1R1NA

Tri-nuclear oxo-iron clusters in the ferric binding protein from n. gonorrhoeae
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
b'DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEIDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Oxo-iron clusters in a bacterial iron-trafficking protein: new roles for a conserved motif.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ferric-iron Binding Protein
molecule tags Iron binding protein
total genus 100
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r1nA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r1nA01
1MM6A 5I58B 1QULA 3ZSFA 3IOVA 3FVNA 5A5XB 2DXYA 3GZGA 4N07A 2Q89A 1SW2A 3MQ9A 5H8NA 2A5TA 4IO2A 4MH5A 3H6UA 1CE2A 1SD3A 1M5BA 1POY1 2WKYA 3KN3A 5IAIA 4IO3A 2DS9A 4JWOA 3C34A 3DP6A 3MAMA 2ONRA 1ZKBA 4DIGA 2B65A 4QRZA 2O84X 3OXNA 4JWXA 4KR5A 4PQJA 4DCXA 2A5SA 5EYFA 1YAEA 1LAFE 1B4HA 1M5EA 1D9YA 3O9PA 4OERA 1IUDA 4RNSA 1JW1A 5DT6A 5ISUA 4KYDA 4F19A 2VP1A 1MQHA 3S9MC 2XHDA 1B6HA 3CFLA 3O2AA 4GL0A 4QHQA 1URDA 2X7QA 2Z23A 4H0WA 3O66A 1NNFA 2Z22A 1LBBA 4RY1A 1AIVA 1MDP1 1R6ZA 2X26A 5KCJA 3IOWA 1M5CA 3TZAA 1OVBA 4BDOA 3KN8A 1MH3A 2UVIA 1B05A 3L6HA 1IEJA 3QXMA 2XXVA 1POTA 2DP8A 4IB2A 2HZLA 3K1MA 1OQHA 2DSFA 2O1MA 3MVWA 1P1OA 4QSCA 2H4IA 4ZEIA 4YU0A 1JNFA 4OXVA 3TQLA 2E1SA 4LQ5A 4XKRA 2QS3A 5JTYA 3IB0A 3VXCA 2I6EA 4HS7A 1MY0A 3VLWA 4RA1A 4Q8RA 5KDTB 2XXQA 3VFJA 3QUJA 1AH5A 1XT8A 3HCQA 4AQ4A 4KYSA 1UTBA 5AA4B 1ELJA 1JW4A 4R2BA 1LB8A 2I49A 3PGFA 5TPAB 3EHTA 3Q29A 1GV8A 3KJ7A 3MVXA 4WXJA 3UA8A 1DOTA 3PUXE 2ESNA 1Y20A 2O68A 1MPDA 4BDNA 3TCHA 4BLAA 1Y3PA 2PYYA 4NE4A 4RJZA 5FHOA 1N3WA 4GIZA 3KFMA 3BFUA 1NH8A 3KN7A 2Y7PA 3PUYE 4FATA 2RC7A 2UVJA 1LFHA 4FJPA 1MRPA 3K4UA 5I2NA 3C33A 2ANJA 5L9MA 3VLVA 2H9BA 2PT1A 4M4GA 3MP1A 1A99A 1B7HA 1RYOA 4F1YA 3OO6A 3TTLA 4R9FA 5CMKA 4MLQA 1PEBA 4BDRA 2VD2A 3P7IA 4H5GA 1XS5A 2NWJA 3LR1A 1B51A 2QL3A 4RK9A 1FTJA 1NNTA 3PPQA 3IX1A 4POXA 4WEPA 2OK2A 1P1QA 2Q9TA 2RF1A 1L5TA 5H8FA 3C36A 1HSEA 5DTBA 3IL1B 5JEIA 3DLNA 2D5WA 4U1ZA 5H8NB 3MP6A 4X1DA 1S7YA 1ANFA 2ZYMA 2DE3A 4F3PA 3G3IA 1MXYA 2DYXA 4F22A 2ZMBA 1MQIA 3DP4A 3TELA 3E3KA 3OOAA 3H6WA 4EDPA 2I4BA 3T96B 5AA2D 3GBBA 1KWHA 3RGYA 3K1NA 1DTZA 3QIMA 3H03A 5CC2A 1B9JA 3PD8A 4LQ2A 3TTRA 3G3FA 3FJMA 3VDFA 2GH9A 3TCGA 5ELVA 1US4A 4LP2B 1Y9UA 3FUZA 4YKJA 5BUUA 1I69A 4R9GA 3RNNA 3U72A 5JK4A 4O3CA 1Y1ZA 3G3HA 3PMVA 2BJJX 4JWYA 4L17A 3RN8A 4ELQA 1BIYA 4TQUQ 1B3FA 3SKPA 4JSDA 5KCJB 2NUVA 4GL8A 4IGTA 5DEXA 4NF6B 2DOJA 1EU8A 4OQOA 2REJA 2R9JA 5TP9A 3PUZE 4XKQA 4E0WA 4IY6A 2YJPA 3RTWB 3DELB 3SERA 3W9VA 4ZDMA 2O6AA 4YB7A 1SW5A 3TUSA 1B1HA 3EPEA 3V5AA 3CSGA 5JTYB 1F9BA 3SESA 5DVIA 3FVKA 1LCTA 1FQDA 2DWAA 2HEUA 3OMBA 2QMWA 1XC1A 1MH4A 1UTBB 4FEBA 1OLCA 1ZBMA 3IORA 4G68C 4FE8A 2UYFA 1R9LA 3MZ9A 4JSOA 1MXZA 3KSXA 1URGA 2Y84A 3O28A 4H8IA 4QF9A 1MS7A 1HSLA 1JVYA 4NMYA 1BLFA 3O6HA 5IKBA 2D21A 1XVXA 3USDA 4ZEBA 2HFBA 2H99A 1II5A 2P1SA 4EQBA 2XD2A 2V93A 4MBPA 4ESXA 3R6UA 1LFIA 3DP8A 1B46A 3RT6B 3PV0E 3KG2A 4LUBA 1Y4TA 1TFDA 1FTMA 5I2NB 4EQ9A 3K0VA 4GOTA 1ZMGA 1N7XA 4KYEA 3BBRA 4MLVA 3T9VA 2ZNUA 4YAHX 4EXKA 3ZKKA 1QUKA 1ZIUA 2GHAA 4OEUA 3UK4A 1B3LA 4R6HA 1GR2A 1Z7NE 4ND9A 3LSFB 3VXBA 1O64A 1H44A 1B32A 2XD3A 2I4CA 4XTCQ 3OSRA 1EH3A 3PPNA 4H65A 2RINA 3S4UA 3K00A 3CSBA 5I2KA 2P2AA 1UTHB 1UIVA 1FQAA 3OD7A 3MC2A 5I56B 1SI1A 3CFXA 1YCJA 3FVGA 5H8QA 4AB6A 2AL4A 4IGRA 3N6UA 3C32A 3U94A 1MQJA 3ODBA 1SYHA 3A3CA 3E4RA 4YB6A 4QFOA 2GRVA 2O51A 3LUYA 1FQBA 3JV9A 1B0HA 2HQ0A 1P1UA 3PUWE 4U2RA 3VVDA 3KGCA 3MVZA 4OFLA 3FGSA 2UVGA 4RXLA 3EQ1A 2QS4A 3MP8A 4R73A 1S9TA 4IO4A 3FJGA 3MVYA 5I57A 3H6VA 4M1VA 1B40A 3PPPA 3WAFA 2RCBA 3MPKA 3C9HA 4UACA 3FXUA 3TTMA 4GXAA 1XHYA 3IB1A 3OSQA 3O97A 2O7UA 4F1VA 1MXWA 2Q2CA 3O29A 4ZZEA 4H6DA 4JXIA 4DXUA 4MF3A 3B6TA 4FEDA 1B0LA 3R7XA 3CFZA 2DVZA 2H5YA 5L9OA 3H7MA 1JQFA 5DEXB 3K6XA 4ZECA 2AIXA 1BP5A 4DDDA 1Y3NA 2REGA 2THIA 5TP9B 4C1UA 3FIRA 4H1XA 4R74A 3PPRA 4RPOA 2VHAA 2O69A 3UGWA 1BKAA 2I58A 2O1LA 4KFQA 1VR5A 4R72A 4ONYA 2PBWA 3QK6A 4GLIA 3RPWA 4FECA 3M3FA 1LB9A 3O6IA 4IO5A 2O7IA 4FIMA 3TFLA 3GXAA 1ZLQA 2V3UA 3LC8A 4YICA 1QVSA 4YKKA 4UA8A 1ZJLA 4OETA 1I6AA 1O63A 4IY5A 4PE5B 1P1NA 1SVXB 3QUFA 4RK2A 2DWJA 5CBRA 2DXRA 1NMUA 1SW4A 5DYHA 2ALUA 3SEXA 2G29A 3RY3A 4ELOA 4E0XA 4RPNA 3S2VA 4EF1A 4XKNA 2CMOA 4AB5A 1QKBA 2AL5A 1NH7A 4R2FA 1IXGA 5CBSA 1N76A 1B5JA 2I0BA 1NL5A 4G68A 4DXCA 1DPEA 3CG3A 3T93B 3U92A 3T9XB 4P11A 1B7ZA 1IXHA 3PD9A 1HSJA 3KOSA 4YKPA 3QYTA 1XVYA 2F7CA 2Y7IA 3HPIA 1B5HA 3FXRA 1OLAA 3TTNA 1N84A 1USYH 4IO7A 4OFJA 2OCUA 4GVOA 4QFPA 1A7LA 2Y7KA 4YMAA 1YTVA 2UXAA 4WEDA 2OWSA 3TODA 1USYE 3IOTA 3M3KA 2QS2A 3MZBA 3THIA 4Z0IA 1ATGA 5K2XA 2X7PA 1A40A 5B7DA 1EZ9A 4PFYA 4YZZA 5I2KB 3IAZA 5CM6A 3EF7A 3SEWA 5AE4A 4NF8A 2D3IA 1GVCA 3HV1A 4IO6A 1RKMA 3I3VA 3IK6B 2F5XA 4ELRA 1A8FA 2A5TB 4QFNA 4F2OA 1PB9A 1P99A 2ZNTA 3B6QA 3MPLA 3HHFA 3FV1A 2XX7A 3PU5A 1MDQA 1FTLA 4OWDA 4F3BA 3G3GA 3TTKA 2DWIA 3VV5A 4C0RA 2F78A 2VD3A 4F31B 3K02A 2V84A 1MY4A 4DCYA 4BDQA 3B6WA 3FVOA 5AA2A 1H76A 2QS1A 2HAVA 1XOCA 3E9XA 1MPCA 4G8HA 2PVUA 1QJMA 1SW1A 4R6KA 1A8EA 1SBPA 1B3GA 2F36A 2VGQA 2Q8JA 4NWDA 1B52A 5L8DA 3L6GA 2Q88A 1FQEA 2F35A 2F6PA 2G93A 4RYAA 5DVJA 4U4XA 4GXSB 1QW0A 2RC8A 1VFEA 4F2QA 2QRYA 4XIGQ 1QKAA 2FA7A 4ISUA 4EUOA 2ZYKA 3GLBA 2M8CA 1SQYA 1WODA 3CIJA 2V25A 2XX9A 3TEPA 1MY1A 3T9UA 1OVTA 3PPOA 3PUVE 2I3WA 1IITA 2NVUB 3FD3A 1N04A 1NKXA 4NWCA 4OENA 4ZEDA 1DTGA 1IIWA 4POWA 1DPPA 4EQ7A 3FJ7A 4Q5TA 2CZLA 2XXPA 3TAJA 5ICTA 4LZ5A 3TDJA 1NNKA 1H45A 2W7YA 1PBPA 1FTOA 4OZ9A 1ZTYA 2GHBA 1Y4CA 3KBRA 2DWHA 2XXHA 3HN0A 3IO6A 4HTGA 1AMFA 4JDFA 4ECFA 5M2VA 4PETA 2UYEA 4G68B 2ZNSA 4QFKA 2XXUA 4EXLA 3K1PA 3N94A 3EHSA 2R71A 3TQWA 5F7VA 4F29A 1LAHE 3HHGA 1IXIA 1N7WA 5CI5A 1H3DA 5H8HA 1J1NA 4X48A 4U22A 2FNCA 4PFTA 4NF5A 1M5DA 5CMCA 4OMBA 5ICQA 4I9DA 3F11A 1SI0A 2V3QA 4GD5A 4H8JA 3M3LA 2V3TA 3VVFA 1UIUA 4X1BA 3N26A 3SETA 4DZ1A 3IJXB 1MY3A 2H98A 2NXOA 5I59A 4NEDA 5TU0A 1CB6A 4ZEFA 1EZPA 4ESWA 3MWBA 3C4MA 4NF8B 4NF4A 5H8FB 1LGBC 5KZTA 3AXFA 1GTKA 1EZOA 1Z7ME 3D4CA 1IZ1A 4MFIA 3SEVA 3OO7A 3LSLA 3LBSA 3Q26A 3RTFB 3OENA 4X9TA 3FV2A 1FQFA 5J1DA 3TYHA 1PC3A 2VOZA 1TFAA 1ZU0A 2Q2AA 4OFOA 3V8XB 1I6QA 5CMBA 5AA1A 4TOZA 1FQCA 4XKPA 1DSNA 3N5LA 3OEMA 3EHUA 2YLNA 4Z7EA 3RT8A 4G77A 3T22A 3Q27A 5F1QA 1VSOA 1B3HA 4I62A 1MXXA 1SYIA 1LFGA 1B4ZA 5AA2B 3EN3A 3G3KA 1MQGA 1MQDA 3OELA 4KD5A 4OVJA 4K3FA 3ZKLA 1LAGE 4KQPA 4H5FA 4WKMA 4C1TA 5DVFA 5EHSA 4OHNA 1DMBA 3UORA 1M5FA 3C35A 4U23A 3BKIB 5BWJA 3N6TA 3OEKA 1MM7A 2F7AA 3H4ZA 1N3XA 4GFRA 1SDXA 4DLDA 2ZYNA 4ZZAA 4YB5A 4U4SA 4PP0A 3S9EA 4FAJA 3MBPA 3R26A 2XXWA 5EHMA 3IO4A 2DQVA 3M8UA 1R9QA 3Q25A 2H25A 3B7DA 3CRBA 4NF6A 1MY2A 1VE4A 4G2ZA 3FASA 3KOTA 1H43A 4N13A 4GQOA 4F3SA 1OMPA 4LZ8A 2ONKE 2GFEA 3A09A 2PT2A 1OQGA 3CR9A 4I1DA 1MG1A 5ITOA 2QSXA 4DXBA 2KLFA 3HO7A 1RYXA 4ZS9A 2OWTA 2XXTA 3I6VA 1VFDA 4O3AA 4I8CA 4G4PA 1BTJA 1B7UA 1I6BA 3RQTA 1AOVA 2ZXTA 5LOMA 1Y1MA 2F6GA 4F39A 1T0KA 4F3GA 1JETA 1B3EA 2R6GE 2HCAA 4QSDA 4R75A 1WVJA 1NNPA 3RLFE 5H8HB 3I5OA 1LBCA 3GBAA 1Q1KA 3U8QA 1PDAA 3G7WA 4ELPA 2UVHA 3MJNA 4NF5B 3UN6A 1LLSA 3QSLA 5HPQA 5FTIA 4G8MA 1WDNA 3KZGA 2QPQA 3S9LC 2I48A 3H6TA 3IJOB 1JW5A 2Z8EA 2HAUA 4F18A 1PBQA 3KSJA 2OLBA 1US5A 3TPAA 2HZKA 1FCKA 5I59B 2E0SA 3OO8A 3T66A 3LSXA 1Q35A 3V83A 4PFUA 4QSEA 1R1NA 5FHNA 3Q28A 4NF4B 3K6WA 2ABHA 2YPNA 2ZYOA 3CI8A 4OTEA 1O7TA 3TKDA 4U1OA 3WAEA 5H8QB 4GRKA 1PB8A 4Q0CA 3CVGA 4Q30B 1QUIA 3T9HB 2ONSA 3D4GA 4LONB 5I58A 2RC9A 1UTHA 1TWYA 5I56A 5A5XA 1LAXA 3KJTA 1TT1A 1B2HA 1LSTA 3JYRA 4KHZE 2OZZA 5I57B 1LCFA 3O6GA 2DE2A 2IA4A 1YPNA 5HBCA 3W9WA 3C31A 1S50A 4ZE8A 2F34A 3SEUA 3VVEA 3DM0A 4THIA 4HW8A 2XXXA 3K2DA 3OO9A 1Y3QA 1A54A 4P0IA 3K6VA 3HSTA 3UIFA 3H06B 4ZEKA 2HXWA 1MPBA 3IOUA 2AYSA 2F8DA 3G3JA 4TLLB 3ILTB 4TLMB 2B3BA 2QMXA 5L9SA 1IQ7A 1JVXA 1JEVA 1B5IA 4XXUA 2NOOA 5K2YA 1URSA 5HM4B 2Y7RA 3A3UA 3E13X 3FZVA 1QUJA 3IB2A 2B3FA 4FORA 3RUMA 2PMSA 2OBGA 3UP9A 2FYIA 4LA9A 4YKIA 2XXIA 4ZE9A 3PMXA 1IXCA 3SDFA 4G8NA 2I0CA 1B1XA 1D4NA 3FXQA 3SEYA 4OEVA 3V89B 5AA3A 1P1WA 1GGGA 4KCDA 3KEIA 4HCWA 2XXYA 1FW0A 4H67A 4KCCA 4JBZA 4F1UA 3MZ1A 2IEEA 1AL3A 2P0SA 3JZJA 4KPTA 1N0TA 4NTLA 5FHMA 2XXRA 4KI0E 2OJTA 1MXUA 5KDTA 2DVCA 1D9VA 4LZ7A 2F97A 3W15C 3ONMA 2Z8DA 4JB7A 5AA4A 2Z8FA 3ZS6A 2XX8A 3VLUA 4EF2A 5TPAA 3PMWA 4QFLA 3FATA 4LATA 2Y7WA 3BFTA 1OIBA 3K6UA 3VE1B 4BDLA 3LSWA 5ITPA 5I84A 2RCAA 4HCYA 2F7BA 3MUQA 4PFWA 1PB7A 1TXFA 1JEUA 4YMBA 1FTKA 4N6PA 1UQWA 3S9NC 4P0GA 4BDMA 3CG1A 4OYVA 3U1OA 2QJEA 5CMMA 3MW0A 3ILUB 2PX1A 3TMGA 3QAXA 4DE8A 4LVQA 3TCFA 2RKMA 1B58A 3ECRA 1D3KA 2LAOA 2I3VA 4U21A 4O3BA 4R6YA 4GF8A 3K01A 5H8SA 2DE4A 4OESA 5FTHA 1A55A 3U93A 5B70A 5CRYA 3H3GA 1MXVA 4GWOA 3IR1A 1NFTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KXPA 4PFIA 1MM6A 2OWZA 5I58B 3SZPA 1QULA 3ZSFA 4DI4B 3IOVA 3FVNA 5A5XB 2DXYA 3GZGA 4N07A 2Q89A 1SW2A 3MQ9A 5H8NA 2A5TA 4IO2A 4MH5A 1FBDA 3H6UA 2FVZA 1CE2A 4GWWA 1SD3A 1M5BA 1POY1 2WKYA 2ZZWA 4MJOA 3KN3A 2V4CA 5IAIA 2HXRA 4IO3A 4AS5A 2DS9A 4JWOA 3C34A 3DP6A 3MAMA 2ONRA 1ZKBA 4G61A 4DIGA 2B65A 5ET7A 4QRZA 2VPOA 1G0IA 5IZ1A 4O7IA 2O84X 3OXNA 4JWXA 4KR5A 4X04A 4PQJA 4DCXA 2A5SA 5EYFA 1YAEA 1LAFE 1M5EA 1B4HA 1D9YA 3O9PA 4OERA 2HHMA 1IUDA 4RNSA 1JW1A 5DT6A 5ISUA 1Q9DA 4KYDA 4F19A 2VP1A 1MQHA 3S9MC 2XHDA 1B6HA 3CFLA 3O2AA 4GL0A 4QHQA 1URDA 2X7QA 2Z23A 4GBVA 4H0WA 3O66A 1NNFA 2Z22A 1LBBA 4RY1A 1AIVA 1MDP1 1R6ZA 3FXBA 2X26A 5KCJA 1NV0A 3IOWA 1M5CA 3TZAA 1OVBA 4BDOA 3KN8A 4PFRA 1MH3A 2UVIA 4MMPA 1B05A 3L6HA 1IEJA 3QXMA 2OX3A 2XXVA 3ISPA 2PCRA 1POTA 2DP8A 4IB2A 2HZLA 3K1MA 1OQHA 2DSFA 2O1MA 3MVWA 1P1OA 4QSCA 2H4IA 4ZEIA 4YU0A 1JNFA 4OXVA 4GWSA 3TQLA 2E1SA 4LQ5A 4NG7A 4XKRA 2QS3A 5JTYA 3IB0A 3VXCA 3B8BA 2I6EA 4HS7A 1MY0A 3VLWA 4RA1A 4Q8RA 1NUYA 5KDTB 2XXQA 3VFJA 3QUJA 1AH5A 1XT8A 3HCQA 4AQ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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