1RDBA

Crystal structures of ribonuclease hi active site mutants from escherichia coli
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMQLMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of ribonuclease HI active site mutants from Escherichia coli.
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rdbA00
2YNHA 4EZ6A 4E89A 3DLEA 4CK1A 4CHNA 1SKRA 4DMNA 3VA0A 1RT4A 3TAGA 4DWIA 3G0ZA 4CK2A 1RNHA 3DLBA 4BDZA 4FZYA 1XHXA 1U4BA 3V9SA 3VQEA 3F9KA 2A1SA 3AO3A 1R0AA 1S6QA 3H08A 1SKSA 1HYZA 2W42A 3LP0A 3OYCA 4FK4A 2Q3SA 3ZT0A 1ZBUA 4J2AA 1LV5A 1JLAA 3LP3A 3QLHA 4CF9A 3ZT2A 1ASUA 1C0UA 3O3FA 4BACA 2BDPA 4CEBA 1ZBFA 4OJRA 4AHVA 5SZTA 4FXDA 3KLEA 2YNGA 2HVIA 5HRRA 3VQBA 4ZTJA 2HHXA 3WNEA 2FBXA 4E0DA 4FJMA 3AO5A 3G10A 5KGXA 3SQ0A 5HRPA 4B8AB 1VRUA 4OPKA 5HLFA 1KLMA 3AVKA 4O0IA 4ICLA 1X9MA 1NK5A 2HNDA 4GW6A 1I39A 2YHAA 4MQ3A 2Y1JA 1RBVA 4CE9A 3HK2A 1KCFA 3VQ4A 5KTQA 3SYZA 4LH5A 4AHSA 4E19A 1SL2A 4DQSA 1QQCA 4LSNA 3SZ2A 1TKXA 2OZSA 4PY5A 4KTWA 1NK8A 3QIOA 2OYQA 3K5OA 3OYKA 1S6PA 3ZSYA 1IKXA 5FRNA 4E1MA 5C42A 1J5OA 2G8IA 3SQ1A 5JS1A 1S1UA 4RG8A 4B8CA 3O3HA 4QAGA 3ASMA 4IBNA 4CK3A 1FKOA 4NCGA 4FYDA 4J2DA 3ISNC 1DLOA 4O55A 1RT7A 3KTQA 1LWEA 5D3GA 1WSGA 3P1GA 1NJWA 2OPQA 4FK2A 1RTJA 4DTUA 1CXQA 1NK9A 5FRMA 3P5JA 4FLXA 3AA5X 2G8WA 4LD0A 4O4GA 4B9VA 4F2SA 1S9GA 3LANA 3V4IA 3KD1E 1S1VA 1Z26A 4JRQA 4AHUA 1NK7A 4KI6A 2HW3A 2HMIA 3DOKA 4FM0A 3QO9A 3OYEA 2G8UA 1TL1A 4NCBA 4DSFA 4DFKA 1CXUA 1IH7A 4EP5A 3CFRA 3HM9A 4BE1A 4KHSA 1S1TA 1JLCA 3S3OA 3PY8A 1ZBIA 3RRGA 3HO1A 3OY9A 3MECA 4KHNA 1D5AA 3K5LA 4BWMA 4ZTFA 3EYZA 1TK8A 1X1PA 2IDOA 1IKWA 4N5SA 4MFBA 1ZBLA 1NKCA 4FM1A 4I2PA 5HP1A 1A5WA 3RTVA 3B6OA 4M45A 5SWMA 4FLWA 4F4KA 4CHPA 3DRRA 3U3GA 1EX4A 1KFDA 4JS4A 2KQ2A 4Z4FA 2F96A 3CYMA 3MEGA 3I8DA 3PO5A 3KK3A 4ID1A 4DQPA 3VA3A 4CJ3A 3MXIA 3M8PA 3EY1A 4OLAA 1JLGA 3KLIA 3AV9A 3OS2A 3NGIA 3QNNA 1U49A 1RILA 3SV4A 3AA2A 4CHYA 3VQDA 3TI0A 4B9NA 3C94A 2OPRA 2XY5A 1FXXA 2A1RA 4FJXA 1T03A 1N6QA 4FW1A 4CFBA 4M3XA 1VSLA 1RT5A 1Y97A 3M8QA 1RBUA 2PY5A 2QXFA 2O4GA 1C0MA 3AO4A 3TABA 4HVJA 2VG5A 1S1XA 4HTUA 4Z0UA 3KJVA 4UQGA 3LAMA 4M3ZA 1LWCA 2DTUA 4AH9A 3JYTA 1UA0A 1NK4A 1B9FA 2JLEA 4FJKA 2XY7A 1J53A 2WONA 3AVGA 4YFUA 4CEZA 1BISA 1EP4A 3HPHA 4W5TA 3ZSOA 2P51A 3C95A 4DU3A 3VQ8A 4FJ8A 4DLGA 1N5YA 3EZ5A 4FJJA 4DF4A 2D5RA 3VQCA 3T3FA 2HNZA 4G1QA 4CECA 3OYHA 3NDKA 2QK9A 2KFZA 1T05A 3A2FA 2EX3A 4CERA 4ZHRA 1VSFA 2E6MA 3OS1A 1B92A 4DFMA 1QSYA 4PWDA 3PUFA 1D8YA 2XO7A 4CJLA 3L8BA 3OYDA 2P1JA 4QOZB 5FDLA 2LSNA 3LWMA 3AVLA 1YVUA 2OPPA 3CFPA 4FJLA 1IO2A 4IG0A 1ZYQA 3FFIA 4CEOA 1LW2A 3TAQA 5CY4A 3NF6A 4BWJA 5HRNA 1J54A 4E7IA 4M3YA 4DU1A 3HT3A 2XRIA 2YKMA 3V1RA 4F3OA 4F2RA 1EXQA 4RW4A 4LSLA 4CFDA 3S3MA 3SNNA 3IS9A 2R7YA 1NJYA 4BDPA 2YNIA 3RRHA 3V1QA 4KHYA 4KTQA 3RMAA 5E41A 4FJNA 4OKKA 1TAUA 4TSXA 3D45A 1A5VA 3NBPA 3ZSQA 4CJKA 2AJQA 1WAFA 2X74A 4RW9A 1VSMA 4RW8A 3NAEA 3LZIA 1VSDA 2X6NA 1W9HA 1HPZA 4HUFA 3OVNA 3QEWA 3T19A 4KHUA 3ZT4A 3DLKA 2Z1GA 5DMRA 1QSSA 1T7PA 1TAQA 4Z4IA 1WSFA 2OA8A 3TWHA 4JS5A 2HHSA 1EETA 4CGFA 2RN2A 3L3UA 3NF7A 3O4NA 4Y1DA 5HRSA 3PV8A 1VSHA 2EHGA 3OYBA 2Z1IA 3I0RA 3K5MA 1NK0A 4CFAA 3S9HA 1HNVA 2B5JA 5KRSA 2F8SA 2E6LA 3K57A 3RMBA 1RTIA 3OYLA 1TKTA 4CEAA 4CGJA 3LDSA 4N47A 3THVA 5J2NA 2HVHA 1SL1A 2HHTA 3OJUA 3L2WA 2IC3A 4CJFA 1RDCA 1TVRA 2NUBA 4EP4A 2FBTA 3I0SA 3SJJA 3MXJA 4O5BA 1JXBA 1O1WA 3OYIA 4ID5A 1NOYA 1HMVA 3LWLA 3E01A 2XHBA 3AO1A 4KV8A 1TK0A 1TGOA 4CJTA 4W5QA 3MXMA 1IG9A 4CCHA 4N76A 2F8TA 1Q8IA 2FC0A 5KI6A 2VWJA 3QINA 5CZ1A 2ZE2A 2Z1JA 4CEDA 1SV5A 3L2VA 4C8LA 4B9UA 1QE1A 1BGXT 4OLBA 3SQ4A 1JL1A 4CF8A 4E7JA 3MEDA 4NYNA 4FM2A 3HP6A 3SPYA 4ELTA 4PUOA 1VSEA 2DFHA 3VQQA 1QTMA 4AHRA 1BCMA 1C1CA 2RKIA 3RWUA 3LALA 1ASVA 3RR7A 2VG7A 1XWLA 2VWKA 3NGYA 2KW4A 4CGIA 1RTDA 3PO4A 3F73A 1ZBHA 1GOAA 1TL3A 2FBVA 2ITGA 3DYAA 4HUGA 4BE0A 4DTXA 3QEIA 2PZSA 4J2BA 1B9DA 1REVA 4CIEA 3V9ZA 1I3AA 3WNFA 3TAFA 2HHWA 3P83D 1RT2A 3WNHA 4DLEA 1VK0A 3AVCA 5KGWA 2OZMA 4N41A 4W5NA 3O3GA 4CHZA 4M41A 1FKPA 3SUOA 2DFFA 1TKZA 1W0HA 3ZSRA 3PX4A 1RBTA 2KTQA 3VQ7A 3BGRA 4FJ9A 2O4IA 3AVHA 1HYVA 2D0AA 4OKJA 1FK9A 1MU2A 4I9QA 1UOCA 1XC9A 3SPZA 3HPGA 3ZSZA 4E7LA 1RBSA 2KZMA 4I2QA 4KO0A 4CF1A 4ELUA 4M3TA 3KKRA 4ELVA 3IG1A 4DTRA 3ULDA 4DSJA 3AVNA 4CJQA 1KVCA 4CJWA 1Z25A 4DQRA 2OPSA 3LPUA 1LAWA 3VQAA 4CFCA 1L3SA 1WSJA 2G8KA 4HHTA 5J2QA 1BQMA 3QESA 1NKEA 4B9TA 1JLQA 4F8RA 2KZZA 3K59A 4FJ7A 3AVMA 2X78A 4RW6A 3VQ6A 4CJVA 1NOZA 3ZT3A 1L3VA 3DI6A 1NKBA 1C6VA 3D0PA 1A5XA 3HP9A 2G8HA 3HVTA 3ITHA 3BDPA 1JLBA 4E3SA 1SL0A 2HNYA 1JLFA 1LAVA 4DQIA 3L3VA 3B6PA 4IKFA 3CQ8A 1C1BA 4WE1A 2ETJA 4FVMA 3DLGA 4H4MA 4YNQA 3QEPA 3V9UA 1C1AA 3HYFA 5C24A 2BANA 3DLHA 2IGIA 1RDDA 3RMCA 2YNFA 2G8FA 5I3UA 1JXEA 1QSLA 2B4JA 4K8ZA 1YT3A 3ZSWA 4L8RB 1WN7A 3HL8A 5I42A 4EZ9A 2YHBA 4GMJB 1BHLA 1BCOA 3TAMA 3ZT1A 3ALYA 1YTUA 4XIUA 4CGGA 3DOLA 4LH4A 4C8NA 1T8EA 1S9EA 3K2PA 4DQQA 1L5UA 1RCHA 2HHQA 2ATQA 3NE6A 3DLRA 4Z4CA 1S1WA 2HB5A 4DSEA 4CJEA 3IAYA 4KI4A 1RDAA 3IRXA 1IKYA 3TARA 3KLGA 3PX6A 4K8XA 3OYGA 4H8KA 4DS4A 2IOCA 3ZCMA 3VN5A 1Q9XA 4KB1A 1K6YA 1VSIA 5KRTA 3V9WA 2PYJA 4FJ5A 3C6UA 4CEQA 1WSHA 1UA1A 1X9SA 3LP1A 3TAPA 1DTQA 4DTPA 4KREA 4BDYA 1BIUA 2XY6A 4PA1A 2KFNA 4IFVA 4BE2A 4FJHA 4HCBA 1J9AA 4PQUA 5FROA 4NYFA 3SUQA 1XI1A 3C6TA 1RT3A 2GBZA 4B9SA 1CZBA 3RMDA 4J2EA 3L2QA 2I5JA 3AVBA 1LW0A 1KLNA 4HUEA 5T7BA 4KKOA 2BE2A 2RPIA 3LP2A 1L3TA 3CFOA 2HHVA 4DSKA 1RT1A 1U04A 4B9MA 4W5OA 4DFPA 4CESA 2FBYA 4C8OA 4Y1CA 3RR8A 5DK5A 3OYJA 1BL3A 1ITGA 2Z1HA 3VQPA 1BIZA 3MEEA 1HNIA 2D0BA 5C25A 3NHGA 4CHOA 3MAQA 3LZJA 3T1AA 4FLYA 3AVFA 3NF9A 3NH2A 4GVMA 1SKWA 4C8MA 3KD5E 2D0CA 1KFSA 3L2RA 2JGUA 2YV0X 4RW7A 3U3YA 1HRHA 3TR8A 1U45A 2QKBA 4DTMA 3WNGA 1WSIA 1WSEA 3DRPA 1GOCA 3V1OA 4CJUA 4FCYA 2P5GA 1HJRA 4O44A 3M8RA 3NF8A 5JS2A 4AHTA 4CJ5A 1ASWA 4CF0A 3NCIA 3K58A 3AA4A 1LWFA 4FW2A 4IG3A 4KPYA 3OYAA 4HCCA 4FJIA 3AVAA 2BGGA 4F3TA 1QHTA 3OYNA 4QCLA 4DS5A 3SUNA 4DTJA 4KFBA 1RBRA 3PX0A 4CF2A 4CJRA 3OYMA 1DTTA 4DTSA 1VSJA 3QNOA 1KRPA 4CEEA 5J2MA 1CLQA 2DY4A 4DTNA 4DSIA 3KLHA 1YTAA 1KVAA 3AVIA 3SCXA 1HQUA 4IFYA 3QEVA 3QIPA 3HVRA 4Z4HA 4KB0A 2QKKA 5J1EA 1U48A 4FLZA 4CHQA 4E7KA 2X6SA 1JLEA 1BQNA 4H4OA 3CM6A 3TAEA 1XHZA 1WNSA 1TV6A 3KK1A 1D9FA 1KSPA 4CJPA 3JSMA 3KK2A 4R5PA 4FLUA 3QETA 3TANA 4E7HA 1Q9YA 4FK0A 1NJXA 3HSTB 3V6DA 2G8VA 3NFAA 4CIFA 3OYFA 4KRFA 1RDBA 3VQ9A 4I9LA 1F21A 3DRSA 1UAXA 1RT6A 4OKEA 3ZSVA 2XY8A 2WOMA 4DSLA 3UIQA 2IAJA 3OS0A 4C8KA 4JLHA 1QS4A 4NCAA 3L2UA 4KHWA 4LY7A 2DFEA 5EU7A 4CEFA 4CJ4A 1HQEA 2B6AA 2GUIA 4O0JA 3VQ5A 4KAZA 4CIGA 1CZ9A 3HPOA 5HROA 3CM5A 1C0TA 1SUQA 1GOBA 3HXMA 2P5OA 4AILC 4M3WA 4DF8A 5K14A 3NGZA 4KHQA 1BI4B 4OGCA 5CYQA 3O4QA 1U47A 4FZZA 3LPTA 4OVLA 1VSKA 2RF2A 3AO2A 2E4LA 5CZ2A 4Z4EA 4B3OA 1EKEA 3AA3A 2ZD1A 4KTZA 4E1NA 3SQ2A 3SUPA 3V9XA 1S5JA 2PYLA 3DM2A 4I7FA 3CG7A 5HBMA 4CGDA 4W5RA 3KIOA 3LAKA 1WAJA 1VRTA 3SV3A 4Q0BA 3NH1A 1BI4A 4FLVA 1KVBA 3KKSA 4DU4A 4FZXC 1IKVA 3S3NA 1X9WA 4FJGA 1NK6A 2VG6A 4CGHA 3ZSXA 1WLJA 1G15A 3NH0A 3KLFA 1D9DA 4FLTA 2GV9A 5J2PA 4Z4GA 3QEXA 1HYSA 3M8SA 4OGEA 5CYMA 4JRPA 1RTHA 3K5NA 4AHCA 4CJSA 4DTOA 1NJZA 4B08A 1TK5A 1UWBA 4B9LA 3SI6A 2Y1IA 4M42A 2HHUA 4OPJA 3AVJA 2YKNA 1JL2A 1JKHA 1KTQA 4IDKA 4N56A 4M3UA 2IS3A 2ZQBA 4Q5VA 3HJFA 1L3UA 4DG1A 4DFJA 3QERA 3V81A 3OJSA 3U6FA 1TKDA 4M3RA 3DMJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YNHA 4E89A 2V52B 4CHNA 2IIRA 2YHXA 3TAGA 3G0ZA 4DQ8A 3DLBA 4BDZA 3VQEA 4RCHA 3EZWA 2HF4A 1HYZA 3THXB 4H5RA 4Y0WA 4J2AA 3VETA 3LP3A 4B1XB 2QWPA 3H46O 2UUAK 3DXKB 4CEBA 4FXDA 2YNGA 3VQBA 2HHXA 3DXMA 4WCEL 3WNEA 1G99A 2FBXA 3G10A 2A5XA 4JKHA 2NRXA 4B8AB 1VRUA 4OPKA 4ILHA 1NK5A 2YHAA 1RBVA 2E88A 4FOEA 3VQ4A 4JKFA 4AHSA 4DQSA 4KH4A 1TKXA 4EFHA 2OZSA 3QIOA 3FZMA 2OYQA 1S6PA 1IKXA 1WBDA 4E1MA 1J5OA 1YF5L 2A40A 3H3NO 4IJNA 3ISNC 1LWEA 3M1FA 1NJWA 4NXMK 1CXQA 1NK9A 5FRMA 3P5JA 4FLXA 1NGFA 4O4GA 1S9GA 3KD1E 3VEZA 3TTFA 5BN8A 1TL1A 4NCBA 4DFKA 4EP5A 3CFRA 3S3OA 4FWRA 1I94K 3EYZA 2IDOA 5JICA 4YDUC 2YI1A 5SWMA 4M45A 4F4KA 4H0YB 3HM8A 2HOEA 3U3GA 3C7NB 4JS4A 3O5BA 1KXPA 4Z4FA 4B1WB 4OO1J 3MEGA 4J8FA 3KWIA 4CJ3A 4QS9A 1JLGA 3NGIA 2F9TA 1E4FT 3SV4A 1IG8A 3AA2A 3TI0A 1HJOA 2WUSA 2XY5A 4M3XA 1T03A 1RBUA 2O4GA 3AO4A 3LDQA 3TABA 2VG5A 1NJIO 5LY3A 4HTUA 4M3ZA 1LWCA 1UA0A 1N33K 1B9FA 2JLEA 1VQKN 3JXUA 4YFUA 1BISA 1EP4A 3THYB 3SJHA 3C95A 4FJ8A 4BRDA 2QWQA 1N5YA 2D5RA 2UXDK 2HNZA 4CECA 3OYHA 2QW9A 4CZIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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