1QSQA

Cavity creating mutation
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQAGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qsqA00
1L0KA 4EKRA 232LA 1C6FA 1L05A 2LCBA 3HWLA 223LA 3CDRA 2RAYX 4I7TA 195LA 3GUIA 1P56A 3C80A 1D9WA 247LA 119LA 1DYGA 1C6AA 1KW5A 3HUQA 173LA 1OWZA 4LZMA 144LA 2HUKA 3SB5A 235LA 1SSWA 1OYUA 1L59A 210LA 1L52A 4ARQA 1LPYA 1LGWA 197LA 3CDOA 1L88A 2NTHA 113LA 3SB6A 1L69A 1L81A 1L61A 3DN1A 3HDFA 1LLHA 1QUOA 4I7QA 4S0WA 4W57A 1L20A 1P64A 1QT4A 1C6QA 140LA 1LYJA 170LA 1L98A 1G0MA 1C6LA 2RB1X 2RBRA 1G1WA 1L01A 1L45A 3CDVA 145LA 1PQDA 2O7AA 1C60A 222LA 151LA 155LA 1L79A 1DYAA 1QT7A 3HT8A 168LA 1QTDA 234LA 3QAKA 3HH3A 1L66A 3GUPA 3OE0A 1L53A 1C63A 1G0QA 3RZEA 1C67A 167LA 217LA 216LA 1C6JA 3OE6A 1QTHA 1CU2A 1CX6A 1L70A 1L83A 1G0PA 3UONA 2NTGA 1G0JA 4ARMA 2HUMA 3F8VA 2ANXA 261LA 1L00A 1P36A 3CDQA 4W52A 138LA 125LA 2OE4X 4GBRB 161LA 1L91A 1C6DA 3HTDA 3SN6R 1CUQA 1L04A 1OWYA 1PQJA 1T6HA 2B70A 3K2RA 1D2YA 1L72A 1CV4A 1CV1A 240LA 189LA 3HTFA 3HT9A 131LA 182LA 3C8SA 177LA 1C6NA 233LA 252LA 1OVHA 1D3NA 1L18A 3CDTA 1L47A 219LA 3DMVA 212LA 1L33A 126LA 4E97A 1L67A 2Q9EA 4YX7C 118LA 1XJUA 1D3JA 3C7WA 2B7XA 1P7SA 112LA 1L93A 1L36A 3DN4A 1KNIA 1P6YA 186LA 1P46A 1P5CA 2F2QA 1L63A 1L30A 1SSYA 1L22A 3D4SA 1C64A 3DN6A 1LWKA 1L64A 1L89A 1C61A 1QTVA 236LA 1QT8A 258LA 1L03A 1L08A 2OU0X 127LA 1P2RA 215LA 142LA 1CUPA 1QS5A 257LA 146LA 1PQKA 1LI6A 1CV6A 2RB2X 3G3WA 3HH5A 1LYHA 158LA 1SX2A 3GUMA 141LA 148LE 3DN3A 1L15A 4LDOA 3C81A 1L76A 1QTCA 3DN8A 1L86A 1OVKA 3OE8A 180LA 1L85A 175LA 214LA 242LA 1L11A 1C6MA 1C6BA 1G0LA 2LZMA 1QT6A 3JR6A 209LA 1KW7A 1CVKA 1L92A 1C69A 115LA 1L71A 1T97A 251LA 3NYAA 1QT5A 245LA 3V2YA 2QB0B 1C62A 4I7PA 1ZURA 1L37A 3C8RA 1L12A 4I7MA 4DAJA 1QTBA 1L90A 2A4TA 3HTBA 1L24A 107LA 3HUAA 1QUDA 1L99A 1P37A 104LA 4W51A 229LA 2ANVA 1QUHA 1C6PA 4EKSA 3RUNA 110LA 259LA 1L94A 230LA 1C6IA 3FI5A 3PBLA 2Z6BA 1L09A 147LA 1L13A 4W58A 165LA 143LA 1C6GA 102LA 1CV0A 2F47A 2B6TA 228LA 120LA 4IAPA 4ZPUA 162LA 178LA 2RAZX 1C6EA 2RBSA 3C7YA 2F32A 1L16A 181LA 3NY9A 1L82A 1WTHA 1CTWA 149LA 255LA 3F9LA 1L62A 2RBNA 1LYDA 1L96A 157LA 211LA 3HU9A 1L49A 196LA 1L35A 2OEAX 3C82A 2O79A 1L28A 2O4WA 4OO9A 4EKPA 1D3FA 1CU0A 1DYCA 1LGUA 1LWGA 1PQIA 3HT7A 169LA 227LA 4I7RA 2RH1A 187LA 4EPFA 248LA 172LA 1L10A 3V2WA 226LA 1KY1A 239LA 254LA 221LA 3DMXA 3GULA 220LA 1L23A 1KS3A 128LA 4ARQB 156LA 160LA 1OVJA 238LA 244LA 130LA 137LA 1L95A 2QARC 246LA 1L65A 1LYFA 1CU3A 108LA 1L31A 1CV5A 1LYIA 1L54A 1EPYA 1L26A 3SB8A 7LZMA 152LA 1JTMA 2B6YA 3G3VA 114LA 1L44A 2B6WA 1L25A 4LDLA 3FADA 166LA 2OTZX 185LA 150LA 1L41A 1XJTA 1L14A 4W53A 198LA 1LGXA 1L42A 1XEPA 176LA 1SWYA 3HDEA 1P3NA 2RB0X 4PK0A 3L2XA 3PDSA 4ARJA 1QT3A 1L75A 4DJHA 4YXCA 2LC9A 3SB9A 1L06A 1L48A 1G0GA 1C6KA 2L78A 250LA 1DYDA 3EMLA 129LA 2RBQA 1L38A 3G3XA 253LA 190LA 1D2WA 243LA 1DYFA 3C8QA 2RBPA 3HT6A 103LA 3LZMA 4W59A 1PQMA 4ARLA 4ARMB 1OV5A 1L51A 123LA 3OE9A 3HUKA 1C68A 2Q9DA 1T8GA 3HTGA 1G1VA 262LA 163LA 3DKEX 4W55A 1L84A 4I7SA 2B6ZA 1L17A 2B74A 231LA 1C6HA 3DNAA 3DN2A 1L57A 164LA 1L80A 1LYEA 3GUOA 3GUKA 109LA 1KY0A 1TLAA 4I7LA 1LI3A 2OU9A 1PQOA 2OU8A 1L50A 184LA 139LA 1LI2A 1L0JA 2B6XA 1QS9A 3SBAA 200LA 4EPIA 1QSBA 205LA 206LA 1P2LA 218LA 4AQNA 111LA 4ARPA 2B72A 192LA 1L40A 1K28A 3SBBC 3VW7A 1ZYTA 1L43A 237LA 1SWZA 3NY8A 4DKLA 159LA 2B75A 3SB7A 2CUUA 1C65A 1C6TA 1L58A 1L56A 256LA 3HH6A 3L64A 3GUNA 3DN0A 1L68A 1DYEA 1C66A 1JQUA 174LA 2OTYX 1D3MA 1ZWNA 213LA 260LA 1QTZA 4W54A 1G06A 183LA 201LA 4PJZA 4W56A 6LZMA 1G07A 1NHBA 3DMZA 3GUJA 1L07A 1OV7A 1L60A 4EJ4A 1L21A 1JTNA 171LA 2OE9X 2OE7X 199LA 1SX7A 1L46A 1LYGA 3C7ZA 3C83A 1L02A 4LDEA 1L77A 4EKQA 225LA 4I7NA 191LA 3HU8A 2B73A 1DYBA 2IGCA 2RBOA 1L87A 3ODUA 3FA0A 1I6SA 1L55A 1C6CA 1CU6A 1CV3A 1CX7A 1QSQA 4I7KA 249LA 1L73A 1L27A 5LZMA 1L19A 4YXAC 4EXMA 5I14A 1T8FA 1LW9A 4I7JA 1L97A 4GRVA 3HH4A 241LA 1CU5A 1L34A 1L39A 1QUGA 1G0KA 1L32A 1T8AA 1L29A 1L74A 224LA 2HULA 1B6IA 4K5YA 4I7OA 122LA 188LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XJGA 232LA 2LCBA 3CDRA 2RAYX 3C80A 1DYGA 3HUQA 173LA 1OWZA 144LA 3SB5A 3OK0A 1IWXA 2CGIA 4ARQA 1LPYA 1WQMA 1LSBA 3CDOA 3D9AC 4HPEA 1B7OA 1L81A 1XGQC 1LLHA 1MLCE 5L3IA 1HEMA 1L20A 1C6QA 1LMCA 1LYJA 170LA 1UUZC 1YAPA 1G1WA 2DQCY 1LZDA 155LA 3HT8A 1QTDA 234LA 3LZTA 1JKBA 3QAKA 3W6DA 154LA 1IOTA 4H9AA 1WQQA 5I54A 167LA 3AW7A 1B7LA 1IR7A 3BKVA 5EBHA 1LSPA 3IJVA 1G0JA 2HUMA 1UIFA 135LA 261LA 1P36A 3RZ4A 1JWRA 4HTQA 4Z3MA 5L9JA 125LA 1MELL 4J7VA 161LA 1L91A 4LT2A 3EXDA 3EMSA 1CUQA 3SN6R 3VWOA 4N9RA 1DQJC 2MECA 1FLYA 1PQJA 2BPUA 2B70A 1IVMA 1L72A 4PHIA 5D5CA 1TAYA 4L41A 4H8ZA 182LA 3C8SA 1YANA 4GCEA 4HTNA 1C6NA 233LA 2YBMA 3A8ZA 4B0DA 3TMXA 1L47A 5LA5A 219LA 1IP7A 212LA 126LA 132LA 4DQ5A 2BQAA 2Q9EA 4NHPA 5HMJA 5I53A 4YX7C 3WUMA 1D3JA 3C7WA 3A6CY 2Y8PA 2F2QA 1GFEA 1L63A 1LMQA 5B05A 4MR1A 3D4SA 5KXKA 1QTVA 4ET8A 1BWIA 1QT8A 1UIGA 1IX0A 3CT1A 1WTMA 1CJ8A 1QS5A 5K7OA 4J1AA 2Z18A 4H9IA 5IDDA 2C8PA 5B07A 1BVKC 4ML7A 4DD2A 1LJKA 1LYHA 5KXMA 5APFA 4YF2A 2G4PA 4YM8A 4DD1A 2VB1A 1QT6A 3A90A 1LHMA 3JR6A 209LA 1KW7A 1L92A 1C69A 3NYAA 2MEIA 134LA 1C62A 2QB0B 5KXNA 3WU8A 1ZURA 4B4JA 1L37A 1L12A 1GF8A 4DAJA 1QTBA 3TXEA 1LAAA 4EKSA 2X0AA 4GCDA 1KXYA 4IASA 3AYQA 1GF0A 165LA 143LA 1JKDA 2ZQ3A 1CV0A 4IATA 2BLXA 1N4FA 1JTOL 5C6IA 4ZPUA 2RBSA 2F32A 1LZEA 1L16A 1B2KA 1L82A 2DQFC 2RBNA 2BQNA 1WQPA 4H91A 2OEAX 3P66A 1L28A 2D4IA 1F0WA 1D3FA 1QSAA 2D4JA 4DDBA 1LGUA 1LYSA 1O23A 5LA8A 2RH1A 187LA 1L10A 1G7MC 1LKSA 3V2WA 2BAAA 221LA 1GFVA 1JIYA 1YAMA 5A3EA 3A96A 1L23A 128LA 156LA 1OUFA 153LA 238LA 130LA 1L95A 2QARC 1BGIA 1IWVA 1LYFA 1CU3A 4GN5C 1LYIA 1D0KA 1IP4A 3SB8A 7LZMA 1LSEA 2B6YA 114LA 3AZ5A 4OOOA 1L25A 1NHEA 150LA 3AGHA 5LVIA 1LGXA 1L42A 176LA 1P3NA 1E8LA 1B7QA 1LSCA 2A7FA 1UICA 1L75A 4CGEA 1L48A 2CDSA 4M6DA 3WU9A 2CJLA 3EMLA 2RBQA 2D4KA 3A94A 4YENA 190LA 1DYFA 1WQOA 1OUEA 1A2YC 3RW8A 4ARMB 1D9UA 4KPMA 1I56A 1LSNA 4KXIA 123LA 3TMVA 5FDJA 5C6LA 3TXFA 1C68A 2Q9DA 4MSTA 3HTGA 3N9CA 4ZEEA 1IWZA 4I7SA 1JHLA 1L57A 1GFJA 3GUKA 4I7LA 1UA6Y 184LA 1QUTA 1LYOA 4D9ZA 3SBAA 4EPIA 3WXTA 2LZTA 3WXUA 4HPIA 208LA 4ARPA 5M1YA 192LA 4HSFA 2DQGY 1IORA 1GE3A 1JISA 159LA 1I1ZA 1C6TA 1DI5A 5T3FA 1DYEA 1OUHA 2CWIA 2OTYX 2XTHA 1D3MA 1NDGC 4B1AA 3CSZA 1IP3A 4W54A 1REYA 1HMKA 2LHMA 4PJZA 4TUNA 4W56A 5I4WA 1TEWA 3TMUA 1OV7A 1L60A 3M3UA 1JTNA 5C6JA 4DYGA 4Z41A 4NWHA 4GCFA 1W6ZA 1FLQA 3RT5X 4WLDA 1L02A 4LDEA 1DXJA 1IWYA 4I7NA 1DYBA 1XGPC 3ODUA 3FA0A 1NMMA 3WULA 1GAYA 2LYMA 1CV3A 1CX7A 1LOZA 1BB3A 2D91A 2EQLA 4H8YA 4LFPA 2YVBA 5KXSA 5I14A 1QDRA 4I7JA 1GF7A 3P4ZA 1GPQC 4GCCA 1QUGA 2F4AA 224LA 3A93A 1T8AA 2HULA 188LA 1L0KA 4IJ4A 1C6FA 4ANRA 1L05A 3HWLA 1OUBA 4BADA 4WG1A 1LSAA 247LA 1RI8B 4LZMA 4CFOA 2HUKA 4WLXA 1OYUA 4NHSA 1CJ9A 1AKIA 4NGYA 1LSZA 113LA 3SB6A 1IO5A 1L69A 1L61A 3DN1A 3N9AA 3HDFA 1FN5A 1QUOA 4I7QA 3QE8A 1P64A 2C8OA 1C6LA 2RB1X 1LJHA 4FJRA 1C60A 1L79A 1DYAA 1QT7A 3OE0A 3A91A 4NHQA 1RCMA 216LA 4NEBA 5APEA 1CU2A 1G0PA 3UONA 1GE1A 1HENA 3A92A 3F8VA 1HMLA 2MEEA 3CDQA 138LA 1J1OY 4GBRB 3TXKA 3HTDA 4H9EA 3AZ7A 4N8ZA 1OWYA 5HLLA 1LZBA 1D2YA 1CV1A 1OVHA 1D3NA 1L33A 2DQIY 4NGOA 4RLNA 1RE2A 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1OUCA 2I26L 1HEOA 4R0FA 4W53A 3WUNA 1VFBC 3B0OA 1LJNA 4PK0A 5J7CA 5LIOA 4ARJA 5KKIA 1QT3A 4DJHA 2Z2EA 2DQDY 1G7JC 1JKAA 4WM4A 3CT5A 1GB6A 4ET9A 4NWEA 4G4BA 1F6RA 129LA 5JENB 1VDSA 3G3XA 253LA 2LYOA 1UIHA 2RBPA 4NGJA 4H1PA 4LYCA 3GXKA 4EMNA 4QY9A 4CJ2A 1OV5A 3QY4A 1UIAA 1L51A 2HEDA 2F4GA 4QEQA 1B7PA 262LA 2BQEA 163LA 5AMYA 2B74A 3N9EA 3DNAA 1TDYA 1L80A 5A3ZA 4ETCA 4DDCA 3A3RX 1GXXA 2BQLA 1LI2A 1L0JA 4PRQA 1HFZA 1WQNA 1GWDA 206LA 1LTMA 4WL7A 218LA 1YIKA 3A3QA 4AQNA 4DD0A 111LA 1LZAA 4UWVA 5LYTA 4OWEA 1CKGA 8LYZA 3SBBC 3VW7A 4EOFA 1GXV2 1LZGA 1ZYTA 1IEEA 1L43A 4DKLA 1GB2A 1L58A 3HH6A 1LJJA 1LJEA 1JTTL 4OWHA 2BQGA 1FKVA 4NSGA 213LA 1D6PA 1GFTA 1B7NA 4G4HA 1GBXA 4OOTA 4H9FA 183LA 5FELA 6LZMA 4RLMA 1LZSA 4BS7A 5LYZA 4B4EA 171LA 1GFRA 2OE9X 1IY4A 1LYGA 4EKQA 225LA 4TSBA 4WM3A 4H92A 1UC0A 3B72A 2B73A 2H9JA 1KXWA 1LJFA 4I7KA 1L73A 1L27A 1L19A 4YXAC 4EXMA 2I6ZA 2H9KA 1T8FA 1LW9A 1GDXA 1LHKA 4WM1A 3HH4A 1VDTA 1GFHA 1CU5A 5LAGA 4XJDA 2F30A 3W6AA 1G0KA 4K5YA 1L74A 2HECA 1GBYA 2Z12A 3A67Y 122LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4XJG A;  232L A;  2LCB A;  3CDR A;  2RAY X;  3C80 A;  1DYG A;  3HUQ A;  173L A;  1OWZ A;  144L A;  3SB5 A;  3OK0 A;  1IWX A;  2CGI A;  4ARQ A;  1LPY A;  1WQM A;  1LSB A;  3CDO A;  3D9A C;  4HPE A;  1B7O A;  1L81 A;  1XGQ C;  1LLH A;  1MLC E;  5L3I A;  1HEM A;  1L20 A;  1C6Q A;  1LMC A;  1LYJ A;  170L A;  1UUZ C;  1YAP A;  1G1W A;  2DQC Y;  1LZD A;  155L A;  3HT8 A;  1QTD A;  234L A;  3LZT A;  1JKB A;  3QAK A;  3W6D A;  154L A;  1IOT A;  4H9A A;  1WQQ A;  5I54 A;  167L A;  3AW7 A;  1B7L A;  1IR7 A;  3BKV A;  5EBH A;  1LSP A;  3IJV A;  1G0J A;  2HUM A;  1UIF A;  135L A;  261L A;  1P36 A;  3RZ4 A;  1JWR A;  4HTQ A;  4Z3M A;  5L9J A;  125L A;  1MEL L;  4J7V A;  161L A;  1L91 A;  4LT2 A;  3EXD A;  3EMS A;  1CUQ A;  3SN6 R;  3VWO A;  4N9R A;  1DQJ C;  2MEC A;  1FLY A;  1PQJ A;  2BPU A;  2B70 A;  1IVM A;  1L72 A;  4PHI A;  5D5C A;  1TAY A;  4L41 A;  4H8Z A;  182L A;  3C8S A;  1YAN A;  4GCE A;  4HTN A;  1C6N A;  233L A;  2YBM A;  3A8Z A;  4B0D A;  3TMX A;  1L47 A;  5LA5 A;  219L A;  1IP7 A;  212L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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