1Q86P

Crystal structure of cca-phe-cap-biotin bound simultaneously at half occupancy to both the a-site and p-site of the the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
total genus 35
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1q86P00
3CC7L 1QVFK 3G4SO 1Q81P 1VQ4L 1VQMO 3CCMO 3CXCK 1KQSK 3CC4L 1KC8M 1VQNO 3CPWN 1YI2L 1Q81M 2QEXL 1K8AP 1YIJL 1K73P 3CCQL 3CCLO 1N8RP 3G6EL 1VQPL 1VQLO 1KD1P 1YHQO 3CD6L 1W2BK 2QA4O 1K8AM 1VQ8L 3CCJL 3CCRL 1YJNO 2OTJL 1Q86P 1VQOO 3I55L 3I56L 3OW2K 1VQ6L 3CMAO 1YITL 1QVGN 1VQ7L 1VQ5L 1VQLL 2OTLL 3CC2L 1S72L 3CCVL 1QVFN 3CPWK 1Q82P 3G4SL 3CCSO 1YJWO 1YJ9O 1VQML 3CCML 3CXCN 1JJ2K 1VQKO 1K9MP 1Q7YP 3CMEO 1M90P 1VQNL 1K73M 1N8RM 1VQ4O 3CCEO 1VQ9O 1NJIP 3CCLL 1KD1M 3CC4O 3CCUO 1YHQL 1YI2O 2QEXO 2QA4L 1KC8P 1M1KP 1NJIM 1YJNL 1Q86M 1YIJO 3CCQO 1KQSN 3CCEL 3G71O 1VQ9L 3G6EO 3OW2N 1VQPO 1VQOL 3CD6O 3CC7O 3CMAL 1Q82M 1M1KM 1VQ8O 3CCJO 3CCUL 3CCRO 2OTJO 1K9MM 3CCSL 1YJWL 1Q7YM 1YJ9L 1JJ2N 1M90M 3I55O 3I56O 1VQKL 1W2BN 1VQ6O 3G71L 3CMEL 1YITO 1VQ7O 1VQ5O 2OTLO 3CC2O 1S72O 1QVGK 3CCVO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CC7L 1QVFK 3G4SO 1Q81P 1VQ4L 1VQMO 3CCMO 3CXCK 1KQSK 3CC4L 1KC8M 1VQNO 3CPWN 1YI2L 1Q81M 2QEXL 3GODA 1K8AP 4N06A 1YIJL 1K73P 3CCQL 3NKDA 1N8RP 3CCLO 3G6EL 1VQPL 1VQLO 1KD1P 1YHQO 3CD6L 1W2BK 2QA4O 1K8AM 1VQ8L 3CCJL 3CCRL 1YJNO 2OTJL 1Q86P 1VQOO 3I56L 3I55L 3OW2K 1VQ6L 3CMAO 1YITL 1QVGN 1VQ7L 1VQ5L 1VQLL 2OTLL 3CC2L 1S72L 3CCVL 1QVFN 5DLJA 3CPWK 2YZSA 1Q82P 3G4SL 3CCSO 5DS6A 1YJWO 1YJ9O 1VQML 4XTKA 5DQZA 3CCML 3CXCN 1JJ2K 1VQKO 1K9MP 1Q7YP 3CMEO 1M90P 1VQNL 1K73M 1N8RM 1VQ4O 3CCEO 1VQ9O 1NJIP 5DS5A 4P6IC 3CCLL 1KD1M 3CC4O 5FCLA 3CCUO 1YHQL 1YI2O 2QEXO 2QA4L 1KC8P 1M1KP 4W8KA 1NJIM 1YJNL 1Q86M 1YIJO 3CCQO 1KQSN 3CCEL 3G71O 1VQ9L 3G6EO 3OW2N 5DQTA 1VQPO 1VQOL 3CD6O 3CC7O 3CMAL 1Q82M 1M1KM 1VQ8O 3CCJO 3CCUL 3CCRO 2OTJO 1K9MM 3CCSL 1YJWL 1Q7YM 1YJ9L 4WJ0A 1JJ2N 1M90M 4QDLA 3I55O 3I56O 5DS4A 1VQKL 1W2BN 1VQ6O 3G71L 3CMEL 1YITO 1VQ7O 1VQ5O 2OTLO 3CC2O 1S72O 1QVGK 3CCVO
chains in the Genus database with same CATH topology
3CC7L 1QVFK 3G4SO 1Q81P 1VQ4L 1VQMO 3CCMO 3CXCK 1KQSK 3CC4L 1KC8M 1VQNO 3CPWN 1YI2L 1Q81M 2QEXL 3GODA 1K8AP 4N06A 1YIJL 1K73P 3CCQL 3NKDA 1N8RP 3CCLO 3G6EL 1VQPL 1VQLO 1KD1P 1YHQO 3CD6L 1W2BK 2QA4O 1K8AM 1VQ8L 3CCJL 3CCRL 1YJNO 2OTJL 1Q86P 1VQOO 3I56L 3I55L 3OW2K 1VQ6L 3CMAO 1YITL 1QVGN 1VQ7L 1VQ5L 1VQLL 2OTLL 3CC2L 1S72L 3CCVL 1QVFN 5DLJA 3CPWK 2YZSA 1Q82P 3G4SL 3CCSO 5DS6A 1YJWO 1YJ9O 1VQML 4XTKA 5DQZA 3CCML 3CXCN 1JJ2K 1VQKO 1K9MP 1Q7YP 3CMEO 1M90P 1VQNL 1K73M 1N8RM 1VQ4O 3CCEO 1VQ9O 1NJIP 5DS5A 4P6IC 3CCLL 1KD1M 3CC4O 5FCLA 3CCUO 1YHQL 1YI2O 2QEXO 2QA4L 1KC8P 1M1KP 4W8KA 1NJIM 1YJNL 1Q86M 1YIJO 3CCQO 1KQSN 3CCEL 3G71O 1VQ9L 3G6EO 3OW2N 5DQTA 1VQPO 1VQOL 3CD6O 3CC7O 3CMAL 1Q82M 1M1KM 1VQ8O 3CCJO 3CCUL 3CCRO 2OTJO 1K9MM 3CCSL 1YJWL 1Q7YM 1YJ9L 4WJ0A 1JJ2N 1M90M 4QDLA 3I55O 3I56O 5DS4A 1VQKL 1W2BN 1VQ6O 3G71L 3CMEL 1YITO 1VQ7O 1VQ5O 2OTLO 3CC2O 1S72O 1QVGK 3CCVO
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CC7 L;  1QVF K;  3G4S O;  1Q81 P;  1VQ4 L;  1VQM O;  3CCM O;  3CXC K;  1KQS K;  3CC4 L;  1KC8 M;  1VQN O;  3CPW N;  1YI2 L;  1Q81 M;  2QEX L;  1K8A P;  1YIJ L;  1K73 P;  3CCQ L;  3CCL O;  1N8R P;  3G6E L;  1VQP L;  1VQL O;  1KD1 P;  1YHQ O;  3CD6 L;  1W2B K;  2QA4 O;  1K8A M;  1VQ8 L;  3CCJ L;  3CCR L;  1YJN O;  2OTJ L;  1Q86 P;  1VQO O;  3I55 L;  3I56 L;  3OW2 K;  1VQ6 L;  3CMA O;  1YIT L;  1QVG N;  1VQ7 L;  1VQ5 L;  1VQL L;  2OTL L;  3CC2 L;  1S72 L;  3CCV L;  1QVF N;  3CPW K;  1Q82 P;  3G4S L;  3CCS O;  1YJW O;  1YJ9 O;  1VQM L;  3CCM L;  3CXC N;  1JJ2 K;  1VQK O;  1K9M P;  1Q7Y P;  3CME O;  1M90 P;  1VQN L;  1K73 M;  1N8R M;  1VQ4 O;  3CCE O;  1VQ9 O;  1NJI P;  3CCL L;  1KD1 M;  3CC4 O;  3CCU O;  1YHQ L;  1YI2 O;  2QEX O;  2QA4 L;  1KC8 P;  1M1K P;  1NJI M;  1YJN L;  1Q86 M;  1YIJ O;  3CCQ O;  1KQS N;  3CCE L;  3G71 O;  1VQ9 L;  3G6E O;  3OW2 N;  1VQP O;  1VQO L;  3CD6 O;  3CC7 O;  3CMA L;  1Q82 M;  1M1K M;  1VQ8 O;  3CCJ O;  3CCU L;  3CCR O;  2OTJ O;  1K9M M;  3CCS L;  1YJW L;  1Q7Y M;  1YJ9 L;  1JJ2 N;  1M90 M;  3I55 O;  3I56 O;  1VQK L;  1W2B N;  1VQ6 O;  3G71 L;  3CME L;  1YIT O;  1VQ7 O;  1VQ5 O;  2OTL O;  3CC2 O;  1S72 O;  1QVG K;  3CCV O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CC7 L;  1QVF K;  3G4S O;  1Q81 P;  1VQ4 L;  1VQM O;  3CCM O;  3CXC K;  1KQS K;  3CC4 L;  1KC8 M;  1VQN O;  3CPW N;  1YI2 L;  1Q81 M;  2QEX L;  3GOD A;  1K8A P;  4N06 A;  1YIJ L;  1K73 P;  3CCQ L;  3NKD A;  1N8R P;  3CCL O;  3G6E L;  1VQP L;  1VQL O;  1KD1 P;  1YHQ O;  3CD6 L;  1W2B K;  2QA4 O;  1K8A M;  1VQ8 L;  3CCJ L;  3CCR L;  1YJN O;  2OTJ L;  1Q86 P;  1VQO O;  3I56 L;  3I55 L;  3OW2 K;  1VQ6 L;  3CMA O;  1YIT L;  1QVG N;  1VQ7 L;  1VQ5 L;  1VQL L;  2OTL L;  3CC2 L;  1S72 L;  3CCV L;  1QVF N;  5DLJ A;  3CPW K;  2YZS A;  1Q82 P;  3G4S L;  3CCS O;  5DS6 A;  1YJW O;  1YJ9 O;  1VQM L;  4XTK A;  5DQZ A;  3CCM L;  3CXC N;  1JJ2 K;  1VQK O;  1K9M P;  1Q7Y P;  3CME O;  1M90 P;  1VQN L;  1K73 M;  1N8R M;  1VQ4 O;  3CCE O;  1VQ9 O;  1NJI P;  5DS5 A;  4P6I C;  3CCL L;  1KD1 M;  3CC4 O;  5FCL A;  3CCU O;  1YHQ L;  1YI2 O;  2QEX O;  2QA4 L;  1KC8 P;  1M1K P;  4W8K A;  1NJI M;  1YJN L;  1Q86 M;  1YIJ O;  3CCQ O;  1KQS N;  3CCE L;  3G71 O;  1VQ9 L;  3G6E O;  3OW2 N;  5DQT A;  1VQP O;  1VQO L;  3CD6 O;  3CC7 O;  3CMA L;  1Q82 M;  1M1K M;  1VQ8 O;  3CCJ O;  3CCU L;  3CCR O;  2OTJ O;  1K9M M;  3CCS L;  1YJW L;  1Q7Y M;  1YJ9 L;  4WJ0 A;  1JJ2 N;  1M90 M;  4QDL A;  3I55 O;  3I56 O;  5DS4 A;  1VQK L;  1W2B N;  1VQ6 O;  3G71 L;  3CME L;  1YIT O;  1VQ7 O;  1VQ5 O;  2OTL O;  3CC2 O;  1S72 O;  1QVG K;  3CCV O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CC7 L;  1QVF K;  3G4S O;  1Q81 P;  1VQ4 L;  1VQM O;  3CCM O;  3CXC K;  1KQS K;  3CC4 L;  1KC8 M;  1VQN O;  3CPW N;  1YI2 L;  1Q81 M;  2QEX L;  3GOD A;  1K8A P;  4N06 A;  1YIJ L;  1K73 P;  3CCQ L;  3NKD A;  1N8R P;  3CCL O;  3G6E L;  1VQP L;  1VQL O;  1KD1 P;  1YHQ O;  3CD6 L;  1W2B K;  2QA4 O;  1K8A M;  1VQ8 L;  3CCJ L;  3CCR L;  1YJN O;  2OTJ L;  1Q86 P;  1VQO O;  3I56 L;  3I55 L;  3OW2 K;  1VQ6 L;  3CMA O;  1YIT L;  1QVG N;  1VQ7 L;  1VQ5 L;  1VQL L;  2OTL L;  3CC2 L;  1S72 L;  3CCV L;  1QVF N;  5DLJ A;  3CPW K;  2YZS A;  1Q82 P;  3G4S L;  3CCS O;  5DS6 A;  1YJW O;  1YJ9 O;  1VQM L;  4XTK A;  5DQZ A;  3CCM L;  3CXC N;  1JJ2 K;  1VQK O;  1K9M P;  1Q7Y P;  3CME O;  1M90 P;  1VQN L;  1K73 M;  1N8R M;  1VQ4 O;  3CCE O;  1VQ9 O;  1NJI P;  5DS5 A;  4P6I C;  3CCL L;  1KD1 M;  3CC4 O;  5FCL A;  3CCU O;  1YHQ L;  1YI2 O;  2QEX O;  2QA4 L;  1KC8 P;  1M1K P;  4W8K A;  1NJI M;  1YJN L;  1Q86 M;  1YIJ O;  3CCQ O;  1KQS N;  3CCE L;  3G71 O;  1VQ9 L;  3G6E O;  3OW2 N;  5DQT A;  1VQP O;  1VQO L;  3CD6 O;  3CC7 O;  3CMA L;  1Q82 M;  1M1K M;  1VQ8 O;  3CCJ O;  3CCU L;  3CCR O;  2OTJ O;  1K9M M;  3CCS L;  1YJW L;  1Q7Y M;  1YJ9 L;  4WJ0 A;  1JJ2 N;  1M90 M;  4QDL A;  3I55 O;  3I56 O;  5DS4 A;  1VQK L;  1W2B N;  1VQ6 O;  3G71 L;  3CME L;  1YIT O;  1VQ7 O;  1VQ5 O;  2OTL O;  3CC2 O;  1S72 O;  1QVG K;  3CCV O; 
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