1QIOA

Specific chemical and structural damage caused by intense synchrotron radiation to hen egg white lysozyme
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Specific chemical and structural damage to proteins produced by synchrotron radiation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qioA00
4QDNA 1IOSA 4W96A 1HSXA 3EMSA 1YIKA 1LJEA 3WVYA 1A2YC 1GF8A 1HF4A 2BQCA 4N5RA 1XGTC 2Z18A 4NEBA 2BQHA 1HC0A 3RZ4A 4H9IA 1B0DA 1CKCA 1YL1X 2Z2EA 3AW6A 5LVGA 1LJFA 1I56A 3B0OA 3WU9A 2F4GA 1DI5A 4NHQA 3WW5A 4I0CA 4IASA 3QNGA 1IWXA 208LA 1LKSA 3TXEA 1JTOL 1YANA 1XGUC 3A91A 4DT3A 3ATOA 1B7QA 1KXXA 1F6RA 4AGAA 1LMCA 3TMVA 2CWIA 1D6QA 1REZA 2Y8PA 2CJLA 207LA 5LYTA 4HPIA 3AZ4A 2BQFA 1KXWA 3HBHA 3A92A 3WW6A 1FLQA 1BVXA 1GF9A 3EBAB 2XBRA 4NHSA 1IP7A 1JJ1A 2CDSA 3CSQA 3SP3A 4B0DA 3A3QA 3TXDA 2YBJA 3BKHA 3WMKA 1IR8A 2IHLA 4KPMA 4LFPA 1G7JC 1EQEA 2MECA 1UICA 4WLDA 5IDDA 194LA 5F14A 4DD0A 4H91A 1D0MA 1GFJA 1YL0X 4WG1A 1LJ4A 2MEGA 4NG1A 1FLUA 3IJUA 5KXZA 2HEAA 1YKYX 1G7MC 1JITA 193LA 1JPOA 1QIOA 1UA6Y 2D4JA 3CB7A 2BLYA 4H9EA 4IATA 1GBXA 1LZTA 2BLXA 4O34A 4UWNA 1LZ9A 4HSFA 4WL6A 3WVXA 1DZBX 1GB7A 3AB6A 4G4CA 4LFXA 3WPLA 3WUAA 1GF5A 4XJIA 2BQOA 1QSAA 4A7DA 4WM1A 3W6BA 4CHXA 2DQAA 1LKRA 3ZVQB 1KIRC 1GF4A 5B1FA 2XTHA 5KXNA 1C43A 1FDLY 1QUSA 1RE2A 2D4IA 3IJVA 4R6CA 3TXFA 4H8XA 4KT3A 1DI3A 1LZ6A 4NHIA 2ZYPA 1C08C 1LYZA 1QUTA 3LYZA 5EBHA 3AGHA 1HMLA 3A93A 5KXMA 1DKJA 2ZWBA 1B5WA 1GB2A 3CQLA 4HP0A 3A94A 4ETCA 1FN5A 2ZQ4A 5FHWA 4B4JA 4NGVA 1GE4A 1IOTA 1NKHA 4XENA 3QE8A 1B7LA 1IWVA 4HJYA 4C5FA 5I4WA 4NSHA 1BWJA 1UC0A 2BQDA 3TXIA 1G7HC 1G7LC 1UIEA 4GCCA 4YOPA 1YKZX 2C8PA 3ZVQA 1YILA 4XJFA 4RW2A 3FI7A 5AMYA 2MEHA 3HBEX 1I1ZA 4LT1A 4PJ2C 3WUNA 4C3WA 4J1BA 3CT0A 1GBYA 1ZVYB 4N1CC 1HELA 4UWVA 1A4VA 1JSFA 1JTTL 2H5ZA 5FDJA 4ETBA 5A3ZA 4PGJB 1UCOA 1IO5A 3QY4A 2ZQ3A 1IX0A 3T6UA 3VWOA 1ALCA 2MEDA 1JKBA 1OUJA 4CGEA 3WUMA 5ILCA 2D91A 5JENB 2H9KA 3RW8A 4ETDA 2WARA 1KXYA 5HLLA 1GF6A 1VDSA 4GCBA 4KXIA 1IEEA 1DI4A 1C46A 1LCNA 1BWIA 2Z39A 1GBOA 2CGIA 2EQLA 1IP4A 1QTEA 3B0KA 5FCPA 1IWUA 1VDQA 3M3UA 4CFOA 4I8SA 3ZEKA 1HSWA 1RJCB 5B05A 4NGYA 1JWRA 5D5CA 3LN2A 1LSBA 5C6LA 3A96A 4CJ2A 4NGJA 1JTPL 1GDWA 1NBYC 2FYCA 3P64A 1GXV2 4NHPA 1B5UA 1LZEA 5LVIA 1G7IC 4DDAA 4DYGA 2DBTA 1LMOA 4H93A 1GBZA 1BWHA 1IP3A 3TXBA 5LVJA 1LHKA 3A67Y 1GF7A 1D0KA 1IWYA 1GE0A 1JKDA 1LTMA 1YAMA 3WPKA 1JKAA 3A90A 4Z46A 3WU7A 2HTXA 2XJWA 3AGGG 5L3HA 3TXKA 1TDYA 4OWCA 1IWWA 2EIZC 1RI8B 3G3AB 2I25L 3WPJA 1UBZA 2G4QA 1J1XY 4MSTA 4HJZA 1MLCE 1LJHA 5FELA 1NBZC 1XSFA 1IC5Y 4B49A 1OUAA 4ZEEA 1WQRA 135LA 4TTDA 4RLNA 4AXTA 3IWRA 4GCEA 2Z38A 1PS5A 2YBMA 3TXGA 4LGKA 4WLTA 4ZFPA 1JIYA 2Z19A 1WQQA 1J1OY 4GN5C 3A34A 5LINA 3T36A 4YF2A 2BQLA 1LMAA 5APFA 3W6FA 1GBSA 4NSGA 3E3DA 1NMMA 4HPEA 3A6BY 1GE3A 4PRUA 4XJHA 4RLMA 3WH1A 4GLVA 3B6LA 1GE2A 1DQJC 2ZIKA 4XN6A 1LHLA 4DDBA 5KXYA 2D4KA 4WL7A 1C10A 2Z2FA 2X0AA 1JJ3A 5K7OA 1SQ2L 1B5XA 3WXTA 3WXUA 2YDGA 3D9AC 1BHZA 3RU5A 4J1AA 3N9EA 4EMNA 1GFKA 1GFRA 4OWBA 4XJGA 1FKQA 1GD6A 1XEKA 1OUBA 2B5ZA 1LSYA 1IC4Y 1LSCA 4PHIA 4NGLA 1LZNA 1HMKA 4QY9A 4NGWA 4CFPA 5KXXA 4YM8A 5LYZA 1JKCA 2PC2A 1GFTA 4Z98A 2HEBA 2NWDX 6LYZA 4GCDA 3AGIA 1GAYA 1LSMA 1QQYA 1J1PY 5F9UA 5HNCA 1VDTA 4RW1A 1E8LA 1C7PA 1REXA 5I5QA 1NHEA 1LHIA 5KXOA 2XBSA 1GBWA 3W6EA 132LA 2HEFA 1ZV5L 4NWEA 4TX7A 1LHHA 2YSSC 2ZYCA 4LYBA 1GFHA 4XADA 7LYZA 4N0JA 1IOQA 4M4OA 4H1PA 4H8YA 4N1EI 1BGIA 4FDYA 3ULRA 1DKKA 2D6BA 1UIBA 1N4FA 2MEEA 4H8ZA 1GHLA 4LYMA 5I53A 1HHLA 1RFPA 4LYCA 2DQGY 2BQJA 1B5VA 4BAFA 4BS7A 2AUBA 1DPWA 1YAOA 1CKGA 2HU3A 5HNLA 1YKXX 4Z41A 4DD7A 1UACY 1AM7A 1LJ3A 1IR9A 5HMJA 2W1YA 2YBIA 4ETAA 3J4GA 1GFUA 1GB6A 1LSGA 2LYMA 1PZYA 3AZ7A 154LA 5HQ1A 2HECA 4OW1A 4WM3A 3TXJA 4H9BA 1CJ6A 3FE0A 3W6AA 2HEEA 4RDSA 5E4PA 1OUCA 3HFMY 5B06A 4LZTA 1VFBC 3ATNA 3CT1A 1QTKA 1B5YA 1DXJA 1TEWA 5KKIA 4N9RA 4NG8A 1V7TA 1I20A 3EO5A 4NWHA 4OWHA 1NDGC 1OUGA 5C6IA 3AZ5A 1HEWA 2MEBA 5KXSA 4NGKA 5M1YA 2RSCA 5LAGA 1IVMA 4J0LA 5KY1A 1FLWA 1GB9A 4YEOA 4Z3MA 3W3EA 4WMGA 1WVVA 4E3UA 4H9HA 1GF3A 4WG7A 1IORA 3AJNA 1DPXA 5DLAA 1BB3A 4DD9A 1LSFA 4NIJA 3RNXA 1OUFA 1LMTA 1EL1A 5DL9A 1MELL 1OUEA 5C6JA 4YENA 8LYZA 2F30A 1LZ8A 5B59A 1TCYA 1GDXA 1JUGA 3W6DA 1NDMC 1LJKA 1LSPA 1T6VL 1LZ4A 3P68A 4BADA 1LYOA 2DQHY 2DQDY 2IFFY 1LZGA 5I4YA 1REYA 1LJNA 5KXRA 1B5ZA 1GFGA 1LMQA 1B2KA 3EXDA 3F6ZA 5D5FA 1LHMA 2BPUA 4LYOA 5LA8A 1OUIA 1LSDA 1OQMA 2G4PA 1LYYA 4GN3A 5DN5A 3LZ2A 5KXKA 2BQMA 1EQ5A 1BB5A 1HEOA 1W6ZA 3CSRA 4OOTA 153LA 4TWSA 1YQVY 1JHLA 1F6SA 5APEA 1UIDA 4YEMA 4XJBA 1VDPA 2ZILA 1IWTA 5L3IA 1HERA 4OOOA 1BB4A 2DQEY 1IY3A 1KIPC 1LPIA 4NHTA 4NSIA 4LT2A 1BVKC 1JISA 3P66A 1GFAA 5E9RA 4G4BA 4XYYA 1BB6A 1GXXA 1LSEA 2ZNXY 3N9CA 4ANRA 4HTKA 4MR1A 1IY4A 1LZCA 1LSNA 2BQAA 1VEDA 1LZSA 3LYTA 5J7CA 1VAUA 2BQBA 4LT0A 2YBNA 1OUHA 4TSCA 5F81A 1CJ9A 3A8ZA 2HUBA 1GPQC 1B7PA 1UUZC 3KAMA 4R0FA 5B1GA 3WYHA 1OUDA 1H6MA 1HFXA 1KIQC 4PRQA 4NSJA 4FJRA 5KKJA 2LZ2A 2DQJY 3LZTA 1LMPA 2BQKA 1LSZA 1FKVA 1LJGA 4H9FA 4MCKA 2F2NA 4X3BA 4G4HA 4M6DA 1IP6A 1AKIA 1F0WA 1LZYA 1P2CC 3LYOA 4PPOA 3OK0A 4DDCA 1CJ7A 3TXHA 1CKDA 1GAZA 2LHMA 1CNSA 2DQFC 4WO6A 1QSWA 5FSTA 5B07A 1HENA 2F4AA 1HFYA 2Q0MX 1LJJA 2MEAA 2W1LA 1LZRA 3WL2A 1GE1A 4WM6A 1H87A 2BAAA 5II3A 1HNLA 1NWGA 2BQIA 2ZIJA 1IR7A 4WOAA 4EOFA 4HTNA 1B9OA 1UIHA 3K3TA 4GLAA 5LXWA 1GEZA 1O23A 2VB1A 5I54A 1WQMA 3TMUA 3TMXA 2W1MA 5APCA 1LMNA 1YAQA 1BQLY 2FBBA 4B1AA 1B7OA 2MEIA 1EQ4A 4II8A 5IELA 5LVHA 4QGZA 2FYDA 3RT5X 6LYTA 1B7NA 3D3DA 1TAYA 1D0LA 4XJDA 3A6CY 1F10A 1LAAA 1SLYA 2GV0A 5I4XA 2BQNA 5FEKA 1NQIA 2YBHA 4GCFA 1GFVA 1FLYA 1WTNA 1JEFA 9LYZA 3A95A 1IWZA 1AZFA 5HMVA 2I26L 4J7VA 3W6CA 2C8OA 4NGOA 1D6PA 1GFEA 1LSAA 1LZBA 1XGRC 4D9ZA 4IJ4A 3P65A 1OP9B 5T3FA 2BQGA 1RCMA 2G4NA 1XFPL 3M18B 4TSBA 4WO9A 4NFVA 1INUA 4H9CA 3P4ZA 3HBDA 4P2EA 1WQNA 5L9JA 2EPEA 4GN4A 1GF0A 2EKSC 2N5ZA 2YVBA 1GB8A 1JJ0A 1GWDA 3B0IA 3N9AA 4ML7A 4OWEA 5APDA 1HFZA 5LVKA 1GEVA 2DKVA 4BAPA 2DQCY 1JSEA 2A7DA 4DC4A 3AZ6A 1HEMA 5DN4A 5LYMA 1D9UA 1HEQA 1XEJA 3AW7A 4OWAA 4NY5A 5A3EA 2I6ZA 2HEDA 3OJPA 2A7FA 3LYMA 1LYSA 4G9SA 4LT3A 4WLYA 1V7SA 1REMA 2YBLA 4ZIXA 1CJ8A 2W1XA 1FBIX 4HV2A 1IC7Y 3CSZA 4H92A 4QEQA 3CT5A 1WVUA 3GXKA 1IP5A 4LYZA 1T3PA 4LYTA 5LA5A 3B72A 2LYOA 5DM9A 5KXTA 1CKFA 1LZDA 2HU1A 1UIGA 2FBDA 3WULA 4U3XB 1NF5A 5KXWA 5IHGA 5KXLA 1XGPC 4WM5A 4DD3A 2LZTA 4N8ZA 1UIAA 4WLXA 1LZ1A 2Z37A 1ZVHL 3G3BB 1B7RA 1VATA 4H94A 5LIOA 1AT5A 4L41A 1WQOA 3AYQA 1QDTA 1LJIA 1IOCA 1LHJA 1QDRA 1Z55A 3A3RX 1HEPA 4DD1A 4KL7A 1LZ5A 5ILFA 4HTQA 1IIZA 1WQPA 2ZNWY 1GB3A 1XEIA 1B7MA 1XGQC 1CKHA 3BKVA 5KJ9A 2BQEA 2LYZA 1GB0A 4W94A 1YROA 5KXPA 3J6KA 4WM4A 2H9JA 1GB5A 4DWXA 133LA 4B4IA 1IP1A 4H9AA 4NGIA 1C45A 2Z12A 4HJVA 1LZAA 4NGZA 4B4EA 1TBYA 3MGWA 4HV1A 4DD2A 5LAFA 2DQIY 1IP2A 1LOZA 2MEFA 4TUNA 5F16A 5F9XA 4WM2A 1AT6A 3TMWA 1YAPA 4G49A 1ZMYL 4H90A 134LA 3LHMA 1UIFA 4ETEA 3GXRA 1W08A 1BB7A 4UWUA 4ET8A 1WTMA 1B7SA 3WU8A 4ET9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V2YA 2B70A 1YIKA 1L44A 2BQCA 1HF4A 1XGTC 4NEBA 3RZ4A 4H9IA 2Z2EA 1LJFA 2B72A 1I56A 2F4GA 4NHQA 3QNGA 208LA 1LKSA 1JTOL 1L23A 4ARQA 1B7QA 1KXXA 147LA 1QSQA 239LA 1D6QA 231LA 3AZ4A 4NHSA 1IP7A 3CSQA 4EPFA 1D2WA 151LA 1IR8A 4KPMA 3WMKA 1OVKA 2MECA 4LFPA 1UICA 3C81A 1L36A 249LA 2MEGA 5KXZA 1G7MC 1JITA 2D4JA 4H9EA 4UWNA 4IATA 1GBXA 4EPIA 4WL6A 5LVHA 1L82A 4G4CA 4LFXA 2BQOA 1QSAA 4WM1A 3W6BA 1KIRC 1GF4A 2XTHA 1FDLY 1RE2A 4R6CA 4NHIA 3CDRA 3FI5A 1C08C 1LYZA 1HMLA 3A93A 4GBRB 1DKJA 4ETCA 1GB2A 1GE4A 1IOTA 4XENA 3QE8A 2B7XA 1UC0A 1G7HC 1UIEA 4I7NA 3ZVQA 1XEPA 187LA 3FI7A 4I7RA 3HBEX 4LT1A 4PJ2C 4ETBA 4UWVA 1A4VA 1JTTL 2OEAX 1UCOA 3QY4A 2ZQ3A 1IX0A 3CDVA 3T6UA 2MEDA 1L70A 1OUJA 5ILCA 3DN3A 5JENB 3RW8A 1KXYA 3RUNA 5HLLA 1VDSA 3JR6A 1IEEA 1DI4A 1GBOA 3B0KA 1QTEA 2XQOA 3M3UA 3ZEKA 1HSWA 1RJCB 3G3VA 4NGYA 2Q9EA 1GXV2 4DDAA 1B5UA 4DYGA 2DBTA 4H93A 1IP3A 3TXBA 1LHKA 3DN0A 1NHBA 212LA 3WPKA 1JKAA 3TXKA 4OWCA 2EIZC 1KW7A 3G3AB 1ZWNA 2I25L 1LJHA 172LA 1KY0A 1IC5Y 4B49A 1WQRA 135LA 4TTDA 1PS5A 1L83A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QDN A;  1IOS A;  4W96 A;  1HSX A;  3EMS A;  1YIK A;  1LJE A;  3WVY A;  1A2Y C;  1GF8 A;  1HF4 A;  2BQC A;  4N5R A;  1XGT C;  2Z18 A;  4NEB A;  2BQH A;  1HC0 A;  3RZ4 A;  4H9I A;  1B0D A;  1CKC A;  1YL1 X;  2Z2E A;  3AW6 A;  5LVG A;  1LJF A;  1I56 A;  3B0O A;  3WU9 A;  2F4G A;  1DI5 A;  4NHQ A;  3WW5 A;  4I0C A;  4IAS A;  3QNG A;  1IWX A;  208L A;  1LKS A;  3TXE A;  1JTO L;  1YAN A;  1XGU C;  3A91 A;  4DT3 A;  3ATO A;  1B7Q A;  1KXX A;  1F6R A;  4AGA A;  1LMC A;  3TMV A;  2CWI A;  1D6Q A;  1REZ A;  2Y8P A;  2CJL A;  207L A;  5LYT A;  4HPI A;  3AZ4 A;  2BQF A;  1KXW A;  3HBH A;  3A92 A;  3WW6 A;  1FLQ A;  1BVX A;  1GF9 A;  3EBA B;  2XBR A;  4NHS A;  1IP7 A;  1JJ1 A;  2CDS A;  3CSQ A;  3SP3 A;  4B0D A;  3A3Q A;  3TXD A;  2YBJ A;  3BKH A;  3WMK A;  1IR8 A;  2IHL A;  4KPM A;  4LFP A;  1G7J C;  1EQE A;  2MEC A;  1UIC A;  4WLD A;  5IDD A;  194L A;  5F14 A;  4DD0 A;  4H91 A;  1D0M A;  1GFJ A;  1YL0 X;  4WG1 A;  1LJ4 A;  2MEG A;  4NG1 A;  1FLU A;  3IJU A;  5KXZ A;  2HEA A;  1YKY X;  1G7M C;  1JIT A; 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 5LYM A;  1D9U A;  1HEQ A;  1XEJ A;  3AW7 A;  4OWA A;  4NY5 A;  5A3E A;  2I6Z A;  2HED A;  3OJP A;  2A7F A;  3LYM A;  1LYS A;  4G9S A;  4LT3 A;  4WLY A;  1V7S A;  1REM A;  2YBL A;  4ZIX A;  1CJ8 A;  2W1X A;  1FBI X;  4HV2 A;  1IC7 Y;  3CSZ A;  4H92 A;  4QEQ A;  3CT5 A;  1WVU A;  3GXK A;  1IP5 A;  4LYZ A;  1T3P A;  4LYT A;  5LA5 A;  3B72 A;  2LYO A;  5DM9 A;  5KXT A;  1CKF A;  1LZD A;  2HU1 A;  1UIG A;  2FBD A;  3WUL A;  4U3X B;  1NF5 A;  5KXW A;  5IHG A;  5KXL A;  1XGP C;  4WM5 A;  4DD3 A;  2LZT A;  4N8Z A;  1UIA A;  4WLX A;  1LZ1 A;  2Z37 A;  1ZVH L;  3G3B B;  1B7R A;  1VAT A;  4H94 A;  5LIO A;  1AT5 A;  4L41 A;  1WQO A;  3AYQ A;  1QDT A;  1LJI A;  1IOC A;  1LHJ A;  1QDR A;  1Z55 A;  3A3R X;  1HEP A;  4DD1 A;  4KL7 A;  1LZ5 A;  5ILF A;  4HTQ A;  1IIZ A;  1WQP A;  2ZNW Y;  1GB3 A;  1XEI A;  1B7M A;  1XGQ C;  1CKH A;  3BKV A;  5KJ9 A;  2BQE A;  2LYZ A;  1GB0 A;  4W94 A;  1YRO A;  5KXP A;  3J6K A;  4WM4 A;  2H9J A;  1GB5 A;  4DWX A;  133L A;  4B4I A;  1IP1 A;  4H9A A;  4NGI A;  1C45 A;  2Z12 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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