1QUGA

E108v mutant of t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGVTGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Structural analysis of a non-contiguous second-site revertant in T4 lysozyme shows that increasing the rigidity of a protein can enhance its stability.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qugA00
172LA 1CV0A 4AQNA 1L11A 173LA 1P3NA 200LA 3DN6A 1L19A 1OVJA 1CU6A 1L65A 1LYJA 1WTHA 1L73A 112LA 1PQOA 1LGUA 4W54A 4EPIA 1DYAA 1SWZA 1L28A 1C6FA 1C68A 233LA 4I7JA 2B6XA 3NY8A 1G0JA 142LA 3F8VA 123LA 1LW9A 4I7SA 1XJUA 1QTZA 1L74A 236LA 1G0KA 4DAJA 184LA 3DMZA 1G0MA 3G3XA 1L03A 1SWYA 1L42A 226LA 2RB1X 1QUDA 2ANVA 237LA 118LA 3UONA 1L75A 1L93A 3SBAA 4EKPA 3GUOA 4W55A 3SN6R 1KY1A 1QT4A 170LA 4GBRB 1LI6A 2OEAX 3SB5A 1QUGA 1L97A 1CTWA 1G0LA 1KS3A 4W56A 1KW5A 3C80A 4ZPUA 3SB7A 1L87A 1D3NA 1OVHA 2A4TA 1LI2A 249LA 130LA 1L86A 1C6BA 1C6LA 1C69A 255LA 4IAPA 1LYIA 197LA 1CV1A 1SSWA 2OE9X 4PJZA 1D2WA 1QT7A 2B73A 1L52A 1P46A 4DKLA 1L98A 3SBBC 1L85A 4I7RA 3HTDA 3HWLA 1CU3A 1ZWNA 1L81A 162LA 1P36A 102LA 176LA 4YXAC 1L51A 2RAZX 1PQIA 3G3VA 109LA 1C65A 221LA 1LLHA 1L17A 1OWZA 205LA 2NTGA 261LA 4EKSA 3HUAA 248LA 3HDFA 3HH6A 1L72A 185LA 2O4WA 1L34A 1L06A 1C62A 1CV4A 1L32A 4ARPA 1L96A 1L99A 1OYUA 3DMVA 139LA 3DN3A 2B6WA 1SX7A 5LZMA 3GULA 189LA 4LDEA 4W57A 1C6EA 1L92A 1L57A 230LA 1L43A 3FI5A 145LA 178LA 1QT3A 1L35A 181LA 1C6NA 1G0GA 159LA 1B6IA 1L0JA 160LA 1L30A 1KW7A 1L00A 167LA 1OV7A 2IGCA 3HTFA 1L13A 1L45A 143LA 3GUIA 152LA 148LE 3DMXA 4PK0A 1L83A 1P64A 1L36A 150LA 260LA 2OU8A 257LA 1L41A 1L39A 1D3FA 1L69A 3DN1A 1CV5A 1L70A 253LA 2RBPA 3L2XA 1L40A 1CV6A 206LA 180LA 251LA 1KY0A 1L82A 3OE8A 1CX7A 2O7AA 217LA 3D4SA 1L37A 3C7YA 1OVKA 3DN8A 1L07A 3QAKA 165LA 1T8FA 2Z6BA 1L55A 3HH3A 1QT6A 127LA 4I7LA 4I7QA 2LC9A 4ARLA 2OTZX 3HTGA 1DYFA 2B6YA 1L08A 2HUKA 1DYDA 6LZMA 168LA 169LA 3F9LA 1L49A 1QTHA 1EPYA 1P5CA 1L44A 196LA 1P56A 199LA 4LDLA 1D9WA 4EKRA 225LA 245LA 256LA 195LA 1L61A 4EPFA 1L68A 1DYGA 2RBQA 252LA 177LA 1QTVA 1D2YA 138LA 1L89A 231LA 4GRVA 2RB2X 244LA 5I14A 1L29A 4EXMA 1C6GA 258LA 1C64A 2RH1A 155LA 1NHBA 3SB9A 3CDQA 1C6HA 2QB0B 1QT5A 246LA 3C8QA 119LA 1C6QA 1C60A 1G06A 3HTBA 1L15A 1CUQA 2B74A 1L31A 4S0WA 125LA 183LA 4ARJA 1QS5A 1TLAA 171LA 214LA 1L56A 2RAYX 1DYCA 4W58A 4EJ4A 2B6ZA 1LWGA 4W52A 3C83A 141LA 3DN0A 1C67A 3SB8A 1QUHA 3PDSA 1LYDA 3HU8A 1LYEA 213LA 4W51A 1L62A 3V2WA 1L94A 146LA 1L59A 3C8RA 3HUKA 1QSQA 1L21A 1CU5A 4OO9A 1L66A 3HT9A 1I6SA 108LA 3JR6A 3GUKA 1D3JA 1G0QA 1L48A 3RZEA 1DYBA 1G1VA 1QTDA 1L47A 1L95A 1PQMA 1L04A 223LA 3HT7A 4YX7C 1LYFA 1P2RA 218LA 254LA 2LZMA 3HUQA 209LA 1LWKA 4EKQA 2F47A 1QTBA 103LA 158LA 1T8AA 2L78A 220LA 3C81A 1T97A 2LCBA 1JTNA 1C6JA 1SX2A 122LA 247LA 1L58A 222LA 2ANXA 1OWYA 1CU2A 2RBRA 187LA 2HULA 144LA 2OU0X 1L64A 3HT8A 1L26A 1L10A 2OU9A 3G3WA 192LA 1SSYA 3L64A 212LA 1L25A 1L60A 4ARMA 1ZURA 3C7WA 3C7ZA 1QS9A 1JTMA 1P7SA 1C61A 188LA 120LA 147LA 1P6YA 1L05A 3HT6A 166LA 198LA 115LA 1L12A 2OTYX 1C6KA 1DYEA 1C63A 1G07A 1QTCA 240LA 4YXCA 2B6TA 1L91A 2CUUA 243LA 3HDEA 3HH5A 238LA 1ZYTA 4DJHA 182LA 3GUMA 1PQKA 3NYAA 1L20A 2OE4X 4I7OA 1L90A 114LA 151LA 1G0PA 3DN4A 4ARQA 2HUMA 3CDRA 104LA 2Q9DA 1KNIA 3CDTA 1LYGA 174LA 219LA 1P37A 1OV5A 7LZMA 3LZMA 2RBNA 201LA 3C82A 140LA 228LA 1C66A 2B70A 1LYHA 4K5YA 1T6HA 3GUPA 4ARMB 4I7TA 241LA 4E97A 211LA 1L23A 3CDVA 4LZMA 1L77A 163LA 175LA 1L53A 234LA 2QARC 3RUNA 1L38A 113LA 1C6DA 3EMLA 1JQUA 1C6PA 3HH4A 126LA 3PBLA 191LA 4I7PA 1C6IA 1L22A 1LPYA 1CX6A 216LA 1L50A 1L71A 1L63A 1L88A 2B75A 107LA 111LA 190LA 1PQDA 1L27A 161LA 3OE0A 156LA 2B7XA 1L76A 4ARQB 1L46A 1L16A 1XJTA 4W59A 262LA 3CDOA 1CU0A 3OE9A 3DNAA 3C8SA 4I7NA 1QSBA 1K28A 1L14A 2F2QA 2O79A 3SB6A 3FADA 1C6AA 1L0KA 3FA0A 3GUNA 1C6CA 3DKEX 232LA 3OE6A 1L79A 1C6TA 229LA 1L24A 3GUJA 2RB0X 1D3MA 1L09A 2OE7X 2B72A 2Q9EA 259LA 164LA 1LI3A 235LA 128LA 3DN2A 1C6MA 1P2LA 129LA 1L54A 4W53A 110LA 186LA 1CVKA 250LA 1L01A 4I7KA 131LA 242LA 1L02A 1PQJA 2RBSA 1XEPA 227LA 1LGXA 239LA 1QT8A 3V2YA 3ODUA 149LA 2NTHA 1T8GA 137LA 3VW7A 2RBOA 1CUPA 1LGWA 1L84A 1L33A 1QUOA 1CV3A 215LA 3NY9A 2F32A 157LA 1L67A 224LA 1L80A 3HU9A 4LDOA 4I7MA 210LA 3K2RA 1G1WA 1L18A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CV0A 2HTXA 5APCA 1JKDA 200LA 2ZNWY 3DN6A 1L19A 3BKVA 1GE0A 1G7LC 1LYJA 1WTHA 112LA 1DYAA 3AGIA 4HPIA 2HEAA 2B6XA 2N5ZA 3NY8A 3AW7A 1RI8B 4WM5A 3CSQA 236LA 1G0KA 3DMZA 3ATOA 1LHHA 3WL2A 1LZ9A 4RW2A 3UONA 3SBAA 4GN5C 1J1XY 1AZFA 1QT4A 2IHLA 1GE2A 5KKJA 1XSFA 4DD1A 4ZEEA 1G0LA 2HEDA 4ZPUA 1D3NA 1GB3A 4OOOA 4WMGA 1LI2A 1CJ7A 1F10A 4NSIA 1LSNA 197LA 1LSGA 2MEHA 1UIFA 4IATA 1JKAA 1GE4A 1HHLA 3W6CA 3SBBC 1FLWA 3HWLA 1CU3A 102LA 176LA 1JTOL 3AW6A 4YXAC 3WPLA 4Z98A 3ZEKA 3G3VA 4H90A 2I26L 1C65A 4EKSA 3HBHA 2XJWA 2X0AA 2LZ2A 1L06A 1HEQA 1L96A 1L99A 3DMVA 5F16A 5K7OA 1JKCA 3EMSA 1GF9A 230LA 1HFYA 1L43A 3FI5A 4GN4A 2XBSA 2ZYPA 2BQDA 3G3AB 1IC4Y 2IGCA 1KW7A 1L00A 1OV7A 1LJNA 1LSCA 1KIQC 3DMXA 5I4XA 4WOAA 4G49A 3WH1A 2HEBA 4XENA 4DT3A 1CV5A 253LA 2RBPA 1C43A 1CV6A 4NSHA 3TMUA 1FLYA 1IC7Y 4NSGA 3QAKA 1VAUA 1IVMA 1TAYA 4I7QA 1V7SA 2AUBA 2LC9A 1HMLA 4BADA 4WG7A 4B49A 1BQLY 2OTZX 6LZMA 168LA 1LHKA 1JITA 1L49A 1HF4A 1EPYA 1W08A 1GAZA 199LA 2Z2EA 245LA 4NSJA 1L61A 4EPFA 1L68A 3A6CY 1GBZA 5L3IA 1NDMC 1G7HC 1GFTA 138LA 1LMAA 3TXBA 5I14A 4EXMA 4NGJA 4OOTA 2I6ZA 1GFAA 3HBEX 1XFPL 3CDQA 3TXGA 1N4FA 119LA 2MEBA 5AMYA 1C60A 3HTBA 5FEKA 4ET8A 4HJZA 2HECA 2FYDA 1L31A 4WLTA 171LA 4NGWA 4XJBA 3RW8A 4RDSA 4W58A 5KXXA 1LWGA 1AM7A 3DN0A 3PDSA 1REMA 4WM6A 1QUTA 1QQYA 1IWXA 3A8ZA 1BWIA 3HUKA 1QSQA 3P68A 1JTTL 1T3PA 1QTKA 4N8ZA 3HT9A 108LA 3GUKA 1L48A 1G0QA 4CJ2A 4C5FA 1QTDA 4Z41A 1EL1A 2EPEA 1GFRA 1IY3A 1DKKA 1D0KA 2HU1A 2G4PA 8LYZA 103LA 2L78A 220LA 1OUAA 2BQAA 4NEBA 3WVYA 1A2YC 2F4GA 5DM9A 1AKIA 1XGPC 2OU9A 1GWDA 4G4BA 5I5QA 212LA 1L25A 1PS5A 2BQKA 154LA 1JJ1A 3N9CA 1FLUA 1OQMA 3EO5A 3A3RX 1C6KA 1UC0A 1C63A 1T6VL 2YBLA 243LA 4NHQA 1ZVHL 5DN4A 1LMCA 4TSCA 2A7DA 5B06A 4DQ5A 3LN2A 1L20A 5FHWA 1H6MA 1L90A 151LA 1BGIA 4NGYA 174LA 4LT1A 3N9EA 4LYBA 7LZMA 2RBNA 1LHMA 2B70A 2BQLA 1LYHA 1JJ3A 5FELA 241LA 4E97A 4PPOA 5LXWA 2Q0MX 4HV1A 1GB0A 1NMMA 3AZ7A 2YBHA 4OWEA 4N1CC 1IOQA 113LA 3EMLA 5L3HA 3PBLA 1GXV2 1LPYA 3QY4A 1ZMYL 4H94A 1L88A 2B75A 1DPWA 1RFPA 1PQDA 4NFVA 1INUA 161LA 1XGUC 1L46A 1XJTA 1LJJA 3LYZA 1YANA 5F9UA 3RNXA 3SB6A 1LZAA 1LJHA 2BQIA 3W6DA 1L0KA 1J1PY 1C6CA 1VFBC 2YSSC 232LA 229LA 3GUJA 1LHJA 1IP6A 2OE7X 164LA 3WVXA 1GBOA 4B4EA 1P2LA 1L54A 110LA 4WLDA 3HFMY 1CVKA 1LJKA 4I7KA 227LA 4QGZA 2FBBA 3ODUA 5F14A 2NTHA 4PRQA 1L33A 215LA 2F32A 1L80A 4GCCA 4LDOA 1QTEA 4I7MA 210LA 2G4NA 4HJYA 1G1WA 1B7LA 1L18A 4NHTA 1LJIA 1B5XA 172LA 5A3ZA 4AQNA 1GBXA 1P3NA 4R0FA 3AB6A 4H9CA 1CU6A 1L65A 4W54A 3G3BB 3LZTA 3A94A 4DYGA 233LA 5IHGA 4I7JA 1LYOA 1B5UA 142LA 123LA 1LW9A 5C6JA 2G4QA 1XJUA 1QTZA 3AGHA 4CHXA 1L74A 5KXWA 5EBHA 4ETBA 3WXTA 3G3XA 1GFJA 1L03A 1UBZA 2RB1X 226LA 118LA 4EKPA 4W55A 1REXA 3WPKA 1KY1A 2DQIY 1P2CC 4GBRB 1LI6A 4XJDA 1QUGA 3WUNA 1CKGA 1GFUA 1L97A 3A3QA 4ETCA 1KW5A 2DBTA 1UA6Y 3SB7A 1LZDA 3TXHA 1IR9A 249LA 4TUNA 130LA 1L86A 2YDGA 1GB5A 1YROA 255LA 2CJLA 4LYZA 4WM1A 2BQJA 4IAPA 1LYIA 4UWVA 4I0CA 3A93A 1SSWA 2ZQ3A 4PJZA 1QT7A 2B73A 1P46A 4DKLA 1G7MC 1WTNA 3HBDA 1L51A 2RAZX 221LA 1L17A 1NQIA 3HUAA 248LA 5C6LA 3HH6A 1L72A 3W6EA 185LA 4IASA 2O4WA 4GN3A 4W96A 3T36A 1IOCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CV0 A;  2HTX A;  5APC A;  1JKD A;  200L A;  2ZNW Y;  3DN6 A;  1L19 A;  3BKV A;  1GE0 A;  1G7L C;  1LYJ A;  1WTH A;  112L A;  1DYA A;  3AGI A;  4HPI A;  2HEA A;  2B6X A;  2N5Z A;  3NY8 A;  3AW7 A;  1RI8 B;  4WM5 A;  3CSQ A;  236L A;  1G0K A;  3DMZ A;  3ATO A;  1LHH A;  3WL2 A;  1LZ9 A;  4RW2 A;  3UON A;  3SBA A;  4GN5 C;  1J1X Y;  1AZF A;  1QT4 A;  2IHL A;  1GE2 A;  5KKJ A;  1XSF A;  4DD1 A;  4ZEE A;  1G0L A;  2HED A;  4ZPU A;  1D3N A;  1GB3 A;  4OOO A;  4WMG A;  1LI2 A;  1CJ7 A;  1F10 A;  4NSI A;  1LSN A;  197L A;  1LSG A;  2MEH A;  1UIF A;  4IAT A;  1JKA A;  1GE4 A;  1HHL A;  3W6C A;  3SBB C;  1FLW A;  3HWL A;  1CU3 A;  102L A;  176L A;  1JTO L;  3AW6 A;  4YXA C;  3WPL A;  4Z98 A;  3ZEK A;  3G3V A;  4H90 A;  2I26 L;  1C65 A;  4EKS A;  3HBH A;  2XJW A;  2X0A A;  2LZ2 A;  1L06 A;  1HEQ A;  1L96 A;  1L99 A;  3DMV A;  5F16 A;  5K7O A;  1JKC A;  3EMS A;  1GF9 A;  230L A;  1HFY A;  1L43 A;  3FI5 A;  4GN4 A;  2XBS A;  2ZYP A;  2BQD A;  3G3A B;  1IC4 Y;  2IGC A;  1KW7 A;  1L00 A;  1OV7 A;  1LJN A; 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