The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
MVYDKIAAQGEVVRKLKAEKAPKAKVTEAVECLLSLKAEYKEKTGKEYVPGLEHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A recurrent RNA-binding domain is appended to eukaryotic aminoacyl-tRNA synthetases.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TRNA SYNTHETASE
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| source organism |
Cricetulus griseus
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| molecule tags |
Ligase
|
| total genus |
16
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.15: Proline--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 1998-12-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AB3 A; 4DUY O; 5BR8 O; 2LW7 A; 4OPA A; 4DR5 O; 1IBM O; 1HNW O; 4JI0 O; 2DOS A; 4DV3 O; 4DR6 O; 4DR2 O; 4GKJ O; 3M8A A; 4DV1 O; 5IWA O; 1FKA O; 3J81 N; 4LF8 O; 4DV7 O; 2HHH O; 2E5L O; 2UU9 O; 1XEQ A; 4JI2 O; 1KUQ A; 4JI1 O; 4DV6 O; 1R6T A; 2JRI A; 2N74 A; 4NXN O; 4LF7 O; 1FYJ A; 4DV2 O; 4DR1 O; 4LF4 O; 4NXM O; 4DV5 O; 4JV5 O; 5LMN O; 4YHH O; 1XMO O; 1HR0 O; 1YZB A; 4JI7 O; 1D2D A; 4B3S O; 2UXD O; 4YY3 O; 3R66 A; 4A5U B; 2VQE O; 2ZM6 O; 4DUZ O; 2VQF O; 2UXB O; 1A32 A; 3T1Y O; 4LF5 O; 3JAM N; 4B3R O; 4JI6 O; 4OX9 O; 4JI3 O; 1NS1 A; 1G1X B; 1X59 A; 4DV4 O; 5LMU O; 4AQY O; 2UUA O; 2AGA A; 1AIL A; 4KHP O; 1HNX O; 4X65 O; 2Z0A A; 2F4V O; 4JI4 O; 5BY1 A; 1IBL O; 1XMQ O; 4JI5 O; 4X62 O; 1FJG O; 4JI8 O; 4X66 O; 4GKK O; 1F7Y A; 4JYA O; 2UUB O; 4DR4 O; 2UXC O; 4LF9 O; 1N33 O; 4LFC O; 4B3M O; 3T1H O; 3J7A U; 4OPH A; 3J80 N; 3O65 A; 1N36 O; 4DV0 O; 5IT9 N; 5BXZ A; 1DK1 A; 4LF6 O; 1R1B A; 1HNZ O; 2UUC O; 1IBK O; 4LFB O; 1XNR O; 5H5N A; 2FKX A; 3F5T A; 2ZKO A; 5FLX N; 4DR3 O; 4X64 O; 4LFA O; 3RT3 C; 5LL6 Y; 3OTO O; 1J5E O; 5A2Q N; 3SDL A; 4B3T O; 1XNQ O; 4K0K O; 4DR7 O; 2DJV A; 1I94 O; 1N34 O; 1N32 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1F51 A; 5BR8 O; 1KC8 W; 4ABM A; 4ZIB A; 3WB2 A; 4DV1 B; 2XND G; 3GWO A; 2VQE B; 2ZM6 B; 3JSN A; 2D2C B; 2Y69 B; 2EJ7 A; 2ADP A; 3W7T A; 4OX9 B; 1S5L Z; 3JD3 A; 1QLN A; 4JI2 B; 4CZZ A; 1DLB A; 2YXY A; 2E5L O; 4UCR A; 1KP3 A; 4ZHQ A; 4Q20 A; 3BCC H; 1ZSP A; 4JYC A; 2DQ0 A; 1HNX B; 2LJ2 A; 5LA6 A; 3H1J H; 5EYP B; 4LF7 O; 1H2K A; 1EN6 A; 4CC6 A; 4YIO A; 3B8N A; 2ZR2 A; 1JCH A; 4UCT A; 5JCO C; 1U97 A; 1WLE A; 2IH3 C; 4B3S O; 3ASN B; 1Y67 A; 1OCZ B; 2QE7 G; 1E1R G; 3AG1 C; 4MS2 A; 2XUM A; 1RSO B; 3BFR A; 1OJH A; 2L35 A; 2ZXW C; 4J7J A; 4B3T B; 2JK5 C; 3JAR B; 2XAS A; 2WPD G; 4JI8 O; 3ABM B; 3L73 H; 2X7R B; 1R6K A; 4TV8 A; 1ORQ C; 2RDC A; 3JAW B; 3A8T A; 3J80 N; 1KMI Z; 1Q86 W; 2V1D A; 3NXS A; 2LFS A; 3CRC A; 5GON A; 2DYR C; 3ZHR A; 5CA1 A; 4QPJ A; 3E83 A; 4MVZ A; 4UV9 A; 4BW5 A; 3HKB A; 4I4T B; 4DO2 A; 4O4I B; 1Q8I A; 4U7N A; 4BIO A; 1I7F A; 1I94 O; 2IM9 A; 5B1B C; 3BHP A; 5IYB O; 3UM7 A; 4JGS A; 4G2K A; 1K7D A; 4DR2 B; 3OMA B; 1YVW A; 4RWU A; 1TA8 A; 2CDY A; 4FJC C; 4LF5 B; 1R3I C; 1V54 C; 2QWP B; 3JAT B; 1FKA O; 5JJJ B; 4LF8 O; 1PPJ H; 3L70 H; 3C3T A; 3RYH B; 3CCR V; 3CCQ V; 3RYF B; 3CE2 A; 4O2B B; 2QWR B; 3RBZ A; 3ZRX A; 1XIL A; 4WBN B; 3UT5 A; 1Z2G A; 4ZBM A; 5LYJ B; 2OT5 A; 5CBH A; 4GLX A; 4X62 B; 4AI8 A; 3ABU A; 5L3F A; 1DF5 A; 1PNM A; 1PL4 A; 1AJN A; 2VQF O; 2Q7G A; 3H1I H; 1N4C A; 4JI3 O; 1S5H C; 4DV4 O; 3BA9 A; 3N27 A; 1GN3 A; 4UCS A; 3AG3 B; 2KB1 A; 1ZL8 B; 3QVN A; 2QGN A; 3SPC A; 3H01 A; 3K0D A; 5BY1 A; 2E75 B; 4FK5 C; 1N8R W; 5A9G A; 1HWY A; 3P30 A; 1M1K W; 4B08 A; 1F7Y A; 1K9M W; 2IJH A; 2K1E A; 2UUB O; 1YIJ V; 3T1H O; 4FLU A; 4HNA B; 2ODM A; 1HNZ B; 1SQX H; 3ICX A; 4LFB O; 4MW3 A; 2QSA A; 3TXQ A; 5IWA B; 2JEU A; 3IC7 A; 5CA3 A; 1SA0 A; 3APO A; 3WB1 A; 1G4Y B; 4XDJ A; 4I5S A; 5LL6 Y; 1MNG A; 4PA3 A; 1NTZ H; 5DM6 V; 1LUW A; 4PA6 A; 1V9P A; 2QKA A; 3CJH A; 3RYC B; 4O2A B; 2DJV A; 4FIP C; 1F23 A; 3CRM A; 1F4M A; 4X1Y B; 3LDD A; 4PA4 A; 4YY3 B; 1BHA A; 2YDE A; 3JD4 A; 1IBM O; 1NTK H; 1CP9 A; 3BAB A; 5IE9 A; 4OGQ B; 2Q7E A; 3CD6 V; 4AQY B; 2WLJ A; 1SER A; 4CBC A; 2KKW A; 1G8M A; 4DR1 B; 5B3S C; 2N74 A; 4K8Z A; 5LMN B; 4JTD B; 2Q9L A; 4JI7 B; 4DK1 A; 4DV5 O; 4TQF A; 3E89 A; 1FXH A; 5EBL C; 1V55 B; 3G6B A; 5DN6 G; 4IYI A; 1BSM A; 1XHX A; 1VQ4 V; 2ZQM A; 4JYB A; 3MAQ A; 4JI6 O; 4KUM A; 5KA6 A; 3D36 C; 1YI2 V; 5EC1 C; 3P3P A; 2EIL B; 1KBH A; 3K0G A; 4JZG A; 3LSS A; 2BTQ A; 3VQW A; 2Q69 A; 4I0X B; 3RN4 A; 5B1A C; 1EZV H; 1J5E B; 1Q81 W; 2P4V A; 1OCC B; 3IFX A; 5L3B A; 4QJF B; 4K0K B; 1FJG O; 1KKD A; 2H94 A; 3LUT B; 1OZ0 A; 4B3M B; 4I50 B; 4IIJ B; 5BR8 B; 1CEZ A; 1BQZ A; 3J7A U; 3SR2 C; 1N36 O; 4HYO A; 1DK1 A; 1HP8 A; 2Q68 A; 4GUN A; 2GV9 A; 1GH6 A; 3H1L H; 5H2F Z; 4MSW C; 5H5N A; 1Q5O A; 2WSS G; 3FYI B; 4CH3 A; 4H44 B; 5LP6 C; 3CWB H; 1NU1 H; 2E5L B; 3AG7 A; 5EYP A; 4D6T H; 3OR7 C; 4LF7 B; 4DUY B; 4MW8 A; 3HB3 B; 5L3G A; 4MVR A; 1K5S A; 1N34 O; 1Y74 B; 4DR5 B; 3ZBH A; 2Q6A A; 3N2K B; 1MSW D; 1GN6 A; 4JAA A; 4HBN A; 1GRJ A; 2LGW A; 4I7Z B; 2PZS A; 3CCL V; 3BRC A; 4MTF A; 1RSO A; 1PV0 A; 4U7O A; 4FZ0 A; 1P7G A; 3JAR A; 1H38 A; 2RN9 A; 5JH7 B; 4LF4 O; 1QHT A; 4G28 B; 2HVK C; 1IX9 A; 3JAW A; 1NR7 A; 4WFG A; 1SC5 B; 4O4L A; 5H9C A; 2ITD C; 3EVK A; 3EFF K; 1NR1 A; 1OCO C; 5LMU B; 3JAL B; 3W7S A; 1X59 A; 4I4T A; 1T5E A; 2FB5 A; 2A79 B; 1FPO A; 1CXZ B; 1S3J A; 4O4I A; 3OEH G; 1PP9 H; 3K79 A; 3SJB C; 4X66 B; 4JI5 O; 4RAI A; 5GTI Z; 3CB2 A; 4NKG B; 1QQC A; 2EX3 A; 4LFC B; 1Q6I A; 1NVP D; 2DWE C; 1MA1 A; 1Q6U A; 4P30 A; 4P2Z A; 4UVC A; 3OGI B; 4DV0 O; 3LNN A; 2FML A; 2YIC A; 1H8E G; 1XDC A; 3CC7 V; 1JJ2 U; 2ZR3 A; 1S0V A; 3JAT A; 1AP6 A; 3U0Z A; 1WPX A; 3VOU A; 2E76 B; 2Z3Y A; 3K06 A; 4DW0 A; 2HJF C; 3RYH A; 3RYF A; 4O2B A; 4LF8 B; 3AK2 A; 3K04 A; 1MAB G; 4WCE V; 4WBN A; 5LYJ A; 5HFM A; 3F7Y C; 2P7T C; 1VF6 C; 1RPR A; 1VEW A; 3ZIA G; 3AG1 B; 4DR7 O; 3QTC A; 3HKD B; 4H0L B; 1MMM A; 1EM1 A; 3BPZ A; 2HR3 A; 3CMA V; 1NVP B; 2W6J G; 3JD0 A; 1ZLZ A; 2IBZ H; 1XBL A; 1KB9 F; 2ZXW B; 1QVG U; 2VQF B; 1VQP V; 5LGN A; 3ETQ A; 2EIN C; 5B5E Z; 2HLD G; 3IGA C; 1WNS A; 1NH2 D; 4JI1 B; 4ZOL B; 1ZL8 A; 2ZNI A; 1XEQ A; 3RVY A; 2EIL C; 1XHZ A; 1ARO P; 1GO3 F; 1LUV A; 4L87 A; 1KP2 A; 2LQT A; 4PEL A; 5KX5 B; 2DYR B; 1MOF A; 4LCU C; 1X4T A; 1MZE A; 5DEC A; 1XMO O; 4O4J B; 4HNA A; 2UUB B; 4MTG A; 1CPY A; 2OTJ V; 4C7U A; 3SGI A; 1XRE A; 2BOC C; 3T1H B; 2DN9 A; 2HVJ C; 3LDE A; 2QM4 A; 2ZIM A; 4B7E A; 3S3X A; 5KAI Z; 3K5O A; 4LFB B; 3ZRS A; 4J80 A; 3ZHS A; 4X65 B; 1NH2 B; 3WG7 C; 5B1B B; 1VQK V; 3A0R A; 1N0N A; 2ZIN A; 4JI4 O; 3ZHT A; 3RYC A; 4O2A A; 3B2E E; 2PYL A; 3ZN0 A; 2ETN A; 1V54 B; 2AHZ A; 1UPG A; 1GM8 A; 1AP5 A; 4PDL A; 4X1Y A; 4JYA O; 2WLL B; 1YTF D; 3P32 A; 2DMX A; 2QJ1 A; 4OPH A; 5D5P A; 1IBM B; 1UJW B; 1QR9 A; 1R1B A; 4KFM A; 4DR3 B; 5H6Q A; 4LWS B; 1B06 A; 4HAM A; 4X89 A; 3K3W A; 3OEE G; 1FFX B; 1AI7 A; 3G71 V; 3VQV A; 1COW G; 4MVM A; 2CK3 G; 1MZF A; 3L71 H; 3CEI A; 5KA5 A; 2JJ1 G; 2RNB A; 4YJ3 B; 1K34 A; 1JFF B; 2IU0 A; 1ZX3 A; 4IGG A; 1L0N H; 2V7Q G; 3ABT A; 4OPA A; 1YTF B; 2QA4 V; 1I5X A; 4DV3 O; 1VQ6 V; 1NT2 B; 4JI6 B; 3DTU B; 4I0X A; 3D3I A; 3FB6 C; 1YCI A; 1W0K G; 4HZ3 A; 2AHY A; 4NXM B; 2HG5 C; 1VQL V; 1WB7 A; 1D5A A; 4R6Z A; 2WA3 A; 2L6L A; 4IIJ A; 3SYC A; 3TET A; 1Z5V A; 4JZ2 A; 2GDS A; 1HR0 O; 4DUZ B; 2ZDI A; 1SES A; 3CSX A; 4RUF A; 2CTR A; 1N0J A; 1H2G A; 1I0H A; 1O9H A; 1QVF U; 2ARH A; 4QIW F; 2B9Z A; 1TVK B; 2JS3 A; 2OCH A; 1PNL A; 4UCO A; 2RQ6 A; 4UFZ A; 4N23 A; 3K58 A; 4TT3 G; 2IU3 A; 1Q82 W; 2X6C A; 2QWO B; 1AJP A; 2XAJ A; 1XMQ O; 4ZKI A; 3HKC B; 1Y74 A; 2DW4 A; 4XDL A; 2IW5 A; 1XL4 A; 2UXC B; 3N2K A; 3ZN1 A; 2W6I G; 5EIB C; 2XT9 A; 2EBO A; 5B3S B; 3STL C; 2XOK G; 5EK0 A; 1D5N A; 3RWR D; 4EB6 B; 2ZE7 A; 3E22 B; 1S5J A; 5IYZ A; 5TIS Z; 2OIG A; 2W0X A; 4BW9 A; 5K1P A; 2A7W A; 5JH7 A; 3A2F A; 2W0F C; 3STZ C; 3T4D A; 4J9Y B; 2XAQ A; 4LP8 A; 2KSD A; 2R9I A; 4LF4 B; 1KU9 A; 3OE7 G; 2BSK B; 5LHG A; 3ZMZ A; 2A0L A; 4DR6 B; 3DSQ A; 4I9W A; 4PI2 A; 5B1A B; 1RM1 B; 2DOS A; 3JAL A; 2CUG A; 1TGO A; 2XAF A; 2CTQ A; 3CRA A; 3ZMV A; 2HJD A; 4D7T A; 3E8G A; 4CH5 A; 4RUE A; 2NNU A; 3AK3 A; 4DV2 B; 5CN0 A; 2OYQ A; 2Q0A A; 4MTX A; 5J2U B; 5CB4 A; 2YIA A; 4Q6G A; 1BE3 H; 4JI5 B; 5E1A C; 2YXH A; 4YHH O; 5LP6 B; 1FXK C; 2UXX A; 2UXB O; 1MSD A; 1A32 A; 3T1Y O; 1OV9 A; 2HKO A; 3N2G A; 4JAU A; 4DV0 B; 3CC2 V; 3KKY A; 5JCO A; 5LOV B; 2JGU A; 1L8D A; 2AGA A; 1AIL A; 2DWD C; 3D8C A; 4KHP O; 2Z0A A; 2BTO A; 1JJO A; 3HKD A; 3ZED A; 1PL0 A; 4ICG A; 4DYL A; 4DR7 B; 4GKK O; 2XHB A; 2F66 C; 4LF9 O; 1N33 O; 4LF6 B; 2QTS A; 1H8H G; 2AW9 A; 1L1F A; 1K4D C; 4J42 A; 4BWA A; 3E8B A; 1WJZ A; 1IBK O; 1XNR O; 3K59 A; 3OTO B; 4ZOL A; 2WAM A; 1AR5 A; 4LFA O; 2FL4 A; 3RT3 C; 4Z2W A; 1BS3 A; 2VWK A; 3W7U A; 1NBM G; 1JX9 A; 1IXB A; 4YIP A; 1XNQ O; 5KX5 A; 3SJQ C; 1OCO B; 3TXS A; 4D7S A; 3ZS8 C; 4TUY B; 3RYI B; 4PDV A; 1N32 O; 4O4J A; 4R50 A; 5F2V O; 3TCU A; 4PHZ A; 2Z5U A; 1H2M A; 1Y66 A; 1FXV A; 2Y0I A; 4LH6 A; 2R9R B; 2ZE6 A; 4CS2 A; 2K9P A; 3QO5 A; 1W2B U; 1NTM H; 4FMT A; 4DV6 B; 2HHH O; 4X8A A; 2JJ2 G; 3OM3 B; 4FM2 A; 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4X20 B; 1K8A W; 4LBE C; 1OCR C; 5KHK A; 2E3C A; 2GTS A; 1W59 A; 5IYD O; 1M56 C; 3E22 A; 3AG2 B; 2EIM C; 3K08 A; 3L72 H; 3SYO A; 1EBO A; 4GCZ A; 4MVS A; 3PJS K; 1H2N A; 1WAZ A; 3D36 A; 4JI8 B; 3K5M A; 3T4Z A; 2FYU H; 2HP8 A; 3LSU A; 1VQM V; 2BSK A; 5K1X A; 2XTA A; 4UB8 Z; 3IJ4 A; 3WB0 A; 1BMF G; 3DXR B; 1KD1 W; 1AJQ A; 3O65 A; 4B7K A; 2N05 A; 2UUC O; 1ZWI C; 2YUA A; 5LHH A; 3OR6 C; 5IY5 C; 2P4K A; 1Y76 B; 3F5W C; 5EIB D; 5J2U A; 3A0B Z; 1I94 B; 4FZ1 A; 1BQ0 A; 3HKB B; 2EUL A; 1R6N A; 2CTP A; 5LP6 A; 5L3D A; 4DRX B; 4PDR A; 4I55 B; 2QWQ B; 4FLT A; 2JS5 A; 1SQP H; 1K97 A; 4DR2 O; 5LOV A; 1YHQ V; 1R73 A; 1GN4 A; 2YEV B; 4UVA A; 5IDJ A; 3OT7 A; 2AXT Z; 4X88 A; 2LGQ A; 3ZRW B; 2UU9 O; 4JAS A; 4QE9 A; 1R6T A; 3E35 A; 3THO A; 4YJ2 B; 3ABK C; 4MVQ A; 1M90 W; 2P67 A; 1M5I A; 2X6B A; 5JQG B; 1YF2 A; 3ZMS A; 3L75 H; 3CS5 A; 3ZHU A; 2BE3 A; 4JI3 B; 2QTO A; 1MG1 A; 3OUF A; 4DV4 B; 5L3E A; 2PF4 E; 2F43 G; 2QEX V; 4UVB A; 2IJJ A; 1XNR B; 3ZX6 A; 1F4N A; 1TAE A; 3JD2 A; 3T2M A; 3B40 A; 4FLZ A; 3EXA A; 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