1QBUA

Hiv-1 protease inhibitors wiih low nanomolar potency
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Cyclic urea amides: HIV-1 protease inhibitors with low nanomolar potency against both wild type and protease inhibitor resistant mutants of HIV.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qbuA00
1NH0A 3M9FA 4L1AA 1TW7A 1HWRA 5P7MA 5P6PA 1EPPE 4RVJA 4Y3EA 4DJUA 1B6MA 1HVLA 3PLLA 1GVXA 5P03A 1BDRA 3EM6A 5ISKA 2V11C 3KT5A 4Y3QA 1LF3A 3SA3A 5E5JA 5P2GA 2OHQA 5ER2E 5P19A 4Y4AA 2H6TA 1HPSA 3EBZA 4EP2A 4H3IA 1M4HA 2ZYEA 4AZYA 3OHFA 4YHQA 1HVHA 4DFGA 1SMRA 3D1XA 1PSOE 3IVIA 5P3XA 3SM1A 4APRE 3D3TA 5P3HA 3GI4A 1FFFC 2WKZA 3GI6A 3EKXA 5P3GA 4CPXA 4F73A 4L7GA 3O9BA 4YD3A 3NU6A 3OUBA 5P2CA 1HTFA 1DMPA 1AZ5A 5P7GA 2QI6A 3HDKA 4Y3AA 4RCDA 5P8NA 4Q1WA 4U7QA 3NDTA 1KJGA 5P3BA 2R5PA 2B7ZA 5P67A 4X7IA 2FNSA 4U7VA 5T4SA 1ENTE 2O4PA 1LS5A 5P7ZA 3OADB 2OHTA 3OTYA 2IDWA 4Y53A 4Y41A 1BV7A 4QJAA 3LITA 3OK9A 5P0LA 5P1JA 5HU0A 2QHYA 5P4IA 4Y4ZA 4IVSA 4LHHA 3ZPSA 5P8VA 3OGPA 5P51A 2QI5A 4DJWA 5P64A 5P13A 5P0PA 5P28A 2I4XA 2VIJA 3VYFA 6FIVA 3GW5A 3SA5A 2OHKA 2PC0A 4Y58A 4CPSA 5P1DA 3LNKA 2ZJKA 1LYAA 3UDMA 1DP5A 2F3KA 4R91A 2ZJMA 3BXRA 5AHCA 5OZ2A 5AHBA 1YTGA 4EJLA 1MEUA 3EKQA 5P10A 5P3UA 5SXNA 4Q1YA 3F9QA 4Y3ZA 4HVPA 3APPA 3DCRA 5IVQA 4QJ2A 3OU4B 5P2LA 3SA7A 2O40A 2UY0A 2BKTA 1EAGA 1M43A 3R0YA 4NJVA 1EPNE 5IVTA 3GGAA 5P37A 1K6CA 3DJKA 3VV6A 4WY1A 3PGIA 3BXSA 4B1EA 5P7QA 4OBFA 4Y4BA 5P14A 3MWSA 4D83A 3KYRA 1SMEA 3FV3A 5HCTA 5P7VA 5ENMA 5P4ZA 1KJHA 3VYDA 2JXRA 4I0EA 3HW1A 5AH7A 3QAAA 1MERA 3KFPA 1APUE 1SIVA 4RYGA 2IQGA 5HE5A 1XS7D 5OZ6A 5KR2A 4TRWA 1SGZA 5P11A 2AOFA 5P6XA 3PI0A 4DQHA 5HD0A 4YD7A 5P6GA 5P58A 5BRYA 5P1QA 1U8GA 3T6IA 1T7IA 1YM2A 3VF3A 3Q5HA 2VA7A 4DQGA 4I8ZA 5P3EA 3S54A 2AQUA 1IDAA 4OD9A 1LYWB 4LXMA 3I2LA 8HVPA 3RSXA 4S1GA 4J0VA 5P2JA 2QI1A 3NSHA 2JJJA 4Y5EA 5P7HA 1HXWA 5APRE 3Q6YA 2JYSA 4FCOA 3G72A 5P0GA 5P6YA 4FM7A 1MRXA 4FSEA 4GYEA 2PMAA 3SKFA 3ER3E 3OXCA 1W6HA 4YCKA 4B05A 5P8HA 5P8UA 1BIMA 5P1OA 4Z22A 5P86A 5P46A 5P7AA 2H6SA 3LHGA 5EZXA 5P1WA 5IVSA 1RPIA 1ME6A 5HTZA 4Y6MA 3TOHA 1D4HA 2VIZA 4PYVA 2BPZA 4ER4E 3RTMA 5AH9A 5HDVA 5F01A 4GJ5A 1C6XA 2ZGAA 3BRAA 3UCBA 5P38A 3OAGA 3TOFA 5P5FA 1ODXA 3O9LA 5IS4A 2I4DA 2PSUA 3HD8A 4D8CA 1K2CA 3VYEA 2QMFA 4DUSA 3S8IA 5P71A 4GJCA 5P1HA 1HVCA 4L7HA 3OHHA 2FGVA 4B0QA 4NJUA 3URJA 5B18A 1DPJA 1SBGA 4YD6A 1NSOA 5P8AA 4FRIA 5E5KA 1XN2A 1XL2A 5OZKA 4B72A 1E82E 2FLEA 4Y4JA 5P00A 2R3TA 4EJ8A 1B5FB 5DQCA 3APRE 5CLMA 5P0EA 2NPHA 5P6LA 4AUCA 5P43A 4M8XA 3UQWA 5SY3A 1LYAB 1T3RA 1GNNA 1W5YA 1K6TA 5P70A 3VFBA 2ZHUA 4DJPA 5P3TA 3NU4A 2HS2A 5JFPA 1QBTA 4Y35A 4FE6A 4R5NA 2O4LA 5P5XA 2QU2A 5P8BA 5P1ZA 1HVKA 4IVTA 1FEJC 3ZKSA 1HXBA 1FQ5A 4Y3MA 5P0QA 1ZBGA 5JG1A 2VA5A 1MTBA 3OOTA 3DV5A 1BVEA 1D4KA 3KDCA 3HVPA 4Y9WA 5OZZA 2ZE1A 5P0VA 4B1CA 5P0HA 5P4DA 1YTJA 2PK5A 1HEFE 2PYNA 1ODYA 5HDZA 5KAOA 5OZ9A 4X2LA 4FM8A 3IVHA 3BVAA 3S7LA 1GKTA 5P57A 3FIVA 3OQDA 3JVWA 2APRA 1LV1A 5OZYA 2AZ9A 3O9FA 5P7RA 2PH8A 4ACUA 1T6EX 5P6WA 5P6JA 1D4JA 3QIHA 4JPEA 3VCMA 2BB9A 3PSYA 3EKPA 4E43A 4XX4A 5OZXA 5P5OA 5P3FA 1K6VA 3KDDA 3GI5A 2V10C 5P6CA 3S56A 3DV1A 1LF4A 5P2KA 3ECGA 4CPRA 3UPJA 2G26A 3CICA 3O9IA 5OZJA 3NUJA 5P18A 4ER2E 2HPFA 4APEA 5P63A 3O9GA 5P6IA 3D20A 4AA8A 1MT9A 1W5VA 2F3FA 1EC3A 3INDA 3QI1A 5P54A 1ZTZA 5P8GA 2PQZA 3FX5A 2VKMA 5P5SA 3U7SA 4JP9A 5P1VA 5P6MA 4PEPA 2QHZA 4Y56A 3SFCA 1W50A 5P0CA 3O99A 3WB4A 3VSWA 5P20A 3PVKA 3PJ6A 5UPJA 3SPKA 5KOSA 3KMYA 1HSGA 1BAIA 1A9MA 1QDMA 5OZRA 4JOOA 5P60A 4Y3FA 4HLAA 5P07A 3EM4A 1W5WA 3CKPA 5P8OA 4RROA 4GJDA 1SIPA 3KN0A 2G21A 5P4LA 3O9LB 4DQEA 3EM3A 5OZ1A 3QN8A 2ZJJA 5P2UA 5P4YA 1HVIA 4HDFA 4TVHA 5P1KA 3ST5A 3OXVA 3NDWA 2P3BA 4OBKA 5P4PA 3FNUA 4J54A 4GZFA 5P5CA 1K6PA 2BPXA 4R95A 5P39A 4BEKA 5P4TA 2Q11A 4A4QA 4K4QA 1EPME 5P36A 1SDUA 3VG1A 1HIHA 5P8SA 3UDYA 4KUPA 3K5GA 3PBDA 4EQ0A 5P17A 2B42A 3LZVA 4FAEA 5CONA 1IIQA 2PSVA 4FGXA 5P45A 3R2FA 5SY2A 5DPZA 5C9FA 1AVFA 3S7MA 3LZUA 3QRVA 1HTEA 1FKNA 2R3WA 5P1PA 3VFAA 1SGUA 4D88A 4H3FA 3T7QA 1SP5A 3OU1A 4RVIA 3L5EA 5P2BA 5C9BA 4J17A 3C9XA 5P47A 3QBHA 3S43B 3OXXA 5HVPA 5P2EA 3SAAA 2P8HA 5P09A 4GJ7A 3EL9A 4BFBA 2V0ZC 1WBKA 3KMXA 5P7TA 4RCFA 3IGBA 5P7SA 4R92A 3I6OA 5P5HA 3RTHA 3UDQA 4Y4DA 2ASIA 2OAHA 3ER5E 2MIPA 4DJRA 4I0GA 1XE5A 2AOEA 4Y5MA 4Y45A 1D4YA 4QJ9A 4ER1E 2AOHA 2P83A 4EXGA 3MSKA 4HE9A 2G1NA 1EPQE 5P2IA 4Y3LA 5P62A 4ZEAA 3SM2A 5P6BA 4K8SA 5P01A 4RVXA 1QRPE 3FNTA 1EC1A 5P0UA 3TKWA 5KQYA 2HB2A 1A30A 4CKUA 3TPJA 4OBHA 7UPJA 3KFNA 1CMSA 1QBUA 1IZDA 3CYXA 3BC4A 5OZTA 2I4UA 4Y5NA 5P4AA 1B6PA 3UQRA 3OOZA 3DUYA 3HZCA 4AA9A 4WY6A 4QLHA 3NU3A 5P3QA 2IGXA 2VNMA 4ZPEA 3UDJA 1QBRA 2QI7A 2Z54A 5FIVA 2FDEA 4J0TA 3U71A 1AM5A 2P3DA 2NR6A 5P81A 3VUCA 2V13A 3UFNA 5OZIA 1Z8CA 1TSUA 4OC6B 5HCOA 4L7JA 5P3MA 5P2DA 2AOJA 5P8LA 1K1UA 5I3YA 4J1KA 4YBIA 4ZLSA 5DQ5A 5COOA 3KM4A 3PB5A 3SKGA 1FQ7A 2ZDZA 4Z50A 3KFSA 2AZCA 2B60A 3UDPA 5P16A 2ZJLA 4RRSA 1MTRA 2R9BA 5P0DA 3CKTA 3RSVA 4KB9A 2BBBA 3S85A 1BXQA 1HVRA 4B78A 3BUGA 2VJ6A 1LEEA 1HSIA 1WKRA 3OUDB 2AVSA 2IS0A 1IBQA 5P74A 5P5TA 4NJSA 2R5QA 1T6GA 3EL4A 3PWWA 3SA4A 5OYUA 2Q5KA 4LL3A 1G35A 1GVTA 4GB2A 4Y3TA 3SA9A 2NXMA 1BVGA 5P8EA 2WF4A 4J55A 1FG6C 1IDBA 3UDKA 1A8KA 1HHPA 3OQKA 1EBWA 2ER9E 5P8RA 4H3GA 5DQ1A 3VEUA 3PRSA 4GJBA 5P3DA 3A2OA 4RGHA 5IE1A 4Y5BA 3TPLA 5ENKA 2P4JA 1TSQA 5P4EA 3LPKA 9HVPA 3I7EA 3K1WA 2I4QA 5P2XA 6UPJA 1T7JA 3BVBA 5P6KA 5P0TA 2QMDA 3ZKIA 5OZWA 1M0BA 5P41A 4HA5A 2QZXA 4EWOA 5P2TA 3SABA 3QS1A 5P89A 4K4RA 5P5JA 4Q5MA 3INFA 3HAUA 3L5DA 1BXOA 4FL8A 1ZAPA 4K9HA 2AVVA 2WF2A 2XFJA 4J0YA 4KE1A 3CYWA 5HDUA 5KOQA 1B6JA 5OZGA 5P3VA 4L1AB 3OU1B 1JLDA 5ER1E 5AH8A 5P7PA 3KFRA 3B80A 5P5PA 3I8WA 1IZHA 1Q9PA 5OZLA 5OYTA 3OXWA 5P4XA 4Y51A 3IXOA 4Y5CA 5P8PA 2ER6E 5P53A 5P2AA 5P05A 5KQZA 2FDPA 5P31A 3U6AA 1F7AA 1APVE 2WHHA 3ZL7A 2WJOA 4DV9A 5P77A 4Y43A 1RL8A 3EMYA 1MT8A 1DAZC 2CENA 4Y5KA 4ZIPA 4YE3A 4Q1NA 2JE4A 2IEOA 4GJ8A 5P32A 3EL0A 5P4SA 4YBFA 1HPOA 1XE6A 5P25A 1AJVA 5OZBA 5P4GA 5ISJA 3IAWA 5P65A 2J9JA 1C6ZA 2G20A 3S2OA 1IVPA 4D89A 2WL0A 5P2ZA 4CPUA 1QS8A 4Y3DA 5P1NA 5P0FA 5HU1A 1HPXA 2AIDA 4QJ7A 1ER8E 1TZSA 5P15A 5P69A 1HIIA 2NNKA 5P1IA 4ZSPA 2BJUA 4J5JA 5P7JA 2PYMA 5P5IA 2AOCA 5OZ5A 3CMSA 2EWYA 1SDTA 4AMTA 1EBKC 3S53A 2G1YA 4DJXA 2I1AA 1BWBA 5P6SA 3H5BA 3TPRA 4EJKA 4LP9A 5P4NA 5OZ0A 3UQPA 1HIVA 2PSGA 5P4VA 3UDRA 5P66A 3NDXA 1XL5A 4J1FA 5P5VA 1GVWA 3OU3A 2J9KA 4LAPA 4CP7A 3UQUA 7HVPA 2V12C 1FF0C 3R0WA 1IZEA 1MUIA 1CZIE 1N49A 3VV8A 5P2SA 2WF3A 4DQCA 1MSMA 5P8KA 4F76A 5P2RA 2G22A 2ZJIA 3TL9A 4YD4A 1LYBA 2OHLA 5P1UA 4Y4GA 3L38A 1ZJ7A 2QAKA 2B8LA 4OBZA 2WF0A 4N00A 4Y3PA 1IZIA 5P0WA 3EKWA 3LIXA 2R38A 5P6OA 5OZUA 3QRMA 5P30A 3T11A 1B11A 3CIBA 4Y44A 1MVPA 1EEDP 5P8IA 3BUFA 4OBGA 3QRSA 4ZPFA 4I1CA 5P7DA 4XX3A 3NLSA 3NU9A 5P8TA 3BHEA 3OUAA 3UDHA 1MSNA 5P3OA 3EL1A 3TTPA 2ZHRA 2NNPA 3DOXA 5P2QA 3EKVA 1UH8A 4DQBA 1W5XA 4I0FA 1PROA 2F3EA 3SA6A 2HAHA 5P6UA 5P3AA 5P1EA 5P76A 2JJIA 4K4PA 5P50A 1ZSRA 3OY4A 5P1CA 2BPVA 3INEA 3LIVA 5AH6A 1OEWA 1HVSA 1FLHA 5P82A 4EP3A 5P23A 2HM1A 4ZSQA 2Q63A 5HDXA 4GJAA 5P7NA 3FNSA 4KE0A 1LZQA 2Q64A 3WZ6A 3K5FA 2V16C 5P56A 2I0DA 4Y3WA 5OZ3A 3BUHA 2G24A 3ZMGA 4OD9B 1YT9A 2P3AA 3EL5A 5KQFA 3ZKGA 2G1RA 2F81A 3SA8A 3OQAA 4BFDA 2QD8A 2QK5A 5C9DA 5KR1A 3TOGA 4I12A 2CEJA 3OGQA 3CIDA 2BPYA 1A94A 1BBSA 5OYXA 3O9DA 2NXLA 3NYGA 4Y3JA 3NR6A 2HB4A 1AXAA 3L58A 3N4LA 5P2NA 2WEAA 5P27A 2OHPA 1K1TA 5P5UA 5P0AA 3GI0A 1NPAA 4HDBA 3ZKQA 2QI3A 5P79A 4Y47A 5DGWA 5P1GA 5OZFA 5P35A 4Z2ZA 1T7KA 4ZE6A 1ZPKA 5P0IA 2FXEA 5OZQA 3OQ7A 3LIZA 3DCKA 3NWQA 1VIJA 1C70A 1RV7A 2AVMA 5P1YA 3TPPA 1YG9A 2QI4A 4DI2A 3SQFA 1HPVA 4I10A 3EC0A 5I3XA 1EBYA 3OAGB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NH0 A;  3M9F A;  4L1A A;  1TW7 A;  1HWR A;  5P7M A;  5P6P A;  1EPP E;  4RVJ A;  4Y3E A;  4DJU A;  1B6M A;  1HVL A;  3PLL A;  1GVX A;  5P03 A;  1BDR A;  3EM6 A;  5ISK A;  2V11 C;  3KT5 A;  4Y3Q A;  1LF3 A;  3SA3 A;  5E5J A;  5P2G A;  2OHQ A;  5ER2 E;  5P19 A;  4Y4A A;  2H6T A;  1HPS A;  3EBZ A;  4EP2 A;  4H3I A;  1M4H A;  2ZYE A;  4AZY A;  3OHF A;  4YHQ A;  1HVH A;  4DFG A;  1SMR A;  3D1X A;  1PSO E;  3IVI A;  5P3X A;  3SM1 A;  4APR E;  3D3T A;  5P3H A;  3GI4 A;  1FFF C;  2WKZ A;  3GI6 A;  3EKX A;  5P3G A;  4CPX A;  4F73 A;  4L7G A;  3O9B A;  4YD3 A;  3NU6 A;  3OUB A;  5P2C A;  1HTF A;  1DMP A;  1AZ5 A;  5P7G A;  2QI6 A;  3HDK A;  4Y3A A;  4RCD A;  5P8N A;  4Q1W A;  4U7Q A;  3NDT A;  1KJG A;  5P3B A;  2R5P A;  2B7Z A;  5P67 A;  4X7I A;  2FNS A;  4U7V A;  5T4S A;  1ENT E;  2O4P A;  1LS5 A;  5P7Z A;  3OAD B;  2OHT A;  3OTY A;  2IDW A;  4Y53 A;  4Y41 A;  1BV7 A;  4QJA A;  3LIT A;  3OK9 A;  5P0L A;  5P1J A;  5HU0 A;  2QHY A;  5P4I A;  4Y4Z A;  4IVS A;  4LHH A;  3ZPS A;  5P8V A;  3OGP A;  5P51 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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