1R1NA

Tri-nuclear oxo-iron clusters in the ferric binding protein from n. gonorrhoeae
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEIDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Oxo-iron clusters in a bacterial iron-trafficking protein: new roles for a conserved motif.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ferric-iron Binding Protein
molecule tags Iron binding protein
total genus 100
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r1nA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r1nA01
1ZKBA 1NH8A 5DT6A 1B0HA 3TCHA 1JW4A 3EF7A 2QRYA 1LBCA 2DQVA 4YKKA 1FTMA 1XC1A 1MQHA 3GZGA 3O97A 2DXYA 1JEUA 4FAJA 4BDLA 4AB5A 1B7HA 5L8DA 1Z7ME 3H6UA 1NNTA 2QJEA 1B7ZA 2LAOA 3K00A 1O7TA 1M5FA 5BUUA 3IB1A 3GLBA 5TU0A 1LFGA 3P7IA 3FV1A 2NVUB 1SI0A 1EU8A 1B1HA 1MPDA 4F19A 5I84A 1MQJA 4TOZA 4R75A 1Y9UA 3U92A 4OXVA 3N6TA 2UYEA 4RK9A 1B4HA 5DEXB 1EZ9A 4F3GA 3FV2A 1XVYA 3C36A 2RCAA 2VOZA 2VHAA 3SEXA 1EH3A 1DOTA 1NNFA 4QSCA 4JDFA 4U21A 2XXUA 4P0GA 4F18A 4F2OA 2Y7KA 4EDPA 4KQPA 4H5FA 4XKNA 2QS3A 4EUOA 2PVUA 3U94A 2O7IA 4OERA 3C4MA 1P1UA 4GLIA 2XXWA 3U93A 4AQ4A 3TKDA 3F11A 1QVSA 3TPAA 3SDFA 2I0CA 1OVBA 4C0RA 3LSXA 3IOUA 3O6HA 2I58A 1P1QA 4DIGA 4HTGA 1EZOA 1B0LA 1B05A 5AA4B 4G8NA 4MLVA 3GBAA 2F7BA 1YAEA 1US4A 4KD5A 3IX1A 1UTHB 4ECFA 5I57A 2UYFA 2XX8A 3OEKA 5K2YA 2I4BA 1DTGA 4ELPA 4U4XA 1PBPA 1ZJLA 5H8QB 1IUDA 5L9MA 3RT8A 4R9GA 2OWSA 4E0XA 1LAFE 5CMMA 4YZZA 1B3LA 4ZEBA 4BLAA 3CVGA 2D5WA 4F1UA 1VE4A 4QHQA 2QMWA 3UN6A 4NF5B 4XKQA 2QPQA 3IOWA 1IXHA 4RPOA 4G2ZA 4H67A 4QSDA 2Q2AA 3VLUA 2XXTA 4KHZE 4QF9A 1I6QA 5I2NA 5AA1A 2ZYMA 4ZEKA 1DPPA 4QFLA 2UVGA 1FW0A 5F7VA 4POWA 5M2VA 1HSLA 3K6VA 2OWTA 3RUMA 1OVTA 1MS7A 1XOCA 1PB8A 2RC7A 4BDQA 2Z23A 2HZKA 1MY0A 3S9NC 1MQDA 4C1UA 2FYIA 1JETA 2O7UA 1B3EA 3LSWA 3I6VA 4ELOA 2DP8A 1H43A 4JXIA 4LZ8A 2D21A 4BDNA 1P1OA 2OZZA 2R71A 4XKPA 4F2QA 4OWDA 1B46A 3USDA 3UIFA 1MQIA 2Y84A 3KFMA 2Z8FA 4IGRA 5H8FA 3FXQA 4R6YA 3CSGA 1P1NA 1JEVA 2DWIA 1B3FA 1LCTA 1LB9A 2GHAA 4OEUA 3RT6B 3EQ1A 2F34A 3MZ1A 2UVIA 1NL5A 2XXXA 1SYHA 5IAIA 2RC9A 3HHGA 4RA1A 2DWJA 2V25A 5DEXA 5I59B 4M1VA 5H8SA 4Q0CA 1AL3A 4NWCA 4YKJA 2HFBA 3IO6A 3PPNA 3CIJA 3V8XB 3G3KA 2F7CA 4NEDA 2ZXTA 3SEVA 3EN3A 2DSFA 2O68A 3B6WA 4XKRA 4F3SA 3C33A 2W7YA 1UQWA 4IGTA 1WODA 3W9VA 4DDDA 1FQCA 4N13A 1B5JA 1SW1A 3SEUA 4YMAA 2FA7A 2DE2A 2ESNA 4G68A 3KN7A 3OMBA 3TODA 3FVOA 1SQYA 1ELJA 1CB6A 2DE4A 4EQ9A 4Q30B 3IL1B 1HSEA 3U72A 1LAXA 2O1MA 2F6GA 4EXLA 2Z22A 2V3UA 3FJGA 4H1XA 5TP9A 4FIMA 2XD2A 4BDOA 2ALUA 1UIVA 5CBSA 1Y4CA 4M4GA 1DPEA 3C32A 3QAXA 5H8QA 1S7YA 1H3DA 4F1YA 3Q26A 2Y7IA 3QXMA 2YLNA 3TCGA 2H98A 1P1WA 3I5OA 1FTOA 3KEIA 5AE4A 2I48A 4RPNA 4GF8A 1UTBB 3M3KA 3T9HB 5ICTA 4NF5A 3H06B 1FTKA 4RJZA 1B5HA 4DCXA 1LLSA 3PPQA 3RN8A 4IO4A 4MF3A 2HQ0A 1Y1ZA 1YPNA 3VLWA 2F36A 1N3XA 1HSJA 3PUXE 1IXCA 1MM7A 1B58A 3FJ7A 2XX9A 3KOTA 2RF1A 4EF2A 4JB7A 1MPBA 3JV9A 3FXUA 1B2HA 1LFHA 3EHSA 4PFYA 3H7MA 3O6IA 5HBCA 4H8JA 3CG1A 2OLBA 1FQEA 2F5XA 1I69A 3KG2A 4G8HA 3MWBA 1FQFA 3IR1A 4R72A 2R6GE 2HXWA 2X26A 2OBGA 2YJPA 4YKPA 3THIA 3SETA 4THIA 3JZJA 3RY3A 1VFEA 3S2VA 1OLCA 4WKMA 1MY1A 1ZTYA 3JYRA 5KCJB 4UA8A 1MY4A 4I8CA 2Q8JA 1N76A 1ZMGA 4O3CA 1XVXA 4EF1A 3PMXA 3LSFB 4O3BA 4ZS9A 4NF8B 2DWHA 3MZ9A 5I59A 4YB6A 4GVOA 2XXYA 4FEBA 3TUSA 2NXOA 5L9SA 1ZBMA 3T66A 3RTFB 3ZKLA 1POY1 4DZ1A 3OO8A 2NOOA 4KI0E 2GRVA 3R26A 1AH5A 1ANFA 3FIRA 2QMXA 4X1DA 4YMBA 4U1OA 2Q9TA 3TQLA 5I56B 2ABHA 5CMBA 1OQHA 4YAHX 4MH5A 3UP9A 2B3BA 2F35A 2I3WA 2NWJA 1B1XA 2ZYOA 5KDTB 3IB0A 3HSTA 3TEPA 4U2RA 1MH4A 3B7DA 3MP1A 3ONMA 4OHNA 5ELVA 1JNFA 3FD3A 2RC8A 1OQGA 1TXFA 3VVFA 2DOJA 3OOAA 1QULA 1Y20A 4NF4B 3Q28A 2QS1A 3MPLA 3T22A 4R6KA 3CI8A 3PUZE 1PB9A 3MVWA 3B6TA 3K0VA 4RNSA 2F8DA 4LQ2A 4DXBA 3M3LA 3VXBA 1LCFA 1DSNA 4I62A 3TELA 2WKYA 5ITPA 2Y7WA 1YCJA 5CMKA 2X7QA 5FHOA 3Q27A 5IKBA 5DVFA 1GR2A 3DP8A 3K6WA 1BTJA 4NF6B 2O69A 5ISUA 4IO2A 3A09A 4PFWA 4OENA 2H9BA 2XXPA 2A5TA 3FJMA 4H5GA 2Y7PA 3ZS6A 3MVXA 4DCYA 1LFIA 1JW5A 2F78A 1A99A 1YTVA 3DELB 1QUKA 3MPKA 3UK4A 3MP8A 4IY6A 3H6VA 5DYHA 4IO5A 1ZLQA 3Q25A 1MXVA 4Q5TA 1TT1A 3E4RA 5TPAA 1QUJA 1RYXA 2UVJA 4RXLA 3TTRA 2PT2A 3BKIB 3PU5A 1NKXA 5FHMA 1WDNA 4F31B 3TMGA 3KJ7A 3SERA 4LATA 3C9HA 2XX7A 5ICQA 3TCFA 3ODBA 5EHMA 5EHSA 4X9TA 1L5TA 1B7UA 1Y3PA 2A5SA 3S9EA 4P0IA 4OVJA 1SD3A 2D3IA 1MXZA 5AA2B 2AYSA 2RINA 3EHUA 1EZPA 4KYDA 3HHFA 3QSLA 2HZLA 1D4NA 4FECA 4P11A 3H03A 1OMPA 1J1NA 1URGA 3O9PA 4PETA 1B32A 2DVZA 4OYVA 2GHBA 2O84X 3MUQA 4QSEA 2XHDA 1N84A 3C34A 1IITA 2E0SA 1NNKA 4FJPA 1R1NA 4H65A 1I6BA 3ZKKA 1PBQA 4NWDA 1S50A 5HPQA 4IO6A 1H44A 3RPWA 5CMCA 2REGA 1FQAA 4ZECA 4XTCQ 3E3KA 1M5CA 1PC3A 4FE8A 4N07A 3TDJA 2ZNSA 3TZAA 1IXGA 1P99A 3S9LC 4KCCA 5CC2A 3LR1A 4R2BA 2ANJA 5L9OA 4PFUA 1JVYA 3B6QA 1CE2A 2H4IA 4X1BA 1LGBC 1FCKA 4G8MA 5DVIA 4H8IA 3M3FA 3KZGA 1ZIUA 3L6GA 1FTJA 4N6PA 1VFDA 5I56A 1PB7A 2KLFA 3A3CA 4I9DA 3PMVA 2DXRA 4EXKA 1MDQA 5KDTA 3LBSA 1NH7A 4GWOA 3SESA 4H6DA 3FASA 3BFUA 4UACA 3O29A 3ECRA 2V3QA 5H8NB 4H0WA 2DYXA 4JSDA 3ZSFA 1GV8A 4LONB 1B6HA 1SDXA 2GH9A 3KBRA 4ZEIA 4HCYA 3V5AA 1SW4A 4NTLA 4G77A 2H5YA 3RNNA 4GIZA 3GBBA 1XT8A 3TTLA 3FXRA 3D4CA 3OSQA 4KR5A 2NUVA 2Y7RA 3OO7A 3PUVE 1A55A 3MJNA 5KZTA 2DWAA 5AA4A 3TFLA 5AA3A 3H6WA 3QIMA 3VVEA 1UTHA 4GXAA 3PPOA 4YB5A 3FGSA 4YKIA 1LAGE 3S9MC 3IK6B 1MG1A 3IOTA 4BDRA 4LVQA 2OCUA 4GRKA 1SW5A 2DS9A 3PV0E 2PT1A 4YB7A 3MAMA 3HN0A 3IORA 1MDP1 1RYOA 3FUZA 2VP1A 1PEBA 2AIXA 3LC8A 4GD5A 1UIUA 3QK6A 4KYEA 3SEYA 2XD3A 3W9WA 1MY2A 4BDMA 2I49A 3K1MA 2REJA 1QKBA 3OELA 3CFZA 2Z8DA 3PD9A 1AIVA 3MBPA 3FVKA 4YICA 5JK4A 1BIYA 3VE1B 5I58B 4ZZEA 2Q89A 1US5A 1QKAA 1H45A 1AMFA 2M8CA 1VSOA 3TAJA 3R7XA 1WVJA 1JW1A 3IJOB 2PX1A 4F39A 4KPTA 3PUYE 4G4PA 3IOVA 3MQ9A 4Z0IA 3OXNA 1GGGA 1BLFA 3T9UA 3IAZA 1DMBA 2B65A 2PMSA 4PE5B 2IA4A 3RLFE 3FZVA 2BJJX 3G7WA 5CI5A 1A8EA 2G29A 3MZBA 1M5BA 1R9LA 3E13X 1MXXA 1SW2A 3N6UA 2ZNTA 4LQ5A 3G3JA 1Y3NA 1R9QA 3M8UA 3TQWA 1H76A 5BWJA 4GQOA 3FATA 3OO6A 4OFJA 2P2AA 1FTLA 2O1LA 4TQUQ 5AA2D 3G3FA 4C1TA 4I1DA 1IQ7A 5H8FB 4U23A 4F29A 1M5DA 1USYE 2HEUA 3VDFA 1BKAA 4ONYA 3L6HA 5FHNA 2PBWA 3RGYA 2ONKE 5H8NA 2HAUA 4LA9A 1O63A 2QS2A 1F9BA 1NFTA 2AL4A 3G3IA 3VLVA 2V3TA 2Q88A 4IO7A 1MXYA 3O6GA 2F6PA 2O51A 5H8HB 1NMUA 4QFKA 4GL8A 3FVNA 4DE8A 2XXRA 3TYHA 5J1DA 2UVHA 4R9FA 2ONSA 2IEEA 2RKMA 3K1NA 1ZU0A 3HCQA 3QUFA 3UORA 4ZE9A 1LAHE 4GL0A 1SI1A 2ZNUA 3U1OA 3K6UA 3N5LA 4PFTA 3PGFA 4G68B 1D9YA 2QL3A 4LUBA 5CBRA 3V83A 4U4SA 4OESA 4WEDA 1IXIA 2XXQA 3VV5A 3N94A 4KYSA 4ISUA 4F1VA 3DM0A 4MBPA 3KSXA 4OTEA 3G3HA 4RYAA 4DXUA 5F1QA 1MPCA 1UTBA 2H25A 1IEJA 5DVJA 3ILTB 4JWXA 3EPEA 3PPRA 1D3KA 1A7LA 5TP9B 5LOMA 4LZ7A 4POXA 1GTKA 1Q1KA 1MRPA 2OJTA 5JTYB 4U22A 2PYYA 1TWYA 3CSBA 1PDAA 4LP2B 5A5XB 2XXIA 1N7WA 3KOSA 1XHYA 4ESXA 1B3GA 3SKPA 2GFEA 4FORA 2THIA 5I58A 2V93A 4LZ5A 3GXAA 1O64A 4AB6A 1A8FA 4EQBA 2FNCA 3CG3A 2O6AA 1OIBA 3T96B 3OSRA 3EHTA 3QYTA 4IO3A 4WXJA 3OENA 2OK2A 3HV1A 5K2XA 2AL5A 3K4UA 4NE4A 3CFXA 3LSLA 1JQFA 3S4UA 1N7XA 3UA8A 4HCWA 4OZ9A 2XXHA 1MXUA 3IJXB 2X7PA 5DTBA 2XXVA 1USYH 4F3BA 3VFJA 4ELRA 4IB2A 3A3UA 4FATA 1Q35A 1M5EA 3CR9A 1B40A 4ZDMA 2I3VA 4DLDA 4RK2A 4XXUA 1URDA 4ND9A 4HS7A 4K3FA 1II5A 1Y1MA 4L17A 4KFQA 5KCJA 4GFRA 4JSOA 3H6TA 1T0KA 1GVCA 4Q8RA 1URSA 4NF8A 5I2KB 1SBPA 2DVCA 4O3AA 4FEDA 3IO4A 2QS4A 3O28A 1D9VA 2P0SA 3K6XA 2I0BA 1A54A 2I6EA 2Q2CA 4F22A 3RTWB 4OETA 4GOTA 4OFLA 1N04A 1NNPA 2VD3A 4XIGQ 3K2DA 4ZEFA 4F3PA 1N3WA 1FQDA 3PMWA 3DP6A 3LUYA 2F7AA 4QFOA 4PP0A 2P1SA 2ONRA 3BBRA 4PQJA 3TTNA 3ILUB 4RY1A 3OO9A 1TFDA 1LBBA 5H8HA 4OFOA 4G68C 1XS5A 3DLNA 1TFAA 4Z7EA 1R6ZA 1QJMA 1B9JA 4NF4A 3TTMA 4OEVA 1B5IA 1ATGA 2VGQA 1LB8A 3H4ZA 4TLLB 3UGWA 1LSTA 3KN3A 4OMBA 4DXCA 3OEMA 4HW8A 3KGCA 3C31A 1B3HA 1MQGA 4MLQA 4ZEDA 3KJTA 3OD7A 1SVXB 4JBZA 4ZE8A 1VR5A 3FVGA 4OQOA 2DE3A 4NMYA 3K1PA 3I3VA 3AXFA 4NF6A 1Y3QA 4R74A 2Z8EA 2HAVA 3CRBA 2YPNA 4ESWA 3R6UA 4R6HA 3PUWE 2UXAA 2B3FA 3D4GA 3IB2A 3MVZA 3VVDA 5JTYA 1KWHA 3T9XB 3CFLA 2E1SA 5B70A 1SYIA 1MXWA 2RCBA 5A5XA 1MH3A 2F97A 1N0TA 3Q29A 1BP5A 5CRYA 3SEWA 1Y4TA 5CM6A 3PD8A 3O66A 1IZ1A 4YU0A 5I57B 1A40A 1Z7NE 4R73A 3T93B 3G3GA 1FQBA 3K01A 4QRZA 3WAFA 1MM6A 3MW0A 3PPPA 5B7DA 4TLMB 2A5TB 5EYFA 5ITOA 4X48A 3MP6A 4KCDA 3O2AA 3C35A 3HO7A 1RKMA 4IY5A 4MFIA 1JVXA 2R9JA 2ZMBA 2ZYKA 3DP4A 3V89B 1B4ZA 3MVYA 1I6AA 5AA2A 5TPAB 3KSJA 1MY3A 1QUIA 1AOVA 3K02A 3KN8A 4QFPA 1B52A 5FTIA 3WAEA 1IIWA 3W15C 4JWYA 4QFNA 1OLAA 3MC2A 3T9VA 5I2NB 5JEIA 2HCAA 5FTHA 2QSXA 4GXSB 3QUJA 1DTZA 1QW0A 2V84A 3H3GA 1POTA 3E9XA 3TTKA 4E0WA 4ELQA 4EQ7A 2H99A 2I4CA 5I2KA 3N26A 2CMOA 2ZYNA 4R2FA 1S9TA 1B51A 2CZLA 3BFTA 4U1ZA 4JWOA 5HM4B 2G93A 3U8QA 3HPIA 2VD2A 3VXCA 3RQTA 4ZZAA 4WEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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