1R9QA

Structure analysis of prox in complex with proline betaine
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
b'ADLPGKGITVNPVQSTITEETFQTLLVSRALEKLGYTVNKPSEVDYNVGYTSLASGDATFTAVNWTPLHDNMYEAAGGDKKFYREGVFVNGAAQGYLIDKKTADQYKITNIAQLKDPKIAKLFDTNGDGKADLTGCNPGWGCEGAINHQLAAYELTNTVTHNQGNYAAMMADTISRYKEGKPVFYYTWTPYWVSNELKPGKDVVWLQVPFSALPGDKNADTKLPNGANYGFPVSTMHIVANKAWAEKNPAAAKLFAIMQLPVADINAQNAIMHDGKASEGDIQGHVDGWIKAHQQQFDGWVNEALAAQK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cation-pi Interactions as Determinants for Binding of the Compatible Solutes Glycine Betaine and Proline Betaine by the Periplasmic Ligand-binding Protein ProX from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycine betaine-binding periplasmic protein
source organism Escherichia coli
molecule tags Protein binding
total genus 112
structure length 309
sequence length 309
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1r9qA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 1r9qA02
3O6GA 1TFDA 3LR1A 4R75A 1N3WA 3P7IA 1XVYA 4XKNA 2OLBA 5FHNA 3OSQA 3FVGA 1B5HA 4ZEIA 3MQ9A 3FVKA 2RC9A 1H3DA 4JB7A 1GR2A 4F3GA 4DCXA 3EHUA 2I6EA 1VE4A 2O7IA 1WDNA 2R71A 2I4CA 4PP0A 4Q0CA 4GFRA 4TOZA 4G68A 3K1MA 3I6VA 3HSTA 2XXTA 2RCBA 1QULA 4XTCQ 3O66A 1ANFA 3ONMA 1USYH 1JEUA 2XXPA 4KD5A 4KR5A 4U4XA 3S4UA 1FQDA 3U1OA 3MUQA 3LSWA 2PX1A 4R6HA 3H06B 1B32A 4EXKA 4H0WA 5I57A 1I6BA 3TUSA 2ALUA 3O2AA 4QSEA 3HO7A 5EYFA 4QSDA 4LZ5A 2V3QA 2X26A 2CMOA 4U23A 1P1QA 3ZKLA 5I2NA 3MVWA 2HAVA 3H6UA 1UTBA 3IJOB 1B2HA 4FECA 3DP4A 1S7YA 2O7UA 4MLQA 1MQDA 1DPPA 5BWJA 2CZLA 2Q8JA 4OENA 2W7YA 4E0XA 1LFGA 3DP8A 1SBPA 3K4UA 3G7WA 4R2BA 2Q2AA 1EZOA 2Z8EA 1D9YA 2NUVA 5ELVA 3MC2A 1ELJA 3UIFA 5I58B 3W9VA 2P2AA 2F6GA 1SYHA 2GFEA 4F1YA 1MXWA 1FQEA 1SW1A 4EQBA 2NXOA 3K00A 4OMBA 1QUKA 2F78A 1LAGE 4NF4B 2F5XA 2XHDA 2XX7A 2V84A 3DP6A 3SESA 5K2XA 1B7UA 1UTHA 1Z7NE 1B1HA 3PUXE 1HSEA 5CBSA 1FCKA 4QFNA 4KQPA 1MXXA 3MWBA 2XD3A 5I2KA 1LCTA 3DLNA 3QXMA 4GQOA 3N26A 3JV9A 4XKRA 3U8QA 3IJXB 3A3UA 2I4BA 4G8NA 4GD5A 1MM7A 1B3GA 2Y84A 5TP9B 3TCFA 3QYTA 2Y7KA 4H1XA 3CVGA 3K6UA 4NF5B 4IO2A 5H8NA 3PPOA 4ND9A 4EUOA 3VLWA 5DTBA 1R1NA 2REJA 3Q28A 1ZIUA 4F39A 5CMBA 3G3JA 3S9EA 3KOSA 2PVUA 1MY2A 3EHSA 1B5JA 5H8QA 2FNCA 1NH7A 3C36A 3V5AA 4YKKA 2DWAA 1JVXA 4LA9A 1HSJA 3W15C 3GBBA 1WVJA 2VP1A 2XX9A 1Y1MA 4RA1A 4HW8A 4GOTA 1POTA 1MXUA 3C31A 2IA4A 3CIJA 3RQTA 1IQ7A 2ONSA 1P1WA 2H4IA 2UYEA 2H5YA 4I9DA 4DCYA 3ILTB 4JSOA 1MS7A 4O3BA 1GTKA 1H44A 3VFJA 1Y3QA 3RY3A 1D4NA 4F1VA 3TODA 4AB5A 1B40A 4EQ9A 1MY1A 1UQWA 3HHFA 1QW0A 3FUZA 2F7AA 3BFUA 4DE8A 3IORA 4BDQA 5DVJA 4PFYA 4X1BA 5CC2A 2DE3A 1YAEA 3MBPA 5CRYA 3G3GA 1XOCA 1LB9A 4NWDA 5KCJA 3C34A 1I69A 5AA4A 4KPTA 4OYVA 3MZ9A 3TTKA 1TFAA 3QUJA 5BUUA 5IKBA 1N7WA 3N94A 4QHQA 3PMXA 4O3AA 1A7LA 1FQBA 3QAXA 1QJMA 1Y1ZA 4PETA 1Y3NA 1MQHA 2H9BA 1DMBA 4FORA 3L6GA 4NE4A 5L8DA 1USYE 1FTMA 1RKMA 3FJGA 2DP8A 4G68B 5L9MA 3N6UA 2ZYOA 3WAEA 1B4ZA 4ZE8A 4AB6A 3TYHA 4R72A 3RT6B 1MPCA 1US4A 3SEUA 3SEVA 3H3GA 4F3SA 1VFDA 5AA2A 3KEIA 4IGRA 4BDRA 3FV2A 4H8IA 4OVJA 3PPQA 3U94A 2ZNUA 3MPLA 3SEXA 3UN6A 4R9GA 3I3VA 1O7TA 3KZGA 3Q27A 1FTJA 3TCHA 2A5TA 5I2NB 4OETA 1URDA 5KDTA 1UTBB 2Y7RA 1M5BA 3VE1B 4KCDA 2IEEA 2O1LA 4YAHX 1IXIA 1ZU0A 1N3XA 1I6QA 3SETA 3OSRA 4Q30B 1B05A 3M8UA 4MBPA 4ELPA 3FXQA 1JVYA 3T9XB 4OERA 3H6TA 4IO3A 4GL0A 3FV1A 3UP9A 3A09A 4BDMA 3PUZE 4LUBA 1Y20A 1H76A 4OFJA 3FATA 4NF8B 1YPNA 4ZDMA 1FTKA 1PDAA 2QSXA 4C0RA 3HV1A 1R9QA 1MH3A 3OO6A 3S2VA 2DOJA 1LFIA 1Q1KA 3IOUA 3JZJA 4F2QA 2THIA 1DTZA 4YB6A 4YB7A 4YICA 2ZNSA 4U1ZA 3W9WA 3FJ7A 3CG3A 4ESXA 5L9SA 1SQYA 3M3LA 4F19A 3V83A 4C1TA 3K2DA 4LZ7A 1PC3A 2PYYA 2I49A 5I2KB 1BTJA 4I8CA 1JNFA 2B3BA 3FJMA 5I59A 2Z8FA 4F31B 1P1NA 1B7HA 4MLVA 3QIMA 2I3WA 4FE8A 3RGYA 1N04A 1D9VA 5H8NB 5DEXA 2ONRA 2QPQA 1OQGA 4R74A 4JDFA 3SKPA 4UA8A 1FTOA 4P0IA 3VXBA 3K1PA 2F6PA 2QL3A 2Z22A 1CE2A 4U2RA 3PGFA 2G29A 1B4HA 3WAFA 1M5FA 1NNFA 4WEPA 1POY1 1PBQA 1EU8A 4RK2A 4ZZEA 3PUVE 3K1NA 2RKMA 1SI0A 4GLIA 5CBRA 3PD8A 3OO8A 4NWCA 3IOVA 2P0SA 5K2YA 2YJPA 5B70A 3H6WA 1N7XA 1B9JA 1B6HA 3RNNA 3RPWA 2ANJA 2V93A 3CFXA 2Q89A 5FHOA 4YMBA 3O29A 4IY6A 1B52A 2OWTA 1Y4CA 1WODA 1T0KA 4DXBA 3MW0A 3CSGA 5AA1A 5I84A 2AYSA 1URSA 3S9MC 2QS4A 3RN8A 5KCJB 3MAMA 1IXGA 1ZJLA 5M2VA 3TTLA 4G2ZA 4FEBA 1QVSA 4XKPA 3K6VA 4O3CA 1GGGA 1Y4TA 2XXHA 1OMPA 1M5CA 3D4GA 4L17A 3SEWA 2RINA 2V25A 2XX8A 3VVEA 4RPOA 1H43A 4THIA 4F3BA 3R26A 2I0CA 1IUDA 5ICQA 3N6TA 3KG2A 2VD2A 1A99A 1B3HA 5TPAA 3K6XA 3EF7A 1P1UA 2O51A 4LVQA 4UACA 2REGA 3IO4A 2QJEA 2GHAA 4ZE9A 5FTIA 1H45A 1N76A 4G77A 3TTRA 1S50A 4GF8A 4N13A 3L6HA 4FATA 3C9HA 1B1XA 4H5GA 3IB1A 1YCJA 3TELA 3VLUA 5AA2B 5EHSA 1NKXA 4DXCA 2DWIA 3OEMA 4EXLA 3O6HA 4YB5A 3LC8A 1NL5A 1B3LA 3MVYA 2Y7WA 2XXRA 4GXAA 3MP6A 1FQCA 1LAHE 1P1OA 3ZS6A 3MVXA 3O6IA 2UXAA 2OJTA 2DS9A 1LBBA 3HN0A 2Y7PA 1DOTA 1BIYA 5KDTB 1MY3A 4GL8A 4YZZA 1US5A 4JWYA 4RJZA 4TLMB 1MRPA 3LSXA 3C33A 4ZEKA 3KFMA 4HTGA 4LQ5A 1FQAA 4KCCA 1A40A 2RCAA 3KSJA 1MXVA 4NTLA 4H5FA 1YTVA 3MPKA 1B0HA 1LSTA 4M1VA 4DIGA 3B7DA 4LP2B 3TCGA 4RK9A 1IITA 3T93B 1RYXA 1A54A 1B0LA 2XXWA 2HEUA 4BDLA 4IB2A 4OTEA 1NNTA 3KGCA 1PEBA 3VVDA 3IX1A 4JWXA 2I0BA 4POXA 3TTNA 2VD3A 3R6UA 3CSBA 4X1DA 5CM6A 5HBCA 2ABHA 3M3FA 3TQLA 2QMWA 4QFOA 1HSLA 3PPNA 1FW0A 5JK4A 3ODBA 4X9TA 3GZGA 1A8FA 2PT1A 4ONYA 1O63A 2H25A 2I58A 3ECRA 5F7VA 4P11A 3QUFA 2ZYNA 4ZZAA 1DTGA 5DEXB 1OQHA 4GIZA 3KJTA 4WEDA 4NF6A 5ISUA 1MQGA 2HCAA 2QS2A 3VXCA 4RYAA 4OQOA 1MY0A 1VFEA 2HQ0A 4ZS9A 3KN8A 2XD2A 2ESNA 5I56A 2XXVA 4XKQA 2GHBA 3VLVA 4HCWA 1BP5A 2OBGA 1ATGA 3TDJA 2B65A 5ITOA 1LAFE 3T66A 2Q9TA 3ZKKA 3GLBA 5I58A 3SEYA 2FA7A 3A3CA 2HAUA 4ZEBA 3B6TA 5ITPA 3IO6A 5LOMA 3OXNA 4R6KA 3USDA 4KI0E 1OLAA 2YPNA 4H65A 3UK4A 3RUMA 4H8JA 4NEDA 2G93A 4I1DA 3FVOA 1SD3A 1MXZA 1VSOA 2O1MA 2Z23A 4GVOA 2HZKA 5I57B 2D3IA 1JEVA 1JW4A 4XXUA 3G3IA 2H99A 4JWOA 1GV8A 2XXYA 3V89B 1GVCA 5AA2D 1MPBA 1TWYA 2UVHA 3V8XB 5TP9A 5ICTA 1MY4A 5H8HA 2A5SA 1J1NA 4Q8RA 1EZPA 3M3KA 4RXLA 2AL4A 2NVUB 5H8SA 3U92A 3U93A 3EN3A 3TEPA 5JTYA 4QFKA 5TPAB 4F1UA 2R9JA 5FTHA 3T9HB 4ELQA 4Z0IA 4PFTA 5J1DA 1LGBC 1UTHB 4YU0A 5TU0A 3IK6B 2ZXTA 3IR1A 3B6WA 4Z7EA 1MQJA 4MF3A 2QRYA 4IY5A 4G8MA 4OEUA 2F7CA 3G3HA 4FIMA 3OELA 4R6YA 1NMUA 4U1OA 3O97A 5L9OA 2RC8A 3H4ZA 3OEKA 3H6VA 3H03A 3FVNA 1LB8A 4RY1A 1DPEA 1B46A 2YLNA 4JXIA 2GH9A 3BFTA 4JSDA 5KZTA 2HZLA 3E4RA 1NNPA 2X7QA 1XHYA 4IO5A 5H8QB 1BKAA 3O28A 5H8FA 3RT8A 4LZ8A 1SYIA 4PFUA 4BDOA 4RPNA 4IGTA 4ELOA 1MQIA 3G3FA 3CI8A 3FXUA 3VVFA 1LLSA 3FGSA 4N07A 2E1SA 4QF9A 4C1UA 1QUIA 1EH3A 4U22A 3N5LA 3LSLA 2R6GE 2KLFA 4U4SA 2HXWA 4LQ2A 2DWHA 4IO4A 2I3VA 3OD7A 2XXUA 4IO7A 3TKDA 2O68A 3TQWA 1BLFA 3C35A 2UVJA 3HCQA 1II5A 2ZNTA 3BBRA 3B6QA 3E13X 2F97A 1Z7ME 1B5IA 3Q26A 3IL1B 1SW2A 4I62A 4FJPA 3CFZA 1IEJA 5CMCA 3EQ1A 3KN3A 1R9LA 3GXAA 3C32A 5CI5A 4PFWA 4H6DA 1OVBA 4MFIA 4OESA 4BLAA 5A5XA 4F29A 3PUWE 3FXRA 5AA4B 3Q25A 3AXFA 2HFBA 2O84X 4NF6B 1B3EA 2V3TA 3JYRA 3TZAA 3CG1A 4F22A 1M5EA 4E0WA 1R6ZA 1F9BA 5I56B 1XVXA 2D21A 2BJJX 3MZBA 1SW4A 5HPQA 5AE4A 2D5WA 3EHTA 2DE4A 3MVZA 2OZZA 4QFLA 4LATA 1NH8A 1PBPA 2Q88A 4NF8A 4ZEDA 4AQ4A 1FTLA 1TT1A 4QFPA 4POWA 3OMBA 2E0SA 3TPAA 3EPEA 3S9NC 3R7XA 2Y7IA 3TTMA 4HS7A 4G4PA 1A8EA 5EHMA 4GXSB 4OFLA 1LAXA 4KYSA 3UA8A 4YKPA 2XXXA 1MPDA 1Y9UA 1ZTYA 2OK2A 4U21A 3TFLA 1ZLQA 2DYXA 4N6PA 2DVZA 3ZSFA 5IAIA 1QKAA 2UVIA 3CR9A 4BDNA 1SW5A 3FASA 1P99A 2A5TB 1OIBA 2UVGA 1SVXB 3IB0A 5B7DA 3D4CA 4DLDA 4DDDA 4NMYA 1LBCA 1VR5A 1S9TA 4ECFA 5H8HB 4ZECA 4OFOA 5JEIA 3ILUB 2WKYA 4DXUA 2B3FA 5F1QA 4R9FA 3PPRA 3LUYA 4WXJA 2LAOA 4KYEA 4P0GA 1IIWA 2F8DA 5HM4B 3RLFE 4OEVA 5JTYB 2DSFA 3HPIA 3MZ1A 3KSXA 3K01A 3U72A 3KBRA 2ZYMA 2NWJA 3PPPA 1QKBA 2O69A 1MDP1 1B58A 1MM6A 1OVTA 2VOZA 1B51A 3T9UA 4F3PA 2FYIA 4OWDA 4TQUQ 5DVFA 2X7PA 1PB9A 1CB6A 5CMMA 1UIVA 3QSLA 2DXRA 4FAJA 2PT2A 3OENA 1MG1A 3PV0E 5DT6A 4PQJA 1JETA 1MXYA 4DZ1A 4YKJA 4F18A 3T96B 2ONKE 1JQFA 2RC7A 5I59B 1IXCA 2O6AA 4KFQA 2QS3A 3K0VA 2F35A 3GBAA 3RTWB 3I5OA 1QUJA 3T9VA 2I48A 3CRBA 1SDXA 1N84A 4MH5A 2Z8DA 4WKMA 3KN7A 1ZBMA 1AMFA 3KOTA 3T22A 1A55A 5H8FB 4TLLB 2F36A 1AIVA 1AOVA 3O9PA 2RF1A 3IB2A 3PUYE 4EDPA 1FQFA 4EF1A 3LSFB 1UIUA 1TXFA 2PMSA 3VV5A 3K6WA 1ZKBA 4LONB 1NNKA 3PMVA 3RTFB 2DVCA 2ZMBA 3LBSA 4QSCA 1EZ9A 3PMWA 4HCYA 3KJ7A 3TAJA 3IOWA 4NF4A 1DSNA 3VDFA 2OWSA 1JW1A 4OHNA 2XXIA 3C4MA 1IZ1A 3MJNA 1AL3A 5FHMA 1D3KA 2DXYA 5DVIA 3UGWA 4ESWA 1AH5A 3E9XA 3UORA 3S9LC 2VHAA 4QRZA 3K02A 4R73A 1PB7A 1KWHA 2ZYKA 1M5DA 3H7MA 4F2OA 5DYHA 1B3FA 2QS1A 1MH4A 1O64A 5A5XB 3SERA 4Q5TA 3PD9A 4M4GA 4X48A 4EQ7A 2P1SA 3FIRA 4NF5A 1XT8A 4K3FA 3BKIB 1LFHA 2NOOA 3Q29A 4ZEFA 1ZMGA 3HHGA 3TMGA 4XIGQ 4G8HA 2GRVA 3PU5A 4KYDA 3CFLA 2DWJA 4FEDA 1OLCA 3FZVA 2AIXA 1IXHA 1URGA 4GWOA 4YMAA 1SI1A 1PB8A 1XC1A 2F34A 3E3KA 2QMXA 3DELB 1JW5A 3QK6A 4KHZE 2XXQA 4OZ9A 5AA3A 1Y3PA 4G68C 1RYOA 3IAZA 4YKIA 3MP1A 2M8CA 3OO9A 3G3KA 4IO6A 4PE5B 3MP8A 4GRKA 3OO7A 4RNSA 4ELRA 3IOTA 1MDQA 2UYFA 1I6AA 3DM0A 2OCUA 4ISUA 2H98A 4EF2A 4JBZA 3THIA 1XS5A 3FD3A 1LCFA 1N0TA 3OOAA 1NFTA 1Q35A 4H67A 2PBWA 2F7BA 2VGQA 2Q2CA 4OXVA 4R2FA 3F11A 3SDFA 2AL5A 1L5TA 2DE2A 1B7ZA 5CMKA 2DQVA 2V3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O6GA 1TFDA 3LR1A 4R75A 1N3WA 4UABA 1NV0A 3P7IA 1XVYA 4XKNA 2OLBA 1D9QA 4N8GA 5FHNA 4P56A 3OSQA 2WYKA 1LBZA 3FVGA 1B5HA 4ZEIA 3MQ9A 3FVKA 2RC9A 1H3DA 4JB7A 1GR2A 2PFYA 4F3GA 4DCXA 3EHUA 4P1EA 2I6EA 1VE4A 2XWVA 2O7IA 3B8BA 1WDNA 2R71A 3EKIA 2I4CA 4PP0A 1FTAA 4Q0CA 4GBVA 4GFRA 4TOZA 4G68A 4G61A 3K1MA 3I6VA 5J16A 3HSTA 1FPLA 2XXTA 2RCBA 1QULA 4XTCQ 3O66A 2HXRA 1ANFA 3ONMA 1USYH 1JEUA 2XXPA 4KD5A 4KR5A 4U4XA 1NV3A 3S4UA 1FQDA 3U1OA 4XFEA 3MUQA 3LSWA 2PX1A 4R6HA 3H06B 1B32A 1DBZA 4EXKA 4H0WA 5I57A 1I6BA 2P3NA 3TUSA 2ALUA 3O2AA 4QSEA 3HO7A 5EYFA 4QSDA 4LZ5A 2V3QA 2X26A 2CMOA 4U23A 1P1QA 5ESYA 3ZKLA 5I2NA 3MVWA 2HAVA 3H6UA 1UTBA 3IJOB 1B2HA 3IFAA 4FECA 3DP4A 1S7YA 2MKZA 1DK4A 2O7UA 4MLQA 1MQDA 1DPPA 2JJKA 1NUYA 5BWJA 2CZLA 2Q8JA 4OENA 2W7YA 3E79A 4E0XA 2FIXA 1LFGA 3DP8A 1SBPA 3B50A 3K4UA 3G7WA 4R2BA 2Q2AA 4H45A 1EZOA 2Z8EA 1D9YA 2NUVA 5ELVA 3MC2A 1ELJA 3UIFA 5I58B 3U65A 1EYJA 3W9VA 2P2AA 3ISPA 2F6GA 1SYHA 2GFEA 4F1YA 1MXWA 1FQEA 1SW1A 4EQBA 2NXOA 3K00A 4OMBA 1QUKA 2F78A 1LAGE 4NF4B 2F5XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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