1QSBA

The introduction of strain and its effects on the structure and stability of t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRACLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qsbA00
1L87A 1L58A 1L97A 1PQOA 1KY0A 126LA 3HH4A 131LA 4I7SA 239LA 1C60A 1SWYA 244LA 1L00A 144LA 1L85A 176LA 240LA 2RH1A 4I7MA 2NTHA 1L12A 1L13A 1L94A 1P36A 1L14A 251LA 1L59A 1L88A 2RB0X 1CV6A 1OYUA 1B6IA 4I7KA 3RZEA 1L57A 1L45A 1OV5A 4W56A 210LA 214LA 3NYAA 213LA 3C82A 252LA 249LA 147LA 1DYCA 1L22A 1NHBA 2RAZX 1CX6A 177LA 4ZPUA 4OO9A 1P64A 1C6IA 1PQKA 128LA 140LA 1L90A 2IGCA 1L53A 238LA 3GUKA 165LA 3GUOA 1L27A 3G3WA 114LA 1L51A 1ZYTA 1L31A 1LYIA 1L29A 1I6SA 3GUIA 1LLHA 3QAKA 152LA 1T97A 4EXMA 3PBLA 4S0WA 142LA 1P2LA 3DN3A 2OU0X 2L78A 1L81A 211LA 1L41A 1LGXA 2B6XA 1L11A 102LA 1TLAA 4I7RA 159LA 3DN6A 3HU9A 1CVKA 1LYFA 1C6DA 3OE0A 1L30A 1L93A 216LA 1CV4A 4ARMB 1KW5A 174LA 1C62A 2RAYX 3HUAA 4I7QA 1LWGA 3SN6R 1DYGA 2O4WA 156LA 1L0JA 3SB5A 1L03A 2OE4X 3G3XA 230LA 1L32A 1L76A 1L07A 1LYDA 3D4SA 3C80A 1L67A 1SSYA 2OE9X 118LA 3DKEX 164LA 1L01A 3DNAA 163LA 1OV7A 3EMLA 127LA 1L34A 4W54A 2F2QA 1L54A 218LA 1QTHA 2F47A 4EKQA 192LA 1LPYA 141LA 3CDOA 1G1WA 4I7TA 4EKRA 1C6HA 2HUMA 1C6JA 1C6MA 4LZMA 201LA 1C6AA 3DMVA 4K5YA 1OWYA 1CU6A 235LA 2HULA 4E97A 3HDEA 3GUJA 1L98A 1QT5A 4I7LA 1L18A 220LA 3G3VA 1T8FA 1CV3A 1G0LA 1L72A 4LDLA 4IAPA 1C6NA 1D3NA 2OU9A 2QARC 139LA 2O79A 1LWKA 195LA 1WTHA 217LA 1L02A 1G06A 1C67A 2NTGA 259LA 1L48A 4ARQA 1DYAA 3CDQA 4W51A 1L63A 186LA 2B75A 1C6QA 1L91A 1C63A 1L37A 1CUPA 109LA 1L15A 2RBQA 4W59A 2Q9DA 113LA 2A4TA 122LA 129LA 3C83A 1JTMA 3RUNA 4I7PA 187LA 1L65A 1D2YA 4W55A 149LA 1L39A 1L0KA 1L79A 1L66A 146LA 145LA 1P56A 232LA 162LA 191LA 1L04A 1L09A 172LA 1LGUA 1L96A 248LA 3HTBA 3C8RA 2ANXA 180LA 2O7AA 190LA 3V2WA 1QT3A 1L55A 161LA 2B72A 1L44A 1JQUA 2RBRA 1L60A 1L05A 4YXAC 1SX2A 3HU8A 3HH6A 3VW7A 3FI5A 2B6YA 104LA 2B73A 1QSBA 1L75A 4EPIA 1P7SA 1G0QA 3HTFA 1CU5A 2B74A 2F32A 4ARLA 3OE6A 1KW7A 166LA 262LA 3F8VA 3K2RA 1L74A 1C69A 155LA 1CTWA 224LA 4W58A 1KS3A 175LA 3DN1A 3HH5A 1G07A 4GRVA 1C6KA 225LA 2RBNA 107LA 2B6TA 212LA 1QUOA 3OE9A 1L43A 143LA 1QTCA 169LA 1OWZA 173LA 3PDSA 1CV1A 4W53A 1L16A 1OVKA 1XEPA 234LA 1LI6A 1PQIA 3L64A 2B6WA 1QTBA 178LA 3C8SA 1L92A 1QUDA 3DN2A 3FA0A 4ARPA 1L77A 1L36A 1P3NA 257LA 3ODUA 1L69A 1L49A 227LA 112LA 1C6LA 1L40A 237LA 1CV5A 3HDFA 170LA 3HH3A 1CV0A 171LA 2LC9A 1L84A 4I7NA 184LA 183LA 1L24A 2RBOA 1L62A 160LA 1L83A 1P2RA 1QS5A 1LGWA 1XJUA 1C6BA 1L23A 1ZWNA 3NY9A 1PQMA 196LA 219LA 1LI2A 188LA 1LW9A 1L47A 1QTDA 1P37A 1C6FA 1LYJA 261LA 2Z6BA 1LYEA 2Q9EA 197LA 1L95A 1CU2A 158LA 1KNIA 1DYDA 3CDRA 221LA 3HT9A 4EPFA 2LCBA 3DN4A 4ARQB 2B7XA 4I7OA 2CUUA 253LA 1OVHA 3L2XA 200LA 3GUMA 1L71A 3SBAA 3DMXA 3C7YA 167LA 1QS9A 4LDOA 1G0MA 1P5CA 1QT7A 236LA 3OE8A 1L86A 1T8GA 1CX7A 1L21A 1SSWA 1L61A 2OTYX 1G0PA 1C6TA 157LA 1L82A 2OU8A 229LA 1C65A 1SX7A 1L68A 1DYBA 2RB1X 4LDEA 4DKLA 3CDVA 3F9LA 242LA 1CUQA 1ZURA 3GULA 223LA 2ANVA 1L38A 4W52A 1L56A 3NY8A 3C81A 108LA 6LZMA 1L52A 4DAJA 2RBPA 222LA 3HUKA 1P6YA 3C7WA 3HT8A 1QTZA 1LI3A 4GBRB 241LA 1EPYA 2LZMA 1C68A 1QUGA 246LA 3JR6A 1L64A 1G0GA 3CDTA 7LZMA 198LA 2QB0B 120LA 4PJZA 2B70A 3LZMA 4ARJA 4EKSA 4EKPA 1L50A 1L08A 1L26A 1C6EA 130LA 1C6CA 185LA 1CU0A 1L10A 1D3MA 3HT7A 2OEAX 1L35A 1G0JA 4I7JA 1PQDA 226LA 1KY1A 199LA 258LA 231LA 1L70A 2RB2X 138LA 3HTGA 3SB9A 123LA 215LA 1QT6A 3SB6A 1C64A 1QSQA 3HT6A 1L20A 1P46A 3HUQA 151LA 1QT8A 247LA 4PK0A 245LA 3SB7A 4ARMA 3SBBC 1OVJA 3C7ZA 4DJHA 189LA 256LA 1C61A 1L06A 148LE 250LA 1QUHA 4EJ4A 2HUKA 125LA 4YXCA 1L89A 119LA 1L25A 3DN8A 205LA 206LA 1D2WA 1L33A 3GUNA 110LA 2OTZX 2RBSA 1D3FA 1D9WA 1LYHA 1C6PA 4AQNA 168LA 3V2YA 233LA 1L73A 1DYEA 1L46A 1SWZA 3HTDA 1L80A 137LA 1XJTA 4YX7C 260LA 150LA 1C66A 1G1VA 3SB8A 1T8AA 182LA 103LA 3DN0A 1CU3A 255LA 1LYGA 111LA 181LA 1C6GA 2OE7X 1L17A 1QT4A 3DMZA 1JTNA 3FADA 2B6ZA 1QTVA 209LA 3HWLA 3GUPA 115LA 1PQJA 1L99A 1T6HA 1L19A 3C8QA 3UONA 1G0KA 5I14A 228LA 4W57A 5LZMA 1K28A 1D3JA 1L42A 243LA 1L28A 1DYFA 254LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L58A 1L97A 126LA 2HEAA 4I7SA 3W6BA 1C60A 1IWUA 5HMVA 4DD7A 1UCOA 2YSSC 5LA8A 4GCDA 2NTHA 3A3RX 3F6ZA 3A6CY 1LYOA 1G7HC 1P36A 251LA 4MR1A 1GB5A 1L88A 4WLXA 3TXIA 1OYUA 1B6IA 1GB7A 3BKHA 3RZEA 1IIZA 1LZ9A 5DM9A 4J1AA 4DDBA 252LA 1DYCA 4WG1A 5FSTA 1HF4A 4BAPA 3CT1A 165LA 2BQJA 4I8SA 1L31A 5LYTA 1PS5A 1CJ6A 1T97A 4DD0A 4OOTA 3PBLA 5APCA 142LA 1QDRA 3AB6A 2L78A 1L41A 2B6XA 159LA 3HU9A 1CVKA 1L30A 4YEOA 1L93A 4GCFA 1G7LC 4GN5C 1YL0X 5J7CA 193LA 1XGPC 3CSRA 1CKCA 1REMA 3LHMA 1JKDA 2BLXA 2MEEA 1GPQC 2I25L 1LSGA 4OW1A 5IELA 4I0CA 1JJ0A 1YIKA 5LYMA 1SSYA 1GB8A 3EBAB 3B0IA 1OV7A 1NMMA 1NF5A 3WL2A 2F2QA 4RDSA 1LZ4A 1QTHA 4N1EI 1LZRA 1QSWA 1CNSA 4PRUA 4ETCA 1LSEA 4B4JA 1REZA 3CDOA 1VAUA 4TWSA 1B2KA 1RFPA 4GN4A 4XJBA 4E97A 1L98A 1QT5A 3VWOA 4HV2A 4DQJA 1G0LA 1ZVYB 1GE2A 3W6AA 1D3NA 1LAAA 2QARC 139LA 217LA 3W6CA 1UBZA 1UUZC 3TXBA 4ARQA 2YBHA 1L63A 1IOTA 1L37A 1TEWA 113LA 2A4TA 1JSEA 129LA 4OWBA 3TXGA 3C83A 4X3BA 3LZ2A 1JTMA 187LA 1L65A 4DYGA 1D0MA 1L79A 1GE3A 1FLUA 1L96A 248LA 4WO9A 3J6KA 4N5RA 5KXSA 1L55A 161LA 2B72A 6LYTA 1SX2A 5KXLA 1WQOA 1LSYA 1D6QA 3RW8A 104LA 1LJNA 2BQMA 1V7SA 1W6ZA 1G0QA 2LYOA 4H1PA 2B74A 1DXJA 166LA 3K2RA 1LJ3A 1C69A 1KS3A 5II3A 4WLDA 1C6KA 1BB4A 5LXWA 1UIAA 1YKZX 3AZ6A 4MCKA 3OE9A 3A8ZA 143LA 1QTCA 4UWUA 4M6DA 169LA 1XGQC 2F30A 4B49A 4H8XA 1CJ8A 1L16A 234LA 3WPLA 1LSBA 4YF2A 2W1XA 1KXXA 4G4HA 1QUDA 3DN2A 3FA0A 4WMGA 4ARPA 1EQ4A 1DI5A 1QTKA 227LA 112LA 1L40A 4R6CA 4LZTA 2DQIY 170LA 4R0FA 4E3UA 1LZSA 160LA 5C6LA 1LGWA 4ETBA 1LZNA 3B72A 1LMQA 4Z98A 1GF7A 3NY9A 196LA 219LA 1LW9A 4DQ5A 261LA 1LYEA 5LVJA 5E9RA 1CU2A 1KNIA 1WTMA 1AKIA 2ZQ4A 3AJNA 221LA 3HT9A 4ANRA 2DQAA 5F9XA 3GUMA 1B7QA 1GHLA 3M3UA 3C7YA 5B1GA 4NHTA 167LA 2ZNXY 4NGLA 135LA 1QT7A 236LA 1B9OA 3OE8A 4HJYA 1CX7A 4RW2A 4NGVA 1L61A 3B6LA 1YL1X 1SX7A 4TSBA 1OUDA 2MEGA 4N1CC 1ZURA 1LKSA 4YM8A 3NY8A 108LA 1GFTA 4DAJA 4NGYA 4WL7A 8LYZA 1IP2A 1KXYA 3LYZA 2FYDA 1GBZA 1HEQA 1J1XY 1LJEA 5E4PA 3JR6A 1L64A 1AM7A 5KXOA 1IP4A 198LA 3ATOA 4PJZA 4CGEA 1IORA 3LZMA 3T6UA 1L50A 4FDYA 130LA 1CU0A 2H9JA 1LHMA 199LA 231LA 2BQLA 1LSZA 2A7DA 4NG8A 5B07A 1QT6A 2AUBA 2BLYA 4MSTA 3HT6A 1L20A 5KXMA 4PK0A 245LA 5FEKA 1LZTA 189LA 1F10A 1L06A 4P2EA 4U3XB 3OK0A 4XJHA 3GUNA 2OTZX 1D9WA 4DDAA 4G9SA 1FN5A 1TBYA 2Z39A 1DYEA 1V7TA 4DD3A 1LJ4A 1GBYA 1GFKA 1L80A 1XJTA 150LA 1G1VA 4OOOA 4W96A 3SB8A 4GCBA 4NHPA 3DN0A 1DKKA 4H92A 181LA 1C6GA 4G4CA 1L17A 1JTNA 4LYTA 5KXYA 3GUPA 2G4PA 1LHKA 1IO5A 1HSXA 2FYCA 5T3FA 1OUFA 3WVXA 1IP1A 1D3JA 1GB9A 1L28A 2YBMA 1CKGA 3W3EA 1KY0A 1NBZC 4KXIA 1KXWA 2D91A 4B1AA 5DN4A 1GB0A 1IEEA 244LA 2MEBA 1L00A 144LA 2CDSA 4DC4A 240LA 2RH1A 4H9EA 4H9HA 1H6MA 3HFMY 1L59A 1BB5A 1CV6A 1JWRA 4NGJA 2HEBA 2MEAA 5F81A 4TX7A 3NYAA 1BB3A 1ZVHL 2YBIA 4HP0A 2BQNA 249LA 3A92A 1G7MC 3CT0A 5I53A 1XEKA 4ZPUA 4OO9A 1P64A 1C6IA 1B7NA 128LA 4LT0A 1L90A 2IGCA 3G3AB 2CJLA 3GUKA 4WM4A 1L27A 2WARA 114LA 1L51A 1ZYTA 3FI7A 4KPMA 3QAKA 1T3PA 5DN5A 3N9AA 211LA 5B06A 4WM5A 1L11A 1JKAA 1REXA 3EMSA 4J1BA 4LYBA 3AYQA 1D6PA 4CFPA 4Z46A 4ARMB 2RAYX 4I7QA 5I4YA 1UIEA 3LYMA 4RW1A 3SB5A 1IP6A 1B7OA 3G3XA 2GV0A 1L32A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L58 A;  1L97 A;  126L A;  2HEA A;  4I7S A;  3W6B A;  1C60 A;  1IWU A;  5HMV A;  4DD7 A;  1UCO A;  2YSS C;  5LA8 A;  4GCD A;  2NTH A;  3A3R X;  3F6Z A;  3A6C Y;  1LYO A;  1G7H C;  1P36 A;  251L A;  4MR1 A;  1GB5 A;  1L88 A;  4WLX A;  3TXI A;  1OYU A;  1B6I A;  1GB7 A;  3BKH A;  3RZE A;  1IIZ A;  1LZ9 A;  5DM9 A;  4J1A A;  4DDB A;  252L A;  1DYC A;  4WG1 A;  5FST A;  1HF4 A;  4BAP A;  3CT1 A;  165L A;  2BQJ A;  4I8S A;  1L31 A;  5LYT A;  1PS5 A;  1CJ6 A;  1T97 A;  4DD0 A;  4OOT A;  3PBL A;  5APC A;  142L A;  1QDR A;  3AB6 A;  2L78 A;  1L41 A;  2B6X A;  159L A;  3HU9 A;  1CVK A;  1L30 A;  4YEO A;  1L93 A;  4GCF A;  1G7L C;  4GN5 C;  1YL0 X;  5J7C A;  193L A;  1XGP C;  3CSR A;  1CKC A;  1REM A;  3LHM A;  1JKD A;  2BLX A;  2MEE A;  1GPQ C;  2I25 L;  1LSG A;  4OW1 A;  5IEL A;  4I0C A;  1JJ0 A;  1YIK A;  5LYM A;  1SSY A;  1GB8 A;  3EBA B;  3B0I A;  1OV7 A;  1NMM A;  1NF5 A;  3WL2 A;  2F2Q A;  4RDS A;  1LZ4 A;  1QTH A;  4N1E I;  1LZR A;  1QSW A;  1CNS A;  4PRU A;  4ETC A;  1LSE A;  4B4J A;  1REZ A; 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