1QBTA

Hiv-1 protease inhibitors wiih low nanomolar potency
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Cyclic urea amides: HIV-1 protease inhibitors with low nanomolar potency against both wild type and protease inhibitor resistant mutants of HIV.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qbtA00
2QI7A 1KZKA 5OZGA 4TVGA 3LIVA 1NPWA 3UQUA 2O4PA 5P6IA 1SGZA 3BHEA 4QJ2A 2QMGA 4K4PA 4CMSA 3TOFA 5OZ3A 3PSGA 4I0FA 3K5FA 5P0JA 5DGUA 5P0DA 1BDLA 4LXMA 5P6LA 3TLHA 2HB2A 5P7DA 4CPTA 3DCKA 5P6ZA 3K5CA 5P33A 3R0YA 3HVGA 5P8IA 1TW7A 5P8BA 5P6WA 1QDMA 1HTRB 3PWMA 4X7IA 5P3EA 3AIDA 1HXBA 4RVJA 4Y9WA 5P4SA 2NXDA 4I10A 1ZLFA 2PK6A 5P7RA 1J71A 1KJ4A 5P5VA 5OYVA 5P70A 5P09A 3QBHA 4Y3GA 2NMYA 5P10A 5E5KA 5P5SA 2B7ZA 3TKWA 5P0IA 4Q1NA 4EP2A 2FIVA 2BBBA 5P8NA 4GIDA 5APRE 2Z54A 5P4FA 2Q3KA 1DP5A 5KQYA 3K5DA 5OZ8A 5DGWA 4HLAA 4K8SA 4DQHA 2AOIA 2UXZA 5P1ZA 4HDFA 3UDKA 4PPHA 5JFPA 4DQEA 5P2GA 5P53A 1IDBA 2RKFA 1HVLA 4FGXA 1UH8A 4ER1E 3TPLA 4DV9A 3S43B 4B1CA 3QRVA 1B6MA 4EP3A 5OZIA 1T7IA 2IL2A 5P2SA 3OUAA 5DR0A 2NXLA 1HVRA 2AOFA 1NPVA 3NDTA 3NU5A 5P3TA 1LYWB 5ER2E 1K1UA 2QD6A 4Y44A 5OZQA 2VIJA 3NXNA 1HVCA 3ER5E 5P7YA 1MPPA 3GI5A 3ZLQA 3PCWA 5P1KA 5P7NA 5AH6A 2VJ6A 5P6VA 2HB3A 5P3SA 2R5PA 5P5PA 5P7MA 4L1AB 3QP0A 5P1XA 3UFNA 1N49A 5P3HA 1NH0A 5KR2A 4Y4TA 2A1EA 2OF0A 5P2CA 4AUCA 4R93A 3BC4A 4EPJA 1SIVA 3M9FA 1AAQA 1YTIA 4HEGA 4OBGA 3OADB 3T3CA 3EXOA 1OHRA 4FLGA 1ODYA 1D4JA 2ZJNA 5HDUA 3OOZA 4H3JA 4YD3A 5P00A 1HPSA 5AH9A 3RSVA 5KQZA 4DUSA 3PBDA 2F3FA 1HPOA 1K2CA 3T7PA 3QRSA 3GGXA 1ENTE 1SDVA 3F9QA 2V00A 4YCTA 1K6CA 4R5NA 5IVQA 5C9BA 4Y5CA 5P6UA 3GI6A 4FM8A 3CMSA 3KMXA 5P3RA 1YTJA 5P0VA 3TPPA 4H1EA 5ENMA 5OYZA 2P3AA 1ZSRA 2QU2A 4Y51A 3HDKA 5P84A 5P5LA 5P5JA 4CPXA 5P5RA 3PI0A 5P2ZA 3NUOA 1HVJA 4D88A 3CYXA 2I4DA 3UFLA 3IA9A 4D8CA 3S43A 4B78A 5P8PA 3G6ZA 2R43A 5P26A 5P79A 1BV7A 3NDXA 2A4FA 4Y41A 1Z1HA 2NNPA 3OXXA 4KE0A 2BPVA 1CPIA 5P1PA 3PSUA 1D4SA 4RVXA 5OZ7A 5P17A 1DPJA 4Y3TA 1OEXA 3INFA 4J54A 2OAHA 2VIZA 5P8MA 2FNTA 5P39A 3OOTA 2HS1A 4Y3AA 5C9FA 3LIZA 3KYRA 1QBTA 3T11A 3GI4A 3INDA 5P1TA 5I3VA 4ACUA 3UQXA 1E5OE 5P0GA 2QI5A 5UPJA 3D1XA 3KM4A 4YDGA 4RGHA 3BRAA 2CEJA 3OUCA 1MRXA 3OADA 5P58A 4Y57A 3LIXA 3LIYA 4Y3HA 5OZKA 3KT5A 1UH7A 1AVFA 3PWRA 3NU6A 5P0TA 4Y3QA 4FIVA 3UDNA 3FIVA 5CLMA 5P47A 2V13A 5P24A 1IBQA 3VYEA 5P1EA 3SABA 4KE1A 5P5IA 4Y4GA 4Y3JA 3RTHA 5P03A 2JYSA 3NDWA 4FAFA 2PC0A 3OXVA 5P7OA 3L59A 4Y58A 5HDXA 1PPKE 2WECA 3T7QA 3CKTA 1TQFA 2ZJJA 2B8VA 2ER7E 5P2MA 2QAKA 2I4WA 4ZPEA 1NPAA 5P2DA 5P2TA 2AOHA 4OBJA 3UF3A 3O99A 5HTZA 3SM1A 1FMXA 2HB4A 3RSXA 3DK1A 2G1NA 4OBKA 5P61A 3NWQA 3R4BA 4Y4UA 5P1JA 5P62A 2OHSA 1PPLE 4Q5MA 4Y37A 5OZEA 4LBTA 5P8DA 3HW1A 5P0MA 3NLSA 4EYRA 5HDVA 5P1DA 3H0BA 4YD6A 4AMTA 2BPWA 5P4CA 1MSMA 5F00A 2HAHA 5P01A 3PGIA 1UPJA 5P14A 4B1DA 5P7LA 2Q55A 5P3VA 5P78A 4Y3PA 3BGCA 1BDQA 2HPFA 5P3UA 3VYFA 3EM4A 1HTEA 1T3RA 2AVMA 2QCIA 4I0EA 1ZAPA 3QS1A 1GVXA 3UQPA 2RENA 4QJ8A 1BVEA 1EEDP 5OYXA 5P3CA 4ZIPA 2QI1A 5P31A 5P49A 1QBRA 3Q70A 1M43A 3K1WA 4Q1WA 3TPRA 1K2BA 5P71A 1XE6A 5P74A 5P13A 4EQ0A 1ZPAA 1MT8A 2H6TA 2Q11A 5P0UA 3KN0A 3RU1A 3UDRA 5P6SA 2AZ8A 2P83A 1VIKA 3TKGA 1F7AA 2Z4OA 4Y3YA 5P6PA 4FAEA 3BGBA 5P7AA 3NUJA 5P8OA 1LYBB 2QP8A 4Y3FA 4DPFA 2F80A 1E81E 1LZQA 4Y39A 4GJDA 4PZWA 2HIZA 5P8VA 5P37A 4DH6A 2G24A 3NDUA 1ZSFA 5P1NA 4PZXA 5P4OA 3VCMA 2B7FA 1IDAA 4YBFA 1FB7A 4GMIA 5P75A 4FM6A 4JECA 3EMYA 2H6SA 2O40A 2ZYEA 3LZSA 4B77A 5P46A 5P0FA 4DJRA 3FNUA 5P5BA 1FIVA 3H5BA 3RTMA 2QD8A 4CPRA 5P3KA 4Y53A 1PSAA 1K6PA 3EM3A 5P7CA 3CIDA 5P0WA 2G1SA 4N00A 3A2OA 2PQZA 4A6CA 4HDBA 3N4LA 5OZMA 5P11A 3L38A 3UHLA 5OZCA 3K4VC 5P5OA 2XYFA 1ZBGA 4OBZB 4YCKA 2QI3A 5P86A 2V10C 5P8CA 4A4QA 4EXHA 5P7TA 5P4BA 1LF2A 4LHHA 5P8AA 5JODA 2MIPA 3O9FA 5P6RA 4NKKA 4J1KA 5P6KA 2QHCA 5P18A 4FL8A 5PEPA 3S8IA 3ZKSA 1PSOE 3ECGA 2JJJA 4CKUA 3NSHA 4EJKA 3OQAA 4XKXA 5P1CA 3QVCA 1B5FB 1BBSA 4HZTA 5ISJA 3LINA 3MXEA 4DJXA 4I0GA 5P3DA 5P5HA 5DQ5A 1BV9A 2UPJA 3ZKNA 1K6VA 4BELA 3KFSA 4KB9A 5P38A 2NR6A 1CMSA 2XFKA 3OHFA 3VV8A 1LYBA 1MESA 8HVPA 4J55A 4I1CA 5P3LA 3EKWA 1IZEA 2ZDZA 3GGVA 1XL5A 4DJUA 3R0WA 2PH8A 5P4UA 1LEEA 4DJQA 5P23A 5P0NA 3IXKA 4Y3SA 5P2JA 4Y4JA 3RTNA 3OTYA 5P6BA 3JVWA 1HIHA 5JFUA 3VUCA 2PH6A 1HIVA 2OHMA 3TOGA 2FDDA 1JLDA 5HE5A 5P8FA 1MT7A 4OD9B 1MERA 4RRNA 2P3BB 4JP9A 5KOQA 2Q15A 3O9BA 5OZ4A 1MTRA 5P2YA 2BJUA 5IVRA 3SA7A 2BB9A 4CPQA 3KDCA 2O4LA 2VA7A 1FKNA 5P12A 1F34A 3L5BA 4J1CA 1MSNA 3N3IA 4F76A 5P05A 5P3JA 4DQFA 3NXEA 3UDYA 1IIQA 4OBZA 4Y4DA 1HBVA 1RL8A 2B60A 4RVIA 2AZCA 3OXCA 3BUHA 5P8HA 2FLEA 3PM4A 4J1IA 3S53A 4XX4A 3PBZA 1MUIA 2NPHA 3S56A 2IGYA 4LXAA 5I3XA 5P67A 3O9GA 5P2QA 5P1UA 3ST5A 5OZ2A 4OC6B 3BVAA 5OZPA 2AZBA 5P8TA 3D1YA 5P7EA 4ZSMA 4D83A 4Z4XA 3IVHA 4FRJA 5DR1A 1FQXA 4I0JA 5OZNA 3DJKA 4RCDA 3GGAA 5P19A 5P3AA 5P1HA 2RKGA 3G70A 3QI1A 4ZSQA 4E43A 1D4HA 1IZIA 1W5YA 3VFBA 5P2HA 1TCXA 1MEUA 4NJUA 3OU3A 5P5WA 2AOJA 1K1TA 3I25A 3EKVA 3KFNA 4CPUA 4Y5LA 3OK9A 2IKOA 2WJOA 3BVBA 2QZLA 1RNEA 5HCTA 1FGCC 1EPRE 5DQ1A 5P5EA 1GNMA 5P0PA 4TRYA 1SH9A 1HPXA 2WF3A 3S54A 3MXDA 5P82A 1GVVA 1WKRA 5P89A 4OD9A 4RYGA 2P3BA 5P22A 3SFCA 4Y36A 1AZ5A 4R91A 5P1IA 2FNSA 3KA2A 3ZL7A 1FQ5A 1SMEA 1G2KA 3QVIA 3DUYA 4I0DA 4FE6A 1LV1A 2SAMA 1UH9A 3PWWA 4GYEA 3O9HA 3CYWA 5P3MA 2IDWA 2WEDA 2WF1A 2WEBA 2QZXA 2ZJIA 4PYVA 4Y4ZA 2AVVA 5P2KA 1SGUA 1G6LA 3HZCA 3NR6A 4I11A 5P7VA 1G0VA 4YE3A 1M4HA 1EC3A 1FMUA 1C70A 3TTPA 5P55A 4Q1XA 5P7IA 2P8HA 4H3FA 1EC2A 5P1FA 2ZE1A 1META 5P4YA 1A8GA 5KR8A 3LZUA 3DOXA 3SA9A 5HU0A 5TOLA 4Y3WA 3OQDA 3TOHA 5P1WA 2AZ9A 3I6OA 5P69A 4Y3EA 4OC6A 3RVIA 5P44A 3SA5A 4LC7A 4YOBA 2XFIA 3OGQA 1ODXA 1YTHA 1G35A 5P72A 3I8WA 5P2AA 5P8LA 5P0BA 3URIA 1OEWA 4EHCA 3EKXA 3QAAA 1BDRA 5P6FA 3IN4A 4GZFA 3WB5A 2ZGAA 4RLDA 4D89A 1ZTZA 5ENKA 5P48A 4F74A 4J1FA 1T7KA 3IXJA 3APRE 1ER8E 3EC0A 4M8XA 1ZP8A 3SQFA 3O9DA 2QI6A 2BKSA 3QBFA 3LPIA 5P2NA 2B8LA 1LYWA 5P1BA 5P2IA 2R9BA 3KDBA 5HDZA 1IZHA 3SM2A 1BIMA 4Y5MA 3B7VA 3R1GB 1WBMA 1IZDA 2AVQA 4L7HA 5P4QA 1SP5A 5P4VA 3ZKMA 3UQRA 1FFFC 4L1AA 1HOSA 2QZKA 1SDTA 2FGVA 4QJ9A 5P2UA 3WB4A 5P2EA 5P6QA 1BWAA 3VV6A 3LIQA 4YHQA 3VF3A 2CEMA 2R3WA 4NPTA 3FX5A 4BFBA 2EWYA 2G22A 3KDDA 5P7FA 1MRWA 5P81A 3O9AA 6APRE 5OZYA 5P04A 4WY6A 5P7SA 5P6YA 2HS2A 5P06A 1PPME 1GNNA 1T7JA 4B05A 1XL2A 5AH7A 2FXEA 4DQCA 3SA4A 1SIPA 5P2RA 3SACA 4H3IA 2WHHA 3S45A 4GJ9A 2QD7A 2ZJMA 3OHHA 4GJ7A 5OZ9A 4Y5AA 3OAGB 3LNKA 3IGBA 1AXAA 5SY2A 1APUE 5P4WA 2QHZA 1M0BA 5P5UA 4FS4A 3R2FA 2JJIA 3LHGA 5P4DA 3HD8A 4RROA 4Y5KA 5OZUA 5P15A 4IVSA 5P1QA 5P4NA 1B6PA 2PK5A 5COOA 4ZSRA 4Y5PA 3INHA 4JPEA 4YDFA 1XDHA 4LXKA 2I1AA 2OHRA 3ER3E 5P0KA 1DW6C 1QBSA 4GJ5A 5IS4A 3K4VA 3UQWA 5P7GA 5KOSA 5KR1A 4FRKA 1HEGE 1BILA 3QN8A 2HPEA 3O9CA 2BPXA 5OYTA 5P7HA 3O9IA 1QBUA 2FGUA 3TH9A 3QROA 4Y4EA 2UY0A 3HAWA 1A94A 2PYMA 1AM5A 5P3IA 5P8SA 4K9HA 1EPNE 3NWXA 4B00A 5P63A 2VA6A 3SKGA 4YBIA 3OTSA 5P3ZA 5P6NA 5OZAA 4DI2A 3D3TA 3T7XA 3UDJA 1LYAB 5AHBA 5P1LA 3OUDB 3NU4A 2P4JA 7UPJA 3IVIA 1DAZC 3C9XA 3DM6A 4L7JA 1HHPA 1HVHA 4A6BA 5P20A 1RV7A 3KF0A 5DR7A 4MC2A 3L3AA 1FLHA 4HDPA 3NU3A 1BXOA 2B42A 5P68A 5P4HA 3WZ7A 1E80E 4GJAA 3S7LA 3ZKXA 3EKTA 4RCFA 2RSPA 2F81A 2PWRA 2QMFA 5B18A 4FSEA 5OZBA 1APTE 3CKRA 1HTGA 4EJDA 3ZPTA 5OZ1A 2ER9E 1OD1A 2AVSA 1ME6A 5P3XA 1FQ8A 1KJHA 2PMAA 9HVPA 3FNTA 2VIEA 5SY3A 3L5DA 4Y3LA 1TCWA 3PJ6A 3VFAA 2PWCA 5OZZA 5ER1E 5AHAA 1HPVA 3EL1A 5P6JA 5P88A 4B70A 5SXNA 5P83A 2IGXA 3PCZA 2ER6E 3LITA 3QRMA 1EPLE 4YCYA 4Y48A 4Y3ZA 1SDUA 5P6GA 5P5FA 1XS7D 5OZHA 1BXQA 3UDQA 2BPZA 3IXOA 3DV5A 3S2OA 4OBDA 5OZJA 3PHVA 2OHTA 3HLOA 4I0IA 1FG6C 5P4MA 3JVYA 1EBYA 2QNPA 4RRSA 2V12C 3GW5A 5P6OA 4MC9A 2ZHVA 1CZIE 3FSMA 4B1EA 5P6TA 3URLA 1MVPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QI7 A;  1KZK A;  5OZG A;  4TVG A;  3LIV A;  1NPW A;  3UQU A;  2O4P A;  5P6I A;  1SGZ A;  3BHE A;  4QJ2 A;  2QMG A;  4K4P A;  4CMS A;  3TOF A;  5OZ3 A;  3PSG A;  4I0F A;  3K5F A;  5P0J A;  5DGU A;  5P0D A;  1BDL A;  4LXM A;  5P6L A;  3TLH A;  2HB2 A;  5P7D A;  4CPT A;  3DCK A;  5P6Z A;  3K5C A;  5P33 A;  3R0Y A;  3HVG A;  5P8I A;  1TW7 A;  5P8B A;  5P6W A;  1QDM A;  1HTR B;  3PWM A;  4X7I A;  5P3E A;  3AID A;  1HXB A;  4RVJ A;  4Y9W A;  5P4S A;  2NXD A;  4I10 A;  1ZLF A;  2PK6 A;  5P7R A;  1J71 A;  1KJ4 A;  5P5V A;  5OYV A;  5P70 A;  5P09 A;  3QBH A;  4Y3G A;  2NMY A;  5P10 A;  5E5K A;  5P5S A;  2B7Z A;  3TKW A;  5P0I A;  4Q1N A;  4EP2 A;  2FIV A;  2BBB A;  5P8N A;  4GID A;  5APR E;  2Z54 A;  5P4F A;  2Q3K A;  1DP5 A;  5KQY A;  3K5D A;  5OZ8 A;  5DGW A;  4HLA A;  4K8S A;  4DQH A;  2AOI A;  2UXZ A;  5P1Z A;  4HDF A;  3UDK A;  4PPH A;  5JFP A;  4DQE A;  5P2G A;  5P53 A;  1IDB A;  2RKF A;  1HVL A;  4FGX A;  1UH8 A;  4ER1 E;  3TPL A;  4DV9 A;  3S43 B;  4B1C A;  3QRV A;  1B6M A;  4EP3 A;  5OZI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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