1R9LA

Structure analysis of prox in complex with glycine betaine
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
ADLPGKGITVNPVQSTITEETFQTLLVSRALEKLGYTVNKPSEVDYNVGYTSLASGDATFTAVNWTPLHDNMYEAAGGDKKFYREGVFVNGAAQGYLIDKKTADQYKITNIAQLKDPKIAKLFDTNGDGKADLTGCNPGWGCEGAINHQLAAYELTNTVTHNQGNYAAMMADTISRYKEGKPVFYYTWTPYWVSNELKPGKDVVWLQVPFSALPGDKNADTKLPNGANYGFPVSTMHIVANKAWAEKNPAAAKLFAIMQLPVADINAQNAIMHDGKASEGDIQGHVDGWIKAHQQQFDGWVNEALAAQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cation-pi Interactions as Determinants for Binding of the Compatible Solutes Glycine Betaine and Proline Betaine by the Periplasmic Ligand-binding Protein ProX from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
molecule keywords Glycine betaine-binding periplasmic protein
total genus 114
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r9lA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 1r9lA02
3QUJA 2FNCA 5EHMA 1TFDA 1MY2A 3WAEA 2Z22A 3PUZE 3IR1A 4JSDA 4F19A 3EHSA 3MUQA 1B52A 1JVXA 4X1DA 3TCFA 3ZS6A 1OQHA 5AA1A 1PB9A 4R75A 4YMAA 4TLMB 2OZZA 1JW1A 2AL5A 3FJ7A 3HPIA 4QFKA 1MXXA 3O29A 1PDAA 3OSRA 2F6GA 4G8HA 5BUUA 4YB7A 4IO4A 2H9BA 1AMFA 3C4MA 5KDTB 4ELRA 2UVHA 1LSTA 1XOCA 4M4GA 2G93A 3T96B 5H8HB 1JEUA 1VSOA 4YB6A 2QMXA 3GZGA 1LFHA 1B1XA 1N3XA 1TT1A 3Q27A 3SEUA 4U1ZA 2HAVA 2XXWA 3KSXA 4OESA 4KYDA 4ZS9A 1FQAA 2H5YA 4U2RA 4ZE8A 4OETA 4DZ1A 4IO7A 4XKQA 3OSQA 5CM6A 1USYH 5A5XA 4XKRA 2VHAA 4IY6A 4ZECA 4RXLA 3VDFA 2F36A 4F31B 1ZLQA 4R9FA 1B4HA 2P2AA 4MLVA 1B5HA 3TTNA 2RC8A 1FCKA 1A8FA 5I59B 3PUWE 4C1UA 4HCYA 3EPEA 4PFUA 3DM0A 2NWJA 2WKYA 3T66A 2A5SA 1XS5A 2F6PA 3R7XA 1RYOA 2RF1A 5TPAB 3JYRA 1OQGA 1H44A 1B4ZA 4PFTA 3CSGA 3OELA 4EF2A 1LAHE 2XXQA 2ZYKA 3S9MC 4THIA 5CI5A 2ZYNA 4N6PA 1VR5A 2ONRA 3U93A 4GRKA 3ZKLA 2DE3A 2VGQA 5KCJA 2THIA 1B7HA 3L6GA 4QFPA 5FTHA 5I57A 1SBPA 3RT8A 4F39A 5JK4A 2GFEA 4DDDA 1B51A 3SESA 1I6BA 2QS1A 1POTA 3PU5A 1M5BA 2RC7A 1MPDA 4JXIA 1USYE 1P99A 5L9SA 1SYIA 1FTLA 1B3FA 4R9GA 3G7WA 3K4UA 4IO6A 2YPNA 4EXKA 1NH7A 1HSLA 3D4CA 3FXUA 4FE8A 5L8DA 1AL3A 2GHBA 4QFNA 4LP2B 3DELB 1R9QA 1RKMA 2XXUA 2OJTA 5A5XB 4GL0A 4ZZAA 4ND9A 3CFZA 2R6GE 3O6GA 3K6UA 2H25A 3CSBA 3IORA 1IXCA 3IOVA 4LZ5A 1MXZA 2DWIA 4ESWA 3KN3A 4FECA 2B3BA 4H67A 4AB5A 5AA4A 4GF8A 2HAUA 4YU0A 1NL5A 1SI1A 3RPWA 5I58A 3TQLA 1SVXB 2AIXA 4AB6A 2I3WA 1NKXA 2ZYMA 2PT2A 2DWHA 5I2KA 3TEPA 4DLDA 2ONSA 2UVIA 5H8QA 4GXAA 5AA3A 2RCBA 4K3FA 1B32A 1ZKBA 3IK6B 3PV0E 5I57B 4YB5A 3MAMA 2XD3A 1DMBA 1XT8A 3T22A 1MPBA 2Y7RA 4EUOA 4YICA 4F1VA 3UN6A 3V83A 3V5AA 3LSXA 3A3CA 4KCCA 1ATGA 3C32A 1EZOA 3TUSA 1O7TA 1JW4A 1OIBA 3OO8A 4HW8A 5KZTA 3TTLA 3TTRA 5JEIA 3FVNA 2DWAA 1OVTA 3IOTA 2DE2A 4JSOA 1Y3QA 3MVWA 1PBPA 4F2OA 3TCGA 4RNSA 3MWBA 4GOTA 4LUBA 3OOAA 1B3HA 1TWYA 3C9HA 1LAXA 3C34A 4ZEDA 4MLQA 2XXIA 4OERA 5F1QA 3Q29A 1MXUA 3HHFA 4RJZA 3FV2A 1Z7NE 3TYHA 4MBPA 1F9BA 2DOJA 3KOTA 4F3SA 4RY1A 1NNTA 2I4CA 2H4IA 3T9VA 4O3AA 1R6ZA 1B58A 3UP9A 4ELQA 3SKPA 1D9VA 4QRZA 5TU0A 5DT6A 2NXOA 3E4RA 4BDLA 3KG2A 4XXUA 3O66A 3DLNA 4NF6B 4FAJA 1B0HA 1EZ9A 2Z8DA 3C36A 5B70A 4KYEA 3VLWA 2ALUA 5FHOA 5AA4B 1HSJA 3Q25A 3FUZA 2HFBA 1BLFA 4PFWA 2UYFA 3DP8A 2O6AA 3HCQA 2XX9A 2V25A 2R71A 2Y7IA 5I58B 1IUDA 1SW2A 1N0TA 1MDQA 3VVEA 1NNFA 2HZKA 5I2KB 1AOVA 2M8CA 4U4SA 1R1NA 1QVSA 4GLIA 1XVXA 1SW5A 3DP6A 1UTHA 1LBCA 3LSLA 2F97A 2XXRA 3B6TA 4OVJA 2F35A 5DYHA 1UIUA 3TQWA 4FORA 4WKMA 1IQ7A 2UXAA 2ZXTA 4FIMA 4E0XA 1B5IA 4F18A 2I48A 3K0VA 3RY3A 1SI0A 5CC2A 1FTOA 4ESXA 4Q30B 3OENA 5DEXA 3PUYE 2Q9TA 2VOZA 3U72A 3I3VA 4R2BA 2RKMA 5K2XA 1A8EA 1PC3A 4LQ2A 1JW5A 1EU8A 4F3BA 1URDA 3MPKA 4PE5B 2RINA 3O9PA 4R2FA 1LFIA 1Y9UA 2PT1A 1LB9A 4POXA 4AQ4A 4H0WA 1A99A 2CZLA 4XKPA 4QF9A 4PETA 5H8FB 1UIVA 1B3GA 3MJNA 3PPPA 1ZBMA 4YKPA 1NNKA 1MQJA 3FJGA 1Y1MA 3O2AA 1UQWA 4XIGQ 3N26A 5CMCA 3PPQA 3S4UA 1S7YA 3I6VA 4X1BA 1SDXA 4U4XA 4UA8A 4XTCQ 3GBBA 1MPCA 3OMBA 2Z8EA 3H7MA 1DPPA 4FEBA 2PX1A 1N7XA 2F7AA 5JTYA 3U1OA 1ZTYA 3K00A 4X9TA 4DXUA 3CG1A 4G8NA 4BLAA 3C35A 2BJJX 5DVFA 4OWDA 1LBBA 2OCUA 5I2NB 1MDP1 2NUVA 4F29A 3SDFA 4KQPA 4JBZA 1UTHB 3VLVA 3K1MA 3S9LC 3W9VA 3TTMA 4BDNA 1QW0A 3KJ7A 2DE4A 3RTFB 1LLSA 2QSXA 5CMMA 1YPNA 3KGCA 3G3FA 1POY1 4PP0A 3QAXA 3TTKA 3A3UA 3UORA 4DE8A 1B7ZA 4LATA 3FV1A 4FATA 2XXPA 3LSFB 4RK2A 5DEXB 3V89B 2RC9A 1DTGA 2PMSA 3IB1A 2ZYOA 1NH8A 3KZGA 1N3WA 1GGGA 4NF8B 3N6TA 3IL1B 1PB7A 4OXVA 3FZVA 4MFIA 3CI8A 1B0LA 3JV9A 5AA2A 1N84A 2PYYA 1MM7A 4F1UA 3M3LA 5CMKA 2FYIA 4QSDA 3I5OA 3MQ9A 1D9YA 5IKBA 4KI0E 3G3IA 1LCFA 2QS2A 4EF1A 2YJPA 2QPQA 3MZBA 4OFLA 1I69A 1US4A 2F7CA 3IOWA 4GVOA 2Y7PA 5I56A 1QUJA 3SEYA 1FQDA 5JTYB 4G8MA 3K02A 2DVCA 2Y84A 4X48A 3EHUA 1L5TA 2O1LA 4GD5A 1O63A 1P1OA 2O7IA 2OK2A 3AXFA 3PD9A 3F11A 5AE4A 4OYVA 3LUYA 1M5EA 2ZNSA 3VV5A 2REGA 2UYEA 3QXMA 2OBGA 2F78A 3ECRA 1BIYA 2X26A 3OEKA 4H1XA 2B3FA 2F34A 4U21A 5M2VA 5CBRA 2B65A 3MP1A 1TXFA 2REJA 4H6DA 2XD2A 4JDFA 1QUIA 4ONYA 1QKBA 2Q89A 4QSCA 1ELJA 4F1YA 4H65A 5H8SA 1JVYA 3KOSA 1SQYA 3H03A 5HBCA 1EZPA 5CRYA 5EYFA 2E0SA 5ISUA 4RK9A 2D5WA 3N5LA 4R6HA 4NE4A 3MC2A 4C0RA 4Q0CA 4OFJA 3OEMA 3VXCA 2QMWA 2ESNA 4L17A 4U22A 3KN7A 2I0BA 4OZ9A 2DXYA 3C31A 3FD3A 4BDQA 2W7YA 1P1UA 2UVGA 3N6UA 5AA2B 3S2VA 4IGTA 2CMOA 4YKIA 5KCJB 1MY4A 1H76A 2IA4A 4O3CA 1NFTA 2D21A 1B46A 3PPNA 4EQBA 1JETA 4R72A 3OO9A 1SW1A 1D3KA 1MH4A 3TCHA 5TP9A 3EHTA 4JWOA 4KCDA 3CFXA 1MQGA 5K2YA 4ELPA 5ITOA 3IJOB 3FJMA 2GRVA 4EDPA 1P1WA 1SD3A 4EXLA 3KBRA 4FEDA 4WEPA 2V93A 3PGFA 3S9NC 1M5CA 3FXRA 1VFEA 3SEVA 3THIA 3UGWA 3MVYA 1MY0A 3MP6A 3U94A 2DVZA 3TZAA 1OLCA 4UACA 3MBPA 4YAHX 2F8DA 3FVOA 2O7UA 2ANJA 3QUFA 2Z23A 4I8CA 1NNPA 3UIFA 1GTKA 4ELOA 4KFQA 2PBWA 4DIGA 5B7DA 4F2QA 3MVZA 3EF7A 4JWYA 1DTZA 4KPTA 4QFLA 3TELA 3H4ZA 4RYAA 2VD3A 3MPLA 4DCXA 4XKNA 3TKDA 5BWJA 1MXYA 1WDNA 4TLLB 1MH3A 5DTBA 1SYHA 4G4PA 3O6HA 2HZLA 3CR9A 3H6VA 3OXNA 4BDOA 2V3QA 3T9XB 2QS4A 4P0IA 2UVJA 5FHMA 3WAFA 2I4BA 3FASA 1OMPA 3B6WA 3CVGA 2Q2CA 3CIJA 1IIWA 1Z7ME 2Z8FA 4N13A 3R6UA 3CFLA 3O6IA 3RT6B 3TDJA 3CG3A 4NMYA 3PD8A 2QL3A 5H8QB 2XXTA 1B2HA 2YLNA 1FTMA 3JZJA 1O64A 3M8UA 3E9XA 4RPOA 4OENA 2H99A 3H6UA 5TP9B 2HXWA 4NF4A 1ZIUA 4I1DA 4LA9A 4NWDA 3K1PA 3IO6A 3DP4A 3BBRA 3LR1A 4G77A 1LAFE 1URGA 3PPRA 4DXCA 5CMBA 3M3KA 1FW0A 3FVGA 3FIRA 3P7IA 3IX1A 1JQFA 4NEDA 3TMGA 3R26A 1S50A 5ELVA 3K6VA 5IAIA 2NVUB 1A54A 4TQUQ 2VP1A 5HM4B 1AH5A 2OWTA 5LOMA 1Y3NA 4WXJA 2AYSA 1UTBA 3M3FA 1BKAA 2XXVA 3PMXA 2P1SA 1S9TA 5HPQA 4R6YA 1N7WA 3HHGA 3C33A 3N94A 3FATA 2Q2AA 2ZNTA 3VE1B 2GHAA 2XXHA 4NF5A 3H3GA 2V3TA 3RUMA 3W9WA 1FQBA 1FQFA 4PQJA 2G29A 4U23A 4C1TA 4PFYA 3RNNA 4GXSB 2DSFA 4M1VA 1IITA 2D3IA 1JEVA 2HEUA 4U1OA 5FTIA 1DOTA 1VFDA 4Q5TA 3ILUB 3ODBA 4NTLA 2OWSA 1LB8A 3KN8A 4QHQA 1MM6A 3E3KA 2DXRA 3B7DA 3ILTB 1MY3A 3HO7A 1Q35A 1IXGA 3Q28A 1MXWA 3T93B 1IEJA 4JWXA 1QULA 1PBQA 3GBAA 1YTVA 4I9DA 4NF4B 3QIMA 1Y1ZA 1LCTA 4ZE9A 1DSNA 1IXHA 1DPEA 1JNFA 1I6AA 3KJTA 1MQIA 1B7UA 3RN8A 4IB2A 4EQ7A 3EN3A 4F22A 2I58A 2LAOA 2I3VA 1SW4A 3IB0A 3EQ1A 4OEUA 4Z0IA 3HV1A 3VVFA 2DYXA 2QS3A 3PMWA 5ITPA 3SEXA 4Z7EA 3U92A 3TODA 2P0SA 2X7PA 1OVBA 3KFMA 3TFLA 4QFOA 3H06B 4Q8RA 4KR5A 1B6HA 4E0WA 1M5FA 1UTBB 4IO3A 2XX8A 2Y7KA 3G3JA 1TFAA 3PPOA 3SETA 2XHDA 3G3KA 2Q8JA 1NMUA 3LSWA 2DP8A 4NF5B 3O97A 4P0GA 1FQCA 3S9EA 3GLBA 1OLAA 1IXIA 1LFGA 3KEIA 2O84X 2GH9A 3LC8A 3ONMA 4OHNA 2I6EA 4ZZEA 1IZ1A 1EH3A 3GXAA 5I84A 4LONB 4MH5A 4ZEFA 4BDRA 4ISUA 3PUXE 2Q88A 4OMBA 3LBSA 3OD7A 3BFUA 2ONKE 2IEEA 2O51A 3V8XB 2HQ0A 3QYTA 1WVJA 3TPAA 3MZ9A 3G3HA 2X7QA 3PUVE 4R6KA 2O1MA 5DVIA 2DS9A 1KWHA 4N07A 3T9UA 4IGRA 5F7VA 3ZSFA 3O28A 1A7LA 4ZEKA 3U8QA 4H5GA 4DCYA 1GV8A 2F5XA 3K6XA 3HSTA 4ZEBA 3SEWA 2HCAA 5EHSA 4I62A 2QRYA 3K01A 4YKJA 1B05A 4OQOA 2A5TA 1URSA 3K6WA 4F3PA 3RGYA 4LZ7A 3UA8A 4RPNA 2PVUA 2F7BA 4FJPA 2XX7A 4OFOA 2FA7A 5H8NA 2O69A 2RCAA 3L6HA 4LQ5A 2DWJA 4EQ9A 2XXYA 4NF6A 3MVXA 3IO4A 4JB7A 4GL8A 1ZJLA 4BDMA 4TOZA 2O68A 5CBSA 1ZU0A 3Q26A 4OEVA 2OLBA 4KHZE 3T9HB 5DVJA 1YAEA 1Q1KA 1HSEA 1BP5A 1N04A 3IJXB 4NWCA 1LGBC 1B3LA 1XVYA 1AIVA 1P1QA 1WODA 3FVKA 2ZMBA 5FHNA 3ZKKA 4G2ZA 3TAJA 1XC1A 5I56B 3IAZA 4MF3A 1J1NA 1N76A 1Y4TA 4G68A 3MZ1A 1PEBA 4DXBA 1RYXA 3VVDA 1Y3PA 1BTJA 4P11A 1QKAA 5L9MA 3MW0A 1A55A 1I6QA 3FGSA 1PB8A 1MY1A 4GQOA 4POWA 2KLFA 4GWOA 2ZNUA 1GVCA 2V3UA 2H98A 1CE2A 4KYSA 4HTGA 4R74A 2QJEA 3PMVA 4R73A 1MRPA 4HS7A 2E1SA 1B40A 2ABHA 4HCWA 3FXQA 3IB2A 3VFJA 4OTEA 2NOOA 3IOUA 1VE4A 4H8IA 4QSEA 1QUKA 1T0KA 2A5TB 3QK6A 3RLFE 3K1NA 1B1HA 4G68C 2I49A 3BKIB 4KD5A 4ZDMA 1H43A 5H8FA 3BFTA 3UK4A 1P1NA 1QJMA 5ICQA 4GIZA 3SERA 5H8NB 2Y7WA 4O3BA 4YMBA 1B3EA 3CRBA 3OO7A 1D4NA 2AL4A 1FQEA 5J1DA 1GR2A 1II5A 2V84A 3USDA 3VLUA 1US5A 4GFRA 4LVQA 4IO5A 4WEDA 5KDTA 5I2NA 3HN0A 4IO2A 2R9JA 3D4GA 1MQDA 4H5FA 1ZMGA 4RA1A 1YCJA 1Y20A 2XXXA 3VXBA 1MQHA 5H8HA 3H6TA 4LZ8A 1CB6A 1MG1A 4G68B 4YZZA 1FTKA 1ANFA 3B6QA 2DQVA 3E13X 1XHYA 1B9JA 3KSJA 1H45A 5ICTA 1Y4CA 5L9OA 1B5JA 1LAGE 3QSLA 4H8JA 1MXVA 4ECFA 4F3GA 4ZEIA 3MP8A 1H3DA 1MS7A 3H6WA 3K2DA 1A40A 4IY5A 4YKKA 1FTJA 3G3GA 3RQTA 1M5DA 5I59A 5AA2D 3OO6A 3RTWB 3W15C 4NF8A 1R9LA 2I0CA 2VD2A 5TPAA 3A09A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QUJA 2FNCA 5EHMA 1TFDA 1MY2A 4DI3D 3WAEA 2Z22A 3PUZE 3IR1A 4JSDA 4F19A 3EHSA 3MUQA 1B52A 1JVXA 4X1DA 4N6KA 3TCFA 3ZS6A 1OQHA 5AA1A 1PB9A 4R75A 2QVRA 4YMAA 4TLMB 3KC0A 2OZZA 1JW1A 2AL5A 3FJ7A 3MSTA 3HPIA 4QFKA 1MXXA 2PFYA 4P3LA 3O29A 1PDAA 3OSRA 2F6GA 4N6DA 4G8HA 5BUUA 4YB7A 3KC1A 4GWUA 2B4MA 4IO4A 2H9BA 4OVTA 1AMFA 3C4MA 5KDTB 4ELRA 2UVHA 1LSTA 1XOCA 4M4GA 2G93A 3T96B 2WX9A 4I3YA 5H8HB 1JEUA 2XWKA 1VSOA 1FPEA 4YB6A 2QMXA 1IMFA 3GZGA 1LFHA 1B1XA 1N3XA 1TT1A 3Q27A 3SEUA 4U1ZA 2HAVA 2XXWA 3KSXA 4MJOA 4OESA 4KYDA 4ZS9A 1FQAA 2WEFA 2H5YA 4PBHA 4U2RA 4ZE8A 4OETA 4DZ1A 4IO7A 4XKQA 3OSQA 5CM6A 1USYH 5A5XA 4XKRA 2VHAA 4IY6A 4ZECA 4RXLA 3VDFA 2F36A 1YXIA 4F31B 1ZLQA 4R9FA 1B4HA 2P2AA 2WBBA 4MLVA 1B5HA 3TTNA 2RC8A 1FCKA 1A8FA 5I59B 3PUWE 4C1UA 4HCYA 4JVCA 3EPEA 4PFUA 3DM0A 2NWJA 2WKYA 3T66A 2A5SA 1XS5A 2F6PA 3R7XA 1RYOA 2RF1A 5TPAB 3JYRA 1OQGA 1H44A 1B4ZA 4PFTA 3CSGA 3OELA 4EF2A 1LAHE 2QVVA 2XXQA 2ZYKA 3S9MC 4THIA 5CI5A 2CZKA 2ZYNA 2KQZA 1VR5A 2ONRA 4N6PA 3U93A 4GRKA 3ZKLA 4PCDA 4N8YA 2DE3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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