1QUDA

L99g mutant of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAGINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural analysis of a non-contiguous second-site revertant in T4 lysozyme shows that increasing the rigidity of a protein can enhance its stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qudA00
1L23A 1L94A 3RUNA 4ARPA 3C81A 4W54A 222LA 3ODUA 123LA 2Z6BA 1SWYA 1KY1A 3DN2A 2RB1X 253LA 3F8VA 1L52A 3HU8A 4I7OA 1L85A 1L33A 3SB8A 226LA 157LA 111LA 1L03A 1P64A 155LA 1DYFA 1QTZA 2B75A 1XJUA 1L22A 107LA 1L93A 1L71A 161LA 2B7XA 1P2RA 1PQKA 1QT6A 137LA 4DAJA 1KW7A 1C6TA 2NTHA 259LA 2L78A 1CX6A 3SN6R 4I7RA 4EKPA 1L57A 7LZMA 1DYDA 3HH4A 1P56A 1SWZA 2B6XA 1LYFA 1L89A 1NHBA 237LA 1LI2A 2B6ZA 1C63A 1L51A 1L82A 4I7PA 1T8FA 3HH3A 235LA 1B6IA 1JTNA 187LA 1L99A 1L74A 2A4TA 1I6SA 4ARMA 2NTGA 4W56A 4IAPA 188LA 1LPYA 3NYAA 119LA 1QT8A 4ZPUA 3NY9A 166LA 156LA 1QT4A 4W59A 1D2WA 165LA 1QSBA 1C68A 3G3XA 3DNAA 4EKSA 1G1VA 1QUOA 3HDFA 243LA 1L30A 2ANXA 3QAKA 1L02A 4W57A 3OE9A 1G0JA 3HT6A 248LA 3HWLA 1P5CA 2RBQA 158LA 1L50A 1L19A 1C66A 1L56A 3L2XA 163LA 171LA 4GBRB 3C8QA 1LYEA 1LYHA 1L07A 1C64A 223LA 191LA 3GUJA 1SX7A 3UONA 145LA 1LWGA 220LA 3HT7A 2CUUA 1C6HA 3HDEA 3D4SA 1SSYA 2B70A 1L96A 1L47A 2O7AA 4I7SA 3HTDA 198LA 1LWKA 4EKRA 1P6YA 1C6AA 140LA 1G06A 1OWYA 3EMLA 3VW7A 4K5YA 1ZWNA 250LA 3C80A 4OO9A 239LA 1L58A 3LZMA 1LW9A 3C82A 3DN1A 4ARQA 1XJTA 1L69A 176LA 126LA 1L21A 3DN3A 1L61A 1QS5A 261LA 144LA 255LA 118LA 174LA 1D3JA 1C6GA 149LA 262LA 242LA 232LA 3HH5A 230LA 184LA 160LA 1L16A 258LA 1L24A 1PQJA 128LA 1L28A 1L55A 1L98A 1C61A 175LA 1G0GA 139LA 1CV6A 1L11A 2OTZX 3DN4A 1L15A 1T97A 5I14A 3GUKA 2OE4X 2Q9DA 151LA 1L59A 180LA 201LA 1L26A 1L67A 2IGCA 189LA 241LA 3FA0A 1CV3A 2RB2X 2Q9EA 173LA 1QT7A 3HUQA 2B74A 4EPFA 3HT8A 3C8RA 1TLAA 2B6TA 254LA 2F47A 2QARC 192LA 190LA 2RB0X 2LC9A 4DKLA 2OE7X 1P2LA 183LA 4EPIA 1QTBA 2RBRA 3C7WA 1OV5A 197LA 1C6KA 1L27A 1C60A 1L37A 233LA 3SBBC 1DYBA 4EKQA 1L01A 3C7YA 3SBAA 1T8AA 4GRVA 1QTVA 2LCBA 240LA 4W51A 4ARLA 3HTGA 1L62A 3C83A 1LI6A 3DN0A 1D3MA 1XEPA 3SB9A 3V2YA 1PQIA 4I7LA 2RBNA 4W55A 4LZMA 3CDRA 1ZURA 2RAZX 210LA 3NY8A 3SB6A 3HTFA 1CVKA 3DMXA 1C6NA 3F9LA 1L97A 2QB0B 2LZMA 141LA 143LA 1EPYA 1QS9A 1L06A 3DMZA 1L25A 1L08A 2OU0X 1P3NA 4I7KA 1L76A 122LA 142LA 1G0KA 1OWZA 147LA 3GULA 108LA 1L83A 1WTHA 3C7ZA 1L17A 1K28A 1L68A 2B6YA 186LA 129LA 4DJHA 1CU3A 1L32A 1L0JA 245LA 4AQNA 1CU0A 3C8SA 1C6PA 218LA 1LYIA 227LA 3GUPA 1L13A 196LA 1L79A 1OYUA 138LA 1KY0A 1L63A 185LA 4I7TA 199LA 3L64A 1QT5A 211LA 164LA 1OVKA 1L40A 1PQOA 4W58A 1L39A 1OVJA 4ARJA 2B73A 1LYGA 4I7JA 1L12A 1G1WA 1QTHA 4I7QA 170LA 2B72A 1LYDA 2OU8A 1L36A 1L14A 228LA 1L72A 1SX2A 1PQMA 148LE 1CU6A 4PJZA 3OE6A 103LA 1L29A 1OVHA 3HUKA 1P7SA 1L04A 3HU9A 1L60A 2O4WA 1L90A 1T8GA 231LA 1L88A 4I7NA 3G3WA 4LDLA 217LA 1KNIA 1P36A 3HH6A 1L20A 120LA 1QSQA 2OEAX 146LA 1L34A 1C6LA 1L00A 234LA 1C6BA 195LA 2HUMA 221LA 4ARMB 1DYEA 1G07A 212LA 1L45A 169LA 2ANVA 1C67A 4YX7C 1L31A 2RBPA 3RZEA 1P46A 1L42A 110LA 1C6IA 181LA 1QUHA 1G0LA 249LA 3K2RA 246LA 1L05A 1LYJA 1G0MA 1PQDA 1LGWA 1C6FA 1LI3A 206LA 168LA 1L46A 1L75A 1L92A 1LLHA 3CDVA 115LA 215LA 6LZMA 1QUGA 3CDQA 3V2WA 1L49A 1C6JA 1L09A 150LA 112LA 1ZYTA 3SB7A 1L80A 256LA 229LA 1CUQA 2OE9X 1LGUA 159LA 178LA 4W53A 2O79A 260LA 1SSWA 205LA 4PK0A 1C62A 1C69A 200LA 1KS3A 3DMVA 3FADA 1L65A 102LA 1DYCA 1C6EA 3PDSA 3DN6A 3JR6A 213LA 130LA 1L64A 1G0QA 1QUDA 1D9WA 3PBLA 1C6DA 1CV4A 1C6QA 3HT9A 1L18A 1L70A 1L41A 162LA 3G3VA 109LA 1L0KA 1L95A 172LA 2OU9A 2RBSA 1D3NA 1L81A 236LA 1L77A 1L54A 1L43A 1C6MA 3GUMA 4ARQB 209LA 131LA 219LA 4LDOA 3OE8A 2B6WA 1L35A 167LA 1QTCA 125LA 1CU2A 1DYAA 113LA 3DN8A 1L66A 1CV0A 3SB5A 216LA 251LA 114LA 1L44A 1CTWA 214LA 2F32A 1JTMA 3GUOA 1D2YA 1CUPA 224LA 1C65A 1L91A 152LA 3DKEX 3CDTA 1P37A 1L10A 4S0WA 1L84A 1KW5A 225LA 1L73A 1CV1A 2HULA 2RH1A 1QTDA 4I7MA 177LA 247LA 3FI5A 4YXCA 252LA 1T6HA 2F2QA 3GUNA 2RAYX 1OV7A 244LA 2OTYX 127LA 1CX7A 1JQUA 3CDOA 4YXAC 1L86A 1D3FA 4W52A 2HUKA 3HTBA 1CV5A 257LA 182LA 1C6CA 238LA 4E97A 1L53A 2RBOA 4LDEA 1QT3A 5LZMA 3GUIA 1LGXA 1CU5A 104LA 4EXMA 1G0PA 1L48A 3HUAA 3OE0A 4EJ4A 1DYGA 1L38A 1L87A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L94A 3LYTA 1JJ0A 4OWBA 2Z6BA 1UIDA 2FYDA 2YDGA 2NWDX 1GAZA 3FE0A 4G49A 1VAUA 226LA 1YANA 1YAPA 111LA 2BQLA 1LYSA 1L22A 1L93A 1LSMA 161LA 2BQOA 1PQKA 1IC4Y 137LA 4DD2A 3A3RX 2MECA 4DD7A 2L78A 3SN6R 1G7JC 4LYZA 1L57A 1WQRA 7LZMA 1V7TA 1LI2A 3N9AA 1L51A 4W96A 235LA 2MEFA 1B6IA 1J1OY 1JTNA 1LTMA 4G4HA 1D0MA 4GCBA 1CKHA 4R6CA 1B5VA 2NTGA 4WOAA 4AGAA 4NGYA 3NYAA 4GLAA 4PRQA 4ZPUA 4PHIA 5I4YA 1D2WA 4N9RA 1L30A 2ANXA 1IP4A 5KXRA 248LA 3HWLA 1P5CA 2RBQA 3WW5A 1L19A 3W6CA 3L2XA 2YVBA 1FKVA 4WM6A 4GBRB 4P2EA 1LYEA 1LYHA 1C64A 223LA 4IASA 3LHMA 4WM2A 1HEOA 1B7MA 1BWHA 4H9CA 2HUBA 220LA 1IR7A 1C6HA 2DQCY 3HDEA 1ZMYL 5I54A 2CJLA 4WG7A 1L47A 3M18B 3IJVA 3HTDA 198LA 1LWKA 1EQEA 5C6IA 4XJHA 1C6AA 4X3BA 140LA 3EMLA 3VW7A 1AKIA 5B1FA 1ZWNA 4DDAA 1L58A 1D0KA 2X0AA 3TXIA 1L61A 1UIGA 1QS5A 261LA 3AGGG 4XYYA 160LA 1DZBX 1B5XA 1L24A 5A3EA 1L55A 1D6QA 1RFPA 3B0IA 3MGWA 1FLQA 139LA 1IY3A 1WQPA 1L11A 1LMOA 1AM7A 4NWHA 1BB3A 2Q9DA 1L59A 180LA 5E4PA 2BQIA 1F10A 1CJ8A 189LA 3VWOA 1CV3A 3LZ2A 1GXV2 2B74A 3CSRA 5KXZA 254LA 2QARC 4L41A 2OE7X 2G4PA 2HEFA 1QTBA 3T6UA 3N9EA 4II8A 1IIZA 4WLYA 3TMXA 4EKQA 1W08A 1L01A 4ZIXA 3C7YA 1IVMA 4GRVA 1QSWA 3HTGA 3C83A 3F6ZA 1LI6A 1D3MA 4B4IA 1PQIA 3P66A 4NHQA 4GLVA 1HSXA 3M3UA 2RBNA 3B72A 4LZMA 1ZURA 1DI3A 3HTFA 4NIJA 9LYZA 1LOZA 2LZMA 1WVUA 5LVGA 1LZTA 1L25A 3D3DA 135LA 1GB8A 1LMPA 1B5UA 1OWZA 108LA 4LYBA 1QSAA 2EKSC 1L68A 1WQOA 1AT5A 5LAFA 4NGVA 3GUPA 4NGKA 1L79A 1KY0A 1LJHA 4I7TA 3L64A 4W58A 5F16A 1L39A 2EQLA 2B73A 4GCCA 1HEPA 2DQEY 1L12A 1QIOA 1XGRC 2BPUA 1E8LA 4HV2A 2BQKA 2OU8A 5LIOA 1L14A 4HJYA 1L72A 2LHMA 1SX2A 148LE 3K3TA 3P68A 1L60A 4AXTA 1T8GA 2MEEA 1LZNA 4H90A 1VATA 3TMUA 1TCYA 4YOPA 3W6FA 2ZQ4A 1BB4A 1CJ7A 1QTEA 1FLYA 110LA 1JKCA 2FBDA 249LA 5I4XA 1HC0A 4C5FA 1G7HC 1L05A 1ZVHL 3ZVQB 3W6DA 168LA 1L46A 4YENA 1L75A 215LA 5T3FA 2VB1A 4QEQA 2H9JA 3AZ6A 1C6JA 1L09A 1NMMA 4NGJA 1IWUA 1DI4A 4G9SA 1L80A 229LA 2FBBA 2OE9X 1GFTA 5LVHA 3P64A 4CFPA 4LYMA 4DQJA 1IWYA 3EO5A 1GB2A 205LA 1C7PA 1KS3A 102LA 1XGTC 4XJGA 4H92A 3DN6A 3WL2A 3B6LA 1L64A 1QUDA 1D9WA 4Z98A 1DXJA 2ZQ3A 3AGIA 1L70A 1L0KA 2OU9A 172LA 1L81A 4WL6A 209LA 1B7QA 3OE8A 1L35A 3TXHA 2XBRA 1GFKA 1HMLA 1LZEA 167LA 1QTCA 113LA 4BAFA 1CTWA 3ZEKA 1EQ5A 1CUPA 4OOTA 3SP3A 4ETBA 5KXXA 1OUFA 247LA 5KKJA 1CJ9A 1GXXA 127LA 1JQUA 4NEBA 1L86A 3HTBA 182LA 4LDEA 3IWRA 1MELL 1LJJA 104LA 1L48A 3OE0A 4H94A 2AUBA 3A6BY 4H9HA 1L87A 2DQDY 3CSQA 4WO6A 4ARPA 4W54A 1NHEA 3WU9A 3ODUA 1KY1A 1YQVY 1LJNA 1LHJA 1MLCE 3F8VA 1L52A 1JJ3A 1L33A 1GBYA 1LCNA 157LA 4WG1A 1NKHA 1DYFA 1GF5A 1YAQA 2B75A 1XJUA 1J1PY 1JKAA 4TX7A 1YL0X 4HJZA 207LA 1L71A 3T36A 2B7XA 2YBLA 4XJIA 1RCMA 1KW7A 1GF3A 1CX6A 7LYZA 1OUIA 4EKPA 1BWJA 1DYDA 4H93A 2B6XA 2I6ZA 4QGZA 1NHBA 3CB7A 237LA 2B6ZA 1GF7A 1P2CC 187LA 4NSHA 4ZEEA 1FDLY 1HF4A 3WPJA 4N8ZA 2A4TA 1B7OA 4OW1A 4IAPA 119LA 5LAGA 2BQBA 1GE1A 1LMTA 1QT4A 2MEIA 4PGJB 5LYZA 1C68A 3LYMA 3HDFA 3QAKA 3ZVQA 4NFVA 1D0LA 5D5FA 1TAYA 4WO9A 158LA 3WYHA 2BQMA 1L56A 5HNLA 1IP7A 3QNGA 1LSGA 2YBMA 1HHLA 1F6SA 4HP0A 4MSTA 1GEVA 145LA 5LA8A 3HT7A 1GDXA 1REZA 5II3A 3D4SA 4N1EI 4WM4A 2O7AA 4XJBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L94 A;  3LYT A;  1JJ0 A;  4OWB A;  2Z6B A;  1UID A;  2FYD A;  2YDG A;  2NWD X;  1GAZ A;  3FE0 A;  4G49 A;  1VAU A;  226L A;  1YAN A;  1YAP A;  111L A;  2BQL A;  1LYS A;  1L22 A;  1L93 A;  1LSM A;  161L A;  2BQO A;  1PQK A;  1IC4 Y;  137L A;  4DD2 A;  3A3R X;  2MEC A;  4DD7 A;  2L78 A;  3SN6 R;  1G7J C;  4LYZ A;  1L57 A;  1WQR A;  7LZM A;  1V7T A;  1LI2 A;  3N9A A;  1L51 A;  4W96 A;  235L A;  2MEF A;  1B6I A;  1J1O Y;  1JTN A;  1LTM A;  4G4H A;  1D0M A;  4GCB A;  1CKH A;  4R6C A;  1B5V A;  2NTG A;  4WOA A;  4AGA A;  4NGY A;  3NYA A;  4GLA A;  4PRQ A;  4ZPU A;  4PHI A;  5I4Y A;  1D2W A;  4N9R A;  1L30 A;  2ANX A;  1IP4 A;  5KXR A;  248L A;  3HWL A;  1P5C A;  2RBQ A;  3WW5 A;  1L19 A;  3W6C A;  3L2X A;  2YVB A;  1FKV A;  4WM6 A;  4GBR B;  4P2E A;  1LYE A;  1LYH A;  1C64 A;  223L A;  4IAS A;  3LHM A;  4WM2 A;  1HEO A;  1B7M A;  1BWH A;  4H9C A;  2HUB A;  220L A;  1IR7 A;  1C6H A;  2DQC Y;  3HDE A;  1ZMY L;  5I54 A;  2CJL A;  4WG7 A;  1L47 A;  3M18 B;  3IJV A;  3HTD A;  198L A;  1LWK A;  1EQE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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