1QBRA

Hiv-1 protease inhibitors wiih low nanomolar potency
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Cyclic urea amides: HIV-1 protease inhibitors with low nanomolar potency against both wild type and protease inhibitor resistant mutants of HIV.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qbrA00
2P3BA 1HEFE 4R91A 1YTIA 5P7EA 2QI6A 5PEPA 1HVJA 5OZNA 2RMPA 5P76A 4OBFA 4CPQA 4Z22A 5P69A 5P0PA 2AOCA 3EKPA 5P6WA 2RENA 3WSJA 1GNNA 5E5KA 5P6CA 4EXGA 3URIA 4GJCA 3ZKSA 5DR3A 5P1DA 2XFIA 1XN2A 3SA4A 4DI2A 5OZ4A 1FGCC 3OGPA 1SP5A 4DJYA 3LPIA 3D20A 3LITA 2R3TA 3WB5A 5P0IA 5P0JA 5COPA 3G70A 5P7YA 2SAMA 2OAHA 4J54A 1OEWA 3DJKA 2IEOA 5P75A 4YBFA 5TOLA 3G6ZA 5P3VA 2BQVA 3PGIA 5P58A 3S43B 5P3FA 3CIBA 5KQXA 4RCEA 4Y5GA 1QRPE 1E82E 2FS4A 5P16A 4Y5CA 4Y56A 1XN3A 4ER2E 1ZSRA 2FNSA 2Q54A 2RKFA 3ZKGA 5P1QA 4Y5MA 4F75A 3VF3A 1F7AA 4L7JA 1YT9A 2O4PA 4Y6MA 3EKXA 1NSOA 4Y5KA 5P7PA 3ZKXA 5OZBA 5HE4A 5P5XA 1IZEA 3WZ8A 5P2JA 5P62A 2G26A 3HLOA 1NPAA 1XE5A 2R3WA 4OD9B 5KR2A 4F76A 4TRYA 5KQZA 3URJA 1LZQA 5P2RA 5P8QA 3KF0A 1EAGA 1GVVA 4Q1YA 3WZ6A 1A94A 2WF0A 2F3KA 3UDNA 1MT8A 1BDQA 4FM6A 2I1AA 3PCWA 5ENKA 5P14A 5P3MA 3OADB 5P1KA 4ER1E 3RSVA 3EC0A 4FS4A 5P3QA 3NU9A 2QI3A 1LF4A 3IXKA 2P8HA 4J1HA 4Y9WA 2AZCA 1C70A 5OZVA 5P2BA 3ST5A 3SO9A 3C9XA 2P3DA 4OC6B 5P8JA 5OZKA 2WF4A 2IGXA 4YE3A 4Y4WA 2F80A 4GJ6A 5P0ZA 5P3TA 3LPKA 3ZPUA 2ZJNA 3B80A 2FDEA 3OQFA 1GKTA 4FCOA 2QU2A 1PPKE 3L58A 1D4SA 3PSGA 4ZPFA 8HVPA 1W5XA 2APRA 4J1IA 1C6XA 3QVIA 4GIDA 2AODA 1IVPA 3KA2A 1EBYA 4J1FA 4DJWA 3OXXA 4Y5NA 1LYAB 3APPA 2R9BA 3KN0A 3D1YA 5P2UA 4Y58A 2OHMA 3DK1A 3EL9A 1BBSA 1YX9A 1FFIC 4J55A 5P6QA 5AHBA 2G22A 3D3TA 3I8WA 4FGXA 1E81E 4RYGA 4CPUA 3PLLA 3O99A 5P0RA 1AVFA 3UHLA 4JOOA 1FQ5A 3U71A 4APRE 5P54A 3OOZA 5P2SA 4R93A 5P3EA 1HTRB 1TZSA 4Y41A 3UQPA 1PPME 3QPJA 5IVSA 2P3BB 1GVTA 5OZTA 2WL0A 5OYQA 3N3IA 4JECA 3EKTA 5JG1A 5P6AA 5P6GA 5P57A 4QJAA 1QBSA 1K6VA 1T7JA 2V10C 3DV5A 3Q6YA 5P2HA 4OBGA 2VNNA 5P6HA 3LPJA 4B1CA 3PWWA 5OYZA 2UY0A 4K8SA 4ZPGA 2OHSA 3OQKA 1N49A 5I3XA 2ZJJA 2Q15A 5P1VA 2Q64A 5OZMA 5P2NA 4B1DA 5IVRA 3KT5A 4Y3LA 1FIVA 2QHCA 4CPTA 4AA8A 3NDUA 3R0YA 4RROA 3SACA 1ZJ7A 3KFRA 5P10A 1HVLA 3F9QA 2XYFA 1RQ9A 2JJJA 1FQ4A 3KM4A 5KR0A 4A6CA 5P8AA 3FSMA 5P2MA 1UH9A 5P7GA 2CEMA 3TKGA 4H3FA 5P1CA 2FDPA 3INDA 3OXWA 4PEPA 3QBFA 4GJ9A 5P2WA 2AVOA 3VFAA 3Q4BA 3VYFA 1PSNA 4BFBA 1BV9A 5BS4A 2IL2A 5EZXA 4Y3PA 4JP9A 3OGQA 3QVCA 1WBKA 5P6TA 3FIVA 1K2CA 5P4UA 3UF3A 4CPXA 2B60A 3DOXA 3KDCA 5P34A 2VIJA 4YHQA 4RCFA 3MXDA 3OQDA 1SMRA 3VCMA 4LL3A 5P8UA 4N00A 4XKXA 3EKWA 4MC9A 2V0ZC 3PEPA 3UDRA 3GGVA 4Y4XA 4Y4GA 5P86A 4I0DA 5P8HA 2RSPA 1IDBA 3RU1A 2BPWA 4EWOA 1AJXA 5P77A 3ZKMA 1UPJA 4F73A 1QS8A 2Z54A 1AAQA 5OYYA 5OZJA 2AZ9A 4Y4JA 4DFGA 3DCKA 3HDKA 4Y51A 5P3GA 3T7PA 5HCTA 3TL9A 1MUIA 5P6SA 3PB5A 1DIFA 1W5VA 1FQ6A 5P4WA 2ZJMA 5P61A 2PH8A 5P3OA 4EP3A 4DPFA 1B5FA 2FDDA 1HIHA 3PRSA 3UDPA 5P1YA 2ER7E 5OYTA 4TVGA 2B8VA 5P65A 3GGAA 3SQFA 1UH7A 2VS2A 5P5FA 5I3VA 5P01A 5P11A 3UDYA 4RLDA 3OQ7A 5P32A 2RKGA 5P5LA 1APVE 5P7FA 3JVWA 1SBGA 5P52A 4HLAA 1M43A 4Y3ZA 1BVEA 4XXSA 2A4FA 5OZFA 3HD8A 5P31A 1G2KA 2JE4A 4Y3MA 4OBJA 3T3CA 4Z50A 1IBQA 3IXOA 5KOSA 2QZLA 5AH7A 5P4ZA 1EPOE 3ZL7A 4EJLA 5P4QA 5P00A 3O9HA 3R1GB 1EEDP 1HXWA 5P0LA 4AZYA 4Y4TA 2VKMA 4KE1A 1APWE 3CYWA 3UQRA 1D4IA 3DV1A 3SLZA 2VIYA 4RCDA 4B0QA 3VV8A 3PWMA 5OZ7A 2VJ6A 2FMBA 5P03A 3BXRA 5P7WA 4L6BA 4Y50A 3QIHA 4Y3TA 4Y4DA 5P30A 5HE7A 2O40A 2HM1A 3H0BA 4L1AA 3OHFA 1A30A 1W6IA 2PK6A 3K5GA 3HBOA 5P6XA 3HVPA 4QJ7A 3SA5A 1G6LA 1GNMA 5P1TA 1HEGE 3K4VC 3M9FA 1QBRA 5SY3A 3QBHA 1F34A 2I4DA 5OZ0A 4EQ0A 4RZ1A 1EC2A 1K6TA 5P29A 2QU3A 4I8ZA 2HPEA 4Y3WA 5P5SA 1HVSA 3SA7A 2Z4OA 2QCIA 2PC0A 4HDBA 1WKRA 2AVSA 4H3IA 5P49A 4DV9A 4ZE6A 1UH8A 3MSLA 5P1MA 2NXMA 1MEUA 4COEA 4YOAA 1CMSA 4B72A 4EXHA 2JJIA 1ODXA 4FAFA 1SDTA 1W50A 4HDPA 5P3KA 5HU1A 4PYVA 5P5KA 2V11C 3UQXA 4PPHA 4E43A 4Y4ZA 1RL8A 5P3IA 5P6OA 1ZAPA 5P7HA 2R8NA 1W51A 3NWXA 1D4YA 2FLEA 4HE9A 4R95A 1DAZC 4ZEAA 3GI6A 4X7IA 1TCWA 3LINA 1VIJA 3OQAA 5C9DA 3EKQA 5KQYA 1LYBA 1Z1RA 3CKRA 1B6PA 3MSJA 3G72A 3U7SA 3QRVA 2AVMA 3OY4A 2R5QA 2HS2A 5F00A 5P0KA 5DGWA 3NUOA 4CPRA 2HC0A 4AUCA 4JPCA 5P8DA 6FIVA 1IZIA 4KUPA 1FLHA 1FMBA 3T11A 3OUAA 4Y3SA 5P0SA 5OZ2A 5P60A 5EZZA 5P27A 1E80E 2WEBA 2BPZA 3SKFA 2BKTA 3UTLA 4CPSA 1MT9A 3NR6A 5P7AA 1DPJA 3IN4A 5P3YA 4MC1A 5AHCA 5P28A 5P4HA 3SFCA 3UDJA 5P4OA 1ZP8A 1Z1HA 4FRSA 4LXKA 2B7FA 1MTRA 1BDLA 2QMGA 4MC6A 5P3AA 3BUFA 4I0JA 4NJVA 3FNSA 3T6IA 2NXDA 1B5FB 5P38A 2NPHA 4QJ6A 3IAWA 5P6BA 4YOBA 4Y57A 3KMYA 5P7CA 1YG9A 2HAHA 4OBDA 4Y47A 3I2LA 5OZ9A 4DQHA 5KOQA 4U8WA 5P4GA 7UPJA 1BXOA 2QZKA 4D85A 1ZLFA 1LF2A 1IVQA 1FMUA 2F3EA 1MVPA 1FG6C 4I0GA 5P7KA 5P1EA 5P5JA 5OZ5A 5P6RA 3K5FA 4WY1A 5AH9A 3TPJA 2G94A 5P5NA 5P3ZA 3EL5A 3QN8A 5P8CA 5IE1A 2VIEA 2UXZA 2ER6E 5HDVA 3ZMGA 1K6PA 2QI5A 3S53A 5OZ6A 4ER4E 1EPRE 1IZDA 5P6FA 7HVPA 2AQUA 5DR4A 5DQ2A 3PM4A 1PFZA 4GJ8A 3QI1A 5P05A 1SGZA 2Q3KA 3PHVA 5P1WA 4DJXA 5HDZA 2QHZA 5UPJA 5APRE 1NPWA 3GGUA 5FIVA 2WF1A 4Y54A 4I10A 3O9EA 1QBTA 1EPME 1G0VA 3EXOA 4Y4EA 5P1RA 3WZ7A 5P68A 3O9FA 3OUCA 4FSEA 1HIIA 3QP0A 4Y5PA 3U6AA 5P70A 3BGBA 4L1AB 5P7NA 3ZPSA 2HB4A 2QNPA 4YCKA 4HZTA 1TQFA 4QGIA 3VUCA 2JYSA 1EC3A 5DQ5A 2IDWA 5P2QA 1T7IA 3PSUA 2ZJLA 3VV6A 5I3YA 3GI4A 1BDRA 5OZXA 1B6JA 2ZDZA 4QJ9A 5P8RA 1ZPKA 4Y48A 5P07A 2HB2A 5I70A 4JPEA 5P56A 4I8WA 5P18A 1BIMA 1HSIA 2HS1A 5OZQA 1EPPE 3PMUA 1T6EX 3B7VA 4Y36A 3Q5HA 4D8CA 5ER1E 2QHYA 3HVGA 4H3JA 4I11A 4OBZA 4PZXA 5P0CA 1T7KA 5P8VA 2QMPA 5P7SA 4NJSA 3R4BA 2G20A 3HAUA 2J9KA 4YD6A 1KJ4A 5HVPA 5P7JA 2QNQA 5P5PA 3S54A 4ZPEA 1M0BA 2NTRA 1LYBB 5P02A 1A8GA 3TPPA 1AXAA 5P3UA 1M4HA 3IVIA 3KDDA 4Y3GA 3OAGA 3EM4A 1D4HA 4F74A 5P43A 5AHAA 9HVPA 4DJQA 3L5CA 5P5MA 4Y3YA 3VF5A 5P4RA 4B1EA 4XX4A 3NDWA 1LF3A 2ASIA 3BVAA 5P1NA 1A8KA 4DQBA 3PCZA 1AJVA 4IVTA 2PSGA 1SIVA 2HB3A 4D83A 1HVHA 1JLDA 2PYMA 4KE0A 5C9FA 5JFUA 3URLA 3OWNA 5SZ9A 4J1CA 1HHPA 4FE6A 3ECGA 5JFPA 2BPVA 1FFFC 1NPVA 1EBKC 5P7LA 1FKNA 3UQUA 2WKZA 5P24A 3LIYA 2OHTA 3UPJA 3L3AA 3L59A 4L7GA 4EJKA 4R5NA 6UPJA 5P40A 2G1YA 5P8BA 1MT7A 4J5JA 4FRIA 2WEAA 5P8KA 5P7ZA 4YD4A 1ENTE 4Y3JA 5P3BA 4Q1WA 2O4SA 2ZYEA 4WTUA 4XX3A 5P0TA 5P8NA 4RVIA 2IRZA 3VSXA 3PBZA 4FL8A 5P5CA 1HPSA 2QK5A 5P1XA 3TH9A 4EYRA 5P8GA 3R0WA 5P5VA 3IXJA 1LYWA 5P51A 3PBDA 4R8YA 4Y39A 1U8GA 3PMYA 5DQ1A 5P2TA 5P6IA 5P0EA 2OHNA 2OHPA 5OZEA 4I12A 1HVKA 5JODA 2FXEA 3S7MA 1FQXA 3FNUA 1GVWA 5P37A 2HPFA 5P1ZA 3IGBA 1LS5A 1DW6C 1XS7D 1PPLE 2A1EA 4WY6A 2NXLA 3D91A 5P6JA 3TTPA 1FB7A 4YBIA 3OTYA 1HBVA 1EPLE 5P2OA 3QROA 2NR6A 2VJ9A 3QRSA 2QI7A 1ZPAA 2QI0A 5IS4A 1C6YA 5P7OA 1LV1A 5OZIA 3TNEA 3S85A 4DJVA 3MWSA 3OUDA 3SA9A 3EMYA 5P7IA 3UDQA 4Y5LA 5OZLA 5P4TA 3INHA 3L5BA 4J0TA 1AM5A 1BVGA 3PVKA 1PSOE 4LBTA 4U7VA 1HIVA 1YTGA 2Q63A 4EJ8A 3PI5A 1ODWA 4NJTA 5P2CA 4CP7A 1BXQA 4Y44A 2FXDA 1TW7A 3LZSA 3RTMA 5P3PA 5P4SA 1DMPA 4CKUA 5OZ3A 5P71A 1EC1A 4ACXA 3INEA 5ER2E 5KR1A 4I1CA 2PMAA 3FX5A 3KFNA 5OYRA 5P35A 3LZVA 2ER9E 5COOA 3S56A 2ZJHA 4D89A 3S2OA 4Y5BA 5P2XA 1E5OE 5P0HA 1XL5A 4OBZB 1OEXA 2F8GA 5P72A 1W6HA 5P47A 3UDHA 5P55A 3DM6A 1J71A 4Y35A 3K4VA 4D88A 4ZSPA 5P2KA 4BEKA 2XFKA 3TOHA 2VA7A 5P25A 2PQZA 4OBHA 1RV7A 3NYGA 2PWRA 5OZUA 1B6KA 2QD6A 1D4KA 5P7DA 3ER3E 4Y43A 1AIDA 4YDFA 4FM7A 2FGUA 5COKA 4NKKA 4B78A 3FKTA 3OAGB 4YCYA 1HVCA 3S8IA 5P80A 4HA5A 3SA6A 2ZHTA 4YDGA 3PSYA 4J0ZA 4DJPA 2H6TA 3CYXA 1EPNE 2V12C 5P83A 2J9JB 1K1UA 5P1AA 5P2VA 3OK9A 5OYVA 1SDUA 3T7XA 4I0ZA 1ER8E 5DR7A 3PLDA 5P81A 5OZRA 5P3HA 2Q5KA 4BELA 5P3XA 5P8IA 3LIVA 5OZPA 4PHVA 5P0YA 2I4VA 3BHEA 2P83A 3O9BA 4Y5AA 3VLAA 1SMEA 5P6LA 1MESA 4UPJA 3KMXA 5J25A 2BB9A 2ZJIA 3OU4A 4Y53A 5B18A 2AVQA 1MERA 5E5JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3B A;  1HEF E;  4R91 A;  1YTI A;  5P7E A;  2QI6 A;  5PEP A;  1HVJ A;  5OZN A;  2RMP A;  5P76 A;  4OBF A;  4CPQ A;  4Z22 A;  5P69 A;  5P0P A;  2AOC A;  3EKP A;  5P6W A;  2REN A;  3WSJ A;  1GNN A;  5E5K A;  5P6C A;  4EXG A;  3URI A;  4GJC A;  3ZKS A;  5DR3 A;  5P1D A;  2XFI A;  1XN2 A;  3SA4 A;  4DI2 A;  5OZ4 A;  1FGC C;  3OGP A;  1SP5 A;  4DJY A;  3LPI A;  3D20 A;  3LIT A;  2R3T A;  3WB5 A;  5P0I A;  5P0J A;  5COP A;  3G70 A;  5P7Y A;  2SAM A;  2OAH A;  4J54 A;  1OEW A;  3DJK A;  2IEO A;  5P75 A;  4YBF A;  5TOL A;  3G6Z A;  5P3V A;  2BQV A;  3PGI A;  5P58 A;  3S43 B;  5P3F A;  3CIB A;  5KQX A;  4RCE A;  4Y5G A;  1QRP E;  1E82 E;  2FS4 A;  5P16 A;  4Y5C A;  4Y56 A;  1XN3 A;  4ER2 E;  1ZSR A;  2FNS A;  2Q54 A;  2RKF A;  3ZKG A;  5P1Q A;  4Y5M A;  4F75 A;  3VF3 A;  1F7A A;  4L7J A;  1YT9 A;  2O4P A;  4Y6M A;  3EKX A;  1NSO A;  4Y5K A;  5P7P A;  3ZKX A;  5OZB A;  5HE4 A;  5P5X A;  1IZE A;  3WZ8 A;  5P2J A;  5P62 A;  2G26 A;  3HLO A;  1NPA A;  1XE5 A;  2R3W A;  4OD9 B;  5KR2 A;  4F76 A;  4TRY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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