1RDBA

Crystal structures of ribonuclease hi active site mutants from escherichia coli
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMQLMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of ribonuclease HI active site mutants from Escherichia coli.
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Escherichia coli
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rdbA00
1RTIA 3DLGA 2OPSA 1NKBA 3DMJA 3ZSXA 1TK8A 4MFBA 4KTWA 3ZT4A 3LZJA 3SUPA 3H08A 2E6MA 3RWUA 4HCBA 3DM2A 3VQ5A 3BGRA 3LP2A 4YNQA 1T05A 3S3MA 3CFRA 4E3SA 4W5NA 4CESA 2D0CA 2HMIA 5C24A 4CEEA 1S9GA 1VSHA 3C6TA 3HPOA 3CQ8A 4E7JA 5E41A 3TABA 3NF7A 1C1BA 1T8EA 2X78A 3LP1A 1NKEA 3NGZA 1QHTA 1TKZA 1NKCA 2PYLA 4JS4A 3RMBA 3JSMA 4DU4A 1RTDA 4BDYA 1L3SA 2KFNA 2IOCA 4CEQA 2X6NA 1RBTA 4M3UA 4CJ4A 3NH0A 2HHUA 3RMCA 3EYZA 4W5TA 2D0AA 4M45A 3D0PA 1Z25A 3OYEA 3K5LA 1BIUA 4ID5A 4O44A 4WE1A 4O0JA 4CEFA 3V1QA 2DY4A 2HB5A 3U3YA 2HHWA 3NF6A 4HUFA 3CYMA 4CK3A 1O1WA 4N56A 3DLEA 4DSFA 4FJHA 4ZTJA 3K5OA 4KHUA 3CFPA 4IBNA 3FFIA 3S9HA 4KHSA 1RDBA 1ZBUA 4CJPA 3L2WA 2ZD1A 4NCBA 3KKRA 3ZT0A 3AVJA 4N47A 3PUFA 3NH1A 3ZT2A 4DU3A 1SL1A 3IS9A 3LP3A 4C8OA 1L3VA 1WSIA 4AH9A 1CZ9A 4CEBA 3RRHA 3V9XA 4DSJA 4DS4A 3HJFA 1S5JA 4CEZA 1BCMA 3AO5A 2VWJA 1C1CA 3OYDA 3PO5A 1REVA 2O4IA 3NGYA 4M3ZA 3NE6A 2HHVA 5I3UA 1HMVA 4KKOA 4BDPA 4J2EA 3K2PA 3VQBA 3IG1A 3AO2A 3VN5A 3U3GA 4DFJA 4DTRA 4OJRA 3QERA 2A1RA 4H4OA 3ZSRA 2XO7A 3LP0A 4HUGA 3ZSWA 2PY5A 2F8TA 3NDKA 1WSFA 3VQEA 1RBUA 4DTSA 3K57A 4FW1A 1QQCA 3DLKA 1VSKA 3L2QA 4C8MA 2VWKA 4FM1A 4KFBA 4LD0A 3O4QA 4BE0A 4DFKA 1XHZA 3ZCMA 1GOBA 4CHNA 1RT6A 3CFOA 1L5UA 3LAMA 1FK9A 1IG9A 4KHNA 1D5AA 2KFZA 4FJGA 3TR8A 4M42A 1ZYQA 1UA0A 5FROA 3L2VA 2OPPA 3OYNA 3RMDA 1G15A 4CF9A 4ID1A 4CFBA 4DFPA 3PV8A 4HUEA 2Y1JA 1UA1A 3SV3A 1FKOA 1N5YA 3F9KA 1C0UA 2XHBA 2B5JA 2HHXA 2GUIA 4FJJA 4CCHA 4Z4IA 3P5JA 3VQCA 3TAFA 4KPYA 3AVCA 1CXQA 1RDDA 3O3FA 1CZBA 2Z1IA 4KHQA 1RTHA 4F2SA 4FLXA 2KW4A 3TAMA 4DSLA 2Z1HA 3QINA 4CK2A 2P1JA 4FLVA 3DYAA 1KVBA 2NUBA 3TAGA 4DSIA 3KD1E 4CEAA 3PX4A 4EP4A 3HVRA 5HLFA 2G8HA 3L3UA 4E7HA 1ASWA 1A5WA 4OGEA 2I5JA 4I7FA 1JLAA 5SZTA 3OYLA 1LWCA 3LWMA 3SQ4A 2OPQA 1NK8A 3HP9A 4FJ9A 5FRNA 1LW2A 3HP6A 1T7PA 5D3GA 2IGIA 1WAJA 2QK9A 4FYDA 5T7BA 4NCAA 1VRUA 3O3GA 1N6QA 5HBMA 2KZMA 4DTMA 2HHSA 3AVMA 1LAWA 4O55A 3HM9A 4FLWA 3QEXA 1RDAA 3VQ8A 4FLUA 3SJJA 1NOYA 4BE1A 4FM2A 1FXXA 3LAKA 3T19A 3SUNA 1WN7A 1BQNA 3QO9A 3WNFA 2ZE2A 3VQDA 1SV5A 2DFHA 3QIPA 4KTQA 1WSJA 1NK7A 1LV5A 3AO1A 4E1NA 4JS5A 1JLEA 3LPTA 4W5RA 3AVNA 3DRRA 3QEVA 3ZSQA 3AV9A 1LWFA 2A1SA 4AHTA 3K5NA 3SQ1A 1A5VA 3KLIA 4CJWA 4QCLA 5SWMA 4CJ3A 1KSPA 1EXQA 4H8KA 2JLEA 2RKIA 2OPRA 4IFYA 4LY7A 1IH7A 4HVJA 1BHLA 3I8DA 1U4BA 3ZSZA 2OA8A 2HNYA 4OLBA 4Y1CA 5HROA 4E1MA 3OYKA 4CHZA 1QTMA 3S3NA 1XHXA 4O0IA 3O3HA 2OYQA 4CFDA 1MU2A 3OVNA 4FCYA 3VQPA 2RF2A 3KKSA 3HSTB 4FJKA 3HPGA 5KRSA 4BACA 3RTVA 4ZTFA 4N76A 2HNZA 1BIZA 1EETA 4DTNA 1J54A 2D0BA 4CF2A 4H4MA 4UQGA 2F96A 2G8UA 4DTUA 1SKWA 4DQPA 4I9QA 2X74A 2VG5A 4PQUA 2P5GA 2YNGA 4J2AA 1C1AA 1WAFA 3AVFA 4CHOA 1UWBA 5KGXA 3OS0A 4E7LA 4LSNA 3QETA 3QNNA 4E0DA 4BDZA 3PX6A 3QLHA 4OKEA 3QEWA 4FJMA 3SQ0A 3DRSA 4F2RA 3OYCA 3RR7A 3VQ7A 4FK4A 1KVAA 3PO4A 2XY8A 2G8FA 4KREA 1YTAA 4DMNA 4CGIA 1TK0A 1X9WA 3TANA 1ZBFA 1IKVA 3V1RA 2DFEA 3OS2A 1CLQA 4BWJA 1XI1A 4F4KA 2WOMA 4OGCA 5CZ2A 3LPUA 1BL3A 5CYMA 2G8IA 3VA3A 3SCXA 1JL1A 4CERA 4Y1DA 2YKNA 3CM6A 1U45A 4EZ6A 2HHTA 1RILA 2BGGA 3DLHA 3I0SA 1GOCA 5I42A 3WNEA 1NJXA 4CGJA 1RT2A 4CIEA 4CJLA 4KB1A 2FC0A 3S3OA 1U48A 4CF1A 4Q0BA 1VRTA 3I0RA 4EZ9A 1TAUA 1ASVA 4FXDA 1WLJA 3WNHA 2YNFA 4B9UA 4ELTA 4C8LA 2F8SA 1NOZA 5DK5A 4M3XA 1DLOA 3DLRA 3ZT1A 1UAXA 3KJVA 1EX4A 4OVLA 3G10A 4DFMA 3K59A 4CJFA 3V1OA 4C8NA 4FW2A 3T3FA 3K5MA 4FK0A 3KIOA 4GW6A 5FDLA 4EP5A 3HT3A 5KTQA 1D9FA 3T1AA 4DQIA 3OYHA 3F73A 5JS1A 2Z1JA 3VQ9A 2KTQA 1ASUA 2VG7A 1HQEA 4NYFA 4O5BA 4RW7A 4CFAA 3QNOA 3IAYA 1GOAA 3TI0A 1HPZA 4IFVA 1WSGA 3ALYA 3K58A 2EHGA 1SL0A 1B9FA 2FBXA 4DQQA 4E89A 1TKDA 1RT1A 2VG6A 3AVBA 3MAQA 2XY7A 2BANA 4DF8A 1Z26A 3DOLA 1Q9YA 3KLHA 2XY6A 1B92A 1W9HA 4DSKA 1Q8IA 4OPKA 3AVIA 2Z1GA 4LH5A 1Y97A 3MECA 4ZHRA 1WSEA 1BGXT 1B9DA 2P5OA 4W5OA 3THVA 3D45A 3AA3A 4Z4CA 3VQAA 1TV6A 1SKSA 1HRHA 1JKHA 4FZYA 4DU1A 3HVTA 3MXIA 4M3RA 3SI6A 1BI4B 1NK4A 1JLCA 4AILC 4KAZA 1K6YA 1S1XA 1U47A 1QSLA 3PY8A 4B9LA 2QKKA 3M8SA 1YTUA 4OLAA 3LALA 3C95A 4RW4A 2R7YA 3RRGA 4HTUA 4L8RB 3P83D 2IDOA 4HCCA 2HVIA 3SUOA 3MEGA 2P51A 1RT5A 3NH2A 3TARA 4FJ5A 4DLGA 3V81A 4ICLA 5HRNA 1IKWA 3LANA 4B8CA 1IKXA 3TAPA 5HRRA 4OKJA 4DQRA 2G8KA 2G8VA 1EKEA 2WONA 4FLZA 1RDCA 1NJWA 4B9TA 4FZZA 4CFCA 1HQUA 4IDKA 5DMRA 1RBRA 4B9SA 3OYIA 5JS2A 2GV9A 1EP4A 2E6LA 4CGGA 4AHRA 1TAQA 2KQ2A 4CJVA 4BE2A 5J2NA 3KD5E 3NCIA 3TWHA 3TAQA 1TL1A 2ATQA 4OPJA 1RTJA 3EY1A 4KI6A 3SQ2A 1VSLA 4CHQA 2PYJA 3KTQA 4I9LA 1IKYA 4DLEA 3QESA 1UOCA 4E19A 1SL2A 1D9DA 4F3OA 3DOKA 2YHBA 3AO3A 1ZBIA 1RT7A 3AA4A 1J53A 1TVRA 3AVHA 3HPHA 3ZSVA 1TK5A 2OZMA 4ELUA 4KRFA 2QXFA 2EX3A 3HK2A 1F21A 3VQ4A 4CK1A 1L3TA 1TL3A 4FJLA 1KFDA 4CIFA 3OJSA 1L3UA 5J2QA 2E4LA 1IO2A 1C0TA 1TGOA 1BISA 4B9VA 4W5QA 3OYMA 4KO0A 3OYAA 2BDPA 4PUOA 3SYZA 2FBTA 1S6QA 4MQ3A 4XIUA 3EZ5A 2HNDA 4B9MA 1JLBA 4DF4A 1QS4A 4M41A 1RT4A 1RCHA 5J2MA 4YFUA 4AHSA 4FJ7A 3NBPA 2HW3A 1VSDA 3E01A 2JGUA 1NK5A 3TAEA 4CHYA 3LDSA 3V4IA 1BCOA 5KRTA 3AA5X 4I2PA 1R0AA 1HNIA 3AVAA 4TSXA 5CZ1A 3SZ2A 4DWIA 4M3WA 3OYJA 2HHQA 1TKXA 1C0MA 4CF0A 4CIGA 2YNIA 4CJKA 4CF8A 2W42A 4K8XA 1U04A 1TKTA 1WNSA 4RG8A 3CM5A 1VSIA 1NJZA 1ITGA 4AHVA 3AA2A 4E7KA 1LWEA 2IAJA 4FJ8A 3MEEA 4DG1A 5CYQA 3MXMA 4NYNA 1S6PA 4CEOA 4K8ZA 2HVHA 4DS5A 3QEPA 3OJUA 1D8YA 5FRMA 2B4JA 5K14A 2FBVA 2YV0X 4R5PA 1QE1A 3JYTA 4DQSA 2DTUA 2ITGA 4QAGA 3DI6A 4CGFA 3A2FA 3AO4A 1YVUA 1S1VA 1NK0A 3HO1A 4J2BA 4PWDA 5C25A 3C94A 3V9ZA 4CHPA 4CEDA 1S1UA 4Z4EA 3SPYA 1HYVA 4CECA 1ZBLA 2YKMA 1U49A 3NFAA 4B08A 4FK2A 4Z4GA 4QOZB 1QSYA 4FJNA 5C42A 4Z0UA 3OY9A 3VA0A 1JLFA 1KTQA 1VSEA 4LSLA 3QIOA 4JRPA 4J2DA 4FZXC 3SPZA 3SV4A 3L2RA 5KI6A 4KHYA 5KGWA 4JLHA 1X1PA 4FM0A 3SUQA 3ZSOA 4RW6A 3NF8A 4KHWA 2D5RA 2IS3A 3B6OA 1LAVA 1S1WA 3DRPA 3VQQA 2YNHA 4CE9A 2RN2A 3ASMA 3M8RA 3NAEA 3WNGA 1RT3A 4BWMA 2G8WA 2KZZA 4G1QA 1KLNA 3KLFA 1KRPA 4N41A 3ITHA 4O4GA 2PZSA 3KK1A 1VSMA 2GBZA 1RBSA 1DTTA 1YT3A 3AVGA 3AVLA 3MXJA 4GVMA 4KV8A 3OYFA 3OYGA 1HNVA 3V6DA 4DTOA 1VSFA 1NK9A 3G0ZA 1JXEA 1VSJA 4B9NA 4FJIA 4I2QA 1SUQA 4B3OA 3O4NA 4CJRA 4AHUA 3KLEA 3L3VA 1S1TA 2OZSA 3M8PA 1NK6A 2BE2A 3NF9A 1VK0A 4KB0A 2RPIA 4KI4A 4IG0A 1FKPA 4ELVA 1HYZA 2ETJA 3RMAA 3BDPA 1C6VA 3MEDA 4FLTA 2DFFA 1LW0A 3ULDA 1T03A 3OYBA 3UIQA 5HP1A 4M3YA 2X6SA 2AJQA 1BQMA 3ISNC 2XY5A 5HRPA 3HL8A 2QKBA 4DTPA 1JL2A 5J1EA 4LH4A 3OS1A 4FLYA 3QEIA 1X9SA 4Z4HA 4IKFA 1I3AA 1RBVA 3P1GA 4CGDA 3L8BA 3V9WA 4CJSA 1HJRA 1QSSA 4N5SA 1S9EA 3HXMA 1DTQA 1JXBA 2O4GA 4RW9A 4RW8A 3KK2A 3V9SA 4CJTA 4E7IA 1XC9A 2YHAA 3VQ6A 3L2UA 4C8KA 4CGHA 1J5OA 1W0HA 1XWLA 4IG3A 4DSEA 4F3TA 3LWLA 4KTZA 1KVCA 4CJQA 4HHTA 1BI4A 4B8AB 1KFSA 1JLQA 1JLGA 1J9AA 1WSHA 2Q3SA 3B6PA 4GMJB 4DTJA 2Y1IA 5EU7A 4FJXA 3LZIA 1KLMA 3HYFA 1SKRA 3SNNA 3IRXA 1I39A 4CJEA 3U6FA 2FBYA 1CXUA 3V9UA 3AVKA 1NJYA 2IC3A 3M8QA 3NGIA 1RNHA 2LSNA 1KCFA 4OKKA 3PX0A 3ZSYA 3KLGA 2ZQBA 5CY4A 4CJ5A 1HYSA 3KK3A 4CJUA 1X9MA 4JRQA 3RR8A 5HRSA 4PY5A 3C6UA 3NHGA 4AHCA 3DLBA 1A5XA 4Z4FA 4DTXA 4PA1A 4Q5VA 4FVMA 4F8RA 5J2PA 2B6AA 1Q9XA 2XRIA 4NCGA 4M3TA 3CG7A 3ZT3A 1ZBHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLGA 4EIAA 4KTWA 4YOTA 3O9UA 4KH5A 3LP2A 3A8YA 4YNQA 1T05A 3CFRA 4CESA 3FE1A 5EX5A 3NF7A 2PYLA 2UXDK 2X78A 3LP1A 1BG3A 4BRKA 2Q1NA 3K9KA 2VWBA 3NH0A 4M3UA 4W5TA 4CD1A 3D0PA 1Z05A 4FWSA 1E4FT 5JLFA 4O44A 4IOCL 1E4GT 4CEFA 2DY4A 2HB5A 2HHWA 3CC7N 2ITMA 3NF6A 4CK3A 3DLEA 4DSFA 1WOQA 3FFIA 1RDBA 4CJPA 1MA9B 4O5FA 4N47A 4JV5K 1S72N 3V9XA 4PHTX 3FZFA 4DSJA 3HJFA 4R79A 1BCMA 1ATNA 3WT0A 3HZ6A 3K0SA 4WCEL 4BQZA 2VWJA 4JI8K 1REVA 4L3QA 2HHVA 1HMVA 4KKOA 4J2EA 4B1VA 4DFJA 4OJRA 2A1RA 4B1ZA 1IV0A 4JKCA 4DR4K 3NDKA 2FSKA 4GKJK 3K57A 1CZAN 4A59A 2FSJA 4LF9K 2VWKA 3O9QA 3VETA 4YOWA 2F9TA 3UKRB 4BE0A 3ZCMA 1DGKN 1EWRA 3CCQN 1RT6A 1FK9A 2YI1A 4FJGA 3TR8A 1QZ5A 4M42A 3MN9A 4K43A 4XH4A 3L2VA 4CF9A 3MWPA 4ID1A 4CFBA 4IEIA 3F9KA 1VQKN 1C0UA 2O8FA 2XHBA 2HHXA 2GUIA 4H0PA 4ILJA 4C23A 3BZCA 3TAFA 3AVCA 2Z1IA 3QICA 4KHQA 3TAMA 4DSLA 3QINA 3KK7A 2P1JA 1Z6RA 3HOTA 3KD1E 2QA4N 1HKCA 2G8HA 3ATVA 3SQ4A 1IBKK 4PKGA 1TUYA 3LWMA 2OPQA 1NLVA 4FVUA 5GINA 1VRUA 1ESVA 4DV7K 2P9KA 1LAWA 4ISFA 1RDAA 5AFUA 4FLUA 1NOYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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