1QKBA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kvk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and Calorimetric Analysis of Peptide Binding to Oppa Protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1qkbA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qkbA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1qkbA02
3MP1A 3T66A 1NNPA 3VE1B 3RUMA 2OJTA 3FV2A 2ONSA 4ELOA 2V93A 4F18A 1OVBA 1MY2A 3IX1A 2QSXA 4NF5B 2P2AA 1Y3NA 3FJGA 1SI1A 3D4CA 3TTLA 2XD3A 4G68B 2R6GE 3U1OA 3UK4A 2W7YA 3MJNA 4JB7A 2OBGA 3ONMA 1RYXA 3TEPA 1Q35A 4XKPA 1H43A 3K02A 4F2OA 4NMYA 3E9XA 4X1DA 4G77A 4IO6A 3LSLA 3G3HA 4MBPA 4Q30B 1XOCA 4HCYA 4X1BA 3S9EA 3HCQA 3GLBA 4FJPA 1YPNA 2Q9TA 3IJXB 4X48A 1IXCA 3IORA 3JZJA 4F29A 3P7IA 4ESWA 1II5A 1YAEA 3N6TA 3TDJA 1LFGA 3H3GA 3Q29A 1DTGA 4Z0IA 2F8DA 2B4LA 3MWBA 4EQBA 3PD8A 3IOWA 3BBRA 3IJOB 3O66A 1EU8A 2VHAA 1OMPA 3IR1A 1AOVA 5K2XA 1MM6A 1Q1KA 1A55A 3O9PA 2CZLA 3OXNA 1I6QA 1TT1A 2KLFA 4FE8A 3ZS6A 1MQDA 4XKNA 1QJMA 4GXSB 2O1MA 4KCDA 4KYSA 2REGA 3ILTB 3S2VA 4MLQA 1WDNA 4FAJA 1MY0A 1SW1A 2DXRA 2VGQA 2DVZA 3H6UA 4NF8A 2HZKA 1NNKA 2P0SA 3S9LC 1A40A 1M5BA 5H8SA 4PE5B 4PFWA 2QMWA 1OQGA 1OQHA 1QUJA 2ZXTA 1TFDA 3FD3A 3RN8A 3KBRA 3MP6A 1MH4A 3PUWE 2O6AA 4EQ9A 2NUVA 4F22A 4LP2B 4RK2A 3GXAA 1GV8A 4F3SA 3M8UA 4XTCQ 4OETA 3T93B 3VXBA 1QVSA 2DWIA 2DWHA 5ICQA 4G8HA 3PPRA 3KGCA 4H1XA 1P1NA 3KOSA 1R9LA 4Z7EA 1XVXA 4OFLA 1SQYA 4ZDMA 4PFTA 3FTOA 1Z7NE 2F78A 4O3BA 3B6TA 3TTRA 1ZMGA 3WAFA 3K01A 5CMCA 1LB9A 4DE8A 3QUFA 4M1VA 3KN8A 4H0WA 5B70A 3PMVA 1B3LA 1R6ZA 3LBSA 1M5EA 1JVXA 1P1UA 1DPEA 3D4GA 1IEJA 2FYIA 1N3WA 2H5YA 4GL0A 4F3BA 2V25A 4BLAA 3SEWA 1P1QA 1DMBA 4AB5A 1AMFA 3DRKA 5FHNA 2V3QA 2R9JA 3K1MA 3N5LA 3EHTA 1A8FA 3DRFA 1N76A 3MVYA 3E13X 2XHDA 2ZNSA 2Y84A 5IAIA 4H65A 3ODBA 2FNCA 5KCJA 4RPOA 3O2AA 2X7QA 3UN6A 2XXIA 4X9TA 3MBPA 2UYEA 1MXUA 2PX1A 2I49A 1MXZA 4YKJA 4OMBA 1POY1 2AL5A 3FIRA 2REJA 2XXHA 4LZ8A 3TPAA 1A54A 5FTIA 4H5GA 3H06B 2V84A 3TTMA 5EYFA 3RGYA 3IB2A 1USYE 3BKIB 4I62A 5FHOA 4FEDA 3PAMA 1NFTA 1O63A 1A99A 1LCFA 2Y7KA 1QKAA 2UVJA 4GIZA 1B40A 2QRYA 4F3GA 4OENA 3I6VA 3VLUA 1LAFE 3O28A 2UVHA 1NH7A 4ELRA 3C31A 5L9OA 4ISUA 4R75A 3PUVE 2AYSA 4EDPA 1M5CA 5A5XA 1SD3A 3MUQA 4IY5A 4ELPA 4HS7A 1YCJA 2UXAA 4G2ZA 1MPBA 5ICTA 4KHZE 3OO9A 4LZ5A 4XKRA 2DWJA 2I0CA 1B52A 4JWYA 4NF8B 1AIVA 2E1SA 4U1ZA 3I5OA 1UTBA 1H76A 1ZJLA 3RLFE 2DQVA 1JEUA 3KJTA 4JSOA 3TMGA 5H8QA 3OELA 3E4RA 1B7ZA 3L6HA 3R26A 4YICA 4ZZAA 3CHGA 2QL3A 4R6HA 5CI5A 1XVYA 3O6GA 2YLNA 1B3HA 4PFYA 2M8CA 4TQUQ 1XHYA 2F34A 3QSLA 4RPNA 2HAVA 3GBBA 1N0TA 3CFXA 3O29A 3T9XB 2Y7IA 3MVXA 2WOKA 3IO4A 3S9MC 3MW0A 5TPAA 4R2BA 4NEDA 3B7DA 2ANJA 5CRYA 4ZECA 3DRGA 1HSJA 3FVKA 3OEKA 4PQJA 3H6WA 3OO6A 3EHUA 3IOVA 3U8QA 3CRBA 3UP9A 2Q2CA 2ZYMA 2PBWA 1MDP1 4UA8A 1CE2A 4Q8RA 3VXCA 1IITA 1LCTA 3ILUB 4F1YA 3PD9A 3G3KA 3TFLA 3TCHA 1A8EA 1B5JA 4I9DA 1MXWA 1B0HA 4THIA 2HFBA 4H8JA 1LFHA 4OHNA 1AL3A 3U92A 3KN3A 4NTLA 4Q0CA 2X26A 3SEUA 2XXXA 2I3WA 5KCJB 3LR1A 4IGTA 1TWYA 3IO6A 3FV1A 2E0SA 3CI8A 5AA2D 4QSEA 1B9JA 1IZ1A 1GTKA 3MZBA 1LB8A 1T0KA 2H25A 5LOMA 2V3TA 1MQIA 3H03A 3VVEA 2FA7A 1B2HA 3OSRA 4LONB 2XX7A 1LBCA 3LC8A 1AH5A 3KG2A 1MDQA 1MQGA 3U93A 3Q28A 5I2KA 2ZYOA 5I57A 1DOTA 3M3FA 4H67A 5I58A 1PDAA 3GZGA 1B1HA 4FIMA 2XX8A 5L8DA 1SYIA 4IB2A 1MRPA 3ECRA 4U23A 3FATA 1VR5A 2WOLA 3O6PA 1QKBA 1MY4A 5AA3A 2HEUA 1URDA 4KD5A 2GH9A 3SKPA 5A5XB 3TQWA 2P1SA 1B05A 4ZEKA 5DTBA 5I56A 4NWDA 1B51A 4U21A 4QFKA 4ZEFA 2ONKE 1IXGA 4KCCA 4F31B 2UVGA 1B0LA 5FTHA 4R9FA 1UTBB 1SW2A 4EUOA 3IL1B 4LVQA 1R1NA 3KJ7A 2AL4A 3WAEA 5H8HA 3DP4A 5H8QB 1ZKBA 3O97A 4P11A 1QUKA 4GXAA 4GL8A 1NKXA 4YB5A 4MLVA 4IO2A 5B7DA 1LAGE 2XX9A 3CIJA 3A3UA 4DDDA 4YMBA 2DSFA 2O51A 3IB1A 2OCUA 5H8FB 2NVUB 4WXJA 3JV9A 5TPAB 3C9HA 3O6IA 3TUSA 1B4HA 3DLNA 3DELB 3RT8A 3G3JA 3QUJA 3TELA 3LSWA 5ELVA 4QRZA 3I3VA 3K0VA 3Q27A 3TTKA 3R6UA 2H4IA 4K3FA 2F35A 4O3CA 4GFRA 3PPQA 4QFOA 2D21A 1FTKA 4WEDA 3RQTA 4O3AA 3LSFB 4MFIA 4IO3A 4WKMA 4E0WA 3RTFB 4EXLA 1H3DA 2Z8DA 3UA8A 4ECFA 1EZOA 3K4UA 1B7UA 1VFDA 4RNSA 4LUBA 5F7VA 4IO7A 1WVJA 4OESA 3TCFA 4YMAA 1DTZA 2HAUA 3T9HB 1I6BA 4FECA 3HSTA 5BWJA 4Q5TA 2O84X 3KOTA 4NWCA 4C1TA 4DXUA 1NNFA 3SEYA 2OK2A 2VD2A 4WEPA 1MH3A 1FQEA 2PT2A 2I58A 1P99A 2DE3A 4BDRA 2QS2A 5CBRA 3ZKKA 5I2KB 5DEXA 5AA2A 5I57B 5I58B 5TP9A 2HZLA 4HTGA 5AA4A 3DRJA 4ZE8A 2DS9A 4KYDA 2UVIA 1RKMA 1HSLA 2VOZA 1FQAA 1JW4A 3CFZA 4QFNA 2B3FA 2Q8JA 2Q2AA 4TOZA 3QXMA 2RKMA 2ZYKA 4G8NA 2X7PA 1MQJA 4POWA 1N7WA 2A5TA 1OVTA 1LFIA 3M3KA 3T22A 4JWOA 3O6HA 2RCBA 2RCAA 1LSTA 2QS4A 3RT6B 5I56B 2VP1A 2DYXA 1L5TA 2DE4A 1MXXA 4FEBA 4XXUA 4DLDA 3FVGA 1ELJA 1PB9A 4F1UA 2F36A 1Y1ZA 4ND9A 1ATGA 4JDFA 1BLFA 1P1OA 5H8HB 5CBSA 2B4MA 4BDNA 1MG1A 3T9VA 1QULA 4HCWA 2GFEA 3KSXA 4I8CA 4ZEBA 1BP5A 3OOAA 4OQOA 4JXIA 3CG3A 2ZMBA 1OLCA 3DRHA 1Y3QA 3V89B 4OFOA 3HN0A 4JBZA 2Y7PA 4R6KA 4TLLB 4MH5A 1XT8A 4FORA 1N7XA 2I4CA 4PETA 3ZKLA 4F19A 1UIVA 4L17A 5KZTA 4U2RA 3DRIA 4YB6A 5BUUA 1US4A 1ZLQA 1NMUA 2F97A 3MP8A 2OZZA 2D3IA 4OWDA 1Y4CA 3MAMA 4ZEIA 4DCXA 1JVYA 1M5FA 4I1DA 4LQ2A 3A09A 4IO4A 1PEBA 4G4PA 4IO5A 1MY3A 4R9GA 4F2QA 1USYH 4NE4A 2R71A 3RYBA 3QYTA 3MQ9A 3PUXE 1MXVA 1H45A 4DXCA 4U4SA 3QIMA 4PP0A 4ZZEA 1PB8A 5DVIA 4HW8A 2NOOA 3RYAA 1B6HA 3VVDA 3V5AA 3HPIA 1P1WA 2DP8A 2UYFA 2V3UA 1LLSA 3W9VA 1MPDA 3QK6A 2OWSA 2WOPA 3R7XA 2XXQA 1LGBC 5H8FA 3K2DA 1IIWA 1YTVA 3OEMA 3TCGA 4GF8A 2PMSA 4EF2A 1JW5A 4BDMA 1N04A 2VD3A 1SDXA 2CMOA 1MS7A 4NF4A 5FHMA 3L6GA 3LSXA 4U1OA 4NF6A 1GVCA 3EQ1A 3VLWA 4OVJA 2I6EA 1UTHA 4QF9A 3IB0A 1F9BA 3H6TA 2G93A 1Y20A 4MF3A 5DEXB 5AA2B 5HPQA 2LAOA 4KR5A 2O7UA 5TP9B 3EN3A 3UIFA 3GBAA 2Q89A 5AA4B 2HXWA 5I84A 2DE2A 4GVOA 2Q88A 3IAZA 4E0XA 1QUIA 4PFUA 2WKYA 3K1NA 5ISUA 1DSNA 2ALUA 3H6VA 4FATA 2OWTA 3PPPA 2AIXA 3RNNA 3V83A 3K6VA 3ZSFA 4DXBA 4IY6A 4N07A 4ONYA 2A5TB 1B32A 1MPCA 1PBQA 5DVFA 1FTJA 4OFJA 4G8MA 3Q25A 5L9MA 5DVJA 3FJ7A 1Y4TA 1I6AA 4AQ4A 4KFQA 1PB7A 1IXIA 1MY1A 1FQBA 3PMWA 4R73A 3CSGA 3H7MA 2G29A 1B3FA 3LUYA 2XXTA 1CB6A 2RC9A 5JTYA 1PBPA 3FJMA 1OLAA 2GHAA 3HHFA 4R6YA 1SI0A 2QS1A 4RYAA 4QSDA 2PVUA 4ESXA 2DWAA 4RJZA 1VSOA 5CM6A 1BKAA 1URGA 5I2NA 4OEUA 3V8XB 2Z8EA 1B1XA 4H5FA 3AXFA 2ESNA 1Y1MA 4KYEA 1FW0A 2PYYA 4AB6A 1FCKA 5JEIA 3T9UA 2BJJX 1B3EA 5M2VA 3G3IA 3FVOA 2ZNTA 2XXPA 1XC1A 4RY1A 3VVFA 4N13A 3K00A 3RY3A 1BTJA 4LZ7A 3IK6B 3K6XA 3OD7A 5KDTA 2Z22A 5HM4B 4LQ5A 3OSQA 4QSCA 3VFJA 2I3VA 2XXWA 2Z23A 3PUYE 3C34A 4KI0E 4QHQA 3CR9A 1US5A 4ZEDA 5JK4A 2THIA 2F7AA 2ZYNA 1IQ7A 1SVXB 3F11A 4OXVA 1UQWA 2QJEA 3Q26A 1LBBA 1POTA 3VLVA 1EZ9A 3OENA 1ZIUA 3MZ1A 3G3GA 3OO7A 3HV1A 4OYVA 1JW1A 3S4UA 3KZGA 2RC8A 5CMMA 4EQ7A 1VE4A 1XS5A 4DCYA 4KPTA 5AE4A 2RC7A 4NF4B 4UACA 1D4NA 1MQHA 2IA4A 1O7TA 2RF1A 4NF6B 4LA9A 4RXLA 4YKIA 1B4ZA 1UTHB 5L9SA 1NH8A 1D9VA 1Y9UA 3TZAA 3K6WA 2XXRA 4YZZA 4GRKA 5EHSA 1EH3A 3UORA 4JWXA 4P0IA 1IXHA 4GQOA 4RK9A 4TLMB 4LATA 3VV5A 2XXVA 3MPKA 4IGRA 2DOJA 3SDFA 1O64A 4GWOA 1MXYA 1GR2A 3EPEA 3PU5A 1R9QA 3FXQA 3W15C 3MPLA 1GGGA 1B46A 1SBPA 1B5IA 2I0BA 4QFPA 1IUDA 1FQCA 1RYOA 5CMBA 5JTYB 1QW0A 4GLIA 4RA1A 1TXFA 3S9NC 5H8NA 3CFLA 3RPWA 2H99A 1FTOA 1N3XA 2YJPA 3U94A 3RTWB 1MM7A 1JQFA 2XXUA 5I2NB 2F6PA 2O1LA 3HO7A 2A5SA 4DIGA 1OIBA 3DP6A 3IOUA 2I4BA 3PUZE 3MVWA 3BFTA 1J1NA 3OO8A 3SEXA 4ZS9A 1S50A 1FTLA 3LVUA 2NXOA 1LAXA 1B3GA 2O69A 4BDLA 1PC3A 2B65A 1Y3PA 3HHGA 4QFLA 3FXUA 3MZ9A 4JSDA 3B6QA 1JNFA 3C32A 3VDFA 5I59A 5F1QA 2OLBA 2B3BA 4EF1A 4YAHX 4YB7A 3C35A 3FXRA 5KDTB 3SEVA 2QPQA 5ITOA 3FASA 5IKBA 2ONRA 5CC2A 1B7HA 4C1UA 3FZVA 3C36A 1D9YA 1SW4A 1HSEA 3N6UA 1I69A 1S9TA 4XKQA 4R74A 1FQFA 5HBCA 3UGWA 4OERA 3TYHA 4C0RA 1H44A 5J1DA 4NF5A 2QMXA 3W9WA 2Y7RA 3KEIA 2HCAA 1LAHE 4GD5A 5DT6A 1FTMA 4M4GA 4G68A 3TAJA 1D3KA 3PPOA 4H6DA 1N84A 4R2FA 5ITPA 2YPNA 3EF7A 2I48A 4KQPA 3THIA 2Y7WA 3PMXA 3KFMA 1ANFA 2O7IA 3G3FA 4DZ1A 4ZE9A 3CSBA 3KSJA 3IOTA 3M3LA 4YKKA 5AA1A 3SETA 5DYHA 4XIGQ 3EHSA 4BDQA 3TQLA 1TFAA 1EZPA 3C33A 4OTEA 4U22A 4F1VA 1URSA 1WODA 3A3CA 3DM0A 3G7WA 1Z7ME 4P0GA 3MC2A 1SYHA 1B5HA 4EXKA 2RINA 3T96B 2PT1A 2F5XA 1JEVA 3TTNA 1NNTA 3H4ZA 3TODA 1ZU0A 3OMBA 5EHMA 5CMKA 3K6UA 4F39A 2GHBA 3FVNA 4GOTA 1M5DA 2HQ0A 3N26A 1JETA 3MVZA 2ABHA 2DVCA 1KWHA 1BIYA 2F6GA 4U4XA 3C4MA 3SERA 4F3PA 4ELQA 1DPPA 5H8NB 3DP8A 2QS3A 4POXA 2ZNUA 2F7CA 4YKPA 4OZ9A 3PV0E 3SESA 3CVGA 2DXYA 1UIUA 3BFUA 1B58A 2XXYA 5K2YA 3E3KA 3B6WA 2NWJA 2H9BA 3CG1A 1ZBMA 5TU0A 2XD2A 3FUZA 1S7YA 1SW5A 4G68C 2IEEA 3FGSA 4R72A 2O68A 2F7BA 3U72A 1VFEA 3PPNA 1ZTYA 3PGFA 3KN7A 4N6PA 3USDA 2Z8FA 3N94A 2D5WA 4YU0A 1A7LA 3K1PA 4BDOA 1FQDA 5I59B 3QAXA 2GRVA 3TKDA 4H8IA 1NL5A 2H98A 3JYRA 4OEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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