1QUTA

The soluble lytic transglycosylase slt35 from escherichia coli in complex with n-acetylglucosamine
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
322
structure length
312
Chain Sequence
b'MVEPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNQGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Escherichia coli lytic transglycosylase Slt35 reveals a lysozyme-like catalytic domain with an EF-hand.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYTIC MUREIN TRANSGLYCOSYLASE B
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase
total genus 108
structure length 312
sequence length 322
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1999-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1qutA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qutA02
3LZTA 1B5WA 4RDSA 3AW7A 1DKKA 1KIQC 1FN5A 1EQEA 1LMNA 2EKSC 1G7MC 2C8OA 1HF4A 3E3DA 4HJZA 1FLQA 1I1ZA 2HTXA 1LMTA 1GE2A 3A95A 4DDCA 5F14A 1RFPA 2W1LA 2BQAA 1A2YC 1FLUA 4GN3A 1OUCA 4KPMA 3W6CA 4FDYA 4B49A 1RCMA 5APFA 1LSNA 1FDLY 1XGTC 1LMAA 4CHXA 1AKIA 4N0JA 1UA6Y 4CFOA 2B5ZA 1BQLY 2HEAA 2ZIKA 2ZYPA 1LZRA 2LHMA 5HMJA 4LFXA 1GWDA 4U3XB 3J6KA 1NBZC 1GBWA 4G9SA 5LIOA 1LSGA 1LZBA 1JTPL 5B1FA 1QIOA 2YBNA 4DDAA 3AZ7A 2DQAA 2D4JA 3D9AC 1GXV2 4G4BA 4NGLA 1GBSA 4W96A 1JJ3A 4ML7A 5E4PA 5IHGA 2EIZC 1RJCB 1LZCA 2FYCA 3P65A 1GFUA 1IP1A 1WQQA 2Z18A 3FI7A 1XGPC 1IY3A 4WM3A 1LZEA 5C6LA 3RZ4A 1LZ9A 2XBRA 4G4CA 1LJ3A 5HNCA 1LJGA 4OW1A 3AJNA 4WM2A 4DD3A 1JKCA 1OUFA 4WM6A 2Z2FA 3W6AA 4DYGA 1N4FA 1GE1A 1YANA 1BGIA 1B7LA 1HENA 2ZQ3A 4IJ4A 4DD0A 1GBXA 1OUAA 1CJ7A 4PGJB 1ZMYL 4WLDA 3WUAA 1YKZX 4DC4A 1GB3A 1B7OA 1IOCA 2F2NA 1GB5A 5ILFA 1BVXA 4DD2A 3WULA 2G4QA 4O34A 5A3EA 1LZAA 1UICA 3W6BA 135LA 2H5ZA 5L9JA 1HSXA 1QUSA 5II3A 3IJVA 4NGOA 4NGKA 4N1CC 3TXBA 1TBYA 4NFVA 1V7SA 1UIAA 5I4XA 1ZV5L 1JTTL 3WU7A 5EBHA 4B4IA 1LYSA 1GEZA 2W1YA 2LZ2A 3EO5A 1DI4A 1T3PA 3P66A 2BPUA 3WL2A 2LYZA 2XTHA 3TMXA 3ZEKA 2MEIA 1BWIA 2ZNXY 1CKDA 1HEWA 4WLYA 4DT3A 5F16A 4J1AA 4TX7A 4KXIA 5I4YA 2BAAA 1BB3A 4Z46A 3LYZA 4GLVA 5LAFA 3QNGA 3RW8A 1JEFA 4PJ2C 4PPOA 4LYZA 1BWJA 3WPJA 3A3RX 2DQGY 3W6EA 4IATA 1TAYA 5AMYA 4NSHA 2YSSC 1IOQA 4W94A 4YEOA 1VEDA 1TDYA 208LA 3OJPA 1DQJC 1LZNA 1LTMA 1TCYA 3AB6A 1LHJA 1GBOA 4C3WA 4OOTA 4Z98A 1LHIA 1XFPL 3CB7A 1LZ6A 1CKFA 2BQEA 3WVYA 2HEFA 193LA 3TXHA 1REZA 1QUTA 1CKCA 1YAMA 1ZVHL 4GN4A 1LJIA 1ALCA 3ZVQB 1LZ5A 2DQEY 1LYOA 1JTOL 1YQVY 2HU1A 2RSCA 3LYOA 1P2CC 2DQDY 5DN4A 1UC0A 5LVKA 4ET8A 2IHLA 1FBIX 4TSCA 1B7RA 2MEGA 4ET9A 5LYMA 4GCCA 2MEAA 5LXWA 5KXLA 1GEVA 2LYMA 1LSYA 1DPWA 5KXOA 3CSZA 1OUEA 9LYZA 1G7HC 1LZTA 1CKHA 1GFKA 4BAPA 1JKBA 1UBZA 2G4PA 5I54A 1GDXA 4WM1A 4ETAA 4H94A 2BLYA 1C10A 1IP2A 1GFHA 3TMUA 3TXDA 4AGAA 1IWYA 1JPOA 1LJEA 3B0KA 3CSRA 1BHZA 1C43A 4CJ2A 1VDSA 5F9XA 1GF0A 1E8LA 1B5VA 4UWVA 5APEA 1C08C 1GF7A 3ULRA 2EQLA 4H9EA 1W6ZA 4NGWA 1AZFA 4TSBA 3SP3A 4NSJA 1LSAA 3K3TA 1AM7A 1GFTA 2CWIA 4H93A 4LFPA 6LYZA 1DI3A 2YBHA 1GBYA 1WQPA 4IASA 2D91A 1NHEA 1F0WA 4NWHA 4YEMA 4HPIA 4LYOA 5T3FA 1HELA 2DBTA 5F81A 1LCNA 1WQRA 4NHIA 4R6CA 4H8YA 4M6DA 1LHMA 2DQHY 2MECA 3HBDA 2FBDA 4HTQA 1YL0X 2MEBA 3A92A 4BAFA 5DLAA 1J1XY 3A3QA 4XENA 2Y8PA 4H9FA 4XADA 3ATNA 3A6CY 3TXGA 3W6FA 5C6JA 1IP6A 1XGUC 4A7DA 1LJHA 1UIBA 1SLYA 1LZ4A 4B0DA 1IWWA 1XEJA 1YL1X 4OWCA 1GDWA 4QEQA 6LYTA 1XEIA 1QSAA 4FJRA 5J7CA 1LZ1A 1HFXA 1LZDA 2MEFA 2YBJA 1LJFA 1T6VL 1RE2A 3A93A 4LT1A 1LZYA 1BVKC 4WL6A 1IVMA 154LA 3D3DA 2ZQ4A 4RLMA 5E9RA 1B5YA 1JIYA 4LT3A 1F10A 1O23A 1I20A 1LSFA 5JENB 3TXKA 3B0OA 4GCDA 1BB5A 3CT1A 3VWOA 1QTEA 1QTKA 1UIEA 3B72A 1JUGA 1OUBA 1LSDA 3A8ZA 4XJGA 2CGIA 3A90A 1NKHA 4WG1A 1BWHA 5D5FA 1G7JC 133LA 1G7LC 5B1GA 1VDTA 4H8XA 4OWHA 4UWUA 4TUNA 1HEMA 1GXXA 1LSMA 1KXXA 1FLWA 1HFYA 5B59A 1LKRA 5D5CA 1IWZA 2I25L 1HSWA 2BQHA 2BQBA 4LYBA 5LYTA 1IX0A 3BKHA 3OK0A 2BQMA 5DL9A 4J7VA 1RI8B 4WL7A 1UCOA 1FLYA 3RT5X 1VDPA 1XEKA 1D0KA 1HEQA 1LMOA 1BB7A 1HMLA 1UACY 1A4VA 3AGGG 2BQIA 2C8PA 2YBMA 1DKJA 5KKJA 1LMCA 1CJ6A 2FBBA 3P64A 3WUMA 5ILCA 1IY4A 2CJLA 1GF8A 1BB6A 1OUGA 3AZ6A 3GXRA 5LVIA 3WH1A 4ETCA 5KXXA 1LAAA 3A94A 207LA 5B07A 1IORA 4WM4A 5LVGA 5LA5A 3J4GA 4HSFA 8LYZA 1GB8A 1WVVA 4B4EA 1GF3A 1GB7A 1YAQA 5KXYA 3T36A 4NHTA 4D9ZA 4YM8A 3G3BB 2HEEA 1GFJA 3WVXA 4WM5A 3T6UA 5LA8A 3ZVQA 1WVUA 4OWBA 1VDQA 1JHLA 5L3IA 1NDMC 132LA 2MEHA 1UIDA 4ETDA 1IWUA 5HQ1A 4GCFA 4ETEA 5HMVA 1B2KA 1Z55A 4LYCA 1OUDA 5L3HA 4MR1A 4H8ZA 5DN5A 3WW5A 3A91A 1LMPA 1JKAA 1LZGA 1VATA 1QQYA 1GF6A 2G4NA 3P68A 5KXKA 4NIJA 1D6PA 1OUJA 1GD6A 2BQOA 2Z37A 4Z3MA 1V7TA 1F6RA 5APDA 1XGQC 4GCBA 1EL1A 4WMGA 1PS5A 3W3EA 4DWXA 1GFVA 4DD1A 1VFBC 4WO9A 2DQJY 2DQCY 2BQDA 1IIZA 4II8A 2Z2EA 3N9EA 1IP5A 1IR7A 1F6SA 3EMSA 1WQOA 3LYTA 4WOAA 2BQCA 1ZVYB 3LHMA 5KXWA 4H91A 5KXNA 4NHPA 3WPKA 2Q0MX 4BS7A 1W08A 5B06A 1EQ4A 1DPXA 3N9CA 4HPEA 2Z12A 4X3BA 3F6ZA 1EQ5A 2ZWBA 2ZIJA 3A6BY 4NSIA 1LKSA 1CJ9A 4H9HA 4NGYA 4RW2A 1GB2A 2H9JA 3WU8A 2Z19A 1XSFA 2XJWA 1DXJA 5FEKA 1H87A 1IP3A 1J1PY 1GF4A 1J1OY 4H9BA 2BQGA 2BQFA 4BADA 5HLLA 4CFPA 4HJVA 3LYMA 1NMMA 2X0AA 1YROA 1LSPA 4ZFPA 3TMVA 1C46A 2BQLA 1LSZA 3GXKA 1D0LA 1JSFA 1B0DA 1DI5A 1LZSA 1LSCA 1GAYA 4G49A 1LJKA 4H92A 3WXTA 1DZBX 2BQJA 3WPLA 4NHSA 4RLNA 1IP4A 1H6MA 3LZ2A 4J0LA 1GE4A 1GFRA 4YOPA 4E3UA 1UIHA 2PC2A 1LHKA 1PZYA 1XGRC 4OWEA 4H90A 4GLAA 1REYA 5FCPA 5A3ZA 3HBHA 4HV1A 1LPIA 1HERA 4LT0A 1OUIA 5FHWA 1GF9A 1OQMA 4XN6A 1GFEA 1NDGC 2Z39A 4YENA 1GF5A 2MEEA 2BQNA 4WG7A 3WXUA 5LINA 3EBAB 1VAUA 2HEDA 2YBLA 1HFZA 5FDJA 1IR9A 1C45A 1B5ZA 1G7IC 1HHLA 4LZTA 1YILA 3QE8A 4NEBA 4WLXA 1KXYA 4XJBA 1JJ0A 4GN5C 4C5FA 2FYDA 4ANRA 1LJNA 2A7DA 3TXFA 2GV0A 1GHLA 1LMQA 1YKXX 2F4AA 3QY4A 1JJ1A 3IWRA 3RU5A 4N5RA 1AT6A 4DD7A 1FKQA 4UWNA 1JITA 4NWEA 5KXPA 4I0CA 1OUHA 4AXTA 1YIKA 2NWDX 5KKIA 1NBYC 1YAPA 1QSWA 3TXJA 4ZEEA 3WYHA 134LA 5B05A 4HV2A 3AGIA 4HJYA 5DM9A 2HECA 5IDDA 1GAZA 4HTKA 4NGVA 3TMWA 1JWRA 1LYYA 1B5XA 1NWGA 2DQIY 4NSGA 194LA 3AZ5A 1QDRA 1WQMA 2D4IA 5K7OA 5C6IA 1B5UA 1HNLA 1LSBA 3A67Y 2YBIA 3HFMY 5KY1A 4NHQA 1HC0A 1B9OA 1LHLA 4TWSA 4LT2A 4N9RA 1LJJA 1IWXA 4XJDA 4LYMA 1MELL 1LHHA 4CGEA 3LN2A 3IJUA 3BKVA 3TXIA 3M3UA 4OOOA 5I4WA 3M18B 4EMNA 4EOFA 2LZTA 1WQNA 4YF2A 2YVBA 3HBEX 3N9AA 1FKVA 1SQ2L 4M4OA 1LJ4A 4I8SA 3WUNA 4H9CA 1NF5A 1JKDA 4KT3A 1LYZA 1REMA 5APCA 4P2EA 1D6QA 1INUA 1WTNA 2W1XA 4J1BA 4PRUA 2HEBA 1IEEA 1IC7Y 4LGKA 5LVJA 1IWTA 2Z38A 2ZILA 4MSTA 1GB6A 3A34A 3MGWA 2D4KA 4DD9A 1LSEA 2I6ZA 1IO5A 1CJ8A 1YKYX 1D0MA 3AW6A 3KAMA 4N1EI 5KXSA 5LVHA 1D9UA 1GE3A 2WARA 1LOZA 3CQLA 1B7MA 7LYZA 4MCKA 4Z41A 2A7FA 1HMKA 2F4GA 2N5ZA 2HUBA 3AZ4A 153LA 4PRQA 2W1MA 5I5QA 4R0FA 1KIRC 1YAOA 5KXTA 2BQKA 4PHIA 4HP0A 4ZIXA 4WLTA 3B0IA 1IC5Y 1UUZC 1C7PA 3A96A 3WW6A 2EPEA 4B4JA 1I56A 1JSEA 2BLXA 4HTNA 1NQIA 1IC4Y 1UIFA 1QDTA 4NY5A 5LYZA 4TTDA 1IOSA 5KXMA 2VB1A 4ETBA 4NGZA 1GFAA 2YDGA 5F9UA 4OWAA 2ZYCA 4DDBA 2D6BA 3P4ZA 4NGIA 5KXZA 1IR8A 4NGJA 1REXA 3AYQA 1B7QA 2XBSA 1GBZA 1HEPA 3ATOA 3G3AB 1AT5A 2LYOA 1B7NA 3TXEA 1KIPC 2MEDA 3CSQA 1OP9B 3WU9A 1GB0A 4LYTA 2F30A 3CT0A 3W6DA 1TEWA 1GFGA 4QY9A 1BB4A 5FSTA 1B7SA 4XJFA 1UIGA 5I53A 2AUBA 4QDNA 1IWVA 1JISA 4G4HA 2DKVA 4H9IA 1WTMA 5HNLA 3EXDA 1IP7A 4N8ZA 4RW1A 4XJIA 5LAGA 4B1AA 1B7PA 1LZ8A 3CT5A 4NG1A 3RNXA 4KL7A 4L41A 4XYYA 5KXRA 2I26L 1KXWA 5KJ9A 4H1PA 4NG8A 2ZNWY 4GCEA 3AGHA 4XJHA 2IFFY 3B6LA 2CDSA 1GB9A 1HEOA 1GPQC 2H9KA 2HU3A 1IOTA 4QGZA 5FELA 1GE0A 1MLCE 4WO6A 5M1YA 2DQFC 1CKGA 3WMKA 3FE0A 5IELA 1CNSA 4H9AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RDSA 1DKKA 1L55A 1GJSA 1G7MC 240LA 3U6CA 3E3DA 2GQFA 2HTXA 1LMTA 1GE2A 1QZEA 4WURA 215LA 4DDCA 3C8RA 4KPMA 1C6HA 2C9OA 5APFA 1XGTC 3HH4A 2EUCA 5ITQA 1UA6Y 4CFOA 1G8PA 5HMJA 2L7HA 3K8ZA 3HDEA 1F4IA 258LA 4W53A 177LA 1JTPL 118LA 1DYEA 2D4JA 3GRRA 4NGLA 4LFBM 4G4BA 1GBSA 1JJ3A 5IHGA 2EIZC 3TWLA 1LZCA 2FYCA 1GFUA 1WQQA 3AOGA 4D80A 119LA 255LA 3NY8A 1OUFA 4MGIE 4DYGA 1YANA 1BGIA 1B7LA 1L61A 3AV0A 1VQ1A 2ZQ3A 227LA 4DD0A 4DC4A 1HNWM 1GB3A 2F2NA 2KRKA 2LTUA 137LA 1BVXA 3QWLA 138LA 2DENA 1L07A 1A5TA 3WULA 1P2LA 1TTEA 5EP3A 4DV4M 4EPIA 1L8QA 2DAIA 3CF2A 2BWEA 1K3WA 4LZZA 1LI2A 4NGOA 3G3VA 2JUJA 1J09A 128LA 3C80A 1YUBA 1V7SA 1P64A 5I4XA 114LA 217LA 2XF3A 1JTNA 1DYGA 2KHHA 107LA 1L12A 2QQ8A 2XTHA 2A5YB 2ZNXY 4PD2A 4KXIA 3DMXA 5I4YA 2B6TA 4ARQA 4I7NA 3SATA 4GLVA 3C81A 5LAFA 1L06A 3DN2A 1JEFA 4PJ2C 4LYZA 4FWGA 211LA 1AIPC 4R3DA 1L40A 3WPJA 182LA 190LA 1TAYA 2YSSC 4W94A 1VEDA 2WZJA 3OJPA 3AB6A 2X8AA 4C3WA 3CB7A 1XFPL 1LZ6A 2KZSA 3CGWA 193LA 1ZVHL 1CKCA 1ALCA 3ZVQB 4WW0A 2UUCM 1D2YA 196LA 5DN4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4RDS A;  1DKK A;  1L55 A;  240L A;  1G7M C;  3E3D A;  2HTX A;  1LMT A;  1GE2 A;  4DDC A;  215L A;  3C8R A;  4KPM A;  1C6H A;  5APF A;  1XGT C;  3HH4 A;  1UA6 Y;  4CFO A;  5HMJ A;  3HDE A;  4W53 A;  258L A;  177L A;  1JTP L;  118L A;  1DYE A;  2D4J A;  4NGL A;  4G4B A;  1GBS A;  1JJ3 A;  5IHG A;  2EIZ C;  1LZC A;  2FYC A;  1GFU A;  1WQQ A;  119L A;  255L A;  3NY8 A;  1OUF A;  4DYG A;  1YAN A;  1BGI A;  1B7L A;  1L61 A;  2ZQ3 A;  227L A;  4DD0 A;  4DC4 A;  1GB3 A;  2F2N A;  137L A;  1BVX A;  138L A;  1L07 A;  3WUL A;  1P2L A;  4EPI A;  4NGO A;  1LI2 A;  3G3V A;  128L A;  3C80 A;  1V7S A;  1P64 A;  5I4X A;  114L A;  217L A;  1JTN A;  1DYG A;  107L A;  1L12 A;  2XTH A;  2ZNX Y;  4KXI A;  3DMX A;  5I4Y A;  2B6T A;  4ARQ A;  4I7N A;  4GLV A;  3C81 A;  5LAF A;  1L06 A;  3DN2 A;  1JEF A;  4PJ2 C;  4LYZ A;  211L A;  1L40 A;  3WPJ A;  182L A;  190L A;  1TAY A;  2YSS C;  4W94 A;  1VED A;  3OJP A;  3AB6 A;  4C3W A;  3CB7 A;  1XFP L;  1LZ6 A;  193L A;  1ZVH L;  1CKC A;  1ALC A;  3ZVQ B;  1D2Y A;  196L A; 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