The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
MVYDKIAAQGEVVRKLKAEKAPKAKVTEAVECLLSLKAEYKEKTGKEYVPGLEHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase
|
| source organism |
Cricetulus griseus
|
| publication title |
A recurrent RNA-binding domain is appended to eukaryotic aminoacyl-tRNA synthetases.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TRNA SYNTHETASE
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| total genus |
16
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.15: Proline--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 1998-12-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR5 O; 4OX9 O; 5BR8 O; 2UUC O; 1HR0 O; 4B3S O; 2UXB O; 3J7A U; 1N32 O; 4LFA O; 4YY3 O; 4KHP O; 4NXN O; 4DV3 O; 1N36 O; 5LMU O; 4LF9 O; 2N74 A; 4DV6 O; 4JI2 O; 1F7Y A; 4DV0 O; 3OTO O; 2DJV A; 4DV2 O; 4LF4 O; 1FKA O; 4B3M O; 2UXC O; 1AIL A; 3RT3 C; 4B3T O; 1DK1 A; 4NXM O; 4DR3 O; 4B3R O; 4DV5 O; 2FKX A; 4LF6 O; 2ZKO A; 1IBK O; 1XEQ A; 5FLX N; 2Z0A A; 4DR6 O; 4DUZ O; 1AB3 A; 5BXZ A; 4OPA A; 5H5N A; 5LMN O; 4JYA O; 1D2D A; 3M8A A; 4YHH O; 3J80 N; 2UUB O; 4DV1 O; 4GKK O; 4LF5 O; 4X66 O; 4X62 O; 2ZM6 O; 4JI0 O; 4JI1 O; 2F4V O; 4LF8 O; 1FJG O; 1N33 O; 2E5L O; 1G1X B; 1XNQ O; 1IBM O; 2JRI A; 4GKJ O; 4LF7 O; 3T1H O; 3R66 A; 4DV4 O; 1KUQ A; 2DOS A; 4JV5 O; 2VQE O; 4LFB O; 1I94 O; 2VQF O; 1IBL O; 4JI3 O; 5A2Q N; 4DR7 O; 4JI5 O; 5IT9 N; 4OPH A; 4X64 O; 4A5U B; 1XMO O; 1N34 O; 2UUA O; 1XMQ O; 4DR4 O; 1HNW O; 4DR1 O; 2HHH O; 4JI8 O; 4LFC O; 4K0K O; 4DR2 O; 5IWA O; 3T1Y O; 3F5T A; 3SDL A; 1HNZ O; 5LL6 Y; 2UU9 O; 1YZB A; 4X65 O; 4DUY O; 1J5E O; 2UXD O; 1XNR O; 1A32 A; 1NS1 A; 3JAM N; 5BY1 A; 4JI6 O; 1HNX O; 1X59 A; 4DV7 O; 2LW7 A; 1R6T A; 3O65 A; 3J81 N; 4JI7 O; 1FYJ A; 1R1B A; 2AGA A; 4JI4 O; 4AQY O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4UB8 Z; 4BW5 A; 4CZZ A; 2YIA A; 3T1C A; 5L3D A; 2UXB O; 4H37 A; 2P22 C; 3AG1 C; 3ETG A; 1SQB H; 4LC1 A; 2EJR A; 5CA3 A; 3CC7 V; 3JD2 A; 2Q5Z A; 3E35 A; 1KKC A; 2N74 A; 3N2G A; 3RYC A; 1F7Y A; 4MSW C; 1VMG A; 1MSW D; 3SYA A; 4HNA B; 4JYB A; 1SC5 B; 4B3S B; 4O4J B; 4MVZ A; 2Y69 B; 1L0N H; 3G80 A; 5HFL A; 3FB8 C; 3OUF A; 4RUE A; 5B1N A; 2M7W A; 1AP6 A; 3DC5 A; 4TUY A; 3ABK B; 2OIG A; 3H1I H; 4RQF A; 2QWN B; 3SGI A; 4LNU A; 2EIM C; 4B3T B; 5JJE B; 2XAG A; 1KP3 A; 2F4V O; 3JAS A; 2X6B A; 3QO7 A; 2E5L O; 5L3B A; 3HR0 A; 4MTF A; 4I50 B; 4DUZ B; 2GHY A; 4OXS A; 3R66 A; 4LWS A; 1D5N A; 2RDC A; 4JYY A; 4LCU C; 3W7S A; 4X64 O; 4A5U B; 3QG5 A; 4WFH A; 5B1O A; 1XNQ B; 5DM6 V; 2NNU A; 4ZI7 B; 3CSX A; 2YEV B; 3SDL A; 2UXX A; 3SPH A; 1YZB A; 1NH2 D; 2B5U A; 4J7J A; 4JI5 B; 4AIL C; 3T4Z A; 4PV1 B; 3RFR A; 3O65 A; 1TVK B; 1V55 B; 1YJN V; 4FLX A; 4K0K B; 4NB5 A; 1BHB A; 4ICG A; 2G38 A; 4TV9 B; 3AK2 A; 4DXW A; 2CH7 B; 3J7A U; 4J80 A; 1Q82 W; 1ZX3 A; 1WB8 A; 5LP6 C; 2JGU A; 1O9H A; 1SQP H; 4FK5 C; 3E8H A; 1RSO B; 3APQ A; 2B1I A; 2QGN A; 1ZTE A; 4AQY B; 2DYS C; 3L70 H; 4DR3 B; 4R6Z A; 3HKD B; 1PNL A; 1EFR G; 3THO A; 1I5X A; 3PN1 A; 1AVM A; 4KHP B; 3KZI Z; 1SQV H; 2W6I G; 2HG5 C; 3A0H Z; 1Y74 B; 2PGG A; 1AB3 A; 5H5N A; 3M8A A; 3HKB A; 3IJ4 A; 2YSU B; 1AP5 A; 2JS5 A; 3K9S A; 3E2E A; 5KX5 A; 4G28 B; 1YCI A; 1K33 A; 3K79 A; 5KA6 A; 1YJW V; 3WU2 Z; 4BIU A; 1H8E G; 1K34 A; 4X20 B; 2WLL B; 3ABL C; 2JIZ G; 4JI3 O; 1I5Y A; 5KUK A; 4X66 B; 2LP7 A; 3E86 A; 1XMO O; 4P30 A; 2WA4 A; 3RYH B; 4GKJ B; 3OR7 C; 3NR7 A; 3CS5 A; 1ENV A; 2IBZ H; 5L3F A; 5BZB A; 5LXT B; 4LFB B; 1MA1 A; 4WBN B; 5JH7 B; 2ZE5 A; 4X1K A; 5EZY A; 3DGE A; 2F95 B; 4LFC B; 4JI4 O; 1Q8I A; 3CHX A; 4B3S O; 5E79 Z; 5JQG B; 4J9Y B; 2FTK A; 5FNV B; 3L74 H; 4FM2 A; 1URF A; 2DJV A; 1DTO A; 4O4I A; 4N23 A; 2UUC B; 3WB0 A; 5IYC O; 1P7G A; 4B3T O; 5DEC A; 1WP8 A; 1K73 W; 2BTQ A; 2JK5 C; 1R73 A; 4NYK A; 1XEQ A; 2GTS A; 2XAS A; 4U3J A; 2R9A A; 4DUZ O; 3LDC A; 4PHZ A; 1GM7 A; 4R7C A; 1FFT B; 2QTO A; 4FIP C; 4PDV A; 1K8A W; 2Y69 C; 3CP1 A; 1WA8 A; 3P3N A; 3JD1 A; 4RQE A; 3LNN A; 1EZJ A; 3ABK C; 4CS3 A; 3QF7 A; 1XNQ O; 1H2G A; 1G1X B; 1BHA A; 4IYI A; 1GN6 A; 4IYH A; 3RYI B; 3LUT B; 2MK3 A; 4TV8 A; 4QE7 A; 2OCC B; 1FXK B; 3CB2 A; 1BSM A; 4JI5 O; 2CTR A; 4DW0 A; 1HNW B; 2YUA A; 4LF8 B; 3FYI B; 2JEX A; 1QVF U; 4DR4 O; 5KA5 A; 1VF6 C; 4K0K O; 3UT5 B; 5FPR A; 3EXA A; 1NR7 A; 2F66 C; 2YI8 A; 4D7S A; 3B8N A; 1I08 A; 3FFQ A; 4DRX A; 1BQZ A; 2LW7 A; 4MVM A; 1VQ8 V; 2QJ1 A; 1HW7 A; 3UCS C; 2L6L A; 4AQY O; 1NZ6 A; 3D3I A; 4LFA B; 2Y4U A; 2IJJ A; 2XAJ A; 2DE0 X; 2Q8V A; 1VQK V; 4KHP O; 4X1Y B; 5LMU B; 3W7X A; 5J2T A; 1V55 C; 1AI7 A; 3K06 A; 4JZG A; 3ZHQ A; 1VQL V; 1QR8 A; 1SER A; 3CWB H; 1KYO F; 2R72 A; 1P84 F; 1AIL A; 1PP9 H; 2Q0O C; 5C8Y A; 1P7B A; 3AG2 B; 4FZ0 A; 2ZNJ A; 3U10 A; 4MT8 A; 5F2V O; 3FAV A; 4Q6G A; 3AG4 B; 1YEW A; 2QE7 G; 1ZLZ A; 1WNS A; 5LYJ B; 3OMA B; 5BXZ A; 3SPI A; 2HVK C; 4DV2 B; 5GW7 A; 3K5L A; 1SA0 A; 3K04 A; 4GCZ A; 2BSK A; 4X66 O; 3CCV V; 2IJH A; 3CX5 F; 2ZE8 A; 3E22 B; 2XT9 A; 2XND G; 1ROP A; 1SZX A; 1SRY A; 3CJH B; 1IBK B; 3OD4 A; 4GKJ O; 4TT3 G; 3IAY A; 1R6K A; 4BWA A; 5GON B; 3A2F A; 3VQW A; 4JYA B; 1I94 B; 5LHI A; 4LFB O; 1M56 B; 3ZRW B; 5IJ9 A; 1L8D A; 1VP7 A; 2HJD A; 1U96 A; 2Q0A A; 1JOY A; 4IIJ B; 5JCO A; 1XRE A; 1FJG B; 3TGU H; 2ITD C; 4LFC O; 2A06 H; 4ZOL B; 2Q7H A; 3FKS G; 5EBW C; 2PI4 A; 1P49 A; 5CA0 A; 4Q20 A; 5KUM A; 3JCU Z; 2AZ2 A; 1IUR A; 3H01 A; 1JPX A; 1AI6 A; 2QDO A; 1NTK H; 2WPD G; 5LA6 B; 2W0F C; 1Y6X A; 2UUC O; 1F4M A; 5IWA B; 5CA1 B; 1JVM A; 2X6C A; 1RPR A; 1FXH A; 1H2L A; 3R65 A; 1QHT A; 3K59 A; 1HNX B; 2GBO A; 3C3S A; 4AHC A; 3C90 A; 2N04 A; 1FFX B; 4J7K A; 2ZIM A; 2EIL B; 5BR8 B; 1MZF A; 1TA8 A; 1VQM V; 3ASO B; 1FS0 G; 3ETD A; 4H44 B; 3X2Q B; 2RNB A; 1K4C C; 2P67 A; 1XUQ A; 1QQC A; 3W7T A; 2JJ1 G; 4FLV A; 3IC9 A; 3ZHT A; 1YIJ V; 3OMI B; 1YF2 A; 1GRJ A; 2WA3 A; 2YIB D; 2QSA A; 1NBM G; 4LH7 A; 4YXW G; 1JJ2 U; 2LW1 A; 2EIN C; 4MS2 A; 4JAU A; 4LF8 O; 2Y0P A; 5LGN A; 4J42 A; 1VIB A; 1M93 A; 4J41 A; 1NVP D; 2E75 B; 2ZE6 A; 3T1H B; 5IJ0 B; 2JRI A; 4UVC A; 1VQ5 V; 3AG3 B; 5ITZ A; 1E1Q G; 4JTC B; 2BE3 A; 3WB1 A; 4FFK A; 5DN6 G; 1TUB A; 3JAT B; 2XAH A; 4DV1 B; 4HZ3 A; 4LF5 B; 1XDC A; 4G27 B; 1PKX A; 3ZHU A; 1QLE B; 1SQF A; 1SQG A; 5CB4 B; 1JFF A; 3Q4H A; 3MHS C; 1FXK C; 1GN2 A; 3CRR A; 3CCM V; 5LP6 A; 1LNQ A; 2ADP A; 5J9P C; 3GB7 C; 2JGD A; 4RAI A; 5CN0 A; 3JAM N; 3BEH A; 4DR7 B; 2HKO A; 2HP8 A; 4PA9 A; 1S72 V; 3ZMZ A; 4JI7 O; 4PI0 A; 2NLJ C; 2HR3 A; 3LDE A; 4UXN A; 3N2G B; 4I9Q A; 3RYC B; 1QBZ A; 3K08 A; 1VF7 A; 1PV0 A; 2VS0 A; 5CBH A; 4DK0 A; 1SKV A; 1GN3 A; 5IYB O; 4FLY A; 1MG1 A; 4HYO A; 3I55 V; 3AEI A; 3K5M A; 1Y76 B; 4LH6 A; 5IDJ A; 3KCX A; 4NTY A; 4LF9 O; 2P90 A; 1OV9 A; 4I55 A; 3F7Y C; 4DV2 O; 3E89 A; 1WPX A; 1FKA O; 1IXM A; 1PNK A; 4O2A A; 4P2Z A; 3H1L H; 2A79 B; 1OZ0 A; 3CME V; 5E1A C; 4MTG A; 4DV3 B; 3JAS B; 1IBK O; 1OCC B; 3KG2 A; 2LFR A; 3JAK A; 1ZL8 A; 3S3W A; 5GTH Z; 3LSU A; 4JYA O; 2ARH A; 1VQ6 V; 2DQ3 A; 3AG2 C; 2WLN A; 3WB2 A; 4BAY A; 1YI2 V; 3OTF A; 1BGY H; 2ODM A; 3AG4 C; 3E8G A; 5B1A B; 4PA6 A; 1FJG O; 1N0J A; 4J7Z A; 1GN4 A; 4UV8 A; 1S77 D; 5B66 Z; 4DR6 B; 3VQY A; 4CBC A; 1IBL B; 2P06 A; 1KUQ A; 2ZCE A; 1LR1 A; 3UO3 A; 2GSM B; 1WJZ A; 3CXH F; 3TK1 A; 3MD0 A; 5D5P A; 2QWQ B; 5J2U A; 5L3C A; 1M57 B; 2CTP A; 1IBM B; 1MZE A; 1YDX A; 3P30 A; 5IWA O; 2WWW A; 5B1B B; 3H9V A; 4ZKI A; 5EYP A; 2UXD B; 1M56 C; 4DV4 B; 2H94 A; 2V1D A; 4NTX A; 1NTZ H; 5GTI Z; 2Q73 A; 1HNX O; 2OWO A; 1Q43 A; 2GUZ B; 4PDL A; 4ZHQ B; 3AK3 A; 4O4L A; 3RYF A; 3EHB B; 4KFM A; 5EIB D; 2EZO A; 5BR8 O; 1EN4 A; 3ZED A; 3SJA C; 3OAA G; 3B2E E; 3VBB A; 4I4T B; 4O4H A; 1DF4 A; 1YIT V; 5KLV H; 1XL4 A; 4DV7 B; 4HNA A; 4O4J A; 1S0V A; 1K7D A; 3APO A; 1NH2 B; 3HKB B; 1HR0 B; 1KEC A; 5KAF Z; 4Z2W A; 1Z5W A; 4FMT A; 3HKC B; 2DMX A; 4CH4 A; 3E83 A; 5KX5 B; 4GZR B; 2Q7E A; 4GX2 A; 1B06 A; 4JGS A; 2Z5U A; 2O57 A; 3A8T A; 3L71 H; 5EC2 C; 4TWK A; 5LMN B; 3CE2 A; 4XDK A; 4FM0 A; 3N2K B; 4R8C A; 1I7F A; 3BAA A; 4O2B A; 3L9D A; 4OPA A; 4F4L A; 3RBZ A; 3ASO C; 2PY5 A; 1GM8 A; 1ORQ C; 4LF4 B; 1RP3 B; 3ZHV A; 2Q69 A; 4X62 B; 1COW G; 4DV1 O; 4LF5 O; 3X2Q C; 3NXS A; 5HFM A; 1XHX A; 1VF6 A; 1Z2G A; 3L73 H; 5IY5 C; 4W4K A; 3IC7 A; 1FPO A; 4QPJ A; 2KG7 B; 1GK9 A; 1VQ9 V; 1NTM H; 2A7W A; 1T5E A; 2CAZ C; 2WLM A; 3CCL V; 1OCZ B; 1R3K C; 4E4E A; 4DR7 O; 1E79 G; 4UVB A; 3ZS8 C; 4YJ2 B; 4X88 A; 2JJ2 G; 1RM1 B; 3AG3 C; 4FPP A; 4X1K B; 2DQ0 A; 3MAQ A; 2ADQ B; 4PDR A; 4WFB V; 3QVN A; 4JAV A; 2VQE B; 1JCH A; 1NS1 A; 1QLE C; 2DYR B; 1Q6U A; 1N34 B; 5KHJ A; 4I0X A; 4TV9 A; 3A0B Z; 3CCE V; 1K97 A; 4JI8 B; 3A0R A; 3D8C A; 1XBL A; 4UCR A; 4RWU A; 4DR2 B; 5H2F Z; 3OGC C; 2UU9 B; 2DWD C; 4PI2 A; 3ZN1 A; 1RSO A; 4GX1 A; 4IT5 A; 3K9A A; 2BTQ B; 5D5Q A; 2EIK B; 4DV3 O; 1TAE A; 2PYL A; 3OT7 A; 2HJF C; 4DO2 A; 1N0N A; 4JF3 A; 2Q7G A; 1H2M A; 2XOK G; 4FJC C; 5JWP A; 5JVD A; 2R70 A; 3U0Z A; 3VQV A; 1Y74 A; 3UO2 A; 4GUN A; 1R3I C; 1JX9 A; 4IHJ A; 1IX9 A; 4DR6 O; 4X89 A; 4U3F H; 1I0H A; 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2QTS A; 4XBF A; 1GKF A; 2YXY A; 4UUJ C; 2VQF B; 1EN6 A; 3SJQ C; 2VQE O; 2CTQ A; 3IFX A; 5A2Q N; 3DXR B; 4UB6 Z; 1VQP V; 3CD6 V; 3BCC H; 3WG7 B; 4K8Z A; 3HKE B; 2K1E A; 1N34 O; 3ABT A; 4JI8 O; 2ZE7 A; 4FVM A; 4X8A A; 4NTW A; 1DF5 A; 4DR2 O; 2UU9 O; 2OYQ A; 3BHP A; 2ZDI C; 1A32 A; 2EIJ B; 2XAQ A; 4MW3 A; 1RM1 C; 2E74 B; 4K3A A; 4RO2 A; 4RUF A; 4I5S A; 1XMQ B; 1VEW A; 3SJB C; 3BA9 A; 2FL4 A; 1U97 A; 1GO3 F; 1S5H C; 2IJI A; 5LGU A; 2UXB B; 2ITC C; 3T1Y B; 2EIM B; 2IJK A; 3QO8 A; 4C7U A; 2R9R B; 1Q7Y W; 1IVS A; 3AG7 A; 3OFN G; 1CPY A; 2PZS A; 3SYP A; 1B6Q A; 1BQ0 A; 4Z1V A; 3HPL C; 2GDS A; 5FL7 G; 4OX9 B; 5KMG B; 1DK1 A; 2YS8 A; 1N32 B; 2ZIN A; 1V54 B; 2EIK C; 1ZAU A; 1M4U A; 3RVZ A; 4MVS A; 5IYZ B; 2ZKO A; 3ZX6 A; 1LUW A; 4BW9 A; 1S76 D; 4D6T H; 2Q9L A; 5BMV A; 4DV0 B; 3E22 A; 3ZMU A; 5ITZ B; 4PJ0 Z; 3SPJ A; 2ETN A; 1GH6 A; 2BCC H; 4H13 B; 4B3M B; 1Q6I A; 5IE9 A; 3KCY A; 4JYC A; 2LJ2 A; 2QEX V; 4B3R B; 1G8M A; 3QNE A; 3CRC A; 3M7M X; 3OM3 B; 4HBN A; 5GON A; 3TXQ A; 1PM9 A; 1GAX A; 1GM9 A; 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