1QTDA

The introduction of strain and its effects on the structure and stability of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEWAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qtdA00
1C6KA 176LA 1C6TA 245LA 166LA 1CU2A 4I7TA 3SB9A 4AQNA 1P7SA 1L51A 1L90A 2RAYX 230LA 3GUPA 1CX7A 2LZMA 1L20A 158LA 3V2YA 255LA 4DAJA 1G06A 1LI6A 1L02A 4LDOA 1C6IA 1L57A 3DMVA 3NYAA 5I14A 3HDFA 1WTHA 223LA 155LA 3HU9A 1L72A 210LA 3FI5A 4ARLA 1LI3A 3CDOA 1C61A 1G0LA 2B6TA 3RUNA 1KY0A 217LA 237LA 120LA 228LA 1G0KA 1D9WA 4W57A 1I6SA 262LA 3HT6A 190LA 115LA 1P46A 1QS9A 1ZWNA 4I7OA 122LA 1L50A 1LYHA 1L05A 1P6YA 1OVKA 1D2WA 257LA 3G3WA 3OE9A 1L88A 254LA 1P3NA 3FADA 1LYDA 2F32A 162LA 1C66A 1OWYA 248LA 3EMLA 6LZMA 1G07A 1G0JA 150LA 1L87A 1DYDA 1C6DA 1DYEA 4LDLA 1D2YA 164LA 1C6LA 214LA 3G3VA 2RBPA 1C6EA 1PQIA 4S0WA 3DNAA 3G3XA 1LWGA 4ZPUA 147LA 1OWZA 1T97A 3GUIA 177LA 3UONA 1C67A 1L58A 242LA 1G0QA 1L85A 3CDQA 256LA 249LA 2NTGA 1K28A 2B6XA 1L34A 1G1VA 243LA 2RB0X 3GUNA 2B6ZA 1QSBA 129LA 2L78A 170LA 1KY1A 4ARJA 183LA 231LA 2LC9A 1JTMA 1L83A 2B74A 4GRVA 109LA 261LA 4E97A 2Q9EA 2OE4X 102LA 1C6BA 2OTZX 1L79A 1L09A 3DMZA 4W55A 1L96A 1T8FA 4I7MA 143LA 1L70A 1ZURA 1QT4A 7LZMA 215LA 4EKPA 1CU6A 172LA 2OE9X 1D3FA 3OE6A 160LA 1QTCA 1L84A 169LA 1L13A 2OU9A 4EPIA 4W52A 1L76A 4EKRA 1L06A 1QT7A 3DN8A 238LA 4EKQA 2CUUA 3L64A 104LA 5LZMA 1PQJA 3C8RA 2NTHA 3GUMA 4W56A 1L36A 236LA 173LA 1CV5A 1QT6A 3VW7A 1L93A 226LA 3PDSA 1L61A 1C68A 1L18A 1DYBA 1L27A 1LYIA 1L00A 3K2RA 252LA 1C63A 4W53A 211LA 3HT8A 3SB8A 192LA 3DN0A 3HUQA 1CVKA 148LE 3GUKA 1LGXA 1L37A 1L11A 209LA 178LA 1LYJA 1PQMA 2RBOA 3HT9A 1D3JA 1L24A 221LA 1L23A 1L17A 1L98A 2ANVA 2O7AA 253LA 157LA 1L14A 123LA 1DYAA 222LA 1L56A 2RBSA 1CV6A 213LA 185LA 1L92A 3GUOA 3F8VA 3CDVA 4W58A 198LA 4PK0A 239LA 2B73A 1CU5A 113LA 1L30A 3SBAA 1XJTA 247LA 3GUJA 174LA 108LA 2A4TA 130LA 1L08A 4PJZA 182LA 206LA 111LA 3C82A 127LA 2RB2X 3DKEX 1T6HA 1QUDA 3FA0A 227LA 1JTNA 128LA 1T8GA 2RB1X 1SSWA 2B75A 1D3MA 3C81A 2OU8A 4IAPA 1L10A 189LA 1LW9A 1L71A 197LA 1LGUA 1L86A 2ANXA 1L47A 1C6QA 4EJ4A 244LA 2B7XA 3CDTA 4I7KA 1L46A 2RH1A 3HDEA 1L68A 246LA 1C62A 234LA 1XJUA 3PBLA 2Q9DA 1P64A 112LA 1CUPA 1L41A 3JR6A 1TLAA 1L01A 1P37A 1L60A 1G0MA 1L81A 3OE0A 1L74A 3C7WA 1DYFA 1C65A 3SB7A 1L66A 1QUGA 137LA 1L29A 140LA 225LA 4I7PA 1L52A 1L21A 1L33A 2OTYX 3HTBA 4GBRB 3C8QA 156LA 131LA 1L97A 1LWKA 163LA 145LA 195LA 1P5CA 3HWLA 3SB5A 1L53A 3L2XA 1G0GA 1L44A 4EXMA 1QSQA 1QUHA 1L69A 201LA 1L54A 168LA 3DN3A 110LA 1L12A 3HTGA 1SX7A 1LGWA 1L75A 1C6CA 1CV1A 200LA 114LA 1PQDA 2RAZX 4EPFA 1DYGA 2B70A 4YXCA 3HT7A 3DN2A 4I7JA 1QT3A 1C6PA 196LA 1L39A 1L0JA 118LA 1P2LA 1KS3A 2IGCA 219LA 4ARPA 1QT8A 4LDEA 1C69A 1CV4A 218LA 149LA 3HH4A 1L65A 1SWZA 250LA 1L80A 184LA 1L22A 1L04A 4ARQB 186LA 4ARQA 4I7LA 1L55A 1CU0A 1CU3A 1DYCA 1KW5A 165LA 1L77A 1LI2A 199LA 1KNIA 2HULA 1L38A 2HUKA 3QAKA 1QTZA 2Z6BA 216LA 4W54A 1L40A 1LPYA 1QTVA 3C7ZA 1L48A 2QB0B 1C60A 161LA 187LA 2O4WA 159LA 2QARC 3CDRA 1CV3A 1P2RA 2RBNA 3NY9A 1G0PA 2B6YA 1LYGA 2F2QA 3RZEA 2OEAX 1SX2A 1D3NA 1P56A 220LA 1C6MA 1C6JA 1L82A 191LA 1L42A 2O79A 1L45A 251LA 107LA 2LCBA 4LZMA 3DN1A 1L16A 3F9LA 1L19A 3ODUA 3DN6A 1EPYA 3HTDA 3OE8A 2B6WA 1L94A 2F47A 241LA 142LA 3C80A 3SB6A 1CTWA 125LA 188LA 1C6AA 1B6IA 1CUQA 212LA 151LA 1L35A 1L91A 229LA 4ARMB 4ARMA 1QTDA 1G1WA 2RBRA 1L32A 1QUOA 3NY8A 1NHBA 1PQKA 1P36A 2RBQA 1L07A 1L95A 1L62A 4EKSA 1L31A 3SBBC 259LA 4K5YA 1OVJA 1C6GA 1OYUA 139LA 3HUAA 1L63A 4YXAC 1L26A 3HUKA 1L67A 119LA 3D4SA 175LA 1L59A 205LA 1QTHA 1L43A 181LA 4I7RA 4YX7C 232LA 1L89A 4I7QA 1L28A 1L99A 1L0KA 1L25A 3HU8A 146LA 260LA 1CX6A 2OU0X 2B72A 1QS5A 4W51A 4I7SA 152LA 1T8AA 235LA 1C6HA 4DJHA 1SWYA 1PQOA 1QTBA 3GULA 3HH6A 3HH5A 3DMXA 4DKLA 1SSYA 1LLHA 3C83A 1LYFA 1CV0A 1L49A 1OV5A 171LA 258LA 240LA 3V2WA 1C6NA 224LA 3DN4A 1XEPA 4W59A 1KW7A 1QT5A 167LA 3LZMA 1JQUA 144LA 1L73A 1OVHA 3C7YA 103LA 4OO9A 3SN6R 1C64A 4I7NA 1ZYTA 3C8SA 1L03A 3HH3A 1OV7A 1C6FA 1L15A 2OE7X 138LA 1LYEA 3HTFA 126LA 233LA 141LA 2HUMA 1L64A 180LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IR8A 1GE1A 1JTTL 4WL7A 4NHIA 3SB9A 4WOAA 4MSTA 1V7TA 1L90A 1FLQA 1CX7A 3WXUA 2MEBA 1UACY 2CGIA 1UUZC 4DAJA 5A3EA 1YAOA 1L02A 1RJCB 4J1BA 3NYAA 5I14A 2BQGA 3HFMY 4NSJA 1I1ZA 4GCEA 3FI5A 4G49A 2MEFA 3CDOA 237LA 5HNLA 1HC0A 228LA 1I6SA 1P46A 4M6DA 4N9RA 1PZYA 1IWTA 3G3WA 4LT1A 1GB7A 3OE9A 1LHIA 2ZYPA 1P3NA 3WUAA 1LYDA 248LA 4WLDA 1G07A 150LA 1NBZC 1L87A 1DYDA 4IATA 1B2KA 4LDLA 1HMLA 4DQJA 4B49A 3G3VA 4S0WA 4LYMA 1LWGA 4ZPUA 5LVIA 1LMNA 147LA 177LA 3UONA 2YBLA 2PC2A 242LA 3CDQA 1GB9A 1K28A 1LSCA 2B6XA 3LHMA 170LA 1JTPL 5ILFA 183LA 5DN4A 1HMKA 4GRVA 1IOQA 2BQMA 1BB7A 102LA 1C6BA 1NDMC 1T8FA 1YAMA 143LA 1YL0X 3A34A 2BLXA 215LA 1LJ4A 4OWEA 1D0MA 1D3FA 3OE6A 4NHPA 1QTCA 1IIZA 169LA 1XGUC 4W52A 5KXRA 1JSEA 3W6DA 3A93A 1QT7A 238LA 4EKQA 1REZA 1FBIX 2CUUA 3L64A 4W56A 1WTNA 1B5VA 5FELA 1B7PA 1YKZX 4LYTA 4J1AA 1L61A 5J7CA 1C68A 1ZVYB 1L27A 1GE0A 1LYIA 1L00A 1C7PA 252LA 1AT5A 1IP4A 1IOTA 211LA 3HUQA 3IJUA 2EPEA 3GUKA 4HSFA 1LGXA 4B4EA 1JKAA 3HT9A 1SQ2L 2RBOA 1GF5A 1IX0A 1L23A 4P2EA 2MEIA 5LAFA 1GPQC 1DYAA 222LA 3A8ZA 2RBSA 213LA 4WM2A 3T6UA 2ZILA 1JKDA 4LT3A 247LA 3DKEX 127LA 1T6HA 3FA0A 1AM7A 1KXWA 1Z55A 2LZTA 4N8ZA 1L10A 4LYOA 1L71A 1L86A 2B7XA 3HBDA 2HEFA 4QEQA 4DWXA 2RH1A 4RDSA 4PHIA 1LSZA 4TWSA 1CJ7A 1P64A 112LA 4NSHA 1XFPL 1L01A 5KJ9A 3OE0A 1VDSA 4LYCA 3LYMA 5KXYA 1UBZA 1LHHA 3WPJA 1L33A 1YROA 3WVXA 1B5YA 4OWCA 2OTYX 2LYZA 4HPEA 4Z41A 4GBRB 1LWKA 145LA 3P64A 1FN5A 3SB5A 1G0GA 1GBZA 4TSBA 1HFXA 3WW6A 4CJ2A 2HUBA 4BS7A 1LZTA 4GN3A 1GFHA 3A3RX 1C6CA 1LYOA 3TMUA 114LA 1PQDA 1HNLA 4EPFA 1GFGA 1IR9A 1LHKA 4YXCA 3HT7A 3DN2A 1L39A 1P2LA 1KS3A 4ARPA 1LZSA 4LDEA 1CKHA 1JUGA 1JHLA 1MELL 1LSPA 1SWZA 1NBYC 1CKCA 5DM9A 1L22A 1L04A 5KKIA 2RSCA 1GBYA 4I7LA 1UIDA 1L55A 1IORA 1IWWA 1CU3A 1L77A 2BQIA 3WU7A 4H91A 1OUEA 1L38A 1LZ5A 2C8OA 216LA 1JPOA 1F6RA 187LA 3A95A 4N5RA 159LA 1EQ5A 3CDRA 1CV3A 132LA 1UIBA 1SX2A 3N9EA 135LA 1GB0A 1C6JA 1GFUA 4X3BA 3SP3A 2O79A 4AGAA 4NGWA 107LA 4NG1A 5APDA 3F9LA 1L19A 1G7IC 2DQHY 3DN6A 1LZCA 5FEKA 3OE8A 2HU1A 241LA 3LYOA 5LA5A 4HJZA 1IO5A 2NWDX 1CUQA 4ARMA 1QTDA 1G1WA 4TTDA 4HPIA 2BQBA 2BPUA 3FI7A 1L07A 1L95A 1KIPC 4G9SA 4KT3A 259LA 5KXNA 1FDLY 194LA 1OVJA 1OYUA 4TSCA 1DPWA 1LZEA 5K7OA 1L67A 1TDYA 2Z2FA 2ZNWY 175LA 2HTXA 4YEMA 1L43A 4KXIA 2FYDA 3M3UA 4I7RA 1B5UA 4UWUA 1L28A 3HU8A 5E9RA 146LA 1GF4A 1GAYA 4R0FA 4XJHA 1LZBA 1QDTA 152LA 3W6AA 235LA 3WW5A 1QTBA 4N1EI 4HJVA 3B72A 1UIGA 5FCPA 3DMXA 4DKLA 4OW1A 3C83A 1RI8B 1GBSA 1L49A 171LA 258LA 1B5XA 1OUBA 1XEPA 1J1OY 1CKGA 4HTKA 5FHWA 3TXFA 1DI4A 5L3IA 144LA 1L73A 1OVHA 4NGKA 1XSFA 3C7YA 1OUIA 5KXMA 2YSSC 4MCKA 4DD9A 1LZ1A 4YM8A 2Z37A 1C6FA 1HEMA 3M18B 4DDBA 1TAYA 1C6KA 176LA 1IP3A 1LJHA 4IJ4A 4I7TA 1CU2A 5F9UA 4ETBA 4IASA 2FBDA 4C3WA 5I4YA 2LZMA 1OUJA 3WH1A 1G06A 3QE8A 1JIYA 2FYCA 1WTHA 155LA 1LMQA 154LA 1REMA 1LSYA 4KL7A 4ARLA 1C61A 1G0LA 3RUNA 1GF7A 1KY0A 217LA 1G0KA 3CT0A 1GFJA 4WMGA 1QS9A 1IP2A 1ZWNA 122LA 1LSEA 1P6YA 1D2WA 4KPMA 257LA 1RE2A 3BKVA 2F30A 1LSBA 2IHLA 1FLWA 1C66A 1OWYA 2F32A 4PRUA 2D4IA 1DYEA 3W6FA 1LJFA 4ZEEA 164LA 3G3XA 134LA 1OWZA 1T97A 1V7SA 4M4OA 5D5CA 1C67A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IR8 A;  1GE1 A;  1JTT L;  4WL7 A;  4NHI A;  3SB9 A;  4WOA A;  4MST A;  1V7T A;  1L90 A;  1FLQ A;  1CX7 A;  3WXU A;  2MEB A;  1UAC Y;  2CGI A;  1UUZ C;  4DAJ A;  5A3E A;  1YAO A;  1L02 A;  1RJC B;  4J1B A;  3NYA A;  5I14 A;  2BQG A;  3HFM Y;  4NSJ A;  1I1Z A;  4GCE A;  3FI5 A;  4G49 A;  2MEF A;  3CDO A;  237L A;  5HNL A;  1HC0 A;  228L A;  1I6S A;  1P46 A;  4M6D A;  4N9R A;  1PZY A;  1IWT A;  3G3W A;  4LT1 A;  1GB7 A;  3OE9 A;  1LHI A;  2ZYP A;  1P3N A;  3WUA A;  1LYD A;  248L A;  4WLD A;  1G07 A;  150L A;  1NBZ C;  1L87 A;  1DYD A;  4IAT A;  1B2K A;  4LDL A;  1HML A;  4DQJ A;  4B49 A;  3G3V A;  4S0W A;  4LYM A;  1LWG A;  4ZPU A;  5LVI A;  1LMN A;  147L A;  177L A;  3UON A;  2YBL A;  2PC2 A;  242L A;  3CDQ A;  1GB9 A;  1K28 A;  1LSC A;  2B6X A;  3LHM A;  170L A;  1JTP L;  5ILF A;  183L A;  5DN4 A;  1HMK A;  4GRV A;  1IOQ A;  2BQM A;  1BB7 A;  102L A;  1C6B A;  1NDM C;  1T8F A;  1YAM A;  143L A;  1YL0 X;  3A34 A;  2BLX A;  215L A;  1LJ4 A;  4OWE A;  1D0M A;  1D3F A;  3OE6 A;  4NHP A;  1QTC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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