1R9QA

Structure analysis of prox in complex with proline betaine
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
ADLPGKGITVNPVQSTITEETFQTLLVSRALEKLGYTVNKPSEVDYNVGYTSLASGDATFTAVNWTPLHDNMYEAAGGDKKFYREGVFVNGAAQGYLIDKKTADQYKITNIAQLKDPKIAKLFDTNGDGKADLTGCNPGWGCEGAINHQLAAYELTNTVTHNQGNYAAMMADTISRYKEGKPVFYYTWTPYWVSNELKPGKDVVWLQVPFSALPGDKNADTKLPNGANYGFPVSTMHIVANKAWAEKNPAAAKLFAIMQLPVADINAQNAIMHDGKASEGDIQGHVDGWIKAHQQQFDGWVNEALAAQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Protein binding
source organism Escherichia coli
publication title Cation-pi Interactions as Determinants for Binding of the Compatible Solutes Glycine Betaine and Proline Betaine by the Periplasmic Ligand-binding Protein ProX from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycine betaine-binding periplasmic protein
total genus 112
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r9qA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 1r9qA02
3IAZA 4XKRA 2XXXA 2A5TB 2XX9A 1MY2A 4XIGQ 3CIJA 2HEUA 2W7YA 2H25A 3CR9A 1SQYA 3FZVA 1ELJA 4ESXA 2Y84A 2WKYA 2ZYKA 1A55A 5AA2A 3S9MC 3HO7A 1P1QA 3RT8A 3SETA 3PUWE 2DYXA 3CFLA 3MPLA 3VXCA 4ELOA 4IO5A 4F2OA 5H8FA 3T66A 4Q8RA 5TPAA 5FHMA 4XTCQ 3SEWA 1NH7A 3KSJA 1H43A 5JEIA 1D4NA 4GLIA 4TQUQ 2I58A 2UYEA 3R7XA 1DPPA 3G3GA 4NEDA 2UXAA 3QAXA 2F36A 3R26A 1MXYA 3K6VA 3ZS6A 5DVIA 4Q0CA 2RCAA 1T0KA 3L6GA 4GXAA 5KDTA 1MXUA 2AL4A 3VVDA 1P1NA 4QFPA 4MFIA 5H8NA 4F3BA 4X48A 1PDAA 2Q89A 3SEVA 3MAMA 4R6YA 5H8QA 2OZZA 4YU0A 4NF6B 3MBPA 2XXPA 2GHBA 1SI0A 3JV9A 1NL5A 4IY5A 5DVFA 4IB2A 5ELVA 3LC8A 3M3LA 4HTGA 4OZ9A 1RKMA 4DXCA 3VLVA 1MM6A 4F22A 3OXNA 1JW1A 4OENA 4RPOA 5I2NA 1MQDA 1FTKA 2DE4A 3UGWA 3CRBA 4H6DA 1P1OA 1B0LA 3LSFB 2XHDA 3OO6A 4QF9A 2I6EA 4YKIA 2XX8A 3U8QA 4KI0E 3KZGA 4P0IA 4L17A 1M5FA 3UORA 2NXOA 3JZJA 5L9MA 3H03A 5K2YA 2I3WA 1SYHA 3LSXA 1GV8A 3TCFA 4BDNA 4FAJA 5I2KA 1MXWA 3IL1B 3TCGA 1MQGA 3N6TA 3IOTA 2F6GA 2FA7A 2XXIA 1O63A 3CSBA 4GOTA 2I49A 3IX1A 4RJZA 5I57A 1FQAA 1B6HA 4YKKA 5CBRA 3MZ1A 3GBBA 2QS2A 1JEVA 4GF8A 3DLNA 5DEXB 1UTBB 4G77A 3MZ9A 3E3KA 4Z7EA 3PPRA 3PUXE 3K4UA 2XXHA 2H9BA 3IB2A 3H06B 2CMOA 4POXA 1FTJA 4GQOA 4NF8B 3U72A 3K01A 4R9FA 3U1OA 4BDMA 4NF4A 1YCJA 3MW0A 3O9PA 1MH3A 4NF5B 1MPCA 3IJXB 2R9JA 1OVBA 1HSLA 2Y7WA 3S9LC 4FECA 1BKAA 2O1MA 5ICTA 4JBZA 1SYIA 2NVUB 2HFBA 3OMBA 2H5YA 1FQBA 4ZE9A 1FTLA 4BDOA 2Q8JA 4GFRA 5BUUA 5F7VA 1S50A 2AYSA 1MH4A 1IQ7A 2HZLA 3K1NA 1B7ZA 1Y1MA 2AIXA 3VXBA 4ZZEA 4U4SA 1O64A 1QJMA 2ALUA 1PB7A 1UQWA 1M5DA 1M5BA 4C0RA 1F9BA 4OEVA 3MPKA 2DQVA 1IXGA 4RXLA 4KD5A 3VVEA 4DZ1A 4IGTA 4R9GA 2XX7A 1GVCA 1H45A 2ONSA 2P2AA 1AH5A 5A5XB 1B4ZA 4OYVA 3THIA 3ONMA 3ZKLA 4IGRA 4M4GA 2O84X 1YPNA 1IXHA 1B3GA 1N0TA 4N13A 1MQIA 3FUZA 3OO9A 1FQCA 5AA2D 5CRYA 1ZU0A 3FVGA 2PMSA 1IEJA 3UK4A 3SKPA 3F11A 2O7IA 4IO2A 1LFHA 5AA2B 1LB9A 1JQFA 1AL3A 1B51A 4LATA 4I1DA 1QUIA 3W15C 1FW0A 3TZAA 4ZEKA 3T9XB 3ZSFA 3I6VA 5H8FB 4P0GA 3MQ9A 4Z0IA 4F2QA 2Q2AA 1LSTA 3KJ7A 4KYEA 5TPAB 3EQ1A 2D5WA 3AXFA 5AA4A 4X1DA 1DTGA 4EF1A 1MQJA 3TEPA 1FQFA 5TU0A 4RA1A 1IXCA 2OWSA 4OETA 1JNFA 4ONYA 1BTJA 2B3FA 2RC7A 2Y7IA 1M5CA 3FVKA 5KDTB 3LSLA 1QKBA 2DS9A 1ZTYA 3UIFA 3V5AA 5H8NB 2D3IA 3PUYE 2DVCA 1R9QA 2VD3A 4LA9A 1WDNA 1MS7A 3LUYA 4GXSB 3QUJA 2I4BA 2THIA 1MXZA 1S9TA 3KOSA 2IEEA 2RCBA 4DCXA 1TFDA 2GH9A 4LQ2A 2REJA 1NNPA 5I56B 4RY1A 2DE3A 2YJPA 4YKPA 4GL0A 5I2NB 1R9LA 2QMXA 3O66A 5HPQA 2VOZA 2LAOA 4DDDA 4R74A 4OESA 3TDJA 3PPQA 2XXUA 1TXFA 1IIWA 3KG2A 3K00A 3EN3A 2UVGA 2ZNSA 3B6QA 1CB6A 1IUDA 3KJTA 3SEYA 3C36A 3IO6A 1OQHA 5I2KB 4UA8A 3FXRA 2V93A 4H5FA 3B6WA 4M1VA 4RNSA 4LONB 4IY6A 5I57B 3IB0A 2Z8FA 3HN0A 3S9NC 3USDA 2I0CA 2XD3A 3C35A 4GWOA 3E9XA 2PX1A 5L8DA 1JW4A 1XC1A 1DMBA 4HS7A 2H98A 2V3QA 4G8HA 1N84A 4RK2A 3VV5A 2H99A 4NF4B 4ECFA 1ANFA 4O3AA 2QRYA 1OQGA 3U92A 3K1PA 3A09A 1GTKA 4PFTA 3MC2A 4YAHX 3G3FA 2REGA 1H76A 3PPOA 1XVXA 1Y20A 3E13X 3OSQA 3I3VA 4HCYA 3PPNA 4ZDMA 2F97A 1B5HA 2F7CA 5JTYA 4WEDA 2NOOA 2AL5A 3TTRA 5J1DA 4FJPA 3MZBA 4U4XA 1MPBA 3O28A 5H8HA 4OERA 2XXRA 5I59A 1NNTA 1NMUA 1USYH 4MBPA 4Q5TA 4KCCA 2F78A 4G8NA 2DE2A 1XOCA 4QSEA 5DTBA 2R71A 3D4CA 3M3FA 4MLQA 2V25A 3U93A 1A8EA 2R6GE 3PU5A 4KYDA 5EHSA 1GR2A 3C34A 3T96B 2ZYOA 4ELQA 1FCKA 4QFNA 3DP6A 2HAVA 1B58A 3T9HB 4DXBA 3TTNA 1P99A 2Y7PA 3ECRA 4PETA 4UACA 3EF7A 1NFTA 2DWJA 3O29A 4IO3A 1DOTA 5K2XA 4POWA 3K6UA 1B9JA 2I3VA 4O3BA 1RYOA 4U22A 4GL8A 1LLSA 2P1SA 4H8IA 3RLFE 4OFJA 1H3DA 1B5JA 2GHAA 3PMXA 1D9VA 2GFEA 1N76A 1UIUA 5CM6A 4EQ7A 3M8UA 5AA4B 4ELPA 3PPPA 4XKQA 2RKMA 3H6WA 2QS3A 2Q9TA 1R1NA 3H3GA 3IR1A 1LFGA 1B5IA 2ONRA 4RYAA 1M5EA 1FQEA 3DM0A 3N26A 1BLFA 1Y4TA 3QK6A 4G68A 2V84A 3H6VA 3V89B 4JWOA 5AA1A 3FATA 2ZYMA 1Q1KA 5IKBA 1TWYA 3TKDA 4C1TA 3MVWA 4X9TA 2F35A 2E1SA 3VLWA 1SD3A 3KN8A 1J1NA 2HQ0A 1A7LA 1B3FA 3SDFA 5FTHA 1B3LA 1DSNA 4EF2A 3W9VA 1ZKBA 1I6QA 3CFZA 3KEIA 4LVQA 1NNKA 3P7IA 2A5TA 4OWDA 4RK9A 2RINA 3SERA 2XXTA 5CC2A 5EYFA 1LBBA 1Q35A 1JETA 3FV2A 3QXMA 4OEUA 4ELRA 1AMFA 2VP1A 1PBQA 1MDQA 4PE5B 2F34A 3HCQA 3I5OA 2UYFA 1US5A 4ZEIA 1QUJA 2OBGA 4PFWA 1OVTA 3S4UA 1WVJA 4R73A 3K6WA 2Z8DA 1CE2A 4NWCA 3HPIA 4F1VA 3TTMA 1IZ1A 4U1ZA 4PP0A 3CVGA 2X26A 1A99A 3CFXA 4EXLA 3K0VA 1XVYA 3GBAA 3RPWA 3TYHA 4LUBA 3TQWA 4DCYA 1P1UA 2ABHA 3PMVA 3T93B 3EHUA 3G3KA 4X1BA 5B70A 3IOWA 3E4RA 1ZLQA 3RN8A 1MXXA 3B7DA 3FJGA 3U94A 3OOAA 3CI8A 4NF6A 4ND9A 4G4PA 4AB6A 5DVJA 1EZPA 4NMYA 5JTYB 1IXIA 3OEKA 1POY1 1B32A 4ZEDA 1JVYA 2A5SA 3FVOA 2XXQA 1D3KA 4DLDA 1I6AA 2F5XA 3MP8A 5H8HB 5I59B 1URSA 1VSOA 1LGBC 2I0BA 3KFMA 2QS1A 3GLBA 1B3EA 1POTA 4JSDA 2PBWA 4TLLB 4IO7A 1EH3A 2F7AA 3OEMA 3A3UA 3UP9A 4H8JA 1IITA 1XHYA 3IOVA 3VLUA 2G93A 2QMWA 2CZLA 2PYYA 1B2HA 2OJTA 3BKIB 3DP8A 2RC9A 3TUSA 3GXAA 5H8QB 1FTMA 3GZGA 3MVYA 2UVJA 3SEXA 2NWJA 3IK6B 3O6IA 1PC3A 4QFKA 3KN3A 2Q88A 3QSLA 2P0SA 4YB5A 1LCFA 4FATA 3K2DA 1DPEA 2QL3A 1NNFA 4QSDA 4NTLA 4PFUA 4TOZA 4U1OA 5CMMA 1N3XA 4AQ4A 4G8MA 5CMBA 1SBPA 3TPAA 4GD5A 4F1UA 3SEUA 1EU8A 2I48A 3MVXA 3RTWB 4NE4A 2DXRA 4QSCA 2D21A 4OMBA 3N94A 2VHAA 4NF5A 1Y4CA 4ESWA 1YTVA 5KCJA 4FE8A 4F31B 1OMPA 3ZKKA 3UN6A 3MP6A 1MY3A 3IB1A 2ZNTA 2RF1A 2O6AA 2QS4A 3OELA 3Q25A 3FXQA 4JWXA 3H7MA 5LOMA 3BFTA 1PB8A 1JEUA 3JYRA 3L6HA 4EXKA 3O97A 1VFEA 1URGA 4G68B 4ISUA 5BWJA 1D9YA 1VFDA 3Q26A 4EQBA 4JXIA 1NKXA 2GRVA 3LSWA 1UIVA 1LBCA 3R6UA 2XXVA 1B46A 2Y7RA 4ZE8A 3T9VA 1L5TA 4H67A 3HSTA 4K3FA 2HZKA 3BFUA 4AB5A 3PUVE 2HAUA 5TP9A 1XT8A 1JVXA 3OENA 1EZ9A 5CBSA 2QPQA 1N7WA 2KLFA 3RQTA 1ZBMA 1SDXA 4BDRA 1PBPA 1Y3QA 3BBRA 1SW5A 4F1YA 5FHOA 4LZ5A 1LAFE 1B4HA 2DSFA 4XXUA 3TQLA 2ZXTA 1SW2A 3RGYA 3TFLA 2V3TA 3VDFA 3VVFA 5HBCA 1URDA 1SI1A 3FJMA 2QSXA 3HHGA 4LZ8A 5FTIA 4LZ7A 4R6HA 1QVSA 4R75A 3QIMA 1OIBA 3ILTB 4YKJA 4U21A 4FORA 3ILUB 3T9UA 3IORA 4G68C 1HSJA 4NWDA 3PD9A 3FIRA 5M2VA 3LBSA 3H4ZA 1MG1A 3KGCA 1B1XA 1Y9UA 2ZMBA 3LR1A 4F39A 4I8CA 3V83A 4OQOA 1PB9A 3O6GA 3TTLA 4EQ9A 3RNNA 3KOTA 3HHFA 4HCWA 1LB8A 2NUVA 2BJJX 4I9DA 4KQPA 2RC8A 4OFLA 4EDPA 1LAHE 5CMCA 4KYSA 5I56A 3TMGA 2VD2A 4KFQA 3TELA 2ANJA 4H65A 4TLMB 3K02A 2X7QA 1AOVA 4QFOA 4F3GA 2Q2CA 4YICA 3SESA 3PMWA 1XS5A 4F3PA 3FGSA 2F8DA 4E0WA 4BDQA 1Y3NA 4N07A 4U2RA 1AIVA 3M3KA 1II5A 4YMAA 4OVJA 4QRZA 3H6TA 3W9WA 3WAEA 1ATGA 1A8FA 2F7BA 4I62A 1LFIA 4R6KA 5JK4A 1TT1A 1FQDA 3C9HA 5L9OA 4G2ZA 3CG1A 3RT6B 1KWHA 1B0HA 1A40A 2OK2A 1MM7A 1QKAA 1UTHA 4FIMA 5FHNA 1H44A 4THIA 4OFOA 5AE4A 4QHQA 5ITPA 4DXUA 4P11A 3KSXA 2PT2A 1VE4A 4U23A 3ODBA 5I58A 4F18A 5F1QA 3C33A 2YLNA 4HW8A 1B1HA 2OLBA 4OHNA 3UA8A 5H8SA 3IJOB 4DIGA 4LP2B 1LAGE 2XXYA 1B7UA 2X7PA 4MLVA 1SW1A 2Z8EA 4N6PA 1NH8A 1QUKA 1MQHA 3V8XB 1P1WA 5IAIA 5CI5A 4PQJA 4F19A 1TFAA 4JB7A 2DP8A 3DP4A 3RUMA 3FVNA 4ZS9A 4JWYA 1BIYA 3KBRA 4LQ5A 1ZJLA 4DE8A 5KCJB 2B3BA 2O7UA 3FV1A 2PVUA 1ZMGA 3C32A 2DWHA 4IO4A 4FEDA 3QUFA 3KN7A 2O51A 5L9SA 3EHTA 4H0WA 3FD3A 2DWAA 2B65A 1USYE 4F3SA 2HCAA 3PV0E 1O7TA 3OO7A 1MPDA 1FTOA 4F29A 4E0XA 5B7DA 1LAXA 2ONKE 1Z7ME 5I84A 1BP5A 1B7HA 1I6BA 3C4MA 4ZECA 4YZZA 1R6ZA 2Z22A 2XXWA 4RPNA 1N7XA 1HSEA 1EZOA 3CSGA 4WKMA 5TP9B 3K1MA 4JSOA 4FEBA 2ESNA 3Q29A 4KHZE 3DELB 4YMBA 5ITOA 2G29A 1QW0A 1MY0A 2UVHA 3CG3A 3VE1B 2M8CA 4GIZA 3RY3A 4BLAA 3RTFB 1OLAA 1JW5A 4IO6A 2QJEA 2OWTA 2F6PA 1B05A 1A54A 3VFJA 3IO4A 3G3JA 1GGGA 3S9EA 1I69A 2O68A 3HV1A 4WXJA 4XKPA 4YB7A 3OO8A 4BDLA 4KR5A 3MUQA 3B6TA 5AA3A 3Q27A 3S2VA 4QFLA 3FJ7A 4GRKA 2I4CA 2ZNUA 2DOJA 2PT1A 3H6UA 1DTZA 4Q30B 4EUOA 2YPNA 4XKNA 4MH5A 3Q28A 4KPTA 1US4A 5HM4B 2IA4A 2O69A 2VGQA 4H5GA 3MP1A 2FYIA 3G3HA 2XD2A 4YB6A 3MWBA 5DT6A 2DWIA 4OXVA 1B3HA 3D4GA 5ICQA 3TCHA 3FXUA 1B52A 1RYXA 5KZTA 1OLCA 1B40A 3A3CA 2DVZA 5CMKA 3QYTA 3FASA 3PGFA 5DEXA 3MVZA 1UTBA 4R2BA 2ZYNA 3IOUA 1VR5A 1QULA 1ZIUA 2H4IA 3G7WA 1Y3PA 1YAEA 1MY1A 1SW4A 2DXYA 3EHSA 2FNCA 4NF8A 1MXVA 2Y7KA 4OTEA 3C31A 3G3IA 1Z7NE 3N6UA 5EHMA 4ZZAA 3N5LA 3OD7A 2Z23A 3PUZE 1Y1ZA 1N3WA 3EPEA 2HXWA 2V3UA 4KCDA 3TTKA 3O2AA 1MY4A 1WODA 3TODA 1N04A 1UTHB 4WEPA 2UVIA 2OCUA 3T22A 1LCTA 1SVXB 5I58B 4PFYA 2O1LA 5ISUA 5DYHA 1MDP1 3WAFA 3K6XA 4GVOA 3O6HA 3PD8A 2E0SA 4O3CA 4R2FA 4C1UA 4MF3A 4ZEBA 1S7YA 1MRPA 4ZEFA 4JDFA 1PEBA 4H1XA 3OSRA 4R72A 3TAJA 5A5XA 3MJNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IAZA 4XKRA 2XXXA 5FBPA 2A5TB 2XX9A 1MY2A 4XIGQ 3CIJA 4N15A 2HEUA 2W7YA 5LTCA 2H25A 3CR9A 1SQYA 3FZVA 1ELJA 1IMAA 4ESXA 2Y84A 2WKYA 2ZYKA 4N8GA 1A55A 5AA2A 3S9MC 3HO7A 1P1QA 3RT8A 3SETA 3PUWE 2DYXA 5ET6A 3CFLA 3MPLA 5I3SA 3VXCA 1FPIA 4ELOA 1YZ0A 1CNQA 4IO5A 4F2OA 5H8FA 3T66A 4Q8RA 1NV7A 5TPAA 5FHMA 4XTCQ 3SEWA 1NH7A 3KSJA 1H43A 5JEIA 1D4NA 4GLIA 4TQUQ 2I58A 2UYEA 3R7XA 1DPPA 5IZZA 3G3GA 4NEDA 2ZZWA 2UXAA 3QAXA 2F36A 2P3NA 3R26A 1MXYA 3K6VA 4I3EA 3ZS6A 5DVIA 4Q0CA 2RCAA 1T0KA 3L6GA 4GXAA 5KDTA 1MXUA 2AL4A 3VVDA 1P1NA 4QFPA 4MFIA 5H8NA 4F3BA 2PCRA 1PDAA 4X48A 2Q89A 3SEVA 2WEFA 3MAMA 4R6YA 5H8QA 2OZZA 4YU0A 2WYPA 4NF6B 3MBPA 2XXPA 2GHBA 1SI0A 3JV9A 1NL5A 4IY5A 5DVFA 4IB2A 5ELVA 3LC8A 3M3LA 4HTGA 4OZ9A 1RKMA 5IZ1A 4DXCA 3VLVA 1MM6A 4F22A 3OXNA 1JW1A 4OENA 4RPOA 5I2NA 1MQDA 1FTKA 2DE4A 3UGWA 3CRBA 4H6DA 1P1OA 1B0LA 3LSFB 2XHDA 4LN5A 3OO6A 4QF9A 2I6EA 4YKIA 2XX8A 3U8QA 4KI0E 3KZGA 4P0IA 4L17A 1M5FA 3UORA 2NXOA 3JZJA 5L9MA 3H03A 5K2YA 2I3WA 1SYHA 3LSXA 1GV8A 2Q8MA 3TCFA 4BDNA 4FAJA 5I2KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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