1RCMA

Crystal structure of a ubiquitin-dependent degradation substrate: a three-disulfide form of lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Gallus gallus
publication title Crystal structure of a ubiquitin-dependent degradation substrate: a three-disulfide form of lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1rcmA00
3AJNA 1UIHA 2VB1A 4LFXA 2LHMA 4RDSA 3P68A 5FSTA 1CKGA 1A4VA 1CNSA 1IC7Y 3WUMA 1JKAA 1LAAA 3A34A 3IJVA 1LJNA 3A3QA 4G4HA 1RCMA 1LSGA 4OWCA 1B5VA 3QNGA 3A91A 1IY3A 1LMOA 1YAPA 5C6JA 3AZ4A 1LKSA 5KXSA 4ETBA 2N5ZA 1LMNA 1BWIA 4W94A 193LA 1GAYA 4NEBA 5KY1A 1IP4A 4GLVA 5APEA 1XSFA 1IWZA 1NF5A 5APDA 4NGKA 1UIBA 3BKVA 5KXTA 3W3EA 1LHJA 1LHLA 4TSBA 1REMA 1FDLY 1DZBX 4TSCA 3RNXA 2Z19A 3WW6A 4CGEA 2HU3A 4XENA 2LYMA 1C7PA 2DKVA 1GE2A 4PJ2C 1B7QA 1KXWA 3FI7A 2IFFY 2D4KA 1BB7A 3T36A 3J4GA 3WVYA 4XYYA 3EMSA 2BLYA 4IASA 5HNLA 5I54A 1GE1A 3ZVQB 1XEJA 4B4IA 4XJDA 4NHIA 4W96A 3W6AA 1GB9A 2Y8PA 3F6ZA 3D9AC 1B9OA 1AM7A 3N9CA 1B5XA 1IIZA 1OUBA 1LHMA 1GD6A 2YSSC 1ALCA 2BQKA 4GN5C 1OUAA 3P66A 1LJIA 1YQVY 4RLMA 5I4WA 3CSZA 1OUIA 2BAAA 1J1XY 1B7OA 2BPUA 4B4EA 1IOSA 4YEOA 1JPOA 1VAUA 4HJVA 3WVXA 2XTHA 1GFRA 1JUGA 1UIFA 1YKZX 132LA 1KIQC 2BQCA 2MEGA 3LYZA 4MCKA 3P4ZA 3A6CY 1QSWA 1GFJA 1BWJA 1VFBC 3WMKA 5IELA 5KXOA 1B2KA 4M4OA 1YANA 4Z3MA 4BADA 1AT6A 3TXGA 4GCBA 6LYTA 1EQEA 4H8ZA 1GFGA 4OWBA 4H9EA 3W6CA 4DC4A 3TXEA 4DWXA 3RT5X 4B0DA 3WW5A 3CSQA 4NSIA 4BAFA 3B0IA 2W1LA 1C43A 4WLYA 1JTOL 3A8ZA 3VWOA 1NDGC 1LZNA 4LFPA 4YM8A 1LZDA 4WG1A 5F9XA 1HELA 3EBAB 3A6BY 3BKHA 4H90A 1QQYA 208LA 1HEWA 3HFMY 1LJ4A 2D91A 1IP6A 5D5CA 4QY9A 3P64A 5ILCA 4C3WA 1VATA 4ETEA 5B07A 4AXTA 4OWHA 4LYMA 4N0JA 4WM6A 5JENB 2D6BA 4LT3A 1HEQA 2LYOA 3TMUA 4ET8A 5LINA 2YDGA 4Z98A 3LHMA 1TBYA 2CDSA 2DQJY 3LN2A 2ZYPA 2XBRA 5F9UA 1NQIA 1B7PA 9LYZA 4XJIA 5KXXA 4LT2A 2WARA 1LSCA 1JTPL 5LVJA 3A90A 1FKQA 1W6ZA 1LJHA 1A2YC 1AT5A 1IY4A 2DQGY 1W08A 1DI5A 4H9CA 4H9HA 1C46A 4WOAA 4GCCA 1YAQA 4G9SA 1JSFA 1IWTA 4WLTA 1B7NA 1HSXA 3G3BB 1IOCA 4I0CA 1LZSA 1D6PA 1D9UA 1YILA 2MEFA 4H93A 4I8SA 4PGJB 5LA8A 5II3A 1CJ8A 1KXXA 3W6EA 1OP9B 2YBIA 1BB3A 2H9JA 2D4JA 4KL7A 2F2NA 2LZ2A 3CQLA 1IP1A 3E3DA 4NSGA 4PHIA 4XJGA 5L9JA 1B5ZA 1LHHA 4NGIA 4OOTA 5L3HA 1LKRA 1NWGA 1I1ZA 2EQLA 1CKCA 1GWDA 4ANRA 1GBYA 1GFEA 4X3BA 1G7MC 1HC0A 1XEKA 3W6DA 1KXYA 3WXTA 4P2EA 1O23A 5F14A 1HNLA 4NGLA 1GF7A 3B6LA 4WM2A 3ZEKA 4WL6A 4H8XA 2BQLA 4UWUA 5B06A 4DT3A 4BAPA 1D6QA 4MSTA 4RW1A 2CGIA 5B05A 2Z39A 1IR9A 1HSWA 1RE2A 4H92A 3AZ5A 2FBDA 2YBHA 1C45A 5I4XA 1LZCA 1WQQA 1XGUC 1BQLY 3CB7A 3AW7A 4J1BA 1B7LA 2Q0MX 1LSEA 3WU7A 4GN3A 2D4IA 1KIPC 2Z2FA 2MEDA 2A7DA 1AKIA 1NMMA 1XGRC 5KXYA 4QGZA 3WU8A 1F10A 1LJGA 1FLUA 5B59A 5AMYA 1V7TA 4IATA 1LTMA 1PZYA 4N5RA 1LSAA 2HEFA 4NWEA 1LZ9A 1GXV2 1GE0A 1LZ4A 1UC0A 4H9BA 4NGYA 1YKXX 5LVHA 5IHGA 1IEEA 1JITA 4ETAA 5DN4A 4ZEEA 1GBSA 4GCEA 3WYHA 2G4NA 8LYZA 1GB3A 4MR1A 1TCYA 2ZIKA 5LA5A 2BQGA 207LA 4GCFA 1IO5A 4DDBA 1BB5A 5HLLA 1CKHA 2MEAA 2Z37A 4WM4A 4Z46A 1D0LA 1JJ3A 2DQAA 2F4AA 1HERA 1IWVA 2I26L 4ETDA 4HTKA 3WPKA 4DD9A 4LYTA 1LSFA 1JEFA 3EO5A 4J0LA 1LJJA 4B49A 1IVMA 1P2CC 3A92A 1B5WA 4HJYA 134LA 1LZ1A 4OWAA 4KXIA 1GDXA 3AGIA 1CJ9A 1FLQA 3M3UA 1H6MA 4LYOA 5K7OA 1HMLA 1LSYA 4DD1A 4WO9A 1REYA 4IJ4A 1WQNA 1GBZA 4H9IA 1HEMA 1JKBA 4HPIA 4HPEA 4HTNA 2FYDA 3IWRA 1IP5A 4NGVA 3LZ2A 1GB0A 3AGHA 1BHZA 2DBTA 1DPWA 2LYZA 4HTQA 3WL2A 3W6FA 5KXNA 4OW1A 1FN5A 135LA 4WM5A 4N8ZA 1LJ3A 1BB4A 1XEIA 4YOPA 1XGTC 1MELL 1WVUA 1FLYA 5HMVA 4HP0A 1J1PY 3AGGG 1JKCA 2ZNWY 3M18B 5FELA 1TDYA 3TMVA 1UCOA 3OK0A 1UA6Y 2DQIY 4PRUA 1BGIA 3AB6A 2BQHA 2FYCA 1UIAA 2ZQ4A 4DD3A 2BQOA 3ATNA 1GDWA 1UIDA 3G3AB 1LSNA 4FDYA 4O34A 4NGOA 4TX7A 1JSEA 3LYOA 4H1PA 1IP3A 1QUSA 1XGPC 1JIYA 2ZYCA 1GAZA 4M6DA 4DDAA 1B5UA 2RSCA 3LZTA 1B5YA 1GF5A 5HMJA 1NBZC 1WVVA 4XN6A 2Z12A 2PC2A 1IOQA 5LAGA 4NG8A 4Z41A 2Z38A 1UIGA 1DI4A 1TAYA 4PPOA 3TXJA 2YBMA 3HBHA 3IJUA 5ILFA 5M1YA 1UICA 1JTTL 2XBSA 5KXWA 4WM1A 3TXFA 4NIJA 3A95A 1GXXA 3A94A 2XJWA 5LVGA 2DQCY 4U3XB 1GF8A 1BVKC 2BQAA 1OUHA 1LMTA 1FBIX 4GLAA 1DKJA 1ZMYL 1IORA 1IC4Y 2IHLA 1LJEA 5FHWA 1LZYA 1LZ8A 5DN5A 2HEDA 1PS5A 5LXWA 1GBXA 4R6CA 2ZWBA 3HBEX 1LMQA 2BQJA 5LVIA 2DQHY 1LZ5A 5LIOA 5KXKA 2G4QA 2H9KA 4ML7A 2MEIA 1IOTA 4CFOA 2HECA 3TXHA 1IR7A 2MEBA 5E9RA 1HMKA 4LYCA 3QY4A 6LYZA 2EIZC 1NDMC 1JKDA 4LYZA 4NGZA 5I5QA 5FCPA 1OUJA 2W1MA 1SLYA 3MGWA 1REXA 3A67Y 2BQFA 1CKFA 5LYMA 1LYZA 1VDSA 1GF0A 2HEEA 1LSZA 2HUBA 3KAMA 5FDJA 1I56A 4OOOA 154LA 1QUTA 4DD0A 4LT1A 1XFPL 4QDNA 5F16A 1HHLA 1LSBA 3QE8A 1LCNA 3P65A 5A3EA 2YBJA 4R0FA 153LA 1IWUA 5KKJA 1GF3A 1QTEA 1FKVA 1LZGA 2Z18A 1Z55A 1LYOA 1QDTA 2C8OA 3J6KA 4CFPA 4II8A 5D5FA 2YBNA 1OUCA 1HFXA 4NGJA 4J1AA 5EBHA 2W1YA 2H5ZA 1F6RA 4CHXA 1WQPA 1REZA 2AUBA 4WLXA 1BVXA 4YF2A 1F6SA 1H87A 1WQMA 1LJFA 1OUGA 1YAOA 1LZTA 3WXUA 1IWYA 4NHSA 3TXBA 3TMXA 3ATOA 2FBBA 3A3RX 4UWVA 2NWDX 1DXJA 4HSFA 1AZFA 1QTKA 1GB8A 1LZAA 1GF9A 5LYZA 4NWHA 2ZNXY 4OWEA 4NFVA 1IWXA 1DKKA 1GEZA 2EPEA 4RLNA 4XJHA 3WUNA 1IP7A 2HEBA 4NSJA 5KXPA 5KXZA 3WUAA 3ZVQA 4D9ZA 1YL0X 1FLWA 2MEEA 1GFTA 1GFVA 2DQFC 3AYQA 4WMGA 1G7HC 1GFHA 3GXRA 1MLCE 1VDTA 3RW8A 1GB5A 1GFKA 3D3DA 3CT1A 1BB6A 1BWHA 4J7VA 1QDRA 1LHKA 1UACY 1OUDA 4WLDA 1GE4A 1N4FA 2GV0A 3RU5A 5KXLA 4EOFA 2W1XA 4H9FA 1CKDA 1CJ7A 1G7JC 4NGWA 5DL9A 4ET9A 5A3ZA 1YL1X 1NKHA 3N9EA 3TXDA 5LVKA 5J7CA 5B1FA 5E4PA 4LYBA 3CT0A 5FEKA 4CJ2A 4TUNA 5KJ9A 3FE0A 3N9AA 5B1GA 1LSPA 1B7MA 4NHQA 1GBWA 3LYMA 1HFYA 4N1CC 4LT0A 1RJCB 2CWIA 1XGQC 1JJ1A 1GB2A 2A7FA 2I6ZA 2BQMA 7LYZA 1EL1A 1LSMA 1SQ2L 3A93A 5T3FA 4A7DA 1NHEA 4B1AA 3RZ4A 4H9AA 1G7LC 3WPJA 4UWNA 1GB6A 1UBZA 1WQOA 1LMPA 1ZVYB 4LGKA 4TTDA 3HBDA 3GXKA 1G7IC 3CT5A 2G4PA 1WTMA 2I25L 3AZ6A 4NSHA 1DPXA 1J1OY 1LSDA 1C10A 4WG7A 3LYTA 4HV2A 4WO6A 1LPIA 2BQEA 5DM9A 1HF4A 3SP3A 1HEOA 3EXDA 1HFZA 3TXKA 4H94A 2MEHA 3W6BA 5L3IA 1GE3A 1GHLA 1GF4A 4XJBA 4AGAA 2ZQ3A 2YVBA 4G49A 1IC5Y 5F81A 1LZEA 1RI8B 2F30A 1WTNA 5C6IA 5C6LA 1YIKA 1E8LA 5APFA 5I53A 4DDCA 4NHTA 4QEQA 1LYYA 4NG1A 4KT3A 4DYGA 5LYTA 3A96A 1TEWA 1DQJC 4EMNA 4H91A 1OQMA 1EQ4A 1LYSA 1JHLA 1LJKA 1VDPA 1UUZC 4HJZA 1VDQA 4WL7A 2C8PA 3B0OA 3AW6A 4ETCA 2BQIA 5KXRA 4C5FA 4DD2A 1JJ0A 3B0KA 1NBYC 4GN4A 1GF6A 4PRQA 4BS7A 1I20A 1F0WA 1QSAA 1T3PA 2BQNA 1IP2A 1C08C 1ZV5L 1GFUA 2CJLA 2F4GA 1LZ6A 3K3TA 1LZBA 1QIOA 4XADA 1OUFA 5HNCA 2Z2EA 1IR8A 4KPMA 1INUA 4YEMA 1D0MA 5KKIA 4B4JA 5DLAA 1YROA 4N1EI 4ZIXA 1DI3A 4TWSA 1UIEA 1JISA 4G4CA 1GBOA 2BQDA 1GPQC 2HTXA 1ZVHL 1LMCA 2B5ZA 1B7RA 133LA 5LAFA 2ZIJA 1B0DA 2YBLA 1RFPA 1GFAA 3CSRA 5I4YA 1HEPA 1EQ5A 1T6VL 4G4BA 4FJRA 4LZTA 1IWWA 2EKSC 4N9RA 5HQ1A 4L41A 3T6UA 2ZILA 3WH1A 4GCDA 1IX0A 1LZRA 2HU1A 2LZTA 5IDDA 4XJFA 1KIRC 2DQEY 1LMAA 3AZ7A 4NY5A 1LOZA 1D0KA 4ZFPA 194LA 1LHIA 1GEVA 4HV1A 1GB7A 3WPLA 2MECA 1CJ6A 4E3UA 3TMWA 3WU9A 1HENA 3ULRA 3B72A 4DD7A 1B7SA 1VEDA 5APCA 1JWRA 1WQRA 1YKYX 4H8YA 4RW2A 4WM3A 3TXIA 1YAMA 4YENA 1OUEA 2BQBA 2X0AA 2BLXA 3WULA 3OJPA 1V7SA 5KXMA 2DQDY 2HEAA 4NHPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIHA 2VB1A 4LFXA 2LHMA 1L96A 4RDSA 1C66A 3IJVA 1LJNA 3A3QA 186LA 2OE9X 1B5VA 3QNGA 1OV7A 107LA 4NEBA 4GLVA 1NF5A 1ZWNA 4TSBA 1SSWA 1L00A 185LA 2IFFY 2D4KA 4XYYA 5I54A 1GE1A 4B4IA 4W96A 3FA0A 1GB9A 1QTBA 1G0PA 102LA 1LHMA 2NTGA 2OE4X 1LJIA 1J1XY 1B7OA 2BPUA 4YEOA 1VAUA 2XTHA 1GFRA 1JUGA 3LYZA 1LI2A 3P4ZA 4MCKA 1GFJA 1BWJA 3WMKA 1B2KA 4M4OA 4BADA 4GCBA 4ARQB 6LYTA 1EQEA 4OWBA 4H9EA 1SWYA 3TXEA 3RT5X 4B0DA 4NSIA 3L2XA 1LZNA 1LZDA 2ANVA 3HFMY 1LJ4A 174LA 3EMLA 1L71A 1L56A 4AXTA 4OWHA 4WM6A 2D6BA 251LA 1L25A 2DQJY 3LN2A 1L63A 2ZYPA 4W51A 9LYZA 1L28A 1L81A 1LSCA 1AT5A 4WOAA 4GCCA 4WLTA 1SX7A 1HSXA 1L60A 1LWKA 4I8SA 2MEFA 1CJ8A 1OP9B 2H9JA 4KL7A 2F2NA 3E3DA 172LA 1LHHA 4NGIA 5L3HA 1P2RA 4E97A 1CKCA 2OTZX 1G7MC 1HC0A 4NGLA 3B6LA 4WM2A 4WL6A 4H8XA 5B06A 247LA 159LA 1T8GA 4MSTA 5B05A 143LA 1RE2A 1C45A 225LA 5I4XA 1LZCA 3CB7A 3SB8A 3AW7A 1L87A 4J1BA 2D4IA 1XJUA 2A7DA 1AKIA 1XGRC 1V7TA 4IATA 1LTMA 110LA 1JTNA 4H9BA 4NGYA 1OWZA 145LA 5IHGA 4I7TA 4ZEEA 1GBSA 3WYHA 1GB3A 207LA 1CKHA 2MEAA 2Z37A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AJN A;  1UIH A;  2VB1 A;  4LFX A;  2LHM A;  4RDS A;  3P68 A;  5FST A;  1CKG A;  1A4V A;  1CNS A;  1IC7 Y;  3WUM A;  1JKA A;  1LAA A;  3A34 A;  3IJV A;  1LJN A;  3A3Q A;  4G4H A;  1RCM A;  1LSG A;  4OWC A;  1B5V A;  3QNG A;  3A91 A;  1IY3 A;  1LMO A;  1YAP A;  5C6J A;  3AZ4 A;  1LKS A;  5KXS A;  4ETB A;  2N5Z A;  1LMN A;  1BWI A;  4W94 A;  193L A;  1GAY A;  4NEB A;  5KY1 A;  1IP4 A;  4GLV A;  5APE A;  1XSF A;  1IWZ A;  1NF5 A;  5APD A;  4NGK A;  1UIB A;  3BKV A;  5KXT A;  3W3E A;  1LHJ A;  1LHL A;  4TSB A;  1REM A;  1FDL Y;  1DZB X;  4TSC A;  3RNX A;  2Z19 A;  3WW6 A;  4CGE A;  2HU3 A;  4XEN A;  2LYM A;  1C7P A;  2DKV A;  1GE2 A;  4PJ2 C;  1B7Q A;  1KXW A;  3FI7 A;  2IFF Y;  2D4K A;  1BB7 A;  3T36 A;  3J4G A;  3WVY A;  4XYY A;  3EMS A;  2BLY A;  4IAS A;  5HNL A;  5I54 A;  1GE1 A;  3ZVQ B;  1XEJ A;  4B4I A;  4XJD A;  4NHI A;  4W96 A;  3W6A A;  1GB9 A;  2Y8P A;  3F6Z A;  3D9A C;  1B9O A;  1AM7 A;  3N9C A;  1B5X A;  1IIZ A;  1OUB A;  1LHM A;  1GD6 A;  2YSS C;  1ALC A;  2BQK A;  4GN5 C;  1OUA A; 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 1TEW A;  1DQJ C;  4EMN A;  4H91 A;  1OQM A;  1EQ4 A;  1LYS A;  1JHL A;  1LJK A;  1VDP A;  1UUZ C;  4HJZ A;  1VDQ A;  4WL7 A;  2C8P A;  3B0O A;  3AW6 A;  4ETC A;  2BQI A;  5KXR A;  4C5F A;  4DD2 A;  1JJ0 A;  3B0K A;  1NBY C;  4GN4 A;  1GF6 A;  4PRQ A;  4BS7 A;  1I20 A;  1F0W A;  1QSA A;  1T3P A;  2BQN A;  1IP2 A;  1C08 C;  1ZV5 L;  1GFU A;  2CJL A;  2F4G A;  1LZ6 A;  3K3T A;  1LZB A;  1QIO A;  4XAD A;  1OUF A;  5HNC A;  2Z2E A;  1IR8 A;  4KPM A;  1INU A;  4YEM A;  1D0M A;  5KKI A;  4B4J A;  5DLA A;  1YRO A;  4N1E I;  4ZIX A;  1DI3 A;  4TWS A;  1UIE A;  1JIS A;  4G4C A;  1GBO A;  2BQD A;  1GPQ C;  2HTX A;  1ZVH L;  1LMC A;  2B5Z A;  1B7R A;  133L A;  5LAF A;  2ZIJ A;  1B0D A;  2YBL A;  1RFP A;  1GFA A;  3CSR A;  5I4Y A;  1HEP A;  1EQ5 A;  1T6V L;  4G4B A;  4FJR A;  4LZT A;  1IWW A;  2EKS C;  4N9R A;  5HQ1 A;  4L41 A;  3T6U A;  2ZIL A;  3WH1 A;  4GCD A;  1IX0 A;  1LZR A;  2HU1 A;  2LZT A;  5IDD A;  4XJF A;  1KIR C;  2DQE Y;  1LMA A;  3AZ7 A;  4NY5 A;  1LOZ A;  1D0K A;  4ZFP A;  194L A;  1LHI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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