1R9LA

Structure analysis of prox in complex with glycine betaine
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
ADLPGKGITVNPVQSTITEETFQTLLVSRALEKLGYTVNKPSEVDYNVGYTSLASGDATFTAVNWTPLHDNMYEAAGGDKKFYREGVFVNGAAQGYLIDKKTADQYKITNIAQLKDPKIAKLFDTNGDGKADLTGCNPGWGCEGAINHQLAAYELTNTVTHNQGNYAAMMADTISRYKEGKPVFYYTWTPYWVSNELKPGKDVVWLQVPFSALPGDKNADTKLPNGANYGFPVSTMHIVANKAWAEKNPAAAKLFAIMQLPVADINAQNAIMHDGKASEGDIQGHVDGWIKAHQQQFDGWVNEALAAQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
publication title Cation-pi Interactions as Determinants for Binding of the Compatible Solutes Glycine Betaine and Proline Betaine by the Periplasmic Ligand-binding Protein ProX from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycine betaine-binding periplasmic protein
total genus 114
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r9lA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 1r9lA02
4OFOA 1UQWA 4FJPA 2Q2CA 1B3LA 2DWJA 1VSOA 1MG1A 3RTFB 4RPOA 4Q0CA 1BP5A 5ITOA 2F36A 4OERA 1SW4A 1NL5A 4H65A 3VLUA 1HSLA 3N26A 3IB1A 3PUWE 1B3EA 1JW1A 4Z0IA 5BWJA 5IAIA 3KFMA 4BDNA 3O97A 3KSXA 3H6WA 3LBSA 4HW8A 4AQ4A 3HHGA 2I4CA 4PFWA 4ZS9A 4KPTA 3CI8A 3O6HA 1RKMA 4GXSB 3UP9A 1MM7A 4AB6A 3FJGA 4F1UA 1QJMA 1NMUA 5I59A 3PUYE 4IB2A 2KLFA 1CB6A 1A54A 3OEKA 4UACA 4H6DA 3PGFA 3QUFA 1ELJA 1DTZA 2I3WA 2XXRA 3OO6A 1II5A 2X26A 3PMWA 3LSFB 2QS4A 4BDRA 3MC2A 1WDNA 2REGA 3VDFA 4NF8A 5I2KA 1QKAA 1US4A 2HCAA 3CFLA 2V93A 4R6YA 5I56B 2I58A 2M8CA 3BBRA 5CM6A 2DP8A 3MP1A 3TCGA 4NTLA 5CMMA 3E4RA 3K1MA 5CMBA 1MPDA 2ZNUA 4G8HA 1D3KA 1TWYA 3FUZA 3V8XB 2HAVA 1A8FA 2QPQA 4WKMA 4U21A 4M4GA 1B6HA 1OVBA 3S9NC 2XXWA 5DVIA 2DWAA 5AA4A 4XKPA 1OLCA 2DXRA 1B46A 3GLBA 2Q2AA 4WEDA 2NXOA 3O28A 4YU0A 4F2OA 1GR2A 2XXHA 2H99A 3SEVA 3IORA 3U72A 3G3GA 4G8NA 3G3IA 3CRBA 3VVEA 4EUOA 2B65A 4QRZA 3QAXA 5FTHA 2FYIA 4QFKA 3MJNA 1QVSA 3K01A 5AE4A 1WVJA 3MAMA 3FXUA 5FHMA 3O29A 1N76A 3VV5A 3DP4A 1MQJA 1UIVA 3H06B 3A3UA 2OK2A 2PYYA 3FVOA 3MW0A 2AL5A 2HXWA 5DEXB 3C34A 1Q35A 1JEUA 4F18A 3U92A 5ELVA 1FTOA 2HAUA 3O6GA 4YKJA 3H7MA 4DCYA 3ILTB 3T9UA 3JV9A 4FIMA 3VVFA 4YKPA 2Z23A 1EZ9A 3TMGA 4TLMB 3CG1A 1H43A 3G3FA 2YLNA 3HN0A 1PB9A 1IQ7A 3S2VA 4F39A 1SW5A 3U1OA 2RKMA 5F1QA 2V3UA 4OWDA 4KCCA 1IXCA 4NF6A 4GF8A 2DWHA 1OIBA 1OMPA 3RT6B 1MY4A 4OXVA 1SVXB 2Z8FA 1P1OA 2XXQA 1AMFA 4HCWA 2O7IA 4TQUQ 3USDA 1N7XA 3M3FA 4PFYA 4N07A 4POXA 4I8CA 2DS9A 4AB5A 2O6AA 3KN7A 3TKDA 4QFOA 4JSDA 2QMWA 1O63A 4R75A 1FQEA 2XXTA 1DOTA 1VFDA 2I0BA 5DTBA 1MM6A 3CG3A 4F22A 5B7DA 3AXFA 4JXIA 2PMSA 1USYH 2F34A 1YAEA 3OD7A 3SESA 4NF8B 5I2KB 5I84A 3MVWA 2PVUA 2XXIA 1ZU0A 1XC1A 2RINA 4ZE9A 2GHAA 5FTIA 1USYE 5KZTA 4QFPA 2O1LA 4G8MA 4R72A 3SEXA 1MY1A 2DSFA 3T93B 4H8IA 1DPEA 4RYAA 3O2AA 4ZZAA 3QK6A 4WXJA 3DM0A 2NUVA 2XX8A 4NF4B 4DE8A 3MZBA 1N84A 5HBCA 1POY1 3IB2A 3Q26A 3CR9A 3Q25A 2W7YA 2Y7RA 1B4ZA 3WAFA 3EQ1A 2VHAA 1Y3NA 2ONRA 2LAOA 2ZYMA 1PB7A 2UYFA 4X1BA 2E1SA 4EDPA 3MVZA 4RXLA 3VFJA 2QS2A 3C4MA 3HV1A 1BLFA 2FNCA 1M5EA 3HPIA 3SERA 2HQ0A 4JWXA 4KR5A 3PD9A 1UTHB 4KFQA 2Q8JA 5KCJB 1H45A 3SEUA 1H76A 1Y20A 2O1MA 1FQFA 1B52A 3Q27A 2GFEA 3SEWA 4GRKA 4HTGA 3TTKA 3RN8A 4JDFA 1L5TA 1B58A 3MQ9A 4O3CA 3CFXA 2UVGA 1Y9UA 2Q9TA 3QIMA 5JEIA 1FTKA 1XVXA 4QFLA 1MH3A 3K4UA 4I9DA 3FXRA 2I6EA 4ESXA 3JZJA 1KWHA 3VE1B 3CSGA 5H8FB 1LBCA 2Y7WA 4C0RA 1A40A 4NF5B 1B1XA 1B9JA 1P1NA 1B3HA 3SDFA 4KI0E 1EZPA 2ZYNA 3H4ZA 1IEJA 2ZNTA 1LAFE 1P1WA 1EU8A 3Q29A 4ZZEA 4E0XA 3WAEA 5AA2B 1J1NA 3TELA 1DPPA 3OO9A 2ANJA 4ND9A 2XHDA 2F97A 3SKPA 1MXWA 2F7CA 1NH7A 5CC2A 4G68B 3C36A 4KCDA 4U4XA 4MFIA 1LCTA 3TQLA 2AYSA 1MQIA 4IO6A 1XVYA 3GXAA 1Y1ZA 3PPRA 1POTA 4FE8A 2VD2A 1A99A 5DEXA 1B0HA 2THIA 1FQBA 1B05A 1ZBMA 3BKIB 2P0SA 1ZIUA 2G93A 1MXZA 4BDOA 4NWCA 2DVZA 1B7UA 4R9GA 5L9OA 1QKBA 3KZGA 2DQVA 3MVYA 3EHSA 3K6XA 4H5GA 1SI1A 4YB7A 1Y1MA 1QUIA 2I3VA 4K3FA 4R2BA 5H8HB 4DCXA 2RCBA 3G3HA 1MXYA 4YKIA 4ZEBA 4G77A 3U8QA 1TFAA 1MDP1 4KD5A 3MWBA 4BLAA 4XTCQ 2V84A 2QSXA 3A3CA 3N5LA 1B5JA 3IK6B 1H44A 2Q88A 1N04A 4NWDA 3TFLA 5H8NA 2QS3A 4KHZE 2PT2A 4PETA 5FHOA 5L9MA 1B5HA 1IIWA 3DP8A 2AIXA 3OOAA 2F6PA 1YCJA 2REJA 1LAGE 4QSCA 1N0TA 4G4PA 1TFDA 4OFLA 4DDDA 1OVTA 5EHMA 3IJXB 4OFJA 1XT8A 4H8JA 2VD3A 2Y7IA 3PPQA 5L8DA 4R2FA 3OEMA 5AA3A 4P0GA 1FTLA 4YZZA 3M8UA 2PT1A 4OZ9A 1SYIA 4FORA 4RPNA 4DZ1A 2OBGA 1D9VA 2PBWA 1M5DA 4GQOA 3OENA 3KGCA 4GLIA 2ZXTA 1AH5A 4ZDMA 1LFIA 5I58A 1A8EA 3DP6A 4NF4A 2CMOA 1MPBA 2QMXA 4IO5A 4ZEDA 4LQ2A 1SI0A 4R6KA 2DE2A 4EQBA 3MVXA 1FQCA 4NEDA 5F7VA 4OHNA 1Z7ME 3FJ7A 2A5TB 5DT6A 4HCYA 3EHUA 1N3XA 4QSDA 1R1NA 1FTJA 3K2DA 3R7XA 1UTHA 4QHQA 3U94A 4R74A 5KCJA 4QF9A 5EHSA 3F11A 2XX7A 1O7TA 2HZLA 1ZJLA 4F3SA 4XIGQ 3PPPA 3PUVE 3K0VA 3B6QA 1PB8A 1IZ1A 1GGGA 1ZLQA 1UTBA 2D3IA 4F31B 2DVCA 1XOCA 4LP2B 1MQGA 3RY3A 3IB0A 4IO7A 2WKYA 1PC3A 4GL8A 4LA9A 2OCUA 3P7IA 2F35A 4YAHX 2NWJA 2Q89A 3TEPA 1LB9A 3K6UA 3FXQA 1YPNA 3PD8A 5CRYA 5H8FA 4FATA 3CIJA 1MY3A 4NF5A 5TPAB 2ESNA 3SETA 2Y84A 1GVCA 2O51A 4LZ5A 3G3JA 1B2HA 3W9VA 1B5IA 5H8QB 1SW1A 3IJOB 3LSLA 3O6IA 2B3FA 4U2RA 5LOMA 3LUYA 3THIA 3N6UA 3IOTA 1B32A 3EF7A 4FECA 5AA2A 3TYHA 4JBZA 1S7YA 2ALUA 3LSXA 1NNKA 4IO2A 2O68A 1OLAA 1FCKA 2B3BA 4G68A 3KN3A 2RC7A 2XXVA 4ELQA 4R73A 4RK2A 4EF1A 3UIFA 1QULA 5H8NB 1IXGA 2YPNA 3K1PA 2VP1A 3VVDA 4XXUA 4G68C 1JEVA 4Z7EA 1B4HA 3FV1A 1OQGA 3T66A 3UGWA 4F3BA 5DVFA 4IO3A 3PUZE 3T9HB 4GD5A 3ZKKA 1R9QA 4F3PA 1B7HA 3TCHA 5ITPA 2XD3A 2H25A 3TCFA 1SDXA 3M3LA 1LFGA 4RJZA 4XKNA 1DSNA 3C32A 5FHNA 2XXYA 4F3GA 4LZ7A 2I48A 3RGYA 4O3AA 4ZE8A 3E3KA 5H8HA 2F78A 1T0KA 2P2AA 4U22A 4RA1A 5H8SA 5CBRA 1SD3A 4R9FA 2RC9A 4LQ5A 5I58B 3N94A 1GV8A 4POWA 3Q28A 4PE5B 4LUBA 3E9XA 5ICQA 3K02A 5CBSA 1A55A 1B1HA 5DYHA 1TT1A 1JNFA 1ZKBA 3H6VA 2UXAA 4U4SA 2V3QA 2Z22A 3E13X 3DELB 4YICA 2DWIA 4TLLB 4XKRA 1QW0A 2V3TA 1BIYA 3HCQA 3UORA 3JYRA 3VLWA 5I57B 3HO7A 2F5XA 3V83A 1LCFA 3L6HA 1MQDA 1EH3A 3FVNA 3G7WA 2I49A 4DLDA 3PPNA 2UVIA 2R9JA 1AL3A 1Z7NE 2O69A 4HS7A 4ECFA 4F1YA 4QFNA 4OTEA 4I62A 4TOZA 3B6TA 3UA8A 1EZOA 2F7BA 2NVUB 1P1UA 3TTRA 1HSEA 1LLSA 2DOJA 1UTBB 2F6GA 4YKKA 4JWOA 1Y3QA 1JW4A 4F19A 2OLBA 1VE4A 3D4CA 1B0LA 3TTMA 2XXXA 3C33A 2QJEA 4MLVA 2QL3A 3EHTA 3OO8A 5J1DA 1H3DA 3MPLA 4U1ZA 2ZMBA 3ILUB 3PUXE 4H5FA 3UN6A 1Y3PA 1JW5A 2A5TA 1LFHA 4ZEFA 1CE2A 2DYXA 1B7ZA 3RTWB 3T22A 3D4GA 4GL0A 1FTMA 3TDJA 4YB5A 1URSA 1NNFA 3FD3A 3KOTA 3T9XB 3ODBA 1MPCA 4FEDA 2Y7KA 3RLFE 3M3KA 4KYEA 1D9YA 4YB6A 1DTGA 1PDAA 3KN8A 4WEPA 1A7LA 1YTVA 1S9TA 3R26A 4FEBA 5K2XA 5BUUA 5CMKA 4KYDA 4Q5TA 1N3WA 1NH8A 4MBPA 4EF2A 4PQJA 3TTLA 3PMVA 4O3BA 5TPAA 1P1QA 5ICTA 5H8QA 3IAZA 5TU0A 1Y4CA 4BDLA 4OYVA 1RYXA 1US5A 4F29A 3PV0E 1GTKA 3K00A 4ONYA 1AIVA 3FVGA 1VFEA 4OEUA 4BDQA 1FW0A 4IY5A 3H6UA 3KBRA 4DXUA 1MXUA 3B6WA 1ANFA 1NFTA 3QSLA 4P11A 1ATGA 4EXLA 2O7UA 3TODA 3C35A 5TP9B 3ZKLA 1JVYA 2X7QA 5I2NA 2ONKE 1M5CA 3MP8A 1ZTYA 2D5WA 3S9MC 1P99A 3KJ7A 2ONSA 5K2YA 5JTYA 3I5OA 3IR1A 5KDTB 3GBBA 4X1DA 1TXFA 3FIRA 1IUDA 3HHFA 4PFTA 1M5FA 1IXIA 3CSBA 2NOOA 1NNPA 4YMBA 3TZAA 4P0IA 2QS1A 1QUKA 4GVOA 1SW2A 5ISUA 4F2QA 4KQPA 3FVKA 4N13A 1LGBC 2OJTA 2ZYOA 1B3FA 4N6PA 2XD2A 3RUMA 4MLQA 4ELPA 1O64A 5AA1A 4JB7A 4M1VA 3OXNA 4R6HA 2RC8A 3PMXA 4QSEA 4DXBA 1NNTA 2ABHA 3H3GA 3VXBA 3VXCA 2HEUA 4OEVA 3HSTA 4THIA 3PU5A 4C1TA 1I69A 3CVGA 5I57A 2VGQA 3H6TA 1MXVA 3GBAA 4OQOA 2H4IA 1MY2A 4EXKA 5M2VA 1JETA 2OZZA 2VOZA 3KG2A 1PBQA 2G29A 4U23A 3RQTA 1SQYA 5HPQA 2Z8EA 2ZYKA 3FASA 4RY1A 3W15C 4GIZA 2RCAA 4ELOA 4NMYA 1BTJA 1F9BA 1B40A 3LC8A 5A5XB 1RYOA 3RNNA 3FV2A 3RPWA 4RNSA 3K6VA 1DMBA 2Z8DA 3R6UA 3TQWA 1MRPA 2UVHA 5EYFA 2F8DA 1M5BA 3S9EA 1BKAA 3TUSA 2O84X 4GWOA 3FJMA 1LB8A 1SBPA 3ZSFA 4IO4A 3ZS6A 3IOUA 3V89B 3C31A 4OENA 5CMCA 1I6QA 4X9TA 4MH5A 2HFBA 4L17A 5HM4B 3IO4A 1UIUA 3TTNA 4JSOA 1R9LA 3G3KA 2H98A 3OO7A 4OMBA 2PX1A 3OMBA 2XX9A 2OWSA 2P1SA 4OETA 3OELA 1S50A 4LATA 4UA8A 3EN3A 3U93A 3BFUA 4ISUA 1MH4A 2IEEA 1XHYA 2V25A 1MQHA 5I2NB 3KJTA 5I59B 1LAXA 1N7WA 3ECRA 3QYTA 3W9WA 4DIGA 1PEBA 3I3VA 3O9PA 3O66A 2OWTA 3PPOA 3MZ1A 1Q1KA 4DXCA 1IXHA 5L9SA 3MZ9A 1LAHE 5JTYB 4IGTA 3MP6A 2D21A 3QUJA 3DLNA 4H67A 4ZECA 3S4UA 2I4BA 1FQDA 3OSQA 4U1OA 2E0SA 4GOTA 2HZKA 1B51A 4KYSA 1MXXA 3C9HA 1LBBA 2F7AA 1ZMGA 1I6AA 4XKQA 2R6GE 4LVQA 2DXYA 3FZVA 4Q30B 4X48A 1R6ZA 1OQHA 4OVJA 1URDA 2ZNSA 3FGSA 1B3GA 4NE4A 4YMAA 1AOVA 3IOWA 1PBPA 3TAJA 4OESA 4GXAA 4E0WA 5AA4B 3I6VA 4MF3A 4H0WA 5B70A 5TP9A 2QRYA 2H9BA 4IGRA 1JQFA 3FATA 3LR1A 2FA7A 1MY0A 2XXPA 2IA4A 1QUJA 4H1XA 2AL4A 2A5SA 3L6GA 3LSWA 4JWYA 1SYHA 2DE3A 3SEYA 5KDTA 3S9LC 1XS5A 4G2ZA 1VR5A 2UYEA 3BFTA 3VLVA 3T9VA 1I6BA 3V5AA 3A09A 3IL1B 1FQAA 3KOSA 5DVJA 4Q8RA 1WODA 3UK4A 4EQ7A 5I56A 4LONB 2RF1A 3KEIA 4ZEKA 5IKBA 1IITA 3K1NA 4BDMA 1NKXA 4RK9A 3B7DA 2DE4A 2GHBA 4LZ8A 4FAJA 3MBPA 2BJJX 3N6TA 3H03A 3TPAA 3RT8A 3IX1A 1MDQA 3ONMA 2R71A 1HSJA 4ZEIA 3GZGA 5CI5A 2GRVA 3EPEA 3KSJA 4C1UA 3MPKA 1URGA 1MS7A 3MUQA 4NF6B 2I0CA 1Y4TA 3K6WA 3IO6A 4EQ9A 3IOVA 4I1DA 3T96B 2H5YA 3QXMA 4F1VA 4ESWA 4IY6A 2CZLA 4PFUA 2YJPA 3CFZA 5JK4A 1JVXA 3OSRA 5AA2D 2X7PA 4PP0A 4GFRA 2UVJA 1D4NA 2GH9A 2Y7PA 5A5XA 2XXUA 4ELRA 1LSTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OFOA 1UQWA 4N17A 1EYJA 4FJPA 2Q2CA 1B3LA 2DWJA 1VSOA 4PGPA 1MG1A 3RTFB 4RPOA 4Q0CA 1BP5A 1FSAA 4NF0A 5ITOA 3LUZA 2F36A 4OERA 4PFIA 1SW4A 1NL5A 2CZKA 4H65A 3VLUA 1HSLA 3N26A 3IFAA 3IB1A 3PUWE 1B3EA 1JW1A 4Z0IA 2XA5A 5BWJA 4HE2A 1YXIA 5IAIA 3KFMA 4BDNA 3O97A 3KSXA 3H6WA 3LBSA 4HW8A 2CZIA 4AQ4A 4PFRA 3HHGA 2I4CA 4PFWA 4ZS9A 4KPTA 3CI8A 3O6HA 1RKMA 4MHFA 4GXSB 3UP9A 1MM7A 4AB6A 3FJGA 2DDKA 4F1UA 1QJMA 1NMUA 5I59A 3PUYE 4IB2A 2KLFA 1K9ZA 1CB6A 1A54A 3OEKA 4UACA 3D1RA 4H6DA 3PGFA 3QUFA 1ELJA 1DTZA 2I3WA 2XXRA 3OO6A 1II5A 2X26A 3PMWA 3LSFB 2QS4A 4BDRA 1NV3A 4HE1A 3MC2A 1WDNA 2REGA 3VDFA 5ET6A 4NF8A 5I2KA 1QKAA 1US4A 2HCAA 3CFLA 1FPGA 2V93A 2KQZA 4R6YA 5I56B 2I58A 2M8CA 3BBRA 5CM6A 2DP8A 3MP1A 4N6DA 3TCGA 4NTLA 5CMMA 3E4RA 3K1MA 5CMBA 5DW8A 1MPDA 2ZNUA 4G8HA 1D3KA 1TWYA 3FUZA 3V8XB 2HAVA 1A8FA 2QPQA 4WKMA 4U21A 4P47A 4M4GA 1B6HA 1OVBA 3S9NC 4I3YA 2XXWA 5DVIA 2DWAA 5AA4A 4XKPA 1OLCA 1SPIA 2DXRA 1B46A 2QFLA 5I3SA 3GLBA 2Q2AA 4WEDA 2NXOA 3O28A 4YU0A 2Q8MA 4F2OA 1GR2A 4NHBA 2XXHA 2H99A 1DCUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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