1QVGN

Structure of cca oligonucleotide bound to the trna binding sites of the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb
total genus 36
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1qvgN00
1M1KM 3CC4L 1QVFK 1VQOL 1M90P 1K8AM 3CD6O 1S72L 3CCQL 1Q7YP 1Q86P 2QA4O 1QVGN 1JJ2N 3CPWN 1KQSK 1VQ6O 3CXCK 1VQ5O 1YIJL 1VQLL 3CMEO 2QA4L 1M1KP 1VQ9L 1K8AP 3G6EL 3CC2O 1VQ5L 1VQ7L 1YITL 3G4SL 1W2BK 3CCMO 3CC2L 3CCUL 3CXCN 3CCEO 1YJNO 1YJWO 3CCJO 1VQ4O 3G71O 3CCRO 3CD6L 2OTLO 3CCEL 1YJNL 1YJWL 1VQ8O 2OTJO 1KC8M 3CCJL 1VQPO 1VQ4L 1VQNO 3I55O 1QVFN 1VQ6L 1YI2O 3CCLO 2OTJL 1K9MM 3CMEL 3CCSO 1VQPL 3I55L 1VQKO 3CC7O 3CCLL 1NJIM 1KQSN 3CCVO 3CMAO 3I56O 1KC8P 3CCML 1VQMO 1KD1M 3I56L 1K9MP 1YHQO 1QVGK 1JJ2K 3CPWK 1N8RM 3G71L 3CCRL 1W2BN 1NJIP 2OTLL 1S72O 1YJ9O 1VQ8L 1KD1P 3OW2K 1VQNL 2QEXO 1Q82M 1YI2L 1Q81M 1YJ9L 1YIJO 1VQLO 3CCSL 1K73M 1N8RP 1VQ9O 2QEXL 1VQKL 3CC7L 3G6EO 1M90M 3CCVL 3CMAL 1VQ7O 3G4SO 1YITO 1Q7YM 1Q86M 3OW2N 1Q82P 3CC4O 3CCUO 1VQML 1Q81P 1VQOO 1K73P 1YHQL 3CCQO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1M1KM 3CC4L 1QVFK 1VQOL 1M90P 1K8AM 3CD6O 1S72L 3CCQL 1Q7YP 1Q86P 2QA4O 1QVGN 1JJ2N 3CPWN 1KQSK 5DQZA 1VQ6O 3CXCK 1VQ5O 4WJ0A 1YIJL 1VQLL 3CMEO 5DS5A 2QA4L 1M1KP 1VQ9L 1K8AP 3G6EL 3CC2O 1VQ5L 1VQ7L 4QDLA 1YITL 3G4SL 1W2BK 3CCMO 3CC2L 3CCUL 5FCLA 3CXCN 3CCEO 1YJNO 1YJWO 3CCJO 1VQ4O 3G71O 3CCRO 3CD6L 2OTLO 3CCEL 5DS4A 3NKDA 5DLJA 1YJNL 1YJWL 1VQ8O 2OTJO 1KC8M 3CCJL 1VQPO 1VQ4L 1VQNO 5DQTA 3I55O 4P6IC 1QVFN 1VQ6L 1YI2O 3CCLO 2OTJL 1K9MM 3CMEL 3CCSO 1VQPL 3I55L 1VQKO 3CC7O 3CCLL 1NJIM 1KQSN 3CCVO 3I56O 3CMAO 1KC8P 3CCML 1VQMO 1KD1M 3I56L 1K9MP 1YHQO 1QVGK 1JJ2K 3CPWK 1N8RM 3G71L 3CCRL 1W2BN 1NJIP 2OTLL 1S72O 1YJ9O 3GODA 1VQ8L 1KD1P 3OW2K 1VQNL 2QEXO 1Q82M 2YZSA 1YI2L 1Q81M 1YJ9L 1YIJO 1VQLO 3CCSL 1K73M 1N8RP 1VQ9O 2QEXL 1VQKL 3CC7L 3G6EO 1M90M 3CCVL 3CMAL 4W8KA 1VQ7O 4XTKA 3G4SO 1YITO 1Q7YM 1Q86M 3OW2N 1Q82P 3CC4O 3CCUO 1VQML 1Q81P 1VQOO 4N06A 1K73P 1YHQL 3CCQO 5DS6A
chains in the Genus database with same CATH topology
1M1KM 3CC4L 1QVFK 1VQOL 1M90P 1K8AM 3CD6O 1S72L 3CCQL 1Q7YP 1Q86P 2QA4O 1QVGN 1JJ2N 3CPWN 1KQSK 5DQZA 1VQ6O 3CXCK 1VQ5O 4WJ0A 1YIJL 1VQLL 3CMEO 5DS5A 2QA4L 1M1KP 1VQ9L 1K8AP 3G6EL 3CC2O 1VQ5L 1VQ7L 4QDLA 1YITL 3G4SL 1W2BK 3CCMO 3CC2L 3CCUL 5FCLA 3CXCN 3CCEO 1YJNO 1YJWO 3CCJO 1VQ4O 3G71O 3CCRO 3CD6L 2OTLO 3CCEL 5DS4A 3NKDA 5DLJA 1YJNL 1YJWL 1VQ8O 2OTJO 1KC8M 3CCJL 1VQPO 1VQ4L 1VQNO 5DQTA 3I55O 4P6IC 1QVFN 1VQ6L 1YI2O 3CCLO 2OTJL 1K9MM 3CMEL 3CCSO 1VQPL 3I55L 1VQKO 3CC7O 3CCLL 1NJIM 1KQSN 3CCVO 3I56O 3CMAO 1KC8P 3CCML 1VQMO 1KD1M 3I56L 1K9MP 1YHQO 1QVGK 1JJ2K 3CPWK 1N8RM 3G71L 3CCRL 1W2BN 1NJIP 2OTLL 1S72O 1YJ9O 3GODA 1VQ8L 1KD1P 3OW2K 1VQNL 2QEXO 1Q82M 2YZSA 1YI2L 1Q81M 1YJ9L 1YIJO 1VQLO 3CCSL 1K73M 1N8RP 1VQ9O 2QEXL 1VQKL 3CC7L 3G6EO 1M90M 3CCVL 3CMAL 4W8KA 1VQ7O 4XTKA 3G4SO 1YITO 1Q7YM 1Q86M 3OW2N 1Q82P 3CC4O 3CCUO 1VQML 1Q81P 1VQOO 4N06A 1K73P 1YHQL 3CCQO 5DS6A
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1M1K M;  3CC4 L;  1QVF K;  1VQO L;  1M90 P;  1K8A M;  3CD6 O;  1S72 L;  3CCQ L;  1Q7Y P;  1Q86 P;  2QA4 O;  1QVG N;  1JJ2 N;  3CPW N;  1KQS K;  1VQ6 O;  3CXC K;  1VQ5 O;  1YIJ L;  1VQL L;  3CME O;  2QA4 L;  1M1K P;  1VQ9 L;  1K8A P;  3G6E L;  3CC2 O;  1VQ5 L;  1VQ7 L;  1YIT L;  3G4S L;  1W2B K;  3CCM O;  3CC2 L;  3CCU L;  3CXC N;  3CCE O;  1YJN O;  1YJW O;  3CCJ O;  1VQ4 O;  3G71 O;  3CCR O;  3CD6 L;  2OTL O;  3CCE L;  1YJN L;  1YJW L;  1VQ8 O;  2OTJ O;  1KC8 M;  3CCJ L;  1VQP O;  1VQ4 L;  1VQN O;  3I55 O;  1QVF N;  1VQ6 L;  1YI2 O;  3CCL O;  2OTJ L;  1K9M M;  3CME L;  3CCS O;  1VQP L;  3I55 L;  1VQK O;  3CC7 O;  3CCL L;  1NJI M;  1KQS N;  3CCV O;  3CMA O;  3I56 O;  1KC8 P;  3CCM L;  1VQM O;  1KD1 M;  3I56 L;  1K9M P;  1YHQ O;  1QVG K;  1JJ2 K;  3CPW K;  1N8R M;  3G71 L;  3CCR L;  1W2B N;  1NJI P;  2OTL L;  1S72 O;  1YJ9 O;  1VQ8 L;  1KD1 P;  3OW2 K;  1VQN L;  2QEX O;  1Q82 M;  1YI2 L;  1Q81 M;  1YJ9 L;  1YIJ O;  1VQL O;  3CCS L;  1K73 M;  1N8R P;  1VQ9 O;  2QEX L;  1VQK L;  3CC7 L;  3G6E O;  1M90 M;  3CCV L;  3CMA L;  1VQ7 O;  3G4S O;  1YIT O;  1Q7Y M;  1Q86 M;  3OW2 N;  1Q82 P;  3CC4 O;  3CCU O;  1VQM L;  1Q81 P;  1VQO O;  1K73 P;  1YHQ L;  3CCQ O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1M1K M;  3CC4 L;  1QVF K;  1VQO L;  1M90 P;  1K8A M;  3CD6 O;  1S72 L;  3CCQ L;  1Q7Y P;  1Q86 P;  2QA4 O;  1QVG N;  1JJ2 N;  3CPW N;  1KQS K;  5DQZ A;  1VQ6 O;  3CXC K;  1VQ5 O;  4WJ0 A;  1YIJ L;  1VQL L;  3CME O;  5DS5 A;  2QA4 L;  1M1K P;  1VQ9 L;  1K8A P;  3G6E L;  3CC2 O;  1VQ5 L;  1VQ7 L;  4QDL A;  1YIT L;  3G4S L;  1W2B K;  3CCM O;  3CC2 L;  3CCU L;  5FCL A;  3CXC N;  3CCE O;  1YJN O;  1YJW O;  3CCJ O;  1VQ4 O;  3G71 O;  3CCR O;  3CD6 L;  2OTL O;  3CCE L;  5DS4 A;  3NKD A;  5DLJ A;  1YJN L;  1YJW L;  1VQ8 O;  2OTJ O;  1KC8 M;  3CCJ L;  1VQP O;  1VQ4 L;  1VQN O;  5DQT A;  3I55 O;  4P6I C;  1QVF N;  1VQ6 L;  1YI2 O;  3CCL O;  2OTJ L;  1K9M M;  3CME L;  3CCS O;  1VQP L;  3I55 L;  1VQK O;  3CC7 O;  3CCL L;  1NJI M;  1KQS N;  3CCV O;  3I56 O;  3CMA O;  1KC8 P;  3CCM L;  1VQM O;  1KD1 M;  3I56 L;  1K9M P;  1YHQ O;  1QVG K;  1JJ2 K;  3CPW K;  1N8R M;  3G71 L;  3CCR L;  1W2B N;  1NJI P;  2OTL L;  1S72 O;  1YJ9 O;  3GOD A;  1VQ8 L;  1KD1 P;  3OW2 K;  1VQN L;  2QEX O;  1Q82 M;  2YZS A;  1YI2 L;  1Q81 M;  1YJ9 L;  1YIJ O;  1VQL O;  3CCS L;  1K73 M;  1N8R P;  1VQ9 O;  2QEX L;  1VQK L;  3CC7 L;  3G6E O;  1M90 M;  3CCV L;  3CMA L;  4W8K A;  1VQ7 O;  4XTK A;  3G4S O;  1YIT O;  1Q7Y M;  1Q86 M;  3OW2 N;  1Q82 P;  3CC4 O;  3CCU O;  1VQM L;  1Q81 P;  1VQO O;  4N06 A;  1K73 P;  1YHQ L;  3CCQ O;  5DS6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1M1K M;  3CC4 L;  1QVF K;  1VQO L;  1M90 P;  1K8A M;  3CD6 O;  1S72 L;  3CCQ L;  1Q7Y P;  1Q86 P;  2QA4 O;  1QVG N;  1JJ2 N;  3CPW N;  1KQS K;  5DQZ A;  1VQ6 O;  3CXC K;  1VQ5 O;  4WJ0 A;  1YIJ L;  1VQL L;  3CME O;  5DS5 A;  2QA4 L;  1M1K P;  1VQ9 L;  1K8A P;  3G6E L;  3CC2 O;  1VQ5 L;  1VQ7 L;  4QDL A;  1YIT L;  3G4S L;  1W2B K;  3CCM O;  3CC2 L;  3CCU L;  5FCL A;  3CXC N;  3CCE O;  1YJN O;  1YJW O;  3CCJ O;  1VQ4 O;  3G71 O;  3CCR O;  3CD6 L;  2OTL O;  3CCE L;  5DS4 A;  3NKD A;  5DLJ A;  1YJN L;  1YJW L;  1VQ8 O;  2OTJ O;  1KC8 M;  3CCJ L;  1VQP O;  1VQ4 L;  1VQN O;  5DQT A;  3I55 O;  4P6I C;  1QVF N;  1VQ6 L;  1YI2 O;  3CCL O;  2OTJ L;  1K9M M;  3CME L;  3CCS O;  1VQP L;  3I55 L;  1VQK O;  3CC7 O;  3CCL L;  1NJI M;  1KQS N;  3CCV O;  3I56 O;  3CMA O;  1KC8 P;  3CCM L;  1VQM O;  1KD1 M;  3I56 L;  1K9M P;  1YHQ O;  1QVG K;  1JJ2 K;  3CPW K;  1N8R M;  3G71 L;  3CCR L;  1W2B N;  1NJI P;  2OTL L;  1S72 O;  1YJ9 O;  3GOD A;  1VQ8 L;  1KD1 P;  3OW2 K;  1VQN L;  2QEX O;  1Q82 M;  2YZS A;  1YI2 L;  1Q81 M;  1YJ9 L;  1YIJ O;  1VQL O;  3CCS L;  1K73 M;  1N8R P;  1VQ9 O;  2QEX L;  1VQK L;  3CC7 L;  3G6E O;  1M90 M;  3CCV L;  3CMA L;  4W8K A;  1VQ7 O;  4XTK A;  3G4S O;  1YIT O;  1Q7Y M;  1Q86 M;  3OW2 N;  1Q82 P;  3CC4 O;  3CCU O;  1VQM L;  1Q81 P;  1VQO O;  4N06 A;  1K73 P;  1YHQ L;  3CCQ O;  5DS6 A; 
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