 2NRZA 1DTTA 2QK9A 5AZJB 4LC9B 1TAUA 1BOTO 3NDKA 3TABA 4B3OA 2OZSA 4K42A 1VSDA 2QEXN 4DTRA 3AGRA 3KK1A 4GY2B 3WXKA 3FZHA 4ID1A 3DXMA 2UUCK 3G4SN 1J53A 3F73A 2XY8A 4DV4K 4Q5VA 3QESA 3CC2N 2IVOA 5CYMA 4R5PA 4M7XA 4I6MB 4CECA 3O9TA 2Z1IA 4DTPA 4GMJB 1HPZA 1X9WA 1XNRK 3OS0A 3OBYA 4JI2K 3VERA 4DQQA 4DSLA 4HCBA 3TAGA 4CF0A 4A2AA 3VEOA 2EHGA 5AQYA 4OPKA 2I7NA 1Y97A 2IVPA 3ZEUA 4A57A 1SL0A 2VG7A 4H8KA 3K9JA 3CYMA 3SBTA 3VF4A 4DU4A 4KFBA 4FW1A 1X9SA 1U48A 1ZBFA 1YI2N 5AQOA 3MN5A 2ZGYA 3ZT2A 1N34K 5JS2A 4LF6K 2W6KA 3SMPA 4FWMA 3FGUA 4BROA 4JKGA 3MN6A 3T1YK 2HW3A 1IH7A 3I33A 4KO0A 3SCXA 4KHPK 4JK7A 3THWA 3M8RA 2E5LK 3MX5A 1KCFA 1G99A 3AV9A 3AAQA 2GWKA 3L0QA 2F7TA 3OYMA 3RTVA 3QLHA 2Z1HA 1K73O 3DOLA 4WQ4A 4ZTFA 2KZMA 2ITMA 1VSLA 3DXKA 1N33K 3P39A 4JHDA 4E7IA 3NAEA 3SZ2A 4YDUA 5F1XA 2HBJA 2WFBA 4DTUA 1EO1A 2V7YA 4B1UB 1P8ZA 3E9PA 3VMFB 4NB4A 3KD5E 1KFDA 3KK7A 4FJHA 3VEWA 4BACA 4J2EA 5BRFA 4O4GA 3SV4A 1GLAG 1NK9A 3AA5X 5C25A 4FWRA 4BGBA 4DR1K 1TK0A 2XY6A 2Q36A 2GBZA 4DFJA 2Y1IA 5CE3A 1ATSA 3C94A 4C1NI 4RW8A 2HHTA 2YHAA 1FKOA 4NXMK 3VQCA 4BRGA 1V4TA 4XIUA 1SL2A 3GL1A 1UA0A 1W0HA 3KZBA 1QVFM 3LDQA 3CCLN 4B8AB 1NKBA 4O44A 5C15A 4O5BA 4AHCA 2JWKA 4Z4CA 4DQ8A 5C0YA 3PY8A 5KQDA 4B9VA 4WQ5C 4JD2A 1BHLA 3P38A 1RTJA 4E1NA 1VSIA 3CCUN 2DFEA 3UKRB 2GX9A 3C6TA 5HRRA 2F96A 4FLVA 1N36K 2X6NA 4CJEA 4DFPA 3OYCA 5E84A 2AA4A 4AM7A 4BR4A 4E89A 3U3YA 4ELUA 3NE6A 4FCYA 4EZ9A 1FKPA 2UYTA 1LWCA 4CIEA 5KPZA 3R1XA 4K41A 3TSQA 2P9UB 4CESA 2KTQA 1DKGD 4N47A 2ETJA 1EQYA 4PA1A 5TKYA 3HZ6A 3CJ1A 3UE5A 4BR9A 4K0KK 4DLEA 2E1ZA 5C2FA 1HKCA 5K14A 2RHKA 1CZBA 1BCMA 2P9PA 3QINA 1BO5O 1TV6A 4C1NK 4BRFA 5AQGA 3SMSA 4M3UA 5HP1A 4B9MA 3HVTA 2E88A 3TAPA 3CM5A 5BN9A 4BC2A 1XI1A 2HHVA 4CHNA 1HLUA 1Z26A 3S3NA 4PWDA 3OY9A 3SUPA 4KB1A 1NGDA 1VSMA 2GEMA 1T8EA 2FBXA 4DMNA 3OYNA 2EX3A 2VQEK 3Q7CA 3HPOA 3TI0A 1JLBA 3J81O 4BRAA 1IJJA 2HMIA 2QWRA 4DV1K 3C6AA 4IOAL 3VPZA 3D45A 4E7KA 2VWBA 3HJFA 3J80O 4DUZK 3I0SA 4DQIA 3U4LA 2BUPA 1QZ5A 3NGYA 4AF1A 1FJGK 2Y1JA 1RDDA 2KHOA 1NLVA 1RT6A 4CIGA 2OA8A 4H0TB 2HVHA 3P5JA 4A2BA 3ID8A 3SUNA 2G8HA 1HKBA 5KI6A 4A5BA 4DSKA 1IKYA 3I0RA 1B92A 3DLLL 4CI6A 2NNWA 2UXBK 4AQYK 3LDNA 3AVGA 4GNIA 4RWTA 1JXBA 1NGFA 2YNIA 3OBWA 3OYDA 1HNZK 3PO5A 4DFMA 1W2BM 4Y1DA 1SV5A 2NRRA 2P1JA 3R6MA 2Z1JA 3HRGA 2VG5A 3UKUA 5IT9O 1RCHA 1QHAA 3SPYA 3V9UA 4JNEA 3R8EA 4FOIA 2G8KA 4DTMA 1U04A 3OYKA 4AHUA 4XEIA 3HSCA 1XMQK 1R59O 1LCUA 1C1BA 4DQRA 1VQLN 4PKIA 4JRQA 1RBSA 4IJNA 5AQTA 3ALYA 4BREA 2WC9A 5AR0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCS N;  1YIJ N;  1ILY A;  1W2B M;  4WFN L;  2OTL N;  1S72 N;  3CC7 N;  1YJ9 N;  3CMA N;  1M90 O;  1VQ6 N;  1VQL N;  2ZJR L;  3CF5 L;  1K73 O;  3J7Z O;  4IO9 L;  1VQ8 N;  1YIT N;  1VQ4 N;  4WF9 L;  3CCV N;  1YJN N;  1VQK N;  2ZJQ L;  1VQ5 N;  1KC8 O;  1M1K O;  5DM7 L;  5MLC Q;  5GAG P;  5GAE P;  2QEX N;  1VQN N;  5JVG L;  1VQ9 N;  5GAH P;  5HL7 L;  1KD1 O;  3CCM N;  2QA4 N;  1NJI O;  4WFA L;  4U67 L;  3G4S N;  5GAD P;  3CCR N;  4WCE L;  1QVG M;  3CD6 N;  4IOA L;  3CXC M;  3CC2 N;  1Q81 O;  3CCJ N;  3CME N;  3G6E N;  1VQM N;  1VQO N;  5DM6 L;  3CCQ N;  1N8R O;  1K8A O;  3OW2 M;  3I55 N;  4UY8 O;  2OTJ N;  1VQP N;  4WFB L;  1Q82 O;  1QVF M;  3CPW M;  1OVY A;  2ZJP L;  3CCL N;  1JJ2 M;  3G71 N;  1VQ7 N;  3CCE N;  4IOC L;  1Q7Y O;  3CC4 N;  1YHQ N;  3I56 N;  3DLL L;  1K9M O;  1YJW N;  3PIP L;  1YI2 N;  3CCU N;  1Q86 O;  3PIO L;  5H1S Q;  1KQS M;  5JVH L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2A6A A;  1GLB G;  1I3A A;  3RRG A;  4RG8 A;  4H0X B;  5LY3 A;  3QET A;  3SQ1 A;  2QKB A;  1X9J A;  4F8R A;  3CJA A;  1SKW A;  2D0A A;  3O5B A;  1YJ9 N;  1TKD A;  4ILG B;  3EN9 A;  4N41 A;  4Y0W A;  5BPL A;  2YKN A;  3M8P A;  1Z6R A;  4KTQ A;  4FJ8 A;  4CJ4 A;  3G0Z A;  1A5V A;  2P9K B;  1J6Z A;  4PKG A;  1OH7 A;  2X74 A;  2RPI A;  5M1F A;  4IFV A;  1RDW X;  1XHZ A;  1WSI A;  1JCG A;  5KPT A;  4DFK A;  1JLC A;  4NLC A;  3O9S A;  1W7A A;  3MK6 A;  3WNE A;  1BQN A;  4MQ3 A;  3OYE A;  3E9L A;  1WLJ A;  3MAQ A;  1NGE A;  2E6L A;  3SJH A;  3PV8 A;  5HRO A;  4LFA K;  4LF5 K;  5AQK A;  4A62 A;  3SAG A;  4NCA A;  4WYB A;  3LDP A;  1HYZ A;  3CFP A;  3AVN A;  5BRD A;  1NM1 A;  3QFP A;  2OPR A;  3RWU A;  3LWL A;  4EHU A;  3SQ4 A;  3L2R A;  3VA3 A;  5LJV A;  4Q0B A;  1S5J A;  1S1T A;  4M3R A;  3MEG A;  1QQM A;  5KTQ A;  5E26 A;  3ZSY A;  1G15 A;  2QWP A;  1BI4 B;  3PX6 A;  4FJ9 A;  1VQM N;  2O8F B;  3DM2 A;  2YJE A;  4Z4I A;  3DLB A;  4AM6 A;  2OTJ N;  3UKR A;  4DSF A;  2R7Y A;  3CER A;  5GIP A;  4BRC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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