1QKBA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kvk
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
b'ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and Calorimetric Analysis of Peptide Binding to Oppa Protein
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Protein transport
total genus 188
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1qkbA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1qkbA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1qkbA02
2AIXA 3TDJA 2FNCA 2H5YA 1MY3A 2REGA 3MP8A 2RC7A 5I56A 3T22A 3S9MC 1SW4A 2REJA 3SDFA 3PMWA 2HZLA 3K1NA 2ZYOA 4H67A 3A09A 5DEXB 3RNNA 2E0SA 3W9WA 2ZNTA 3K1MA 5DVIA 1P1WA 4ZEDA 1MPCA 5F1QA 5F7VA 3V89B 1LAHE 4R2BA 3B7DA 3E9XA 1FTMA 4GXAA 1L5TA 4P0IA 1JW4A 5TPAA 1DTZA 2I0CA 2UYFA 2F6GA 1ATGA 2RCBA 4KPTA 3IOUA 3VDFA 4YKJA 4RPNA 2CZLA 3S9LC 3O29A 1P1QA 2FA7A 2YLNA 4QFKA 3USDA 1TXFA 4NE4A 3TTRA 3ECRA 1YTVA 3RYAA 4IO7A 1DOTA 5M2VA 3TTMA 2I48A 4IO2A 1HSEA 1ZIUA 4U1ZA 3DRGA 3VLWA 5IAIA 2THIA 3Q27A 2RCAA 1DTGA 4NF4B 1S9TA 4F1VA 1VFEA 3SEUA 1MH4A 3VLVA 2H98A 2X7QA 4BLAA 4ESWA 5EHSA 2NOOA 3KEIA 3IJXB 4IGRA 2UXAA 3IORA 1NMUA 2Z8FA 4BDQA 4R74A 3IX1A 4R2FA 4KCDA 1JETA 1FQBA 1PB8A 3O97A 2UVIA 1LAXA 2ABHA 1A99A 4OQOA 2F35A 2Y84A 5AE4A 4JWXA 4ELPA 1XS5A 4F18A 4R6HA 2ANJA 2DSFA 1B1XA 3SEXA 2OJTA 3RYBA 3GBBA 1LCTA 5AA1A 1B4ZA 3KN3A 3H6TA 2XXVA 1B3GA 4XKQA 3RGYA 1PBPA 1TFDA 3RTWB 4QF9A 5I57A 4KD5A 3W15C 2D21A 1OLAA 4FIMA 4MFIA 1AMFA 3QXMA 4LA9A 1B3FA 3MUQA 4HCYA 3FVKA 1SBPA 3G3KA 1Y3QA 1IXCA 1Y4CA 4R6YA 2OLBA 2F78A 5AA4B 5AA2D 3VVEA 1JEUA 2QSXA 4I9DA 4F3PA 3F11A 4Q5TA 4RK2A 4X9TA 3VVFA 1Y9UA 3LSLA 1J1NA 3TKDA 2QMXA 4G68A 1JNFA 1N04A 3IB0A 2B3FA 2V3TA 1NH8A 3KN7A 4ZE9A 4QSEA 2O6AA 2ZNSA 4XTCQ 1MDQA 1LB9A 3S9EA 3C34A 3PUWE 3TTKA 1H3DA 4LONB 5CBRA 3B6QA 1UTBA 4H6DA 5I84A 2ZMBA 3U93A 3DLNA 4C1TA 4OESA 1MM6A 4F2OA 4FEDA 3OO7A 1SQYA 3HPIA 3I3VA 3PV0E 1US4A 3OO6A 4Z0IA 2P0SA 3MZ1A 2WKYA 1TWYA 5TU0A 4MBPA 1PDAA 3JZJA 2H99A 1B52A 1XHYA 3HV1A 4BDRA 4LUBA 4F2QA 1OVTA 5FTIA 3MZBA 5FHOA 2I3WA 3TCFA 5H8NB 1GR2A 3PMXA 4R9GA 1M5CA 2ESNA 2AYSA 4R9FA 2DS9A 3VFJA 3MVXA 4JBZA 2D5WA 3MAMA 1LSTA 3T9VA 4ZECA 2RC8A 4MLVA 1I69A 3JV9A 5DVJA 2UVGA 3CFLA 4THIA 3DM0A 3CFXA 1NKXA 1VSOA 2B3BA 2F8DA 4ISUA 4IO5A 1NNKA 1AIVA 4RK9A 4QHQA 1F9BA 1XOCA 5L8DA 2Y7WA 1MY0A 1A55A 4Z7EA 4I1DA 2Y7KA 4HTGA 3I6VA 1ELJA 1OMPA 4ECFA 4N07A 3FV2A 2HZKA 3EHSA 3UIFA 3DRIA 4JDFA 1EZOA 5H8FB 3KOSA 4R72A 4U22A 1MM7A 5I58B 5I2NB 3IAZA 4MLQA 1ZU0A 2ZYKA 5TP9B 3UGWA 4Q30B 3Q29A 3H03A 3OELA 4IO3A 2F7BA 1LBBA 3O2AA 1AOVA 3R7XA 5JTYB 2XX7A 2ZNUA 3FATA 2QS2A 1LCFA 3FD3A 2QPQA 5H8QB 4ELRA 5JEIA 2Z8DA 1UQWA 1SD3A 1SW5A 4H1XA 2A5TB 2GHBA 4G8HA 1DPPA 4F31B 4NMYA 1UTHA 3N6UA 2ZYNA 4OFOA 4G77A 1OQHA 4G68C 4YB6A 1FQDA 4QRZA 1MY4A 3H06B 3K0VA 3FASA 2RKMA 1MXUA 5EHMA 3MP6A 3PUZE 4DZ1A 1IXHA 1POY1 3Q25A 4MH5A 4ESXA 3MBPA 2UVHA 3V5AA 1PEBA 2RINA 4LATA 3S9NC 4NWDA 5K2XA 4X1DA 2QS4A 4GXSB 3RT8A 2AL5A 5CC2A 1GVCA 2Q2CA 1VR5A 1IUDA 2PBWA 4I8CA 3LUYA 3IJOB 2Y7RA 3QUJA 3QK6A 4R6KA 1GV8A 2Y7IA 3K6WA 1JQFA 3TMGA 4QSCA 4EXLA 3CG1A 1QJMA 4H8IA 4OFLA 2F7AA 4PFTA 5I56B 3K1PA 1OQGA 3RUMA 2QS1A 3TQLA 1N0TA 1BP5A 1T0KA 1GGGA 3E13X 4ZEFA 4GVOA 4BDNA 4DXUA 1MQHA 1NNFA 5BUUA 4IO4A 4YZZA 2DWIA 3E4RA 4OENA 3CSGA 1MXZA 5H8HA 1DPEA 3I5OA 3DP8A 4QFOA 3TCGA 2AL4A 2V84A 4PQJA 5TPAB 3UA8A 1KWHA 2DVZA 3N26A 2HEUA 4U4SA 1EZ9A 3PD9A 2XXUA 2O1MA 4OWDA 5DVFA 2XX8A 3C35A 3PPNA 4E0WA 1BLFA 4OXVA 3C9HA 5DT6A 1H76A 3K6VA 3O28A 1URDA 4BDMA 3JYRA 1N76A 3O9PA 2ONSA 5CMKA 2DVCA 4YB5A 1OLCA 3G3GA 5H8SA 3PGFA 4YAHX 2XXRA 2Z22A 4AB6A 1M5EA 3EN3A 4RYAA 4DDDA 3MVWA 1SW2A 2XD2A 1IQ7A 3SETA 1XVXA 1FCKA 2PX1A 5KDTA 1QULA 2H9BA 2PYYA 4PFUA 4GD5A 3OSRA 2H25A 4WEPA 1LAFE 2NVUB 3UK4A 3KSJA 1QUKA 4POWA 3SEWA 3H6WA 1Z7ME 5HBCA 5CI5A 3MVYA 3G3FA 3H7MA 4AB5A 3C4MA 2XX9A 2GFEA 5ELVA 1B58A 1P1OA 3O66A 2NUVA 2QRYA 3U92A 3OEKA 2HAVA 3CI8A 3MPKA 2I0BA 4X1BA 1SI1A 4NF5B 3OEMA 4WEDA 2HQ0A 1NNPA 1MQGA 2DP8A 3RTFB 4GWOA 2M8CA 4NWCA 4H0WA 2F36A 2V3UA 2XD3A 2VP1A 4PE5B 4N6PA 4IGTA 4ZDMA 1BTJA 3BBRA 5J1DA 4KFQA 3CSBA 2O7IA 1QKAA 1B3LA 3VV5A 4U1OA 1B6HA 2OZZA 3PUYE 2Q9TA 2LAOA 4G8NA 3IB2A 3TZAA 1ZBMA 4U2RA 4POXA 4O3AA 2I49A 2O69A 2DXYA 2I6EA 5ICTA 4JWYA 3LSFB 3BFTA 4H65A 5KCJA 3U8QA 3DRJA 1B3EA 3FXQA 3IR1A 3O6GA 4G68B 4HS7A 3TQWA 1M5FA 3DP4A 1GTKA 3CFZA 1O64A 3CIJA 3DELB 4OVJA 2PT2A 3C32A 4FE8A 1JVXA 3IK6B 4PFYA 4UA8A 1B40A 1P99A 3RT6B 3DRHA 2O51A 4OMBA 4TOZA 5AA4A 3MVZA 2VD3A 1MH3A 4ZEIA 3SERA 1D4NA 1N7WA 1B05A 4K3FA 1FQEA 1O63A 1IEJA 1RYXA 1LBCA 4KI0E 1I6AA 3M8UA 4RNSA 3A3UA 1YCJA 3O6IA 4ZEBA 1PB7A 4OZ9A 1B3HA 3MJNA 4KR5A 4Q8RA 1IXGA 1OIBA 4XKRA 1YAEA 3GLBA 2A5SA 3TFLA 2VGQA 2PMSA 3PPRA 2G93A 4OERA 5ICQA 2VD2A 4LQ2A 3OXNA 2DYXA 3Q28A 2I3VA 5HPQA 3T93B 1MQDA 3MP1A 2QL3A 4GL0A 4ND9A 2UVJA 1QUIA 3FJMA 4KQPA 4XKPA 5DYHA 3HSTA 1FQFA 3EHUA 1B2HA 3G7WA 1OVBA 5ISUA 1MQJA 3FVGA 4LZ7A 3VXCA 4GOTA 1RKMA 3BFUA 4F39A 3RY3A 1SVXB 4TQUQ 3FXRA 1B51A 3T9UA 1B0LA 3ZKLA 3IOVA 2R6GE 1H45A 3KFMA 2R9JA 5ITOA 3K2DA 1B1HA 1NH7A 5HM4B 3DP6A 5FTHA 3U94A 1R6ZA 3QIMA 1TFAA 1D3KA 4H5GA 2DOJA 2I58A 3M3LA 1LB8A 2Q2AA 3ILUB 1XT8A 3K4UA 1I6QA 4DE8A 1JVYA 2H4IA 1N7XA 3TUSA 4YKPA 3ODBA 3QAXA 2F34A 1P1UA 3EHTA 4X48A 2ALUA 3LR1A 4DCYA 3FV1A 3FZVA 5ITPA 3UORA 4EQ7A 4EQBA 4LQ5A 3N94A 2F6PA 1P1NA 5AA2A 5CRYA 3PPPA 4NF6B 2HFBA 4PETA 2XXYA 1IXIA 2KLFA 4GFRA 2BJJX 1UIUA 2HXWA 1SYIA 1VFDA 1B32A 1MXXA 4M4GA 2RC9A 1WVJA 3O6HA 3HHGA 3LSWA 4IB2A 4LZ8A 1MPDA 4GLIA 3G3JA 5LOMA 1QVSA 5I59B 3N5LA 3CVGA 1B7ZA 1Y3PA 3HCQA 1DMBA 1MS7A 4F3BA 3UN6A 2OBGA 1MRPA 4C0RA 3LVUA 1FW0A 2ONKE 1LFHA 1ZKBA 2P1SA 4ZZEA 3SESA 4FJPA 1UIVA 5H8QA 3FVNA 1JEVA 4DCXA 1MXWA 3VLUA 3D4CA 2XXXA 5CBSA 1D9VA 4BDLA 3G3IA 2O84X 1WDNA 2HCAA 2Z23A 1ANFA 3H4ZA 2V3QA 3ZSFA 3H3GA 4C1UA 1FTKA 4OEUA 5I2KA 2YPNA 3FIRA 3OENA 1D9YA 1JW5A 1M5DA 1ZMGA 4U23A 2IA4A 3B6TA 4EUOA 5A5XA 4RXLA 4G8MA 2ZXTA 1II5A 3SEVA 3DRFA 3K00A 2O7UA 3IOWA 2Q89A 1A7LA 4M1VA 3BKIB 2DE2A 1M5BA 1B9JA 1Q1KA 2I4BA 3WAFA 5FHNA 3ILTB 2B4LA 2VHAA 4LP2B 3TEPA 1FTLA 5IKBA 1PB9A 2XXPA 4YB7A 5H8HB 3MZ9A 3MQ9A 3OOAA 3R26A 5FHMA 1I6BA 4NF8A 3OO8A 5L9SA 2OWTA 4G2ZA 3U72A 4U21A 4UACA 2GHAA 4OTEA 2WOKA 3G3HA 4H5FA 5DEXA 3QYTA 4EQ9A 1WODA 3T66A 4KHZE 3E3KA 2DXRA 5DTBA 2VOZA 3CG3A 4PP0A 1URSA 1BKAA 4EF1A 1R9QA 4FEBA 3EPEA 4OYVA 5CMBA 1YPNA 3R6UA 3W9VA 3VVDA 2XXQA 3MC2A 1BIYA 5KDTB 4YICA 2XXTA 3RPWA 3SKPA 2DWAA 3GXAA 2F5XA 3FTOA 1ZLQA 4O3BA 4RPOA 2Z8EA 4GIZA 1MXVA 3MWBA 3CR9A 3IB1A 2DE3A 3RQTA 1LLSA 3PD8A 4WKMA 4ZZAA 2IEEA 1JW1A 2DWHA 4JXIA 3TPAA 4KYEA 2WOLA 3TYHA 4R75A 5JK4A 3UP9A 4DXCA 4QFLA 5B7DA 3LBSA 3SEYA 1B7HA 4NF4A 1B4HA 1ZJLA 1H43A 4P0GA 4TLLB 3B6WA 2QMWA 1MY1A 2Y7PA 3KGCA 1USYE 4U4XA 4OHNA 1H44A 2I4CA 3THIA 2OCUA 3TELA 1MDP1 4DXBA 3S2VA 3K01A 1R1NA 5I57B 1B5IA 4GL8A 2P2AA 1POTA 3ONMA 1A40A 4NF5A 3PU5A 4ONYA 2GH9A 3KJTA 4F3GA 2DE4A 4IY5A 4NTLA 3KBRA 1MY2A 3LC8A 1RYOA 3VXBA 4EDPA 4LZ5A 2UYEA 3GZGA 1NFTA 1MQIA 3D4GA 3LSXA 1IIWA 4OETA 1MXYA 3KOTA 2F7CA 4XIGQ 3IL1B 2W7YA 2B4MA 2XHDA 4KYDA 1CB6A 5KCJB 2F97A 3V83A 1FTJA 1PC3A 3KG2A 2Q88A 1QKBA 4FAJA 1N84A 4AQ4A 3OSQA 5CMCA 3T96B 2OK2A 4ELQA 1B7UA 2V93A 4XKNA 2WOPA 4QSDA 3ZKKA 1FTOA 4YKKA 5B70A 2B65A 3TCHA 3C31A 5L9OA 4N13A 4E0XA 4GQOA 2FYIA 1Y4TA 3C36A 2RF1A 4YMAA 1US5A 2Q8JA 4TLMB 4H8JA 4ZE8A 4RY1A 1UTBB 4R73A 5BWJA 1SW1A 1Z7NE 5CMMA 1B5HA 4Q0CA 3IO4A 3OD7A 3FVOA 3FUZA 3QSLA 4P11A 1LAGE 4WXJA 1Q35A 1Y1ZA 2XXIA 1Y20A 4RA1A 3TAJA 1QUJA 4L17A 3K6XA 2E1SA 2R71A 3HHFA 2NXOA 3TTLA 3TTNA 4RJZA 4F22A 4F29A 4KCCA 1ZTYA 4YMBA 4DLDA 2ONRA 4IY6A 4YU0A 2D3IA 1A54A 3MW0A 3GBAA 5K2YA 3K02A 3T9HB 3MPLA 3PPQA 3FJ7A 3PMVA 2X26A 1QW0A 1MPBA 1SDXA 4ZEKA 5H8NA 2PT1A 1SI0A 4ELOA 3N6TA 3C33A 4NEDA 1N3XA 1URGA 2QJEA 4IO6A 4JSOA 4YKIA 1IITA 5CM6A 3KZGA 1DSNA 4G4PA 4MF3A 4F19A 2QS3A 4KYSA 1USYH 1O7TA 3EQ1A 1B0HA 4EF2A 4O3CA 2XXWA 3K6UA 1R9LA 1HSLA 3T9XB 2X7PA 3V8XB 1A8EA 2G29A 1NNTA 3DRKA 1EH3A 4OFJA 4HW8A 1EU8A 3PUVE 4BDOA 3PUXE 1A8FA 5AA3A 5AA2B 3PAMA 1FQCA 1LFGA 2CMOA 3IO6A 4F3SA 4JSDA 3Q26A 2ZYMA 1Y3NA 3H6UA 1XVYA 2GRVA 4JWOA 5H8FA 3OO9A 5I58A 5I2NA 1XC1A 3EF7A 2V25A 1N3WA 3AXFA 1UTHB 5TP9A 3IOTA 3OMBA 3U1OA 4PFWA 2DQVA 4JB7A 3L6HA 3HN0A 3HO7A 3CRBA 4XXUA 5JTYA 2XXHA 1CE2A 1PBQA 4NF6A 4I62A 1MG1A 2O1LA 3A3CA 3O6PA 3L6GA 4FORA 3KSXA 2A5TA 4QFPA 5I59A 4FATA 1B5JA 4ZS9A 3PPOA 3WAEA 3P7IA 4FECA 3H6VA 2PVUA 3RN8A 4GRKA 5I2KB 3RLFE 1SYHA 3VE1B 2DWJA 3FGSA 3M3KA 3KJ7A 2OWSA 1TT1A 5A5XB 1B46A 3KN8A 4HCWA 1LGBC 1FQAA 1HSJA 1S50A 4F1YA 5KZTA 2NWJA 3FJGA 4OEVA 4F1UA 5EYFA 1LFIA 5L9MA 4QFNA 4GF8A 3FXUA 1IZ1A 1Y1MA 2O68A 4LVQA 1S7YA 4EXKA 3ZS6A 3TODA 3S4UA 3CHGA 3QUFA 1AL3A 1NL5A 1EZPA 1VE4A 3M3FA 2YJPA 2HAUA 1AH5A 4NF8B 4DIGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AIXA 3TDJA 2FNCA 2H5YA 1MY3A 2REGA 3EKIA 3MP8A 2RC7A 5I56A 1LBWA 3T22A 3S9MC 1SW4A 2REJA 3SDFA 3PMWA 2HZLA 3K1NA 2ZYOA 4H67A 4HE0A 3A09A 5DEXB 3RNNA 1G0IA 2E0SA 3W9WA 2ZNTA 3K1MA 5DVIA 1P1WA 4ZEDA 1MPCA 5F1QA 5F7VA 3V89B 1LAHE 4R2BA 3B7DA 3E9XA 1FTMA 4GXAA 1L5TA 4P0IA 1JW4A 4OVSA 5TPAA 1DTZA 2I0CA 2UYFA 2F6GA 1ATGA 2RCBA 4KPTA 1NV4A 3RYDA 2KR0A 3IOUA 4X8RA 3VDFA 4YKJA 4RPNA 2CZLA 3S9LC 3O29A 1P1QA 2FA7A 2YLNA 4QFKA 3USDA 1TXFA 4NE4A 3TTRA 3ECRA 1YTVA 3RYAA 4IO7A 1DOTA 5M2VA 4FBPA 3TTMA 2I48A 4IO2A 1HSEA 1ZIUA 4U1ZA 3DRGA 3VLWA 5IAIA 2THIA 3Q27A 2RCAA 1DTGA 1Q9DA 4NF4B 1FPJA 1S9TA 4F1VA 1VFEA 3SEUA 1MH4A 3VLVA 2H98A 2X7QA 4BLAA 4ESWA 4IR8A 4H45A 4N4UA 5EHSA 2NOOA 2OX3A 3KEIA 3IJXB 4IGRA 2UXAA 2JJKA 3IORA 1NMUA 2Z8FA 4BDQA 4R74A 3IX1A 4R2FA 4KCDA 1JETA 1FQBA 1PB8A 3O97A 2UVIA 1LAXA 2ABHA 1A99A 1EYIA 3KC1A 4OQOA 2F35A 2Y84A 5AE4A 4JWXA 4ELPA 1XS5A 4F18A 4R6HA 2ANJA 2DSFA 4PBQA 5ET7A 1B1XA 3SEXA 3IFAA 2OJTA 3RYBA 3GBBA 1LCTA 5AA1A 1B4ZA 3KN3A 3H6TA 2XXVA 1B3GA 4XKQA 3RGYA 1PBPA 4HXVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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