1R6ZA

The crystal structure of the argonaute2 paz domain (as a mbp fusion)
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNAAAEFVDISHKSFPISMPMIEYLERFSLKAKINNTTNLDYSRRFLEPFLRGINVVYTPPQSFQSAPRVYRVNGLSRAPASSETFEHDGKKVTIASYFHSRNYPLKFPQLHCLNVGSSIKSILLPIELCSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Chimera of Maltose-binding periplasmic protein and Argonaute
publication title The crystal structure of the Argonaute2 PAZ domain reveals an RNA binding motif in RNAi effector complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Gene regulation
total genus 147
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence P, Z
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.170.260.10 Mainly Beta Beta Complex paz domain paz domain 1r6zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r6zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r6zA01
2ZMBA 1M5BA 2Q89A 4G8NA 3EF7A 1N7WA 5I57B 4N13A 1IUDA 1SVXB 3KFMA 4LA9A 2IA4A 3PGFA 2NXOA 1MXXA 2QJEA 5KCJB 3IK6B 2D3IA 2FNCA 5AA4A 2DP8A 3O7XA 1GV8A 3T9UA 3CFZA 3HHFA 3VLWA 1MM7A 3HPIA 3PD9A 4FEBA 4YU0A 2I48A 3RUMA 3Q25A 4ELQA 2IEEA 3MJNA 1H45A 1Y4TA 3IORA 4R2BA 3V89B 4DXUA 2X7QA 3H6TA 4PFYA 3MZBA 2G93A 1Y3PA 4ONYA 5TPAB 3FVOA 1ZJLA 4QFKA 3PPPA 3FXQA 1VYNA 2HQ0A 3ODBA 5T7BA 3FV1A 3K0VA 1B3FA 3JV9A 3CFLA 2HAVA 2I3WA 4KR5A 2F97A 3WAEA 2XXTA 3PMWA 5EHMA 1XVXA 1BLFA 3TELA 2Y7WA 4W5OA 5CMBA 1IITA 3TQWA 1PC3A 5HM4B 1S50A 2F35A 3U93A 1B1XA 4KYDA 2OCUA 4JXIA 1A54A 2VD3A 4DIGA 4IY5A 3M3KA 1GVCA 1YTVA 3VE1B 1D4NA 3RGYA 2UVHA 5I58B 1KWHA 3ILUB 1TFAA 2XXQA 2QVWA 4EQBA 3CG1A 3G3FA 4N6PA 5DEXA 3O97A 2XXXA 1LAXA 3I5OA 3S9EA 4YZZA 3PUVE 3PU5A 2A5TB 1MXUA 3VLUA 3KJ7A 3U8QA 3O6HA 3BFTA 3CI8A 3I3VA 1JVYA 4ZE8A 3D4GA 5ITOA 3OSRA 3IJOB 2I6EA 3FJGA 4OWDA 1B3LA 1TT1A 4ELRA 3O7VX 2RCBA 2F7CA 4F1YA 2P2AA 1MY2A 1IXHA 4TLMB 1Y4CA 3S9NC 3OO8A 5CRYA 2AL4A 4PE5B 4F31B 5H8NB 2LAOA 1JEUA 3O2AA 5DYHA 3LR1A 4MH5A 3PUZE 3EHUA 4LZ8A 2THIA 3K1NA 4IO2A 3OO6A 2AL5A 4GLIA 3DELB 2G29A 4MFIA 1US4A 3H6WA 2DE2A 3G7WA 5M2VA 3MWBA 3TMGA 1BP5A 1XC1A 3K6XA 1OIBA 1VR5A 2REJA 4Z0IA 3K1PA 2A5SA 1POY1 3GBBA 1BIYA 4OERA 3B6QA 4G8HA 4BDLA 2DE3A 5FHNA 5JEIA 2PX1A 5KZTA 3MC2A 4NF4A 1QUIA 2O7IA 3UIFA 3MVWA 1WVJA 1MG1A 2XXYA 1LCFA 3RLFE 1B2HA 4WEDA 4KPTA 5H8HA 4OXVA 4NGDA 1H44A 3ILTB 4F3SA 3MP6A 4QSDA 3K2DA 4G68B 4YICA 2XXWA 5BUUA 1NMUA 4POWA 4PP0A 3TEPA 4Q0CA 3ZKLA 4RPOA 1YPNA 2E0SA 2O6AA 1FW0A 4IGRA 3VXBA 3OD7A 3EN3A 3S4UA 4P0GA 1US5A 2DYXA 4Z4IA 5KI6A 3KZGA 4H8IA 4Z4EA 3C33A 4NH3A 1O7TA 2Q2AA 3FJMA 2H9BA 3SETA 3KGCA 4WXJA 1YAEA 3MP1A 4XKQA 1QULA 3LSFB 4JWOA 1XT8A 1URDA 2O69A 2RC8A 1B5HA 1PEBA 3GBAA 1Q1KA 1JEVA 1UTHB 4HS7A 5ICTA 3SEUA 4NWDA 3TTMA 3CIJA 3H06B 2V3QA 4GQOA 4NF6A 4RPNA 3B6WA 3EHSA 2XX9A 2XX7A 1Y9UA 4OEVA 1URSA 3TFLA 3HN0A 4F1UA 3KN7A 4IO6A 1DPPA 3DP4A 4DE8A 1B0LA 5CI5A 2ONRA 1LFGA 4R72A 3H7MA 1M5CA 2UVJA 1D9YA 2NUVA 3MP8A 4PQJA 5ICQA 5FTIA 4G77A 4HTGA 2XHDA 4YB6A 3VLVA 1XOCA 1P1OA 2F36A 1T2RA 2B3BA 2F7AA 5F1QA 4MLQA 4KFQA 5H8QB 1TFDA 3M8UA 3S2VA 1R6ZA 1YCJA 4RY1A 4BDNA 2OWTA 1R9LA 4NF8A 1I6AA 4IO3A 4R74A 1B1HA 1QKBA 3FD3A 4HCWA 3T9XB 2GFEA 2F6PA 3VXCA 3V5AA 2P0SA 4GVOA 4C0RA 2QL3A 4OVJA 2V3UA 1B05A 4ZECA 2F34A 4L17A 4ELPA 5AA1A 4EQ7A 2Q8JA 4I1DA 1L5TA 1MY1A 5I2NB 1Y1ZA 3V8XB 5BWJA 3TQLA 1O64A 4XTCQ 1N84A 4TLLB 1MQHA 1PB8A 5I57A 3CVGA 3IAZA 4F39A 5AA2B 3O6IA 4I9DA 4NGCA 1TWYA 4NGGA 1MXVA 5KCJA 2PT2A 1IIWA 3U92A 2X26A 1FTLA 1POTA 3CG3A 2DOJA 2Y7RA 3QUFA 2GRVA 3T9HB 3U94A 1MQJA 3MAMA 3B7DA 3N6UA 3QIRA 2ZNUA 3Q26A 2V84A 5DVIA 3E3KA 2H5YA 1A8FA 1AOVA 5I2KB 4EDPA 4BDOA 3RN8A 1AMFA 1N04A 3MVXA 4LQ5A 1SI3A 2R9JA 1HSJA 1JNFA 2XD2A 3OEMA 2I4CA 1FQBA 1RYXA 4R2FA 1EH3A 4OQOA 2Y7KA 3H6UA 3IB2A 5F7VA 5KDTB 3O6GA 3IL1B 4GL8A 4QHQA 4K3FA 3EHTA 3L6GA 4BDMA 4YB7A 4F1VA 2QMWA 4QF9A 1RYOA 4W5TA 3FV2A 2L5DA 3IOWA 1NNKA 1FQAA 5I58A 2OZZA 5H8FB 1Y3QA 1NKXA 2ONSA 4Z4FA 2ANJA 2DWIA 3PV0E 3MUQA 3VFJA 4XKNA 3K02A 3PUWE 5L9MA 1S7YA 3OMBA 1MQIA 1LBBA 3MZ1A 5TP9A 5B7DA 4I62A 2R6GE 3O3IX 4GXAA 3G3JA 1B7HA 1QUJA 4KCCA 5L9OA 2H98A 1GR2A 3PMXA 2RKMA 4LZ5A 4G4PA 1A40A 5AA4B 3KN3A 3F11A 4NH5A 4IB2A 2H99A 2M8CA 1CB6A 2H25A 3HV1A 1JW1A 2E1SA 3TODA 5CMKA 2XX8A 3DM0A 2H4IA 1N3WA 1OLCA 2Y7PA 2DQVA 2O1MA 3W15C 1B58A 1SD3A 2CMOA 3C35A 4U23A 5CBRA 3H03A 4OLBA 3C34A 3UP9A 3IR1A 3KJTA 4EXKA 1ZU0A 1NFTA 2ZYMA 4F19A 3RT6B 3RTWB 1JETA 1B7UA 1QJMA 3PPRA 5IKBA 1NH7A 1MY0A 1QKAA 1SI2A 4R9GA 3TCFA 3FGSA 1VFEA 3G3IA 3HHGA 1B4HA 1IEJA 4MBPA 3CSGA 2WKYA 3UN6A 5CMCA 1QW0A 2V3TA 4C1UA 3VVDA 2FFLA 3DP8A 4PFUA 1O63A 3JYRA 1SQYA 4ISUA 4XIGQ 3N26A 5ISUA 1P1QA 4R6HA 3I6VA 1MXWA 5A5XB 1QUKA 2D5WA 1MH3A 2NOOA 4KRFA 1UQWA 2UVGA 3GLBA 4JWYA 3OO7A 1Y3NA 4NE4A 1P1UA 1ZTYA 3MQ9A 4LONB 3SDFA 2XXPA 1T0KA 4LATA 3ZSFA 3UORA 1LAFE 3M3FA 4PETA 3H4ZA 3SEVA 4H65A 3W9WA 1R1NA 4OENA 3PPOA 4IGTA 1ELJA 4R75A 4GWOA 1MPBA 3V83A 2XFMA 4GD5A 1N3XA 2Z8DA 3BFUA 4FIMA 4E0WA 4FAJA 3EPEA 1MDP1 1JW4A 3RY3A 1RKMA 3MVYA 4NH6A 4EQ9A 1Z7ME 3FASA 4X48A 4NHAA 1JW5A 3K6UA 2RC9A 5I59A 2DS9A 2B3FA 5EHSA 4DZ1A 2F7BA 1MY4A 3O66A 4Z4HA 3O28A 3LBSA 3IO4A 3DLNA 5HBCA 1OVBA 1MS7A 3T22A 5I56A 4F29A 2Y7IA 3MW0A 3MZ9A 1N7XA 3IOVA 3KSJA 4BDRA 1SYIA 2HZLA 4OFJA 1B4ZA 5CC2A 3M3LA 4ZE9A 4OZ9A 1JQFA 1SBPA 3HSTA 4KD5A 4Q8RA 4AQ4A 4QSEA 4BLAA 4EUOA 4F22A 1I6QA 2RINA 2QPQA 4GXSB 1MQGA 3VVEA 1USYE 4NWCA 1OVTA 2F5XA 4NF4B 1LB8A 3UGWA 3VDFA 3KSXA 1LSTA 3SEXA 1H43A 3TTKA 2QRYA 1II5A 2ZYOA 3C9HA 3O6EX 4U21A 3VV5A 4NEDA 3ZS6A 1M5DA 1Y1MA 5H8HB 2ABHA 1UTBA 1NH8A 4IO5A 4PFWA 4KCDA 1LAGE 3D4CA 3TTRA 4OETA 1EU8A 2AYSA 5DT6A 2Z22A 4H5GA 3MBPA 4RNSA 4FE8A 4P11A 1SW2A 1P1WA 3CSBA 4DLDA 4QFLA 3Q29A 3LSWA 2YPNA 1B5IA 4PFTA 2PVUA 3FVKA 3C31A 3E13X 4R6YA 1B3HA 2BJJX 4F3GA 4JWXA 2XXVA 3FUZA 2Z23A 4RYAA 3KN8A 5AA2A 3QK6A 5JTYA 2Z8EA 4U1OA 3HO7A 4MLVA 1D9VA 1MXZA 4DXBA 2PT1A 3PUXE 4OTEA 4JBZA 4IO4A 4DCXA 1IZ1A 1M5FA 4ZS9A 4NF6B 1SI1A 1P99A 1B3GA 1OQGA 1IXGA 1LLSA 2RC7A 1FQFA 3OOAA 4UA8A 1R4KA 4NF5B 4JSDA 1WDNA 4H67A 2OJTA 3C36A 5DTBA 3FVGA 4POXA 4KHZE 4ESWA 1NNPA 2I49A 4YMAA 2OWSA 1LFIA 1QVSA 2I3VA 3KOSA 1DSNA 4R73A 3QXMA 1MXYA 2GHAA 2YLNA 4X9TA 2FYIA 4YKPA 3KBRA 4EXLA 2VGQA 1B6HA 1TXFA 5JS2A 4FEDA 1A7LA 3R26A 3A3UA 4H5FA 4ZDMA 3TTNA 3LSXA 3S9MC 2QMXA 1H76A 3C4MA 4Z4GA 2RCAA 2DXYA 2ZYKA 4NF8B 3G3GA 3JZJA 3QSLA 1LAHE 4U4XA 4ZEBA 2QS4A 3KOTA 3LUYA 4GF8A 2Z8FA 1BKAA 4YKKA 4E0XA 1GGGA 3O29A 4AB5A 3ONMA 5L8DA 4G2ZA 3RTFB 4F3TA 3SEWA 4GL0A 3A3CA 2ESNA 3OO9A 5TPAA 3QYTA 2O68A 1OLAA 4F3BA 3FXRA 2GH9A 1PBQA 4Q30B 1LBCA 4TQUQ 3C32A 1PB7A 4ZEKA 3A09A 3IOTA 4OFLA 2I0BA 2HXWA 4IO7A 1ZLQA 3R6UA 2O51A 4I8CA 4F2OA 3LC8A 4U4SA 1AL3A 2P1SA 4Q5TA 3HCQA 3H3GA 4OLAA 3FXUA 4GFRA 1MRPA 1M5EA 1R9QA 3MPKA 4LP2B 2VOZA 5ITPA 4M1VA 1ANFA 4W5RA 1P1NA 1VSOA 3CFXA 1J1NA 1B51A 2OLBA 2DXRA 2PBWA 4QRZA 3KEIA 3TZAA 3IO6A 1FQCA 2ZNSA 2O1LA 3QIMA 4EF2A 2A5TA 4RXLA 3E4RA 2QS3A 1SW4A 2PYYA 1ZIUA 2ZNTA 4ZZEA 1NL5A 1OQHA 4QSCA 4GOTA 4OHNA 2I0CA 1FTJA 4G8MA 4X1DA 3WAFA 5AE4A 4ZEIA 4THIA 1B9JA 4F18A 4W5NA 1IQ7A 5H8NA 3K6WA 3OELA 2DWHA 1A8EA 2HCAA 4ESXA 1H3DA 1AIVA 3PPNA 5CBSA 4RJZA 5A5XA 2HFBA 1A55A 3N5LA 3G3HA 1FTOA 2UVIA 5I84A 3TPAA 2Y84A 5ELVA 3VVFA 4F3PA 4KYEA 2XXIA 2XXUA 3U72A 4P0IA 4HCYA 4QFPA 5B70A 2UYFA 5CMMA 2XD3A 5TP9B 1B0HA 1HSEA 5CM6A 2QS1A 1B7ZA 4LZ7A 4IY6A 4U1ZA 3FVNA 4O3AA 4FATA 1DOTA 4OYVA 3IOUA 5FTHA 3CRBA 5FHOA 1I6BA 1N0TA 4YKJA 4ELOA 3IJXB 4NGBA 4NMYA 1IXIA 4ZEFA 2DSFA 4H8JA 2DVZA 1FTKA 1CE2A 4JDFA 2I4BA 5FHMA 1ZKBA 1EZOA 1MQDA 4WEPA 4Z4CA 4G68A 3IX1A 3N94A 3GXAA 4ND9A 4OESA 1FQEA 3K6VA 2GHBA 3RT8A 2YJPA 1A99A 1B5JA 4KQPA 1SW1A 5DEXB 2CZLA 2D21A 1ATGA 3FATA 2O7UA 3B6TA 3QAXA 3OENA 3GZGA 4FJPA 2QS2A 4LUBA 2NVUB 4XXUA 5AA2D 3OEKA 1USYH 4RK2A 1B40A 3OXNA 2VP1A 3E9XA 1UTHA 4QFNA 5JS1A 3EQ1A 4AB6A 1PB9A 1MPCA 4GRKA 1URGA 4ECFA 4QFOA 4OMBA 2W7YA 2REGA 1ZBMA 3TCGA 3U1OA 2QSXA 3OSQA 1HSLA 2RF1A 2XXHA 3FJ7A 3TTLA 1PDAA 4M4GA 1F9BA 1SW5A 2V93A 1WODA 2Q2CA 3L6HA 3TDJA 5DVFA 2VHAA 2DWAA 4KREA 1MY3A 3TAJA 4DCYA 4ZEDA 2OBGA 2F8DA 5HPQA 4OEUA 2AIXA 3MVZA 3SEYA 1B46A 2F78A 1ZMGA 2OK2A 3PUYE 3RQTA 2B65A 3AXFA 4RK9A 2ONKE 5TU0A 5H8QA 4N07A 3RNNA 4ZZAA 1NNTA 2UXAA 1DMBA 1IXCA 2PMSA 3UK4A 3IB0A 4W5QA 4XKRA 2UYEA 1PBPA 2I58A 3H6VA 3RPWA 1B32A 1FCKA 3P7IA 3ZKKA 1UIVA 1NNFA 4H0WA 3T96B 4OFOA 1T2SA 2F6GA 3K00A 4C1TA 5I59B 3QUJA 4F2QA 1GTKA 4FECA 1D3KA 2FA7A 3Q27A 4TOZA 2DE4A 4XKPA 2Q9TA 1BTJA 4JB7A 4YB5A 3TKDA 3BKIB 1B3EA 1MPDA 4NF5A 4EF1A 1Z7NE 1FTMA 1VFDA 4BDQA 5I56B 1B52A 5I2NA 3SERA 4KYSA 1XVYA 4NGFA 1AH5A 2ALUA 1Q35A 1DTZA 4YAHX 4H1XA 5H8SA 2KLFA 3KG2A 4O3CA 4G68C 1SYHA 4LVQA 5K2XA 3SKPA 3ECRA 3K4UA 2DWJA 5IAIA 3TCHA 3G3KA 3K1MA 2Q88A 5K2YA 3BBRA 4GIZA 3PD8A 5LOMA 1JVXA 1SI0A 3USDA 4X1BA 4H6DA 2HAUA 4NTLA 5J1DA 3PPQA 4R6KA 2DVCA 4JSOA 2HEUA 3T66A 3O9PA 3T9VA 4LQ2A 3PMVA 3K01A 4WKMA 4O3BA 1DTGA 1UTBB 3TUSA 1VE4A 2L5CA 1MH4A 3S9LC 2NWJA 1EZ9A 4UACA 3FIRA 1EZPA 5I2KA 3SESA 5DVJA 5EYFA 3DP6A 4FORA 1S9TA 1XS5A 4U2RA 3W9VA 3IB1A 2V25A 1MDQA 1OMPA 4U22A 2VD2A 3THIA 5AA3A 4HW8A 2HZKA 1N76A 3FZVA 3TYHA 5KDTA 3N6TA 3MPLA 5JTYB 3UA8A 1SDXA 3R7XA 4RA1A 4DDDA 1UIUA 4YMBA 1LFHA 1LB9A 3T93B 4MF3A 1XHYA 3CR9A 5L9SA 5JK4A 2O84X 1LGBC 4YKIA 4Z7EA 4DXCA 2ZXTA 5H8FA 2R71A 1LCTA 3LSLA 2ZYNA 1FQDA 4KI0E 4R9FA 1DPEA 1Y20A 1MM6A 1I69A 3MJ0A 2XXRA 2X7PA 3Q28A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZMBA 1M5BA 2Q89A 2QVRA 2HXRA 4G8NA 3EF7A 1N7WA 5I57B 4N13A 4N4UA 1IUDA 1SVXB 3KFMA 4LA9A 2IA4A 3PGFA 4HE0A 4O8MA 2NXOA 1MXXA 2QJEA 5KCJB 4GWSA 4H46A 3IK6B 2D3IA 2FNCA 5AA4A 2DP8A 3O7XA 1GV8A 3T9UA 1FPEA 3CFZA 3HHFA 3VLWA 1FPIA 2CEXA 1MM7A 4NF0A 3HPIA 3PD9A 4FEBA 4YU0A 2I48A 4O7IA 3RUMA 3Q25A 4ELQA 2IEEA 3MJNA 1H45A 1Y4TA 4QBAA 4G61A 3IORA 4R2BA 2FIEA 4P1LA 3V89B 4JVCA 4DXUA 2X7QA 3H6TA 4PFYA 1EYKA 3MZBA 2G93A 1Y3PA 4ONYA 5TPAB 3FVOA 1ZJLA 4QFKA 3PPPA 3FXQA 1VYNA 2HQ0A 3ODBA 5T7BA 3FV1A 3K0VA 1B3FA 3JV9A 3CFLA 2HAVA 4XFEA 2CEYA 2I3WA 4KR5A 2F97A 3WAEA 2XXTA 3PMWA 5EHMA 1XVXA 1BLFA 3TELA 3F73A 2Y7WA 4W5OA 5CMBA 1SPIA 1IITA 1NV2A 3TQWA 1PC3A 5HM4B 1S50A 2F35A 3U93A 1B1XA 4X8RA 4HE1A 4KYDA 2OCUA 5ET7A 4JXIA 1A54A 2VD3A 4DIGA 4IY5A 3M3KA 4JVDA 1GVCA 1YTVA 3VE1B 1D4NA 3RGYA 2UVHA 5I58B 1KWHA 3ILUB 1TFAA 2XXQA 5EYGA 2QVWA 4EQBA 3CG1A 3G3FA 3KBZA 4N6PA 5DEXA 3O97A 2XXXA 1LAXA 3I5OA 3S9EA 4YZZA 3PUVE 3PU5A 2A5TB 1MXUA 3VLUA 1INPA 3KJ7A 3U8QA 3O6HA 3BFTA 3CI8A 3I3VA 1FTAA 1JVYA 4ZE8A 3D4GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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