1R6ZA

The crystal structure of the argonaute2 paz domain (as a mbp fusion)
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNAAAEFVDISHKSFPISMPMIEYLERFSLKAKINNTTNLDYSRRFLEPFLRGINVVYTPPQSFQSAPRVYRVNGLSRAPASSETFEHDGKKVTIASYFHSRNYPLKFPQLHCLNVGSSIKSILLPIELCSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Chimera of Maltose-binding periplasmic protein and Argonaute
publication title The crystal structure of the Argonaute2 PAZ domain reveals an RNA binding motif in RNAi effector complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Gene regulation
total genus 147
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence P, Z
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.170.260.10 Mainly Beta Beta Complex paz domain paz domain 1r6zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r6zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r6zA01
2Z8DA 3IAZA 3VV5A 2Y7IA 2Q89A 2P1SA 3OOAA 3KFMA 4QFPA 1B5JA 3ECRA 4GL8A 2X7QA 4QFKA 4PETA 4M4GA 1DTZA 1ZBMA 3O97A 1N76A 3QIMA 3QUJA 1JW4A 1B40A 5ITOA 3HSTA 4FEBA 4FECA 3DLNA 2Z22A 3B6WA 3TZAA 4QFOA 3UORA 5L9MA 1ELJA 5CRYA 1IXIA 4R6KA 2B3BA 4LZ8A 2QS3A 2QMXA 1D4NA 2XD3A 4ECFA 3WAEA 2XXWA 4NEDA 4TOZA 1SD3A 5I59A 2OWTA 4XXUA 4NGDA 4U1OA 3MVYA 2O69A 4H8IA 4NGCA 1MXXA 5AA2B 4F22A 3U92A 3Q25A 4R73A 3CI8A 1URDA 2D3IA 4GIZA 4ELOA 2I0CA 2A5TA 2B65A 3VLWA 5FHOA 2DOJA 3OO6A 4MF3A 3TODA 1B58A 3M8UA 2UVIA 2FYIA 1OIBA 3RY3A 3FZVA 2F5XA 4JB7A 4LZ7A 3O6IA 2ALUA 4GL0A 2Z8FA 1T0KA 2HZKA 3HPIA 3CFZA 3UA8A 2H5YA 1YTVA 1IITA 3UIFA 4NF6B 3C34A 3LR1A 3OXNA 3LBSA 2Y7WA 4GRKA 2F35A 4JSOA 3MZ9A 1F9BA 4EF2A 2WKYA 1VE4A 5CC2A 3MZ1A 3H7MA 4F19A 4C0RA 2OJTA 3C31A 2R6GE 3H03A 4KREA 3EHUA 3SEVA 3IO6A 4FJPA 1CE2A 1TT1A 2FA7A 3T9XB 1JW5A 1N7WA 1N84A 5JK4A 4OTEA 4NF4A 2GH9A 1LB9A 5CMBA 3VFJA 3QUFA 4E0WA 1USYE 3HHGA 2DS9A 3O6EX 5I59B 1MPCA 1FTLA 1MY2A 2D5WA 2HXWA 2PBWA 2AIXA 1MXUA 2YJPA 1SW1A 5H8SA 1BLFA 5HBCA 2HZLA 1POTA 2HFBA 1B51A 4ZECA 4OHNA 3T22A 4Z4CA 1UTBB 5ELVA 1RYOA 2E0SA 2A5TB 4U4SA 3MJ0A 3IOTA 4P0IA 3SEXA 4U1ZA 2O1LA 1XT8A 1SI1A 3HHFA 4ZZAA 3A09A 3VE1B 4R9GA 2DQVA 4EQBA 4DDDA 4IO6A 1VFEA 1PB8A 1Q35A 4G8HA 3RTWB 1Y9UA 1Y1ZA 3ILUB 2ONSA 3KJ7A 3VXCA 2QPQA 1NFTA 1ZKBA 4IY6A 4X1BA 3R7XA 5I2NA 1T2SA 1JW1A 4EUOA 3SERA 3VLVA 1XVYA 4O3CA 1A99A 2HEUA 2I58A 3CSBA 2HAUA 3R26A 4Q8RA 5JS2A 3OELA 1B3GA 3M3LA 1H45A 1B0HA 4U2RA 4G8MA 3RLFE 2DE4A 4ZDMA 4F3BA 1GTKA 1FQFA 1O63A 4QSDA 3UP9A 4I9DA 4POXA 4EQ9A 3A3CA 2V3QA 4FAJA 4FEDA 2F7BA 2OWSA 2UYFA 3IK6B 4LQ2A 1CB6A 3PPQA 5B70A 3UK4A 3PV0E 4TLLB 2AYSA 1MG1A 2PVUA 2I48A 2R71A 1N3XA 4OEVA 3FXUA 2X7PA 3D4CA 5AE4A 3MP1A 2REGA 4ONYA 5EHSA 3PMWA 1H43A 4F18A 5I2NB 2XFMA 3RPWA 3FJMA 3PUWE 2F97A 2O68A 3OSRA 1B7UA 4N07A 2UYEA 2GHAA 1LFHA 3RUMA 3PMXA 2A5SA 2O51A 4H67A 3SKPA 3TTRA 1N04A 4R2FA 3ZKLA 5KCJA 1B52A 2VP1A 3BBRA 4JSDA 1ZU0A 4YB7A 2G29A 2NWJA 1NH7A 3HN0A 1M5BA 2DVCA 3GXAA 4JBZA 4PP0A 3CSGA 2PT2A 3O29A 1EU8A 4KRFA 3FVKA 1BP5A 2I4BA 5HM4B 3C35A 3BFUA 4KQPA 4AB5A 2F34A 3DP8A 2W7YA 2H98A 3Q29A 1FTOA 2DXRA 2E1SA 1IUDA 2YLNA 4THIA 5KDTB 5F1QA 4U4XA 4Q0CA 5H8HA 3PD8A 3FV2A 3K01A 4OEUA 2R9JA 4FIMA 3IOWA 5T7BA 4RNSA 2I49A 4DXUA 3KG2A 1B3HA 5CMKA 5J1DA 1FQAA 3F11A 4FATA 2PT1A 3UGWA 2DE3A 4ZEKA 2ONRA 3CG3A 3TEPA 3IJXB 4LA9A 1IZ1A 2V3TA 1ZTYA 4OQOA 3OEKA 3U94A 4G68A 1P1NA 1ZIUA 2HQ0A 1A40A 2RC7A 1SBPA 3DM0A 1MPDA 3HCQA 4U21A 1NKXA 2VGQA 1DTGA 1PBQA 4M1VA 4GOTA 5K2XA 4DXBA 5KCJB 1URGA 1M5EA 2V84A 2XXYA 4F29A 1MXYA 2I4CA 4Z4HA 2Y84A 5LOMA 2Q9TA 2UVJA 1FTMA 3O3IX 2VHAA 5H8NA 2X26A 1R1NA 2XXQA 4BDNA 1NNTA 2QSXA 1QJMA 4JXIA 2OZZA 5AA4A 2ONKE 3N5LA 1URSA 4OESA 1OLAA 3V89B 4BDOA 4F31B 1ZMGA 1SYIA 3O9PA 4KYEA 3H6WA 3TPAA 2ESNA 4N6PA 2F6PA 4XKRA 1Y1MA 2XXRA 2THIA 1QUIA 3H6TA 3H06B 4H5FA 4QFNA 1H44A 4EXKA 1FQCA 3V8XB 3ODBA 3PUYE 2ANJA 4WEPA 3C9HA 3RQTA 3KN3A 3T96B 3IOVA 4I1DA 4Z0IA 3TYHA 1PC3A 4O3AA 1QUKA 3L6HA 5IAIA 3S9LC 2F8DA 1Z7NE 5F7VA 3CVGA 1O64A 4IGTA 1DSNA 1LB8A 2I6EA 1YCJA 1A54A 1NNKA 1QVSA 1LCFA 1A8EA 4ZE8A 4F1UA 1AMFA 3Q27A 5L9SA 2NXOA 3N26A 1MQDA 1DOTA 3FXQA 2I0BA 5H8NB 2XXXA 4EF1A 1B5IA 2ZNUA 1OVTA 3K6XA 3TFLA 1FW0A 4JWXA 2O7UA 3V5AA 4QF9A 4F2OA 1PB7A 1R4KA 3RTFB 5AA4B 1NL5A 1GGGA 2H25A 1EH3A 4HW8A 4YU0A 1MQGA 4F1YA 1P1WA 3CFXA 4NWDA 4H1XA 3C33A 3JV9A 4RA1A 4YKJA 1TXFA 3K02A 4DLDA 1N0TA 3QSLA 2I3VA 2UVGA 1QULA 3KSXA 1RKMA 1UTHA 4H8JA 1FQBA 1VR5A 3KZGA 4IY5A 3SEYA 5DVJA 3PGFA 2OLBA 3TTKA 5CI5A 3IB2A 5TP9A 4Z4IA 1POY1 5I2KA 3R6UA 3K4UA 1LAGE 5KI6A 2RCAA 5FHMA 2L5DA 1OVBA 4G2ZA 3KN8A 4GD5A 1FQEA 2UXAA 1D9VA 4LQ5A 4OVJA 3TTLA 3T9UA 1GR2A 4BLAA 3EHTA 1IQ7A 4GFRA 1B0LA 3DELB 3EHSA 2DXYA 4ISUA 2QS4A 1AIVA 1SI2A 4DIGA 4L17A 3LSWA 5CBSA 1UIVA 3SEUA 2ZNTA 1MY1A 5H8FA 1Y4CA 1IXHA 1ZJLA 2Z23A 1MPBA 4OYVA 5H8QA 4XTCQ 4RK9A 4F39A 2AL5A 4NH3A 1EZ9A 1N3WA 2OBGA 3C32A 3LSLA 3BFTA 1MY4A 1UTHB 2Q88A 1B5HA 1SW5A 2O6AA 3SESA 1XVXA 4WXJA 3SEWA 3GZGA 4R72A 3CIJA 5JTYA 3K1PA 3K6WA 3MAMA 3FVNA 4YKKA 4NH6A 4GVOA 1MM6A 4AB6A 5L8DA 4O3BA 5TP9B 4W5OA 4R6HA 2O7IA 3O28A 1EZOA 5FTHA 4NF4B 1GVCA 3PUZE 3IX1A 4WKMA 3IORA 3H6VA 3IOUA 1LCTA 3FATA 4NE4A 4OENA 2O1MA 4PFWA 4N13A 3FVGA 3VXBA 2RC8A 3FVOA 4NGFA 1S9TA 4W5RA 3PUVE 3CG1A 2ZYOA 3SETA 1MH3A 4YB6A 3KBRA 4RY1A 1TFAA 4JDFA 4DCYA 5I84A 4F1VA 4E0XA 4NH5A 5H8FB 1FTKA 5B7DA 3EF7A 3ZS6A 1AH5A 1MQIA 1R9LA 1B6HA 4FORA 4W5QA 4G4PA 5I56A 2VD3A 3H6UA 5ITPA 3TCFA 1OQHA 4NTLA 4ZEBA 2NVUB 3Q26A 4PFUA 1B3EA 4BDMA 4MH5A 5EHMA 5TPAA 1BIYA 1WVJA 2V3UA 3G3KA 4LUBA 5JTYB 3MZBA 4NF5A 4TLMB 5BUUA 3I3VA 1Y20A 2G93A 1JQFA 3N94A 2F6GA 1HSLA 4H65A 1B05A 3W15C 1MQJA 5ISUA 3OO7A 4TQUQ 1MY3A 4DXCA 4ESWA 3T93B 1LBBA 1H3DA 4QSCA 2KLFA 4C1UA 3MC2A 3U72A 3TCGA 1H76A 4NF8A 2ABHA 3MBPA 2I3WA 4QHQA 4YB5A 4KYSA 1NNFA 3QYTA 2QS1A 1IIWA 1GV8A 3E3KA 5CMCA 3ZKKA 2GHBA 4UACA 4F3SA 3Q28A 3N6UA 1MXZA 4OLAA 3FGSA 3KN7A 2XX7A 3HV1A 3PD9A 2OK2A 4W5TA 4IO2A 4EXLA 4HCYA 4RXLA 4OWDA 5I56B 2CZLA 2Z8EA 3IR1A 3MWBA 4ZZEA 1LGBC 1D9YA 2YPNA 5AA1A 2O84X 1OLCA 1NH8A 5TPAB 1MDQA 4XKNA 1P1UA 4Z7EA 5CBRA 4X48A 3K2DA 4NF5B 4YKIA 4WEDA 2V25A 2VD2A 5JEIA 1S7YA 2Q8JA 5JS1A 4KI0E 2XX9A 3IJOB 3EPEA 4MBPA 3KEIA 4QRZA 4Q30B 1SW4A 4KD5A 3FUZA 2ZNSA 4RPNA 3RT8A 3K00A 3MW0A 1PEBA 2QL3A 3M3FA 3KGCA 3K0VA 3I5OA 1D3KA 1Y3PA 3MJNA 4KHZE 1ANFA 5AA2D 4OFJA 4RPOA 1Z7ME 1SI3A 3GBBA 1J1NA 4YMBA 3VVFA 5H8HB 1IEJA 3GLBA 3OMBA 3IL1B 3TTMA 2RKMA 2QVWA 4G68C 2Q2CA 1SQYA 1FCKA 1B3LA 1MM7A 3RT6B 4LP2B 5HPQA 3G3HA 3VDFA 4LATA 5ICTA 2L5CA 3TDJA 4QSEA 3B6TA 1JETA 4OXVA 2PX1A 4MLVA 3VVDA 4F3GA 2P0SA 4W5NA 1FQDA 3E13X 3TQWA 5BWJA 2IEEA 2IA4A 4G68B 3RN8A 1I6BA 1VFDA 3WAFA 3DP4A 4IO3A 4GWOA 4NF6A 2M8CA 1O7TA 4UA8A 1SI0A 3MVXA 4X9TA 2ZXTA 4YMAA 1RYXA 4F2QA 3MQ9A 3QXMA 1MXWA 4OMBA 4NHAA 3L6GA 4I8CA 4ND9A 1EZPA 4PQJA 3MVWA 1P1QA 3LSXA 1LAHE 1DMBA 2XXUA 2F78A 2DWAA 3MP8A 2REJA 4H0WA 5K2YA 1FTJA 1XS5A 2P2AA 1A8FA 3TQLA 3JZJA 5IKBA 1BTJA 1USYH 3GBAA 4GQOA 1YAEA 1Q1KA 1XC1A 1UQWA 1UTBA 4JWOA 4R74A 4I62A 4LONB 1R9QA 5DTBA 2H4IA 4H5GA 1S50A 3O7XA 2PYYA 3TMGA 3T9HB 1M5CA 3UN6A 1B46A 4NWCA 4KCDA 1NMUA 4YZZA 3FV1A 2V93A 3EN3A 5KZTA 2XD2A 1Y3QA 4POWA 4KR5A 3S2VA 4IO5A 5I57A 3MP6A 1LSTA 1I6AA 2LAOA 3PUXE 5TU0A 3FJGA 3CRBA 2Y7RA 2PMSA 3IB1A 2F7CA 1ZLQA 4Q5TA 5M2VA 4BDRA 3C4MA 3EQ1A 4IO4A 3ONMA 1QKBA 2ZYKA 1MS7A 1IXCA 5DT6A 2ZMBA 3O6HA 4Z4GA 2DWIA 3G7WA 1B4ZA 1WODA 3ILTB 4FE8A 1SW2A 3V83A 1QKAA 1LAXA 4X1DA 4IO7A 2Y7KA 5FTIA 1SYHA 4JWYA 2RINA 3B6QA 3IB0A 4Z4FA 2DYXA 4GLIA 3QK6A 4ESXA 5DVFA 4R9FA 4RJZA 1OMPA 1JNFA 4OETA 4MFIA 4ZEIA 2DVZA 4YKPA 3PU5A 1T2RA 1MXVA 1AL3A 1M5FA 1N7XA 3T9VA 1XOCA 3K6UA 4C1TA 4GXAA 1JVXA 1BKAA 4NGBA 1SVXB 3G3FA 3MPKA 3KSJA 5FHNA 4KYDA 4ZS9A 1IXGA 1Y4TA 3PMVA 4HCWA 1DPPA 3RNNA 4P11A 3TKDA 2XXPA 5I57B 1KWHA 2H99A 2QRYA 3RGYA 2F7AA 2DWJA 4PFTA 3P7IA 4PFYA 1ATGA 5DYHA 1HSEA 1JEUA 5I2KB 1B1XA 3K1MA 3G3IA 4BDLA 3O2AA 3W9VA 3G3GA 3CFLA 3PPPA 3K1NA 3DP6A 1US4A 1LFGA 1R6ZA 4H6DA 4YAHX 1I6QA 1HSJA 4KFQA 4ZE9A 3A3UA 4EQ7A 4RYAA 1XHYA 3CR9A 2XXIA 3TCHA 4ELPA 2H9BA 3W9WA 3H4ZA 3FASA 4KCCA 2AL4A 2QJEA 4RK2A 1QUJA 1JVYA 4G77A 3JYRA 5DVIA 2GFEA 3TELA 3FIRA 2XHDA 3O66A 2NUVA 1AOVA 1L5TA 3N6TA 3PPRA 5ICQA 2DWHA 1B3FA 1LBCA 4P0GA 4R6YA 1A55A 5KDTA 5DEXA 1SDXA 5H8QB 4XIGQ 4F3TA 2ZYMA 3FJ7A 3OO9A 4YICA 3TUSA 2BJJX 3ZSFA 3OSQA 2QS2A 3KJTA 4OLBA 1Y3NA 2F36A 2XXTA 3OEMA 3LUYA 4G8NA 3THIA 4DE8A 2OCUA 2DSFA 1MDP1 4NGGA 3T66A 1MY0A 2UVHA 5EYFA 2RCBA 1MH4A 4DZ1A 2HAVA 1B9JA 2XX8A 4ZEFA 2Q2AA 3U8QA 3MUQA 3S9MC 1MQHA 4IB2A 4DCXA 1B1HA 3PPOA 1OQGA 1MRPA 3U93A 1QW0A 4F3PA 1LAFE 5A5XA 2VOZA 3QIRA 3O6GA 3KOTA 4Z4EA 4R2BA 3D4GA 3M3KA 1B7HA 3TAJA 3O7VX 1JEVA 1YPNA 1LLSA 2CMOA 1M5DA 1PBPA 3G3JA 1B32A 3OO8A 3FXRA 1P99A 2QMWA 5I58A 1A7LA 3B7DA 4MLQA 1II5A 4U23A 1NNPA 4LZ5A 4OZ9A 2ZYNA 4HS7A 1VYNA 3E9XA 1P1OA 2XXHA 5DEXB 5AA3A 3S4UA 2RC9A 3IO4A 4OFOA 3HO7A 3USDA 4EDPA 3I6VA 1LFIA 4IGRA 3AXFA 2FNCA 4AQ4A 1B4HA 2B3FA 1PDAA 4OERA 3BKIB 4U22A 1WDNA 3KOSA 5CM6A 1TWYA 2XXVA 4BDQA 3SDFA 4OFLA 2D21A 3H3GA 2GRVA 1VSOA 3TTNA 3U1OA 1US5A 4ZEDA 5L9OA 4LVQA 4HTGA 3LC8A 1I69A 4R75A 4KPTA 4ELRA 3VVEA 3OD7A 1UIUA 3K6VA 3PPNA 5CMMA 1PB9A 4K3FA 4GXSB 3FD3A 4GF8A 4NF8B 1B2HA 5A5XB 4XKQA 2RF1A 3LSFB 4ELQA 3S9NC 3OENA 4NMYA 1TFDA 5AA2A 3S9EA 4XKPA 3C36A 2DP8A 4QFLA 3MPLA 3MVZA 2FFLA 2NOOA 3VLUA 2HCAA 4PE5B 3E4RA 2DE2A 5I58B 2Y7PA 1DPEA 1B7ZA 3QAXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z8DA 3IAZA 3VV5A 2QVVA 2Y7IA 2Q89A 4H45A 3U65A 2P1SA 3OOAA 3KFMA 4QFPA 1B5JA 1IMBA 3F73A 3ECRA 4GL8A 2X7QA 4QFKA 4PETA 4M4GA 1DTZA 1ZBMA 4GX3A 1NV3A 2QFLA 3O97A 1N76A 3QIMA 3QUJA 1JW4A 2PFYA 2BZEA 4O7IA 1B40A 5ITOA 2WBBA 3HSTA 4FEBA 4FECA 2OX3A 3DLNA 2Z22A 3B6WA 3TZAA 2DB9A 4QFOA 3UORA 5L9MA 1ELJA 2CEXA 5CRYA 1IXIA 4R6KA 2B3BA 4LZ8A 2QS3A 2QMXA 4KXPA 1D4NA 2XD3A 4ECFA 3GYYA 3WAEA 2XXWA 4NEDA 4TOZA 1SD3A 1DK4A 5I59A 2OWTA 3B8BA 4XXUA 4NGDA 4U1OA 3MVYA 1KA1A 2O69A 4H8IA 4NGCA 1MXXA 5AA2B 4F22A 4N17A 3U92A 3Q25A 2Q74A 4R73A 3CI8A 1IMDA 1URDA 2D3IA 4GIZA 4ELOA 2I0CA 2A5TA 2B65A 3VLWA 3EKIA 2VT5A 5FHOA 2DOJA 4PBHA 1KZ8A 3OO6A 4MF3A 3HJFA 3TODA 1B58A 3M8UA 2UVIA 4PGNA 2FYIA 1OIBA 3RY3A 3FZVA 2F5XA 4JB7A 1SPIA 4LZ7A 3O6IA 2ALUA 4GL0A 2Z8FA 1T0KA 2HZKA 3HPIA 3CFZA 3UA8A 2H5YA 1YTVA 1IITA 4NF6B 3C34A 3UIFA 3LR1A 3OXNA 3LBSA 2Y7WA 4GRKA 2F35A 4JSOA 1FPBA 3MZ9A 1F9BA 4EF2A 2WKYA 1VE4A 5CC2A 3MZ1A 3H7MA 4F19A 4C0RA 2OJTA 3C31A 2R6GE 1NV6A 3H03A 4KREA 3EHUA 3SEVA 3IO6A 4FJPA 1CE2A 1TT1A 2FA7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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