The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
141
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structure length |
141
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Chain Sequence |
VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHGKKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVAPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTPAVHASLDKFLASVSTVLTSKYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Characterization of hemoglobin bassett (alpha94Asp-->Ala), a variant with very low oxygen affinity
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxygen transport
|
| molecule keywords |
Hemoglobin alpha chain
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| total genus |
59
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| structure length |
141
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| sequence length |
141
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| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-09-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00042 | Globin | Globin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZT0 A; 3PT8 B; 5ILP A; 4F6D A; 2GDM A; 1RTE A; 1YEQ B; 4NZI A; 3D17 A; 1LFV B; 2KSC A; 1ABY A; 3DR9 A; 1RVW A; 1UX8 A; 1SDL A; 1YGD A; 2ZLW B; 4MXL A; 2NX0 A; 1MBD A; 1BAB B; 5CNE A; 3PI8 A; 1WMU A; 2HBE B; 5KER A; 2VLZ A; 4X0L A; 5EQM A; 5SW7 A; 1NEJ B; 1J7Y A; 4DWT A; 1NQP B; 3OO4 B; 1AJ9 B; 1BZ1 A; 2W72 B; 3UH7 A; 4FWZ A; 1A3N A; 3QJE A; 3MYN A; 1HBG A; 2HCO A; 3AQ5 A; 1UFP A; 2HHB A; 1JEB A; 1JF4 A; 3UHR A; 1VWT B; 1Y5J B; 1DTM A; 1J3F A; 2GTL B; 3EU1 B; 1Y4Q B; 1OUU B; 1Y4R A; 1MKO A; 2D2N C; 4FWY A; 2DN2 A; 4HRT A; 1YIE B; 1ECN A; 3MJU A; 4H2L A; 1VXH A; 2ZLU A; 3UGY A; 1HRM A; 2HBF A; 2HZ2 A; 2EB8 A; 1Y22 A; 2D5X B; 4HRR A; 5KDQ A; 1MOA A; 2SPO A; 4NI1 A; 2D60 A; 1URV A; 3LB3 A; 3R5I B; 2HZ1 A; 4N8T A; 1HSY A; 4ODC B; 1O1O B; 3PIA A; 1CLS A; 2ZSS A; 1XZ4 A; 2XYK A; 2DXM A; 1Y8H A; 3HHB B; 1A01 B; 1XYE B; 4O4Z A; 1V75 A; 3A0G B; 3G4Q A; 3VRE B; 2R80 B; 1YIH B; 3BOM A; 2RI4 B; 1EW6 A; 2AV0 A; 5CMV A; 1HBS A; 1XZ7 B; 1IOP A; 1J41 A; 5HLU A; 1Y7G A; 4ILZ A; 4O35 A; 2FAM A; 3WTG A; 2JHO A; 1LFL B; 1MYT A; 2ZLV A; 1HGB B; 4ZVB A; 1TU9 A; 1NIH A; 3WCT A; 1L2K A; 109M A; 2R4Y A; 1SDK B; 3A5B A; 1NS6 B; 4MQI B; 1Y4V B; 2BKM A; 1QXE B; 1YHU A; 3S1J A; 4H0B A; 2R4Z A; 3UHN A; 2E2Y A; 1J3Y B; 1N9F A; 1DXD A; 3K8B A; 2VHB A; 1EBC A; 1Y85 B; 3D1A A; 1DXT B; 3OZV A; 2LH1 A; 2VYW A; 5CNC A; 2ZLX A; 1CG5 A; 1KFR A; 1A0U B; 1JP8 A; 1NAZ A; 2VLX A; 3HRW A; 1NWI A; 2YRS B; 2D2M B; 2R1H B; 4MQK A; 3LR7 A; 1F5P A; 5AB8 A; 1EWA A; 3QJC A; 1M6C A; 2GLN A; 4WJG A; 1LFQ A; 3KMF C; 3IC2 A; 1C7C B; 3ZJL A; 2NSS A; 5MBN A; 1Y8K B; 2H8D B; 1MLK A; 1IT2 A; 1CH9 A; 1PBX B; 1MGN A; 1A6N A; 2EVP A; 1YMC A; 2ZS1 D; 1GLI A; 1YH9 A; 1CMY A; 1C7B B; 3RJ6 A; 3HXN B; 1IRD B; 1A9W E; 1YMB A; 3VRF A; 1Y5F B; 3CIU A; 3NL7 B; 3UI0 A; 1MYM A; 2QLS A; 4TWU A; 1CH2 A; 2ZS0 D; 1EMY A; 1Y4B B; 3DUT B; 3QMA A; 1O1K B; 3ARL A; 1BBB A; 3QM9 A; 5C6E A; 1Y35 A; 1IBE A; 2AUR A; 2M6Z B; 3GQR B; 1DUK A; 3NFE B; 3HYU B; 1Y09 A; 2GKN A; 3QZZ A; 1FN3 A; 3UHT A; 1VXG A; 1HV4 B; 2AUO A; 1BZ0 B; 4N7O A; 1FAW A; 1DXV A; 1DWS A; 2QU0 B; 4F4O B; 4ROM B; 1V9Q A; 1S0H B; 2NRL A; 3E55 A; 5E6E B; 4DWU A; 3UHC A; 2AUP A; 3EOK B; 3BJ3 A; 2MGA A; 1MLQ A; 1XZ5 B; 1LJW A; 1XZ2 B; 1ECA A; 3CY5 B; 2O5L X; 2MYA A; 3ZOM A; 3UHU A; 4IT8 A; 1DTI A; 5EUI A; 3DHT B; 1JZK A; 3EU1 A; 3QJD A; 1HGA B; 4JYQ A; 2XKI A; 3WCW D; 2DN1 B; 1K0Y B; 2ZFB B; 1M6M A; 3G46 A; 1Y45 B; 1V4W B; 1Y7C A; 3ZJH A; 2LH5 A; 4NXA A; 2D5X A; 1LUE A; 2HBS B; 5CN5 A; 1O1J A; 1GZX A; 3MOU A; 1UVY A; 1NS9 B; 5CND A; 2PEG B; 3MKB A; 1X46 A; 1XY0 B; 3NG6 B; 2MB5 A; 3UHV A; 2HBD B; 1GDK A; 3QZX A; 4MAX A; 1NPF A; 3HEN A; 4DC7 A; 4QAU A; 5MBA A; 4MQJ A; 4YU3 B; 1O1I A; 2DN3 B; 2HHD A; 1H97 A; 2R80 A; 3LR9 A; 3UH6 A; 2MYB A; 3K9Z A; 3UHX A; 7HBI A; 1B86 A; 1RPS A; 3V2Z A; 3D7O A; 2RAO B; 1OJ6 A; 1RQA A; 1BIJ B; 1QSH A; 104M A; 1Y0T A; 2VYZ A; 2ZSX A; 5HLX A; 1GCV B; 5F0B A; 5CHQ A; 2OIF A; 2W6X A; 1XXT B; 2V1I A; 1Y4V A; 2Z6S A; 1ABW A; 1JY7 A; 5E29 A; 4KMV A; 1YVT B; 3WCT C; 4UUR A; 4FC3 B; 1YEO B; 3SZK A; 3PT7 B; 4TYX A; 4VHB A; 3G53 A; 3QJB B; 1MLF A; 1YHU C; 1VXF A; 4F6J A; 1Y01 B; 1X9F D; 2MGG A; 3HF4 A; 1S5Y A; 1Y46 A; 3UHK A; 1ECD A; 3ECZ A; 1MOC A; 2XKG A; 2ZT4 A; 1MLR A; 2ZSN A; 3WCV B; 2ZFO D; 2MGH A; 3TM9 A; 3O89 A; 1YEN A; 2OHA A; 1YE2 B; 2ZS1 A; 4MPM A; 1UVX A; 3PI9 A; 3GK9 A; 1J40 B; 2V1J A; 2GNV A; 112M A; 3BJ2 B; 5CN8 A; 1IWH B; 3E5I A; 1NPG A; 102M A; 1MDN A; 1NZ4 A; 1MOH A; 3BCQ B; 3W4U A; 2MGB A; 4MQH A; 1KR7 A; 1O1M B; 3OGB A; 2ZS0 A; 4AVD A; 1LFY B; 1CG8 A; 1QI8 B; 5E83 A; 1A4F A; 1O16 A; 2QMB B; 4YU4 B; 1O1L B; 2WY4 A; 1FSX A; 1R1Y A; 2MGM A; 1YGF B; 2R50 A; 3S65 A; 2R4X A; 3WFU A; 3A5G A; 1G08 A; 1HJT A; 1SHR A; 1CIO A; 3VRG A; 1YHR B; 4H07 A; 3GOU B; 5F2A A; 1HDA B; 3ZJS A; 4G1V A; 2HBC A; 3GYS A; 4NXC A; 1J7W A; 1HAB B; 1J7S A; 2H8F B; 4MQG A; 2O5T X; 3G4W A; 1I3D A; 4FWX A; 3ASE A; 2AA1 B; 1BVC A; 1XQ5 B; 1HBB A; 1Y0C B; 1Y4F B; 1MYG A; 3WHM B; 1RQ3 B; 4O4T A; 1LFT A; 5EE4 D; 2OH9 A; 4M4A A; 3KUO A; 1UMO A; 3GKV A; 2QSS B; 4L7Y A; 3WCU D; 1RQ4 A; 2BW9 M; 5JDO D; 2VEE A; 3ECX A; 3OZW A; 2AUQ A; 3ED9 A; 5C6Y A; 1MBC A; 1Y0D A; 3WCW A; 1JZM A; 2FRK X; 2W72 C; 2ZT1 A; 4ROL A; 3VHB A; 1RSE A; 5EYS A; 1YG5 A; 3ONZ A; 3S66 A; 2MGI A; 4MQC B; 3ARK A; 1A0Z A; 1XZV B; 1U7R A; 2SPM A; 1RTX A; 2Z6N A; 3GQG A; 1BUW B; 1HGC B; 4HBI A; 3SDH A; 3RGK A; 3UHB A; 2HBS A; 1DO3 A; 3AG0 A; 5HY8 B; 110M A; 1A00 B; 2GNW A; 1G09 A; 1GCW A; 1UFJ A; 106M A; 1DLY A; 1S69 A; 1Y31 B; 1BZZ B; 1HBA B; 1GDL A; 1HDS A; 2MHB A; 3FS4 A; 2G0R A; 4OOD A; 2GTL D; 2SPL A; 3GDJ A; 1C7D A; 1Y83 B; 1HBH B; 1T1N A; 3WR1 A; 1YOI A; 1LH7 A; 2ZLT A; 1CIK A; 3O7N A; 3PEL B; 1OUT B; 4NI0 A; 2MGD A; 1QPW B; 3D1K A; 3AT6 B; 1G9V B; 3AQ9 A; 3MJP A; 2EKT A; 1SI4 A; 2EVK A; 1HAC B; 2D5Z B; 1Y7Z A; 3MN0 A; 3B75 B; 3GQP B; 1COH B; 3ODQ A; 3QM7 A; 2D2N B; 3FH9 A; 2BLJ M; 2BLI A; 3IA3 B; 4ESA B; 1AZI A; 4O2G A; 2V1F A; 1MBO A; 1V4X A; 5HBI A; 1QXD B; 1X9F A; 2W6V B; 1K1K A; 1LH5 A; 3WCP A; 2V1E A; 1G0A A; 4F6I A; 1CH3 A; 1MLN A; 1GBU A; 2O5M X; 5HU6 A; 2ZFO A; 3UHI A; 2Z85 A; 5JGG B; 3NMM A; 1MLH A; 4G51 A; 1CH5 A; 1O1P B; 4N7P B; 1MBN A; 1NZ2 A; 1MLJ A; 1FHJ B; 2W6Y A; 4IRO A; 4U8U B; 3ECL A; 2D2M C; 3QM6 A; 1S5X A; 1A3O B; 3DHR B; 1YEV B; 1YVQ A; 1SWM A; 1Y4P A; 1R1X A; 4F6G A; 1XZU A; 3A59 A; 1WLA A; 2VYY A; 2ZS1 C; 1Y5K A; 1LA6 B; 1QSI A; 2MGF A; 1Y7D A; 2B7H B; 2ZSP A; 1UC3 A; 1Y8W A; 1LFY A; 1MWD A; 4N7N A; 1Y0W A; 5B84 A; 1Y0A B; 2D2M D; 1JL7 A; 1YHE B; 3AT5 B; 4HHB B; 5AZR A; 3V2V A; 3UHW A; 4HSW A; 1HDB B; 3QM8 A; 2EF2 A; 1CP5 A; 5B85 A; 1LFZ A; 2ZS0 C; 4KN3 A; 4F6B A; 3A9M A; 2VEB A; 3TLD A; 1SPG A; 3LB2 A; 4OF9 A; 1M9P A; 1YDZ A; 2PGH B; 1X3K A; 2Z6T A; 2O5O X; 3P5Q B; 1JPB A; 3BJ1 B; 1JP6 A; 2GRH A; 1DXU A; 2ZWJ A; 1DKE B; 1Y8I B; 1MTK A; 1HCO A; 1YFF A; 3LQD A; 4XS0 A; 2GL3 A; 2LH7 A; 3OJ1 A; 1Y2Z A; 2H35 A; 1YZI B; 3WCU A; 2QSS A; 3PT8 A; 2HHE B; 5EV5 A; 3G4U A; 1G0B B; 1THB B; 3QM5 A; 1YEQ A; 1FCS A; 1LFV A; 2G0V A; 1J3Z B; 2G10 A; 2LH3 A; 2MYC A; 3OVU C; 2O5Q X; 1YMA A; 2ZLW A; 1BAB A; 2QSP B; 3PI2 A; 2HBE A; 1NZ5 A; 3WCW C; 1NEJ A; 1UX9 A; 1C40 B; 1V5H A; 101M A; 1A6G A; 2W6W A; 1NQP A; 3OO4 A; 4MU5 A; 2DHB B; 1AJ9 A; 4PQB A; 2W72 A; 2G11 A; 1MWB A; 1V4U B; 1YEU B; 1JDO A; 111M A; 1VWT A; 1UIW B; 3OO5 B; 1YE0 B; 1Y5J A; 107M A; 2GTL A; 3G52 A; 1Y4Q A; 1IDR A; 3IC0 B; 1OUU A; 1F5O A; 2SPN A; 3D4X B; 1Y4G B; 1LH6 A; 1YIE A; 1VRF A; 1MYZ A; 2R4W A; 1MNK A; 3D17 B; 1HBR B; 1ABY B; 2FRJ X; 5CNF A; 4PNJ A; 4B4Y A; 1RVW B; 1MYH A; 1SDL B; 1YGD B; 1G9V A; 105M A; 1VHB A; 1BJE A; 3PI8 B; 1WMU B; 3R5I A; 5KER B; 4X0L B; 5SW7 B; 4ODC A; 6HBW B; 1J7Y B; 1O1O A; 1CBM A; 1BZ1 B; 1DUO A; 1A3N B; 1IRC A; 3QJE B; 3HHB A; 1A01 A; 1XYE A; 3A0G A; 3VRE A; 2HCO B; 1VRE A; 2HHB B; 1YIH A; 1JEB B; 2RI4 A; 1XZ7 A; 1MNO A; 1Y4R B; 1MKO B; 2DN2 B; 4HRT B; 3HC9 A; 5EOH A; 1GVH A; 2QFN A; 1LFL A; 3MJU B; 3MBA A; 4H2L B; 2ZLU B; 1HGB A; 1Q1F A; 2HBF B; 3WFT A; 2ZSZ A; 1Y22 B; 1MWC A; 4HRR B; 1SDK A; 1NS6 A; 1X9F C; 4MQI A; 4DC8 A; 5KDQ B; 4NI1 B; 1QXE A; 2D60 B; 1BIN A; 1J3Y A; 4N8T B; 1Y85 A; 3PIA B; 1DXT A; 2ZFO C; 1CLS B; 1XZ4 B; 4C44 A; 2ZSO A; 1N9X A; 2DXM B; 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3CY5 A; 1BBB B; 5C6E B; 1OR6 A; 1Y35 B; 1IBE B; 1AJG A; 3DHT A; 1GDI A; 4KJT A; 1HGA A; 1GDJ A; 3ORD A; 1Y09 B; 1VXA A; 5EYJ A; 1S61 A; 1MNJ A; 2DN1 A; 1K0Y A; 1U7S A; 2ZFB A; 1YOH A; 2AV3 A; 3QQQ A; 1Y45 A; 1FN3 B; 3E5O A; 1HBR A; 1V4W A; 2GTL C; 1W92 A; 1NZ3 A; 4N7O B; 5HLQ A; 1JF3 A; 1FAW B; 1DXV B; 1CPW A; 1MLS A; 2O58 X; 1MBA A; 5ILM A; 1NS9 A; 2PEG A; 1XY0 A; 3H58 A; 3NG6 A; 6HBW A; 2HBD A; 3BJ3 B; 4UIQ A; 4YU3 A; 3GKT A; 2DN3 A; 1LJW B; 2MYE A; 5KKK A; 1ITH A; 3S48 C; 5EUI B; 3LB4 A; 1J52 A; 3QJD B; 2G0Z A; 1LH1 A; 2RAO A; 2C0K A; 3A5A A; 1B0B A; 2EB9 A; 1VXC A; 1BIJ A; 1CP0 A; 3UHS A; 1DLW A; 1S56 A; 4NK1 A; 1Y7C B; 2G14 A; 4L2M A; 1GCV A; 2MYD A; 3UHE A; 1F65 A; 1XXT A; 1O1J B; 1GZX B; 2D2N D; 1MLO A; 1YVT A; 3MKB B; 4FC3 A; 1YEO A; 3ZOL A; 2D6C A; 3PT7 A; 1NGK A; 1CH4 A; 3QJB A; 1MOB A; 4MQJ B; 2HBG A; 1O1I B; 4HSX A; 3LB1 A; 1UT0 A; 3UH3 A; 4U8U C; 2HHD B; 1I3E A; 2WTG A; 3ZJJ A; 3UH5 A; 1OFK A; 5CN6 A; 1KD2 B; 1B86 B; 1RPS B; 2G3H A; 2MGJ A; 3HEP A; 3D7O B; 3WCV A; 2OLP A; 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