1QS5A

The introduction of strain and its effects on the structure and stability of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRALLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qs5A00
4W51A 3CDTA 3DN3A 3HT7A 1CV0A 1DYEA 1QTZA 1L52A 251LA 2RB1X 4W52A 3V2YA 2B70A 1P6YA 1G0MA 213LA 2B6ZA 108LA 1L43A 1C6GA 1C65A 1KW7A 1QT8A 118LA 188LA 171LA 1I6SA 1PQIA 1L68A 1LI2A 1QTBA 168LA 1D3NA 1QSBA 1P3NA 4LDEA 1JTNA 3HDFA 4ARLA 3SBAA 1LPYA 1G0KA 3DMXA 1C6FA 3ODUA 7LZMA 4ARJA 3HH3A 1XEPA 2B6TA 4I7PA 2RBSA 1L99A 1C6PA 199LA 1LLHA 200LA 1XJUA 2F2QA 3EMLA 3CDQA 3HTBA 250LA 1L29A 113LA 1L13A 1XJTA 219LA 1L14A 1QS5A 1L83A 1D3JA 257LA 3F8VA 241LA 110LA 1G1VA 1QT4A 152LA 192LA 1CV4A 1C6HA 1C6JA 1L53A 191LA 2B74A 140LA 129LA 182LA 186LA 258LA 1QUOA 2OU9A 1L86A 1DYGA 1L79A 1LYJA 1C6NA 1L28A 2F32A 1L72A 4DAJA 1L87A 1L61A 4EKQA 1QTVA 1L90A 2OEAX 3LZMA 1LI6A 3SB5A 4EPFA 1SX7A 1L66A 4PJZA 1L23A 1D3FA 1KNIA 1L16A 3HT6A 3SB9A 1L44A 1L75A 1TLAA 1L10A 1CU5A 3GUOA 1L56A 1L94A 2RBNA 229LA 1NHBA 1L48A 4I7JA 1L00A 3RUNA 1L01A 3OE9A 1L26A 4W57A 175LA 1L93A 4W54A 123LA 2QB0B 1C69A 2B72A 1CX6A 1LYHA 3JR6A 1L07A 1L55A 146LA 180LA 1L17A 4I7SA 217LA 3FADA 3HTGA 1CTWA 1L0JA 1LGXA 3OE6A 248LA 3OE0A 2RB0X 3L2XA 1CX7A 201LA 2QARC 1SSWA 114LA 1L84A 249LA 1L34A 167LA 2NTGA 231LA 1CU6A 2A4TA 156LA 3GUIA 163LA 223LA 2O4WA 3GUPA 4I7RA 3SB6A 239LA 150LA 1G0PA 1L60A 3C8RA 4S0WA 1CUQA 1LYDA 2LZMA 252LA 1ZYTA 1LYGA 4OO9A 4W55A 3C81A 253LA 1L88A 1L80A 4AQNA 111LA 4W58A 3GULA 3GUMA 1QSQA 157LA 2OE9X 1L30A 1L50A 183LA 1C6TA 1PQJA 4GRVA 1G0JA 1KS3A 1C62A 3HH4A 4EKPA 1D2YA 1P2RA 1QTCA 4LDLA 3SN6R 4LDOA 176LA 1CUPA 227LA 4YXCA 1OVHA 3DN2A 4I7LA 196LA 226LA 1CU3A 3DN8A 3NYAA 1B6IA 205LA 3HUKA 3FA0A 139LA 3HU8A 261LA 1KY1A 1LGWA 130LA 2OTYX 210LA 235LA 3G3WA 1C6CA 243LA 1L47A 1C6QA 1CV6A 151LA 1L82A 1L05A 1L45A 3L64A 1QT5A 254LA 115LA 181LA 1QS9A 3SB8A 1SWZA 1L89A 3HT9A 1L57A 170LA 1OV7A 1G0GA 232LA 4E97A 1DYCA 1L24A 2LC9A 247LA 3HWLA 1L11A 4ARPA 198LA 2ANVA 1L59A 1L04A 238LA 237LA 2F47A 1L27A 2OU8A 4I7NA 1G1WA 1DYBA 3DN0A 1L15A 1P64A 2RBRA 3V2WA 1L69A 1SX2A 2RAYX 1C67A 3DKEX 3HTFA 1OWYA 1L41A 4DKLA 190LA 1L58A 242LA 225LA 1L31A 1T8FA 2OTZX 222LA 1L95A 4EKRA 246LA 215LA 1C6BA 1P5CA 1C6EA 1L62A 1LWGA 214LA 1L74A 1CU0A 1C64A 1JTMA 4EKSA 165LA 174LA 4I7OA 2B6YA 2HUKA 3C7WA 228LA 3DMZA 1L09A 2RAZX 4GBRB 212LA 2OE7X 1L64A 4YXAC 1D3MA 1L73A 162LA 145LA 2B75A 120LA 1L71A 4W56A 1L02A 178LA 1OVKA 4DJHA 1L06A 1L38A 1QUHA 2NTHA 141LA 1L21A 2OE4X 1C6LA 3GUNA 4I7KA 1G06A 2B73A 2Q9DA 3QAKA 206LA 160LA 161LA 1C6AA 1QT7A 125LA 262LA 1T8GA 1OYUA 3HH6A 1L76A 3HUAA 5I14A 3DN4A 4EPIA 3C8QA 1L81A 1LGUA 1LYFA 158LA 1P2LA 1C63A 1P7SA 1L12A 1D9WA 1ZWNA 1ZURA 1T97A 233LA 3HDEA 1L37A 1QTHA 1L63A 1PQOA 4I7QA 1L67A 1CU2A 1G0QA 104LA 1L19A 3OE8A 3DN1A 1C6KA 2RH1A 3G3VA 2RBOA 173LA 4ARMA 1QUDA 1G07A 3NY8A 2OU0X 2RBPA 3DNAA 4W53A 1P36A 189LA 1CV1A 148LE 1L0KA 4K5YA 1PQKA 1C68A 149LA 2Q9EA 3UONA 211LA 1C6DA 1C61A 131LA 1DYDA 109LA 3C80A 2LCBA 126LA 259LA 138LA 3PDSA 6LZMA 164LA 166LA 143LA 221LA 1KY0A 1JQUA 1L96A 1CVKA 1DYAA 1L92A 177LA 1LWKA 1P37A 1LYEA 184LA 3C7YA 1L39A 1L54A 2B6WA 3PBLA 112LA 1L65A 4PK0A 4ARQA 3K2RA 3DMVA 2ANXA 234LA 1C6MA 1L51A 1LYIA 1C66A 1T8AA 260LA 1T6HA 4EJ4A 1DYFA 1G0LA 2O79A 147LA 1C60A 3SBBC 1K28A 3DN6A 4IAPA 3HU9A 2Z6BA 169LA 119LA 1L18A 3SB7A 240LA 3CDOA 256LA 2L78A 244LA 103LA 2HULA 2RB2X 159LA 1L42A 245LA 3G3XA 1SSYA 3C82A 2B6XA 1CV3A 1L25A 1L33A 236LA 3HH5A 4ZPUA 4YX7C 3GUKA 3RZEA 127LA 1CV5A 1L77A 224LA 2B7XA 1L20A 4ARMB 1L36A 142LA 137LA 172LA 1D2WA 1L08A 122LA 1LW9A 1L91A 2CUUA 220LA 3CDRA 3D4SA 3HUQA 255LA 3FI5A 5LZMA 3VW7A 1PQMA 1L98A 1L97A 107LA 155LA 3C7ZA 3HT8A 2IGCA 1QT3A 195LA 1P46A 1OWZA 1L85A 1L46A 4I7TA 1L70A 2O7AA 1L35A 3F9LA 1PQDA 2HUMA 3NY9A 187LA 4I7MA 102LA 4LZMA 1C6IA 1L03A 218LA 185LA 1SWYA 3CDVA 1L40A 2RBQA 144LA 1L22A 3C8SA 4EXMA 1KW5A 1QTDA 1L32A 1QUGA 1WTHA 1OVJA 1QT6A 197LA 209LA 1LI3A 3HTDA 3C83A 4ARQB 1P56A 1L49A 216LA 128LA 1EPYA 1OV5A 4W59A 3GUJA 230LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W51A 251LA 3P68A 4DD7A 5I5QA 2B70A 2H5ZA 213LA 2MEGA 1L43A 1T6VL 3A91A 4LT1A 1L68A 3E3DA 4PGJB 4GN5C 168LA 1P3NA 1DQJC 3HDFA 1GFEA 1NKHA 4IATA 1G0KA 3DMXA 1B7NA 1C6FA 3ODUA 1LJHA 1BHZA 4YEOA 1PS5A 3P65A 1IR9A 3EXDA 1C46A 4LFPA 1LZ5A 1IP7A 1L13A 2HEDA 241LA 110LA 4HV1A 5KKJA 152LA 1CKDA 4LT2A 2B74A 129LA 1LJ3A 5LIOA 5IHGA 2OU9A 2ZIKA 1LYJA 1YANA 1FLWA 5LYZA 1L61A 3AYQA 1LI6A 4NWHA 3WXTA 1GBXA 4WLXA 4PJZA 4NGVA 1D3FA 3SB9A 1G7IC 1L10A 3IJVA 6LYZA 229LA 1L48A 4B1AA 4CFOA 3W6EA 4FDYA 3OE9A 1L93A 1LHKA 4C5FA 5HNCA 3B0IA 2QB0B 2ZNXY 4H93A 1A2YC 1CX6A 1LYHA 1LZYA 3JR6A 1J1PY 4DD1A 1YILA 3P4ZA 146LA 1ZVHL 4B4JA 4N5RA 4DQJA 1L0JA 1WQNA 4UWVA 1CX7A 4G4HA 5KY1A 1L84A 4WLYA 1WQMA 167LA 1YAQA 2VB1A 4H8XA 1NBZC 4HTNA 1WVUA 3GUPA 2ZILA 4IASA 4NGZA 1ZYTA 1GXXA 3T36A 2MEDA 253LA 1L88A 5LA5A 1JITA 5I4XA 1GBOA 1W6ZA 4LGKA 1LHLA 1IWXA 4GRVA 1C62A 2XBSA 4OOTA 1D2YA 1P2RA 4WM4A 4EKPA 2XTHA 3SN6R 4L41A 3D9AC 1CUPA 5B1FA 1CJ9A 4OWBA 1GPQC 1BWJA 1O23A 3D3DA 205LA 3HUKA 261LA 3HBEX 1BWHA 1KY1A 130LA 3WPKA 3G3WA 1C6CA 243LA 4LYOA 1C6QA 1GBSA 5FCPA 1L05A 5AMYA 132LA 3QY4A 5T3FA 1LZCA 4YF2A 2Z37A 1SWZA 1L57A 4UWUA 1JKCA 1L24A 5F14A 1NWGA 2BQAA 1L11A 4NSGA 4ARPA 2LYMA 4HJVA 5APFA 4B4EA 238LA 237LA 1L27A 1LSCA 1DYBA 1P64A 1GB0A 4W94A 3V2WA 1B7PA 2MEEA 4NSIA 3DKEX 3HTFA 1OWYA 1L58A 4EKRA 3A34A 1C6EA 3A90A 214LA 2C8OA 165LA 4YENA 2B6YA 1JTPL 3DMZA 4DDBA 4QY9A 212LA 3HBDA 1OUEA 5IDDA 1FLYA 4CJ2A 1L02A 1GE4A 2H9JA 3AW7A 5E9RA 1B5WA 1XGUC 2EKSC 2CJLA 2ZIJA 2F30A 1JUGA 3HH6A 1OYUA 1L76A 3HUAA 4QDNA 4EPIA 3C8QA 4XJBA 1L81A 1F6SA 4MR1A 1HF4A 1B5XA 1GEVA 1D9WA 4KXIA 3CQLA 1ZURA 233LA 1IP6A 3WULA 1OUBA 1HEOA 133LA 1LSEA 104LA 1GE3A 1LJGA 2CDSA 1YIKA 1UCOA 1QUDA 2BQBA 1G07A 1OUGA 2RBPA 1P36A 1NQIA 1PQKA 2Q9EA 1VDQA 2MEIA 1C61A 131LA 2BLXA 1IC4Y 2MEHA 1UIAA 1HFYA 1B5VA 6LZMA 1KY0A 1L96A 1GF5A 1LSDA 4NGWA 5LVHA 3J4GA 4YEMA 1LWKA 1OQMA 1GB3A 1QIOA 2YSSC 3W6FA 4H92A 2BQLA 2DQAA 1UIDA 1HSWA 5LYMA 1GXV2 1ZV5L 1JSEA 4ARQA 1DI5A 2C8PA 1L51A 1BVKC 260LA 1JIYA 1DYFA 1UICA 1YAMA 1NDGC 8LYZA 3DN6A 3WH1A 5E4PA 169LA 4GCEA 119LA 4DD0A 5KKIA 1F0WA 2L78A 1UBZA 2DQHY 2RB2X 4NWEA 1L42A 1F6RA 4NHIA 1A4VA 1SSYA 2D4JA 4W96A 2B6XA 1L25A 3A96A 1I1ZA 4YX7C 4ETAA 127LA 4PRQA 2B7XA 1LYYA 5LVJA 1GHLA 172LA 5LZMA 5LVKA 3VW7A 2DQJY 1PQMA 1G7MC 155LA 1BB4A 3C7ZA 1GB5A 4H9FA 4G4BA 3MGWA 1QT3A 1BB6A 4HPEA 1P46A 5C6IA 3ULRA 4I7TA 1LHHA 1G7LC 1HEPA 1PQDA 1GFHA 1GF7A 4OWAA 3B0OA 1YL0X 1SWYA 2X0AA 2I26L 2Q0MX 2RBQA 5IELA 4GLVA 3QE8A 1LZRA 2BQGA 4XJDA 3LZTA 144LA 1CJ8A 1L22A 2RSCA 4GN3A 1W08A 5KXYA 5B1GA 1OVJA 1QT6A 5I4YA 3TMVA 209LA 4MSTA 4R6CA 1LI3A 3EBAB 3HTDA 1XEJA 4GCDA 4LT3A 1P2CC 4I7QA 3M3UA 1FKVA 3CDTA 4DQ7A 1DYEA 3V2YA 3WW6A 1IWVA 1LHJA 1MELL 5LAGA 1IIZA 1C6GA 1C65A 1KW7A 4OOOA 1DI3A 2D4KA 3TXDA 4E3UA 5HQ1A 1LI2A 3CT0A 1VEDA 2G4NA 3GXRA 4ARLA 2F4GA 7LZMA 3N9CA 4UWNA 2G4QA 1JKBA 2HTXA 2RBSA 1L99A 2HUBA 200LA 3EMLA 1JPOA 4TTDA 3W3EA 250LA 4PPOA 1AKIA 3AGHA 113LA 3A8ZA 219LA 1QS5A 1D3JA 1TCYA 3F8VA 5I53A 1D0LA 5D5CA 5FEKA 1JHLA 4OWHA 2DQGY 4J1BA 3EO5A 4H1PA 4H90A 182LA 186LA 5F9XA 1C6NA 1L28A 1L72A 2F4AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4W51 A;  251L A;  3P68 A;  4DD7 A;  5I5Q A;  2B70 A;  2H5Z A;  213L A;  2MEG A;  1L43 A;  1T6V L;  3A91 A;  4LT1 A;  1L68 A;  3E3D A;  4PGJ B;  4GN5 C;  168L A;  1P3N A;  1DQJ C;  3HDF A;  1GFE A;  1NKH A;  4IAT A;  1G0K A;  3DMX A;  1B7N A;  1C6F A;  3ODU A;  1LJH A;  1BHZ A;  4YEO A;  1PS5 A;  3P65 A;  1IR9 A;  3EXD A;  1C46 A;  4LFP A;  1LZ5 A;  1IP7 A;  1L13 A;  2HED A;  241L A;  110L A;  4HV1 A;  5KKJ A;  152L A;  1CKD A;  4LT2 A;  2B74 A;  129L A;  1LJ3 A;  5LIO A;  5IHG A;  2OU9 A;  2ZIK A;  1LYJ A;  1YAN A;  1FLW A;  5LYZ A;  1L61 A;  3AYQ A;  1LI6 A;  4NWH A;  3WXT A;  1GBX A;  4WLX A;  4PJZ A;  4NGV A;  1D3F A;  3SB9 A;  1G7I C;  1L10 A;  3IJV A;  6LYZ A;  229L A;  1L48 A;  4B1A A;  4CFO A;  3W6E A;  4FDY A;  3OE9 A;  1L93 A;  1LHK A;  4C5F A;  5HNC A;  3B0I A;  2QB0 B;  2ZNX Y;  4H93 A;  1A2Y C;  1CX6 A;  1LYH A;  1LZY A;  3JR6 A;  1J1P Y;  4DD1 A;  1YIL A;  3P4Z A;  146L A;  1ZVH L;  4B4J A;  4N5R A;  4DQJ A;  1L0J A;  1WQN A;  4UWV A;  1CX7 A;  4G4H A;  5KY1 A;  1L84 A;  4WLY A; 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