1QTVA

T26e apo structure of t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYEIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of the conversion of T4 lysozyme into a transglycosidase by reengineering the active site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords PROTEIN (T4 LYSOZYME)
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qtvA00
3CDQA 1L68A 1C60A 4EPIA 4PK0A 1JTNA 1L47A 1P64A 3F9LA 1QSQA 147LA 174LA 131LA 1L29A 1LLHA 3HT7A 1QTDA 2CUUA 3HU8A 129LA 1L93A 112LA 2QARC 2RAZX 2L78A 1ZWNA 1L62A 143LA 4I7SA 180LA 187LA 191LA 1C67A 215LA 3HUQA 4YXCA 1DYBA 1CX6A 1L00A 3C82A 3CDRA 1C6BA 1LW9A 1DYDA 1QTCA 245LA 226LA 1LWKA 118LA 223LA 6LZMA 1G0MA 3F8VA 232LA 3G3VA 235LA 1L92A 1C6QA 1SX7A 3GUJA 1C6JA 1L48A 1L17A 1L67A 1QT8A 1QS5A 3HWLA 1L13A 3RZEA 137LA 1L76A 146LA 185LA 4I7RA 2RBPA 1G06A 250LA 224LA 4ARMA 3OE8A 1L88A 5I14A 184LA 1CV6A 4PJZA 1I6SA 1DYEA 1L16A 1L66A 3DKEX 169LA 1L27A 2B74A 4ZPUA 2LC9A 1QTBA 4I7KA 4ARQA 1QT6A 1L56A 2HUKA 1L07A 3C81A 225LA 1C6MA 1L94A 1OWYA 140LA 1L28A 4I7NA 1SWYA 3VW7A 1KNIA 148LE 1C6CA 2OU8A 1D2WA 249LA 1L79A 3NY8A 1QUHA 3GUOA 3FADA 1L09A 3C7WA 4I7JA 1L70A 1L23A 3RUNA 3HTDA 4LDLA 1L20A 166LA 214LA 1L73A 139LA 4ARLA 3HT9A 234LA 2OTZX 236LA 188LA 155LA 1L34A 1L10A 1P46A 1QSBA 3HH5A 1L19A 158LA 1L12A 3SBBC 2NTGA 246LA 1CVKA 1K28A 192LA 1L82A 125LA 159LA 1L21A 227LA 1L11A 1L81A 3EMLA 1G0KA 1L38A 2RBNA 138LA 1LYJA 1G0LA 3ODUA 1L14A 231LA 230LA 2RBRA 1L98A 1L05A 1L53A 1L42A 3OE6A 4I7TA 122LA 211LA 195LA 2F2QA 206LA 220LA 1C6KA 4I7MA 123LA 1L84A 1XJTA 3OE9A 1C6AA 1G1WA 4W55A 170LA 3V2WA 190LA 2LCBA 212LA 2O7AA 1L03A 176LA 144LA 3JR6A 1KY1A 1L58A 1NHBA 2B75A 3PDSA 201LA 4W53A 2HUMA 4EKPA 3SBAA 142LA 1DYAA 1L32A 3C7ZA 107LA 1C64A 1L41A 261LA 1EPYA 3HUKA 3GUPA 3HH4A 2B6XA 4W52A 1CU2A 217LA 1L54A 1PQKA 3CDTA 1L60A 1OVHA 3SB5A 1SSYA 1L26A 1L51A 1L36A 1D3FA 3QAKA 3PBLA 1OWZA 4EJ4A 152LA 1KY0A 1L71A 3C8QA 1L35A 163LA 2QB0B 1L24A 1L69A 219LA 3GUKA 4GBRB 7LZMA 1QT3A 1L22A 1CV1A 2O79A 128LA 4DJHA 162LA 1L97A 3HH6A 4OO9A 1L18A 3HUAA 244LA 1LYHA 259LA 3UONA 197LA 2B6TA 145LA 4DKLA 1PQJA 3K2RA 1T97A 1SX2A 205LA 3SN6R 2A4TA 3FA0A 2Q9EA 1D3MA 3DN2A 4I7LA 1LWGA 110LA 1LI3A 1C6EA 1C6IA 102LA 1CUQA 1QUGA 160LA 177LA 1L65A 2B72A 1L25A 1LGXA 2B6YA 3HTGA 1CU0A 126LA 1ZURA 1L50A 1L63A 168LA 2ANXA 1G1VA 1QTZA 1L90A 1L91A 3CDVA 130LA 1L89A 247LA 4W54A 1D3JA 1P2LA 1P36A 251LA 1QS9A 164LA 3HU9A 228LA 186LA 198LA 1L0JA 120LA 1L74A 3OE0A 119LA 1PQDA 4IAPA 2NTHA 1L77A 4I7PA 3NY9A 3DN6A 182LA 114LA 1D2YA 1G0PA 1QT4A 210LA 3LZMA 199LA 1C6DA 221LA 1QUOA 3DMXA 1D9WA 1C6HA 2O4WA 2B70A 1L59A 1QT5A 229LA 3G3XA 4ARPA 1L86A 1B6IA 1L01A 104LA 2RBQA 1L99A 4W51A 151LA 1G0QA 3G3WA 1CU3A 4LDOA 1CU6A 3SB6A 4W58A 4YX7C 1C61A 2RH1A 2OU9A 1P6YA 1L04A 1L49A 3NYAA 4LDEA 1LI2A 1L96A 1C6TA 237LA 1C6LA 1L52A 1L55A 1PQIA 3L2XA 4ARMB 3C83A 181LA 4K5YA 3GULA 1L06A 260LA 1L87A 1L61A 254LA 2OTYX 150LA 1T8AA 4W59A 216LA 1QUDA 141LA 1CTWA 4DAJA 1QT7A 178LA 171LA 4ARQB 1L45A 1L44A 1P2RA 1C6NA 3HTBA 2F32A 1ZYTA 103LA 1LYEA 2RBSA 2RB0X 1DYCA 1P7SA 1XJUA 3L64A 2RB1X 1P56A 4I7OA 4EKSA 4GRVA 2RBOA 3HT6A 4E97A 1L80A 4YXAC 248LA 1C68A 1C6FA 1LYGA 1LI6A 1L08A 3SB7A 3V2YA 1L02A 1L37A 2B7XA 213LA 2B6ZA 1JQUA 156LA 113LA 1G0GA 1P5CA 3DN3A 2Z6BA 3CDOA 2B6WA 1C62A 1QTVA 1L43A 1SSWA 1G07A 1DYFA 257LA 4W57A 3DMZA 3C80A 108LA 111LA 209LA 1L95A 3GUMA 1LGUA 2IGCA 242LA 3C8SA 1OYUA 1L75A 1WTHA 4W56A 1L85A 2Q9DA 189LA 165LA 1CU5A 243LA 3HDEA 3HH3A 3HDFA 200LA 1C6GA 1KW7A 1LYIA 4EKRA 1D3NA 1L83A 222LA 1JTMA 149LA 1CV3A 2RB2X 1CV5A 1C66A 3GUNA 4ARJA 253LA 1KW5A 2OE7X 1PQMA 1CUPA 1LYFA 2OE4X 115LA 1T6HA 4EKQA 1L30A 2LZMA 1T8GA 1XEPA 3DN8A 1CV4A 1KS3A 1L15A 3DN4A 172LA 1L72A 1SWZA 1P37A 1L31A 161LA 183LA 1L33A 1OVKA 241LA 196LA 258LA 4EXMA 1L46A 3DN0A 1TLAA 1T8FA 4AQNA 127LA 4EPFA 175LA 3DN1A 1QTHA 3C8RA 3FI5A 3C7YA 1OVJA 1C6PA 2OE9X 157LA 262LA 167LA 1C65A 1L40A 240LA 3DMVA 2HULA 2F47A 1L39A 1LYDA 1CX7A 3GUIA 255LA 4S0WA 1L57A 5LZMA 3D4SA 252LA 109LA 1C63A 2B73A 1LGWA 1L0KA 2RAYX 3SB9A 1DYGA 2OU0X 3DNAA 218LA 3HTFA 4I7QA 256LA 1G0JA 1PQOA 173LA 1CV0A 3HT8A 1OV7A 238LA 1C69A 239LA 1LPYA 1OV5A 2OEAX 4LZMA 1L64A 233LA 1P3NA 3SB8A 2ANVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L68A 1CKCA 1AT6A 5FCPA 4UWVA 2YVBA 4G49A 1JTNA 1P64A 1QSQA 131LA 1LLHA 2A7FA 2CUUA 2HU3A 129LA 4NSJA 112LA 1LZTA 2QARC 2BQHA 1G7MC 1IC4Y 4DDAA 4II8A 2DQEY 4H9AA 180LA 191LA 4YXCA 3AB6A 4OWBA 1B5UA 1CX6A 3EBAB 4DD1A 4ETEA 3AZ7A 1DYDA 4GCBA 118LA 4DDCA 4WLTA 3A96A 1B0DA 5JENB 3T36A 3TXIA 5KKJA 232LA 2MECA 1L92A 4EMNA 4YOPA 2W1MA 3J4GA 5F14A 3WVXA 2FYDA 1QDRA 1GXV2 3WPJA 4ET8A 2G4NA 2BQAA 2MEHA 4B49A 1LHLA 1ZV5L 4RLMA 3OE8A 1CV6A 1D0KA 1L16A 169LA 1WTNA 1LSYA 2B74A 4ZPUA 1YROA 2YBMA 2MEFA 4I7KA 3AZ4A 1HMKA 4NSHA 3EO5A 3LN2A 2HUKA 225LA 2BQFA 3B0IA 1L28A 4E3UA 2HU1A 4GLAA 1C6CA 4HJYA 1D2WA 1BB3A 1QUHA 4LT1A 1UUZC 1FLWA 3FADA 4TSBA 3HBHA 1XGUC 3HTDA 166LA 4H8ZA 5LIOA 1B7LA 1GEVA 4ML7A 1L34A 4DQ7A 1L10A 3WU8A 3SBBC 2NTGA 3B0KA 3B72A 4TTDA 246LA 4WM6A 3T6UA 1CVKA 3A92A 2ZIKA 3RNXA 1LHJA 4NGZA 4H94A 3W6CA 227LA 1G0KA 1CNSA 2YBIA 2RBNA 4A7DA 3ODUA 1L98A 1L53A 1L42A 3TXJA 1QSWA 122LA 211LA 195LA 1LZ5A 1GB8A 1XJTA 2ZWBA 3OE9A 1G1WA 170LA 2DQJY 2BQEA 2LHMA 176LA 2F4AA 3LHMA 3PDSA 1XSFA 201LA 1QUTA 4EKPA 1DYAA 3C7ZA 107LA 1L41A 261LA 4R6CA 1LJGA 2IHLA 3GUPA 3HH4A 1CU2A 1GDWA 3TXGA 1I20A 2C8PA 1CJ6A 3K3TA 3B6LA 2X0AA 1C10A 2XTHA 1SSYA 133LA 2CGIA 1IIZA 1L51A 3QAKA 4EJ4A 1LZNA 2QB0B 1L24A 1L69A 1IOQA 3LZTA 1CJ8A 1L97A 2Z19A 3HUAA 3W6EA 4P2EA 1T97A 2BQGA 2N5ZA 5LVJA 1LMQA 1LZRA 2A4TA 1D3MA 1OUFA 3WULA 3W6BA 1CKHA 4BAPA 5KXZA 102LA 1CUQA 5I4YA 3F6ZA 3TMUA 4NGVA 2B72A 2BLYA 3HTGA 1ZVHL 2XQOA 1HC0A 1IO5A 168LA 3N9CA 1QTZA 1LSAA 1DI4A 1C7PA 2DQFC 1HEWA 3CDVA 1L89A 3WL2A 1DKKA 4HJZA 164LA 1XGTC 1GB5A 2W1YA 4N5RA 228LA 4WO9A 1RJCB 1B5WA 1OUHA 3IJUA 1GB2A 1L77A 4I7PA 5M1YA 1D2YA 1A2YC 1JTPL 1LSEA 1D9WA 1D6QA 5B05A 4LGKA 4ET9A 4ZIXA 4OW1A 1L86A 1JSFA 104LA 4W51A 1JEFA 2NWDX 3KAMA 1G0QA 3G3WA 1C61A 1L04A 2XJWA 4X3BA 1C6LA 1L52A 4NHSA 4NGOA 181LA 4YENA 4PGJB 1VDTA 4HSFA 1JJ0A 1L61A 4W59A 5F9UA 2DQHY 4ARQB 5IHGA 1UA6Y 1Z55A 1JSEA 1LJ4A 3QE8A 3WVYA 1OUIA 1FLYA 5KXWA 1OUJA 2FYCA 5HNLA 2D4KA 4DWXA 3N9EA 3HT6A 4NY5A 2HEEA 248LA 1C68A 1C6FA 3V2YA 1FLUA 1GFRA 2I6ZA 1JQUA 1QTKA 3B0OA 3SP3A 1NBZC 1P5CA 3DN3A 3CDOA 3MGWA 2B6WA 3TMXA 1DI5A 1QTVA 1YQVY 1L43A 1G07A 1DYFA 1YIKA 1BB5A 4B4IA 1JKCA 1GB6A 4GLVA 1W6ZA 1NF5A 1L95A 1JIYA 2IGCA 3P64A 1WTHA 1L85A 1XEIA 1EQ4A 1GE0A 1IOSA 1UICA 5KY1A 3WU9A 5LYTA 200LA 2Y8PA 1T3PA 4DD0A 1JTMA 1SLYA 4Z41A 2RB2X 1CV5A 253LA 1OUDA 5APCA 1KW5A 2OE7X 4H9BA 1WQOA 4BADA 1CUPA 3N9AA 1OP9B 2OE4X 5B06A 2ZYPA 1L30A 4LT3A 5E9RA 1LMAA 2I25L 1CV4A 4WL6A 1SWZA 1L72A 3W6AA 5LXWA 1L33A 4LYBA 1DQJC 1LHIA 1L46A 4PHIA 5DLAA 2BQKA 4LT0A 1LYZA 1N4FA 2EPEA 4PRQA 4EPFA 4XJDA 2IFFY 5KXPA 5HNCA 1QTHA 4MR1A 1LSZA 3WUMA 3P4ZA 1JJ1A 1C65A 4AXTA 2F47A 1CX7A 3WH1A 4S0WA 3D4SA 109LA 2B73A 1L0KA 2RAYX 3SB9A 1IC7Y 2BQMA 1IWYA 4WL7A 2BQOA 1OV7A 1C69A 1F0WA 1NQIA 1LPYA 3WYHA 2LYOA 1IP2A 2ANVA 1GF4A 1NDMC 1L47A 3F9LA 147LA 1VATA 5II3A 1YL1X 1ALCA 3AW6A 2RAZX 4OWCA 1DPWA 1UIDA 3AZ5A 1GF3A 1WQQA 4I7SA 187LA 3FI7A 1C67A 4DD3A 4WOAA 3CDRA 1LPIA 1QTCA 245LA 1LWKA 1DPXA 1G0MA 1V7SA 5F16A 3F8VA 1HSXA 2VB1A 5KXKA 235LA 2Z12A 1GF9A 3GUJA 1C6JA 1GE1A 1MLCE 2BLXA 3HWLA 3RZEA 1L13A 5KXMA 1GBYA 1GF5A 3D9AC 1XFPL 4TX7A 2ZNWY 5HMVA 4ARMA 1XGRC 5I53A 1REZA 184LA 1H87A 4B1AA 1GFEA 3AGHA 1L27A 1HFYA 4HTKA 3CB7A 1JTOL 4NHQA 1QT6A 4N1CC 1L56A 1IR9A 1HNLA 1L94A 4WM1A 140LA 1L79A 4CFOA 1YAOA 3C7WA 4ETCA 1L23A 4GN3A 3RUNA 3E3DA 4LDLA 5DN5A 4BAFA 4H9FA 5APDA 1NBYC 1L73A 5FHWA 1HENA 3HT9A 234LA 155LA 2ZNXY 1GFAA 1BB7A 1P46A 3HH5A 1FLQA 4DQ5A 1TEWA 1J1PY 5LA5A 3RU5A 1LZAA 3W6FA 4TUNA 1LJIA 1LJEA 125LA 4LYMA 159LA 4OWEA 5KXRA 1L21A 1LJJA 3EMLA 1L38A 1L05A 1B9OA 1JKAA 1DZBX 206LA 220LA 2FBDA 1LSFA 1GE2A 4I7MA 4NGIA 123LA 1L84A 3IWRA 1LSPA 1FKQA 4HV1A 212LA 1L03A 2HUMA 1FDLY 142LA 1L32A 2HTXA 1C64A 1LZEA 5IELA 2HECA 3HUKA 4DQJA 1QTEA 4R0FA 1LJFA 2LYMA 5C6IA 1LKSA 3CDTA 2CJLA 4XJBA 1L60A 1GF7A 1IWZA 4RW2A 3TXHA 1L26A 4NGKA 1OWZA 4Z46A 152LA 1KY0A 3C8QA 1NMMA 3VWOA 4GBRB 1REYA 3AJNA 3GXKA 5E4PA 1CV1A 2O79A 128LA 3HH6A 4OO9A 1L18A 1J1XY 2B6TA 4DKLA 1PS5A 4KT3A 1SX2A 3SN6R 3FA0A 4NHTA 4DD7A 4CJ2A 2Z39A 1LWGA 1WVVA 4EOFA 5ILCA 1QUGA 3OK0A 160LA 5FSTA 2B6YA 1RE2A 4YM8A 1L50A 2DKVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L68 A;  1CKC A;  1AT6 A;  5FCP A;  4UWV A;  2YVB A;  4G49 A;  1JTN A;  1P64 A;  1QSQ A;  131L A;  1LLH A;  2A7F A;  2CUU A;  2HU3 A;  129L A;  4NSJ A;  112L A;  1LZT A;  2QAR C;  2BQH A;  1G7M C;  1IC4 Y;  4DDA A;  4II8 A;  2DQE Y;  4H9A A;  180L A;  191L A;  4YXC A;  3AB6 A;  4OWB A;  1B5U A;  1CX6 A;  3EBA B;  4DD1 A;  4ETE A;  3AZ7 A;  1DYD A;  4GCB A;  118L A;  4DDC A;  4WLT A;  3A96 A;  1B0D A;  5JEN B;  3T36 A;  3TXI A;  5KKJ A;  232L A;  2MEC A;  1L92 A;  4EMN A;  4YOP A;  2W1M A;  3J4G A;  5F14 A;  3WVX A;  2FYD A;  1QDR A;  1GXV 2;  3WPJ A;  4ET8 A;  2G4N A;  2BQA A;  2MEH A;  4B49 A;  1LHL A;  1ZV5 L;  4RLM A;  3OE8 A;  1CV6 A;  1D0K A;  1L16 A;  169L A;  1WTN A;  1LSY A;  2B74 A;  4ZPU A;  1YRO A;  2YBM A;  2MEF A;  4I7K A;  3AZ4 A;  1HMK A;  4NSH A;  3EO5 A;  3LN2 A;  2HUK A;  225L A;  2BQF A;  3B0I A;  1L28 A;  4E3U A;  2HU1 A;  4GLA A;  1C6C A;  4HJY A;  1D2W A;  1BB3 A;  1QUH A;  4LT1 A;  1UUZ C;  1FLW A;  3FAD A;  4TSB A;  3HBH A;  1XGU C;  3HTD A;  166L A;  4H8Z A;  5LIO A; 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