1RDBA

Crystal structures of ribonuclease hi active site mutants from escherichia coli
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMQLMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of ribonuclease HI active site mutants from Escherichia coli.
pubmed rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
source organism Escherichia coli
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
total genus 49
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1993-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rdbA00
4TSXA 3DLEA 2D0AA 2RN2A 3KKRA 4B08A 4CJVA 3RRGA 1JLCA 4CK2A 3K5OA 1TL3A 4HHTA 4OPKA 4DS5A 1Q9YA 3VQ5A 1T8EA 4OPJA 3CFOA 4M3RA 4OKKA 2F8SA 4CF8A 3VQAA 3TAPA 3OS0A 3VQ4A 1YTAA 4O5BA 4CE9A 3AV9A 4DSIA 2FC0A 2G8FA 3G0ZA 1SL0A 4B9TA 2P51A 4LD0A 1L3TA 2XY6A 3SUNA 3H08A 2XHBA 1CXQA 2YNGA 2Z1GA 3RR8A 3QEWA 4KHWA 4FJ7A 1A5VA 2VG6A 3P83D 3V9XA 3NFAA 4KPYA 2ATQA 4OKJA 1JLAA 3QESA 3CG7A 2F96A 4FXDA 1LW2A 2IS3A 3C6TA 1RT7A 4E1MA 3TARA 1J9AA 4CGDA 4LH4A 4Q0BA 3V9UA 3AVNA 4M3UA 1LWFA 3THVA 4JS5A 4CERA 3PX4A 4E1NA 3NDKA 1WSFA 2Z1HA 4CGGA 3RWUA 3DLGA 1JLEA 4CEQA 2YKNA 2OA8A 4FLVA 4AHCA 3HXMA 1BQNA 4O4GA 4CHQA 3P1GA 3HPGA 3I0SA 1QHTA 2EHGA 4JLHA 3ZT1A 3V81A 1VSKA 3SI6A 1ZYQA 3IAYA 3KTQA 1WN7A 4H4MA 4DFPA 1X9MA 4HUFA 1TK8A 4HCCA 1EXQA 2IGIA 1LV5A 3OYDA 1C1CA 3C95A 1VRUA 3NF9A 4Z4GA 2XO7A 3ZT0A 4W5OA 3HM9A 3ZT3A 2G8WA 5JS1A 1SKWA 2DFHA 4LSLA 2LSNA 1UAXA 3NGZA 3TAQA 3QLHA 3HP9A 4GMJB 1U04A 2DFFA 3DRSA 3QINA 4RW8A 3AVIA 3O3GA 3ISNC 4PUOA 1WSGA 4CJUA 5SWMA 3NH0A 1JXBA 1CXUA 3DI6A 3VQPA 4Q5VA 3OYAA 3OJUA 3SQ0A 2QKBA 1EX4A 3AVFA 3SUPA 1TL1A 1ZBHA 1MU2A 4ZTJA 1Z26A 5J2PA 3KLHA 2XY5A 3TAMA 4QCLA 4KO0A 4M3XA 1LW0A 3S3MA 3VQQA 3V9SA 5CYQA 1LWEA 2IC3A 1JKHA 3ZSXA 5HRSA 5KI6A 3OS1A 2VG7A 1BI4B 2RPIA 4B9MA 4KAZA 4FYDA 1HYSA 1S1UA 3NHGA 5KGWA 3U3YA 2G8UA 1RDBA 5FRMA 1D8YA 2A1SA 4JS4A 4ZTFA 3FFIA 1X9SA 3CM6A 1DLOA 3KLIA 3TWHA 4DQRA 1GOCA 2P5GA 4FJ9A 3ASMA 1XWLA 3KK3A 5KRTA 1REVA 1WSHA 3T19A 4W5NA 2NUBA 1C1BA 3VA3A 4RW4A 3ZSWA 4BE0A 2HVHA 4Z4IA 4FLYA 3K59A 3DYAA 4C8OA 4KHQA 4AHVA 1XC9A 1ZBUA 2EX3A 2XRIA 1RILA 1BIZA 4CJEA 5T7BA 4HUGA 4FM1A 3WNHA 3HVTA 4ELUA 3AVJA 4J2DA 5D3GA 2FBYA 3LP0A 4CEZA 3K58A 2DTUA 4W5QA 3MAQA 1VK0A 3NE6A 3LPTA 4EP5A 1RT1A 3OS2A 5J1EA 3QERA 3KD5E 1Z25A 3U6FA 3I8DA 3QEVA 3HYFA 1KVBA 4G1QA 2PYJA 1JLBA 2FBTA 3B6PA 4CEFA 1RTIA 4CEAA 1WAJA 3LANA 3V9ZA 3SQ1A 1C1AA 1RBSA 3VQCA 3WNFA 1SKSA 4CF1A 4N41A 1ASWA 3NAEA 4EZ9A 4K8XA 1L3VA 3K5LA 5DK5A 4Z0UA 3LP2A 1WLJA 3V1RA 3AA3A 3OYIA 2KZZA 4KTQA 1RT5A 4RW7A 4BE1A 3AVMA 3LWMA 1LWCA 1RT4A 3K57A 4DFJA 3OYJA 3AO1A 4E7IA 3NH1A 1RDDA 3NGIA 3QETA 3HP6A 3OVNA 3L2WA 2GV9A 3K5NA 3SCXA 2PY5A 3TR8A 1QE1A 4CHYA 1RT3A 2YNFA 4CFCA 5HRPA 3DLKA 1RTJA 2D0BA 2E4LA 4CIFA 2HHUA 1W9HA 4FM2A 4DTSA 4DTOA 3RMDA 3DMJA 4MFBA 4FZXC 1ZBLA 3OJSA 4DLEA 4CF9A 4Z4CA 2ZE2A 5JS2A 2QK9A 4CJFA 3MEGA 4PY5A 3SYZA 4I9LA 4B9LA 4DTXA 3ITHA 5FROA 5CYMA 3P5JA 2G8HA 4E3SA 4I9QA 4DTNA 1B9FA 4DLGA 4CK1A 4CJPA 1RBTA 5CY4A 4XIUA 2Y1IA 3TANA 3WNGA 4CEEA 2G8IA 3QIOA 4CHZA 1RT6A 4HCBA 2KZMA 4CEDA 3NF6A 3AA4A 4J2BA 3K2PA 2XY7A 2HNZA 2HNDA 1I3AA 1SV5A 3CFPA 3CYMA 4W5RA 1QQCA 1TVRA 4I7FA 1VSDA 4DU1A 5K14A 1D9DA 4H4OA 1S1XA 4FJLA 4FLZA 3ZSQA 3K5MA 4QAGA 4FJNA 4E7HA 3NH2A 3V9WA 4W5TA 3L8BA 1JLQA 1KCFA 1WSJA 4CGFA 1NK0A 1BHLA 4CCHA 3VQ7A 4DSKA 4CJ3A 3EZ5A 1U49A 2F8TA 2DFEA 1IH7A 4CFBA 3KK1A 1NJWA 4M41A 1IO2A 4CFAA 3AA2A 3VA0A 2A1RA 5DMRA 1A5WA 3L3UA 3OYCA 4KHYA 1C0TA 3HL8A 1RBRA 4CEOA 3M8SA 3HVRA 2VWJA 3LZIA 4IDKA 4B9NA 3ZT2A 2HMIA 2YHBA 2VG5A 3L2QA 4DQIA 1FKOA 3B6OA 3SV3A 1HYVA 3D45A 4KFBA 2OPQA 2HW3A 4DQSA 3ZSZA 4N47A 3SNNA 4FK4A 3IS9A 1L3SA 3DLHA 4OJRA 1S1TA 4IFYA 4M3WA 2QXFA 4WE1A 1XHZA 2WONA 3PV8A 4B8CA 1HJRA 2R7YA 1JL1A 3AVKA 3QEXA 1WAFA 3NF8A 2D0CA 1F21A 4NYNA 1NJZA 4IKFA 3OYBA 4RW9A 1GOBA 3CFRA 2E6LA 3V1QA 4E0DA 1A5XA 1HQEA 4K8ZA 3RR7A 1C6VA 3IG1A 3VQDA 1WSEA 2YHAA 1HQUA 3C94A 5FDLA 4BDYA 4FVMA 3PX0A 3SUOA 3QEPA 3SPZA 5J2MA 4B9VA 4LSNA 1BQMA 2HHSA 3AVCA 4OLAA 4CHOA 4AHSA 1XI1A 4J2AA 4C8NA 3VQ9A 3TAGA 1T03A 1BGXT 3D0PA 2B4JA 4O55A 3JYTA 4BDZA 1C0UA 4AHRA 4C8MA 1RTHA 2WOMA 1C0MA 4DS4A 1U47A 2G8VA 4B9UA 2KFZA 3TAEA 2ITGA 4EP4A 4DTPA 4DU3A 3QEIA 4CGIA 4ZHRA 4FM0A 3AVAA 4Z4HA 4B3OA 1N5YA 3IRXA 4FLXA 3HJFA 4CF2A 1BI4A 1NK6A 3AVLA 1KLMA 4O44A 3M8RA 4DTRA 4OGEA 4AHTA 3SQ2A 2OPPA 4DG1A 1NK8A 2IDOA 4E19A 4KREA 1XHXA 4CJKA 4LY7A 3SUQA 1QS4A 2HHQA 1FK9A 1RT2A 2YV0X 4ID1A 3O3FA 3T3FA 1X9WA 3PY8A 4CIGA 5HLFA 4YNQA 1Y97A 4BWMA 1YTUA 2DY4A 1CZ9A 3I0RA 4E89A 2OPSA 3V6DA 3OYNA 1DTQA 3PUFA 3KLGA 4J2EA 3S3NA 3NF7A 4CHNA 3HPOA 4RW6A 1SL1A 3MEDA 1QTMA 2P5OA 1TGOA 1U48A 3O3HA 4EZ6A 4HTUA 5HROA 3NBPA 4KB0A 4KV8A 1NJYA 1B92A 4DMNA 2ZD1A 1RNHA 2VWKA 2PZSA 4CEBA 3PO5A 1D5AA 4DFKA 4FJHA 2ZQBA 3LZJA 2X6SA 4KHNA 3DLBA 1B9DA 4NCAA 5HRRA 3EY1A 2YKMA 2KFNA 1U45A 4FJ8A 4ICLA 2G8KA 5C42A 4Y1CA 3ZCMA 2FBVA 3TAFA 2O4GA 4FZYA 3WNEA 4MQ3A 4FJGA 4M42A 5CZ2A 4KRFA 4FLUA 2YNHA 3HPHA 1YVUA 4KHSA 2X74A 3ZSOA 3M8QA 5KRSA 3KLEA 1KVAA 1J53A 1TK5A 3VQBA 4FK2A 2OZMA 4NCGA 4CK3A 4DSJA 3L2RA 4DSLA 1ZBFA 4CGHA 4M3ZA 3HO1A 3G10A 1S9GA 5CZ1A 1TK0A 3OYGA 1S1WA 4OVLA 1VSEA 4DQPA 3DM2A 4FJJA 5I42A 4F3TA 1JL2A 3LALA 4HVJA 1CLQA 3VQEA 4M3YA 1BIUA 2KW4A 4DFMA 1R0AA 4PWDA 4E7JA 4YFUA 3OYLA 3AO2A 1D9FA 1NK7A 1L3UA 3KLFA 3SPYA 3BGRA 3VQ6A 4F3OA 2HVIA 3V4IA 3TABA 4FW2A 1Q9XA 1FKPA 1JXEA 4CJ5A 1J5OA 3L2VA 3AO4A 1NK5A 3AVGA 2IOCA 1NK4A 1IKVA 2O4IA 3DRPA 1TAUA 1HNIA 4DF4A 4PA1A 3RRHA 3OYEA 1RBUA 2HNYA 1QSSA 4DQQA 3QNNA 2B6AA 4KHUA 2X78A 2BE2A 1TKDA 2Z1IA 1N6QA 1LAWA 4I2QA 3F9KA 3U3GA 2B5JA 4B8AB 3OY9A 4ID5A 3DLRA 4R5PA 3EYZA 2AJQA 5HRNA 3HSTB 3T1AA 2KQ2A 4KKOA 1BCMA 4UQGA 4N5SA 1NOYA 4M45A 4OLBA 1HPZA 3LP1A 4IG3A 4FW1A 4IFVA 3F73A 1NKBA 4CJRA 4FLWA 5J2NA 3L3VA 3CM5A 1RDAA 1TV6A 2JGUA 2P1JA 1IKYA 3A2FA 1QSYA 2W42A 1J54A 1NK9A 4B9SA 3LWLA 2ETJA 1S9EA 3AVHA 3VQ8A 4CJQA 2GBZA 1S6PA 1O1WA 1Q8IA 3AO5A 5E41A 3JSMA 4FZZA 3LP3A 2Y1JA 3HT3A 1ITGA 4N76A 1UA1A 3KKSA 4I2PA 5EU7A 1VSFA 4FJIA 4F2SA 4CJTA 3MXIA 2RF2A 2HHXA 2HHTA 4AH9A 4NYFA 3S9HA 3ALYA 4PQUA 1KFSA 2I5JA 2D5RA 2OPRA 1T05A 2IAJA 1IG9A 5SZTA 4AILC 3OYFA 1WNSA 3O4NA 5HBMA 4DU4A 2YNIA 4ELVA 3ZSYA 4DTMA 1VSMA 3OYKA 3NCIA 1TKTA 4BWJA 3C6UA 4NCBA 1SKRA 1GOAA 1I39A 1ASUA 1VRTA 4JRQA 2QKKA 4ELTA 3V1OA 4KB1A 3SV4A 1K6YA 1TKXA 3QO9A 4CJLA 1KFDA 2HB5A 3SQ4A 3MXMA 2FBXA 4KTWA 4DWIA 3KJVA 1UA0A 1X1PA 5KGXA 4BE2A 4DSFA 4FJXA 3BDPA 1CZBA 1VSJA 3ZT4A 5J2QA 3QIPA 3KIOA 3RMBA 4N56A 2OYQA 3MXJA 4E7LA 2BDPA 1VSHA 2Z1JA 5HP1A 4KI6A 4LH5A 1LAVA 4BACA 4JRPA 1KTQA 1YT3A 4FCYA 5I3UA 4C8KA 2PYLA 4M3TA 5FRNA 2XY8A 5C25A 1VSIA 1QSLA 4F8RA 3MEEA 4CHPA 1JLGA 1HRHA 1RDCA 1HNVA 1JLFA 3E01A 4GW6A 3AO3A 4AHUA 3SZ2A 3HK2A 1BISA 3S3OA 4CFDA 3CQ8A 3RMAA 1HYZA 1WSIA 4E7KA 2OZSA 4F2RA 2HHVA 4DSEA 3DOKA 1W0HA 4FJMA 3ZSRA 1UWBA 4RG8A 3RMCA 3UIQA 4CJ4A 3ULDA 1KSPA 1KVCA 2E6MA 1NJXA 3VN5A 4KTZA 3SJJA 4CF0A 1RBVA 4IBNA 3OYMA 3LDSA 4F4KA 1EKEA 4FJ5A 1S6QA 3OYHA 4CJSA 1EP4A 1RTDA 2BGGA 1DTTA 1G15A 3PX6A 3RTVA 1NKEA 3AVBA 3DOLA 4IG0A 3ZSVA 4OKEA 3KD1E 4O0JA 1L5UA 2RKIA 4Z4EA 2HHWA 4C8LA 1SL2A 3L2UA 4FLTA 4HUEA 3AA5X 1BCOA 4CESA 4Y1DA 1S1VA 4L8RB 2GUIA 1IKXA 4BDPA 4DTJA 5KTQA 1ASVA 3LAMA 2KTQA 4O0IA 4OGCA 3TI0A 1BL3A 3LPUA 3M8PA 4DF8A 3O4QA 1IKWA 4KI4A 4CECA 4FJKA 4CJWA 3KK2A 1KLNA 4QOZB 1S5JA 3QNOA 1NKCA 1TKZA 1U4BA 3PO4A 4Z4FA 3MECA 1UOCA 2BANA 1TAQA 4DTUA 4FK0A 2Q3SA 1NOZA 1HMVA 1EETA 4H8KA 1KRPA 3LAKA 1FXXA 4CIEA 4GVMA 2X6NA 1SUQA 1ZBIA 3NGYA 1VSLA 5C24A 3DRRA 4CGJA 2JLEA 1T7PA 1RCHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TSXA 3CCMN 1XC3A 1VQ7N 4CJVA 3RRGA 3FE1A 1TYQB 3TTFA 3SJHA 4OPKA 4DS5A 1Q9YA 3KK7A 3E9OA 4EFHA 4M3RA 4CF8A 5I9EB 3A5NC 4ILJA 2FC0A 3U4LA 1SL0A 4LD0A 3C6AA 3MCAB 2YNGA 2Z1GA 3VEXA 1EO1A 3PSIA 1GLDG 3QEWA 4KHWA 3HM8A 2VG6A 5M1OA 5F0XA 2YJEA 2ATQA 3QBWA 1JLAA 4BGAA 2F96A 4AQYK 3FGUA 4E1MA 1J9AA 4CGDA 4LH4A 2P9LA 3UB5A 3V9UA 1LWFA 3NDKA 1WSFA 3RWUA 4BY9C 3DLGA 2YKNA 2GEMA 4BC3A 3HRGA 1QHTA 3AY9A 3V81A 1VSKA 3O1BA 3DLLL 3KTQA 4JN4A 4AM6A 1X9MA 1EXQA 4A5BA 1C1CA 1E4FT 3C95A 5C10A 4JKEA 2Q2RA 4LC9B 4W5OA 1NWKA 2JWKA 3ID8A 3ZT3A 4GV6A 1UAXA 3NGZA 3TAQA 2VQEK 4DTXA 3DRSA 3QINA 4PUOA 3OYAA 1JXBA 3DI6A 3SQ0A 3R6MA 1ZBHA 1Z26A 3HOSA 4H5VA 1YF5L 4KO0A 4NB4A 2FF6A 5KI6A 4DV3K 1HYSA 2IVPA 2G8UA 2ZWHA 3O08A 1JJ2M 1FJGK 5AQLA 3CM6A 1DLOA 3KLIA 3M6GA 3TWHA 1GOCA 3FR0A 3ASMA 3GDQA 3Q7CA 4DR3K 1REVA 1N36K 3HTVA 1H1VA 3VA3A 4RW4A 3ZSWA 1U2VA 4KHQA 2V52B 4AHVA 5T7BA 2XRIA 5BN8A 3EZWA 1BIZA 4FM1A 2VGMA 4CEZA 1ZC6A 1BG3A 4EP5A 1VQNN 2P9KA 4CEFA 2QWOA 3CC4N 5FPEA 1RTIA 3SBTA 3HJFA 3V9ZA 4CF1A 3NAEA 3MMVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4TSX A;  3CCM N;  1XC3 A;  1VQ7 N;  4CJV A;  3RRG A;  3FE1 A;  1TYQ B;  3TTF A;  3SJH A;  4OPK A;  4DS5 A;  1Q9Y A;  3KK7 A;  3E9O A;  4EFH A;  4M3R A;  4CF8 A;  5I9E B;  3A5N C;  4ILJ A;  2FC0 A;  3U4L A;  1SL0 A;  4LD0 A;  3C6A A;  3MCA B;  2YNG A;  2Z1G A;  3VEX A;  1EO1 A;  3PSI A;  1GLD G;  3QEW A;  4KHW A;  3HM8 A;  2VG6 A;  5M1O A;  5F0X A;  2YJE A;  2ATQ A;  3QBW A;  1JLA A;  4BGA A;  2F96 A;  4AQY K;  3FGU A;  4E1M A;  1J9A A;  4CGD A;  4LH4 A;  2P9L A;  3UB5 A;  3V9U A;  1LWF A;  3NDK A;  1WSF A;  3RWU A;  4BY9 C;  3DLG A;  2YKN A;  2GEM A;  4BC3 A;  3HRG A;  1QHT A;  3AY9 A;  3V81 A;  1VSK A;  3O1B A;  3DLL L;  3KTQ A;  4JN4 A;  4AM6 A;  1X9M A;  1EXQ A;  4A5B A;  1C1C A;  1E4F T;  3C95 A;  5C10 A;  4JKE A;  2Q2R A;  4LC9 B;  4W5O A;  1NWK A;  2JWK A;  3ID8 A;  3ZT3 A;  4GV6 A;  1UAX A;  3NGZ A;  3TAQ A;  2VQE K;  4DTX A;  3DRS A;  3QIN A;  4PUO A;  3OYA A;  1JXB A;  3DI6 A;  3SQ0 A;  3R6M A;  1ZBH A;  1Z26 A;  3HOS A;  4H5V A;  1YF5 L;  4KO0 A;  4NB4 A;  2FF6 A;  5KI6 A;  4DV3 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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