1QUDA

L99g mutant of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAGINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Structural analysis of a non-contiguous second-site revertant in T4 lysozyme shows that increasing the rigidity of a protein can enhance its stability.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qudA00
2B70A 1CU5A 189LA 1L97A 167LA 4ZPUA 1G0MA 1L85A 4AQNA 1C6TA 4OO9A 1L39A 196LA 1L10A 1QT3A 1QTHA 1L34A 247LA 3RZEA 1KY1A 3RUNA 3SB5A 2NTGA 1L83A 173LA 142LA 1SWZA 1LPYA 1CV3A 4EKPA 144LA 1OVKA 1G0GA 4I7RA 1KW5A 1L42A 1P56A 102LA 1SSYA 3OE9A 147LA 1C6NA 1L50A 3C8QA 108LA 4W57A 1L30A 3NY9A 1PQJA 1CV1A 1G06A 2B6WA 1L60A 262LA 4ARMB 186LA 246LA 1PQDA 1DYBA 3OE8A 163LA 1L94A 113LA 155LA 1CU3A 1L75A 3GUMA 1C63A 3C7YA 3GUKA 3OE6A 2LC9A 4W51A 1P7SA 1D3NA 3K2RA 1L51A 3DN4A 143LA 1L64A 255LA 166LA 1L06A 5I14A 3FADA 1L91A 183LA 3GUNA 1L63A 1L24A 185LA 1LYJA 3G3WA 1L66A 4K5YA 3DMZA 4EKSA 205LA 1L41A 221LA 4I7QA 177LA 182LA 3GUPA 1LWGA 6LZMA 1C6JA 1LYIA 1OVJA 1SX2A 139LA 1L45A 1SX7A 1QTZA 1C6DA 1QT5A 1LGWA 140LA 4PK0A 1L28A 1JTNA 1EPYA 110LA 2OE7X 1T8AA 227LA 1QS9A 3EMLA 3HUKA 1OV5A 4LDOA 1QTCA 1T8GA 146LA 249LA 1CV4A 3SB7A 1C6HA 1CVKA 171LA 1LLHA 1G0JA 1L26A 1P37A 1L14A 2RBPA 1B6IA 1C67A 1WTHA 225LA 1L11A 1L01A 1P64A 1D3FA 3C81A 1L56A 3HDEA 137LA 2ANXA 3HWLA 3HH5A 4LDEA 2Z6BA 3SB6A 126LA 2HUKA 1T97A 2OU9A 1C6EA 2QB0B 3DMXA 1JQUA 176LA 4I7SA 4ARQA 1C61A 3SBBC 3DNAA 1C6KA 4ARJA 219LA 3QAKA 3FA0A 4I7PA 3CDTA 214LA 127LA 1C60A 1DYFA 233LA 2OTZX 172LA 1L67A 3GUOA 1CX7A 1L89A 3HU8A 3SBAA 1DYAA 170LA 1L36A 1LYEA 2B73A 3V2YA 1L69A 1C6LA 1L43A 258LA 1TLAA 1QT6A 2O79A 1L68A 2OE9X 3CDQA 1L32A 3DN1A 187LA 1L0KA 178LA 1L59A 3C80A 1L31A 1CV5A 3JR6A 1PQOA 3HDFA 241LA 1C62A 1D3JA 2Q9DA 115LA 4W56A 237LA 2RBQA 257LA 3GUIA 1G1WA 1L58A 1L19A 1SSWA 1G1VA 1L29A 218LA 1L27A 1OWYA 1LW9A 252LA 1T6HA 1P2LA 129LA 2RBOA 150LA 248LA 4I7KA 4S0WA 184LA 109LA 1K28A 1DYEA 4ARQB 4I7NA 4W58A 239LA 1L73A 231LA 245LA 1L20A 1L33A 1ZYTA 1C6PA 1L76A 3V2WA 1P36A 1CU2A 1L16A 1QT7A 2A4TA 1L86A 4W53A 1G07A 3ODUA 158LA 1I6SA 253LA 3PBLA 3HH3A 1L93A 1LWKA 4DAJA 1L95A 104LA 2RAZX 1L90A 190LA 1P46A 1L02A 1QUDA 244LA 123LA 1PQKA 1QUHA 3GULA 1CX6A 1D2WA 1L05A 4W59A 4I7JA 1QS5A 1D2YA 3OE0A 261LA 3HT9A 2B6XA 1L17A 3HTBA 4GRVA 236LA 1C68A 1OVHA 122LA 1LYHA 1L47A 2B7XA 168LA 1DYCA 3C82A 3L2XA 1L44A 1D9WA 3DN6A 1L88A 224LA 3C83A 4LZMA 3C7WA 1QT8A 1L87A 1L79A 1KS3A 1C6IA 4I7LA 152LA 1C64A 3C8SA 1C6BA 3DN2A 2OTYX 3UONA 1XEPA 2RBNA 229LA 1L08A 2RAYX 4LDLA 145LA 1ZWNA 3HTDA 200LA 175LA 2CUUA 1QUOA 2B6TA 3HT7A 2OE4X 138LA 1CTWA 1L40A 251LA 243LA 3F8VA 3F9LA 125LA 1SWYA 3C7ZA 7LZMA 1LYGA 1LYDA 2Q9EA 4E97A 240LA 1L84A 1C65A 1LGXA 1L21A 161LA 4ARMA 3DMVA 4EKQA 1L65A 3DN8A 1KY0A 1CU6A 1DYDA 259LA 3HH6A 226LA 2RBRA 111LA 1G0QA 3DKEX 4YXCA 1P6YA 4W52A 4W55A 1L15A 217LA 107LA 162LA 3HTFA 3SN6R 228LA 4EXMA 1KNIA 232LA 220LA 242LA 1PQIA 2F47A 1CUQA 1L96A 254LA 4EJ4A 164LA 1C6FA 192LA 1P5CA 1L23A 3VW7A 3HT6A 1G0KA 4ARLA 2F2QA 160LA 1G0PA 1LGUA 1OV7A 120LA 1L18A 1L71A 1L13A 156LA 4EKRA 118LA 1DYGA 4IAPA 1L37A 1L12A 2QARC 1C6GA 234LA 1L00A 2RB1X 260LA 1C66A 2B6ZA 215LA 230LA 2LZMA 3HU9A 1L48A 1QSBA 3SB9A 1QT4A 2OU0X 3G3VA 2HULA 3FI5A 1LYFA 2RBSA 3D4SA 2L78A 238LA 1L57A 1ZURA 1LI6A 1T8FA 114LA 4ARPA 1OYUA 4EPFA 131LA 169LA 1L46A 3HUQA 1L74A 2RH1A 1L61A 1D3MA 1QTVA 1L53A 2RB0X 3CDVA 201LA 1LI2A 1L92A 2B74A 3L64A 4GBRB 1G0LA 3LZMA 1L62A 1L07A 1L04A 165LA 211LA 1L98A 1L03A 128LA 1QSQA 2B72A 4DJHA 1L0JA 2F32A 1NHBA 191LA 119LA 1C6AA 1L52A 1C6CA 3PDSA 1CU0A 250LA 3G3XA 2O4WA 1C69A 1L54A 3DN0A 141LA 1JTMA 1QTBA 3HT8A 210LA 1XJUA 1LI3A 3NY8A 2OEAX 4YXAC 148LE 3HH4A 1QUGA 1L09A 4I7TA 1L22A 222LA 223LA 3DN3A 256LA 2B75A 3HUAA 1L99A 149LA 1L55A 1L77A 5LZMA 1C6MA 1L82A 2IGCA 103LA 212LA 130LA 1XJTA 3CDOA 2LCBA 1L81A 1CV6A 235LA 3CDRA 4EPIA 4YX7C 1CV0A 1L25A 157LA 4I7MA 1L38A 1OWZA 3GUJA 198LA 206LA 1P2RA 2OU8A 2O7AA 4W54A 1L35A 3C8RA 188LA 112LA 209LA 216LA 1L70A 2RB2X 195LA 1L80A 2ANVA 2B6YA 4PJZA 180LA 1L49A 174LA 1C6QA 197LA 159LA 3HTGA 3SB8A 1QTDA 213LA 199LA 181LA 1L72A 1P3NA 2NTHA 4DKLA 1KW7A 2HUMA 3NYAA 151LA 1CUPA 4I7OA 1PQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DZBX 1DPXA 1JJ3A 3CSZA 4G9SA 4R0FA 1LZ8A 1ZMYL 3RZEA 2ZNXY 1CJ8A 173LA 142LA 1SWZA 1JJ0A 1LPYA 4YENA 1AM7A 4EKPA 1HMLA 2EPEA 1L42A 1SSYA 147LA 1GF5A 1L50A 108LA 4ZIXA 1CJ9A 1G06A 2B6WA 1L60A 262LA 1C7PA 4WLTA 4ARMB 4NHPA 1FKVA 1IP4A 2BQEA 113LA 1LZAA 1GFUA 1TEWA 1QUTA 3OE6A 4I8SA 1BGIA 2D91A 1GFRA 1L06A 5I14A 4KT3A 3GUNA 2BQFA 3RNXA 1L63A 1L24A 1GWDA 4BADA 3DMZA 205LA 2MEBA 3WYHA 2Z2EA 5LVKA 2Q0MX 5B06A 1BB6A 5HNCA 1SX7A 4CGEA 2D4JA 3IJUA 4WM2A 1UBZA 2OE7X 153LA 5LAGA 227LA 2Z38A 1LZNA 3WW6A 3CQLA 4RW2A 1LLHA 1QQYA 3CSRA 1CKFA 1WTHA 1WQPA 2HU1A 3J4GA 1D3FA 1GXV2 2CJLA 3HDEA 1FLWA 3AGIA 2NWDX 5KKJA 3HH5A 2BQNA 1B7SA 1XFPL 2OU9A 1B7PA 2QB0B 1IWTA 2DQHY 1JQUA 5C6JA 1C61A 3DNAA 4H9EA 1MLCE 4TSBA 1C6KA 3CDTA 214LA 127LA 3WVXA 1NF5A 1JKDA 4HPEA 1BVKC 1UIBA 1L67A 2DKVA 3SBAA 3W6BA 1C6LA 1L43A 1D6PA 1GHLA 3W6FA 3LN2A 4WMGA 3DN1A 4NGKA 1JWRA 178LA 3KAMA 2FBBA 2BQDA 4DD1A 3A91A 237LA 1SSWA 3B72A 3WXUA 4DWXA 252LA 129LA 4S0WA 184LA 4B49A 1GEVA 1BHZA 2DQEY 4YEMA 1OUJA 4I7NA 4G4BA 4W58A 245LA 5ILFA 1L20A 2I25L 1ZVHL 3LYZA 1ZYTA 3V2WA 1P36A 1A4VA 1L16A 1LZSA 1NWGA 4N1EI 2A4TA 1G07A 1I6SA 5HMJA 1RFPA 4XN6A 4DD3A 2Z18A 4DAJA 1L95A 1P46A 1QUDA 123LA 2ZIKA 1GFKA 1DI3A 2YBHA 1H87A 1OUEA 261LA 1LZ6A 4P2EA 1OVHA 122LA 1LYHA 2DQIY 3LYTA 1JTOL 5KXZA 1IP7A 224LA 3C83A 4LZMA 3TXEA 1OUDA 152LA 4MSTA 4NSHA 1HEPA 5KXYA 154LA 3K3TA 3ZVQA 2XBSA 3DN2A 4YM8A 2OTYX 4CFOA 1GB9A 4DQJA 4LYBA 2RAYX 4LDLA 145LA 200LA 1GBXA 2CUUA 1RCMA 138LA 2HEDA 3F8VA 5KXMA 3C7ZA 1LYGA 240LA 1C65A 5APCA 4W96A 1LHIA 161LA 1L65A 2ZYCA 1CU6A 1LMQA 259LA 3HH6A 1OUGA 4M6DA 4NWHA 4NG8A 5FDJA 162LA 3HTFA 4CFPA 1KNIA 232LA 2F47A 1C6FA 192LA 4ETEA 3HT6A 4ARLA 1OV7A 4NGWA 1L13A 4IAPA 3HFMY 1B5YA 1C6GA 1L00A 1IORA 5KXXA 4UWUA 1HSWA 4B1AA 1DI4A 1LSCA 4EMNA 1GFEA 4OOOA 4ML7A 4ARPA 1OYUA 1XEIA 4B0DA 4EPFA 2AUBA 2IHLA 4LFXA 2WARA 1L74A 1D3MA 1IP2A 1WQOA 1LZRA 1KIRC 1IWYA 1L92A 1KXWA 3L64A 5B07A 1G0LA 1BWIA 165LA 1LZ9A 2F32A 1NHBA 4N9RA 1C6AA 2G4PA 3TXIA 1NBZC 1C6CA 3CT1A 4RW1A 4W94A 2O4WA 1GB8A 3HT8A 3QNGA 2RSCA 5APDA 2Y8PA 3HH4A 1QUGA 1L09A 222LA 223LA 1LJIA 3N9CA 1UIDA 2PC2A 1XGQC 3A67Y 1CKDA 1C6MA 5LVJA 3M3UA 3LZ2A 1GAYA 2YBIA 2LCBA 1L81A 3HBEX 235LA 4H9IA 1JSFA 4ZEEA 5LVIA 1L38A 1OWZA 206LA 4NHQA 4NY5A 5LYTA 3P66A 4G49A 1GDWA 2F4AA 1L80A 2Z39A 2ANVA 1GBYA 1CKHA 4DQ5A 1F10A 159LA 3SB8A 1IX0A 199LA 2DQJY 3T6UA 1WQNA 1GBSA 4GCEA 1DPWA 1LMNA 189LA 2XQOA 167LA 194LA 1OUAA 1QDRA 5LYMA 4TWSA 4H93A 1LHLA 4GCCA 3B0OA 4NGOA 1QT3A 5KXRA 1B7RA 4GCFA 1KY1A 3ZVQB 1LMPA 1REZA 3CB7A 3AZ4A 1GF3A 144LA 3BKVA 3VWOA 1P56A 4WM5A 3AJNA 1L30A 4W57A 1PQJA 1BB7A 1G7JC 1OUIA 2HTXA 1JSEA 1IC4Y 5M1YA 1NDMC 186LA 1TCYA 1WTNA 3OE8A 1RI8B 4LGKA 1BQLY 163LA 1L94A 4LFPA 1CU3A 3TMVA 3GUKA 4GN4A 4W51A 1D3NA 5LVGA 1L64A 166LA 3FADA 183LA 1YAOA 4RLNA 4N0JA 185LA 3G3WA 4K5YA 4PPOA 4EKSA 1IC7Y 1GE0A 207LA 1LMOA 3WPLA 1BWJA 182LA 3GUPA 6LZMA 1TAYA 4LYMA 4N8ZA 4OWCA 4NHTA 1QTZA 2LZ2A 1C6DA 1VDSA 1HERA 4DC4A 1L28A 110LA 1LKRA 2YBLA 1VEDA 133LA 1B5UA 2A7DA 3A92A 1EQ4A 1P2CC 5LIOA 4LDOA 4CJ2A 5HLLA 1P37A 1C67A 225LA 4Z41A 3WL2A 132LA 1L01A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1DZB X;  1DPX A;  1JJ3 A;  3CSZ A;  4G9S A;  4R0F A;  1LZ8 A;  1ZMY L;  3RZE A;  2ZNX Y;  1CJ8 A;  173L A;  142L A;  1SWZ A;  1JJ0 A;  1LPY A;  4YEN A;  1AM7 A;  4EKP A;  1HML A;  2EPE A;  1L42 A;  1SSY A;  147L A;  1GF5 A;  1L50 A;  108L A;  4ZIX A;  1CJ9 A;  1G06 A;  2B6W A;  1L60 A;  262L A;  1C7P A;  4WLT A;  4ARM B;  4NHP A;  1FKV A;  1IP4 A;  2BQE A;  113L A;  1LZA A;  1GFU A;  1TEW A;  1QUT A;  3OE6 A;  4I8S A;  1BGI A;  2D91 A;  1GFR A;  1L06 A;  5I14 A;  4KT3 A;  3GUN A;  2BQF A;  3RNX A;  1L63 A;  1L24 A;  1GWD A;  4BAD A;  3DMZ A;  205L A;  2MEB A;  3WYH A;  2Z2E A;  5LVK A;  2Q0M X;  5B06 A;  1BB6 A;  5HNC A;  1SX7 A;  4CGE A;  2D4J A;  3IJU A;  4WM2 A;  1UBZ A;  2OE7 X;  153L A;  5LAG A;  227L A;  2Z38 A;  1LZN A;  3WW6 A;  3CQL A;  4RW2 A;  1LLH A;  1QQY A;  3CSR A;  1CKF A;  1WTH A;  1WQP A;  2HU1 A;  3J4G A;  1D3F A;  1GXV 2;  2CJL A;  3HDE A;  1FLW A;  3AGI A;  2NWD X;  5KKJ A;  3HH5 A;  2BQN A;  1B7S A;  1XFP L;  2OU9 A;  1B7P A;  2QB0 B;  1IWT A;  2DQH Y;  1JQU A;  5C6J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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