1R6ZA

The crystal structure of the argonaute2 paz domain (as a mbp fusion)
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
497
structure length
497
Chain Sequence
IEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNAAAEFVDISHKSFPISMPMIEYLERFSLKAKINNTTNLDYSRRFLEPFLRGINVVYTPPQSFQSAPRVYRVNGLSRAPASSETFEHDGKKVTIASYFHSRNYPLKFPQLHCLNVGSSIKSILLPIELCSIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the Argonaute2 PAZ domain reveals an RNA binding motif in RNAi effector complexes.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Gene regulation
molecule keywords Chimera of Maltose-binding periplasmic protein and Argonaute
total genus 147
structure length 497
sequence length 497
chains with identical sequence P, Z
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.170.260.10 Mainly Beta Beta Complex paz domain paz domain 1r6zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r6zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r6zA01
3QAXA 2HAVA 4DE8A 5AA4B 1D3KA 1PB9A 4RK9A 3CFZA 3O6GA 1FTKA 1MH3A 1A40A 2O51A 1B51A 3C31A 1IXCA 1US5A 2ANJA 1LCTA 2VD2A 2QS3A 1FQAA 1PBPA 3O9PA 3PUZE 4KYSA 2IEEA 4LZ7A 4R72A 4XKNA 4XKQA 5TU0A 3TUSA 1A7LA 1DSNA 1OQGA 2YPNA 3FXUA 1R9QA 4NH6A 4JSOA 3O3IX 1M5DA 4RYAA 2UYEA 3C34A 4U1ZA 5I59B 3TTMA 4W5OA 4N13A 5KDTA 1SD3A 2OWTA 2RC9A 4IGRA 1SI0A 5AA3A 5I58A 2CZLA 3MP1A 2F34A 5KZTA 1FQCA 2Y7WA 4Z7EA 5CBRA 3C4MA 2Q8JA 5JTYA 3D4GA 3IOWA 4GOTA 3OMBA 4IO4A 3LSLA 4KYEA 3I6VA 2GFEA 4GF8A 4ZZEA 3OEMA 4H67A 3RTFB 4H1XA 3SERA 2Y84A 3FJGA 3H7MA 1Q1KA 2XXRA 4H5FA 4NE4A 1HSLA 3PUXE 2Y7RA 3FD3A 4TOZA 3O28A 3U72A 1URDA 3FUZA 3N26A 3MPLA 3IJXB 3IOVA 3KN3A 3S9MC 4R2FA 3PMXA 2Z8DA 3SEXA 3PPQA 4QFLA 2ZYNA 4RJZA 2QVWA 3CFXA 4GVOA 3KSXA 4DZ1A 3K2DA 3MVWA 2DE2A 4EF2A 1LGBC 1N3XA 4LONB 2H9BA 1HSJA 1QUKA 2V93A 4W5RA 4YKJA 2M8CA 5I2KB 1VR5A 1CB6A 4WXJA 1BKAA 1S50A 2I4CA 2Y7IA 3H6VA 3LSXA 3MZ1A 2X7QA 3PPNA 3UP9A 4F18A 3TODA 3TQLA 5I57A 3UIFA 3ZSFA 4UACA 3QYTA 4KREA 2UVHA 1I69A 2AIXA 2HZKA 4NF5B 3U94A 3W9VA 1T2SA 4F1YA 5J1DA 3EHUA 2XD2A 2DVZA 2H5YA 2OBGA 3L6HA 4YB7A 1B40A 2ALUA 1M5BA 2PVUA 1POY1 3M8UA 3PU5A 4RNSA 3RTWB 1QKBA 1FTMA 3CR9A 4BDOA 4EQ9A 2QRYA 5ICQA 2D3IA 1AMFA 1ELJA 4ZZAA 2PT1A 4G4PA 5H8HA 1XC1A 5K2XA 3KJ7A 3TAJA 1AH5A 2RCBA 2UXAA 1ZU0A 1XOCA 2L5DA 1LBBA 3KOTA 4RY1A 4P0IA 3SEWA 3EQ1A 2L5CA 2F78A 2XXQA 1LAHE 3I5OA 3DM0A 3UK4A 2PX1A 2QS2A 3OOAA 4C1TA 3S9LC 4NGGA 1ZJLA 1NFTA 1ZMGA 1SI3A 5DVIA 4G77A 1YTVA 2QS4A 3W9WA 4QFPA 3O7VX 2QS1A 3O66A 3GBBA 4Z0IA 4ISUA 4C1UA 5AA2A 4ZEBA 1YCJA 4NGDA 2ZYOA 4OTEA 3JZJA 2QPQA 3ONMA 1BLFA 2NOOA 3BBRA 1RYOA 3HN0A 4ZS9A 4OLBA 5CBSA 1R9LA 3OSRA 4OQOA 3LR1A 1FQDA 4IY5A 1PEBA 4TLLB 1J1NA 5I2KA 2VHAA 3TMGA 4LVQA 2G93A 3TTRA 2R9JA 5CMBA 5DEXB 1UIVA 3U8QA 2XXTA 3PPPA 3TZAA 2OCUA 4YMBA 3K4UA 3E9XA 4F39A 5CC2A 3MQ9A 3TELA 4NGCA 4AB6A 4YICA 3IAZA 2O7IA 3IOTA 4FECA 5H8FA 4PQJA 1US4A 3I3VA 2VOZA 3VDFA 1Y3NA 4G68B 3N6TA 4R2BA 2Z8EA 3LBSA 5HM4B 5KCJA 3K6WA 1QKAA 4R74A 5H8SA 4Q8RA 3OXNA 4JWYA 2Y7KA 4YU0A 2XXXA 1NNFA 3Q25A 2R6GE 3FZVA 2DVCA 2DOJA 3MZBA 1QJMA 4FE8A 1B3EA 1B5JA 4OVJA 2Q88A 4KI0E 4QSEA 3TDJA 3VLVA 4DXUA 1VYNA 2V3UA 3OO8A 1R6ZA 1MDQA 2B3BA 5TPAB 2ESNA 3IX1A 2HXWA 1Y4CA 4ZEIA 4ELQA 1SDXA 3K6VA 1GV8A 3T96B 3TFLA 1XVYA 3OO6A 5I2NA 4QHQA 1NH8A 4F31B 2F5XA 3PD8A 3T22A 3K6UA 4O3CA 2ZMBA 4HCWA 1N76A 1LAGE 3FVNA 4JWXA 4W5TA 4R9GA 5AE4A 1LLSA 1SW4A 3MVYA 3B7DA 1DPPA 2O84X 1NNPA 4KYDA 1WVJA 2X26A 1II5A 4OFLA 1O7TA 4ZDMA 5BWJA 1VSOA 3C32A 4KQPA 4YB5A 3RUMA 3E13X 1H3DA 3PPOA 3ZKLA 1LAFE 3T9XB 1SW1A 5FTIA 3U1OA 3WAFA 2DSFA 1B0HA 2V3QA 2Z22A 3H6UA 3R26A 4EXKA 3H3GA 3O6IA 4WEPA 1MXXA 4Q5TA 1L5TA 1D9VA 4IY6A 1SYHA 3G3KA 2RF1A 4BDRA 1QULA 1YAEA 4N6PA 1PDAA 2IA4A 2XX7A 3KN7A 4KR5A 1MH4A 4H0WA 3DP6A 3QSLA 5A5XB 1AOVA 3UA8A 4OENA 4OFOA 4XKPA 1URGA 3MVXA 3KEIA 4U4SA 2BJJX 5BUUA 4Z4GA 1MG1A 3FVGA 4OYVA 3V8XB 2UVGA 3U93A 5I56A 4ZE9A 2REGA 4GRKA 4Q30B 5HBCA 4NF8A 2GHAA 4IB2A 4F22A 1XHYA 4Z4CA 1IITA 3WAEA 4H5GA 1N3WA 2RC7A 2XXIA 4R6HA 3TQWA 1H44A 2XXPA 2ZYKA 5F7VA 3E3KA 2B3FA 1B9JA 4DXBA 2NXOA 3SEVA 1ZTYA 1RKMA 4NF6A 1I6QA 3HSTA 3K0VA 1TFAA 3QIMA 2I49A 3Q28A 4G8NA 1OMPA 3G3GA 1JVYA 4U23A 3ECRA 1JW5A 3GXAA 1OQHA 1SYIA 2OK2A 5FHMA 2I3VA 3VVDA 4BDMA 4JWOA 1NNTA 1OVTA 3O6EX 5I59A 1JW1A 3KOSA 4KRFA 1N0TA 1GVCA 3U92A 3K01A 4AB5A 4DCXA 2ZXTA 4I9DA 1NH7A 3B6QA 3LSFB 5L9OA 3HV1A 4Z4HA 1D9YA 3QUJA 2GHBA 2E0SA 1JEUA 3KSJA 3SEUA 3V5AA 3FVKA 1SI2A 4FEBA 1MXZA 4OFJA 3RGYA 3LSWA 4MF3A 5AA2D 4ZEKA 1MXVA 3DP8A 3CG1A 1MQDA 3FASA 3T93B 5JS1A 3RY3A 2NUVA 4F1VA 1P1NA 5K2YA 3TPAA 1MPDA 4BLAA 4MLVA 1OLCA 4QRZA 3T9UA 5M2VA 4H65A 1JNFA 2RCAA 2O68A 3D4CA 2ZNSA 4G68A 4NMYA 4OESA 2W7YA 3TEPA 3MJNA 1M5CA 1JVXA 3ODBA 1LB9A 2OZZA 3C35A 3IB2A 1AL3A 1H45A 1SVXB 3EF7A 3N6UA 4PETA 5H8FB 4F3GA 5JS2A 1S9TA 3G7WA 2O7UA 1B3GA 2V3TA 3H6TA 1BIYA 2I0BA 3TTLA 2DXYA 2HCAA 2VGQA 5H8NB 1AIVA 2GRVA 2D21A 2ONKE 1VFEA 3AXFA 1SW5A 3K1PA 4THIA 4HCYA 4R6KA 4X48A 2F35A 1B3FA 2REJA 4ND9A 1I6AA 4O3AA 5H8QA 3MP8A 4YKKA 4NWCA 3O7XA 2KLFA 4LATA 4GFRA 4PP0A 1I6BA 2DWJA 1Y3PA 3G3FA 3HPIA 4R73A 5CMCA 2NWJA 1P1OA 3EHSA 4DXCA 5ICTA 3R6UA 3GZGA 4H6DA 1LCFA 2DWAA 2XX8A 2V84A 1A8FA 1URSA 1M5EA 2DS9A 3T9HB 3HO7A 1R1NA 4KD5A 2ONSA 3Q29A 3QK6A 4C0RA 1Y1MA 4XIGQ 1XVXA 2DWIA 3RQTA 2THIA 3CRBA 1ATGA 4XXUA 1QW0A 1GR2A 3TTNA 1UTHB 4LZ5A 1B4ZA 4NGFA 1MXUA 1LFIA 3IB1A 1Y20A 1OIBA 4YB6A 3JV9A 2O1MA 3KFMA 3O6HA 4IO2A 4R9FA 3SDFA 2F7AA 1SBPA 3CIJA 4RPOA 3V89B 4HW8A 2PBWA 1BP5A 3LC8A 3MW0A 4ESWA 2A5TA 2Q2AA 4LA9A 1UIUA 3OEKA 1DTGA 3K1NA 3VLUA 2P0SA 3Q27A 4EF1A 3G3JA 1FQFA 1NMUA 1B7HA 1TT1A 5A5XA 4NH5A 3KGCA 5AA2B 2ABHA 2F6GA 3PUVE 1MRPA 1ZKBA 2HQ0A 2XXUA 5IKBA 3PPRA 1Y1ZA 4PFTA 2DYXA 4F3SA 4EQ7A 1ANFA 2QJEA 3KN8A 4BDLA 2Q9TA 1P1WA 4G8MA 2XFMA 5ITOA 5CMKA 2ZNUA 5HPQA 3HCQA 3FJMA 3KG2A 2H99A 4EDPA 2VD3A 3MAMA 2FNCA 3BFUA 1FQBA 1MPBA 4E0XA 5I57B 5DTBA 3SESA 1IXHA 4OWDA 5KI6A 2Z23A 5CRYA 1MQHA 5CMMA 2UYFA 4F1UA 2XXVA 4MFIA 3PV0E 4Z4IA 4W5QA 5TP9A 3EPEA 1Z7NE 4FORA 3TCFA 2ONRA 1OLAA 3KJTA 3OELA 1O63A 5IAIA 5L9MA 2F7CA 1SW2A 2XHDA 2CMOA 4U2RA 5L9SA 3MJ0A 3IJOB 4FJPA 4NEDA 1B5IA 1MXYA 1Y3QA 1OVBA 3GBAA 1IZ1A 2GH9A 3IORA 3S2VA 4F2QA 1B4HA 2FFLA 3ZS6A 4QFOA 2E1SA 4NWDA 1KWHA 2I4BA 2Q2CA 1USYH 3A3CA 2FA7A 1LB8A 2Q89A 5DYHA 1GGGA 5H8QB 4NF5A 1LSTA 2OWSA 3O97A 5I58B 1JEVA 2YJPA 1DPEA 3A3UA 1SI1A 4N07A 1MDP1 1M5FA 4GLIA 5DVFA 5TPAA 4LQ2A 1LFGA 4Q0CA 4GIZA 2DP8A 4K3FA 5EHSA 4NH3A 1P99A 4LUBA 4NGBA 1ZLQA 1B1XA 4GQOA 1DTZA 4R75A 3RLFE 3TCGA 3VV5A 1QUIA 3PGFA 4KHZE 4OEUA 4RXLA 1WDNA 1ZBMA 3SEYA 1IXIA 1FTOA 3TTKA 3EHTA 4NF4B 1R4KA 3SETA 1XS5A 3QIRA 3C36A 3O29A 4JDFA 3FXQA 4I8CA 3GLBA 4PFYA 3FVOA 3ILTB 4YMAA 3BFTA 1VE4A 3IO4A 4L17A 4ZE8A 1GTKA 3MP6A 4FATA 1H76A 4F3PA 4MH5A 4M1VA 4AQ4A 3M3FA 4POXA 5KCJB 1A55A 3W15C 3TCHA 2DQVA 3DELB 4QF9A 1EZPA 4EQBA 4P0GA 2YLNA 2HFBA 3IR1A 1QUJA 2F6PA 4U4XA 4XKRA 4E0WA 4HS7A 2I0CA 2HZLA 1FCKA 3M3LA 1B3LA 4IO7A 4P11A 2XXHA 2NVUB 3ZKKA 4F3TA 1IIWA 4H8IA 1B0LA 1JETA 1Y9UA 1LBCA 4I62A 4U22A 5H8HB 4ELOA 3PD9A 1UQWA 1B6HA 1CE2A 4U21A 4DLDA 2ZNTA 4ELPA 5B7DA 2DWHA 2XXWA 2F36A 3H4ZA 3HHFA 1B7ZA 1T2RA 3FGSA 4KCDA 5ELVA 1Z7ME 4ZEFA 3KZGA 4F2OA 2OLBA 1VFDA 3MUQA 3OO9A 3LUYA 1MS7A 2WKYA 1MY2A 1JQFA 2H98A 2VP1A 4GL8A 4IO6A 4GWOA 4LQ5A 4IO3A 5FHOA 1EH3A 4XTCQ 2HAUA 4EUOA 5I84A 2OJTA 1N7XA 3H06B 3VVFA 4I1DA 3VLWA 4ELRA 5B70A 1NNKA 2FYIA 4NHAA 5FHNA 3HHGA 2ZYMA 4QFNA 1MQGA 2I3WA 2AL5A 3VVEA 4RPNA 3UGWA 4OHNA 1LFHA 4OEVA 4X9TA 1PB7A 3OENA 5EYFA 1B52A 2H25A 3G3HA 1MY1A 1DMBA 1FTLA 1Q35A 2R71A 3UORA 1H43A 3N5LA 1UTBB 4JXIA 3S4UA 3VXBA 1RYXA 3MZ9A 3FV1A 3IL1B 4Z4EA 3EN3A 4WKMA 3FV2A 4ZEDA 1A99A 4YKPA 5JTYB 1NL5A 1N7WA 3FXRA 3K02A 3PMVA 3IOUA 5LOMA 4GXAA 1NKXA 4U1OA 5F1QA 4KPTA 1IUDA 4GXSB 3RT6B 4JBZA 1FQEA 2X7PA 3VE1B 1PB8A 1IXGA 1B7UA 4M4GA 4OZ9A 4BDNA 1MQIA 5FTHA 1PC3A 2Y7PA 4BDQA 3PUYE 2HEUA 3M3KA 5I56B 3KBRA 3CFLA 3MPKA 1D4NA 3DP4A 1T0KA 3K1MA 2UVIA 4F19A 5T7BA 1WODA 2PMSA 2RC8A 4ESXA 1POTA 4EXLA 2F7BA 1B1HA 2O69A 1B5HA 2AYSA 2QSXA 1P1QA 3N94A 1XT8A 3O2AA 3H03A 4FEDA 2DE3A 4RA1A 5EHMA 1B46A 4UA8A 1IQ7A 1MPCA 1S7YA 1A8EA 2G29A 2H4IA 4NF6B 3R7XA 3DLNA 4PFWA 3FIRA 4POWA 5TP9B 4PE5B 5CI5A 3VFJA 3V83A 1EZOA 1LAXA 1BTJA 3F11A 5JEIA 4OXVA 3IO6A 1B3HA 5DVJA 2QMXA 3TYHA 1SQYA 3QXMA 4DIGA 3VXCA 5DT6A 4LZ8A 4FAJA 5ISUA 2O6AA 4ZECA 2AL4A 4KCCA 4F29A 3MWBA 3MBPA 5AA1A 5I2NB 5KDTB 3THIA 2DXRA 3BKIB 1JW4A 1EU8A 1B2HA 2QMWA 4G8HA 3L6GA 2I58A 3K00A 1A54A 1O64A 1P1UA 1TXFA 3RT8A 1YPNA 1MY4A 1N84A 2UVJA 2XX9A 3B6TA 4FIMA 2RKMA 4GL0A 3P7IA 1MXWA 2DE4A 3CSBA 4ONYA 5L8DA 1MM6A 3PUWE 1MY0A 4DDDA 4R6YA 3RPWA 1UTHA 4HTGA 3H6WA 1MM7A 4OMBA 2XXYA 3USDA 5JK4A 1Y4TA 1B32A 1DOTA 1FTJA 4G2ZA 2A5TB 2D5WA 3CI8A 3K6XA 4DCYA 5ITPA 2P1SA 5AA4A 3C9HA 3OD7A 1UTBA 4F3BA 3B6WA 5CM6A 2Z8FA 4YAHX 3IB0A 4MBPA 4YZZA 3G3IA 3MVZA 3CVGA 1B05A 3E4RA 4OETA 3TKDA 4OLAA 2I6EA 4QSDA 4H8JA 1MY3A 2PT2A 4RK2A 5H8NA 3RNNA 4X1DA 4ECFA 4GD5A 1N04A 4IGTA 4KFQA 4W5NA 1ZIUA 3FATA 4QFKA 3CG3A 4LP2B 1IEJA 1TWYA 4WEDA 4G68C 3SKPA 1USYE 4TQUQ 3T9VA 3PMWA 1EZ9A 3RN8A 4QSCA 4PFUA 3MC2A 1FW0A 1PBQA 2A5SA 3ILUB 4MLQA 4X1BA 2XD3A 3JYRA 3OO7A 4YKIA 5DEXA 3T66A 2LAOA 3QUFA 2QL3A 4O3BA 4NTLA 1F9BA 3FJ7A 1HSEA 3S9NC 3OSQA 2B65A 3IK6B 2RINA 2PYYA 2V25A 4NF4A 3A09A 3UN6A 3C33A 3S9EA 4IO5A 4Z4FA 2I48A 2O1LA 4NF8B 4JB7A 3CSGA 3Q26A 2P2AA 1TFDA 4OERA 2F97A 4JSDA 4TLMB 1QVSA 1MQJA 1B58A 2F8DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CFZA 3O6GA 1IXCA 4FBPA 3O9PA 1FQAA 1PBPA 4XKNA 1A7LA 1DSNA 1OQGA 3FXUA 4U1ZA 4NH6A 3O3IX 4RYAA 3C34A 5I59B 1SD3A 5KZTA 3IOWA 4KYEA 3LSLA 2GFEA 3HM9A 4NE4A 3PUXE 3O28A 3U72A 1URDA 3FUZA 4QFLA 2QVWA 3CFXA 4GVOA 3KSXA 4EF2A 5I2KB 2M8CA 1BKAA 2I4CA 3PPNA 5I57A 2F3BA 3E78A 3EHUA 2DVZA 2Y5KA 4YB7A 2PVUA 1FTMA 4ZZAA 2PT1A 1XC1A 4NF0A 2RCBA 2UXAA 5ESYA 2P3VA 4PCDA 1LBBA 3KOTA 2ZZWA 1YZ0A 3UK4A 4NGGA 4G77A 2QS4A 4QFPA 3O7VX 2QS1A 3TFLA 1NV5A 5CBSA 4ZS9A 4OLBA 3OSRA 3LR1A 1PEBA 4TLLB 1J1NA 2G93A 5DEXB 3U8QA 2FIXA 3K4UA 4P1EA 5H8FA 4YICA 3IOTA 4HXVA 4OVTA 4Q8RA 5H8SA 4JWYA 2XXXA 2R6GE 5IM2A 2DOJA 3MZBA 2Q88A 3F73A 1R6ZA 1MDQA 5TPAB 2ESNA 2HXWA 4ZEIA 4ELQA 1GV8A 5I2NA 1NH8A 4KXPA 3K6UA 4O3CA 1N76A 4JWXA 4R9GA 3MVYA 2X26A 1VSOA 4KQPA 4YB5A 3T9XB 2Z22A 3R26A 2FIEA 4WEPA 1PDAA 2IA4A 2XX7A 4GWZA 1MH4A 1AOVA 4OENA 4OFOA 1URGA 3MVXA 4DI4B 4PF8A 3HK2A 3FVGA 4QBAA 5I56A 2REGA 4GRKA 4N8GA 1XHYA 1IMDA 3WAEA 4H5GA 2RC7A 3TQWA 1H44A 3HSTA 4QXDA 4P8BA 1FBFA 4XFEA 1NNTA 1OVTA 1JW1A 4MNCA 1N0TA 1FJ6A 2GHBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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