1QTVA

T26e apo structure of t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYEIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (T4 LYSOZYME)
publication title Structural basis of the conversion of T4 lysozyme into a transglycosidase by reengineering the active site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qtvA00
259LA 1CU5A 1L07A 3SB7A 3DMZA 1QT7A 1QTHA 1B6IA 183LA 238LA 1JQUA 1LYEA 2ANVA 1P2LA 3SBBC 180LA 1L72A 1QUHA 1L25A 1C6TA 1L05A 2Z6BA 4LDLA 1C6QA 3CDOA 5I14A 1L45A 175LA 1C6NA 2OU9A 1LI3A 147LA 1SWZA 1L64A 219LA 1L18A 250LA 226LA 102LA 1JTNA 115LA 3V2YA 205LA 2O4WA 161LA 1L41A 1PQOA 1G0QA 4DJHA 1P37A 2OU8A 1L66A 2Q9DA 1D3JA 3LZMA 157LA 1D2YA 220LA 245LA 2B75A 1LW9A 113LA 1L96A 1C6PA 1D9WA 3GUIA 196LA 2A4TA 1CV1A 1OWZA 159LA 1P56A 3OE9A 4LDOA 195LA 2L78A 1L37A 2RBPA 1XJUA 1CV5A 1D3NA 3C8SA 1L20A 1SSWA 190LA 1CU6A 1OV5A 1C6JA 3HH4A 4W59A 130LA 1L01A 111LA 1C61A 1C6LA 1L63A 1L38A 1QTDA 4PK0A 1L79A 3DMXA 2RAYX 143LA 1LI6A 3HDEA 247LA 2OE7X 1L59A 2RBNA 150LA 181LA 7LZMA 1L91A 260LA 1KW5A 1L54A 4I7SA 1OVKA 173LA 2HUKA 174LA 1CU2A 2B73A 1CVKA 125LA 1G0PA 1PQKA 1L30A 1L11A 2OE9X 2LZMA 1C67A 3GUMA 1CU3A 1XEPA 1QTBA 3HT7A 2IGCA 1C6BA 1L58A 3HH3A 1LGXA 216LA 3HT8A 1L55A 1L44A 1G1WA 1L52A 3HDFA 1SX7A 1KY1A 4S0WA 1QSBA 1SSYA 199LA 1G1VA 155LA 2O7AA 3SN6R 4I7PA 1K28A 156LA 1L80A 1QT3A 4I7RA 4W52A 171LA 4EPIA 1L04A 2OEAX 1L93A 234LA 1P3NA 1C6EA 213LA 3C7ZA 3DN4A 223LA 3DNAA 1KNIA 240LA 1P6YA 104LA 248LA 4ARMB 184LA 1L15A 1LWKA 1C6DA 3OE8A 3UONA 2HUMA 3GUNA 1DYBA 261LA 4DAJA 3DN0A 1DYDA 251LA 1LYHA 169LA 1L73A 1LYIA 256LA 1L46A 1L36A 1L89A 3GUOA 162LA 1LYGA 1QT8A 177LA 3F8VA 1L99A 3HTBA 3C8QA 3GUPA 249LA 1T8FA 163LA 146LA 1KS3A 1L68A 222LA 141LA 224LA 1C6GA 2B7XA 3CDQA 1L34A 3DN2A 4W56A 1P46A 1ZURA 1C63A 3DN1A 2HULA 3F9LA 1G0JA 227LA 189LA 1L08A 1L33A 4EXMA 230LA 1DYCA 4GBRB 1LYJA 4K5YA 215LA 1L16A 3DN3A 1OVHA 4PJZA 2OTYX 1P5CA 1PQMA 1WTHA 1L47A 1QS5A 4W55A 4LZMA 3L64A 1L0KA 2RBSA 1L06A 3G3VA 1D3FA 1L95A 107LA 170LA 2RBOA 3HU8A 3OE0A 1L69A 1QTZA 140LA 149LA 229LA 3C7WA 1C60A 1L13A 1L81A 262LA 1LYFA 1T8AA 3RUNA 4ARLA 2O79A 165LA 1L57A 142LA 3CDVA 1C62A 1L76A 246LA 3GUJA 4IAPA 1L56A 1L31A 1L03A 2B6YA 1L43A 1L27A 212LA 1L60A 1L87A 231LA 3HU9A 252LA 1C6CA 1L09A 3HUAA 1L24A 210LA 1LWGA 4EKRA 4EKQA 1L39A 1L62A 3SB8A 1QTCA 4ARQA 139LA 3DKEX 4W54A 166LA 4E97A 1DYEA 3L2XA 1G0LA 1L90A 1L77A 1L19A 2F47A 3HTDA 108LA 186LA 3C7YA 178LA 2ANXA 3NYAA 191LA 1P64A 4EKPA 185LA 192LA 254LA 2F2QA 3C80A 2LCBA 3FADA 3HT6A 168LA 1L42A 127LA 1SWYA 4W53A 214LA 1D3MA 237LA 3SB5A 1C65A 1L0JA 1L28A 1L88A 1L12A 1QT4A 1L32A 1L67A 1L51A 4I7JA 1DYAA 1EPYA 209LA 1QTVA 1C6HA 1L85A 2B6XA 3NY9A 4EKSA 1CTWA 211LA 258LA 1L70A 3SB9A 160LA 1P7SA 4I7TA 3FA0A 1CV3A 1LGWA 241LA 1I6SA 1LI2A 3G3XA 3RZEA 114LA 176LA 235LA 1T97A 1L29A 2LC9A 255LA 1TLAA 4W57A 2B6TA 2QARC 3JR6A 3DMVA 145LA 1L98A 197LA 4I7LA 4ARJA 1CV4A 3VW7A 2NTGA 1OYUA 4ARQB 1L74A 3GUKA 1CUPA 1CU0A 2RB0X 2B72A 3C82A 1SX2A 151LA 1C6IA 1C6AA 1G06A 1L94A 1L26A 1QUGA 2CUUA 4YXAC 1ZWNA 1ZYTA 1D2WA 6LZMA 1L53A 167LA 1KW7A 1L84A 158LA 3SB6A 138LA 1L14A 3HH5A 1C66A 1C6KA 1L40A 2RH1A 129LA 3C81A 4YX7C 3ODUA 131LA 2RB1X 144LA 1L35A 1L21A 172LA 217LA 253LA 187LA 4W51A 4I7QA 3V2WA 1LPYA 1JTMA 3FI5A 1L82A 236LA 2B74A 1L50A 188LA 1DYGA 1QT5A 1L97A 1L92A 123LA 198LA 3HUKA 2F32A 4ARMA 2OE4X 1G0KA 233LA 1L48A 2B6WA 4W58A 119LA 2B70A 1L22A 1L65A 1L75A 243LA 239LA 1PQIA 1CX7A 118LA 1QUOA 3EMLA 1QUDA 206LA 200LA 1OV7A 126LA 1C6MA 1PQDA 4ZPUA 1L83A 1LYDA 182LA 1PQJA 3G3WA 3SBAA 3NY8A 2Q9EA 2RBQA 3HT9A 3OE6A 2B6ZA 110LA 1L61A 1XJTA 1QT6A 242LA 1L00A 232LA 1CV0A 1T6HA 3HTGA 3DN8A 1CV6A 225LA 244LA 4OO9A 148LE 1G07A 4EPFA 152LA 1P2RA 4EJ4A 137LA 257LA 1C69A 2OTZX 1T8GA 1L10A 109LA 228LA 4AQNA 1OWYA 2NTHA 1P36A 3HWLA 1LGUA 2RAZX 1L17A 3CDTA 3D4SA 3HUQA 4YXCA 3K2RA 3PDSA 3C8RA 4DKLA 1L86A 1NHBA 3C83A 1OVJA 1L02A 128LA 3HH6A 201LA 218LA 1L49A 4I7MA 1LLHA 1L71A 3CDRA 3QAKA 1KY0A 4LDEA 1QS9A 2RBRA 164LA 1C64A 4I7KA 5LZMA 120LA 112LA 103LA 1C6FA 1G0MA 3HTFA 122LA 2RB2X 221LA 1G0GA 1CX6A 4I7OA 4I7NA 4GRVA 4ARPA 3PBLA 1L23A 1C68A 2OU0X 1QSQA 3DN6A 1DYFA 1CUQA 3GULA 2QB0B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
259LA 3P65A 4OWEA 1LMPA 1CU5A 2I6ZA 134LA 1IEEA 4LYTA 1B6IA 238LA 1JQUA 1FLYA 2ANVA 3SBBC 3AJNA 4BAFA 4KT3A 2BQAA 4BAPA 1C6TA 1L05A 3WPJA 1DPXA 1GPQC 4IJ4A 1GB8A 1C6NA 1SWZA 4WG7A 1L18A 5KKIA 226LA 2I25L 115LA 205LA 1KIQC 4J7VA 4YEOA 4DJHA 3CT0A 1L66A 3LZMA 2MEDA 1D2YA 3B0OA 1LMOA 1B5VA 1L96A 1LZAA 1YAMA 3GUIA 4ZEEA 1CJ9A 1QUSA 1QDRA 3WW6A 1FBIX 1P56A 1REXA 2YBJA 3WUAA 4QGZA 1L37A 1XJUA 3C8SA 1GFAA 1SSWA 1CU6A 3HH4A 4W59A 4WM1A 1YROA 1L01A 1L63A 1JSFA 4MR1A 1RE2A 4IATA 143LA 3WXTA 247LA 4H9HA 2OE7X 2BQBA 4DD0A 181LA 4EMNA 7LZMA 1L91A 1KW5A 4I7SA 1HSWA 2G4NA 2HUKA 2YBHA 1IX0A 1IR9A 4B4EA 2IFFY 1GFEA 1JTOL 5KXYA 1CU3A 1XEPA 4G4HA 3HT7A 4B4IA 1LGXA 1AKIA 3WXUA 1L55A 1G1WA 4G4BA 1BHZA 5DL9A 2H5ZA 4Z41A 1KY1A 2BQEA 1G1VA 2O7AA 1HMKA 3SN6R 4PJ2C 1B7QA 2DKVA 1XGUC 4I7PA 1K28A 5I4YA 1DKKA 1L80A 3GXKA 4I7RA 4NSJA 1JEFA 4NWHA 3CT5A 1GD6A 3EO5A 1L93A 213LA 1UBZA 3DNAA 1GXXA 1JSEA 1KNIA 1UIEA 184LA 1LZGA 1HF4A 1IWZA 3UONA 4TTDA 1B7PA 1GF0A 3GUNA 1QQYA 4ZFPA 3LHMA 251LA 1QSAA 1L46A 1L89A 1LHLA 1AT5A 2XBSA 6LYZA 3HBHA 3LYOA 1A2YC 163LA 1RCMA 4QY9A 3CDQA 1L34A 4YOPA 1HFZA 1B7RA 4NGJA 1QTEA 3A94A 4X3BA 3G3BB 1LYJA 4K5YA 215LA 1YIKA 1C46A 1L16A 3DN3A 4PJZA 1GHLA 2OTYX 5B07A 4ETDA 1WTHA 2Z18A 2CGIA 4L41A 1J1PY 3L64A 1JTTL 1D3FA 107LA 170LA 3HU8A 1MLCE 1QTZA 5B05A 1JKDA 1GFHA 2C8PA 1L81A 262LA 1T8AA 2BQFA 3W6AA 1L76A 246LA 2YBNA 1L31A 5F16A 1LMNA 212LA 2VB1A 1LHHA 1L60A 1JJ0A 1LJ4A 1LHKA 1L09A 2ZIKA 5KXOA 1L24A 9LYZA 2FYCA 1QSWA 3TMXA 5F14A 3OJPA 4TX7A 4EKQA 4NHIA 3QNGA 4ARQA 1IC5Y 1VEDA 3DKEX 3AYQA 4ML7A 1NBYC 1GDXA 4H8XA 4NHQA 132LA 1UIHA 4WL7A 3A91A 2LZ2A 3NYAA 191LA 192LA 3BKVA 3C80A 2LCBA 3HT6A 1L42A 3P68A 5B59A 127LA 1SWYA 4W53A 1GB2A 214LA 1CJ8A 2LHMA 1LSBA 1L12A 1LSEA 4Z98A 1GFVA 4LT1A 1DYAA 3RU5A 1EPYA 2Z38A 1JIYA 1QDTA 1QTVA 3KAMA 1L85A 2B6XA 5I54A 3SB9A 1C43A 1C7PA 1QUTA 4DQ5A 1CJ6A 3FA0A 1NMMA 4BS7A 1LI2A 1XGTC 3RZEA 1OUHA 3TXBA 2Q0MX 255LA 4W57A 3WH1A 2QARC 3JR6A 1EQ4A 5M1YA 1L98A 1LJIA 3CSZA 2HEAA 1CUPA 2HECA 1CKFA 2B72A 2BQOA 4AGAA 4HJYA 1LZ1A 3D9AC 1GAYA 4QDNA 5APCA 5KXSA 6LZMA 4Z46A 1KW7A 1L84A 3SB6A 4NG1A 1IP5A 138LA 3HH5A 1C66A 1L40A 2MEIA 1DKJA 5HLLA 2H9KA 172LA 217LA 4HSFA 187LA 3LYTA 1NF5A 4XN6A 4HV1A 4NSGA 4WO9A 188LA 1DYGA 1LHMA 3N9EA 1LJHA 2F32A 4ARMA 2OE4X 1B5UA 4NFVA 5KKJA 2B6WA 119LA 4DYGA 1GXV2 3M3UA 1CKDA 4UWUA 2B5ZA 1OV7A 4ZPUA 3WUNA 1L83A 182LA 1LZRA 2YVBA 3CSQA 3A96A 3RT5X 2B6ZA 3RZ4A 1GF8A 4Z3MA 5A3EA 1GE0A 1T6HA 4GN4A 1GB6A 1YL1X 4OO9A 148LE 3EBAB 152LA 2W1YA 1UIAA 1T8GA 1L10A 228LA 4AXTA 4AQNA 1HEPA 3ULRA 2NTHA 1P36A 2Z37A 3LYZA 1L17A 3HUQA 3K2RA 1NQIA 1KXYA 1IWWA 4XYYA 3A67Y 3HH6A 4GCBA 201LA 207LA 1GE4A 1LLHA 4I7MA 4M4OA 1LZ5A 2D4KA 3WW5A 3CT1A 2DQFC 164LA 5JENB 4DDAA 1IWTA 4WM2A 1G0MA 5LINA 3HTFA 122LA 1HERA 221LA 1C45A 2NWDX 5FSTA 1IWUA 1CKHA 1C68A 1CUQA 2HEFA 1XFPL 4DD7A 1UUZC 3DMZA 2HEEA 1LYEA 180LA 1JPOA 1L72A 3N9CA 4NY5A 4H9AA 2Z6BA 1L45A 3IWRA 1LI3A 1GDWA 3D3DA 4RDSA 4CJ2A 1A4VA 193LA 2O4WA 1L41A 1G0QA 1P37A 2OU8A 1D3JA 157LA 1IOSA 245LA 1D0LA 1TCYA 196LA 2A4TA 1F10A 2DQGY 4HJZA 1JITA 4CGEA 1BB3A 4LDOA 195LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 259L A;  3P65 A;  4OWE A;  1LMP A;  1CU5 A;  2I6Z A;  134L A;  1IEE A;  4LYT A;  1B6I A;  238L A;  1JQU A;  1FLY A;  2ANV A;  3SBB C;  3AJN A;  4BAF A;  4KT3 A;  2BQA A;  4BAP A;  1C6T A;  1L05 A;  3WPJ A;  1DPX A;  1GPQ C;  4IJ4 A;  1GB8 A;  1C6N A;  1SWZ A;  4WG7 A;  1L18 A;  5KKI A;  226L A;  2I25 L;  115L A;  205L A;  1KIQ C;  4J7V A;  4YEO A;  4DJH A;  3CT0 A;  1L66 A;  3LZM A;  2MED A;  1D2Y A;  3B0O A;  1LMO A;  1B5V A;  1L96 A;  1LZA A;  1YAM A;  3GUI A;  4ZEE A;  1CJ9 A;  1QUS A;  1QDR A;  3WW6 A;  1FBI X;  1P56 A;  1REX A;  2YBJ A;  3WUA A;  4QGZ A;  1L37 A;  1XJU A;  3C8S A;  1GFA A;  1SSW A;  1CU6 A;  3HH4 A;  4W59 A;  4WM1 A;  1YRO A;  1L01 A;  1L63 A;  1JSF A;  4MR1 A;  1RE2 A;  4IAT A;  143L A;  3WXT A;  247L A;  4H9H A;  2OE7 X;  2BQB A;  4DD0 A;  181L A;  4EMN A;  7LZM A;  1L91 A;  1KW5 A;  4I7S A;  1HSW A;  2G4N A;  2HUK A;  2YBH A;  1IX0 A;  1IR9 A;  4B4E A;  2IFF Y;  1GFE A;  1JTO L;  5KXY A;  1CU3 A;  1XEP A;  4G4H A;  3HT7 A;  4B4I A;  1LGX A;  1AKI A;  3WXU A;  1L55 A; 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