1R7AA

Sucrose phosphorylase from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
504
structure length
503
Chain Sequence
MKNKVQLITYADRLGDGTIKSMTDILRTRFDGVYDGVHILPFFTPFDGADAGFDPIDHTKVDERLGSWDDVAELSKTHNIMVDAIVNHMSWESKQFQDVLAKGEESEYYPMFLTMSSVFPNGATEEDLAGIYRPRPGLPFTHYKFAGKTRLVWVSFTPQQVDIDTDSDKGWEYLMSIFDQMAASHVSYIRLDAVGYGAKEAGTSCFMTPKTFKLISRLREEGVKRGLEILIEVHSYYKKQVEIASKVDRVYDFALPPLLLHALSTGHVEPVAHWTDIRPNNAVTVLDTHDGIGVIDIGSDQLDRSLKGLVPDEDVDNLVNTIHANTHGESQAATGAAASNLDLYQVNSTYYSALGNDQHYIAARAVQFFLPGVPQVYYVGALAGKNDMELLRKTNNGRDINRHYYSTAEIDENLKRPVVKALNALAKFRNELDAFDGTFSYTTDDDTSISFTWRGETSQATLTFEPKRGLGVDNTTPVAMLEWEDSAGDHRSDDLIANPPVVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of sucrose phosphorylase from Bifidobacterium adolescentis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords sucrose phosphorylase
molecule tags Transferase
source organism Bifidobacterium adolescentis
total genus 181
structure length 503
sequence length 504
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.1.7: Sucrose phosphorylase.
pdb deposition date 2003-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00128 Alpha-amylase Alpha amylase, catalytic domain
A PF09244 DUF1964 Domain of unknown function (DUF1964)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.20.220.10 Mainly Beta Single Sheet Glycosyl hydrolase fold alpha-Amylases 1r7aA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1r7aA01
3.90.400.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 1r7aA02
2DT1A 2BY3A 3DECA 3GBDA 5D8WA 2J78A 4GQQA 4W5UA 1UWTA 2VCCA 4ZXOA 4MNJA 3ARTA 3VINA 2UY3A 4ACZA 2CKRA 3VIIA 4UZUA 2YL5A 4UQEA 2YA0A 4AMCA 1A47A 3QGVA 5EFDA 1Q6GA 2V3DA 2BHYA 2X1IA 3WH8A 2GJXB 5E6ZA 1E3XA 1QNSA 3L4TA 3PZNA 1W2PA 2V38A 2NSXA 1EO5A 1DP0A 4RE3A 2VX5A 2ZX8A 5E70A 4JL1A 1DWHM 3PZMA 4E8DA 1JYWA 1B1YA 3L4UA 1EXPA 4H41A 2D0FA 1MVYA 3WD3A 2XFFA 3KZSA 3WFZA 3ZOAA 1FH8A 2NT0A 1MWOA 2BFGA 3AS1A 2JE8A 3ZSTA 4FF5A 4M24A 4PTVA 3MV01 3QOMA 3W4RA 3VGBA 2E8ZA 3DC0A 1E9LA 1S46A 4DM1A 3VGFA 3A47A 4P8XA 3VO0A 2DH3A 3ZSSA 1JG9A 1TA3B 2AMGA 3W29A 4W88A 1QW9A 1V02E 1JYVA 5AY7A 1C92A 1ZJBA 3NCOA 4AD0A 2BY0A 2BHUA 2WMFA 2WKGA 1H1NA 3VGHA 2W62A 3A3HA 1JYNA 4U31A 3N18A 1M03A 1KXQA 3ARXA 4JFUA 5C70A 5I77A 1DTUA 2J8FA 4AZ7A 1HP5A 1JZ4A 2CYGA 2WYSA 3TTYA 5M3WA 1MQRA 1CLVA 4D6HA 4TX6A 1UWQA 1W1PA 3N1AA 3OGRA 1EGZA 2VTFA 4GXPA 2YBUA 3RCNA 1X6LA 3SCVA 3PBGA 3T2PA 1HJUA 1W1TA 1TCMA 4W8BA 1KR1A 1G94A 1VRXA 4Z2GA 4X0NA 4QFUA 4YN5A 2OWCA 2BVYA 4F9JA 1RD6A 2CPUA 1NP0A 1DWFM 2ZUSA 4WIWA 5FCZA 3AIRA 3MMUA 5A6MA 4OBSA 4PSPA 2YDSA 2J4GA 3AZTA 4PUEA 3W37A 3THCA 4HTYA 2Y5EA 2XVGA 1J0JA 4DUXA 5I5RA 2WNWA 4NRRA 2G3NA 4PCTA 3VM7A 3WEMA 4HA1A 4PEEA 5M5DA 1E4MM 1LL4A 1UWIA 3PZUA 3W27A 1PJ9A 1UQYA 3OB8A 3N15A 3POHA 1HJXA 3AOFA 5FL1A 3CHDA 4PYSA 4MPKA 1LL6A 3TONA 3BAIA 3NDZA 5A2CA 3SCPA 3VD4A 2QMJA 1UH3A 1KWGA 1VEMA 1HIZA 2X09A 5CGTA 2PI6A 4AZGA 2TAAA 4W89A 3WY1A 1LG1A 1OGSA 1EDTA 1JZ6A 4U5KA 1Q6EA 1R7AA 2G3IA 6A3HA 1CGTA 4FLQA 1Q6FA 2BVTA 1MW0A 2G41A 3L4VA 3UERA 3TTOA 3CUJA 4GIAA 1UR0A 1K9DA 5E0CA 3WDQA 1U33A 1C8XA 2XHYA 1V08A 3KE0A 4ATWA 1E6QM 1V6VA 3K8LA 2EJ1A 1VAHA 1K6AA 3J7HA 1JNEA 1NP2A 1GOMA 2WSKA 2XIIA 1CGXA 2QPSA 3VX1A 3RJXA 2J7CA 3GZAA 1JXKA 2CCRA 1J0ZA 1BVNP 2A3HA 4AW7A 1ISXA 2XTKA 1QVBA 1R85A 1WB0A 4R27A 4UQBA 3RIKA 3BXWA 3AIQA 1H09A 4W85A 3UEQA 3WQVA 1UZ1A 4EK7A 3D3AA 5HPCA 2VQUA 1B3WA 2XGIA 4UQ9A 4AYSA 7A3HA 3BC9A 1UWUA 4Z2KA 2WC4A 1CTNA 4HA4A 3F5KA 2ZXDA 3WQ5A 3QOKA 1AVAA 1FH9A 3E1F1 3AYSA 1E6PA 3I3DA 3WY3A 5CXPA 4J3VA 3SIMA 2GK1A 4WKFA 5D9MA 1OSEA 5C8BB 1XD1A 3FHQA 2JFEX 4N0RA 4UQAA 4W7VA 1PEZA 3K1DA 1KR0A 1QNPA 1W9VA 4PCSA 1J0IA 1RH9A 2WWCA 1EIBA 1NWSA 3AHTA 5BXTA 2WHJA 2ZE0A 5HNNA 3IJ9A 2JF6A 3K46A 1O6IA 7CGTA 3SCNA 3DYMA 1GOWA 4DWSD 3ZJ7A 1L0PA 3CGTA 2CKSA 2GJPA 1EQCA 1FOBA 3O9NA 2Y8VA 4GO9A 3WDJA 1GOOA 1E4LA 4UOJA 3WDIA 2PWFA 1GQJA 1GCYA 4W7UA 1CWYA 1WZMA 3TA9A 1VJZA 1WPCA 2DH2A 1VB9A 2VZUA 1GOKA 4DWSC 1GORA 2XJ7A 4CVWA 5DT5A 1XV8A 4QCFA 1UA3A 2XFRA 1OCQA 1JL8A 1OBAA 3FXYA 5CLWA 5IHSA 2XSBA 4PSRA 4XX6A 3CHCA 1CECA 4A4AA 4P7QA 4P7NA 1LF1A 1OB0A 1BYCA 1OGBA 2OSWA 4EAMA 1XSJA 4P8UA 2CBJA 2F61A 5E09A 4JKLA 4TVUA 1JDDA 5A95A 5C71A 4WKAA 1UR8A 1ISVA 3T09A 1JZ8A 1R86A 5A6KA 1W3KA 3PZ9A 3UETA 3ZQ9A 4IUGA 1QBBA 3UG3A 1E6RA 4PMNA 4J3WA 4AXNA 3OIHA 4TXEA 1UD8A 2QV4A 2QF8A 3QHOA 1E1FA 4U3CA 4HP5A 4EE9A 3VDCA 2IXUA 1QPKA 2GJRA 1XH1A 4B3LA 2VI0A 5D8ZA 4AIUA 4D6JA 3QHMA 2WVVA 5A2BA 2YL8A 4J27A 1W2VA 3AZSA 5A8OA 1RP8A 4B3KA 1Q4NX 1WP6A 1OT1A 4KH2A 1IT0A 2J47A 2HISA 1VFUA 3WNKA 4B16A 1GUVA 4U33A 2WPGA 4CU6A 3CBWA 2WVTA 1OINA 1QW8A 1W1YA 5AC5A 4KRUA 4LPCA 1KCLA 4UFIA 3RM9A 3CZ8A 1VBUA 4F8XA 3RDKA 3CUFA 1V3HA 9CGTA 3AIVA 4TX8A 5IFTA 4JCLA 5BXSA 4CUCA 2D22A 2WCGA 3VNYA 4JFVA 2W5FA 3VIJA 3OG2A 4JCMA 3NUKA 1OT2A 1ZBCA 3VDBA 3AZRA 2ZWZA 3WSUA 4HZ6A 1UUQA 3W0KA 3N11A 4GINA 4NSBA 5DFAA 1QNQA 1I1WA 3AXIA 4AZHA 1ZS2A 5GNZA 1TMQA 3APGA 4ML4A 4WK9A 4C7FA 1Q6DA 2VZTA 3AJ7A 3AYRA 2AOSA 1UR4A 1F4HA 2ZUMA 2FH8A 3NIYA 3W24A 3AROA 1KFWA 4Z2LA 5CPTA 3POCA 2JIWA 1KQZA 4D71A 2IXVA 2WBKA 2CXGA 2EPNA 3AS3A 4HA3A 2OSYA 5TD4A 1J0KA 1V6YA 2EXOA 2YA2A 5JBFA 2MANA 4H2CA 3MANA 1CGVA 1PAMA 5CGMA 4UQCA 4BZYA 3UR7A 1BTCA 5A3HA 1UZ4A 1OM0A 1C3FA 3QHNA 2YOCA 5EMYA 4PUDA 2D20A 1E6XM 1BSIA 1WNOA 1KB3A 4H7VA 4MJ4A 4KWUA 3OZPA 3MO4A 4U2ZA 2XGBA 4TVCA 4BQ3A 2QPUA 3WIJA 4M82A 5FIPA 3VDHA 3D5HA 4C7GA 4NZCA 1XD0A 4E4PA 1ZL1A 3WKZA 3MUY1 4JIEA 5E0FA 4AC1X 1EHAA 3KL3A 4MAVA 4B9ZA 2UY5A 2BNJA 2DPEA 2OSXA 3ARVA 2BHZA 3OGSA 8A3HA 1CZ1A 1H11A 3OLIA 3ALGA 1VF8A 4PMZA 4UFHA 2W92A 3JUGA 3I3EA 3ARYA 4HPHA 3GXIA 4B9YA 3WBAA 1NWRA 3WDPP 1ZB5A 2DT3A 5HBFA 1FP9A 3OLGA 4KRTA 4CCDA 4CN1A 1E15A 2WC7A 4W8LA 3SCTA 4A3HA 2F8QA 2OYLA 3PHAA 5D4YA 2BV9A 2O92A 4YPJA 3VUPA 2OLHA 5DO8A 1CNVA 1BPLB 3WY4A 1H0IA 4FLSA 2WVVB 1Z32X 5I6SA 1JZ2A 1HXJA 2WVSA 1CENA 1E5JA 4OIFA 1RPKA 2XUCA 3BLKA 2VR4A 1GPFA 5EFFA 1D3CA 2C0HA 3ZJ6A 4M1RA 2NW0A 4RE4A 2BXZA 3RILA 5JBEA 1V3IA 2YBTA 3F5LA 1JZ3A 3CLWA 1NARA 1VENA 3FAXA 3W6LA 1W32A 4U3AA 2ZXBA 3L2LA 5ABFB 1GOQA 4PN2A 2VJXA 5BWFA 1H5VA 3UR8A 1MFVA 4V2XA 2IUZA 5EB8A 1A3HA 2DDXA 3W38A 1UYQA 2YDRA 1HVQA 4GZIA 1UR9A 1DWIM 2WANA 2WCSA 1CGYA 3RMEA 1JZ7A 1HN1A 3SCWA 3AHZA 1HNYA 1B3VA 1W3LA 1BG9A 3U5YA 1OIMA 5KZ6A 2UY4A 4TVDA 3WUBA 1E70M 3AMDA 3SURA 2DIEA 4JZ5A 1ZBKA 2VMFA 4LGXA 1M04A 1V03A 3S2CA 1LJYA 5HPOA 1BYDA 3GNPA 3W53A 1MXDA 1J10A 4D6DA 3SCOA 3EDKA 2FHFA 1LLOA 1QHOA 3VPLA 1PZ2A 4GI8A 4ZE5A 4GQRA 1XH0A 3BCDA 1HX0A 1ESWA 5BYWA 5CSYA 3HMCA 3T08A 2PBGA 3WMSA 4BA0A 2VX4A 2YDQA 3QR3A 4HMDA 2ZUWA 1EO7A 2WSPA 2WMKA 3EDDA 5AYIA 4UOQA 1NWTA 2A3CA 1XRVA 4JKMA 3WY2A 2VL4A 2J7BA 4P8WA 2XWEA 1JIBA 3AQUA 1E0WA 4N42A 1W9PA 1X6NA 4MNMA 1GVIA 5A6BA 3LMYA 2WMIA 2D23A 2CIPA 2WCAA 1UR1A 2ZUUA 5JUVA 3EMZA 3BAYA 3U7VA 3THDA 3EBVA 2X2YA 2X05A 2ZIDA 3GNOA 1V3KA 1XHGA 1MFUA 4PTWA 4GI6A 3A4XA 2J25A 1JZ5A 1ODZA 4L4PA 1EQPA 1M53A 1BAGA 1HKJA 6TAAA 3SCRA 1E4IA 4TUFA 1GQIA 1J18A 3AIBA 4XUYA 5I2UA 1O7AA 2Z1KA 5CPSA 3WDHA 1WCGA 1TFVA 4ZXLA 2JALA 2W66A 4AD4A 2J79A 4CD6A 1W3HA 1JDAA 4EANA 5CPQA 3DHUA 2J62A 4NI3A 3ARWA 4PMRA 2A3BA 3L4WA 5BXPA 3EDFA 3AIEA 2WB5A 5DF0A 3SUTA 3AXXA 3OGVA 1E6ZA 2XVLA 4C7DA 3SCUA 4B15A 2E8YA 2G8ZA 2E9LA 3ARQA 3WH7A 1GNXA 1TZ7A 2O9OA 2WMGA 2VQTA 1JAEA 1UOKA 2J7HA 3WD4A 1DHKA 3ZT7A 1JF5A 2J8GA 4J3UA 4QP0A 1JYXA 1JFHA 1CXLA 4MNLA 2VX7A 1G5AA 3VU2A 1C91A 1DWGM 4JHZA 2E9BA 3NSNA 2X0HA 4MB1A 3AIUA 2Y2WA 1ZBVA 3MMDA 3VD7A 1AMYA 4UR9A 2WMJA 3AISA 3RM4A 4XZWA 4ZE4A 2ZX6A 1OD8A 4OJYA 1QOXA 2Y24A 3WD0A 4FMVA 2J77A 3CUIA 1E4NA 4A3YA 1ITXA 2ZXQA 3BGAA 4ZENA 2ZUNA 3O6AA 3VX0A 3GH5A 3CMGA 1NM9A 2O9RA 2VURA 3WL1A 2Q8XA 2D2OA 3AHYA 2XWDA 1W9XA 3WD1A 1E40A 1SR0A 5CSUA 3CH9A 3GM8A 4Q7NA 3M6DA 3MMWA 1KGWA 2JEPA 1ITCA 3MUZ1 1B31A 1PBGA 4MDPA 1OGGA 3K4AA 1TVPA 1XYZA 3WNMA 3VILA 2EPOA 4J28A 3VGGA 3N13A 4W86A 1ISWA 1SFSA 1UWRA 4NF7A 2D0GA 3WNNA 3WL0A 2UY2A 4ACYA 3A4AA 3IAQA 3PZOA 3EYPA 3IJ7A 2V3GA 1UG6A 5A8NA 1PIFA 5GPRA 1KBBA 1UHVA 4NRSA 4UFKA 1BFNA 2VVSA 2WMIB 3G6LA 2ZXAA 1DWJM 4BQ4A 1TR1A 2J74A 4D6IA 3WQ8A 3ZR6A 3A4WA 1GJWA 3VDAA 4U2YA 3AI0A 1WE5A 1TVNA 2OWXA 3WENA 5HXMA 3BSHA 4QLJA 1GONA 4ZEPA 5IHRA 3SUSA 1QHZA 1HKIA 3CIVA 1FFRA 1SMAA 2FH6A 3CTTA 3GXFA 5LA0A 5BRQA 1PZ3A 5DT7A 3WQ4A 3MUAA 1H49A 4AIEA 3DYPA 4CCEA 2GVYA 3PTMA 2V5CA 1CPUA 1GHSA 4AZBA 3LPOA 3SCSA 3VGEA 4AWEA 1AQMA 2FGZA 2XG9A 4WSKA 2XVPA 1JNDA 3BH4A 2X0YA 2WK2A 4TOQA 2AAAA 2DSVA 3WF2A 4P7OA 3N04A 3TTQA 3WH9A 1V3MA 2EPMX 1W91A 2VX6A 1HKMA 2CITA 1C8QA 4F66A 1CXEA 2O9PA 1Q6CA 2YKKA 1NOUA 3B9EA 4GO8A 1RP9A 2DSUA 1E0XA 4WJXA 3S6TA 2CESA 4QAWA 3WF1A 4JFSA 1NQ6A 2PWDA 4ATDA 3WNLA 1KWKA 1PPIA 4IISA 1BGAA 1J11A 3DHPA 5IXEA 1AQHA 3U7BA 3WF0A 2VR5A 3M07A 4AEFA 1BLIA 5A8MA 1HJVA 2DSKA 3BAXA 5ABFA 3VIOA 2YIHA 2JF7A 2DIJA 3TP4A 3SEPA 1ODUA 3SUVA 2EQDA 3ARZA 3NDYA 4J3SA 1ECEA 4DM2A 5FKYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DT1 A;  2BY3 A;  3DEC A;  3GBD A;  5D8W A;  2J78 A;  4GQQ A;  4W5U A;  1UWT A;  2VCC A;  4ZXO A;  4MNJ A;  3ART A;  3VIN A;  2UY3 A;  4ACZ A;  2CKR A;  3VII A;  4UZU A;  2YL5 A;  4UQE A;  2YA0 A;  4AMC A;  1A47 A;  3QGV A;  5EFD A;  1Q6G A;  2V3D A;  2BHY A;  2X1I A;  3WH8 A;  2GJX B;  5E6Z A;  1E3X A;  1QNS A;  3L4T A;  3PZN A;  1W2P A;  2V38 A;  2NSX A;  1EO5 A;  1DP0 A;  4RE3 A;  2VX5 A;  2ZX8 A;  5E70 A;  4JL1 A;  1DWH M;  3PZM A;  4E8D A;  1JYW A;  1B1Y A;  3L4U A;  1EXP A;  4H41 A;  2D0F A;  1MVY A;  3WD3 A;  2XFF A;  3KZS A;  3WFZ A;  3ZOA A;  1FH8 A;  2NT0 A;  1MWO A;  2BFG A;  3AS1 A;  2JE8 A;  3ZST A;  4FF5 A;  4M24 A;  4PTV A;  3MV0 1;  3QOM A;  3W4R A;  3VGB A;  2E8Z A;  3DC0 A;  1E9L A;  1S46 A;  4DM1 A;  3VGF A;  3A47 A;  4P8X A;  3VO0 A;  2DH3 A;  3ZSS A;  1JG9 A;  1TA3 B;  2AMG A;  3W29 A;  4W88 A;  1QW9 A;  1V02 E;  1JYV A;  5AY7 A;  1C92 A;  1ZJB A;  3NCO A;  4AD0 A;  2BY0 A;  2BHU A;  2WMF A;  2WKG A;  1H1N A;  3VGH A;  2W62 A;  3A3H A;  1JYN A;  4U31 A;  3N18 A;  1M03 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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