The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
127
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sequence length |
450
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structure length |
434
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Chain Sequence |
DVPLTPSQFAKAKSENFDKKVILSNLNKPHALLWGPDNQIWLTERATGKILRVNPESGSVKTVFQVPEIVNDADGQNGLLGFAFHPDFKNNPYIYISGTFKNPKPNQTIIRRYTYNKSTDTLEKPVDLLAGLPSSKDHQSGRLVIGPDQKIYYTIGDQGRNQLAYLFLPNQAQHTPTQQELNGKDYHTYMGKVLRLNLDGSIPKDNPSFNGVVSHIYTLGHRNPQGLAFTPNGKLLQSEQGPNSDDEINLIVKGGNYGWPNVAGYKDDSGYAYANYSAAANKSIKDLAQNGVKVAAGVPVTKESEWTGKNFVPPLKTLYTVQDTYNYNCWPTVAPSSAYVYKGGKKAITGWENTLLVPSLKRGVIFRIKLDPTYSTTYDDAVPMFKSNNRYRDVIASPDGNVLYVLTDTAGNVQKDDGSVTNTLENPGSLIKFT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Acinetobacter calcoaceticus
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| publication title |
The 1.7 A crystal structure of the apo form of the soluble quinoprotein glucose dehydrogenase from Acinetobacter calcoaceticus reveals a novel internal conserved sequence repeat.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SOLUBLE QUINOPROTEIN GLUCOSE DEHYDROGENASE
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| total genus |
127
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| structure length |
434
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| sequence length |
450
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
1.1.5.2: Quinoprotein glucose dehydrogenase (PQQ, quinone). |
| pdb deposition date | 1999-04-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07995 | GSDH | Glucose / Sorbosone dehydrogenase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | TolB, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3WW9 A; 1CVM A; 1N7D A; 3SOB B; 3S2K A; 3E5Z A; 4IMB A; 4DG6 A; 5GX1 A; 3A9G A; 1POO A; 2GVV A; 2GVU A; 1QLG A; 1C5K A; 3O4P A; 2IAP A; 2IAR A; 4JML A; 4HHO A; 3LI3 A; 4GNA A; 3P5B L; 3TC9 A; 3DAS A; 5GTQ A; 2V91 A; 3G4H A; 5D9D A; 1H6L A; 2IAV A; 2IAX A; 2P4O A; 3KYA A; 3SRG A; 3BYC A; 4R40 A; 1V04 A; 5D9C A; 5FWW A; 2IAW A; 2VAQ A; 3S94 A; 2DSO A; 3IAX A; 2G8S A; 4A0P A; 1E1A A; 3AMR A; 3HRP A; 5GX4 A; 3Q6K A; 3SRE A; 2OJH A; 3KGG A; 1C9U A; 1Q7F A; 3Q6P A; 4GN9 A; 1CQ1 A; 2FP9 A; 4GNC A; 4GN8 A; 2W8B A; 2IAT A; 4GNB A; 2DG1 A; 3HLI A; 3Q6T A; 4IYG A; 4HHQ A; 3S8Z A; 3G4E A; 2IVZ A; 3SOQ A; 1QBI A; 4GN7 A; 2GVX A; 5EX7 A; 3HLH A; 2FP8 A; 2W8B B; 3V65 B; 2FPB A; 4HW6 A; 2ISM A; 3U0S A; 2GHS A; 3FW0 A; 3FVZ A; 2IAU A; 4O5T A; 5GX5 A; 1CRZ A; 2IAQ A; 5GX3 A; 3V1S A; 3A9H A; 3LI5 A; 1RWL A; 2POO A; 2DG0 A; 3WWA A; 5D9B A; 2IAO A; 3I1C A; 3S8V A; 3SOV A; 2HQS A; 2GVW A; 3LI4 A; 2QE8 A; 4PWZ A; 4ZLR A; 4O5S A; 3AMS A; 5GX2 A; 3DR2 A; 1PJX A; 4Q1U A; 1CRU A; 3V64 C; 2FPC A; 1RWI A; 2IAS A; 1NPE A; 1IJQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4GZT A; 4QN4 A; 1W8O A; 4B7M A; 5FNS A; 2H2N A; 4YW3 A; 2C4L A; 1USX A; 5HX0 A; 2F24 A; 5FNT A; 1Z4V A; 3T1E A; 4XJR A; 2QWC A; 4FPO B; 4GZW A; 4JML A; 4HHO A; 2VK6 A; 2HU4 A; 2SLI A; 4CH9 A; 5GTQ A; 2A75 A; 3SRG A; 4FPY A; 4FZH A; 1W21 A; 7NN9 A; 4UOU A; 4FPG A; 1EUS A; 1F8C A; 4AGT A; 2DSO A; 3IAX A; 2SIL A; 4D52 C; 1SLL A; 2XZJ A; 4A0P A; 2YDT A; 1N1S A; 3CL0 A; 1NCA N; 1Z4Z A; 1V3B A; 4M4N A; 3HRP A; 4NCS A; 1V0F A; 4GZX A; 2VSM A; 5HUM A; 3SRE A; 3VNG A; 3A71 A; 4FQ4 A; 4MWV A; 1ZGK A; 3Q6P A; 1WP5 A; 1IUC A; 5EO8 A; 4GNC A; 2VW1 A; 5JYY A; 4HZZ A; 5CGJ A; 2QWJ A; 2QWH A; 3GVJ A; 4HHQ A; 3K3A A; 2RKC A; 3SOQ A; 1NCB N; 4QN3 A; 1L7G A; 1W0O A; 1X2J A; 4GB1 A; 4X6K A; 5EX7 A; 1W20 A; 3HLH A; 4J9T A; 1NN2 A; 1ING A; 1U6D X; 4CPM A; 1INV A; 2FPB A; 3BEQ A; 4FPK A; 2VW2 A; 1IVB A; 4MC7 A; 1INY A; 2FLU X; 2HTU A; 4D52 B; 1SUU A; 4D4U A; 4BBW A; 1N1V A; 4YW4 A; 4FOV A; 3SIL A; 4MWW A; 2YDP A; 1E8U A; 1NMC A; 4XJ8 A; 3TI5 A; 4D52 A; 1SLI A; 2POO A; 4MJV A; 2DG0 A; 5D9B A; 2IAO A; 4XJ9 A; 1IVG A; 2HTV A; 4HZW A; 4YW5 A; 1W1X A; 1IVF A; 5B2D A; 3V64 C; 4XJU A; 1RWI A; 1N6F A; 5FNR A; 1K32 A; 2ZWA A; 4UF7 A; 4YZ3 A; 4XJZ A; 4XMB A; 2AEP A; 3WW9 A; 1INF A; 1N7D A; 4XIK A; 1NMA N; 1A4Q A; 3S2K A; 3E5Z A; 4IMB A; 3VNH A; 1Z4X A; 3II7 A; 1XOE A; 4G3N A; 2GVV A; 1WCS A; 4CPN A; 4K1I A; 4WA4 A; 2GVU A; 4XIO A; 1MS0 A; 2W5N A; 4MWJ A; 2IAP A; 4L7D A; 2IAR A; 2VWD A; 1MS8 A; 4SLI A; 4GDI A; 4GEZ A; 4MZA A; 3W09 A; 3L6V A; 2AGS A; 5D9D A; 2F28 A; 1MZ6 A; 3OPZ A; 4R40 A; 2BF6 A; 3K37 A; 1N1Y A; 5FNQ A; 2XN4 A; 4XHB A; 1MZ5 A; 2X9M A; 4YW1 A; 4CPY A; 1IVC A; 4HZY A; 5B2C A; 5GX4 A; 1VCU A; 4FOY A; 4XIL A; 4NN9 A; 1B9T A; 2QWA A; 3KGG A; 2FHR A; 2XZI A; 4FP3 A; 4IFL X; 5HUK A; 1NCD N; 3CYE A; 5F9T A; 1SNT A; 4GN8 A; 6NN9 A; 2W8B A; 2IAT A; 1V3E A; 2B8H A; 1W0P A; 4GNB A; 1N1T A; 4MX0 A; 4XJW A; 2SIM A; 1E8T A; 1WCQ A; 4IN4 A; 3ZGC A; 1N6D A; 3H73 A; 2XCY A; 2IVZ A; 3SAN A; 1N6E A; 5M1Z A; 1MS9 A; 2HTR A; 3TIA A; 4YZ5 A; 5FZN A; 3TIB A; 4L7B A; 4B7N A; 1IVD A; 1BJI A; 4C1Y B; 2F0Z A; 1MR5 A; 2GHS A; 1A4G A; 4FPL A; 4CPO A; 5FZJ A; 1EUR A; 1VCJ A; 4GZQ A; 1MS4 A; 2QWB A; 3H71 A; 3LI5 A; 4KS1 A; 2YA6 A; 4C1Y A; 2ZW9 A; 3WWA A; 1EUT A; 1V0E A; 2F11 A; 4XJQ A; 1MS5 A; 3SOV A; 4CPZ A; 2DYH A; 3ZGD A; 2F26 A; 2ZB5 A; 4XYX A; 2YA8 A; 2VPJ A; 2HT5 A; 3AMS A; 4O5S A; 5GX2 A; 3DR2 A; 1PJX A; 3SLI A; 5NN9 A; 2WOZ A; 3GVK A; 4QN7 A; 4X49 A; 4ASC A; 2XZK A; 4H53 A; 4HIZ A; 2QWK A; 3NN9 A; 1CVM A; 3ALW A; 4DG6 A; 5GX1 A; 4K1K A; 3A9G A; 5F72 C; 1A14 N; 4MZE A; 4HZV A; 1INX A; 1S0I A; 2W38 A; 4FPH A; 4KS4 A; 1QLG A; 2QWI A; 1C5K A; 2F27 A; 3O4P A; 3TIC A; 2YA4 A; 3WDZ A; 4FPF A; 3DAS A; 1NCC N; 2VK7 A; 2V91 A; 2P4O A; 1DIM A; 3KYA A; 2HTY A; 3BYC A; 1V3C A; 4ZY3 A; 2VW0 A; 1V04 A; 2HTQ A; 5D9C A; 2IAW A; 4FP2 A; 1USR A; 5HUG A; 3D11 A; 4QN6 A; 3K36 A; 4GJT A; 2AH2 A; 1E1A A; 2YA5 A; 1B9S A; 1Z4Y A; 2JKB A; 4XHX A; 1IVE A; 3Q6K A; 2H2U A; 1L7F A; 4DGR A; 1IUB A; 2OJH A; 4QN5 A; 3D12 A; 3B69 A; 1NNA A; 4GN9 A; 4AGI A; 1CQ1 A; 1S18 A; 2FP9 A; 4MWU A; 3INB A; 4IQK A; 1NNC A; 4FVK A; 4I00 A; 2DG1 A; 3O9K A; 3HLI A; 4FOQ A; 4WA5 A; 4MWL A; 2ZZK A; 2QWG A; 2HT7 A; 2GVX A; 1E8V A; 1S1D A; 2FP8 A; 2W8B B; 4FJ6 A; 4XOG A; 3PJQ A; 4XMA A; 1NSC A; 2AEQ A; 1NMB N; 4GZP A; 3TI3 A; 4XE9 A; 2YA7 A; 4H52 A; 2HT8 A; 2ISM A; 4XMI A; 3FW0 A; 2BZD A; 4B7J A; 3A72 A; 3FVZ A; 1INH A; 5GX5 A; 4FPC A; 1CRZ A; 4IFJ A; 4YZ1 A; 3NO0 A; 5GX3 A; 2C4A A; 1NNB A; 4YY8 A; 1RWL A; 3K38 A; 1XOG A; 4B7Q A; 1S0J A; 4L7C A; 4AHA A; 4ZGC A; 1DIL A; 3I1C A; 4M3M A; 2HQS A; 2GVW A; 3LI4 A; 4ZLR A; 3TI4 A; 2F25 A; 4Q1U A; 3JU4 A; 1CRU A; 2F29 A; 4FOW A; 4FPE A; 3CKZ A; 1F8D A; 2HTW A; 1V3D A; 1IJQ A; 2Z32 A; 2CML A; 2F12 A; 1MS1 A; 4NC5 A; 3SOB B; 4MJU A; 2QWD A; 1POO A; 4M4V A; 3WN7 A; 2VSK A; 1X2R A; 1SO7 A; 3LI3 A; 4GNA A; 1MWE A; 1INW A; 3ALX A; 2QWE A; 3P5B L; 3TC9 A; 3H72 A; 2W20 A; 3G4H A; 4YZ4 A; 1H6L A; 2IAV A; 2IAX A; 2F10 A; 4KS3 A; 4YW2 A; 4MWY A; 4D8S A; 4GDJ A; 2BAT A; 4KS2 A; 4X4A A; 2VVZ A; 5FWW A; 3S94 A; 2VAQ A; 4JF7 A; 2G8S A; 1L7H A; 2VK5 A; 3NSS A; 4CSD A; 3TI6 A; 4IFN X; 3AMR A; 2HU0 A; 3K39 A; 1C9U A; 2F13 A; 3SAL A; 1Q7F A; 4MWQ A; 4HZX A; 1F8B A; 3H6J A; 4AH4 A; 4QNP A; 5HUN A; 1ZI0 A; 4MWR A; 1V2I A; 3O9J A; 2ZB6 A; 3Q6T A; 4IYG A; 4M4U A; 1NSD A; 3S8Z A; 3G4E A; 1KIT A; 1QBI A; 4GN7 A; 4GZO A; 4CHB A; 1W8N A; 1MS3 A; 4B7R A; 1V0Z A; 2QWF A; 2W5O A; 4WEF A; 5H47 A; 3V65 B; 2BER A; 4K1J A; 1OFZ A; 4XJA A; 4HW6 A; 1EUU A; 3U0S A; 4K3Y A; 4Q6K A; 2IAU A; 4KS5 A; 4O5T A; 1F8E A; 4WA3 A; 4WEG A; 2IAQ A; 1Z4W A; 3V1S A; 3A9H A; 3GVL A; 1Z50 A; 3CL2 A; 5EO7 A; 4GZS A; 4K1H A; 3UC1 A; 3S8V A; 4MWX A; 2QE8 A; 4PWZ A; 4YZ2 A; 5FNU A; 4FPJ A; 4X47 A; 3B7E A; 1B9V A; 1NSB A; 3TI8 A; 3ADE A; 2FPC A; 4CPL A; 2IAS A; 4N1B A; 1NPE A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3WW9 A; 1CVM A; 1N7D A; 3SOB B; 3S2K A; 3E5Z A; 4IMB A; 4DG6 A; 5GX1 A; 3A9G A; 1POO A; 2GVV A; 2GVU A; 1QLG A; 1C5K A; 3O4P A; 2IAP A; 2IAR A; 4JML A; 4HHO A; 3LI3 A; 4GNA A; 3P5B L; 3TC9 A; 3DAS A; 5GTQ A; 2V91 A; 3G4H A; 5D9D A; 1H6L A; 2IAV A; 2IAX A; 2P4O A; 3KYA A; 3SRG A; 3BYC A; 4R40 A; 1V04 A; 5D9C A; 5FWW A; 2IAW A; 2VAQ A; 3S94 A; 2DSO A; 3IAX A; 2G8S A; 4A0P A; 1E1A A; 3AMR A; 3HRP A; 5GX4 A; 3Q6K A; 3SRE A; 2OJH A; 3KGG A; 1C9U A; 1Q7F A; 3Q6P A; 4GN9 A; 1CQ1 A; 2FP9 A; 4GNC A; 4GN8 A; 2W8B A; 2IAT A; 4GNB A; 2DG1 A; 3HLI A; 3Q6T A; 4IYG A; 4HHQ A; 3S8Z A; 3G4E A; 2IVZ A; 3SOQ A; 1QBI A; 4GN7 A; 2GVX A; 5EX7 A; 3HLH A; 2FP8 A; 2W8B B; 3V65 B; 2FPB A; 4HW6 A; 2ISM A; 3U0S A; 2GHS A; 3FW0 A; 3FVZ A; 2IAU A; 4O5T A; 5GX5 A; 1CRZ A; 2IAQ A; 5GX3 A; 3V1S A; 3A9H A; 3LI5 A; 1RWL A; 2POO A; 2DG0 A; 3WWA A; 5D9B A; 2IAO A; 3I1C A; 3S8V A; 3SOV A; 2HQS A; 2GVW A; 3LI4 A; 2QE8 A; 4PWZ A; 4ZLR A; 4O5S A; 3AMS A; 5GX2 A; 3DR2 A; 1PJX A; 4Q1U A; 1CRU A; 3V64 C; 2FPC A; 1RWI A; 2IAS A; 1NPE A; 1IJQ A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
